Advanced search options

Advanced Search Options 🞨

Browse by author name (“Author name starts with…”).

Find ETDs with:

in
/  
in
/  
in
/  
in

Written in Published in Earliest date Latest date

Sorted by

Results per page:

Sorted by: relevance · author · university · dateNew search

You searched for subject:(Symmetry mode analysis). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

Search Limiters

Last 2 Years | English Only

No search limiters apply to these results.

▼ Search Limiters

1. Câmara, Amanda Souza. Uma transição assimétrica entre estados simétricos: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase.

Degree: Mestrado, Física Aplicada, 2013, University of São Paulo

Sistemas alostéricos são característicos de proteínas com um ou mais estados de equilíbrio. Nesse sentido, uma enzima passa por modificações de sua atividade quando um substrato cooperativo se liga a um estado ou outro (1). Estes estados são reconhecidos por possuírem uma conformação mais estável e coexistirem num ensemble. Este trabalho sustenta que tais proteínas oscilem naturalmente entre esses estados. Experimentos de difração de raios-X e RMN, que proporcionam parâmetros de deslocamento anisotrópicos e tempos de relaxação de spin nuclear, já demonstram a coexistência de ambos estados em solução e descrevem o movimento como uma mudança de equilíbrio populacional dos confórmeros (2). Também é possível desenvolver métodos numéricos, como o cálculo de modos normais e a simulação de dinâmica molecular, para associar a geometria proteica a um movimento sobre determinado potencial de campos de força. O sistema adotado para o desenvolvimento desses estudos é a enzima alostérica Glucosamina-6-fosfato Desaminase. Características que defendem seu uso são sua reversibilidade catalítica, rápido equilíbrio cinético e muito baixa afinidade do estado T por ligantes. Sua estrutura também já foi resolvida por experimentos de cristalografia, identificando ambos estados alostéricos. E a caracterização das mudanças estruturais entre os estados T e R está bem estabelecida, identificando diferentes subunidades a distintos graus de rotação e prevendo uma oscilação de baixa frequência entre eles (3). Resultados obtidos neste projeto constituem: (a) uma dinâmica de 100ns partindo do estado T de toda a proteína (hexamérica) solvatada explicitamente, formando um ensemble NVT de 92000 átomos através do programa NAMD, usando o campo de forças CHARMM; (b) análise de componentes principais aproveitando esta dinâmica e usando algoritmos do programa Gromacs; (c) e análise de modos normais, em que os cálculos de minimização de energia foram feitos pelo programa Gromacs sob o campo de forças ENCADV, no vácuo. Análises desses resultados envolvem cálculos de RMSDs e flutuações, trajetórias calculadas para os autovetores oriundos de NMA ou de PCA, fatores de Debye-Waller e a confirmação visual (e gráficos de distância entre resíduos) de aproximação a um estado ou outro. Como a prévia caracterização da movimentação alostérica, identificava duas regiões para cada monômero como representativas de corpos rígidos, também é desenvolvida uma análise por tensores de inércia. Espera-se que, ao longo do tempo, essas subunidades se comportem como corpos quase rígidos e os movimentos destas regiões rígidas correspondam a uma maior representatividade da transição alostérica. Assim, a caracterização dos tensores seria capaz de filtrar movimentos de mais alta frequência que constituem ruído em relação a movimentos funcionais da proteína. - Algoritmos para cálculos matriciais dos tensores foram escritos em Fortran e em TCl.

Allosteric systems are characteristic of proteins with one or more equilibrium states. Such an enzyme experiences a modification of its…

Advisors/Committee Members: Reboredo, Eduardo Horjales.

Subjects/Keywords: Allostery; Alosterismo; Análise de modos normais; Dinâmica molecular; Inertia tensor; Molecular dynamics; Normal mode analysis; Simetria; Symmetry; Tensor de inércia

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Câmara, A. S. (2013). Uma transição assimétrica entre estados simétricos: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18042013-101101/ ;

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Câmara, Amanda Souza. “Uma transição assimétrica entre estados simétricos: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase.” 2013. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed October 24, 2020. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18042013-101101/ ;.

MLA Handbook (7th Edition):

Câmara, Amanda Souza. “Uma transição assimétrica entre estados simétricos: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase.” 2013. Web. 24 Oct 2020.

Vancouver:

Câmara AS. Uma transição assimétrica entre estados simétricos: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2013. [cited 2020 Oct 24]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18042013-101101/ ;.

Council of Science Editors:

Câmara AS. Uma transição assimétrica entre estados simétricos: o alosterismo da Glucosamina 6-fosfato Desaminase. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2013. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18042013-101101/ ;


University of St Andrews

2. Dixon, Charlotte A. L. Crystal structure and phase transitions in various functional perovskites.

Degree: PhD, 2018, University of St Andrews

There has been specific interest over the past decade in the discovery and development of new piezoelectric and ferroelectric materials for the use in functional devices, specifically with the aim of replacing the widespread use of PbZrxTi1−xO3. The work detailed in this thesis focuses on the structural characterisation and thermal behaviour of several perovskites possessing interesting physical characteristics, such as ferroelectricity or magnetism. Structural evolution and phase behaviour is characterised using Rietveld refinement techniques on high resolution powder neutron diffraction data. Additional analytical techniques such as symmetry mode analysis, permittivity measurements and second harmonic generation measurements are also often exploited. The work on the LixNa1−xNbO3 system demonstrated a susceptibility to softening of the T4 octahedral tilt mode up to a composition of at least x = 0.12, indicating that the LNN-X solid solution could yield a number of unique perovskite structures. A rationale for how this T4 mode varies across the composition range is offered. The higher doped composition at a value of x = 0.20, displays even more intriguing structural behaviour with the adoption of not one but two variants of the very rare a+a+c− Glazer tilt system. A detailed bond length/bond angle analysis as a function of temperature is used to rationalise the nature of the octahedral distortion that drives the c > a crossover in the rare earth orthoferrite LaFeO3. Symmetry mode analysis is exploited to assist in the structural comparison to the related compound Bi0.5La0.5FeO3, highlighting the anomalous behaviour it exhibits as a result of magnetoelectric coupling effects. The nature of the paraelectric – ferroelectric transition in the layered perovskitelike Dion Jacobson phase, CsBi0.6La0.4Nb2O7 is identified as a direct “avalanche” type transition, making it an example of a hybrid improper ferroelectric. Ferroelectricity in this case does not occur as a result of traditional second-order Jahn-Teller distortions, but is achieved via a mechanism known as trilinear coupling. Experimental analysis is important in understanding the intricacies of this trilinear coupling mechanism. Symmetry mode analysis of CsBi0.6La0.4Nb2O7 shows that two zone boundary primary order parameters (M2+ and M5−) associated with octahedral tilting condense simultaneously, and couple to a zone centre ferroelectric distortion mode (Γ4−). The similar temperature dependency for the two octahedral tilt modes excludes the presence of an intermediary phase, suggesting that the trilinear coupling in this layered phase is strong. Detailed structural characterisations such as those highlighted in this thesis are of fundamental importance as they can identify new design-led approaches to functional materials.

Subjects/Keywords: Symmetry mode analysis; Neutron powder diffraction; Perovskites; Ferroelectricity; Hybrid-improper ferroelectricity; Lithium sodium niobate; Dion-Jacobson phase; LaFeO3; Impedance spectroscopy; ISODISTORT analysis; QD181.O1D5; Perovskite; Oxides – Analysis

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Dixon, C. A. L. (2018). Crystal structure and phase transitions in various functional perovskites. (Doctoral Dissertation). University of St Andrews. Retrieved from http://hdl.handle.net/10023/16572

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Dixon, Charlotte A L. “Crystal structure and phase transitions in various functional perovskites.” 2018. Doctoral Dissertation, University of St Andrews. Accessed October 24, 2020. http://hdl.handle.net/10023/16572.

MLA Handbook (7th Edition):

Dixon, Charlotte A L. “Crystal structure and phase transitions in various functional perovskites.” 2018. Web. 24 Oct 2020.

Vancouver:

Dixon CAL. Crystal structure and phase transitions in various functional perovskites. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of St Andrews; 2018. [cited 2020 Oct 24]. Available from: http://hdl.handle.net/10023/16572.

Council of Science Editors:

Dixon CAL. Crystal structure and phase transitions in various functional perovskites. [Doctoral Dissertation]. University of St Andrews; 2018. Available from: http://hdl.handle.net/10023/16572

.