Open Access Theses and Dissertations

Advanced search options

Advanced Search Options 🞨

Browse by author name (“Author name starts with…”).

Find ETDs with:

in
/  
in
/  
in
/  
in

Written in Published in Earliest date Latest date

Sorted by

Results per page:

Sorted by: relevance · author · university · date | New search

You searched for subject:(markkerit). Showing records 1 – 3 of 3 total matches.

Search Limiters

Last 2 Years | English Only

No search limiters apply to these results.

▼ Search Limiters


University of Helsinki

1. Wallén, Sini. Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla: Whole-genome SNP association analysis of reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed.

Degree: Department of Agricultural Sciences; Helsingfors universitet, Agrikultur- och forstvetenskapliga fakulteten, Institutionen för lantsbruksvetenskaper, 2012, University of Helsinki

URL: http://hdl.handle.net/10138/36980 

It has been challenging to genetically improve reproduction traits with the resources of the conventional breeding because of the low heritability of these traits. In Finland genetic improvement of the reproduction traits hasn’t either meet the expectations entirely. Gene markers are one possibility to make genetic improvement of the reproduction traits more effective. With an association analysis it is possible to find those gene markers which have statistically significant effect on the trait. The purpose of this study was to identify SNP markers associated with reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed. Other purpose of this study was to find out if both Finnish pig breeds have certain chromosomal regions associated with same reproduction traits. In this study one goal was also to discover genes which are placed near statistically significant SNP markers. Under this study were nine female reproduction traits which are total number of piglets born in first and later parities, number of stillborn piglets in first and later parities, piglet mortality between birth and weaning in first and later parities, age at first farrowing, first farrowing interval and second farrowing interval. Prior to SNP association analysis, unstandardized EBVs were deregressed and corresponding weights were calculated. The association between SNP markers and deregressed EBV was studied using a mixed linear model, for each SNP separately. The model included a fixed SNP effect and a random polygenic effect. The analyses were performed using the AI-REML method. Statistical significance of the associations was based on Bonferroni-corrected P-values. In this study 20 statistically significant (P-value ? 2,0E-06) associations on the reproduction traits were observed. One of these SNP markers (P-value = 8,39E-08, on chromosome 7) is associated in total number of piglets born in first parity, two markers (P-values = 2,77E-07 and 1,91E-06, on chromosomes 7 and 1) in total number of piglets born in later parities, one marker (P-value = 9,72E-08, on chromosome 8) in number of stillborn piglets in first parity, three markers (P-value = 2,12E-07 and next two P-value was 7,01E-07, on chromosome 13) in piglet mortality between birth and weaning in first parity, 11 markers (P-values between 1,74E-06 and 3,89E-08, on chromosome 7) in age at first farrowing and two markers (P-values = 4,03E-07, on chromosome 7) in second farrowing interval. In this study statistically suggestive (P-value ? 4,0E-06) associations were also observed on chromosomes 1 and 8. These are associated in total number of piglets born in later parities and number of stillborn piglets in first parity. If these chromosomal regions found in this study are confirmed, these SNP markers will be valuable in the national breeding program through their use in marker-assisted selection. With MAS it’s possible to select pigs which have favourable SNP markers as for reproduction traits. In the long run genetic improvement of the reproduction traits is going to accelerate. There…

Subjects/Keywords: Yorkshire pig breed; reproduction traits; SNP markers; association analysis; yorkshire-sika; hedelmällisyysominaisuudet; SNP-markkerit; assosiaatioanalyysi; Husdjursvetenskap (husdjursförädling); Animal Science (Animal Breeding); Kotieläintiede (kotieläinten jalostustiede)

Record Details  Similar Records    Google PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

❌

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Wallén, S. (2012). Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla: Whole-genome SNP association analysis of reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed. (Masters Thesis). University of Helsinki. Retrieved from http://hdl.handle.net/10138/36980

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Wallén, Sini. “Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla: Whole-genome SNP association analysis of reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed.” 2012. Masters Thesis, University of Helsinki. Accessed January 26, 2021. http://hdl.handle.net/10138/36980.

MLA Handbook (7th Edition):

Wallén, Sini. “Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla: Whole-genome SNP association analysis of reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed.” 2012. Web. 26 Jan 2021.

Vancouver:

Wallén S. Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla: Whole-genome SNP association analysis of reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed. [Internet] [Masters thesis]. University of Helsinki; 2012. [cited 2021 Jan 26]. Available from: http://hdl.handle.net/10138/36980.

Council of Science Editors:

Wallén S. Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla: Whole-genome SNP association analysis of reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed. [Masters Thesis]. University of Helsinki; 2012. Available from: http://hdl.handle.net/10138/36980


University of Oulu

2. Lämsä, V. (Virpi). Regulation of murine hepatic Cytochrome P450 2a5 expression by transcription factor Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2.

Degree: 2012, University of Oulu

URL: http://urn.fi/urn:isbn:9789514299278 

Abstract The hepatic inducible Cytochrome P450s (CYPs) generally prime xenobiotics for elimination. Murine CYP2A5 and human CYP2A6 share similar xenobiotic substrates and some regulatory features. Recently, they were shown to oxidize bilirubin, a byproduct of heme catabolism and a dose-dependent anti- or pro-oxidant, to biliverdin. In this study, the putative role of the redox-sensitive, cytoprotective transcription factor Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2 (Nrf2) in the regulation of hepatic Cyp2a5 expression and induction under diverse hepatotoxic conditions and altered heme homeostasis was characterized. The coordination of Cyp2a5 and the Nrf2 target gene Heme oxygenase-1 (Hmox1), which determines bilirubin formation from heme, responses to heavy metals and modulators of heme homeostasis, was studied in cultured wildtype and Nrf2(-/-) mouse primary hepatocytes. Nrf2 was essential for the basal hepatic expression of CYP2A5 in the endoplasmic reticulum (ER) and mitochondria, as well as for its induction by cadmium, lead, methyl mercury and phenethyl isothiocyanate. A functional Nrf2 binding antioxidant response element (ARE) about -2.4 kilobases upstream of the Cyp2a5 transcriptional start site was identified. In contrast to Hmox1, a target of BTB and CNC homology 1 (Bach)-mediated repression via AREs, the regulation of Cyp2a5 did not clearly involve Bach1. Excessive heme induced mainly ER-localized CYP2A5 via Nrf2, which was limited by the Nrf2-independent HMOX1 induction. In heme synthesis blockades, CYP2A5 was enhanced via Nrf2 and additional factors, such as the peroxisome proliferator-activated receptor γ coactivator-1α (PGC-1α). The typical CYP2A5 inducers phenobarbital, dibutyryl-cyclic adenosine monophosphate (db-cAMP) and PGC-1α enhance heme synthesis; CYP2A5 was induced via Nrf2 in acute but not chronic phenobarbital exposure without a clear connection to heme, while the responses to db-cAMP and PGC-1α were sensitized in the absence of Nrf2. This suggests novel crosstalk between Nrf2 and PGC-1α. In this study, Cyp2a5 was identified as a sensitive indicator of hepatic Nrf2 pathway activation that could be used, e.g. for in vitro screening of drug candidate hepatotoxicity. The similar subcellular localization and coordination of CYP2A5 and HMOX1 expression in altered heme metabolism support the postulated role for CYP2A5 in bilirubin homeostasis.

Tiivistelmä Vierasaineet stimuloivat maksan Sytokromi P450 (CYP)-entsyymejä, mikä yleensä lisää niiden eliminaatiota. Hiiren CYP2A5 ja ihmisen CYP2A6 ovat lähisukua katalyyttisten ja osin säätelyllisten yhteneväisyyksiensä puolesta. Vastikään niiden osoitettiin katalysoivan hemin hajoamistuotteen, bilirubiinin hapettumista biliverdiiniksi, mikä saattaisi säädellä sen annosriippuvaisia vaikutuksia antioksidanttina ja oksidanttina. Työssä tutkittiin solustressiä aistivan, suojaavan transkriptiotekijän Nrf2 osuutta Cyp2a5-geenin aktivaatiossa maksatoksisissa olosuhteissa ja hemimetabolian muutoksissa. Cyp2a5:n ja…

Advisors/Committee Members: Hakkola, J. (Jukka).

Subjects/Keywords: Bach1; CYP2A5; HMOX1; Nrf2; PGC-1α; heavy metals; heme homeostasis; hepatotoxicity; liver; redox homeostasis; transcriptional regulation; xenobiotic metabolism; aineenvaihdunta; antioksidantit; entsyymit; geeniekspressio; geenitutkimus; hapettuminen; maksa; markkerit; mitokondriot; oksidantit; raskasmetallit; sytokromit; toksikologia; transkriptio; vierasaineet

Record Details  Similar Records    Google PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

❌

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Lämsä, V. (. (2012). Regulation of murine hepatic Cytochrome P450 2a5 expression by transcription factor Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2. (Doctoral Dissertation). University of Oulu. Retrieved from http://urn.fi/urn:isbn:9789514299278

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Lämsä, V (Virpi). “Regulation of murine hepatic Cytochrome P450 2a5 expression by transcription factor Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2.” 2012. Doctoral Dissertation, University of Oulu. Accessed January 26, 2021. http://urn.fi/urn:isbn:9789514299278.

MLA Handbook (7th Edition):

Lämsä, V (Virpi). “Regulation of murine hepatic Cytochrome P450 2a5 expression by transcription factor Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2.” 2012. Web. 26 Jan 2021.

Vancouver:

Lämsä V(. Regulation of murine hepatic Cytochrome P450 2a5 expression by transcription factor Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of Oulu; 2012. [cited 2021 Jan 26]. Available from: http://urn.fi/urn:isbn:9789514299278.

Council of Science Editors:

Lämsä V(. Regulation of murine hepatic Cytochrome P450 2a5 expression by transcription factor Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 2. [Doctoral Dissertation]. University of Oulu; 2012. Available from: http://urn.fi/urn:isbn:9789514299278


Tampere University

3. Liimatainen, Suvi. Refractory focal epilepsy: Aetiology and immunological markers in adult patients .

Degree: Lääketieteen laitos - Medical School, 2009, Tampere University

URL: https://trepo.tuni.fi/handle/10024/66486 

Asianmukaisesta lääkityksestä huolimatta 25-30%:lla epilepsiapotilaista esiintyy kohtauksia, mikä aiheuttaa merkittävää inhimillistä kärsimystä ja taloudellisia menetyksiä. Vaikeahoitoista epilepsiaa sairastavien potilaiden epilepsioiden syistä on kuitenkin ollut vain vähän tutkimustietoa. Aikaisempien tutkimusten perusteella osalla epilepsiapotilaista on viitteitä elimistön immuunijärjestelmän aktivoitumisesta, mutta tietämys hyvin tutkituista vaikeahoitoista epilepsiaa sairastavista potilaista on ollut riittämätöntä. Väitöskirjatyön tavoitteena oli tutkia vaikeahoitoisen epilepsian kliinisiä piirteitä hyvin tutkituilla potilailla. Tarkoituksena oli arvioida vaikeahoitoisen epilepsian syyn vaikutusta ennusteeseen. Toisena keskeisenä tavoitteena oli tutkia vaikeahoitoisen epilepsian immunologisia merkkiaineita, joiden avulla voitaisiin löytää potilaat, joiden epilepsiassa immunologisilla tekijöillä saattaa olla kliinistä merkitystä. Ensimmäisessä osatyössä tutkittiin vaikeahoitoisen paikallisalkuisen epilepsian syitä. Merkittävä osa vaikeahoitoista epilepsiaa sairastavista potilaista tuli seuranta-aikana kohtauksettomiksi. Kohtauksettomuuden saavuttaminen oli todennäköisempää potilailla, joiden epilepsian syy oli tuntematon (kryptogeeninen) verrattuna symptomaattista epilepsiaa sairastaviin potilaisiin. Osalla potilaista oli ollut kohtauksia hyvin pitkään ennen kohtauksettomuuden saavuttamista, mikä viittaisi siihen, että vaikeahoitoisen epilepsian ennuste ei ole yhtä huono kuin aikaisemmin on ajateltu. Jatkuvat lääkeponnistelut saattavat olla hyödyksi erityisesti kryptogeenistä epilepsiaa sairastavien potilaiden hoidossa. Kolmessa muussa osatyössä tarkasteltiin vaikeahoitoisen epilepsian immunologisia merkkiaineita [fosfolipidi- ja tumavasta-aineet, interleukiini-(IL)-6, IL-1-reseptoriantagonisti, glutamaattidekarboksylaasi(GAD)-vasta-aineet]. IgG-luokan antikardiolipiinivasta-aineet olivat koholla osalla niistä potilaista, joilla on jatkuvasti kohtauksia verrattuna terveisiin kontrolleihin ja potilaisiin, joilla kohtauksia ei ole jatkuvasti. IL-6-pitoisuus oli koholla osalla temporaaliepilepsiaa sairastavista potilaista verrattuna muita epilepsiatyyppejä sairastaviin potilaisiin ja terveisiin kontrolleihin. Lähes 90%:llä niistä potilaista, joilla todettiin korkea GAD-vasta-ainetiitteri, oli temporaaliepilepsia. Niillä epilepsiapotilailla, joilla todettiin korkea GAD-vasta-ainetiitteri, todettiin myös runsaasti autovasta-aineita ja autoimmuunisairauksia, ja osalla havaittiin myös intratekaalista vasta-ainetuotantoa merkkinä epilepsian immuunivälitteisestä taustasta. Tulosten perusteella immunologisia mittareita, kuten fosfolipidivasta-aineita, sytokiineja ja GAD-vasta-aineita, voitaisiin jatkossa käyttää vaikeahoitoisen epilepsian immunologisina biomarkkereina. Löydöksiä voitaisiin hyödyntää tunnistamalla ne epilepsiapotilaat, joille immunoterapeuttisista hoidoista saattaisi olla apua. Autovasta-aineiden ja sytokiinien patogeneettinen merkitys epilepsiassa on silti vielä avoin. Jatkossa on tarpeen kartoittaa…

Subjects/Keywords: vaikeahoitoinen epilepsia ; paikallisalkuinen epilepsia ; etiologia ; immunologiset markkerit ; refractory epilepsy ; focal epilepsy ; aetiology ; immunological markers

Record Details  Similar Records    Google PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

❌

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Liimatainen, S. (2009). Refractory focal epilepsy: Aetiology and immunological markers in adult patients . (Doctoral Dissertation). Tampere University. Retrieved from https://trepo.tuni.fi/handle/10024/66486

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Liimatainen, Suvi. “Refractory focal epilepsy: Aetiology and immunological markers in adult patients .” 2009. Doctoral Dissertation, Tampere University. Accessed January 26, 2021. https://trepo.tuni.fi/handle/10024/66486.

MLA Handbook (7th Edition):

Liimatainen, Suvi. “Refractory focal epilepsy: Aetiology and immunological markers in adult patients .” 2009. Web. 26 Jan 2021.

Vancouver:

Liimatainen S. Refractory focal epilepsy: Aetiology and immunological markers in adult patients . [Internet] [Doctoral dissertation]. Tampere University; 2009. [cited 2021 Jan 26]. Available from: https://trepo.tuni.fi/handle/10024/66486.

Council of Science Editors:

Liimatainen S. Refractory focal epilepsy: Aetiology and immunological markers in adult patients . [Doctoral Dissertation]. Tampere University; 2009. Available from: https://trepo.tuni.fi/handle/10024/66486

.