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1. Alkan Yirci, Çiğdem. Emerging sandfly-borne phleboviruses in Turkey, Iran, and Algeria : Virus isolation, characterization, evolution, and epidemiology : Circulation des Phlébovirus en Turquie, Iran et Algérie : Isolement de virus, caracterisation génomique, évolution and épidémiologie.

Degree: Docteur es, Pathologie humaine. Maladies infectieuses, 2015, Aix Marseille Université

Circulation des Phlébovirus en Turquie, l'Iran et l'Algérie a été étudiée. L'isolement, la caractérisation génomique, les relations phylogénétiques de six virus ont été présentées: le virus Adana (ADAV), deux souches de virus Toros (TORV), le virus Zerdali (ZERV) de la Turquie; le virus Dashli (DASHV) de l'Iran; le virus Toscana (TOSV) d'Algérie. Cette étude a commencé avec la collection de 38,131 phlébotomes de la nature. La méthode de séquençage de nouvelle génération (NGS) à haut débit nous à été utilisée pour l’analyse des génomes complet des virus isoles. En conclusion, cette étude a d'importantes contributions sur phlébovirus négligées. Voici quelques-unes des contributions significatives; (i) ZERV et TORV qui sont étroitement apparentés au virus Tehran (THEV) et le virus Corfou (CFUV), respectivement, ont été isolés depuis 56 et 30 ans des premiers isolements de THEV et CFUV, respectivement, (ii) Détection du virus ADAV un animal domestique et sur quelques sérums humain par test de neutralisation. Ce virus ADAV constitue avec le virus le virus (SALV), le virus Arbia (ARBV), et le virus (ADRV) le groupe Salehabad. Seul le virus ADRV a été détectée dans le liquide cérébro-spinal auparavant landais que avec les autres, aucune preuve pathogène n’a été détectée, (iii) Nous avons découvert la plus récente circulation phlébovirus en Iran après 56 années, (iv) TOSV a été isolé en Algérie pour la première fois et la circulation a été confirmée par séropositivités dans le sérum humain.

Sandfly-borne phlebovirus circulation in Turkey, Iran, and Algeria was investigated. The isolation, genomic characterization, phylogenetic relationships of 6 viruses was presented: Adana virus (ADAV), two strains of Toros virus (TORV), Zerdali virus (ZERV) from Turkey; Dashli virus (DASHV) from Iran; Toscana virus (TOSV) from Algeria. This study has begun with the collection of 38,131 sandflies from nature. The well established, high-throughput methodology was applied for the discovery of viruses including PCR tools and cell culture methods. Next generation sequencing (NGS) technology facilitated to perform complete genome analysis of the isolated viruses. In conclusion, this study has contributions to the neglected sandfly-borne phlebovirus group and filled some gaps about the circulation of these agents in Turkey, Iran, and Algeria. Following are some significant contributions; (i) ZERV and TORV which are closely related to Tehran virus (THEV) and Corfou virus (CFUV), respectively were isolated after 56 and 30 years of the first isolations of THEV and CFUV, respectively, (ii) There was no evidence of the pathogenicity of Salehabad virus (SALV) and Arbia virus (ARBV) except the detection of Adria virus (ADRV) in CSF until ADAV which belongs to the Salehabad serocomplex was detected in domestic animal and very few human sera by neutralization assay, (iii) We have discovered the most recent sandfly-borne phlebovirus circulation in Iran after 56 years, (iv) TOSV was isolated in Algeria for the first time and circulation was confirmed by…

Advisors/Committee Members: Charrel, Rémi (thesis director).

Subjects/Keywords: Phlebovirus; Toscana virus; Sandfly fever Sicilian virus; Sandfly fever Naples virus; Tehran virus; Corfou virus; Découverte de virus; Séquençage de nouvelle génération; Séroprévalence; Phlébotomes.; Phlebovirus; Toscana virus; Sandfly fever Sicilian virus; Sandfly fever Naples virus; Tehran virus; Corfou virus; Virus discovery; Next generation sequencing; Seroprevalence; Phlebotomine sandflies.

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APA (6th Edition):

Alkan Yirci, C. (2015). Emerging sandfly-borne phleboviruses in Turkey, Iran, and Algeria : Virus isolation, characterization, evolution, and epidemiology : Circulation des Phlébovirus en Turquie, Iran et Algérie : Isolement de virus, caracterisation génomique, évolution and épidémiologie. (Doctoral Dissertation). Aix Marseille Université. Retrieved from http://www.theses.fr/2015AIXM5008

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Alkan Yirci, Çiğdem. “Emerging sandfly-borne phleboviruses in Turkey, Iran, and Algeria : Virus isolation, characterization, evolution, and epidemiology : Circulation des Phlébovirus en Turquie, Iran et Algérie : Isolement de virus, caracterisation génomique, évolution and épidémiologie.” 2015. Doctoral Dissertation, Aix Marseille Université. Accessed May 19, 2019. http://www.theses.fr/2015AIXM5008.

MLA Handbook (7th Edition):

Alkan Yirci, Çiğdem. “Emerging sandfly-borne phleboviruses in Turkey, Iran, and Algeria : Virus isolation, characterization, evolution, and epidemiology : Circulation des Phlébovirus en Turquie, Iran et Algérie : Isolement de virus, caracterisation génomique, évolution and épidémiologie.” 2015. Web. 19 May 2019.

Vancouver:

Alkan Yirci C. Emerging sandfly-borne phleboviruses in Turkey, Iran, and Algeria : Virus isolation, characterization, evolution, and epidemiology : Circulation des Phlébovirus en Turquie, Iran et Algérie : Isolement de virus, caracterisation génomique, évolution and épidémiologie. [Internet] [Doctoral dissertation]. Aix Marseille Université 2015. [cited 2019 May 19]. Available from: http://www.theses.fr/2015AIXM5008.

Council of Science Editors:

Alkan Yirci C. Emerging sandfly-borne phleboviruses in Turkey, Iran, and Algeria : Virus isolation, characterization, evolution, and epidemiology : Circulation des Phlébovirus en Turquie, Iran et Algérie : Isolement de virus, caracterisation génomique, évolution and épidémiologie. [Doctoral Dissertation]. Aix Marseille Université 2015. Available from: http://www.theses.fr/2015AIXM5008

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