▼ 

Orientadora : Profa. Dra. Thomaz Soccol

Coorientadora : Profa. Dra. Jane de Oliveira Peixoto

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Tecnologia, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia. Defesa: Curitiba, 17/02/2012

Bibliografia: fls. 116-119

Área de concentração: Saúde humana e animal

Resumo: Modernos sistemas de producao combinados ao planejamento e organizacao, fazem do Brasil o maior exportador e o terceiro maior produtor de carne de frango e seus derivados. Avancos significativos foram alcancados nas ultimas decadas, especialmente para caracteristicas como a conversao alimentar, periodo ate o abate, taxa de crescimento e porcentual de gordura. A elevada taxa de crescimento, no entanto, deixou mais evidente a necessidade de programas de melhoramento que aliem caracteristicas relacionadas ao crescimento e bem estar animal, a uma maior eficiencia e rendimento. Um dos problemas observados diz respeito a ma formacao ossea, consequencia de uma taxa de crescimento corporal que e desproporcional em relacao ao desenvolvimento osseo. Medidas para reduzir perdas envolvendo problemas osseos vem sendo estudadas. O uso de marcadores moleculares, em especial SNPs (polimorfismos de nucleotideo unico), tem sido uma das alternativas propostas. Neste trabalho foram sequenciados fragmentos dos genes calbidina, fator de transcricao "runt-related", osteopontina, osteoprotegerina, proteina morfogenetica ossea dois, sialoproteina ossea e sosteopontina, em dez amostras de DNA de aves de uma linhagem de corte e cinco amostras de uma linhagem de postura, pertencentes ao programa de melhoramento da Embrapa Suinos e Aves. Os polimorfismos foram identificados pela analise nos programas Standen Pakage, Clustal e Phred/Phrap/Consed/Polyphred. Foram identificados 92 SNPs e um Indel (Insercao-Delecao). Dois polimorfismos do tipo SNP, um no gene osteoprotegerina (OPG G217C) e outro na sialoproteina ossea (IBSP A211G) foram selecionados e genotipados por PCR-RFLP em quinhentas e dez aves de uma populacao referencia desenvolvida para estudos na area de genomica de aves. Os resultados da genotipagem foram avaliados pela analise de associacao no programa QxPaK v. 4.1 com oitenta caracteristicas de desempenho, carcaca e estrutura ossea. O SNP OPG G217C apresentou associacao significativa para o peso ao nascer (P=0.107 E-10), peso aos 21 (P=0.004), aos 35 (P=0.04) e aos 42 dias (P=0.01). Tambem foi observada associacao com o peso das asas (P=0.005), peso do osso do peito (P=0.02) e resistencia a flexao da tibia (P=0.05). Ja o SNP IBSP A211G demonstrou resultados significativos para o peso aos 41 dias (P=0.03), peso do file do peito (P=0.006), peso das asas (P=0.01), peso do osso do peito (P=0.008) e espessura da tibia (P=0.005). Alem destas, outras caracteristicas de desempenho e carcaca demonstraram resultados significativos para os SNPs OPG G217C e IBSP A211G. Novas investigacoes poderao ser feitas em futuros trabalhos, para que estes e outros SNPs sejam usados como marcadores…

Advisors/Committee Members: Peixoto, Jane de Oliveira, Soccol, Vanete Thomaz, 1954-, Universidade Federal do Paraná. Setor de Tecnologia. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia.

▼ 

Submitted by LUCAS ABRANTES DA SILVA null ([email protected]) on 2018-04-03T14:12:45Z No. of bitstreams: 1 Dissertação corrigida.doc: 21675520 bytes, checksum: ba8735ec17a5a3a5188ffc84432f246b (MD5)

Approved for entry into archive by Maria Irani Coito null ([email protected]) on 2018-04-06T13:36:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_la_me_arafcf_par.pdf: 4060106 bytes, checksum: 9eb16bc997dbe4195b9ebdb69cc876af (MD5)

Made available in DSpace on 2018-04-06T13:36:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_la_me_arafcf_par.pdf: 4060106 bytes, checksum: 9eb16bc997dbe4195b9ebdb69cc876af (MD5) Previous issue date: 2018-01-29

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

O subcomplexo Triatoma rubrovaria é constituído por: T. carcavalloi, T. circummaculata, T. klugi, T. limai, T. oliverai, T. pintodiasi e T. rubrovaria, que podem veicular T. cruzi, agente etiológico da doença de Chagas. A partir de triatomíneos coletados no estado do Rio Grande do Sul e de colônias mantidas em laboratório, foram estudados caracteres morfológicos, morfométricos e moleculares de T. carcavalloi, T. circummaculata, T. pintodiasi, T. klugi e T. rubrovaria. Nos estudos morfológicos foram examinados caracteres da cabeça, tórax dorsal/ventral e abdômen. Por meio de microscopia eletrônica de varredura foram observados 17 caracteres que contribuíram para a identificação das cinco espécies do subcomplexo T. rubrovaria. Doze caracteres da cabeça, um do tórax e um do abdômen foram estudados por morfometria e avaliados por análises estatísticas. As análises morfométricas possibilitaram diferenciar as cinco espécies, entretanto T. circummaculata e T. pintodiasi mostraram-se distintas por apenas três parâmetros morfométricos. Por microscopia óptica foram desenvolvidos estudos por morfometria geométrica de cabeças e asas. Os estudos moleculares foram realizados por meio de sequenciamento e análise dos genes mitocondriais COI, Cytb, 16S e indicaram que T. circumaculata e T. pintodiasi são espécies afins e estão inseridas no subcomplexo T. rubrovaria juntamente com T. carcavalloi, T. klugi e T. rubrovaria. Em T. circumaculata e T. pintodiasi os genes mitocondriais COI e 16S são mais distantes evolutivamente de T. carcavalloi e T. klugi, enquanto que para o gene Cytb a maior distância evolutiva é em relação a T. carcavalloi. Os resultados obtidos mostram que T. circummaculata e T. pintodiasi são espécices afins e diferem morfologicamente quanto ao pronoto, escutelo, sulco estridulatório e genitália externa feminina, assim como nas análises moleculares com os três genes mitocondriais.

The subcomplex Triatoma rubrovaria is composed for T. carcavalloi, T. circummaculata, T. klugi, T. limai, T. oliverai, T. pintodiasi and T. rubrovaria, which can carry T. cruzi, etiologic agent of Chagas' disease. From triatomines collected in the state of Rio Grande do Sul and colonies kept in the laboratory, were studied morphologic, morphometric and molecular characters of T. carcavalloi, T. circummaculata, T. pintodiasi, T. klugi…

Advisors/Committee Members: Universidade Estadual Paulista (UNESP), Rosa, João Aristeu da.

▼ O Triatoma brasiliensis é encontrado nos estados da Bahia e Minas Gerais e é um dos principais vetores da doença de Chagas. Para facilitar a hematofagia, os triatomíneos liberam na pele do hospedeiro vertebrado uma grande variedade de moléculas bioativas presentes na saliva. O sialotranscriptoma do T. brasiliensis apresentou cinco .contigs. com homologia à tripsina. A presença de enzima salivar semelhante à tripsina não é comum em insetos hematófagos. Além disto, a tripsina quando em contato com a pele é capaz de desencadear prurido, o que poderia ser desvantajoso para o inseto, pois aumentaria sua chance de ser percebido ou morto pelo hospedeiro. Neste contexto, o nosso objetivo central foi caracterizar a atividade proteolítica salivar do T. brasiliensis bem como investigar o seu mecanismo de ativação. Tanto o extrato de glândula salivar (EGS) como a saliva de T. brasiliensis apresentaram atividade sobre o substrato cromogênico BApNA. Nas mesmas condições experimentais, a atividade sobre BApNA obtida com o EGS de T. brasiliensis foi maior do que com o EGS de T. infestans e R. prolixus, sendo que esta ultima espécie não apresentou atividade sobre este substrato. A curva de pH (5-10) x atividade permitiu observar que a atividade do EGS de T. brasiliensis sobre o BApNA apresenta dois picos distintos (pH 7,0 e 8,5). Todos os inibidores enzimáticos testados de serino proteases em geral (3,4 DCI) e de tripsina (TLCK e SBTI) foram capazes de inibir a atividade do EGS de T. brasiliensis sobre o BApNA, sobretudo o 3,4 DCI que apresentou uma inibição de 63,9% em pH 7,0 e 75,1% em pH 8,0. Quando se adicionou pepstatina A (um inibidor de aspartil protease) antes do rompimento das estruturas salivares para o preparo do EGS, a atividade proteolítica foi fortemente inibida, sugerindo que a atividade semelhante à tripsina salivar de T. brasiliensis é ativada por uma aspartil protease. Ensaios realizados com o extrato do canal salivar (ECS) mostraram que ele é capaz de ativar a atividade tripsinolítica salivar como também é capaz de hidrolizar um substrato para aspartil proteases (Abz-AINFFSRQEDD-Pp). Os dados obtidos com a centrifugação do ECS sugerem que este componente ativador está ligado à membrana celular. Este conjunto de informações sugere que o T. brasiliensis possui pelo menos duas enzimas com atividade semelhante à tripsina na sua saliva e que estas provavelmente são ativadas quando passam pelo canal salivar antes de serem liberadas na pele do hospedeiro. Além disto, foi possível localizar a expressão de um dos .contigs. de enzima semelhante a tripsina (DQ846808) nas subunidades D1 e D2 da glândula salivar de T. brasiliensis. Também foi possível reduzir a expressão do .contig. DQ 846808 pela técnica do RNAi. Advisors/Committee Members: Marcos Horacio Pereira, Ricardo Nascimento Araujo, Marcos Horacio Pereira, Jorge Luiz Pesquero, Nelder de Figueiredo Gontijo, Ricardo Nascimento Araujo.

▼ 

Tese de mestrado em Bioquímica (Bioquímica Médica), apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2011

O Triatoma Vírus (TrV) é um patogénio de Triatoma infestans, o mais importante vector responsável pela Tripanosomose Americana, patologia também conhecida como doença de Chagas, causada pela infecção com o protozoário Trypanosoma cruzi. Devido ao seu modo de transmissão, especula-se que milhões de seres humanos e animais residentes em zonas endémicas para a doença de Chagas já estiveram expostos ao TrV. No entanto, até à presente data o TrV só foi encontrado em populações de triatomíneos de algumas regiões da Argentina. Tendo em conta a transmissão horizontal, vertical bem como a alta patogenicidade, o TrV é considerado um potencial agente no controlo biológico do Triatoma infestans. Contudo, alguns aspectos permanecem por esclarecer, como a infectividade de TrV em modelo animal. Assim, os dois principais objectivos deste estudo são pesquisar a presença de anticorpos anti-TrV em soros de pacientes com doença de Chagas, residentes ou não em países endémicos e estudar a possível infectividade de TrV em modelo animal (Mus musculus, BALB/c). Na pesquisa de anticorpos anti-TrV em soros de pacientes com doença de Chagas utilizou-se soros de pacientes residentes no Brasil, Cuba e soros de pacientes residentes em Portugal e que estiveram em zonas endémicas para a doença de Chagas. No estudo da possível infectividade do TrV utilizou-se cinco grupos de murganhos Mus musculus (BALB/c), onde cada grupo foi inoculado com diferentes concentrações de TrV e partículas vazias de TrV. A partir da análise imunoquímica, através de ELISA anti-TrV, pode-se constatar que não é possível encontrar anticorpos específicos anti-TrV em soros desses pacientes. Contudo, pode-se observar que todos os soros de pacientes com doença de Chagas, bem como soros de pacientes que nunca estiveram em zonas endémicas para a doença de Chagas apresentam uma certa reactividade frente a antigénios do TrV. A análise das amostras de sangue e do soro dos murganhos por RT-PCR e por ELISA, permite concluir que TrV não é infectivo para murganhos. Estes resultados em conjunto, bem como os resultados de estudos anteriores podem reforçar a hipótese da utilização de TrV como ferramenta no controlo biológico da doença de Chagas.

Triatoma virus (TrV) is a viral pathogen of the blood-sucking reduviid bug Triatoma infestans, the main vector of human Chagas disease, also called American Trypanosomiasis, caused by infection with the protozoan Trypanosoma cruzi. Due to its mode of transmission, it is speculated that millions of humans and animals living in endemic areas for Chagas disease have been exposed to the TrV. However, to date the TrV was only found in populations of triatomines from Argentina. Taking into account the horizontal and vertical transmission as well as the high pathogenicity, the TrV is considered a potential agent in biological control of Triatoma infestans. However, some aspects remain unclear, as the TrV infectivity in an…

Advisors/Committee Members: Silva, Marcelo Sousa, Meireles, Margarida, 1955-.

▼ 

Exportado OPUS

Made available in DSpace on 2019-08-11T18:58:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 disserta__o_fernanda_f._rocha_ufmg__vers_o_final_2010_.pdf: 3685777 bytes, checksum: ad772a276a84e3b243a8287a7f0d445c (MD5) Previous issue date: 29

Triatomíneos são insetos hematófagos vetores do Trypanosoma rangeli e do T. cruzi. A capacidade vetorial dos triatomíneos em hospedeiro humano está diretamente relacionada à sua performance alimentar. O objetivo deste trabalho foi obter e padronizar cultivo primário de glândula salivar, canal salivar e intestino médio anterior de triatomíneos para o estudo de moléculas bioativas relacionadas com a hematofagia. As células de glândula salivar de Rhodnius prolixus permaneceram viáveis em cultura por 30 dias. Três tipos de células foram identificados nas culturas de glândula salivar ao MO: o tipo I com células alongadas e fusiformes, o tipo II globosas e com dois núcleos evidentes e o tipo III globosas e uninucleadas. As células do tipo II foram as mais abundantes independentemente da idade do cultivo. O material secretado (MS) das culturas de glândula salivar apresentou as atividades anticoagulante e apirásica e uma maior concentração de bandas na faixa de 15-25 kDa. No cultivo de canal salivar de R. prolixus foram observadas apenas células uninucleares que se apresentaram aderidas ao ducto salivar, formando uma camada única de células justapostas. A partir do terceiro dia de cultivo foram observados grânulos de secreção se formando ao redor das células do canal, indicando que as células estavam metabolicamente ativas e sugerem que o canal salivar possui outras funções além de simplesmente conduzir a saliva em direção as peças bucais do inseto. Entretanto, não foi evidenciada atividade anticoagulante e apirásica no MS do cultivo de canal salivar. Já os cultivos de intestino médio anterior de Triatoma brasiliensis e de T. infestans, ao MO, apresentaram células globosas, geralmente agrupadas. No interior destas células verificou-se a presença de vesículas, sugerindo produção de biomoléculas. No MS dos cultivos intestinais detectou-se as atividades anticoagulante e lisozímica. A adição de ecdisona nos cultivos intestinais de T. infestans alterou o perfil protéico e de atividade anticoagulante em relação ao controle (sem adição de hormônio), sugerindo uma ação inibidora sobre a produção de biomoléculas intestinais. Já a adição de serotonina aparentemente não alterou o perfil protéico e nem das atividades anticoagulante e lisozímica. Entretanto, o teste de viabilidade detectou que a maioria das células intestinais de T. brasiliensis e T. infestans encontraram-se mortas no oitavo dia de cultivo. A curta sobrevida do intestino médio anterior nas condições de cultivo utilizadas no presente trabalho provavelmente dificultou o estudo da influência hormonal sobre a atividade das células intestinais. Nossos resultados demonstraram que é possível obter cultura primária de glândula salivar, canal salivar e intestino médio anterior de triatomíneos para o estudo de biomoléculas in vitro.

Advisors/Committee Members: Marcos Horacio Pereira, Nelder de Figueiredo Gontijo, Alan Lane de Melo, Mauricio Roberto Viana Sant'anna.

▼ 

CNPq

A descoberta da mutação JAK2V617F foi um marco diagnóstico para pacientes com neoplasias mieloproliferativas crônicas (NMPC) – cromossomo Filadélfia (Ph) negativo. Esta mutação encontra-se, presente em quase todos os pacientes com policitemia vera (PV, 97%) e em cerca de 50% dos pacientes com trombocitemia essencial (TE) e mielofibrose primária (MFP). Posteriormente, outras mutações foram descritas de maneira mutuamente exclusiva, como: alterações no éxon 12 do gene JAK2, no gene codificador para receptor da trombopoetina (MPL) e no gene calreticulina (CALR). Ainda que a caracterização molecular desses pacientes seja uma ferramenta diagnóstica imprescindível, permanece sob estudo as implicações que essas alterações causam no fenótipo da doença. Neste trabalho realizamos a caracterização molecular de 260 pacientes com NMPC Ph-negativo e associamos esses achados às características clínicas e laboratoriais. Para a mutação JAK2V617F, a caracterização molecular foi realizada por meio de reação em cadeia da polimerase seguido por digestão com enzima de restrição (BsaXI). Sequenciamento Sanger foi utilizado para mutações no éxon 12 do gene JAK2 e no éxon 9 do gene CALR utilizamos. A mutação JAK2V617F foi identificada em 87% (60/69) dos pacientes com PV e 50% (94/189) dos pacientes com TE e MFP. As mutações no gene CALR foram encontradas em 42% (37/88) dos pacientes com TE e MFP JAK2V617F negativos e para os que também não tinham mutações no gene CALR foi feita a pesquisa no gene MPL, onde 16/48 apresentaram mutações. Ao associar os achados moleculares com as características clínicas, os pacientes com TE CALRᵐᵘᵗ apresentaram ao diagnóstico maior contagem de plaquetas (P=0,002) e menor número de leucócitos (P=0,016); nos pacientes com MFP JAK2V617F positivo, a contagem de leucócitos se mostrou aumentada (P=0,01) em comparação aos outros grupos. Com nossos dados foi possível caracterizar a coorte quanto ao status mutacional e características clínicas, valideo-a de acordo com os critérios preconizados pela OMS, além de mostrar as diferenças clínicas e laboratoriais existentes com base nos marcadores moleculares diagnósticos, dados que irão auxiliar no acompanhamento e conduta terapêutica dos pacientes.

The discovery of JAK2V617F mutation was a hallmark in diagnostic for patients with Myeloproliferative neoplasm (MPN) – Philadelphia (Ph) cromossome negative. Such mutation is present in the majority of patient with policythemia vera (PV) e about 50% of patients with essencial thrombocytemia (ET) e primary mielofibrosis (PMF). Subsequently, other mutations were described in a mutual exclusive manner, such as mutations in éxon 12 of JAK2, in the MPL gene which encoding thrombopoetin receptor e CALR gene. Although the molecular characterization of these patients is meatory for diagnosis proposes, it is unclear if these alterations are responsible for the disease phenotype. Here, we performed the molecular characterization of 260 patients with MPN Ph – negative e correlate these findings with clinical e laboratorial…

Advisors/Committee Members: http://lattes.cnpq.br/9519574368895128, ARAÚJO, Antonio Roberto Lucena de, BEZERRA, Marcos André Cavalcanti.

▼ 

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2012.

O Z-DNA é uma conformação alternativa da molécula de DNA envolvida na regulação da expressão gênica. Porém, a função específica desta estrutura no metabolismo celular ainda não foi totalmente elucidada. Este trabalho apresenta um fluxograma de análise que utiliza o ambiente R para investigar regiões potencialmente formadoras de Z-DNA (ZDRs) ao longo de genomas. Tal método combina a análise termodinâmica empregada pelo conhecido software Z-Catcher com a capacidade de manipulação de dados biológicos dos pacotes do Bioconductor. A metodologia desenvolvida foi aplicada no cromossomo 14 do genoma humano como estudo de caso e com isso foi possível estabelecer uma correlação entre as ZDRs e os sítios de início da trancrição (TSSs), que se mostrou de acordo com resultados de estudos anteriores. Além disso, foi possível demonstrar que ZDRs posicionadas no interior de genes tendem a ocorrer preferencialmente em introns ao invés de exons e que ZDRs à montante dos TSSs podem ter correlação positiva com estimulação da atividade da RNA polimerase. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT

Z-DNA is an alternative conformation of the DNA molecule implied in regulation of gene expression. However, the exact role of this structure in cell metabolism is not yet fully understood. Presented in this work is a novel Z-DNA analysis work ow which employs the R software environment to investigate Z-DNA forming regions (ZDRs) throughout genomes. It combines thermodynamic analysis of the well-known software Z-Catcher with biological data manipulation capabilities of several Bioconductor packages. The methodology was applied in the human chromosome 14 as a case study. With that, a correlation was established between ZDRs and transcription start sites (TSSs) which is in agreement with previous reports. In addition, the work ow was able to show that ZDRs which are positioned inside genes tend to occur in intronic sequences rather than exonic and that ZDRs upstream to TSSs may have a positive correlation with the up-regulation of RNA polymerase activity.

Advisors/Committee Members: Alencar, Tainá Raiol, Brígido, Marcelo de Macedo.

▼ 

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2020.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

DNA Barcoding é um método molecular utilizado para facilitar a identificação de espécies, que consiste em obter sequências curtas de DNA a partir de uma região padronizada do genoma, que atenda aos seguintes critérios: variabilidade genética suficiente a nível das espécies, sequência curta para facilitar a extração e amplificação de DNA e presença de regiões conservadas para o desenvolvimento de primers. Para elaborar uma estratégia de DNA Barcoding para musgos utilizamos dois gêneros da família Orthotrichaceae: (i) Schlotheimia, devido a identificação morfológica das espécies somente ser possível se a planta estiver fértil e (ii) Macromitrium, devido a sua complexidade morfológica, e a falta de conhecimento sobre a real diversidade brasileira desse grupo. Este trabalho teve como objetivo principal elaborar uma estratégia de DNA Barcoding ou ferramenta molecular para identificação das espécies dos gêneros Schlotheimia e Macromitrium, testando 3 marcadores moleculares (trnL-F, trnG-R e ITS) visando à solução de possíveis problemas taxonômicos, contribuindo com dados moleculares para o desenvolvimento futuro de trabalhos em larga escala de DNA Barcoding. Como objetivo secundário, verificar os 64 nomes de Macromitrium citados para o Brasil (20 nomes aceitos e 44 nomes excluídos da flora do Brasil) buscando esclarecer sua validade e identificação correta, contribuindo para o conhecimento da diversidade de espécies de Macromitrium ocorrentes no Brasil. Para DNA Barcoding foram utilizadas 87 sequências para Schlotheimia e 108 para Macromitrium. Para morfologia e filogenia de Macromitrium foram analisados o material typus para 64 espécies e utilizadas 111 sequências de 4 marcadores moleculares (trnL-F, rps4, nad5 e 26S), respectivamente. Foram realizadas análises de máxima parcimônia, máxima verossimilhança, inferência bayesiana, neighbour-joining, Automatic Barcode Gap Discovery (ABGD) e variação intra e interespecífica. Nossos dados evidenciaram que o gênero Schlotheimia é monofilético. Já o gênero Macromitrium não é um grupo monofilético ocorrendo a formação de três grupos diferentes: MG1 (gênero Macromitrium verdadeiro), MG2 (novo gênero Pseudomacromitrium) e MG3 (novo gênero Aureomacromitrium). O melhor candidato a marcador de DNA Barcoding foi trnG-R devido à sua fácil amplificação, boa qualidade das sequências e capacidade de discriminação das espécies de ambos os gêneros. O marcador nuclear ITS foi fácil de amplificar e apresentou maior variação em relação aos marcadores plastidiais, porém foi difícil de alinhar e apresentou sequências de baixa qualidade devido a trechos de polinucleotídeos ou contaminação por fungos. TrnL-F teve a pior performance entre os marcadores testados, apresentando baixo…

Advisors/Committee Members: Stech, Michael, Câmara, Paulo Eduardo Aguiar Saraiva.

▼ Resumo: Esta dissertação consiste de duas partes. Na primeira parte, apresentamos de forma abreviada a Teoria Mecânico-Quântica Molecular. A seguir, descrevemos o método semi-empírico INDO/1. Dentro do formalismo deste método foi recentemente proposta uma modificação das integrais de ressonância (Hµv), modificação esta testada por Da Motta e Zemer. Na segunda parte, com base no atual conjunto de parâmetros, propomos um conjunto alternativo para o oxigênio. Os resultados obtidos com este conjunto são analisados em detalhe para um grande número de diferentes sistemas. É demonstrado que este conjunto alternativo é competitivo com outros métodos semiempíricos disponíveis. Em particular, alguns sistemas que não eram corretamente descritos pelo conjunto anterior agora apresentam resultados encorajadores: dímero de água, óxido de etileno, óxidos de elementos do terceiro período da Tabela Periódica. Fizemos também alguns experimentos no cálculo de freqüências vibracionais, mas os resultados obtidos não são mais acurados que os obtidos com outros métodos disponíveis. Palavras-chaves: Química Quântica Molecular, métodos semi-empíricos, INDO/1, integrais de ressonância, oxigênio. Advisors/Committee Members: Universidade Federal do Parana, Motta Neto, Joaquim Delphino da, 1961-.

▼ [Resumen] Sorl1 se ha descrito como un importante factor de riesgo para la enfermedad de Alzheimer. Estudios recientes de GWAS también han asociado Sorl1 con obesidad en humanos y en modelos de ratón, y se sabe que es un importante regulador negativo de la termogénesis, lo que sugiere que este receptor puede desempeñar un papel en la regulación del metabolismo. Rb1 parece ser esencial en el mantenimiento de la capacidad adipogénica y en la diferenciación a adipocitos blancos, también actúa como un modulador negativo de la diferenciación de adipocitos marrones. Con el fin de comprobar si la expresión de Sorl1 y Rb1 se alteran en condiciones de estrés metabólico y durante el fenómeno de browning, y si podría existir una relación entre la expresión de ambos genes, se analizaron sus niveles de expresión en diferentes modelos de estrés metabólico en ratas y una línea celular de preadipocitos de ratón, antes y después de su diferenciación tanto a adipocitos blancos como beige. Los resultados muestran que tanto el ayuno como la diabetes tipo I disminuyen los niveles de expresión de Sorl1 tanto en tejido adiposo blanco como pardo, y que es necesario un descenso en la expresión de Sorl1 y un aumento en la expresión de Rb1 para que se produzca la diferenciación de preadipocitos a adipocitos maduros. Advisors/Committee Members: Sangiao-Alvarellos, Susana (advisor), Cordido, Fernando (advisor).

▼ 

Orientador: Maria Luiza Silveira Mello

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia

Made available in DSpace on 2018-07-23T21:11:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tavares_MariaCristinaHenrique_M.pdf: 4778346 bytes, checksum: 04124e579018c8ad7639bb9e72002911 (MD5) Previous issue date: 1998

Resumo: A incidência de morte celular por apoptose bem como de outros fenômenos de resposta celular ao choque hipertérmico de 40°C, por 1 hora, foi pesquisada em túbulos de Malpighi de ninfas de 4Q estadio e adultos machos de Triatoma infestans (Klug). Foram analisados espécimes bem alimentados e espécimes submetidos a jejum moderado 7, 14 e 30 dias pós-choque, bem como respectivos controles. Foram analisadas montagens totais dos órgãos após reação de Feulgen, teste com ApopTagTM (Oncor) e método de concentração crítica de eletrólitos (CEC), usado para evidenciar núcleos apoptóticos. Com a reação de Feulgen foram bem discriminados e quantificados núcleos com diferentes fenótipos nos túbulos de Malpighi. O teste com ApopTagTM se prestou à descrição de fases precoces do fenômeno de apoptose. O método de CEC foi descartado para estudo de frequências de apoptose por particularidades do material. Ao lado de apoptose, com o choque hipertérmico foi detectada morte celular por necrose e fenômenos admitidos como de sobrevivência celular, como fusão nuclear (núcleos gigantes) e descompactação de heterocromatina, além da maior ftequência de núcleos apresentar fenótipo normal (eficiência de hsp?). Os fenômenos de apoptose, necrose e fusão nuclear colaboram para uma redução na ftequência nuclear total e dos fenótipos normais usuais com o choque térmico. Nas ninfas o choque térmico intensifica o processo de apoptose induzido pelo jejum, especialmente 7 dias após o choque. Já o aumento significativo de necroses é posterior ao das apoptoses (14 dias pós-choque). A descompactação de heterocromatina também é elicitada mais tardiamente após o choque (14 dias) em ninfas bem alimentadas, porém quando este fenótipo é elicitado pelo jejum, sua incidência não se altera com o choque de temperatura. A fusão nuclear é elicitada mais por baixa nutrição do que pelo choque de temperatura, podendo se intensificar quando os dois fatores estressantes são associados. Nos adultos não só a incidência de morte celular é mais baixa como mais tardia, além do que a descompactação de heterocromatina e a fusão de núcleos ser bem pouco frequente, o que nos leva a supor que os mecanismos de sobrevivência celular envolvendo as hsp sejam possivelmente mais eficientes. Com relação aos fenômenos de morte celular descritos, estes não afetaram a sobrevivência dos insetos. No caso dos mbulos de Malpighi a morte de uma certa fração de células pode ser talvez compensada pelos fenômenos de sobrevivência celular, e pelo número e tamanho elevado de células que poderiam executar as funções típicas do órgão sem grandes prejuízos. Quanto à variabilidade nuclear individual frente ao choque hipertérmico e/ou jejum, está de acordo com descrições já…

Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS, Mello, Maria Luiza Silveira, 1943-, Hackel, Christine, Ribeiro, Odair Benedito.

▼ 

Submitted by Oliveira Flávia ([email protected]) on 2014-02-20T14:56:33Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_EstudoFitoquímicoAtividade.pdf: 2399630 bytes, checksum: b8c71b38c37e05883028537e2d0972e7 (MD5)

Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho ([email protected]) on 2014-02-26T12:19:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_EstudoFitoquímicoAtividade.pdf: 2399630 bytes, checksum: b8c71b38c37e05883028537e2d0972e7 (MD5)

Made available in DSpace on 2014-03-12T11:50:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_EstudoFitoquímicoAtividade.pdf: 2399630 bytes, checksum: b8c71b38c37e05883028537e2d0972e7 (MD5) Previous issue date: 2013

Austroplenckia populnea é uma espécie vegetal representante da família Celastraceae encontrada no cerrado brasileiro, principalmente nos estados de Minas Gerais e Bahia, onde é conhecida como mangabarana, marmelinho do campo e piúva branca. Suas folhas são utilizadas na medicina popular para o tratamento de doenças do trato gastrintestinal como úlcera, gastrite, acidez crônica e outras afecções do gênero. A proposta deste estudo consistiu na realização de investigação fitoquímica e avaliação de citotoxicidade de extratos e frações de folhas de Austroplenckia populnea. A partir do extrato hexânico de folhas de A. populnea, foi isolado o diterpeno neo clerodano 7-hidroxi-3,13-clerodadieno-16,15:18,19-diolideo, ainda não isolado em plantas da família Celastraceae. Além desse diterpeno, isolou-se um grupo de terpenos já encontados nessa família em outros estudos: friedelina, fridelinol e lupeol,. O extrato etanólico foi fracionado e nessas frações, pesquisou-se a presença de compostos fenólicos, saponinas, terpenos, esteroides e alcaloides. O extrato etanólico e o metanólico foram avaliados, in vitro, frente aos seus potenciais citotóxicos, para isso, foram utilizadas células tumorais de mama de Murino (4T1). O extrato etanólico apresentou maior potencial citotóxico do que o extrato metanólico. Ao se comparar as frações do extrato etanólico, a fração não hexânica foi capaz de inibir o maior número de células. O estudo fitoquímico de Austroplenckia populnea contribuiu para caracterização de extratos e frações, além do isolamento de moléculas. A investigação do potencial citotóxico de extratos e frações traz perspectivas para estudos de outras atividades biológicas ainda não descritas que podem vir a ser atribuídos a essa planta.

Austroplenckia populnea (Celastraceae) is found in the Brazilian Cerrado, especially in the states of Minas Gerais and Bahia. It is populary known as mangabarana, marmelinho do campo and piuva branca. Its leaves are used in folk medicine for the treatment of diseases of the gastrointestinal tract such as ulcer, gastritis, acidity and other chronic disorders of gender. This work aims to study phytochemical…

Advisors/Committee Members: Souza, Gustavo Henrique Bianco de, Vieira Filho, Sidney Augusto.

▼ 

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-18Bitstream added on 2015-04-09T12:48:06Z : No. of bitstreams: 1 000816635.pdf: 1408307 bytes, checksum: 5daacbf627e5bb9b1039a599a8e5bed4 (MD5)

O presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência da infecção e realizar a caracterização molecular de Cryptosporidium spp. em caprinos jovens do município de Quixadá, Ceará, Brasil. Participaram do estudo um total de 400 animais, com idade entre três e 360 dias, com e sem padrão racial definido, nos quais 154 eram machos e 246 fêmeas, procedentes de 25 estabelecimentos rurais distribuídos em três circuitos. Amostras de fezes foram obtidas diretamente da ampola retal dos cabritos e cadastradas de acordo com o aspecto e a coloração. Uma quantidade de 200 mg de cada amostra foi distribuída em microtubos de 2 mL e congeladas “in natura” a -20 °C, até o momento das extrações de DNA genômico do parasito com auxílio de kit comercial. Todas as amostras foram submetidas a “Nested”-PCR para amplificação de fragmentos do gene da subunidade 18S RNA ribossômico. As positivas nesta amplificação foram testadas na “Nested”-PCR com os genes actina e HSP 70. As amostras que tiveram amplificação nesses três genes foram submetidas a “Nested”-PCR em triplicata e posterior sequenciamento nas direções “sense” e “anti-sense”. A ocorrência da infecção por Cryptosporidium spp. em cabritos de Quixadá foi de 7,50% (30/400) e 64,00% (16/25) das propriedades tinham cabritos positivos. O distrito Tapuiará foi o que apresentou maior número de animais positivos, e a frequência no período seco e chuvoso foi de 9,55% (19/199) e 5,47% (11/201), respectivamente (P = 0,1218). Das 30 amostras de fezes positivas, 50,00% (15/30) tinham aspecto normal e 70,00% (21/30) coloração normal, sugerindo que cabritos assintomáticos eliminam oocistos no ambiente. Não foi observada positividade para Cryptosporidium spp. em animais com 301 a 360 dias. Por meio do sequenciamento foi possível identificar que as espécies do coccídio detectadas nas fezes dos cabritos foram Cryptosporidium xiaoi ...

The present study aimed to evaluate the occurrence of infection and perform molecular characterization of Cryptosporidium spp. in goats kids from the town of Quixadá – state of Ceará – Brazil. A total of 400 animals, 154 males and 246 females, with aged between three and 360 days, with and without defined breed, from 25 farms distributed in three circuits, participated in this study. Stool samples were obtained directly from the goats rectum and registered in accordance to their appearance and coloring. An amount of 200 mg of each sample, were distributed in micro tubes of 2 mL and frozen “in nature” at -20 °C until the moment of extraction of the parasite genomic DNA using a commercial kit. All samples were submitted to Nested-PCR to amplify fragments of 18S subunit of ribosomal RNA. The positives samples in this amplification were tested in Nested-PCR with actin and HSP 70 genes. Samples that were amplified in these…

Advisors/Committee Members: Universidade Estadual Paulista (UNESP), Bresciani, Katia Denise Saraiva [UNESP], Vieira, Luiz da Silva [UNESP], Meireles, Marcelo Vasconcelos [UNESP].

▼ 

Orientadora: Prof.ª Dr. ª Beatriz Gomes Guimarães

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências (Bioquímica). Defesa : Curitiba, 22/03/2018

Inclui referências: p.75-79

Resumo: A Doença de Chagas, causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi, mesmo mais de um século depois de sua descrição ainda é um problema atual de saúde pública. Não há vacina contra a doença e acredita-se que o tratamento existente seja realmente eficiente apenas para a fase aguda, tendo sido relacionado com graves efeitos colaterais. Buscando assim maior seletividade, o desenvolvimento de novos compostos visando terapias para a Doença de Chagas tem focado na identificação de mecanismos moleculares únicos no parasita em relação ao seu hospedeiro mamífero. Dentre as características singulares a tripanossomatídeos destacam-se algumas relacionadas à maquinaria de tradução, como a estrutura diferenciada de cap do mRNA, o cap4, e a presença de um grande número de homólogas de fatores de iniciação da tradução, dentre eles a proteína ligadora de cap eIF4E. As interações entre os fatores de iniciação de tradução dos tripanossomatídeos também apresentam especificidades, como, por exemplo, a interação realizada por diferentes EIF4E com os fatores EIF4G para a formação de complexos EIF4F-like. Neste contexto, o projeto teve como objetivo a análise de interações realizadas pelos fatores EIF4E de T. cruzi (TcEIF4E) com análogos do cap do mRNA e entre os fatores TcEIF4E5 e TcEIF4G5, e assim a caracterização de uma interação espécie-específica. As homólogas TcEIF4E1 e 5 foram produzidas em Escherichia coli e purificadas por cromatografia. Formas truncadas recombinantes da TcEIF4G5 foram também produzidas, purificadas e submetidas a ensaios de interação com a TcEIF4E5. A interação direta entre TcEIF4E5-TcEIF4G5 foi demonstrada através da técnica de termoforese em microescala, determinando-se que a interação envolve a região N-terminal da TcEIF4G5. Visando a determinação da estrutura cristalográfica o homólogo TcEIF4E5 foi cristalizado em presença de análogos cap. O domínio MIF da TcIF4G5 também foi cristalizado. Análises de modelagem estrutural das homólogas TcEIF4E indicam a presença de modificações importantes em regiões chave para a interação entre tais proteínas e a estrutura do cap do mRNA, sugerindo que as TcEIF4E possuem funcionalidades distintas no maquinário de iniciação de tradução. Palavras-chave: Tripanossomatídeos. Fatores de iniciação da tradução. Interações moleculares. Análises estruturais.

Abstract : Chagas disease, caused by Trypanosoma cruzi, remains a public health problem, over a century since the disease discovery. There is no approved vaccine and the existing treatment is thought to be effective only for the acute phase besides being associated to severe side effects. In the search for higher selectivity, the development of novel compounds aiming Chagas disease therapy have focused on molecular mechanisms that are unique to the parasite. Among the…

Advisors/Committee Members: Guimarães, Beatriz Gomes, Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Ciências (Bioquímica).

▼ 

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T20:10:17Z : No. of bitstreams: 1 pozzobon_apb_me_rcla_parcial.pdf: 119339 bytes, checksum: fe941057be22a48506e9aadf4e29a203 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-25T13:01:01Z: pozzobon_apb_me_rcla_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-25T13:03:22Z : No. of bitstreams: 1 000696223_20151201.pdf: 110718 bytes, checksum: b3b89d8dbba0c78747e056094b37dc3b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:29Z: 000696223_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:23Z : No. of bitstreams: 1 000696223.pdf: 670357 bytes, checksum: 9fe4afa1ab1e4b8d59d3963a7f677962 (MD5)

Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP)

O gênero Astyanax é um dos maiores, mais complexo e bem distribuído entre os gêneros de peixes de água doce da região Neotropical. Sua amplitude ocorrendo desde o sul da América do Norte até a região central da Argentina, faz com que ele se encontre em uma grande quantidade de ambientes diferenciados impossibilitando, muitas vezes, o fluxo genético, isolando populações e espécies. Dados morfológicos, citogenéticos e moleculares estão sendo levantados, entretanto a taxonomia do gênero continua confusa e incerta, reforçando a necessidade de um amplo estudo de sistemática molecular. Nesse sentido caracterizamos parte das espécies de Astyanax existentes para estabelecer as relações filogenéticas entre os grupos, utilizando os genes mitocondriais Citocromo B (CitB) e ATP sintetase 6 e 8 (ATPase 6/8), completamente seqüenciados apresentando 1090bp e 846pb respectivamente. Foram analisados 57 indivíduos pertencentes a 30 espécies de Astyanax, sendo oito provenientes da América Central e 22 da América do Sul, mais 7 indivíduos de 5 gêneros utilizados como grupo externo, para os genes ATPase 6/8. Obteve-se um numero menor de indivíduos para o gene CitB, 47 pertencentes a 25 espécies de Astyanax, mais 6 gêneros próximos representados cada por 1 individuo. Utilizamos os métodos de Parcimônia, Distancia, Verossimilhança e Analise Bayesiana para inferir as relações filogenéticas entre as espécies. Encontramos uma profunda diferenciação entre as da América Central e do Sul, assim como das espécies costeiras com as demais, sendo que essas são basais para todo o grupo. O alto valor de divergência das seqüências das espécies costeiras com as demais (acima de 30%) é similar a encontrada entre diferentes gêneros de Characidae, utilizando a taxa de evolução de 1,3%/ma para os genes...

The genus Astyanax is one of the largest and well distributed among the freshwater fishes from the Neotropical region. It’s found since south of North America until the central region of Argentina, being founded in a lot of different environments, many times, which difficulties in maintaining the gene flux, isolating populations and species. Morphological, cytogenetically and molecular data has been arise, but the taxonomy of the genus is still confuse and uncertain,…

Advisors/Committee Members: Universidade Estadual Paulista (UNESP), Alves, Anderson Luis [UNESP], Parise-Maltempi, Patrícia P. [UNESP].

▼ 

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:06Z : No. of bitstreams: 1 000832607.pdf: 719321 bytes, checksum: d7e4c029c3b43e8c3689e262c904f4c9 (MD5)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Wasmannia auropunctata é uma espécie de formiga generalista e nativa da região Neotropical que tem se dispersado mundialmente. Quando introduzida em novas áreas, muitas vezes por ação antrópica, pode causar problemas ambientais, econômicos e de saúde pública. Diferenças encontradas entre populações introduzidas e nativas, ou sexuais e clonais tem aumentado o interesse por essa espécie, assim como alternativas para seu controle. O endossimbionte Wolbachia, além de ser amplamente distribuído entre os artrópodes e ser responsável por causar alterações reprodutivas em seus hospedeiros, tem sido considerado como um possível agente de controle para diversas espécies. Buscando compreender melhor a relação existente entre esses dois organismos e aumentar os perfis moleculares de populações na América do Sul, operárias de W. auropunctata de 31 pontos de coleta provenientes do Brasil e da Colômbia foram analisadas através da amplificação por PCR e sequenciamento de Sanger dos genes nuclear (28S rDNA) e mitocondrial (COI, IGS, tRNA e COII), assim como do gene wsp e coxA do endossimbionte. Através da caracterização molecular das operárias e de seus endossimbiontes e da análise das redes de haplótipos para ambos, observou-se que há evidências de que: o Leu-tRNA e o IGS entre o COI e COII podem ser utilizados para auxiliar na diferenciação inter e intraespecífica, respectivamente; o fragmento do gene 28S rDNA utilizado neste trabalho não deve ser utilizado sozinho para a identificação dessas formigas; amostras que apresentam IGS menor representam uma linhagem mais antiga; dispersão natural e por ação antrópica podem ter ocorrido entre as amostras analisadas; o gene coxA é o mais indicado para a detecção de Wolbachia nessas formigas do que o gene wsp; transmissão vertical e horizontal do endossimbionte são passíveis de estarem ocorrendo; dois dos alelos encontrados para o gene coxA podem estar envolvidos na

Wasmannia auropunctata is a generalist ant, native of the Neotropical region that has being spread in worldwide scale and when introduced in new areas, many times by human transportation, can cause environmental, economics and health service troubles. Control alternatives and differences between introduced and native populations as well as between clonal and sexual colonies, has increased the interest about this species. The endosymbiont Wolbachia, the most widespread between arthropods, is responsible for many reproductive manipulations in its hosts and has been considered as a possibility of control agent for several species. Thus, the aim of this work was better understand the relationship between these two organisms and increase the molecular profiles of populations in South America. For this…

Advisors/Committee Members: Universidade Estadual Paulista (UNESP), Bueno, Odair Correa [UNESP], Martins, Vanderlei Geraldo [UNESP].

▼ Determina las alteraciones moleculares más frecuentemente descritas en carcinoma de pulmón, en pacientes del Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas entre los años 2007 y 2013. Se estudiaron 80 pacientes con diagnóstico de carcinoma broncogénico de pulmón y con muestras patológicas disponibles, reevaluándose las características histológicas y realizándose pruebas moleculares para la determinación de mutación y deleción de EGFR y prueba de inmunohistoquímica para determinación de alteración de ALK, usando la clona D5F3. Del 45.0% de pacientes fueron hombres y 55.0% mujeres, siendo la edad promedio de 64.7 años. La mayoría de las pacientes tuvieron estadios clínicos avanzados (40% en estadio VI y 16.3% en estadio III). El tipo histológico más frecuente fue adenocarcinoma acinar (31.3%) seguido por adenocarcinoma mixto (26.3%) y adenocarcinoma lepídico (21.3%). 17.3% de los casos evaluados presentaron alteración del EGFR, principalmente deleción del exón 19. Los casos con alteración del EGFR tuvieron menos sobrevida global, pero la diferencia no fue estadísticamente significativa. No hubo predilección por los tipos histológicos de adenocarcinoma acinar, lepídico o mixto en los casos con alteraciones del EGFR. 6.5% de los casos evaluados mostraron sobreexpresión de ALK. La mayoría de los casos positivos fueron pacientes de mayor edad (más de 65 años) y fueron de tipo adenocarcinoma acinar. Se encontró una marcada tendencia a menor sobrevida global en los casos con sobreexpresión de ALK, aunque sin significancia estadística. Se concluye que los resultados encontrados son similares a los descritos en la literatura occidental. Debido a las implicancias terapéuticas en relación con las alteraciones moleculares en cáncer de pulmón, su determinación debe ser parte de la evaluación integral de estos pacientes. Advisors/Committee Members: Monteghirfo Gomero, Mario (advisor).

▼ 

Tese de mestrado, Biologia (Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento), 2009, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências

Resumo alargado em português disponível no documento

There is compelling evidence supporting an adaptive explanation for the evolution of inversion polymorphism in D.subobscura. Nevertheless, the specific mechanisms that underlie the maintenance and evolution of these polymorphisms are still in debate. The analysis of the associations between chromosomal inversions and microsatellite alleles is extremely useful to address the evolution of the genic content of inversions. Here we present a survey of 31 microsatellite loci covering the whole genome of D.subobscura and their association with chromosomal inversions on four European (Barcelona, Mount Parnes, Drøbak and Sunne) and one North American populations (Bellingham). We observed high linkage disequilibrium (LD) between most microsatellite loci and chromosomal arrangements in the colonizing population as a result of the founder event. Among European populations we have observed: i) no genetic differentiation between arrangements and within the same arrangements between populations for the sex-chromosome, ii) higher genetic differentiation between arrangements within populations than within the same arrangements between populations for chromosomes J, E and O, and iii) the arrangements of chromosome U had population-specific properties. The LD patterns between autosomal arrangements and microsatellite loci were in accordance with the genetic differentiation of the arrangements. Furthermore, we discuss whether this LD patterns in most localities are due to historical processes associated with the inversion formation or to selection. Our results provide strong support for distinct selective mechanisms on the maintenance of inversion polymorphisms, namely: local adaptation hypothesis on chromosome J, E and O, and coadaptation sensu Dobzhansky on U chromosome

Advisors/Committee Members: Pascual, Marta, Matos, Margarida Maria Demony de Carneiro Pacheco de.

▼ 

Tese de mestrado. Biologia (Biologia Humana e Ambiente). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011

Os arquipélagos têm sido essenciais para a aquisição de conhecimento acerca de processos evolutivos (Bollmer et al. 2006; Dietzen et al. 2008), pois o fluxo genético é reduzido devido à existência de barreiras geográficas, a sua fauna e flora é bem conhecida devido ao reduzido tamanho das ilhas e também porque podem possuir habitats diversos. Estes factores contribuem para que os arquipélagos tenham elevados níveis de endemismo (Emerson 2002). As diferenças entre as populações insulares e as populações continentais são geralmente maiores em espécies com baixa taxa de dispersão, em ilhas de menores dimensões e nos arquipélagos mais distantes (Frankham 1997). O reduzido tamanho das populações e o seu isolamento em algumas ilhas pode ter como resultado a existência de linhagens distintas em ilhas próximas. (Bollmer et al. 2006). A filogeografia e a filogenética são duas áreas que respondem a questões complementares, pois enquanto a primeira pretende analisar os processos evolutivos que ocorrem a nível populacional, a outra pretende determinar as relações filogenéticas entre as espécies (Brito & Edwards 2009). Para responder a estas questões podem ser utilizados diversos tipos de marcadores moleculares. O DNA mitocondrial tem sido amplamente utilizado em estudos filogenéticos devido à sua elevada taxa de evolução (Bonilla et al. 2010), pelo que acumula mutações mais rapidamente do que certas regiões do DNA nuclear (Avise 2009). Tem características particulares que contribuíram para que fosse um dos marcadores moleculares mais utilizados: elevada taxa de mutação, geralmente não sofre recombinação e é normalmente herdado via materna (Brito & Edwards 2009). Como os genes mitocondriais não são independentes uns dos outros, por vezes é importante comparar dados obtidos através de múltiplas genealogias (alcançadas a partir de diferentes genes), sendo o DNA nuclear fundamental (Sota & Vogler 2003). Quando se recorre ao DNA nuclear para inferir filogenias e relações filogeográficas é necessário que sejam considerados determinados aspectos, nomeadamente o facto de isolar haplótipos nucleares poder não ser de fácil execução, assim como detectar eventos de recombinação (Avise 2009). Com o aumento do conhecimento foi possível compreender que os genes nucleares têm menos bases parcimoniosamente informativas do que o DNAmitocondrial, tendo por isso menos poder de resolução. Para ultrapassar este problema, começou-se a recorrer à concatenação de vários fragmentos, passando também a utilizar-se intrões e não apenas zonas codificantes do genoma (Brito & Edwards 2009). Os intrões, por serem regiões não-codificantes, acumulam bases parcimoniosamente informativas mais rapidamente do que as zonas codificantes (Creer 2007). Combinar dados moleculares com diferentes origens pode não ser fácil, pois cada fragmento possui a sua taxa de evolução, tendo um sinal filogenético diferente. Sabe-se há muito tempo que as árvores filogenéticas…

Advisors/Committee Members: Dias, Deodália Maria Antunes, 1952, Paulo, Octávio, 1963-.

▼ 

Tese de mestrado. Biologia (Biologia Evolutiva e do Desenvolvimento). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências,

O sobreiro (Quercus suber L.) é uma árvore de folha perene endémica do Oeste da Bacia do Mediterrâneo. A sua área de distribuição natural estende-se desde a costa atlântica da Península Ibérica e de Marrocos até ao Sudeste da Península Itálica, sendo em Portugal que se encontram os maiores povoamentos de sobreiro. É possível também encontrar esta espécie na Bulgária, como resultado de introdução humana. O sobreiro caracteriza-se principalmente pela cortiça que produz, continuamente e de forma renovável, a qual protege a árvore de factores externos agressivos, tais como o fogo. A cortiça tem propriedades físico-químicas únicas que lhe conferem um elevado valor comercial, contribuindo de modo significativo para a economia dos países onde o sobreiro se encontra naturalmente distribuído e onde é comercialmente cultivado e explorado. Portugal é o maior produtor mundial de cortiça, tendo por isso o sobreiro um grande valor económico e social a nível nacional. Do ponto de vista ecológico, detém também uma grande importância, uma vez que o montado de sobro (ou dehesa em Espanha) constitui um sistema de características únicas, essencial para a sobrevivência de um grande número de espécies nativas de plantas e animais e para a prevenção da desertificação. Dada a sua grande relevância nestes vários aspectos, o sobreiro foi considerado recentemente “Árvore Nacional de Portugal”, o que expressa a sua enorme importância cultural e patrimonial para o país. Os povoamentos de sobreiro têm vindo a sofrer um declínio devido à falta de regeneração natural, atribuída essencialmente a períodos de seca intensa, à dependência de árvores adultas envelhecidas e à má gestão do montado. Para além disso, estão previstas para este século grandes alterações climáticas, com especial impacto na Bacia Mediterrânica, que podem vir a aumentar a pressão sobre as populações de sobreiro. Nesta região, espera-se um grande aumento das temperaturas e períodos de seca mais severos e prolongados. Prevê-se que estas alterações ocorram numa escala temporal tão curta que as espécies florestais, incluindo o sobreiro, poderão não conseguir acompanhá-las. O declínio do sobreiro tem sido também associado a várias pragas e doenças, principalmente à doença da tinta, provocada pelo fungo Phytophthora cinnamomi. Deste modo, é essencial e premente estudar a variabilidade genética do sobreiro, de modo a compreender a sua capacidade adaptativa a factores bióticos e abióticos, tendo em vista o delineamento de estratégias de gestão e conservação dos recursos genéticos desta espécie. Assim, o estudo da variabilidade genética adaptativa do sobreiro constitui o principal objectivo deste trabalho. Num estudo prévio, foi sequenciado o transcriptoma de folhas de sobreiro através da tecnologia de pirosequenciação 454, o qual foi subsequentemente analisado para detectar single nucleotide polymorphisms (SNPs). Mais de 400 SNPs putativos foram encontrados em regiões…

Advisors/Committee Members: Paulo, Octávio, Batista, Dora.

▼ 

Este trabalho investiga o conflito entre técnicos da prefeitura e moradores da Vila Antena, em Belo Horizonte, durante a execução do programa de intervenção em favelas Vila Viva. A crítica desta pesquisa aborda dois aspectos do conflito: em primeiro lugar, o embate fundiário, razão aparente da resistência movida por moradores e Defensoria Pública em oposição à prefeitura de Belo Horizonte e órgãos gestores e executores a ela relacionados. Em segundo lugar, e como foco da pesquisa, investigo como a estrutura participativa proposta na elaboração dos PGEs impede a participação efetiva da população ou qualquer forma de diálogo, troca de informação e empoderamento local; funcionando, essencialmente, como forma de apaziguamento e slogan da política pública municipal. A metodologia desta pesquisa se baseia na revisão bibliográfica a respeito dos temas citados, incluindo aspectos históricos e, principalmente, na pesquisa de campo. O trabalho de campo é realizado no segundo semestre de 2009, período em que acompanho as reuniões de moradores da Vila Antena com agentes da Defensoria Pública, prefeitura e outros atores envolvidos no caso; além de entrevistar algumas lideranças comunitárias e colher relatos e materiais de moradores. Ao concluir, aponto possibilidades de insurgência urbana baseadas na mediação da informação e instrumentalização da população como alternativas à participação institucionalizada- reconhecendo as limitações inerentes à essa proposição, sob uma perspectiva autonomista, e a necessidade de discussão e ação contínua.

This work analyzes the conflict between prefecture technicians and residents of Vila Antena, in Belo Horizonte, during the Vila Viva slums intervention program s execution. This research s criticism approaches two aspects of this conflict: first, the land ownership problem, apparent reason for the residents resistance with the public defendants against Belo Horizonte s prefecture and its associated management and executive agencies. Secondly, and the main focus of this research, I investigate how the participative structure proposed in the PGE s elaboration prevents actual popular participation, as well as any kind of dialogue, information exchange and local empowerment; essentially functioning as a means of pacification and public municipal policy propaganda. This research s methodology is based on bibliographic revision about the aforementioned topics, including historical aspects and, mainly, field research. The field research is made on the second semester of 2009, during which I follow and attend to the meetings between the Vila Antena residents and the Public Defense, prefecture and other agents involved in the process; besides interviewing communitary leaderships and gathering reports and data from the residents. In the work s conclusion, I highlight possibilities for urban insurgencies based on information mediation and popular instrumentalization as alternatives to institutionalized participation- acknowledging the limitations inherent to this proposition, under an autonomist…

Advisors/Committee Members: Silke Kapp, Silke Kapp.

▼ 

Submitted by denise santos ([email protected]) on 2013-08-02T12:56:23Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_cmbezerra.pdf: 3319817 bytes, checksum: fa73aea1a25305b0c8d1fef88b66caa3 (MD5)

Approved for entry into archive by Erika Fernandes([email protected]) on 2013-08-06T11:51:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_cmbezerra.pdf: 3319817 bytes, checksum: fa73aea1a25305b0c8d1fef88b66caa3 (MD5)

Made available in DSpace on 2013-08-06T11:51:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_cmbezerra.pdf: 3319817 bytes, checksum: fa73aea1a25305b0c8d1fef88b66caa3 (MD5) Previous issue date: 2013

Traditionally, the control of human transmission of Trypanosoma cruzi is accomplished by the application of insecticides with residual action. However, knowledge about the role of hosts domestic and wild outdoor environments are critical for determining the maintenance and / or dispersion of T. cruzi. This study aimed to characterize the importance of domestic reservoirs, wild and peridomestic transmission of T. cruzi in the rural municipality of Taua (EC), inserted in Caatinga area, with emphasis on environments colonized by Triatoma brasiliensis. Among the animals household and neighbors were considered dogs, cats, pigs, goats and sheep 83 housing units (DUs). In the wild capture and examination was performed on small mammals at three sites with different degrees of antropofização, and also the capture of insects. The survey of domiciliary infestation by triatomines was performed in 251 DUs. Direct parasitological examinations were performed in insects and mammals, animals in serologic household and neighbors, Multiplex PCR on wild reservoirs and research of wild food source for insects. The proportion of infection of pigs was 6% (2/34), ovine 1% (1/102), cats 2.4% (1/41) dogs 38% (20/53). We captured nine species among rodents and marsupials. The Trichomys laurentius, with 74% (83/112), was the most abundant and widely distributed in the wild, followed by rock Kerodon 10% (11/112) and Didelphis albiventris 3.5% (4/112). 749 triatomines were captured in the household survey, with 369 (49.3%) of T. brasiliensis and 377 (50.3%) of Triatoma pseudomaculata. Only specimens of T. brasiliensis were infected with T. cruzi (25, 12.8%). Of these 3 (5.9%) were inside the home and 22 (14%) outside the home. Of the 166 triatomines captured, 132 (79%) were nymphs and other 35 (21%) adults. These, a fifth instar nymph and one male were infected with T. cruzi. The T. brasiliensis sharing the natural environment with T. laurentius, K. rock, D. albiventris, M. domestica, G. spixii, W. pyrrhorinos, C. and M. semistriatus musculus (captured animals) and G. spixii, K. cave, T. oreadicus and T. merianae (identified via food source), and animals observed during the catch (Athene cuniculariae and Felis catus) and confirmed via food source (C. hircus and G. gallus). The movement of the T. cruzi between sylvatic, peridomestic household in mammals and insects emphasizes the possibility of cases of Chagas disease in the studied region, as well…

Advisors/Committee Members: Diotaiuti, Liléia Gonçalves, Cavalcante , Luciano Pamplona de Góes.

▼ Dormancy is one of the most important adaptive mechanisms developed by perennial plants, in order to survive the low temperatures of autumn and winter in temperate climates. The study of the genes regulated during dormancy release is crucial to understand the process, with the final objective of the development of new varieties with a better adaptation to certain environments; in particular in the Mediterranean area. The general aim of this work is to understand the molecular and physiological mechanisms underlying the maintenance and release of seasonal dormancy in peach. The first part of this work is focused on the identification of peach genes related to dormancy release by suppression subtractive hybridization (SSH) and microarray hybridization. A significant number of genes identified in this work were homologous to ABA and drought related genes from other species. Our data contribute to highlight a prominent role of ABA in dormancy processes and also uncover elements of the ABA and drought regulatory response in peach, as an ABA-INSENSITIVE5 (ABI5) binding protein (AFP)-like, a dehydration-responsive element (DRE)-binding protein (DREB2C)-like, a calcium-binding annexin, and several genes regulated by stress signalling pathways. Other identified genes were also evaluated to assess the chilling requirement of cultivars by analysis of expression showing a very good correlation between the expression pattern of DAM5, together with other transcripts (BD396, DB247, SB280 and PpB63) and the chilling requirements values of five different varieties ('Big Top', 'Catherina', 'Fergold', 'Maruja' and 'Springlady') measured following Utah and Dynamic models. Furthermore, a study of chromatin modifications associated to dormancy release in the DAM6 gene is presented. A ChIP analysis of DAM6 promoter and structural gene revealed chromatin modification events similar to those observed in vernalization of Arabidopsis and cereals. Advisors/Committee Members: Rios Garcia, Gabino (advisor), Badenes Catala, Marisa (advisor).

▼ 

Exportado OPUS

Made available in DSpace on 2019-08-09T12:08:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_pricila_da_silva_cunha.pdf: 4389450 bytes, checksum: d2e31f8bd5546eb5db286a4b5ad2770c (MD5) Previous issue date: 20

O estudo molecular de doenças genéticas humanas tem um papel importante na detecção, prevenção, tratamento e/ou aconselhamento genético de doenças que são causadas por anormalidades cromossômicas e variantes de sequência de DNA. O crescimento exponencial das técnicas de genética molecular introduziram novas oportunidades terapêuticas e de diagnóstico à medicina do século 21. No presente trabalho, que é constituído por duas partes independentes, utilizamos a técnica de PCR quantitativa em tempo real (qPCR) como principal metodologia para o estudo molecular de quatro doenças genéticas humanas. Na primeira parte, realizamos um estudo de associação caso-controle para identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) associados ao risco de degeneração macular relacionada à idade (DMRI) na população Brasileira. A metodologia TaqMan® foi utilizada para a genotipagem de oito SNPs localizados no genoma nuclear e a técnica de RFLP foi usada para genotipagem de um SNP localizado no genoma mitocondrial. Análises de regressão feitas com o software Golden Helix mostraram a associação significativa de quatro SNPs com a DMRI após a correção para as covariáveis: rs1061147, rs1329428, rs2230199 e rs3750847. Nossos resultados são concordantes com a afirmação de que polimorfismos nos locos CFH, C3 e ARMS2/LOC387715 são consistentemente associados à DMRI, até mesmo em uma população com extensa mistura genética, tal como a população Brasileira. Na segunda parte, realizamos ensaios de qPCR com o reagente SYBR® Green para a detecção de microdeleções associadas à síndrome velocardiofacial (VCFS), síndrome de Williams-Beuren (WBS) e monossomia 1p36. Analisamos indivíduos normais e pacientes que apresentavam características clínicas sugestivas das síndromes de microdeleção escolhidas. Análises da curva ROC (Receiver Operating Characteristic curve) feitas com o software MedCalc mostraram 100% de sensibilidade e 100% de especificidade para os marcadores analisados. A triagem molecular de um paciente utilizando três marcadores (dois genes alvo e um gene de referência) teria um custo de aproximadamente R$ 39,11 considerando somente os reagentes envolvidos no processo, desde a etapa de extração de DNA até a qPCR. Nossos resultados mostram que a qPCR é uma técnica de triagem molecular rápida, sensível, específica e de baixo custo, sendo um método economicamente viável de ser implementado nos serviços públicos de saúde de países em desenvolvimento para a detecção de síndromes de microdeleção cromossômica.

The molecular study of human genetic diseases has an important role in the detection, prevention, treatment and/or counseling genetic of diseases which are caused by chromosomal abnormalities and DNA sequence variants. The exponential increase of molecular genetic techniques has introduced new therapeutic and diagnostic…

Advisors/Committee Members: Sergio Danilo Junho Pena.

▼ 

Exportado OPUS

Made available in DSpace on 2019-08-13T10:58:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_versao_final.pdf: 2544819 bytes, checksum: 11501807fbc0ec54cde2285ddf916be1 (MD5) Previous issue date: 9

A injeção de peptídeo Beta Amiloide tem sido usada como modelo para estudar alguns aspectos das bases moleculares da doença de Alzheimer. Muitos autores observaram alterações em parâmetros neuroquímicos, inflamatórios e morfológicos devido a injeção de Beta Amiloide. Contudo pouco se sabe a respeito da interação entre esses parâmetros. É sabido que a forma oligomérica desse peptídeo possui maior efeito citotóxico, porém pouco se sabe a respeito de como o sistema nervoso central reponde á presença desses oligômeros. Também existem relativamente poucos dados a respeito dos efeitos do treinamento cognitivo na progressão da doença de Alzheimer. Considerando essas informações objetivamos nesse estudo avaliar os efeitos da injeção de oligômeros de Beta Amiloide, com ou sem treinamento no Labirinto Aquático de Morris, em parâmetros neuroquímicos inflamatórios e morfológicos hipocampais. A fim de diferenciar os efeitos do esforço cognitivo no labirinto de Morris dos fatores estresse e exercício físico, também presentes nessa tarefa, um experimento controle lateral foi realizado comparando animais treinados no labirinto aquático com ou sem tarefa espacial. Observamos que o esforço cognitivo demandado pela tarefa especial aumentou a mielinização no hipocampo de maneira significante quando comparado com os animais que somente foram submetidos à natação no aparato. Também foi observado que os animais submetidos ao treinamento cognitivo apresentaram comportamentos distintos dos animais submetidos simplesmente à natação no labirinto. Levantamos a hipótese que tal diferença comportamental se deve a diferença motivacional apresentada pelos ratos nos diferentes modelos da tarefa. Os resultados do presente estudo mostram que a injeção de Beta Amiloide diminuiu a diferença entre a liberação de glutamato em meio normal e estimulado (alta concentração de KCl). Esse efeito foi evitado com o treinamento prévio na tarefa espacial de Morris. O treinamento espacial também alterou o efeito dos oligômeros de Beta Amiloide na concentração da citocina TNF- no hipocampo. Contudo o treinamento cognitivo não foi capaz de impedir o decréscimo na concentração de IL-10 ocasionado pela presença do peptídeo Beta Amiloide. Foi observado ainda, um aumento na concentração de IL-1 devido ao treinamento no labirinto aquático, independente da injeção de Beta Amiloide. Por fim os resultados mostram que o aumento na concentração de Beta Amiloide interfere no aumento de mielinização ocasionado pelo esforço cognitivo. Dados obtidos em análise de regressão linear múltipla mostram uma relação entre os níveis de TNF- e a diferença de liberação em meio normal e estimulado de GABA e glutamato pelas células hipocampais. Foi observada também uma relação entre a liberação desses neurotransmissores e os níveis de mielinização do hipocampo. Esses dados…

Advisors/Committee Members: Angela Maria Ribeiro, Antonio Lucio Teixeira Junior, Rosa Maria Esteves Arantes, Fabiola Mara Ribeiro, Dawidson Assis Gomes.

▼ 

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002Bitstream added on 2014-06-13T20:35:38Z : No. of bitstreams: 1 saraiva_pp_me_botfm.pdf: 671998 bytes, checksum: a348f4b3c5f860db559660122b19db84 (MD5)

Os hormônios tireóideos, o estrógeno e outros hormônios atuam no crescimento e desenvolvimento do tecido mamário. Os receptores de estrógeno devem estar presentes para que o estrógeno possa atuar na atividade biológica das células mamárias. A presença ou ausência destes receptores no tecido tem influência direta na terapêutica e prognóstico clínico do câncer de mama. Os receptores do estrógeno e do hormônio tireóideo (T3) são membros da “superfamília de receptores” intracelulares. Estes receptores atuam na ativação da transcrição de genes alvo, através da união ao seu elemento responsivo hormonal. Ainda não se sabe de que forma o hormônio tireóideo atua no tecido tumoral mamário. Estudos epidemiológicos são contraditórios, mostrando que, quando os níveis de T3 estão elevados existe proteção contra o desenvolvimento de câncer de mama. Outros estudos demonstram haver aumento no risco e incidência do câncer mamário em pacientes hipertireoideas. Análises in vitro demonstraram que o T3, em concentrações suprafisiológicas induz a proliferação celular. Em pacientes com câncer de mama realizamos dosagens hormonais e verificamos a expressão dos receptores de estrógeno. Também foi estudada a conformação da molécula do T3 e do receptor de estrógeno, para confirmar se uma possível ligação estaria ocorrendo entre o T3 e o ER...

Thyroid hormones, estrogen and other hormones act in the growth and development of breast tissue. Estrogen receptors must be present so that estrogen can act in the biological activity of breast cells. The presence or the abscense of these receptors in tissue has direct influence on therapeutics and clinical prognostic of breast cancer. Estrogen and thyroid hormone (T3) receptors are members of intracellular “receptors superfamily”. These receptors work in the activation of the transcription of target genes, linking them to their hormonal responsive. It is not known in which way thyroid hormone act in tumoral breast tissue. Epidemiologic studies are contradicting, showing that, when T3 levels are high, there is protection agains the development of breast cancer. Other studies show that there must be an increase in the risk and incidence of breast cancer in hyperthyroidean patients. In vitro analysis present that supra-physiologicals concentrations of T3 induces cellular proliferation. We performed hormonal dosage and verified the expression of estrogen receptors in breast cancer patients. The morphology of T3 molecule and of the estrogen receptor were also studied, to confirm if a possible link would exist between T3 and ER. Our results show an existance of a clinical relation between thyroid... (Complete abstract, click electronic access below)

Advisors/Committee Members: Universidade Estadual Paulista (UNESP), Nogueira, Célia Regina [UNESP].

▼ 

Orientadores: Sérgio Furtado dos Reis, Prianda Rios Laborda

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia

Made available in DSpace on 2019-02-28T20:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Yamada_JulianaYuri_M.pdf: 1322881 bytes, checksum: 6237cf900987e9fdcfe94202b50924cb (MD5) Previous issue date: 2017

Resumo: Os anfíbios do gênero Brachycephalus são um exemplo notável do processo de miniaturização, dado que todas as espécies têm comprimento rostro-anal menor que dois centímetros. A maioria das espécies tem distribuição alopátrica, ocorrendo acima de 600 m do nível do mar na Mata Atlântica, no leste do Brasil. Brachycephalus possui espécies não hiperossificadas, parcialmente hiperossificadas e hiperossificadas - características morfológicas relacionadas ao grau de ossificação que as espécies apresentam. Porém, as diferenças morfológicas não são suficientes para obtermos uma filogenia bem resolvida do gênero Brachycephalus. Nesse estudo abordamos aspectos fundamentais da variação no nível molecular, com o objetivo de compreender as relações filogenéticas de Brachycephalus. Na primeira parte, nossas análises resolveram a maioria das relações filogenéticas entre as espécies não hiperossificadas, parcialmente ossificadas e hiperossificadas do gênero. Na segunda parte, focamos nas espécies hiperossificadas e conseguimos melhorar a resolução da filogenia estimada, aumentando a confiança das relações filogenéticas. Esse trabalho serve como base para novos estudos filogenéticos do gênero Brachycephalus, dado que inúmeras novas espécies foram descritas no último ano

Amphibians of the genus Brachycephalus are a notable example of the miniaturization process, given that all species have snout-vent lengths <2 centimeters. Most species have allopatric distribution, occurring above 600 m of sea level in the Atlantic Forest, in Eastern Brazil. Brachycephalus have non-hyperossified, partially hyperossified and hyperossified species. Despite the morphological differences, the phylogenetic relationships of these species are not completely known. In this study, we address the fundamentals of the organization of molecular variation, with the purpose of understanding the Brachycephalus phylogenetic relationships. In the first part, our analyses solved most of the phylogenetic relationships among the non-hyperossified, partially hyperossified and hyperossified species groups of the genus. In the second part, we focused on the hyperossified group and managed to improve the resolution of the estimated phylogeny, increasing the degree of certainty of phylogenetic relationships. This work serves as the basis for new phylogenetic studies of the genus Brachycephalus, since innumerable new species were described in the last year

Mestrado

Biodiversidade Animal

Mestra em Biologia Animal

134438/2015-9

CNPQ

Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS, Laborda, Prianda Rios, Reis, Sérgio Furtado dos, 1952-, Ueta, Marlene Tiduko, Araújo, Marcio Silva.

▼ 

Orientador: André Victor Lucci Freitas

Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia

Made available in DSpace on 2018-08-28T07:31:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Magaldi_LuizadeMoraes_M.pdf: 7638067 bytes, checksum: f7a22f39f785dd633e9ebb84dd14ed19 (MD5) Previous issue date: 2015

Resumo: O gênero Stalachtis pertence à família Riodinidae e apresenta borboletas aposemáticas com padrões alares miméticos. Essas borboletas ocorrem desde o Panamá até o sudeste do Brasil, sendo restritas à região Neotropical. As suas lagartas comem plantas da família Simaroubaceae com fitoquímicos tóxicos e de sabor amargo, sugerindo que as borboletas de Stalachtis possam ser impalatáveis. Nesse trabalho é proposta uma filogenia para Stalachtis com base em marcadores moleculares ¿ um gene mitocondrial (COI) e três genes nucleares: GAPDH, CAD e o RPS5. Foi investigada a distribuição geográfica das espécies do gênero Stalachtis e também foram delimitadas com base em evidências moleculares, biogeográficas e morfológicas. As análises de distância genética aqui utilizadas ¿ Neighbor-Joining, rede de haplótipos, distância genética ¿ mostraram padrões similares que levam as mesmas conclusões. As três análises filogenéticas feitas ¿ Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana ¿ recuperaram o gênero Stalachtis como monofilético (separado do grupo irmão Protonymphidia senta) e produziram topologias iguais no que se refere as relações internas do gênero. Os 100 indivíduos amostrados de Stalachtis se organizaram em 11 clados bem definidos e com alto valor de probabilidade posterior e de bootstrap, que podem ser atribuídos a 10 espécies diferentes. Todos os indivíduos se separam formando dois grandes clados irmãos. O primeiro clado inclui S. phegia + Stalacthis susanna stat. rev.. O segundo clado inclui todas as espécies restantes, com S. lineata aparecendo como grupo irmão das restantes. Estas outras se organizam em dois clados irmãos: 1) S. halloweeni + S. phaedusa (uma relação inesperada porém congruente com os padrões alares), e 2) S. euterpe, grupo irmão de S. magdalena, Stalacthis terpsichore stat. rev., S. calliope e uma nova espécie não descrita. A espécie revalidada Stalachtis susanna, apresenta várias características distinguíveis da espécie irmã S. phlegia, desde o padrão alar, caracteres na genitália masculina e números cromossômicos diferentes. Junto a isso, as análises moleculares propostas mostram essas espécies como entidades distintas (clados bem definidos nas filogenias, alta distância genética, rede de haplótipos desconectadas). Adicionalmente, temos as evidências biogeográficas, sendo S. phlegia uma espécie relacionada com a Floresta Amazônica e Cerrado, e S. susanna com a Mata Atlântica. Interessantemente, no clado de S. magdalena, os indivíduos se separaram em dois clados distintos e com alto suporte, mas não foi encontrada nenhuma evidência morfológica que sugira que existam duas espécies distintas. Essa divisão no DNA mitocondrial pode ter sido causada por: uma…

Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS, Freitas, André Victor Lucci, 1971-, Reis, Sérgio Furtado dos, Silva, Marcelo Duarte da.

▼ 

Orientador: Renato Goldenberg

Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia

Made available in DSpace on 2018-08-23T02:40:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caddah_MayaraKrasinski_D.pdf: 44109301 bytes, checksum: 6f87fe47d630845de374495c24f66a41 (MD5) Previous issue date: 2013

Resumo: Miconia é um é um dos maiores gêneros de angiospermas. Tradicionalmente, tem sido considerado complexo e mal circumscrito, assim como outros gêneros aparentados. Estudos filogenéticos recentes, baseados em marcadores moleculares, têm atestado a natureza polifilética de Miconia e suas onze seções. Neste trabalho, é apresentado um estudo filogenético-molecular aprofundado de um dos grupos naturais encontrados em estudos anteriores, o "subclado Miconia discolor", do "clado Miconia IV". Para tanto, foram utilizados sequências de quatro marcadores plastidias (psaI-accD; psnK-L; atpF-H; trnS-G) e dois nucleares (ITS e ETS). Os resultados obtidos permitiram esclarecer o relacionamento interno e externo do grupo. Por meio da otimização de caracteres morfológicos e biogeográficos, são sugeridas hipóteses evolutivas, como a evolução de inflorescências glomeruladas e pseudantos a partir de inflorescências com ramos escorpióides amplos, e a irradiação da diversidade na Floresta Atlântica a partir de poucas colonizações. Os resultados também permitiram a primeira proposição moderna de classificação ingra-genérica para Miconia, através da formalização e circunscrição de novos táxons: Miconia sect. Discolor, e subseções Albicans, Chrysophylla, Discolor e Multispicata, subordinadas à nova seção. Adicionalmente, uma revisão taxonômica é apresentada para a recém proposta subseção Discolor, incluindo descrições, ilustrações, imagens de Microscopia Eletrônica de Varredura, comentários, e uma chave dicotômica de identificação para as espécies. A subseção é composta 32 espécies, das quais três são novas. Trinta e dois nomes heterotípicos foram sinonimizados, e 39 lectotipificações foram propostas. A subseção pode ser reconhecida por apresentar as folhas densamente cobertas por tricomas ramificados na face abaxial (nunca formando um indumento aracnóide), inflorescências geralmente glomeruladas, raramente curtamente scorpióides, lobos do cálice caducos no fruto, e uma distribuição restrita ao sudeste da América do Sul, ocorrendo na Floresta Atlântica e no Cerrado

Miconia is one of the biggest genera in angiosperms. It has been traditionally considered very complex and badly circumscribed, and other close genera as well. Phylogenetic studies based on molecular markers have been confirming the polyphily of Miconia and its eleven sections. Here I present a deeper molecular and phylogenetic study of a natural group found out in older studies, the "Miconia discolor subclade", from the "Miconia IV clade". I used sequences of four plastid (psaI-accD; psnK-L; atpF-H; trnS-G) and two nuclear markers (ITS and ETS). The results clarified the inner and outer relationship of that group. Evolutionary hypotheses are suggested by the…

Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS, Goldenberg, Renato, Simões, André Olmos, Martins, Angela Borges, Junior, Milton Groppo, Fiaschi, Pedro.

▼ 

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-11Bitstream added on 2014-06-13T19:42:43Z : No. of bitstreams: 1 sarriaperea_ja_dr_jabo.pdf: 821643 bytes, checksum: c83c440effb340e9e4dd400a82552c2b (MD5)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Foi feita uma revisão da taxonomia e filogenia de algumas espécies de Mazama da Colômbia. 15 animais provenientes da região caribe e da região andina colombiana foram analisados por técnicas morfométricas, citogenéticas e moleculares. Para definir morfotipos foram feitas a descrição detalhada dos padrões cromatogênicos do rosto e corpo e análises de componentes principais das medidas morfométricas. Para as analises cromossômicas, foi feita biometria cromossômica e cariotipagem de metáfases obtidas a partir de cultivos de fibroblastos. Para as análises moleculares foram construídas árvores filogenéticas pelos métodos de máxima verossimilhança e inferência bayesiana, a partir de um fragmento de 979 nucleotídeos do marcador mitocondrial citocromo b (Cytb). Os resultados mostraram que Mazama bricenii pertence a uma linhagem que divergiu precoce na evolução do grupo, confirmaram a validade taxonômica da subespécie M. cita sanctaemartae na região Caribe e de M. zetta na região entre as cordilheiras Central e Oriental, e revelaram a existência de duas espécies de Mazama novas para ciência, uma filogeneticamente relacionada a M. gouazoubira, ao norte da região andina central e outra filogeneticamente próxima de M. zetta, no maciço colombiano. Os resultados confirmam a enorme diversidade da fauna colombiana, e a necessidade de estudos visando à conservação destas espécies

A review of the taxonomy and phylogeny of some species of Mazama from Colombia was made. 15 animals from the Caribbean region and the Colombian Andean region were analyzed by morphometric, cytogenetic and molecular techniques. Morphotypes were defined by the detailed description of facial and body chromatogenic patterns and by principal components analysis of morphometric measurements. Chromosome analyses were made by biometrics and karyotyping of metaphases from cultures of fibroblasts. For molecular analyzes, phylogenetic trees were constructed by maximum likelihood methods and Bayesian inference, from a fragment of 979 nucleotides of the mitochondrial marker cytochrome b (Cytb). The results revealed that Mazama bricenii belongs to a lineage that early diverged in evolution of the group, confirmed the taxonomic validity of M. cita sanctaemartae in the Caribbean region and M. zetta the region between the Central and Eastern cordilleras, and revealed the presence of two Mazama species new to science, the first one from the north of the central Andean region phylogenetically related to M. gouazoubira, and second from the Colombian Massif phylogenetically close to M. zetta. The results confirm the enormous diversity of the Colombian fauna and the need of studies focusing the conservation of the aforementioned species

Advisors/Committee Members: Universidade Estadual Paulista (UNESP), Duarte, Jose Mauricio Barbanti [UNESP].