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1. Abdallah, Cosette. Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS : the myccorhiza responsive membrane proteome as a case study : Vers l'étude quantitative et fonctionnelle des protéomes membranaires des racines mis en jeu au cours de la symbiose mycorhizienne à arbuscules de Medicago truncatula par des approches de protéomique hors gel.

Degree: Docteur es, Sciences de la vie, 2012, Université de Bourgogne

La symbiose mycorhizienne à arbuscules (SMA) est le résultat de l'interaction entre les racines de plus de 80% des familles de plantes terrestres et les champignons MA. Divers types de membranes jouent un rôle crucial dans la mise en place et le fonctionnement de la SMA chez l’hôte végétal. Si l’électrophorèse bidimensionnelle (2-DE) reste la méthode la plus couramment utilisée pour des analyses protéomiques quantitatives dans la SMA, elle résout difficilement les protéines membranaires en raison de leur hydrophobicité, leur précipitation au point isoélectrique (pI) et leur faible abondance comparativement aux protéines cytosoliques. Donc peu nombreuses sont les protéines membranaires identifiées comme étant régulées en réponse à la symbiose. Afin d’avoir accès à cette catégorie de protéines et contourner les défauts de la 2-DE, l’application de nouvelles méthodes permet de réaliser des analyses quantitatives avec marquage chimique (comme l’iTRAQ) ou non (label-free). Dans ce contexte, deux méthodes de protéomique quantitative, iTRAQ-OFFGEL-CL-SM/SM et « label-free » 1-DE-CL-SM/SM, sont adoptées dans ce travail visant à identifier et quantifier les variations d’accumulation des protéines microsomales de racines de Medicago truncatula inoculées par Rhizophagus irregularis, préalable indispensable à l’analyse de leur rôle fonctionnel dans la SMA. Un protocole d’extraction donnant accès à des fractions radiculaires enrichies en protéines microsomales nécessaires pour les analyses ultérieures est décrit dans cette étude. En plus de l’analyse quantitative du protéome membranaire en réponse à la SMA, une approche méthodologique a été mise en place afin d’étudier l’impact du marquage iTRAQ sur le pI des peptides.

Arbuscular mycorrhizas (AM) are widespread symbiotic associations between plant roots and AM fungi. Deep membrane alterations are the foremost morphological changes occurring in the host plant in response to AM symbiosis. Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) is the workhorse method in AM proteomics. Membrane proteins are under-represented in 2-DE because of their hydrophobicity, low abundance, and precipitation at their isoelectric point, thereby few are the identified membrane proteins involved in sustaining the AM symbiosis. Membrane proteomics is still challenging due to 2-DE related shortcomings, however latest trends and advancements in mass spectrometry (MS)-based quantitative proteomics offer enormous potential to monitor membrane protein change in abundance in large scale experiments. In the current work microsomal proteins of Medicago truncatula roots inoculated with Rhizophagus irregularis were, for the first time, scrutinised by state-of-the-art MS-based proteomic approaches iTRAQ-OFFGEL-LC-MS/MS and label-free 1-DE-LC-MS/MS. The applied workflows combine two novel proteomic procedures, label-based and -free, targeting an insight view on the membrane proteome changes in AM symbiosis. A subcellular fractionation method is herein described to access the total membrane-associated proteins with…

Advisors/Committee Members: Dumas-Gaudot, Eliane (thesis director), Renaut, Jenny (thesis director), Recorbet, Ghislaine (thesis director).

Subjects/Keywords: Symbiose mycorhizienne à arbuscules; Medicago truncatula; Protéines membranaires; Protéomique hors gel; Protéomique sans marquage; Arbuscular mycorrhizas; 572; 571.6

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Abdallah, C. (2012). Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS : the myccorhiza responsive membrane proteome as a case study : Vers l'étude quantitative et fonctionnelle des protéomes membranaires des racines mis en jeu au cours de la symbiose mycorhizienne à arbuscules de Medicago truncatula par des approches de protéomique hors gel. (Doctoral Dissertation). Université de Bourgogne. Retrieved from http://www.theses.fr/2012DIJOS110

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Abdallah, Cosette. “Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS : the myccorhiza responsive membrane proteome as a case study : Vers l'étude quantitative et fonctionnelle des protéomes membranaires des racines mis en jeu au cours de la symbiose mycorhizienne à arbuscules de Medicago truncatula par des approches de protéomique hors gel.” 2012. Doctoral Dissertation, Université de Bourgogne. Accessed October 14, 2019. http://www.theses.fr/2012DIJOS110.

MLA Handbook (7th Edition):

Abdallah, Cosette. “Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS : the myccorhiza responsive membrane proteome as a case study : Vers l'étude quantitative et fonctionnelle des protéomes membranaires des racines mis en jeu au cours de la symbiose mycorhizienne à arbuscules de Medicago truncatula par des approches de protéomique hors gel.” 2012. Web. 14 Oct 2019.

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Abdallah C. Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS : the myccorhiza responsive membrane proteome as a case study : Vers l'étude quantitative et fonctionnelle des protéomes membranaires des racines mis en jeu au cours de la symbiose mycorhizienne à arbuscules de Medicago truncatula par des approches de protéomique hors gel. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Bourgogne; 2012. [cited 2019 Oct 14]. Available from: http://www.theses.fr/2012DIJOS110.

Council of Science Editors:

Abdallah C. Technical improvements for analysis of recalcitrant proteins by LC-MS : the myccorhiza responsive membrane proteome as a case study : Vers l'étude quantitative et fonctionnelle des protéomes membranaires des racines mis en jeu au cours de la symbiose mycorhizienne à arbuscules de Medicago truncatula par des approches de protéomique hors gel. [Doctoral Dissertation]. Université de Bourgogne; 2012. Available from: http://www.theses.fr/2012DIJOS110

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