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You searched for subject:(bivalent chromatin). Showing records 1 – 3 of 3 total matches.

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Université Montpellier II

1. Sanz, Lionel. Role des modifications des histones dans le maintien et la lecture de l’empreinte génomique chez la souris. : Role of histone modifications in the maintenance and reading of genomic imprinting in mice.

Degree: Docteur es, Biochimie et biologie moléculaire, 2010, Université Montpellier II

L'empreinte génomique est un mécanisme épigénétique qui conduit à l'expression d'un seul des deux allèles parentaux pour une centaine de gènes autosomaux chez les mammifères. La majorité des gènes soumis à l'empreinte est regroupée en clusters et tous ces gènes sont sous le contrôle de séquences discrètes appelées ICR (Imprinting Control Region). Les ICRs sont marquées épigénétiquement par une méthylation d'ADN et des modifications des histones alléliques. La méthylation d'ADN au niveau de ces ICRs est un facteur clé de l'empreinte et va être établie dans les lignées germinales suivant le sexe de l'embryon. Après fécondation, le nouvel embryon portera les empreintes paternelles et maternelles, ces empreintes devront alors être maintenues pendant tout le développement et interprétés dans le but de conduire à l'expression allélique des gènes soumis à l'empreinte. Cependant, la méthylation d'ADN ne peut expliquer à elle seule tous les aspects de l'empreinte génomique. Ainsi, d'autres marques épigénétiques doivent agir dans le maintien et la lecture de ces empreintes. Nous avons mis en évidence dans un premier temps que le contrôle de l'expression allélique dans le cerveau de Grb10 repose sur la résolution d'un domaine bivalent allélique spécifiquement dans le cerveau. Ces résultats mettent en avant pour la première fois un domaine bivalent dans le contrôle de l'expression des gènes soumis à l'empreinte et propose un nouveau mécanisme dans l'expression tissu spécifique de ces gènes. D'autre part, bien que des études en cellules ES aient démontré un rôle de G9a dans le maintien des empreintes au cours du développement embryonnaire, nos données suggèrent que G9a ne serait pas essentielle a ce maintien dans un contexte in vivo.

Genomic imprinting is a developmental mechanism which leads to parent-of-origin-specific expression for about one hundred genes in mammals. Most of imprinted genes are clustered and all are under control of sequence of few kilobases called Imprinting Control Region or ICR. ICRs are epigenetically marked by allelic DNA methylation and histone modifications. DNA methylation on ICRs is a key factor which is established in germ cells according to the sex of the embryo. After fecundation, the new embryo will harbored both paternal and maternal imprints which have to be maintained during the development and read to lead to allelic expression of imprinted genes. However, allelic DNA methylation alone cannot explain every aspect of genomic imprinting. Thus, there should be other epigenetic marks which act in the maintaining and reading of the imprints.Our data first indicate that bivalent chromatin, in combination with neuronal factors, controls the paternal expression of Grb10 in brain, the bivalent domain being resolved upon neural commitment, during the developmental window in which paternal expression is activated. This finding highlights a novel mechanism to control tissue-specific imprinting. On an other hand, although previous studies in ES cells show a role for G9a in the maintaining of imprints…

Advisors/Committee Members: Feil, Robert (thesis director).

Subjects/Keywords: Empreinte genomique; Méthylation des histones; Domaine bivalent; Grb10; G9a; Genomic imprinting; Histone methylation; Bivalent chromatin; Grb10; G9a

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APA (6th Edition):

Sanz, L. (2010). Role des modifications des histones dans le maintien et la lecture de l’empreinte génomique chez la souris. : Role of histone modifications in the maintenance and reading of genomic imprinting in mice. (Doctoral Dissertation). Université Montpellier II. Retrieved from http://www.theses.fr/2010MON20107

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Sanz, Lionel. “Role des modifications des histones dans le maintien et la lecture de l’empreinte génomique chez la souris. : Role of histone modifications in the maintenance and reading of genomic imprinting in mice.” 2010. Doctoral Dissertation, Université Montpellier II. Accessed September 22, 2018. http://www.theses.fr/2010MON20107.

MLA Handbook (7th Edition):

Sanz, Lionel. “Role des modifications des histones dans le maintien et la lecture de l’empreinte génomique chez la souris. : Role of histone modifications in the maintenance and reading of genomic imprinting in mice.” 2010. Web. 22 Sep 2018.

Vancouver:

Sanz L. Role des modifications des histones dans le maintien et la lecture de l’empreinte génomique chez la souris. : Role of histone modifications in the maintenance and reading of genomic imprinting in mice. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Montpellier II; 2010. [cited 2018 Sep 22]. Available from: http://www.theses.fr/2010MON20107.

Council of Science Editors:

Sanz L. Role des modifications des histones dans le maintien et la lecture de l’empreinte génomique chez la souris. : Role of histone modifications in the maintenance and reading of genomic imprinting in mice. [Doctoral Dissertation]. Université Montpellier II; 2010. Available from: http://www.theses.fr/2010MON20107

2. Montibus, Bertille. Régulation et fonction de la chromatine bivalente chez les mammifères : l'emprunte parentale comme modèle. : Regulation and function of bivalent chromatin in mammals : genomic imprinting as a model.

Degree: Docteur es, Sciences de la vie et de la sante, 2016, Clermont-Ferrand 1

La différenciation et le développement requièrent une régulation fine de l’expression desgènes, médiée en partie par les modifications épigénétiques. Parmi les modificationsd’histones, la chromatine bivalente, signature chromatinienne atypique associant lesmarques permissive H3K4me2/3 et répressive H3K27me3, est de par sa plasticité, pressentiepour jouer un rôle décisionnel dans l’acquisition d’une identité cellulaire. Pour étudier le rôlede la chromatine bivalente au cours du développement, nous avons choisi d’utiliserl’empreinte parentale. Ce cadre développemental bien caractérisé, conduit à l’expression decertains gènes à partir d’un seul des deux allèles selon son origine parentale. La méthylationdifférentielle de l’ADN d’une région clé, appelée ICR (Imprinting Control Region), bienqu’absolument requise pour l’expression mono-allélique de ces gènes, n’est pas suffisantepour rendre compte de la complexité du profil d’expression de ces gènes suggérantl’implication d’autres mécanismes. Sur 15 ICR méthylés sur l’allèle maternel, nous avonsprécisément mis en évidence que la chromatine bivalente est présente par défaut sur l’allèlenon-méthylé lorsque celui-ci est transcriptionnellement inactif, quel que soit le stadedéveloppemental ou le tissu étudié, participant ainsi à la régulation fine de l’expressiontissu-spécifique à partir de ces régions. Dans leur ensemble, nos données révèlent que lachromatine bivalente joue un rôle moins dynamique que pressentie. Ainsi, au niveau del’empreinte parentale, sa fonction principale serait de protéger l’allèle non-méthylé des ICRcontre l’acquisition de méthylation tout en aidant à le maintenir réprimé dans certainstissus. Nous proposons que la chromatine bivalente joue un rôle similaire sur l’ensemble desîlots CpG du génome, contribuant ainsi à la protection de l’identité cellulaire. Afin decompléter cette première étude, j’ai étudié la régulation de l’expression d’un candidat de larégulation de la dynamique de la chromatine bivalente, l’histone déméthylase pourH3K27me3, JMJD3. Les résultats obtenus suggèrent que l’induction d’expression observéeau cours de la différenciation neurale s’appuie sur une dynamique de la structuretridimensionnelle de la chromatine qui pourrait elle-même être régulée par la transcriptiond’un eARN (enhancer ARN) et l’hydroxyméthylation. Ce modèle souligne un mode derégulation complexe de ce nouvel acteur épigénétique, impliquant des régionsintragéniques, et pourrait notamment permettre de comprendre les mécanismes impliquésdans sa dérégulation dans les cancers.

Fine-tuned regulation of gene expression is required for cell fate determination anddevelopment. Epigenetics modifications are well documented to be instrumental in thisprocess. Among them, bivalent chromatin, an unusual chromatin signature, which associatesthe permissive mark H3K4me2/3 and the repressive mark H3K27me3, is believed to arbitrategene expression during cell commitment. To study its precise role in development, we haveundertaken to study bivalency in the context of genomic…

Advisors/Committee Members: Arnaud, Philippe (thesis director).

Subjects/Keywords: Chromatine bivalente; Emprunte parentale; JMJD3; Corticogénése; Bivalent chromatin; Genomic imprinting; JMJD3; Corticogenesis; 610

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APA (6th Edition):

Montibus, B. (2016). Régulation et fonction de la chromatine bivalente chez les mammifères : l'emprunte parentale comme modèle. : Regulation and function of bivalent chromatin in mammals : genomic imprinting as a model. (Doctoral Dissertation). Clermont-Ferrand 1. Retrieved from http://www.theses.fr/2016CLF1MM23

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Montibus, Bertille. “Régulation et fonction de la chromatine bivalente chez les mammifères : l'emprunte parentale comme modèle. : Regulation and function of bivalent chromatin in mammals : genomic imprinting as a model.” 2016. Doctoral Dissertation, Clermont-Ferrand 1. Accessed September 22, 2018. http://www.theses.fr/2016CLF1MM23.

MLA Handbook (7th Edition):

Montibus, Bertille. “Régulation et fonction de la chromatine bivalente chez les mammifères : l'emprunte parentale comme modèle. : Regulation and function of bivalent chromatin in mammals : genomic imprinting as a model.” 2016. Web. 22 Sep 2018.

Vancouver:

Montibus B. Régulation et fonction de la chromatine bivalente chez les mammifères : l'emprunte parentale comme modèle. : Regulation and function of bivalent chromatin in mammals : genomic imprinting as a model. [Internet] [Doctoral dissertation]. Clermont-Ferrand 1; 2016. [cited 2018 Sep 22]. Available from: http://www.theses.fr/2016CLF1MM23.

Council of Science Editors:

Montibus B. Régulation et fonction de la chromatine bivalente chez les mammifères : l'emprunte parentale comme modèle. : Regulation and function of bivalent chromatin in mammals : genomic imprinting as a model. [Doctoral Dissertation]. Clermont-Ferrand 1; 2016. Available from: http://www.theses.fr/2016CLF1MM23


EPFL

3. Delachat, Aurore Marie-France. Genetically encoded multivalent sensors to detect bivalent epigenetic modifications in living stem cells.

Degree: 2017, EPFL

Eukaryotic DNA is organized in the form of chromatin whose basic unit is the nucleosome. The four core histones forming the nucleosome, H2A, H2B, H3 and H4 can be highly post-translationally modified, especially on their N-terminal tail protruding from the nucleosome particle. Histone post-translational modifications (PTMs) work combinatorially to establish chromatin states defined by specific gene expression status. Found in embryonic stem cells (ESCs) at promoters of key developmental genes, bivalent chromatin is the combination of the active chromatin mark, trimethylation of lysine 4 on histone H3 (H3K4me3) and the repressive mark, H3K27me3. Established and maintained by Polycomb (Pc) and Trithorax (Trx) proteins, bivalency is proposed to keep gene transcription repressed but poised for activation. How bivalent domains are organized within the nucleus and how it is installed by Pc and Trx is still unkown. In this work, we aim to answer these questions by designing probes that allow live cell imaging of bivalent domains and by studying the establishment and removal of H3K4 methylation on nucleosomes. The current lack of live cell imaging methods for PTM patterns prompt us to engineer genetically encoded sensors which bind to bivalent marks in a multivalent fashion. These sensors contain a fluorescent protein and two reader domains, joined by flexible linkers. Their selectivity for bivalent nucleosomes was tested in a pulldown assay with a library of differently modified reconstituted nucleosomes. For this, we obtained site-specifically modified histones via expressed protein ligation. The best probe was then applied in live ESCs to visualize bivalent domains. Subsequent imaging by confocal microscopy revealed the organization of bivalent chromatin into discrete and local clusters. Furthermore, this probe was employed to monitor loss of bivalency upon treatment with a small molecule epigenetic inhibitor. Then, we studied the histone-lysine N-methyltransferase Set1B and lysine-specific histone demethylase 1A (LSD1), enzymes which deposit and remove methyl groups of H3K4 respectively. We measured a mid-micromolar affinity for LSD1 to reconstituted nucleosomes using microscale thermophoresis. This interaction might have an impact on the recruitment of LSD1 to its target genes. We then measured the activity of Set1B complex on symmetrically modified H3K27me3 nucleosomes and on asymmetrically modified H3K4me3 nucleosomes. We showed that H3K27me3 does not influence the activity of Set1B complex whereas H3K4me3 activates Set1B-mediated deposition of methyl groups at K4 on the opposite H3 tail. This findings might have important implications concerning the establishment of bivalent chromatin. Together these results gave insights about multivalent binding of tandem reader domains, subnuclear bivalent chromatin organization and establishment of bivalent marks. In the future, we envisage to develop multivalent sensors for other PTM patterns of biological interest. Advisors/Committee Members: Fierz, Beat.

Subjects/Keywords: histone post-translational modifications; expressed protein ligation; bivalent chromatin; embryonic stem cells; reader domains; genetically encoded sensors; multivalent binding; site-specifically modified nucleosomes; LSD1; Set1B

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APA (6th Edition):

Delachat, A. M. (2017). Genetically encoded multivalent sensors to detect bivalent epigenetic modifications in living stem cells. (Thesis). EPFL. Retrieved from http://infoscience.epfl.ch/record/232438

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Delachat, Aurore Marie-France. “Genetically encoded multivalent sensors to detect bivalent epigenetic modifications in living stem cells.” 2017. Thesis, EPFL. Accessed September 22, 2018. http://infoscience.epfl.ch/record/232438.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

MLA Handbook (7th Edition):

Delachat, Aurore Marie-France. “Genetically encoded multivalent sensors to detect bivalent epigenetic modifications in living stem cells.” 2017. Web. 22 Sep 2018.

Vancouver:

Delachat AM. Genetically encoded multivalent sensors to detect bivalent epigenetic modifications in living stem cells. [Internet] [Thesis]. EPFL; 2017. [cited 2018 Sep 22]. Available from: http://infoscience.epfl.ch/record/232438.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Delachat AM. Genetically encoded multivalent sensors to detect bivalent epigenetic modifications in living stem cells. [Thesis]. EPFL; 2017. Available from: http://infoscience.epfl.ch/record/232438

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

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