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A estirpe Fromm de Leptospira interrogans sorovar Kennewicki foi utilizada para produção de uma bacterina experimental anti-leptospirose. A extração do RNA total utilizado para transcrição reversa e quantificação dos antígenos LigA e LipL32 por PCR em Tempo Real, foi efetuada a partir de alíquotas colhidas das diluições da bacterina antes da sua inativação, as quais foram armazenadas à temperatura de -80ºC. O volume restante da bacterina foi inativado em banho-maria à 56ºC e mantido à temperatura de -20ºC para avaliação da sua potência em hamsters bem como da detecção e quantificação dos antígenos LigA e LipL32 em ensaios de ELISA Indireto e ELISA Sanduíche Indireto. Os resultados do ensaio de potência em hamsters demonstraram que a bacterina foi aprovada de acordo com as exigências dos padrões internacionais de qualidade até a diluição 1/6400, protegendo os hamters contra a infecção letal frente ao desafio com a diluição 10-6 (100 doses infectantes 50%/ 0,2mL). Os resultados das reações de Real Time PCR detectaram 3,2 x 103 e 2,3 x 101 cópias do mRNA que codifica a proteína LigA, na bacterina pura e diluída a 1:200, respectivamente. Apenas oito cópias do mRNA que codifica a proteína LipL32 foram detectadas na amostra de bacterina pura. Os ensaios com ELISA Indireto não detectaram a proteína LigA na amostra de bacterina inativada, mas demonstraram a detecção da proteína LipL32 até a diluição 1/1600 da bacterina. Os ensaios de ELISA Sanduíche Indireto apresentaram reações cruzadas nas placas controle, e, portanto seus resultados não puderam ser considerados nas análises. Os resultados da real time PCR não puderam ser correlacionados com o teste de potência em hamsters, mas os ensaios de ELISA Indireto para a proteína LipL32 demonstraram resultados condizentes com os apresentados pelo teste de potência em hamsters oferecendo uma possível alternativa in vitro para avaliação de potência de bacterinas anti-leptospirose.

Leptospira interrogans serovar Kennewicki strain Fromm was used for the production of a experimental leptospirosis bacterin. The extraction of total RNA used for reverse transcription and quantification of the antigens LigA and LipL32 for Real Time PCR was performed from the aliquots harvested of bacterin dilutions before inactivation that were separated and maintained at -80ºC. The remaining volume of bacterin was inativated at 56ºC and maintained at -20ºC for the evaluation bacterin potency in hamsters and detection and quantification of LigA and LipL32 antigens by Indirect ELISA assay and Indirect Sandwich ELISA. The results of potency assay in hamsters demonstrated that the bacterin was approved by the international patterns of quality until dilution 1/6400, protecting the hamters against lethal infection challenge by the dilution 10-6 (100 infectious doses 50%/0,2 mL). The results of Real Time PCR detected 3,2 x 103 e 2,3 x 101 copies of mRNA that encodes the LigA protein, in samples of pure bacterin and diluted 1:200, respectively. Few eight copies of mRNA that encodes LipL32 protein were detected…

Advisors/Committee Members: Vasconcellos, Silvio Arruda.

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Este estudo teve como objetivo detectar a presença do vírus da raiva em diferentes órgãos de morcegos do gênero Artibeus empregando as técnicas moleculares como RT-PCR, hnRT-PCR e Real Time RT-PCR. De aproximadamente 4000 espécimes de morcegos recebidas no Instituto Pasteur para o diagnóstico da raiva, foram selecionados 30 morcegos do gênero Artibeus, com resultados positivos para raiva pelas técnicas tradicionais de IFD e inoculação em células N2A utilizando suspensões feitas a partir do SNC. Para as técnicas moleculares, foram retirados glândulas salivares, bexigas urinárias, rins, pulmões e conteúdos fecais e ainda foram lavadas as calotas cranianas dos espécimes. Os órgãos e conteúdos fecais foram diluídos a 1:10 (P/V) e as bexigas urinárias a 1:20 (P/V). As suspensões foram inoculadas em células N2A para o isolamento viral. Foi realizada a extração do RNA total usando o TRIzol®, foram realizadas a transcrição reversa seguida da PCR e hnRT-PCR com utilização de primers específicos para o gene codificante da proteína N. A partir do produto da transcrição reversa foi realizada a técnica de Real Time RT-PCR, utilizando primers e sonda específicos para variante antigênica 3. Das 30 suspensões de lavado cerebral, 28 (93,33%) resultaram positivos, na inoculação em cultura de células, seguido de glândulas salivares (36,67%), bexigas (16,67%) e conteúdos fecais (3,33%). Os resultados encontrados da sensibilidade nas técnicas de RT-PCR, hnRT-PCR e Real Time RT-PCR foram 56,25%, 82,57% e 82,19% quando avaliadas as 180 amostras analisadas. A comparação das técnicas de hnRT-PCR e Real Time RT-PCR feita pelo teste exato de Fisher quanto a proporção de positivos detectados mostrou que para o lavado cerebral, órgãos e conteúdos fecais a proporção foi igual (P>0,05). Em relação à positividade os resultados encontrados nas técnicas de hnRT-PCR e Real Time RT-PCR foram 100% em lavado cerebral; 90% e 93,33% em glândulas salivares; 83,33% e 90% em bexigas; 80% e 93,33% em rins; 76,67% e 50% em pulmões e 43,33% em ambas as técnicas em conteúdos fecais. Esses resultados sugerem que tanto as técnicas de hnRT-PCR como Real Time RT-PCR podem ser utilizadas como métodos complementares para o diagnóstico da raiva e são sensíveis o bastante para o uso em estudos de patogênese. A técnica de Real Time RT-PCR realizada neste estudo se mostrou eficiente em detectar o RABV em diferentes órgãos e tecidos extraneurais com a vantagem de ser uma técnica mais rápida e sensível.

This study was aimed to detect the presence of rabies virus in different organs of the genus Artibeus bats using molecular techniques such as RT-PCR, hnRT-PCR, and the Real Time RT-PCR. From about 4,000 specimens of bats received for rabies diagnosis at the Pasteur Institute, 30 bats of the genus Artibeus were then selected. The selected bats presented positive results by the traditional DFA and N2A-cells inoculation test using brain tissue suspensions. Samples of salivary glands, urinary bladders, kidneys, lungs, and fecal contents and washings of the skulls were…

Advisors/Committee Members: Ito, Fumio Honma.

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INTRODUÇÃO: Em grandes cidades, como São Paulo, a pequena porcentagem de matas existentes é representada pelos parques municipais. Estas áreas, além de representarem ambientes de lazer para as pessoas, albergam uma enorme diversidade biológica, desde mosquitos até aves e mamíferos. A interação destas espécies favorece a circulação de Flavivirus, causadores de importantes doenças humanas, que têm nas aves um importante reservatório. Atribui-se às aves migratórias o papel de carreadoras dos vírus, já que as mesmas percorrem longas distâncias para completar seu ciclo biológico. A chegada de aves do Hemisfério Norte ocorre em alguns Parques, o que favoreceria a dispersão de alguns vírus, como o Vírus do Nilo Ocidental, já que nestas áreas estão presentes mosquitos potencialmente vetores. OBJETIVOS: identificar infecção por Flavivírus nas aves dos parques municipais de São Paulo. MÉTODOS: De Março de 2012 a Janeiro de 2013, foram coletadas amostras de swab de cloaca, orofaringe e sangue de aves capturadas em redes de neblina de duas áreas do município de São Paulo: Parque Anhanguera e Fazenda Castanheiras/APA Bororé Colônia. As aves foram anilhadas e liberadas após a coleta do material. Foi realizada técnica de RT-PCR em tempo real, utilizando iniciadores genéricos que amplificam fragmento do gene NS5 de Flavivirus. Amostras positivas foram encaminhadas para sequenciamento. RESULTADOS: Foi capturado um total de 231 aves, em sua maioria da Ordem Passeriformes. De um total de 463 amostras, nenhuma amostra apresentou presença de RNA viral. DISCUSSÃO: Em se tratando de alguns Flavivírus, os passeriformes são considerados os reservatórios mais competentes no ciclo de transmissão, pois atingem altos níveis de viremia. Cabe ressaltar que algumas espécies desta ordem, de ocorrência na cidade de São Paulo, já foram identificadas como portadoras dos vírus Rocio e Ilhéus. A ausência de positividade é esperada, pois embora altamente sensível, a técnica de PCR depende do estado de viremia das aves, que é curta. CONCLUSÃO: Os parques municipais são áreas que aproximam aves, mosquitos e humanos, pelo papel ambiental e de lazer que os mesmos representam. Este fato classifica estas áreas como locais com potencial de transmissão de Flavivirus, o que torna importante a continuação este estudo, aumentando as áreas de abrangência, para conhecer os Flavivírus circulantes e realizar vigilância para vírus que podem ocasionar problemas de Saúde Pública

INTRODUCTION: In big cities, as São Paulo, the little percentage of existing forests is represented by the municipal parks. These áreas, besides acting as entertainment environments to the users, promote a huge biodiversity, including mosquitoes, birds and mammals. These species interaction promotes Flavivirus circulation, viruses responsible for important human diseases. The avian species are important reservoirs for these viruses, specially the migrating birds that can fly for long distances, carrying these viruses to several areas. In some parks, the arrival of migrating birds from the North…

Advisors/Committee Members: Marrelli, Mauro Toledo.

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A floresta plantada de eucalipto representa a maior porcentagem entre as florestas plantadas no Brasil, principalmente para a producao de papel e celulose. Porem, durante todo o seu desenvolvimento, o eucalipto sofre o ataque de diferentes patogenos, e entre eles esta o fungo Puccinia psidii causador da ferrugem, principal doenca do eucalipto em regioes tropicais. Assim, com o intuito de estudar alguns mecanismos de defesa da planta contra a infeccao do fungo, este trabalho visou analisar a expressao genica de enzimas relacionadas ao estresse oxidativo e a atividade das mesmas; e o proteoma de clones de eucalipto resistentes e suscetiveis, ao longo do processo de infeccao, colonizacao e multiplicacao do fungo nas plantas. Foi possivel observar diferencas na expressao dos genes em todos os horarios estudados, principalmente as 24 horas apos inoculacao com o fungo. Alem disso, com a analise do proteoma pode-se observar algumas proteinas de grande relevancia para este trabalho, como algumas relacionadas a estresse oxidativo e a resposta de defesa da planta.

The eucalyptus planted forest represents the major percentage among all planted forests in Brazil, mainly for the production of paper and cellulose. However, during its development, the eucalyptus can be attacked by a large number of different pathogens, like the fungus Puccinia psidii, the causer of the eucalyptus rust, main disease that affects the eucalyptus in tropical regions. Thus, in order to study some plant defense mechanisms against the infection of the fungus, this study aimed to analyse the gene expression of some enzymes related to oxidative stress and their activities, and the proteome of resistant and susceptible eucalyptus clones, during the process of infection, colonization and multiplication of the fungus in the plant. We could observe differences in the gene expression at all times studied, mostly at 24 hours after inoculation with the fungus. Besides, with the proteome analysis we could find the very relevant proteins for this study, for instance some proteins related to the oxidative stress and to the plant defense response.

Advisors/Committee Members: Labate, Carlos Alberto.

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Devido à sua múltipla utilidade, a cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é amplamente cultivada em mais de 127 países tropicais e subtropicais. No Brasil, a cultura apresentou expansão em área plantada nos últimos anos em virtude da crescente demanda por biocombustíveis. Porém, a produção de mudas sadias tende a ser um fator limitante a este aumento de demanda, já que diversas doenças são transmitidas por toletes contaminados. Dentre estas, destaca-se o raquitismo da soqueira (RSD), causado pela bactéria fastidiosa Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) (KAO e DAMANN, 1980). De acordo com a literatura, a transmissão de Lxx se dá através de toletes contaminados e/ou instrumentos de corte, não havendo relatos sobre sua transmissão por sementes. Desta forma, seu controle se baseia no princípio da exclusão, através do uso de toletes tratados termicamente como fonte de material propagativo. Porém, não se conhece o efeito do tratamento no título de Lxx, uma vez que os relatos de eficiência da termoterapia baseiam-se em avaliações qualitativas. Em face destas informações, este estudo objetivou avaliar a transmissão de Leifsonia xyli subsp. xyli por sementes e também quantificar o efeito da termoterapia no título de Lxx em duas variedades de cana-de-açúcar através da PCR quantitativa em tempo real. No ensaio de transmissão via sementes, a bactéria foi detectada em altas incidências (>87%) em plantas de 90 dias oriundas de sementes coletadas de plantas infectadas e em quantidades estimadas superiores a 51 células por 100ng de DNA total de sementes. Além disso, aos 270 dias após o plantio, a bactéria foi isolada de 6 plantas. A identidade das colônias foi comprovada através de PCR convencional utilizando primers específicos para Lxx. Dois ensaios foram conduzidos para quantificar o efeito da termoterapia na população bacteriana. O título de Lxx foi determinado em folhas de plantas de duas variedades de cana-deaçúcar oriundas de toletes tratados termicamente ou não aos 90 dias após o plantio. O título inicial presente nos colmos utilizados como fonte de toletes interferiu na eficiência do tratamento, que reduziu a população bacteriana somente no ensaio onde os colmos apresentaram elevado título bacteriano inicial. Além disso, 70 e 55% das plantas oriundas de toletes tratados termicamente no primeiro e no segundo ensaio, respectivamente, apresentavam células de Lxx, porém em menores quantidades quando comparadas a plantas oriundas de toletes não tratados. Com isso, conclui-se que Lxx é transmitida em elevada frequência via sementes e a termoterapia, embora não tenha efeito erradicante pronunciado, é capaz de reduzir o título bacteriano no tecido vegetal.

Due to its multiple uses, sugarcane (Saccharum spp.) is widely cultivated in more than 127 tropical and subtropical countries. In Brazil, sugarcane cropping has increased in recent years because of the growing demand for biofuels. However, the production of healthy seedlings tends to be a limiting factor to this increase, since contaminated setts transmit many diseases. Among these, the…

Advisors/Committee Members: Camargo, Luis Eduardo Aranha.

▼ O Brasil é o maior produtor mundial de feijão com produção média anual de 3,5 milhões de toneladas, entretanto, um dos maiores problemas enfrentados por essa cultura é o déficit hídrico, que leva a uma redução considerável em seu rendimento. Dessa forma, a identificação de genes que controlam os mecanismos de defesa e adaptação do feijoeiro à falta de água durante o seu desenvolvimento é de grande utilidade. E, como a tolerância à seca é um caráter multigênico, genótipos com diferentes graus de tolerância apresentam expressão gênica diferencial, com ativação e/ou repressão de determinados genes. Diante disso, esse trabalho teve como objetivos: (i) identificar genes diferencialmente expressos em dois genótipos de feijoeiro comum, sendo um tolerante (BAT 477) e o outro suscetível (IACCarioca 80SH) à seca; (ii) verificar a expressão gênica espacial (em raízes, caules e folhas) e temporal (cinco níveis crescentes de déficit hídrico - 24 h, 48 h, 72 h, 96 h e 120 h de exposição ao estresse) por meio de RT-qPCR; (iii) predizer a função dos genes identificados, com base nos genes ortólogos de Arabidopsis thaliana, usando dados públicos de microarranjo disponíveis na plataforma Genevestigator. Para atingir esses objetivos, foi conduzido um experimento em casa-de-vegetação, sendo induzido o déficit hídrico, por meio da suspensão da irrigação, quando as plantas atingiram o estádio fenológico R5, mantendo sob suprimento hídrico adequado as plantas-controle. Foi então utilizada a técnica de cDNA-AFLP para isolar os transcritos diferencialmente expressos entre os dois genótipos, sob seca, a qual aliada ao sequenciamento possibilitou a identificação e anotação de 45 transcritos, sendo 21 exclusivamente expressos no genótipo tolerante e 24 no genótipo suscetível. Dentre os transcritos identificados no genótipo tolerante, podem ser listados pelo menos 11, com potencial de serem usados para transformação genética (chlorophyll A-B binding protein, HSP40, HSP70, glycosyl hydrolase, serine/threonine protein kinase, trehalose-6-phosphate synthase, E3 ubiquitin ligase, fructose biphosphate aldolase, mediator complex subunit 13, aquaporin nodulin MTN-3-related e TCP transcription factor), e no genótipo suscetível, podem ser listados nove (coatomer protein complex, monoamine-oxidase A repressor R1, synaptobrevin, haloacid dehalogenase-like hydrolase, ADP-ribosylation factor, mTERF, serine protease S1C HtrA-related, legume lectin e SWI/SNF-related chromatin binding). Na análise de expressão gênica espacial e temporal, os transcritos mais promissores para uso em trabalhos futuros de transformação genética foram: aquaporin nodulin MTN3, E3 ubiquitin ligase, serine/threonine protein kinase, glycosyl hydrolase e HSP 70 protein, uma vez que tiveram uma expressão bastante pronunciada no genótipo tolerante. Através das análises in silico, baseadas nos genes ortólogos de A. thaliana, foram descobertos processos e vias metabólicas que podem estar envolvidos na resposta do feijoeiro comum ao déficit hídrico. Além disso, foram identificados genes… Advisors/Committee Members: Mui, Tsai Siu.

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Ferrugem asiática da soja, uma doença causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi, tem provocado sérios danos econômicos à sojicultura brasileira e mundial. A obtenção de linhagens de soja resistentes ao fungo tem sido um desafio, e atualmente as medidas de controle da doença são baseadas no manejo da cultura e aplicação de fungicidas. Com o objetivo de avançar o conhecimento sobre o mecanismo molecular de defesa da planta frente a ferrugem asiática da soja, avaliou-se, através da técnica de PCR em tempo real, a expressão de genes que supostamente estão envolvidos no mecanismo de defesa. Dois genótipos foram selecionados para a condução do experimento, PI 230970, que possui o alelo Rpp2 e desenvolve lesões do tipo RB, quando em presença de P. pachyrhizi, e Embrapa-48, suscetível, desenvolvendo lesões tipo TAN. O experimento foi conduzido em sala climatizada (Fitotron) e para a análise de expressão gênica foram extraídos RNAs de folhas da soja inoculadas com o patógeno e falso-inoculadas (água). Dentre os genes avaliados, quitinase apresentou uma expressão 117 vezes maior no genótipo resistente (PI 230970), quando comparado com o calibrador (PI 230970 falso-inoculado), atuando possivelmente como uma barreira de defesa da planta. No genótipo suscetível a expressão deste gene foi 1,75 vezes maior que o seu calibrador (Embrapa-48 falsoinoculado). Foi observada uma expressão diferencial de genes relacionados a espécies reativas de oxigênio, produção de fitoalexinas bem como genes envolvidos na liberação de elicitores. Esses genes podem estar atuando no mecanismo de defesa contra P. pachyrhizi no genótipo resistente, porem sua expressão também no genótipo suscetível pode estar relacionado a uma maior colonização do patógeno no tecido hospedeiro ou uma resposta tardia à infecção. A identificação de uma rota de defesa pode possibilitar o estudo mais aprofundado da mesma, com o objetivo de identificar genes mais específicos no processo de defesa celular e apontar novas alternativas para obtenção de cultivares resistente.

Soybean Asian Rust, a disease caused by the fungi Phakopsora pachyrhizi, has caused serious economic damages to the Brazilian and world-wide soybean crop. The development of soybean lines resistant to this fungi has been a challenge, and currently the measures of control this disease are based on the handling of the crop and application of fungicides. With the objective to advance the knowledge on the molecular mechanism of defense of the plant to the Soybean Asian Rust, it was evaluated, by PCR in real time, the expression of genes that supposedly are involved in the defense mechanism. Two genotypes had been selected for the conduction of the experiment, PI 230970, that it possess allele Rpp2 and develops type RB type injuries, when in presence of P. pachyrhizi, and Embrapa-48, susceptible, which develops injuries of Tan type. The experiment was carried out in Fitotron and for the analysis of the gene expression was done using RNAs from leaves of the soybean inoculated either with pathogen or mock-inoculated…

Advisors/Committee Members: Eveline Teixeira Caixeta, Ney Sussumu Sakiyama, Múcio Silva Reis, Aluízio Borém de Oliveira, Francismar Corrêa Marcelino.

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A tuberculose (TB) é um importante problema de saúde pública, portanto, é necessário o desenvolvimento de novas ferramentas para a detecção rápida e confiável do Mycobacterium tuberculosis, prevenindo a transmissão da TB. O objetivo deste estudo foi avaliar dois testes moleculares para detecção de bactérias do Complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) diretamente de amostras clínicas. Foi realizado um estudo transversal, no qual foram selecionadas 124 amostras respiratórias. As amostras foram avaliadas por dois testes moleculares “in house” para detecção do MTBC: NESTED-PCR (NPCR) e Real Time PCR (RT-PCR) ambos com primers para o IS6110. As amostras também foram avaliadas por um teste direto (pesquisa de BAAR). Os resultados foram comparados com a cultura para M.tuberculosis e também com os resultados da cultura juntamente com dados clínicos. Uma amostra comercial com quantificação de DNA conhecida foi utilizada para determinação do Limite de Detecção (LOD) dos testes moleculares. O LOD foi de 1 cópia/μL para o RT-PCR e de 25 cópias/μL para o NPCR. O BAAR apresentou baixa sensibilidade - SE - (40%) e alta especificidade - SP - (94%). Ambos os ensaios moleculares, apresentaram elevada SE e SP (RT-PCR 98% e 91%, NPCR 86% e 93%, respectivamente) em relação à cultura. Quando comparamos os resultados frente a cultura juntamente com os dados clínicos, a SE e a SP foram de 90% e 97% para a RT-PCR e de 80% e 99% para a NPCR, respectivamente. Houve um pequeno decréscimo da SE dos métodos moleculares, quando comparados com a cultura mais os dados clínicos em relação à cultura isoladamente, no entanto, a SP foi consideravelmente elevada para os três métodos avaliados. Avaliamos o custo dos insumos para os ensaios moleculares: o custo do NPCR foi de 17.77/teste enquanto que o custo do RT-PCR foi de 15.76/teste. Em relação ao tempo de execução dos testes o RT-PCR foi mais rápido (2 horas) do que o NPCR (4 horas). Este estudo confirma que técnicas de PCRs podem ser muito úteis para o diagnóstico rápido da TB respiratória, com altas taxas de SP. Ele também pode ser muito importante para a exclusão de diagnóstico, considerando o alto VPN encontrados no nosso estudo. Os resultados demonstraram que os ensaios moleculares visando IS6110 do M. tuberculosis podem ajudar a melhorar o diagnóstico da TB pulmonar, com muitos potenciais efeitos positivos para a gestão clínica e de controle da doença.

Tuberculosis (TB) remains as an important public health problem worldwide. Therefore, the rapid detection of M. tuberculosis is of primary importance to effectively reduce transmission among patients. The aims of this study were to evaluate two molecular tests to detect M. tuberculosis complex (MTBC) directly from clinical samples. The study included 124 respiratory samples which were evaluated by two in house molecular assays for MTBC detection: Nested PCR (NPCR) and Real Time PCR (RT-PCR). The respiratory samples were also evaluated by the direct test (AFB assay). The results were compared with the results of culture and also compared…

Advisors/Committee Members: Barth, Afonso Luis.

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A Síndrome de Hunter ou Mucopolissacaridose II representa um dos sete tipos de MPSs, doenças de depósito lisossômico inseridas no universo dos erros inatos do metabolismo. Mutações no gene iduronato-2-sulfatase (IDS) causam deficiência da atividade da enzima homônima e definem o acúmulo de GAGsheparan e dermatan sulfato nos lisossomos, levando à disfunção de células, tecidos e órgãos e manifestações clínicas de ampla variedade fenotípica. As medidas da expressão do gene IDS em leucócitos através da PCR em tempo real, avaliadas pelos valores relativos de cDNA, foram baixas em todos os cinco pacientes amazonenses, em testes repetidos,inclusive no indivíduo com clínica sugestiva e sem comprovação bioquímica.O sequenciamento parcial do DNA genômico por escolha do éxon 9, região sede da maioria das mutações em pacientes brasileiros,ao constatar a presença de mutação pontual em todos os pacientes estudados, permitiu questionar o status de padrão ouro das dosagens bioquímicas da enzima IDS para o diagnóstico. O emprego da PCR real time, via análise de fusão de alta resolução (HRM), mostrou-se útil para a identificação das mulheres portadoras do alelo mutante. Sequenciamento e HRM devem ser inseridos no fluxograma para a confirmação da doença com as vantagens da precisão do diagnóstico precoce e do aconselhamento genético em bases mais científicas. As dosagens plasmáticas de manganês (Mn++) e de vitaminas do complexo B (piridoxina e cobalamina) comprovaram a deficiência desses itens em pacientes e familiares, denunciando carência nutricional. Discute-se a hipótese de que a hipomanganesemia esteja diretamente relacionada à baixa atividade da enzima IDS. As hipovitaminoses B6 e B12, por sua vez, podem estar relacionadas à hiperhomocistinemia/hipometilação e alterações no padrão de metilação do gene IDS, modificando ainda mais a expressão do gene e definindo quadros fenotípicos múltiplos. Este estudo avança no entendimento dos processos epigenéticosafeitos à síndrome de Hunter e justifica o empreendimento de novas pesquisas, nas quais uma abordagem mais ampla possa validar medidas terapêuticas de baixo custo que se instituídas em idade mais tenra,pré-sintomática,podem revelar-se capazes de modificar a história natural da doença aogarantir maior eficiência da terapia enzimática e evolução clínica mais favorável.

Hunter syndrome, or mucopolysaccharidosis II is one of the seven types of MPSs, lysosomal storage diseases inserted in the inborn errors of metabolism universe. Mutations in iduronate-2-sulfatase gene (IDS) cause deficiency of the homonymous enzyme activity and define the accumulation of GAG heparan and dermatan sulfate in the lysosomes, leading to dysfunction of cells, tissues and organs and clinical manifestations of wide phenotypic variety. The measures of the IDS gene expression in leukocytes by PCR in real time relative values evaluated by cDNA, were low in all five patients amazonenses in repeated tests, including in subjects with symptoms suggestive and no biochemical…

Advisors/Committee Members: Silva, Carlos Gustavo Nunes da, 65820509153, http://lattes.cnpq.br/6225536299087624.

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O circovírus suíno tipo 2 (PCV2) é o principal agente da síndrome multissistêmica do definhamento do suíno (SMDS), uma doença mundialmente disseminada e que provoca perdas econômicas significativas para a suinocultura. Visando contribuir no diagnóstico da síndrome, o presente trabalho padronizou e comparou testes para a detecção do PCV2. Para isso, foram utilizadas as técnicas de amplificação por círculo rolante (ACR) e variações da PCR (convencional, tempo-real e competitiva). Utilizando a ACR foi possível obter a amplificação total de genomas do PCV2, os quais foram clonados, sequenciados e agrupados no genótipo PCV2b. Os genomas clonados foram isolados, recircularizados e transfectados em células PK-15. Este procedimento possibilitou a recuperação do vírus infeccioso em títulos de até 105,55 DICC50/mL. Portanto, a ACR foi uma ferramenta útil em estratégias de isolamento e sequenciamento do vírus. No entanto, a ACR foi menos sensível que a PCR para fins de detecção do PCV2. No segundo estudo, buscando métodos auxiliares no diagnóstico da SMDS, dois ensaios para a quantificação do PCV2 foram desenvolvidos. Estes ensaios foram baseados nas técnicas de PCR competitivo (cPCR) e de PCR em tempo real. Visando determinar qual seria o mais adequado para estimar a carga viral do PCV2, os dois métodos foram comparados. Ambos os ensaios foram capazes de detectar diferenças significativas entre o número de cópias de DNA de PCV2 encontradas em tecidos de animais saudáveis e acometidos pela SMDS (≥ 2,5 log10). No entanto, uma diferença média de 1,8 log10 na carga viral foi encontrada entre ensaios, onde as maiores cargas virais foram detectadas pela PCR em tempo real. Outro objetivo deste trabalho foi gerar vacinas baseadas na proteína do capsídeo (Cap) do PCV2. Assim, no terceiro estudo, três baculovírus recombinantes foram construídos de modo a expressar a proteína Cap. Em dois recombinantes, a seqüência de nucleotídeos do peptídeo sinal (PS) da glicoproteína I do herpesvírus bovino (BoHV-gI) foi inserida na extremidade 5’ do gene cap (ORF2). Além disso, um recombinante contendo a seqüência de nucleotídeos do PS foi construído sem o sinal de localização nuclear (NLS) de proteína Cap. Através do ensaio de imunoperoxidase em monocamada (IPMA), antígenos de PCV2 foram detectados em células Sf21 infectadas pelos três vírus recombinantes. Este resultado sugere que os recombinantes construídos são potenciais candidatos vacinais, uma vez que eles foram capazes de produzir antígenos de PCV2.

Porcine circovirus type 2 (PCV2) is the major agent of postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS), a worldwide spread disease that causes significant economic losses to the swine productive chain. Aiming to contribute in the diagnosis of the syndrome, this thesis compared and developed tests for PCV2 detection. For this, multiply-primed rolling-circle amplification (MPRCA) and PCR-based assays (conventional, real-time and competitive) were tested. The MPRCA allowed amplifying the full-length PCV2 genomes, which were cloned, sequenced…

Advisors/Committee Members: Roehe, Paulo Michel.

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Os rotavírus são um dos principais agentes causadores de doenças entéricas em várias espécies animais, com ocorrência generalizada na suinocultura do Brasil. O seu diagnóstico é um componente essencial para estudos epidemiológicos e delimitação de medidas profiláticas visando o controle da doença. Apesar da relevância, não existem testes, tais como PCR em tempo real desenvolvido para detectar a diversidade genética de rotavírus suíno do grupo A (RVA). Este trabalho descreve o desenvolvimento de uma PCR em tempo real com SYBR® Green, para a detecção de rotavírus suíno e os seus resultados comparados com a PCR convencional e ELISA. Foram desenhados primers visando o segmento codificador da proteína NSP5 (137pb) e também foram utilizados primers visando o mRNA do gene mitocondrial bovino NADH5 (191pb) para o controle interno exógeno. Amostras de fezes de suínos de até 60 dias de idade de suínos do estado de São Paulo foram usadas para compor um painel de teste. Foram utilizadas como amostras de referencia o isolado 32/00 (controle positivo de rotavírus suíno do grupo A), concentrado de células MDBK (controle positivo do controle interno exógeno) e água tratada com DEPC (controle negativo). A extração do RNA total foi realizado com Trizol a partir de suspensões fecais contendo MDBK e o cDNA foi sintetizado utilizando primers aleatórios e M-MLV. Para as reações de PCR em tempo real utilizou-se o reagente MaximaTM SYBR Green qPCR Master Mix (Fermentas Life Science). Durante a padronização da PCR convencional, a temperatura de 54°C foi definida como a Tm ótima para a reação. O desempenho do ensaio foi validado em sete amostras positivas inicialmente testadas pelos métodos ELISA e PAGE. O isolado viral RV8209 foi utilizado para determinar o limiar de detecção da PCR em tempo real através de diluições seriadas sendo defino como ponto de corte Ct=33,5 (10-12,28TCID50%). O segmento codificador da NSP5 foi clonado no vetor pTZ57R/T submetido a restrição enzimática e usado como alvo para gerar uma curva padrão, onde obteve-se uma eficiência de 93,39%, slope de -3,49 e R2 de 0,993. A detecção do controle interno exógeno mostrou 82,9% de positividade para PCR convencional e 76,31% para a PCR em tempo real, com correlação significativa (0,718). O ensaio de ELISA para RVA apresentou 10,5% (8/78) de positividade, enquanto que as taxas de detecção da PCR em tempo real e PCR convencional foram de 50% (29/58) e 30,1% (24/63), respectivamente. Foi encontrada uma correlação moderada (0,546) entre PCR convencional e PCR em tempo real; baixa (0,056) entre a PCR convencional e ELISA; ausente (0,0) entre a PCR em tempo real e ELISA. Os resultados obtidos sugerem que a detecção por PCR em tempo real para a detecção do rotavírus suíno do grupo A em amostras fecais possa ser utilizada como diagnostico rápido e eficiente aumentando o repertório dos testes já estabelecidos, de modo a proporcionar uma maior sensibilidade para o diagnóstico clínico e epidemiológico.

Rotavirus is one of the main causative agents of enteric diseases in several…

Advisors/Committee Members: Gregori, Fabio.

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O gênero Hantavírus está incluído na família Bunyaviridae que são vírus emergentes associados a roedores que podem infectar o homem causando graves doenças. Nas Américas, os Hantavírus causam uma síndrome pulmonar e cardiovascular (SPCVH) com alta letalidade. Cerca de 1600 casos de SPCVH já foram notificados no Brasil causando mais de 600 óbitos. Sete espécies de Hantavírus são conhecidas no Brasil incluindo o vírus Araraquara que circula nas regiões de cerrado do país associado ao roedor Necromys lasiurus. Para o desenvolvimento de uma RT-PCR em tempo real para detecção e quantificação de Hantavírus, mostramos as etapas para o desenvolvimento de uma one-step RT-PCR em tempo real SYBR Green I para Hantavírus Araraquara que se mostrou específica para o gênero e capaz de detectar até 10 cópias por mL de RNA viral na amostra. Além disso, realizamos um estudo filogenético utilizando algoritmos bayesianos, com 190 sequências completas do gene da nucleoproteína, oriundas de 30 países durante um período de 25 anos (1985-2010) que encontravam-se disponíveis no GenBank (NCBI). Baseando-se em uma taxa média de 6.8 x 10-4 (2.5 x 10-4 - 1 x 10-3) substituições nucleotídicas por sítio/ano, foi possível inferir que os Hantavírus teriam aproximadamente 1917 anos. O processo de dispersão dos Hantavírus pelo mundo teria ocorrido há aproximadamente 500 anos, e a introdução destes vírus nas Américas teria ocorrido há 549 anos (95% HPD 1555-341 anos), via América Central ou México, originando os Hantavírus adaptados aos roedores da subfamília Neotominae, e pelo Brasil surgindo há 406 anos (95% HPD 1150-250 anos) os Hantavírus associados a roedores da subfamília Sigmodontinae, e posteriormente dispersaram para todo o continente sul-americano. O trabalho contribui de forma relevante para o diagnóstico das infecções por Hantavírus com a one-step RT-PCR em tempo real SYBR Green I e também, contribui para o entendimento da filogenia e história destes vírus, oferecendo subsídios ao entendimento sobre como teria ocorrido o espalhamento dos Hantavírus pelo mundo.

The genus Hantavirus is included in the family Bunyaviridae are viruses emerging carried by rodents, which can infect humans causing serious illness. In the Americas, the Hantavirus causing a pulmonary syndrome (HPS) with high lethality. About 1,600 cases of HPS have been reported in Brazil, cause over 1600 deaths. Seven species of Hantavirus are known in Brazil, including Araraquara virus circulating in Cerrado regions (or Savannah regions) of the related in rodents Necromys lasiurus. The development of a real-time RT-PCR for detection and quantitation of Araraquara virus, here we show the steps for developing a one-step SYBR Green real-time RT-PCR for virus Araraquara which proved to be specific for the genus and capable of detecting up to 10 copies of viral RNA per ml in the sample. Furthemore, we performed a phylogenetic analysis using Bayesian algorithms, with 190 complete sequences of the nucleoprotein gene, originating from 30 countries over a 25 year period (1985-2010)…

Advisors/Committee Members: Figueiredo, Luiz Tadeu Moraes.

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A dengue é uma doença infecciosa de transmitida pela picada de mosquitos do gênero Aedes. O vírus da dengue (DENV), pertencente ao gênero Flavivirus, família Flaviviridae, é atualmente um importante problema de saúde pública em todo o mundo. São reconhecidos quatro sorotipos antigenicamente distintos (DENV-1, -2, -3 e -4). A doença causada por qualquer um dos sorotipos cursa de forma assintomática ou com quadro clínico que varia desde uma febre indiferenciada e autolimitada, passando pela febre clássica da dengue (FD) até quadros graves de febre hemorrágica da dengue (DHF). O diagnóstico clínico é difícil de ser realizado principalmente na fase aguda da doença em que os sintomas são muito similares aos de outras infecções febris agudas, ficando a cargo do laboratório o diagnóstico definitivo. Os métodos sorológicos para detecção de anticorpos IgM/IgG são os mais amplamente utilizados, mas inadequados para diagnóstico precoce uma vez que detectam anticorpos a partir do sexto dia do início dos sintomas. Os métodos moleculares estão sendo cada vez mais utilizados para o diagnóstico precoce por serem mais rápidos e sensíveis que a sorologia e o isolamento viral. Neste estudo comparamos a sensibilidade de uma RT-PCR em tempo real gênero específica com um ELISA para detecção da proteína NS1 comercialmente disponível analisando amostras de soro de pacientes com dengue. Também foram desenvolvidos dois protocolos de RT-PCR em tempo real para identificação do sorotipo viral, uma contendo primers para extremidade 5 do genoma viral e outra contendo primers para a região codificadora da proteína NS5. A RT-PCR em tempo real gênero específica mostrou-se mais sensível que o ELISA, principalmente nas amostras que apresentavam baixa carga viral. A RT-PCR em tempo real contendo os primers para a extremidade 5 apresentou uma sensibilidade baixa quando comparada com a RT-PCR genérica, porém foi mais sensível que aquela contendo os primers para a região codificadora da proteína NS5. Considerando os resultados obtidos, sugerimos uma estratégia de triagem dos casos suspeitos de dengue utilizando a RT-PCR genérica para posteriormente identificar o sorotipo viral com o protocolo que utiliza os primers da extremidade 5. Embora este último protocolo tenha sido pouco sensível, a identificação do sorotipo infectante em algumas amostras é suficiente para definir qual o sorotipo circulante durante uma epidemia.

Dengue is an infectious disease transmitted by the biting of mosquitoes of Aedes genus. Dengue virus (DENV), belonging to the Flavivirus genus, Flaviviridae family, is an important public health problem worldwide. Four antigenically distinct viruses are recognized (DENV-1, -2, -3, e -4). Infection with any of the virus serotypes causes a spectrum of the illness ranging from inapparent or mid viral syndrome to classic dengue fever (DF) and severe hemorrhagic disease (DHF). The clinical diagnosis is difficult especially in the acute phase of the disease when the symptoms are very similar to other febrile illness, corresponding to the…

Advisors/Committee Members: Quintana, Victor Hugo Aquino.

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O objetivo do estudo foi avaliar, o efeito do laser de Diodo 808nm como coadjuvante ao tratamento periodontal na redução de periodontopatógenos Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola e Tannerella forsythia pela técnica da Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real. Foram selecionados vinte e quatro pacientes portadores de periodontite crônica neste estudo de boca dividida, duplo cego e randomizado. Dois sítios uniradiculares de cada paciente foram utilizados e divididos em dois grupos experimentais: TESTE - raspagem alisamento polimento corono radicular (RAPCR) associado à duas aplicações de laser de Diodo de alta potência (comprimento de onda de 808nm, 1,5 Watts, 597,1 W/cm2, durante 20 segundos no modo contínuo). A primeira aplicação foi realizada 24 horas após RAPCR e a segunda após sete dias; CONTROLE foi realizado o mesmo procedimento porém sem a aplicação do laser. O biofilme subgengival foi coletado antes do tratamento e seis semanas após a segunda aplicação do laser. A avaliação microbiológica foi feita através da Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real para a quantificação de Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola e Tannerella forsythia. A comparação entre os grupos não demonstram diferenças estatisticamente significantes (p<0,05). Concluiu-se que, dentro dos limites deste estudo, a aplicação do laser de Diodo de 808nm como coadjuvante ao tratamento periodontal não reduziu de forma significativa os periodontopatógenos: Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola e Tannerella forsythia quando comparado à RAPCR.

The aim of this study was to evaluate, by real-time polymerase chain reaction, the effect of Diode laser 808nm as an adjuvant in the reduction of Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola and Tannerella forsythia in to periodontal treatment. Twenty-four patients with chronic periodontitis the study designs was split-mouth, double blind and ramdomized controlled trial. Two sites from uniradicular teeth of each patient were used and divided in two experimental groups: TEST scalling and root planing (SRP) associated with two high power Diode laser application (wavelength of 808nm, 1,5W at the display (597,1 W/cm2) for 20 seconds in the continuous-wave mode) the first laser application was 24 hours after SRP and the second seven days later; CONTROL a similar procedure without laser application. The subgingival biofilm was colleted before treatment and six weeks after the second laser application. The microbiologic evaluation was done by real-time polymerase chain reaction for the quantification of Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola and Tannerella forsythia. The comparison between the groups did not show significant differences (p<0,05). Within the limits of this study, it can be concluded that Diode laser 808nm application as an adjuvant in the periodontal treatment did not reduce the periodontal pathogens Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola e Tannerella forsythia when compared by scaling root planning.

Advisors/Committee Members: Micheli, Giorgio de.

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O recente crescimento da produção de organismos geneticamente modificados (OGM) no mundo tem demandado novas políticas de controle de plantio e comercialização de produtos alimentícios produzidos com ingredientes GM. Vários aspectos influenciam a análise de detecção e quantificação de OGM em alimentos, e em última instância, o monitoramento e atendimento à legislação e rotulagem. Este estudo se propôs a avaliar três destes aspectos, através da metodologia de análise de PCR em tempo real: a degradação de DNA e a presença adventícia de culturas GM e não-GM, ambas decorrentes da produção e processamento dos grãos em matérias-primas e produtos para consumo, bem como os planos de amostragem existentes para coleta de material alimentício destinado às análises de OGMs. Resultados demonstraram que os processos de fabricação degradam o material genético em diferentes graus em algumas matrizes de alimentos, viabilizando ou não, a análise por PCR em tempo real. Na cadeia de manufatura de subprodutos de soja, milho, arroz e trigo, 45% das amostras apresentaram detecção para uma cultura diferente da principal, sendo 44% deste total, GM. A adoção de metodologias de análise que se restringem à detecção de poucos genes-alvo, ou aplicadas somente a amostras compostas de soja ou milho, já não são mais suficientes para o rastreamento e quantificação dos alimentos contendo matérias-primas geneticamente modificadas. O plano de amostragem proposto foi representativo e delineado sob medida para avaliação de bebida à base de soja produzida em escala industrial, porém mais matrizes necessitam ser testadas para uma avaliação global das estratégias de amostragem.

The recent increase in genetically modified organisms (GMO) production is requiring new control policies for cultivation and commercialization of food products containing GM ingredients. There are many factors that can influence detection and quantification of GMO ingredients in food products, and these can ultimately influence the monitoring, labeling and legislation observance. In this work, we intended to evaluate three of these factors, using real-time PCR analysis method: DNA degradation; adventitious presence of GM and non-GM cultures, both caused by grain production and raw materials and finished products processing; and the available sampling plans for the collection of food material for GM analysis. Results in some food matrices showed that the manufacturing processes can degrade the genetic material in different degrees, allowing or not, the real-time PCR analysis. Regarding the soya beans, maize, rice and wheat manufacturing chains, 45% of the samples presented positive detection for a secondary crop, of which 44% were GM. The adoption of analysis methodologies restricted to a few target-genes, or applied solely to samples composed by soya or maize is simply not enough for tracking and quantification of food containing GM raw material. The sampling plan was representative and fit-for-purpose for one tested soya-based beverage and produced in industrial scale, however,…

Advisors/Committee Members: Finardi Filho, Flavio.

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Porphyromonas gingivalis é um dos principais mircrorganismos associados à periodontite. O objetivo do presente estudo foi testar a hipótese de que a colonização por diferentes genótipos fimA de P.gingivalis resultaria em diferenças na resposta ao tratamento periodontal. Foram analisados 20 pacientes com periodontite crônica, fumantes, portadores de P.gingivalis, divididos em 2 grupos: 1 grupo recebeu tratamento periodontal mecânico (RAR) e o outro recebeu, além da RAR, antibioticoterapia (amoxicilina e metronidazol). O efeito do tratamento foi avaliado com relação a parâmetros clínicos, prevalência e níveis subgengivais de P. gingivalis e dos genótipos fimA II e fimA IV em estudo quantitativo por PCR em tempo real, antes e 180 dias após o tratamento. Os dados sugerem que RAR associado a antibiotioticoterapia sistêmica é mais eficiente na redução dos níveis de P.gingivalis do que apenas RAR. Não foram detectadas diferenças na resposta ao tratamento periodontal quanto à presença dos genótipos fimA II ou fimA IV em relação aos demais genótipos de P.gingivalis.

Porphyromonas gingivalis is one of the main mircrorganisms associate to periodontitis. The present study proposed to test the hypothesis that the colonization by different P.gingivalis genotypes fimA would lead to different results on periodontal treatment. Twenty chronic periodontitis patients, smokers, bearers of P. gingivalis was analyzed and divided in 2 groups: one group received mechanic periodontal treatment (SRP) and the other group received, besides SRP, antibiotic therapy (amoxicillin and metronidazole). The effect of treatment was appraised under clinical parameters, prevalence and subgingival levels of P. gingivalis and genotypes fimA II and fimA IV in quantitative study by Real time PCR, before and after 180 days of the treatment. Data suggest that SRP associated with systemic antibiotic administration is more efficient in reducing P. gingivalis levels than SRP only. No difference on periodontal treatment results was detected about the presence of fimA II or fimA IV genotypes related to other P.gingivalis genotypes.

Advisors/Committee Members: Mayer, Marcia Pinto Alves.

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Endometriose é uma doença de etiopatogenia complexa e multifatorial, caracterizada pela presença de tecido endometrial fora da cavidade uterina principalmente no peritônio pélvico e ovários, envolvendo predisposição genética, fatores ambientais, anatômicos, endócrinos e alterações imunológicas. Afeta 10 a 15 % das mulheres em idade reprodutiva e 35 a 50% das mulheres com infertilidade, dor pélvica ou ambos. Apesar de ser uma das doenças mais estudadas em ginecologia, sua etiologia ainda não está clara e várias são as teorias para explicá-la. O estudo de genes que regulam de alguma forma os processos envolvidos com a endometriose como o ID2 (proliferação celular), PRELP (matriz extracelular) e SMOC2 (angiogênese) pode ajudar a esclarecer o desenvolvimento da mesma. O objetivo desse trabalho foi analisar a expressão gênica destes genes em amostras teciduais pareadas de 20 mulheres, sendo 10 de endométrio eutópico e lesões endometrióticas peritoneais e 10 de endométrio eutópico e endometrioma ovariano com idade entre 18 e 40 anos e em 10 amostras de endométrio de mulheres sem endometriose (controle), padronizadas de acordo com a fase do ciclo menstrual em fase proliferativa. O estudo foi realizado através de técnicas de Biologia Molecular como a Transcrição Reversa (RT-PCR) e análise quantitativa da expressão gênica (PCR em tempo real). A análise estatística mostrou que não houve diferença na expressão gênica entre o endométrio de mulheres sem endometriose e o endométrio eutópico de mulheres com endometriose. O gene ID2 foi mais expresso na fase avançada da endometriose quando comparada a inicial e no endometrioma ovariano quando comparado ao endométrio eutópico de mulheres com endometriose e o PRELP na lesão peritoneal quando comparado ao endométrio eutópico de mulheres com endometriose. Nas análises realizadas com todas as lesões endometrióticas juntas, o SMOC2 foi mais expresso na lesão (peritônio e ovário) quando comparado ao endométrio eutópico de mulheres com endometriose. Os resultados citados demonstram que a expressão dos genes estudados pode sofrer influência do meio peritoneal, podendo ser alterada dependendo do local da implantação (ovário ou peritôneo).

Endometriosis is a complex disease and its etiology is multifactorial, characterized by the presence of endometrial tissue outside the uterine cavity especially in the pelvic peritoneum and ovaries, involving genetic predisposition, environmental factors, anatomical, endocrine and immunological changes. It affects 10 to 15% of women of reproductive age and 35 to 50% of women with infertility, pelvic pain or both. Despite being one of the most studied diseases in gynecology, its etiology remains unclear and there are several current theories to explain it. The study of genes that regulate the processes involved somehow with endometriosis as ID2 (cell proliferation), PRELP (extracellular matrix) and SMOC2 (angiogenesis) may help clarify its development. The aim of this study was to analyze the gene expression of these genes in tissue samples from 20 women…

Advisors/Committee Members: Nogueira, Antonio Alberto.

▼ O uso de culturas GM (geneticamente modificadas) tem sido questionado quanto ao destino dos produtos derivados da transgenia no ambiente. Com a liberação de exsudatos das raízes das plantas e a decomposição dos resíduos culturais, aumenta-se a quantidade de DNA transgênico no ambiente, que pode ser adsorvido à superfície ativa das partículas do solo e/ou degradado pela ação de enzimas microbianas. A comunidade microbiana do solo pode entrar em contato direto com estes produtos, aumentando a probabilidade de transferência horizontal de fragmentos de DNA transgênico para os microrganismos. Também, alterações na composição dos exsudatos das plantas GM e mudanças em função das práticas de manejo, podem resultar em alterações na composição funcional e estrutural da comunidade microbiana. Assim, faz-se necessário avaliar a persistência dos produtos derivados da transgenia no solo e seus possíveis efeitos sobre a comunidade microbiana. Os objetivos deste estudo foram: avaliar a persistência dos fragmentos 35S-hsp70, hsp70-cry1Ab e cry1Ab-planta da construção gênica do milho Bt (evento MON810) em diferentes tipos de solo e temperaturas, em condições de microcosmo e de campo; e determinar a abundância do número de cópias dos gene 16S rRNA de Bacteria, Firmicutes, Verrucomicrobria e Archaea, e 18S rRNA de Fungo nas mesmas condições, e avaliar a estrutura da comunidade bacteriana em áreas agrícolas de cultivo de milho Bt. No primeiro estudo, o DNA do milho Bt MON810 foi adicionado em solos arenoso e argiloso. Como controle negativo, apenas água estéril foi misturada ao solo. Amostras de solo foram incubadas a 15 e 25ºC. Em campo, os solos foram amostrados em três áreas agrícolas em Fátima do Sul, MS, em dois anos consecutivos. Após extração de DNA, os fragmentos foram quantificados por qPCR. No segundo estudo, foram determinadas a abundância dos genes 16S rRNA de Bacteria, Firmicutes, Verrucomicrobria e Archaea e 18S rRNA de Fungo e avaliada a estrutura da comunidade bacteriana por T-RLFP. Os resultados mostraram que em condições de microcosmo, os fragmentos hsp70-cry1Ab e cry1Ab-planta persistiram até 291 dias, e o fragmento 35S-hsp70 até 180 dias. A temperatura e o tipo de solo não afetaram a persistência dos fragmentos. Em campo, o número de cópias desses fragmentos foi maior na segunda coleta. No segundo estudo, o número de cópias do gene 16S rRNA de Bacteria aumentou com adição de DNA do milho Bt nos microcosmos, e uma redução do número de cópias foi verificada para Archaea, Verrucomicrobia e Fungo. Para Firmicutes, os resultados não foram consistentes. As temperaturas não resultaram em efeito na abundância dos genes, enquanto o tipo de solo teve efeito apenas para Archaea e Verrucomicrobia. Áreas agrícolas com cinco anos de cultivo de milho Bt apresentaram variações na estrutura da comunidade bacteriana em nível de filo, e maior abundância de Fungos no segundo ano de amostragem, enquanto em área com um ano de cultivo, observouse uma redução da população de Firmicutes e Verrucomicrobia. Os maiores efeitos na comunidade… Advisors/Committee Members: Caldas, Danielle Gregorio Gomes, Mui, Tsai Siu.

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A endometriose é uma doença ginecológica benigna, de etiologia complexa e multifatorial, caracterizada pela presença de estroma e tecido glandular tipo endométrio fora da cavidade uterina. Afeta de 10 a 15% da população feminina, que apresentam sintomatologia variada, incluindo dor pélvica e infertilidade. Para elucidar mecanismos potenciais que estejam envolvidos com a fisiopatologia complexa desta doença, analisamos o perfil de expressão gênico diferencial pela metodologia de hibridação subtrativa em tecido eutópico e ectópico (lesões peritoniais e endometrioma ovariano) de 17 mulheres com endometriose, no início da fase proliferativa do ciclo menstrual. Foram identificados 291 genes desregulados nas lesões endometrióticas, considerados como genes candidatos. Para a validação dos dados, utilizamos a metodologia de PCR em tempo real para os genes CTGF e SPARC, indicados como superexpressos; e MYC, MMP3, IGFBP1 e PAEP como menos expressos nas lesões. Diferenças significativas de expressão nas lesões peritoniais foram obtidas para os genes SPARC, MYC, IGFBP1, PAEP e nos endometriomas ovarianos para os genes MMP3 e PAEP. Sugerimos que a desregulação dos genes SPARC, MYC, MMP3, IGFBPI e PAEP seja responsável pela perda da homeostase celular nas lesões endometrióticas, contribuindo para a implantação e sobrevivência do tecido ectópico no ambiente extra-uterino. Este trabalho disponibilizou ao banco de dados da literatura, 291 genes com expressão gênica diferencial em lesões endometriótricas peritoniais e ovarianas como candidatos a investigações futuras.

Endometriosis is a benign gynecological disease, which presents a multifactorial and complex etiology, characterized by the presence of stromal and glandular endometrium tissue outside the uterine cavity. Ten to 15% of the female population is affected by the disease with a wideranging symptomatology including pelvic pain and infertility. To clarify the potential mechanisms involved in the complex physiopathology of this disease, we analyzed the differential gene expression profile by subtractive hybridization in eutopic and ectopic tissue (peritoneal lesions and ovarian endometriomas) from 17 women with endometriosis, in the early proliferative phase of the menstrual cycle. We identified 291 genes deregulated in the endometriotic lesions, considered as candidate genes. For data validation, Real Time PCR was applied for genes CTGF and SPARC, indicated as overexpressed; and for genes MYC, MMP3, IGFBP1 and PAEP, indicated as downregulated in the lesions. Significant differences in the peritoneal lesions expression were obtained for genes SPARC, MYC, IGFBP1, PAEP and in the ovarian endometriomas for genes MMP3 and PAEP. We suggest that the deregulation of genes SPARC, MYC, MMP3, IGFBPI and PAEP is responsible for loss of cellular homeostasis in the endometriotic lesions, contributing for the implantation and maintenance of the ectopic tissue in the extra-uterine environment. This study provided 291 genes with differential gene expression, in peritoneal and ovarian…

Advisors/Committee Members: Martelli, Lucia Regina.

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A sequência de eventos bacterianos que ocorre durante a colonização do trato gastrointestinal pode afetar o futuro da saúde do hospedeiro, particularmente no que diz respeito à regulação do sistema imunológico. Um entendimento claro do processo de colonização do intestino humano neonatal nos países em desenvolvimento está faltando, porque os poucos estudos disponíveis foram, em sua maioria, realizados utilizando técnicas de cultura. O objetivo deste estudo foi detectar e quantificar as bactérias dos gêneros Bifidobacterium, Lactobacillus, Eubacterium e Lactococcus, importantes componentes anaeróbios da microbiota intestinal usando PCR em tempo real. O grupo de estudo foi composto por 10 crianças, acompanhadas durante o primeiro ano de vida, vivendo em baixas condições sócio-econômicas em São Paulo, Brasil. Amostras de fezes foram avaliadas em períodos de 24 horas, 7 dias, 30 dias, 3 meses, 6 meses e 1 ano. Durante o primeiro ano de vida, há um aumento da quantidade de Bifidobacterium spp., quando comparada com as outras bactérias anaeróbias estudadas, com médias variando de 8,27x1010 a 2,51x1012 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactobacillus spp. também foi encontrado em todos os pontos de tempo estudado, com médias variando de 4,03x108 a 1,46x1010 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactococcus spp. foi o gênero bacteriano encontrado em quantidades menores. As contagens máximas desses gêneros foram encontradas entre o terceiro e sexto mês de vida. Embora o gênero Eubacterium seja descrito como um dos principais membros da microbiota intestinal, este foi encontrado em amostras de apenas duas crianças. A inclusão de dieta sólida e a mudança do tipo de amamentação influenciam a composição da microbiota. No entanto, não se pode estabelecer um padrão para a presença destes micro-organismos ao longo dos meses, mostrando que a microbiota é única e está sujeita a interferências ambientais.

The sequence of bacterial events that occurs during the colonization of the gastrointestinal tract may affect the future health of the host, particularly with respect to the regulation of the naive immune system. A clear understanding of the colonization process of the human neonatal gut in developing countries is lacking because the few available studies were mostly performed using culture techniques. The aim of this study was to detect and quantify the bacterial genera Bifidobacterium, Eubacterium, Lactobacillus and Lactococcus, important anaerobic components of the intestinal microbiota using real-time PCR. The study group comprised 10 children followed during the first year of life, living in low socio-economic conditions in São Paulo, Brazil. Fecal samples were evaluated at times of 24 hours, 7 days, 30 days, 3 months, 6 months and 1 year. During the first year of life, there is an increased amount of Bifidobacterium spp. compared to others studied anaerobic bacteria, with averages ranging from 8,27x1010 to 2,51x1012 DNA copy number/g of feces. Lacotbacillus was also found in all studied time point, with averages ranging from…

Advisors/Committee Members: Martinez, Marina Baquerizo.

▼ A baixa eficiência e a dificuldade de reprodução de resultados da técnica de transferência gênica mediada por espermatozoides (TGME) têm como possível explicação à ativação de endonucleases espermáticas. Assim, a inibição desta enzima poderia evitar a fragmentação de DNA (exógeno e genômico), possibilitando assim, o uso de maiores concentrações de DNA exógeno, aumentando a eficiência e garantindo a reprodutibilidade da técnica. O ácido aurintricarboxílico (ATA) é um inibidor geral de endonucleases (HALLICK et al., 1977), inclusive das endonucleases espermáticas (MAIONE et al., 1997; MAGNANO et al., 1998). Deste modo, o presente estudo objetivou avaliar a inibição das endonucleases espermáticas, pelo ácido aurintricarboxílico (ATA). Para isso, três experimentos foram realizados: 1) avaliar a inibição das endonucleases espermáticas pela adição do ácido aurintricarboxílico, após incubação com DNA exógeno; 2) verificar a eficiência do ATA na inibição de fragmentação de DNA genômico e 3) detectar o aumento nos índices de internalização após o uso de ATA. Para o primeiro experimento, um ensaio de digestão plasmidial com os plasmídeos PCX-EGFP e pmGENIE3 e três concentrações de ATA (10µM, 25µM e 50µM) foram testados. As digestões dos vetores plasmidiais ocorreram pela incubação dos plasmídeos PCX-EGFP e pmGENIE3, com e sem a presença de ATA, com extratos espermáticos. As incubações ocorreram durante 1 hora à 37ºC e os produtos foram analisados por eletroforese (2 horas, 100mV) em gel de agarose 0,7%. Os resultados foram avaliados em escala de cruzes, no qual 1 foi considerado digestão total dos plasmídeos e 3, a não digestão. Os resultados foram analisados em nível de significância de 5%. Os resultados demonstraram diferenças nas digestões dos dois vetores plasmidiais, sendo o pmGENIE3 mais susceptível à degradação pelo extrato espermático, demonstrando ausência de bandas em algumas replicatas (mediana=1). O PCX-EGFP apresentou inibição parcial da degradação já com 10µM de ATA. Já o pmGENIE só apresentou inibição da degradação com 25 ou 50µM de ATA. Assim a concentração utilizada nos experimentos consecutivos foi a de 50µM. Para o experimento 2, espermatozoides de camundongos da linhagem Bl-6/DBA (F1) foram incubados com duas concentrações (500 ou 1000ng) do plasmídeo PCX-EGFP, com ou sem pré-incubação com ATA. As incubações ocorreram durante 5 horas, em ar com 5% de CO2 à 37ºC. Assim, os espermatozoides foram submetidos ao teste de susceptibilidade à denaturação ácida e ao ensaio de cometa alcalino para verificar possível fragilidade da cromatina. Os dados demonstraram que o uso do ATA em espermatozoides murinos leva à fragilidade do genoma, independente de serem incubados com DNA exógeno e a concentração do mesmo. Além disso, foi possível verificar que pode existir um limiar de concentração ótima para que as endonucleases causem fragmentação do DNA cromossomal, o qual foi de 500ng. O uso de concentrações maiores, como 1000ng, pode ter agido como fator protetor ao DNA genômico, podendo… Advisors/Committee Members: Assumpção, Mayra Elena Ortiz D\'Ávila.

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A ulceração aftosa recorrente (UAR) é uma das lesões mais freqüentes da cavidade bucal, comprometendo a qualidade de vida de seus portadores muitas vezes de maneira importante. Embora sua etiopatogenia ainda não esteja esclarecida, vários fatores têm sido consistentemente relacionados ao surgimento da UAR, especialmente alterações imunológicas e genéticas, conduzindo grande parte da investigação científica para esses campos do conhecimento. Os receptores Toll-Like (TLR) reconhecem produtos moleculares derivados, principalmente, de microrganismos, desencadeando a resposta inflamatória protetora. Entretanto, anormalidades em sua função podem estar relacionadas ao desenvolvimento de doenças, pela ativação aberrante do sistema imunológico. A proposta desta investigação foi a de se avaliar a expressão dos receptores TLR-2, TLR-4 e TLR-7 através do RT-PCR em tempo real, a partir de amostras de sangue periférico e da mucosa bucal de população portadora de UAR e indivíduos controles sadios. Cinco pacientes UAR e quatro controles voluntários compuseram a casuística estudada, sendo submetidos à biópsia de lesões de UAR ou de mucosa de revestimento sadia. Na mesma sessão os pacientes tiveram sangue coletado por venopunção. Posteriormente, ambos os materiais foram submetidos aos procedimentos laboratoriais de extração do RNA e análise de expressão dos receptores TLR por meio da técnica de RT-PCR real time. Não houve diferença significativa na expressão destes receptores entre portadores de UAR e controles sadios, nos dois tipos de amostra. Estudos mais aprofundados são necessários a fim de se verificar a real participação destes receptores na UAR, visto que não há outros estudos nesta área e a amostra analisada foi pequena.

Recurrent aphthous stomatitis (RAS) is one of the most common oral mucosal diseases which may cause serious impairment on patients quality of life. Despite its still unknown pathogenesis, several factors have been consistently associated with RAS, especially genetic and immunological changes, which has driven a lot of research effort towards these issues. Toll-Like receptors (TLR) recognize molecular products, mainly derived from microorganisms, triggering the inflammatory response. However, abnormalities in their function may give rise to the development of diseases, through abnormal activation of the immune system. The purpose of this investigation was to evaluate the expression of receptors TLR-2, TLR-4 and TLR-7 in peripheral blood and tissue samples of RAS and healthy controls, through real time RT-PCR technique. Five UAR patients and four healthy volunteers with no RAS history composed the casuistic and were submitted to biopsy of their UAR lesions or normal oral mucosa. On that same session patients had a blood sample taken through venopuncture. Both samples (tissue and blood) were, afterwards, submitted to lab procedures of RNA extraction and toll-like receptors expression through real time RT-PCR. There were no significant differences in the expression of these receptors between RAS and healthy…

Advisors/Committee Members: Sugaya, Norberto Nobuo.

▼ Among the productive traits, the number of the piglets is essential for success in swine production. The ovulation rate is one of the key factors that determine the litter size in pigs and the study of gene expression in the ovary follicles, more precisely in the follicular cells, might cause a big advance in the comprehension of this characteristic. Thus, the objective in this work was to identify the differential expression of the STAR (Steroidogenic Acute Regulator-STAR), GATA (GATA binding protein 4), PGF2α (Prostaglandin F2α), P4R (Progesterone Receptor), FSHR (Follicle Stimulating Hormone Receptor) and CYP19 (Cytochrome Aromatase P450) genes in follicular cells, colleted during the follicular phase in the estrous cycle of three sows with high and three sows with low litter size which comes from a tricross of the Landrace, Large White and Pietrain breeds, throughout the semi quantitative real time PCR (qPCR). In the hyperprolific sows, analyzed in this study, the average of the number of the piglets were 8,51 and for the hypoprolific sows the average was 12,03. For examination if any one related genes above were affecting the ovulation rate in the prolificity rate in the animals studied, the total RNA of the follicular liquid was extracted and than was made two pools with the total RNA of the hypo and hyperprolific sows groups. The total RNA of each pool was used for the first strand cDNA synthesis. The PCR reactions were accomplished using as an endogenous control the β-Actina gene. The primers were generated by sequences in the Pig ESTs data base. The major expression difference was observed for P4R gene, who express 7,73 turns mostly in the animals with low prolificity. The PGF2α gene displayed differential expression of 2,84 times as a large in the hypoprolific animals. The STAR gene expression, that codes for the protein regulating hormone steroids synthesis, was 2.32 turns mostly in the animals with low prolificity sows. The GATA gene expression was 2.31 times as a large in the hypoprolific sows. This gene codes for the GATA binding protein 4 belonging a transcription group factors that are responsible for too many gene expression and diverse cell differentiation types. The CYP19 gene expression taken the enzyme production that is the key factor in the estrogens biosynthesis, the Cytochrome Aromatase P450 (P450aro), for this gene was observed the relative expression of the 2.30 turns mostly in the sows with low prolificity. The FSHR gene expression hasnt achieved the threshold difference established in this study (1.5 times).The STAR, GATA, PGF2α, FSHR, P4R and CYP19 gene expression in the follicular cells has enabled identify difference of expression between sows with low and high prolificity, where the largest difference of expression in relation to the studied genes was verify in the hypoprolific sows, except for the FSHR gene that wasnt considerate differentially express in this work. With views the best agreement about the reproductive phenotypes in swine, its necessary yet,… Advisors/Committee Members: José Domingos Guimarães, Marta Fonseca Martins Guimarães, Simone Eliza Facioni Guimarães, Lilian Tamy Iguma, Paulo Sávio Lopes.

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O Porcine circovirus 2 (PCV2) é um vírus não envelopado com genoma de DNA circular fita simples de aproximadamente 1,76 Kb. O PCV2 é o principal agente etiológico das doenças associadas ao PCV2 (PCVAD), sendo o responsável por grandes perdas econômicas na indústria de suínos. Os objetivos deste trabalho consistiram da utilização de metodologias moleculares para a determinação dos órgãos mais adequados para a quantificação da carga viral do PCV2 e a comparação dos genótipos e carga viral em órgãos com diferentes estágios de lesões teciduais. O DNA foi extraído com o kit Wizard SV Genomic Purification System (Promega). As reações de nested PCR foram realizadas utilizando dois pares de oligonucleotídeos e analisadas em gel de agarose. A PCR em tempo real foi realizada utilizando o método TaqMan. As amostras de tecidos foram fixadas em formol 10%, incluídas em blocos de parafina e processadas para a investigação histopatológica. A comparação da sensibilidade do método da PCR em tempo real com a nested PCR mostrou 91% de amostras positivas pelo método da PCR em tempo real, enquanto a nested PCR foi capaz de detectar apenas 66,5% de amostras positivas. Estes resultados mostram que a PCR em tempo real é mais eficaz para detectar o PCV2 em amostras de tecidos do que a nested PCR. Para as amostras de suínos analisadas, os linfonodos foram os que apresentaram a carga viral média significativamente superior aos demais tipos de órgãos (P<0,01) sendo, portanto, o órgão recomendado para ser utilizado em estudos de diagnóstico e patogenia do PCV2. As comparações entre a carga viral e os quatro graus de lesões não mostraram nenhum resultado significativo, assim acredita-se que os diferentes graus de lesões linfóides podem estar associados a outros co-fatores infecciosos ou não infecciosos.

Porcine circovirus 2 (PCV2) is a non-enveloped virus containing a single stranded circular DNA of approximately 1.76 Kb. PCV2 is the primary etiologic agent of porcine circovirus-associated disease (PCVAD) responsible for large economic losses in the swine industry. The objectives of this work were to use molecular methods to determine the most suitable organs for quantification of PCV2 viral load and compare the genotype and viral load in organs with different levels of tissue injury. A plasmid containing the complete viral genome was quantified by spectrophotometry and used to create a standard curve for PCV2 quantification. DNA was extracted using the Wizard SV Genomic Purification System (Promega). Reactions of nested PCR were performed using two pairs of primers and analyzed in agarose gel. Real-time PCR was carried out using TaqMan. Tissue samples were fixed in 10% formalin, embedded in paraffin blocks and processed for histopathological investigation. Comparison of sensitivity of real time PCR with nested PCR showed 91% of positive samples by real time PCR, whereas nested PCR detected only 66.5% of positive samples. Results showed that real time PCR is more effective to detect PCV2 in tissue samples than nested PCR. In the tested swine…

Advisors/Committee Members: Márcia Rogéria de Almeida Lamêgo, Francisco Murilo Zerbini Júnior, Marlene Isabel Vargas Viloria, Sérgio Hermínio Brommonschenkel, Carlos Henrique Osório Silva, Juliana Lopes Rangel Fietto, Luciano Gomes Fietto.

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Durante o ciclo estral, uma rede de eventos hormonais e de fatores de crescimento celular atua de maneira autócrina e parácrina para regular o desenvolvimento folicular. Esses eventos são caracterizados por grande dinamismo na expressão gênica e no acúmulo de transcritos gerados. No presente estudo, avaliou-se a expressão dos genes IGF-I, EGF, IGFBP (1, 2, 3 e 5) e dos genes da cascata de apoptose celular (caspase 3 e p53) em células foliculares e no tecido ovariano de fêmeas suínas nos dias 0, 6, 12 e 18 do ciclo estral por meio da técnica de PCR quantitativo em tempo real (qPCR). O RNA total das células foliculares e do tecido ovariano foi extraído para cada animal e utilizado como molde para a síntese da primeira fita de cDNA. O gene GAPDH foi utilizado como controle endógeno. Os resultados da expressão gênica foram analisados por regressão linear, considerando os dados de expressão gênica variável dependente e os dias do ciclo estral variáveis independentes (0, 6, 12 e 18 dias). Todos os genes analisados apresentaram expressão, sendo que o gene IGFBP2 apresentou perfil de expressão linear aumentando durante o ciclo estral (P<0,02), e o gene IGFBP3 apresentou perfil de expressão quadrático (P<0,01). Para os demais genes estudados, não foi verificado efeito da expressão gênica em função dos dias do ciclo estral. A técnica de qPCR mostrou-se eficiente na detecção de transcritos de baixa abundância e no maior entendimento da dinâmica folicular ovariana. Estudos devem ser ampliados para outros genes relacionados e de outras vias metabólicas para melhor entendimento dos estádios fisiológicos envolvidos na foliculogênese em suínos.

During a regular estrous cycle, a network of hormonal events, which consist of hormones and growth factors, interact to regulate ovarian follicular growth through autocrine and paracrine mechanisms. These events are marked by a high dynamism of gene expression and level of transcripts in the ovary tissue. Therefore, the objective of the present study was to characterize the expression of genes IGF-I, IGFBP (1, 2, 3 e 5), EGF and genes related to follicular atresia (caspase 3 and p53) in follicle cells and ovary tissue in sows during 0, 6, 12 e 18 days of estrous cycle through real-time quantitative PCR (qPCR) technique. The total RNA was extracted from follicle cells and ovary tissue for each animal, and used to synthesize the first strand cDNA. The GAPDH gene was used as endogenous control. The results of gene expression were analyzed using linear regression with gene expression as dependent variable and days of estrous cycle as independent variables. The expression of each gene was detected on follicle cells and ovary tissue, IGFBP2 gene increased sequentially during the estrous cycle (P<0,02) and IGFBP3 gene shows a quadratic expression pattern (P<0,02). For others genes the level of expression did not change during estrous cycle. The qPCR showed to be efficient for detection of low levels of transcripts and leads to a better understanding of follicle development dynamics. Studies…

Advisors/Committee Members: Marta Fonseca Martins Guimarães, José Domingos Guimarães, Paulo Sávio Lopes, Marco Antonio Machado, Simone Eliza Facioni Guimarães.

▼ Este trabalho foi realizado com o objetivo de promover informação sobre o padrão de expressão de genes candidatos, por meio da reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR), e correlacioná-los com o conteúdo de gordura intramuscular (GIM) em suínos de ambos os sexos e dos grupos genéticos Piau, Comercial e Cruzado, abatidos aos 30, 60, 90 e 120 kg. Amostras do músculo longissimus dorsi foram retiradas para medição dos níveis de GIM e extração de RNA. Os genes estudados foram ATN1, EEF1A2, FABP3, LDLR, MGP, OBSCN, PDHB, RYR1 e TRDN. Níveis superiores de GIM (P<0.05) foram observados para suínos da raça Piau e Cruzados aos 120 kg de peso ao abate, indicando que alelos provenientes de animais Piau têm papel importante na deposição de gordura. Independentemente do grupo genético, expressões dos genes ATN1, FABP3 e PDHB foram influenciadas (P<0.05) pelo peso ao abate. PDHB sofreu efeito do grupo genético (P<0.05), onde animais Piau e Cruzados mostraram maiores valores que Comerciais (P<0.05). No gene EEF1A2, o grupo genético foi significativo (P<0.05) e sua expressão foi maior em suínos Cruzados (P<0.05). Os Níveis de expressão dos genes LDLR, MGP, OBSCN, RYR1 e TRDN foram afetados pela interação de grupo genético e peso ao abate (P<0.05). Entre grupos genéticos, foi possível determinar equações de predição (P<0.05) dos níveis de expressão dos genes LDLR, OBSCN, RYR1 e TRDN para animais da raça Piau. Além disso, Piau foi o único grupo genético que mostrou um padrão de expressão para o gene LDLR. O Peso ao abate afetou a expressão do gene MGP (P<0.05) em suínos Comerciais e Cruzados. Também foi possível estabelecer um padrão de expressão para os genes OBSCN, RYR1 e TRDN em animais Cruzados. Além disso, esses três genes foram influenciados pelo grupo genético dentro de peso ao abate (P<0.05). Animais Comerciais apresentaram maiores valores de expressão de OBSCN (P<0.05) aos 30 e 90 kg de peso ao abate, mas os níveis de expressão em suínos Piau não foram diferente (P>0.05) daqueles aos 90 kg. Para o gene RYR1, foi observado maiores níveis de expressão (P<0.05) em suínos aos 30, 90 e 120 kg, mas não houve significância (P>0.05) entre as médias de expressão entre suínos Piau e Comercial aos 30 kg. Animais Piau apresentarem maiores níveis de expressão de TRDN que suínos Comerciais (P<0.05) aos 60 kg de peso ao abate. Usando valores preditos, os níveis de expressão de todos os genes foram correlacionados com GIM, a partir de dados de todos os animais e apenas de suínos Piau. Usando todos os dados, os níveis de expressão dos genes FABP3, LDLR, TRDN, OBSCN, RYR1 e PDHB foram positivamente correlacionados (P<0.05) com GIM, enquanto que o gene EEF1A2 teve correlação negativa (P<0.05). Com os dados dos animais Piau, o gene MGP teve correlação negativa (P<0.05) com GIM e os genes LDLR, FABP3, TRDN, RYR1 e OBSCN positiva (P<0.05). Uma equação de predição de conteúdo de GIM, para todos os grupos genéticos, sexos e pesos ao abate, foi modelada usando valores ajustados de todos os genes. O coeficiente de determinação (R2) associado… Advisors/Committee Members: Paulo Sávio Lopes, José Braccini Neto, Jane de Oliveira Peixoto, Pedro Veiga Rodrigues Paulino, Simone Eliza Facioni Guimarães.

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O Cryptosporidium é um parasito coccídeo reconhecido por causar diarréia em humanos e animais em todo o mundo. O gênero compreende pelo menos 20 espécies confirmadas, sendo o C. hominis e C. parvum as principais espécies causadoras de criptosporidiose em humanos. Ferramentas moleculares têm sido desenvolvidas para detectar e diferenciar espécies/genótipos e subgenótipos de Cryptosporidium. O objetivo do trabalho foi avaliar a heterogeidade molecular de Cryptosporidium sp. obtidos de amostras clínicas provenientes dos municípios do Rio de Janeiro e de Salvador, através da PCR em tempo real e seqüenciamento automático. Foram analisadas 85 amostras, distribuídas em 3 grupos distintos, sendo 45 delas do município do Rio de Janeiro e 40 amostras provenientes de Salvador, Bahia. Todas as amostras foram positivas para Cryptosporidium sp. pelo método de coloração de Kinyoun a frio. O ensaio da PCR em tempo real combinou uma reação multiplex para a detecção do gênero Cryptosporidium e da espécie C. parvum e uma reação simples para a detecção de C. hominis. Na detecção do gênero Cryptosporidium foram utilizados par de primers e uma sonda TaqMan desenhados a partir do alinhamento de seqüências conservadas do gene 18S rRNA de várias espécies de Cryptosporidium disponíveis no GenBank. Para a detecção das espécies C. parvum e C. hominis foram utilizados primers e sondas específicos obtidos a partir de seqüências de cada espécie disponíveis no GenBank. A detecção do gênero Cryptosporidium através da sonda 18S rRNA, na reação duplex, foi visualizada em 63 de 85 amostras totais. Destas, a sonda TaqMan específica para C. parvum detectou 6 amostras e a sonda TaqMan específica para C. hominis detectou 42 amostras. Quinze amostras não puderam ser detectadas pelas sondas C. hominis ou C. parvum. Nos ensaios da PCR para o gene 18S, 31 amostras foram positivas e 27 delas sequenciadas. As análises filogenéticas confirmaram a presença de C. hominis, C. parvum e C. felis nas amostras estudadas. Na análise da topologia da árvore filogenética obtida por Neighbor Joining, observou-se-se que as sequências obtidas neste estudo se agruparam com espécies do gênero Cryptosporidium já descritas, com 99% ou 100% de similaridade. Conclui-se que os dois métodos utilizados são importantes ferramentas para o diagnóstico da criptosporidiose e diferenciação de C. hominis e C. parvum em investigações epidemiológicas, assim como avaliação da heterogeneidade molecular de Cryptosporidium sp

Cryptosporidium is a coccidia parasite known to cause diarrhea in humans and animals worldwide. The genus comprises at least 20 confirmed species, with C. hominis and C.parvum major species that cause cryptosporidiosis in humans. Molecular tools have been developed to detect and differentiate Cryptosporidium at the species/genotypes and subtype levels. The objective of this study was to evaluate the molecular heterogeneity of Cryptosporidium sp. clinical samples obtained from Rio de Janeiro and Salvador (Bahia), through real-time PCR and automatic sequencing. We analyzed…

Advisors/Committee Members: Ana Cláudia de Paula Rosa Ignacio, Regina Helena Saramago Peralta, Heloísa Werneck de Macedo, Silvia Amaral Gonçalves da Silva, Alexandre Ribeiro Bello.

▼ O diagnóstico da tuberculose apresenta dificuldades em pacientes soropositivos para o vírus da imunodeficiência humana (HIV). Os doentes coinfectados HIV/M.tuberculosis(MTB)nos estágios mais avançados de imunocomprometimento apresentam manifestações clínicas atípicas e o exame direto, rotineiramente utilizado, tem baixa sensibilidade. A cultura apesar de ter maior sensibilidade fornece resultados tardios. Evidencia-se nesta população a necessidade de testes diagnósticos mais eficientes. A tese será apresentada no formato de dois artigos científicos. No primeiro, estudou-se a utilidade da Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real quantitativa (qPCR) para diagnóstico da tuberculose pulmonar em escarro de pacientes com HIV/aids. No segundo, descreveu-se as alterações radiográficas do tórax de pacientes com tuberculose pulmonar confirmado por cultura de escarro. Foram incluídos no estudo 140 pacientes com HIV/aids e suspeita clínica de tuberculose pulmonar, atendidos no período de agostode 2009 a janeiro de 2012, em dois hospitais de referência para atendimento de pacientes infectados pelo HIV em Recife-PE. Coletou-se uma amostra de escarro de cada paciente, e caso não houvesse escarro suficiente, realizou-se nebulização com solução salina para indução do escarro. O padrão ouro do estudo foi à cultura realizada em meios Löwenstein-Jensen e 7H9. A cultura e a qPCR para tuberculose foram realizadas em laboratório privado situado no Recife. Dos 140 pacientes em 47 (33,6%), diagnosticou-se tuberculose pulmonar pelo padrão ouro. A sensibilidade, especificidade e acurácia da qPCR foram respectivamente 87,2%, 98,9% e 95%. Foram realizados exames radiográficos do tórax em 42 pacientes coinfectados com cultura de escarro positiva, que foram avaliados por dois radiologistas experientes. A alteração radiológica isolada mais frequente observada foi a consolidação parenquimatosa, que acometeu seis (14,3%) dos pacientes, seguida pelo infiltrado intersticial e micronodular difuso, além da associação infiltrado e consolidação. Concluiu-se que a qPCR realizada no escarro de pacientes coinfectados HIV/MTB apresentou boa sensibilidade, especificidade e acurácia, sendo útil no diagnóstico de tuberculose pulmonar nesses pacientes. Com relação aos achados radiográficos de tórax, estes demonstraram ser de pouco auxílio no diagnóstico da tuberculose pulmonar nos coinfectados, exceto quando o padrão cavidade e infiltrado micronodular difuso estão presentes. Advisors/Committee Members: SILVEIRA, Vera Magalhães da (advisor).

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No presente estudo, foi inicialmente padronizada uma PCR para detecção do DNA viral da semente de Parvovírus Canino utilizado na vacina brasileira Imunovet® (VR-953TM), tendo como alvo o gene VP2. O produto de PCR foi submetido ao seqüenciamento a fim de caracterizar geneticamente a semente vacinal. A seguir, foi padronizada uma reação de PCR em tempo real (RT-PCR) para detecção de um fragmento de 119 pb do gene VP2, a qual foi empregada para avaliar a cinética de replicação da amostra vacinal do CPV em diferentes métodos e tempos de cultivo celular. A correlação entre os resultados do título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi avaliado pelo Coeficiente de Correlação de Pearson. A PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 457 DICC50/mL. O seqüenciamento do produto de PCR revelou que a amostra vacinal é do tipo CPV-2. A RT-PCR padronizada apresentou uma sensibilidade analítica de 1030 cópias de DNA/mL e uma boa especificidade analítica, pois não detectou o DNA de Adenovírus canino tipos 1 e 2 e Herpesvírus Equino tipo 1. A RT-PCR exibiu Coeficientes de Variação de triplicatas intra-ensaio de 0,43% e inter-ensaio de 0,29%. O Coeficiente de Correlação de Pearson entre o título infeccioso das amostras virais e o número de cópias obtido na RT-PCR foi de 0,55, considerado moderadamente positivo. Considerando que a região alvo da RT-PCR padronizada apresentou 100% de identidade com 93,52% (159/170) das amostras pesquisadas no GenBank pelo BLAST, a RT-PCR padronizada sugere ter um potencial uso no diagnóstico.

In this study, was originally a standard PCR for detection of viral DNA from the canine parvovirus vaccine seed used in Brazilian Imunovet® (VR-953TM), targeting the VP2 gene. The PCR product was subjected to sequencing to genetically characterized the vaccine seed. Then, a reaction was standardized real-time PCR (RT-PCR) to detect a fragment of 119 bp VP2 gene, which was used to evaluate the growth kinetics of the CPV vaccine sample in different methods and cell culture times. The correlation between results of the infectious titre and the number of copies obtained in RT-PCR was evaluated by Pearsons correlation coefficient. The standardized PCR showed an analytical sensitivity of 457 TCID50/mL. The sequencing of the PCR product showed that the vaccine sample is CPV type 2. The standardized RT-PCR showed an analytical sensitivity of 1030 DNA copies/mL and a good analytical specificity, it does not detect the DNA of canine adenovirus type 1 and 2 and equine herpesvirus type 1. The RT-PCR showed coefficients of variation intra-assay triplicates of 0,43% and inter-assay of 0,29%. The Pearsons correlation coefficient between the titre of infectious viral samples and the number of copies obtained in RT-PCR was 0,55, considered moderately positive. Whereas the target region of the standardized RT-PCR showed 100% identity with 93,52% (159/170) of samples surveyed in Genbank by BLAST, the standard RT-PCR suggests a potential diagnostic use.

Advisors/Committee Members: Richtzenhain, Leonardo José.

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This work aimed to quantifier the archaeal and bacterial communities by real time PCR, that shown the number of copies of 16S gene, rDNA into the water samples and to compare the archaeal and bacterial profiles on the PCR/DGGE technique as well as relate them with environmental variables in two points, dam and input on the Itupararanga reservoir, Sorocabas basin. The bacterial density on the sediment (6,09 x108 e 2,56 x 109, dam and input, respectively) was more than water column (6,79 x 107 e 6,55 x 107, dam and input, respectively) this can be attributed to increase of the nutrients concentration from the surface to bottom. The bacterial (6,09 x 108 e 2,56 x 109 dam and input, respectively ) and archaeal (2,31 x 102 e 4,49 x 102 dam and input, respectively) quantities on the reservoir were more in the water column than in the sediment, which can be caused by the higher nutrients concentration in the top and the lees nutrients concentration in the bottom of Itupararanga reservoir. Since the canonical correspondence analysis has been possible, identify that the archaeal community has correlated with profundity and ammonia concentration suggesting ammonia oxidizing archaeas presence and abundance. The bacterial community quantity has correlated with physical chemical properties like pH and dissolved oxygen suggesting the environmental variables influence the groups abundance. Richness has correlated with nutrients distribution like orthophosphate concentration suggesting that the resources may limit the communities.

Com este trabalho objetivou-se quantificar a comunidade de bactérias e arqueias por meio de PCR em tempo real que determina o número de cópias do gene 16S de rDNA presentes nas amostras ambientais e comparar as comunidades de arqueia e bactérias em um perfil de bandas de PCR/DGGE, bem como relacioná-las às variáveis ambientais de dois pontos, Entrada e Barragem do reservatório de Itupararanga, bacia do rio Sorocaba. A quantidade de bactérias (6,09 x 108 e 2,56 x 109 barragem e entrada, respectivamente) e de arqueias (2,31 x 102 e 4,49 x 102 barragem e entrada, respectivamente) no sedimento foi maior do que na coluna dágua o que pode ser atribuído ao aumento da concentração de nutrientes da superfície para o fundo do reservatório. A partir de análise de correspondência canônica foi possível observar que a quantidade de arqueias relacionou-se a profundidade e à concentração de íons amônio indicando possível presença e abundância de arqueias amônio oxidantes (AOA), enquanto que as bactérias foram mais relacionadas às variáveis físico-químicas, como temperatura e oxigênio dissolvido indicando que este grupo é mais sensível às variações ambientais. A riqueza de ambos os grupos foi relacionada à disponibilidade de nutrientes, indicando que os recursos podem ser limitantes às comunidades.

Advisors/Committee Members: Patrícia Bortoletto de Falco, André Cordeiro Alves dos Santos, Iolanda Cristina Silveira Duarte.