Advanced search options

Advanced Search Options 🞨

Browse by author name (“Author name starts with…”).

Find ETDs with:

in
/  
in
/  
in
/  
in

Written in Published in Earliest date Latest date

Sorted by

Results per page:

Sorted by: relevance · author · university · dateNew search

You searched for subject:(polymeraasi gamma ). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

Search Limiters

Last 2 Years | English Only

No search limiters apply to these results.

▼ Search Limiters


Tampere University

1. Nurminen, Anssi. A Bioinformatics Approach to Analyzing the Pathogenicity of Mutations by Using Protein Structure Information : A Study on DNA Polymerase Gamma .

Degree: 2018, Tampere University

Geneettisen testauksen kustannusten laskiessa, pullonkaulaksi saatavilla olevan tiedon hyödyntämiseen on muodostumassa tietämyksemme eri geneettisten variaatioiden ja mutaatioden merkityksestä. Jokaisella henkilöllä on satoja, yksilöllisiä variaatioita perimässään joiden vaikutuksia ei tunneta. Tilanteissa joissa perinöllisen sairauden syytä pyritään selvittämään geenitutkimuksen avulla nämä variaatiot pitää pystyä tunnistamaan joko merkityksettömiksi tai merkitysellisiksi taudin kannalta, jotta oikean diagnoosin tekeminen ja sopivien hoitometelmien valinta on mahdollista. Rakennebiologia ja bioinformatiikka tarjoavat monia keinoja mutaatioiden vaikutusten tarkasteluun. Tässä tutkimuksessa käytetään esimerkkinä DNA polymeraasi gammaa (Pol γ), joka on ainoa tunnettu entsyymi joka replikoi ja ylläpitää mitokondrionaalista DNA:ta. Pol γ tarjoaa uniikin tutkimuskohteen pistemutaatioiden vaikutuksille sen kriittisen toiminnalisuuden ja korvaavien mekanismien puuttumisen vuoksi. Pol γ:n tunnetun proteiinirakenteen, yli 700 hengen potilasaineiston ja mutaatioiden biokemiallisen karakterisoinnin avulla pystymme tuottamaan ennennäkemättömän tarkan kuvan mutaatioiden vaikutusmekanismeista ja ennustamaan sekä tunnettujen, että vielä tuntemattomien mutaatioiden vaikutusta taudin puhkeamiseen ja etenemiseen. Tämän tutkimuksen osana olemme kehittäneet uuden algoritmin proteiinien kolmiulotteisten rakenteiden tutkimukseen ja analysointiin, nimeltään StructureMapper. StructureMapper on skaalautuva, suurien aineistojen analysoitiin suunniteltu algoritmi, joka tarjoaa mahdollisuuksia analysoida esimerkikisi ennustusalgoritmien tulosten luotettavuutta, kokeellisen datan laatua, ja sitä voidaan hyödyntää myös mutaatioiden haitallisuuden ennustamisessa ja tutkimuksessa. Kaikkia tämän tutkimuksen osana tuotetuista menetelmistä ja työkaluista voidaan hyödyntää yleiskäyttöisesti proteiinien tutkimuksessa.; Genetic testing is becoming more and more prevalent in the field of medicine. The bottleneck in making a diagnosis based on genetic information has shifted from being able to acquire the required information by sequencing the genome of a patient, to understanding the effects of the detected, unique variations in the DNA. Mutations in the DNA can affect proteins and their structure on many levels. In a clinical setting, being able to separate the benign mutations from the pathogenic is of utmost importance. DNA polymerase gamma (Pol γ) offers an intriguing study subject in the world of structural biology. It is the sole enzyme responsible for replicating mitochondrial DNA. Defects in its functionality can manifest with a wide variety of symptoms that are often due to single point mutations that affect its structure in a deleterious way. Through analysis of the structure of Pol γ, combined with over 700 available patient case reports and biochemical characterization of some of the mutations, we have gained an unprecedented view to the reasons behind the mutations that lead to pathogenicity and altered biological functionality of…

Subjects/Keywords: DNA polymeraasi gamma ; POLG ; mutaatio ; proteiinirakenne ; patogeenisyys ; DNA polymerase gamma ; mutation ; protein structure ; pathogenicity

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Nurminen, A. (2018). A Bioinformatics Approach to Analyzing the Pathogenicity of Mutations by Using Protein Structure Information : A Study on DNA Polymerase Gamma . (Doctoral Dissertation). Tampere University. Retrieved from https://trepo.tuni.fi/handle/10024/102657

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Nurminen, Anssi. “A Bioinformatics Approach to Analyzing the Pathogenicity of Mutations by Using Protein Structure Information : A Study on DNA Polymerase Gamma .” 2018. Doctoral Dissertation, Tampere University. Accessed March 03, 2021. https://trepo.tuni.fi/handle/10024/102657.

MLA Handbook (7th Edition):

Nurminen, Anssi. “A Bioinformatics Approach to Analyzing the Pathogenicity of Mutations by Using Protein Structure Information : A Study on DNA Polymerase Gamma .” 2018. Web. 03 Mar 2021.

Vancouver:

Nurminen A. A Bioinformatics Approach to Analyzing the Pathogenicity of Mutations by Using Protein Structure Information : A Study on DNA Polymerase Gamma . [Internet] [Doctoral dissertation]. Tampere University; 2018. [cited 2021 Mar 03]. Available from: https://trepo.tuni.fi/handle/10024/102657.

Council of Science Editors:

Nurminen A. A Bioinformatics Approach to Analyzing the Pathogenicity of Mutations by Using Protein Structure Information : A Study on DNA Polymerase Gamma . [Doctoral Dissertation]. Tampere University; 2018. Available from: https://trepo.tuni.fi/handle/10024/102657


Tampere University

2. Rovio, Anja. DNA Polymerase Gamma Mutations in Male Infertility and Ageing .

Degree: Lääketieteellisen teknologian instituutti - Institute of Medical Technology, 2006, Tampere University

Mitokondrio on solun energiaa tuottava organelli, jolla on oma genomi, mitokondriaalinen DNA (mtDNA). Mitokondrion DNA:ta monistaa yksi ainoa polymeraasi, polymeraasi gamma (POLG). Kirjallisuudessa on kuvattu jo noin 50 POLG mutaatiota eli geenivirhettä, ja jo pitkään niiden on uskottu olevan yhteydessä paitsi moniin hermosto- ja lihasrappeuma sairauksiin, myös vanhenemiseen liittyvien oireiden syntyyn. Tämän tutkimuksen ensimmäisessä osassa analysoitiin POLG:ssä olevan CAG-toistoalueen pituusvaihteluja eri väestöryhmissä, yleisimmissä mitokondriaalisissa sairauksissa ja lapsettomilla miehillä. Kaikissa tutkituissa väestöryhmissä toistoalueen pituus oli hyvin vakaa, yleisimmän alleelin sisältäessä 10 CAG-jaksoa. Myös kaikilla kädellisten ryhmillä on oma lajityypillinen, yleinen CAG-pituutensa, joka pitenee tultaessa pienistä apinoista simpanssin kautta gorillaan ja ihmiseen. Toistojakson pituus ei tavallisimmissa mitokondriaalisissa sairauksissa poikennut kontrolliväestöstä. Sen sijaan havaittiin, että noin 10%:lla lapsettomista miehistä puuttuu tämä ns. yleinen alleeli, kun taas tunnetusti fertiileillä miehillä se ei puuttunut yhdeltäkään. Näillä miehillä oli alentunut siittiöiden määrä, liikkuvuus oli huonontunut ja myös rakenteessa oli normaalia enemmän virheitä. Lapsettomilla miehillä havaittiin myös useita muita POLG mutaatioita, sekä kohonnut mtDNA:n mutaatioiden määrä. Muiden ryhmien tekemissä tutkimuksissa on havaittu, että näitä pariskuntia voidaan auttaa saamaan lapsi ICSI-tekniikalla, jossa siittiö viedään neulalla munasolun sisään. POLG toistoalueen pituutta kannattaisikin käyttää yhtenä kriteerinä hoitokeinoja mietittäessä niissä tapauksissa, joissa mitään muuta syytä lapsettomuuteen ei tiedetä. Tutkimuksen toinen osa keskittyi mtDNA:n mutaatioiden osuuteen vanhenemisessa. Vanhoilla ihmisillä on havaittu olevan enemmän mtDNA mutaatioita kuin nuorilla. Tämän uskotaan johtavan lisääntyneeseen happiradikaalien muodostumiseen solussa ja edelleen lisäävän mtDNA:n mutaatioiden määrää. Teoriaa testattiin Tukholmassa tehdyllä koemallilla, jossa POLG-entsyymissä oleva mtDNA:n korjausaktiivisuus turmeltiin mutaatiolla, ja tämä vioitettu "mutaattori" geeni vietiin hiireen. Mutaattorihiiret syntyivät normaaleina, mutta alkoivat jo puolen vuoden iässä vanheta näkyvästi. Niillä oli mm. osteoporoosia, kyttyräselkä, hiustenlähtöä, anemiaa, selkeää painonpudotusta, sydänsairauden ja hermoston rappeutumisen merkkejä. Sekä koirailla että naarailla oli enneaikaista hedelmättömyyttä. Tampereella tehdyissä geneettisissä analyyseissä todettiin, että hiirten kaikkiin kudoksiin kertyi moninkertaisesti enemmän mtDNA:n mutaatioita kuin samanikäisiin verrokkihiiriin. Tämä ilmeni soluhengityksen vajavaisuutena ja vähentyneenä energiantuottona kudoksissa. Hiirillä ei kuitenkaan ilmennyt selkeästi lisääntynyttä happiradikaalien tuotantoa. Hiirten keskimääräinen elinikä oli lyhentynyt, noin 48 viikkoa, kun se vastaavilla verrokkeilla oli noin 2,5 vuotta. Mutaattorihiiri mallina osoittaa, että suuri mtDNA:n mutaatioiden määrä johtaa…

Subjects/Keywords: polymeraasi gamma ; miehen lapsettomuus ; vanheneminen ; POLG ; male infertility ; ageing ; mtDNA mutations

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Rovio, A. (2006). DNA Polymerase Gamma Mutations in Male Infertility and Ageing . (Doctoral Dissertation). Tampere University. Retrieved from https://trepo.tuni.fi/handle/10024/67615

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Rovio, Anja. “DNA Polymerase Gamma Mutations in Male Infertility and Ageing .” 2006. Doctoral Dissertation, Tampere University. Accessed March 03, 2021. https://trepo.tuni.fi/handle/10024/67615.

MLA Handbook (7th Edition):

Rovio, Anja. “DNA Polymerase Gamma Mutations in Male Infertility and Ageing .” 2006. Web. 03 Mar 2021.

Vancouver:

Rovio A. DNA Polymerase Gamma Mutations in Male Infertility and Ageing . [Internet] [Doctoral dissertation]. Tampere University; 2006. [cited 2021 Mar 03]. Available from: https://trepo.tuni.fi/handle/10024/67615.

Council of Science Editors:

Rovio A. DNA Polymerase Gamma Mutations in Male Infertility and Ageing . [Doctoral Dissertation]. Tampere University; 2006. Available from: https://trepo.tuni.fi/handle/10024/67615

.