subject:(RT qPCR)

1. SANTANA, Marcelo Oliva. Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) .

Degree: 2011, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022

► O cultivo de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é de grande importância econômica para o Brasil pela produção de açúcar e etanol, sendo o déficit hídrico um… (more)

▼ O cultivo de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é de grande importância econômica para o Brasil pela produção de açúcar e etanol, sendo o déficit hídrico um dos principais fatores limitantes do crescimento e produtividade desta cultura. A crescente demanda por biocombustíveis tem exigido o desenvolvimento de variedades de cana-de-açúcar geneticamente melhoradas e mais eficientes no uso da água. A partir de dados SAGE de cana-de-açúcar previamente anotados, oriundos de bibliotecas de amostras de colmo de plantas cultivadas em campo, e contrastantes para época chuvosa ou seca, foram identificados in silico transcritos potencialmente associados a respostas ao estresse hídrico. Destes, vinte e um genes (incluídos três genes de referência) foram selecionados para análise de expressão gênica e validação via transcrição reversa seguida de PCR em temporeal (RT-qPCR) utilizando duas variedades de cana-de-açúcar contrastantes à resposta ao estresse hídrico, RB92579 (tolerante) e RB72454 (sensível). Os experimentos foram conduzidos em casa de vegetação sob dois tratamentos hídricos diferentes (seco e irrigado). Para cada gene, três réplicas biológicas foram executadas, sendo cada RT-qPCR realizada em triplicata. A especificidade e ausência de contaminação foram avaliadas pela curva de dissociação das PCRs e controles negativos, respectivamente. Para a normalização e processamento dos dados de RT-qPCR, foram utilizados três genes de referência sendo estes analisados quanto a estabilidade utilizando o software geNorm. Da coleção de 46.536 tags distintas analisadas em SAGE, 45,0% mostraram-se inibidas pela seca, 6,3% induzidos pela seca, e 48,7% não apresentaram variação de ratio significativa (0,5 < ratio < 2,0). Dos 21 transcritos selecionados para validação experimental como potencialmente responsivos ao estresse hídrico somente 15 e 12 genes foram monitorados via RT-qPCR em folha e raiz respectivamente. Essas análises resultaram que 2/3 dos genes estudados (Dhyn_98, ERD4, Sip, Dgt, MARK, Pox, Hd-zip, Hsp70, PPlase e DnaK) foram diferencialmente expressos sob seca (p<0,05), sendo que 40% e 33,3% deles apresentaram, nas variedades tolerante e sensível, respectivamente, a mesma tendência de expressão que aquela já descrita via SAGE para a espécie. Além disso, em função dos resultados de RT-qPCR, dois genes mais associados com a resposta de tolerância à seca foram selecionados para futura determinação de suas sequências nucleotídicas completas e construções gênicas. Os genes identificados para tolerância a seca poderão ser utilizados não só nos programas de melhoramento das principais culturas de importância econômica, mas também poderão ajudar a entender as redes gênicas envolvidas na tolerância das plantas ao estresse hídrico Advisors/Committee Members: CALSA JUNIOR, Tercilio (advisor).

Subjects/Keywords: RT-qPCR; SAGE; estresse hídrico; seca

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SANTANA, M. O. (2011). Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

SANTANA, Marcelo Oliva. “Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) .” 2011. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed September 15, 2019. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022.

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SANTANA, Marcelo Oliva. “Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) .” 2011. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

SANTANA MO. Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022.

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Council of Science Editors:

SANTANA MO. Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022

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2. Coudray-Meunier, Coralie. Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies.

Degree: Docteur es, Sciences du vivant, 2014, Paris, AgroParisTech

URL: http://www.theses.fr/2014AGPT0055

► Les principaux virus entériques à l’origine de toxi-infections alimentaires collectives sont les norovirus génogroupes I et II (NoV GI, NoV GII) et le virus de… (more)

▼ Les principaux virus entériques à l’origine de toxi-infections alimentaires collectives sont les norovirus génogroupes I et II (NoV GI, NoV GII) et le virus de l’hépatite A (VHA) responsables respectivement de gastro-entérites et d’hépatites. Ces virus sont transmissibles par la voie féco-orale directe ou via l’ingestion d’eaux ou d’aliments consommés crus ou peu cuits (coquillages, fruits et légumes). Le niveau de contamination virale des aliments souvent faible nécessite d’utiliser des méthodes de détection très sensibles. La plupart des virus entériques étant non cultivable, ces méthodes reposent sur la détection / quantification des génomes viraux par RT-qPCR ce qui ne permet pas de déterminer l’infectiosité des virus et limite l’appréciation du risque viral en santé publique. Les travaux de thèse visaient à proposer des méthodes moléculaires pour la détection, la quantification et le typage des virus entériques, à évaluer l’apport de nouvelles technologies moléculaires (comme la Digital RT-PCR (RT-dPCR) et la RT-PCR à haut débit) dans le cadre du diagnostic viral dans les aliments et enfin à développer des traitements précédant les réactions de RT-qPCR pour détecter des génomes issus de particules virales infectieuses. Une nouvelle technique d’extraction du VHA à partir de la laitue a été développée et évaluée équivalente à la technique de référence décrite dans les spécifications techniques publiées en 2013 (ISO/TS 15216-1 et 15216-2). Pour favoriser les études phylogénétiques dans le domaine alimentaire, 6 modèles moléculaires de RT-qPCR spécifiques des 6 sous-types humains du VHA (IA, IB, IIA, IIB, IIIA, IIIB) ont été développés et évalués pour le génotypage d’échantillons cliniques contaminés par le VHA. Ils peuvent être utiles pour tracer les sous-types du VHA dans des échantillons faiblement contaminés comme des matrices alimentaires, mais aussi permettre l'identification de co-infection de l'homme ou de souches de VHA recombinantes. La RT-dPCR en nanofluidique a été comparée à la RT-qPCR pour la quantification des génomes de NoV GI, NoV GII et VHA en présence de 2 contrôles de process (mengovirus et norovirus murin) dans des échantillons de laitues et d’eau embouteillée artificiellement contaminés. Un contrôle externe d’amplification a permis d’évaluer et de comparer l’inhibition des réactions de RT-qPCR et RT-dPCR. Les rendements d’extraction viraux se sont révélés significativement plus élevés après RT-dPCR qu’après RT-qPCR pour les NoV GI et mengovirus dans l'eau et pour les NoV GII et VHA dans les échantillons de laitue. De plus, les essais de RT-dPCR se sont avérés être plus tolérants à la présence de substances inhibitrices issues de laitues. La technologie qPCR en nanofluidique a également été utilisée afin de proposer une « puce » capable de détecter 20 virus entériques. Des limites de détection similaires ont été obtenues avec la qPCR et la dPCR. La qPCR nanofluidique a été trouvé moins sensible d’environ 1 à 3 log10 (du fait des faibles volumes (~nanolitre) d’échantillons analysés). Des… Advisors/Committee Members: Perelle, Sylvie (thesis director).

Subjects/Keywords: Virus entériques; Detection; Aliments; RT-QPCR; Enteric virus; Detection; Food; RT-QPCR; 616.33

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Coudray-Meunier, C. (2014). Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies. (Doctoral Dissertation). Paris, AgroParisTech. Retrieved from http://www.theses.fr/2014AGPT0055

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Coudray-Meunier, Coralie. “Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies.” 2014. Doctoral Dissertation, Paris, AgroParisTech. Accessed September 15, 2019. http://www.theses.fr/2014AGPT0055.

MLA Handbook (7^th Edition):

Coudray-Meunier, Coralie. “Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies.” 2014. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Coudray-Meunier C. Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies. [Internet] [Doctoral dissertation]. Paris, AgroParisTech; 2014. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.theses.fr/2014AGPT0055.

Council of Science Editors:

Coudray-Meunier C. Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies. [Doctoral Dissertation]. Paris, AgroParisTech; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014AGPT0055

Universiteit Utrecht

3. Breed, R.D. mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis.

Degree: 2013, Universiteit Utrecht

URL: http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083

► Feline idiopathic cystitis (FIC) is a common inflammatory condition of the bladder that affects young to middle aged cats with unknown cause. Because there may… (more)

▼ Feline idiopathic cystitis (FIC) is a common inflammatory condition of the bladder that affects young to middle aged cats with unknown cause. Because there may be different pathological mechanisms that could cause FIC, there is a critical need to identify the key pathogenic factors in FIC. Eicosanoids are potent lipid mediators involved in the initiation and resolution of inflammation and in the maintenance of the normal health of the urothelium. Recent studies suggest that FIC may be associated with alterations in bladder eicosanoid metabolism. The altered expression of genes encoding key enzymes involved in the metabolism of eicosanoids could be important in the pathogenesis of FIC. We hypothesized that expression of the mRNAs for these enzymes would differ between affected and healthy cats. In order to test this hypothesis, mRNA was isolated from healthy and FIC cat bladders (obtained by cystotomy and embedded in formalin-fixed paraffin), as well as urolith bladders as a general inflammation control. The mRNAs for COX-1, COX-2, mPGES, cPGES, 15- LOX-2 and PGDH (which all play a role in metabolism of eicosanoids) were quantified by reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR). Four control genes (SDHA, RPS5, RPS19, and POL2A) were developed to allow a relative analysis by the delta delta CT method. Formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) samples of affected cats (n=8), unaffected negative control cats (n=9) and urolith positive control cats (n=8) were obtained and used for the quantification. No significant differences were found for the expression of the genes in FIC compared to urolith and normal cats, although a trend toward of p < 0.10 was found for cPGES and 15-LOX-2. The results of these experiments may lead to a better understanding of the contribution of eicosanoids in the pathogenesis of FIC, and may eventually lead to better methods of diagnosis and treatment. Furthermore primers with high efficiencies were made for the genes, which may be useful for future studies of FIC and other feline inflammatory diseases. Moreover the use of FFPE tissues for studying mRNA expression in relation with a disease or inflammatory condition is not a common practice. However due to the lack of the availability of fresh frozen tissues, this study took the initiative to use FFPE tissues to study the mRNA expression in relation with FIC. This could make further studies easier to perform due to using stored samples instead of fresh samples. Advisors/Committee Members: Venta, P.J., Kruger, J.M., Corbee, R.J..

Subjects/Keywords: Diergeneeskunde; Feline, idiopathic, cystitis, cat, eicosanoid, mRNA, rt-qpcr, qpcr, enzyme

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Breed, R. D. (2013). mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis. (Masters Thesis). Universiteit Utrecht. Retrieved from http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Breed, R D. “mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis.” 2013. Masters Thesis, Universiteit Utrecht. Accessed September 15, 2019. http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083.

MLA Handbook (7^th Edition):

Breed, R D. “mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis.” 2013. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Breed RD. mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis. [Internet] [Masters thesis]. Universiteit Utrecht; 2013. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083.

Council of Science Editors:

Breed RD. mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis. [Masters Thesis]. Universiteit Utrecht; 2013. Available from: http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083

4. Pinheiro, Thaísa Tessutti. Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico.

Degree: Mestrado, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2009, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;

► As sementes do cacaueiro (Theobroma cacao L.) constituem a única fonte de manteiga de cacau, matéria prima fundamental para as indústrias de chocolates e confeitos,… (more)

▼ As sementes do cacaueiro (Theobroma cacao L.) constituem a única fonte de manteiga de cacau, matéria prima fundamental para as indústrias de chocolates e confeitos, farmacêutica e cosmética. Cerca de 50 % do peso seco das sementes é composto por gordura, caracterizada pelo alto nível de estearato (30-37%), em combinação com palmitato (24-31%) e de oleato (33-39%), conferindo-lhe uma composição triglicerídica única, responsável pelas suas propriedades de fusão, com aplicações específicas e especiais. Apesar dos genes que codificam as enzimas da via metabólica de biossíntese de ácidos graxos e triglicerídeos em plantas serem conhecidos, os mecanismos moleculares pelos quais as plantas controlam a produção de estearato e que diferenciam as plantas acumuladoras de estearato de todas as demais não estão claramente definidos. O objetivo deste trabalho foi analisar a composição de ácidos graxos nos frutos de Theobroma cacao e a expressão temporal de genes relacionados à via metabólica de ácidos graxos e triglicerídeos durante o desenvolvimento de sementes de T. cacao, com ênfase na acumulação de estearato. Em paralelo, foram eleitos os genes referências mais estáveis para os estudos em embriões e diversos tecidos de Theobroma cacao. Empregando-se a técnica de reação quantitativa da amplificação em cadeia de transcritos reversos de RNA (RT-qPCR), foram analisadas a expressão dos genes codificadores da proteína carregadora de acil A, B e C, \'beta\'-cetoacil-ACP sintase II, \'delta\'9estearoil-ACP desaturase A e B, Acil-ACP tioesterase A, acil-ACP tioesterase B, acil-CoA sintetase A e B e da proteína oleosina. Quando se estudou de expressão gênica apenas nos embriões de T. cacao, os três genes mais estáveis foram proteína ribossomal L35, proteína carregadora de acil A e gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase. Quando se considerou diversos tecidos de plantas de Theobroma cacao, os melhores genes para a normalização dos valores de expressão foram os codificadores da proteína ribossomal L35, proteína carregadora de acil B e gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase. A acumulação de transcritos da \'delta\'9estearoil-ACP desaturase foi relacionada ao aumento do ácido oleico. O aumento na quantidade deste ácido acontece pela ação conjunta da \'delta\'9estearoil-ACP desaturase, e acil-ACP tioesterase A, a qual mostra maiores níveis de transcritos entre 90 e 140 DAP com pico aos 100 DAP. O aumento de ácidos esteárico estaria relacionado com a ação conjunta e com transcrição temporalmente coordenada dos genes das enzimas \'beta-́cetoacil-ACP sintase II, Acil-ACP tioesterase A e Acil-ACP tioesterase B. Transcritos da enzima \'beta-́cetoacil-ACP sintase II apresenta pico aos 100 DAP, possivelmente com acúmulo máximo de substratos 18:0-ACP, que poderiam ser hidrolizado preferencialmente pela enzima acil-ACP tioesterase A, ou acil-ACP tioesterase B, O intervalo entre o pico de acúmulo de trasncritos entre \'beta\'-cetoacil-ACP sintase II (100 DAP) e Acil-ACP tioesterase A e \'delta\'9estearoil-ACP desaturase (110 DAP) sugere que poderia… Advisors/Committee Members: Figueira, Antonio Vargas de Oliveira.

Subjects/Keywords: Biossíntese ácidos graxos; Cacau; Cocoa; Expressão gênica; Fatty acids biosynthesis; Gene expression; RT-qPCR; RT-qPCR

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Pinheiro, T. T. (2009). Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pinheiro, Thaísa Tessutti. “Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico.” 2009. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Pinheiro, Thaísa Tessutti. “Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico.” 2009. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Pinheiro TT. Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2009. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;.

Council of Science Editors:

Pinheiro TT. Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2009. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;

5. Pereira, Maristela Soares Swerts. Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal.

Degree: PhD, Odontopediatria, 2012, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;

► Substâncias contendo clorexidina (CHX) ou associação de antibióticos têm sido pesquisadas como medicações intracanal. Os objetivos do presente estudo foram: Capítulo 1- Caracterizar a resposta… (more)

▼ Substâncias contendo clorexidina (CHX) ou associação de antibióticos têm sido pesquisadas como medicações intracanal. Os objetivos do presente estudo foram: Capítulo 1- Caracterizar a resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos à pasta triantibiótica (Trimix), por microscopia óptica convencional e por RT-PCR em tempo real; e Capítulo 2 - Comparar a resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos a medicações intracanal contendo CHX por microscopia óptica convencional. No Capítulo 1, a resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos foi avaliada por meio da implantação de tubos de polietilieno vazios ou contendo uma das substâncias avaliadas: Trimix ou Calen. Como controle adicional, foram utilizados animais que não receberam a implantação dos tubos. Para a avaliação histopatológica, decorridos os períodos experimentais de 7, 21 e 63 dias, os implantes (n=10) contendo Trimix ou Calen foram removidos juntamente com o tecido conjuntivo subcutâneo e a pele adjacente e submetidos ao processamento histotécnico, sendo os cortes corados pelo método de hematoxilina e eosina e picrosírius vermelho. Foram efetuadas análises qualitativa, determinando os parâmetros de resposta biológica e quantitativa, onde foram avaliados o número de células inflamatórias e de vasos, a área e a densidade vascular, além do percentual relativo de colágeno. As reações de RT-PCR em tempo real foram realizadas nos grupos tubo vazio, pasta Calen, Trimix e controle adicional nos períodos experimentais de 7 e 21 dias. Foi realizada a detecção e quantificação das citocinas pró-inflamatórias (IL-1β, TNF-α e IL- 17) e anti-inflamatória (TGF-β), fator crescimento endotelial vascular (VEGF), fator induzido por hipóxia (HIF-1α), metaloproteinases (MMP-2 e -9) e inibidores de metaloproteinases (TIMP-1 e - 2). Os resultados foram comparados empregando teste t de Student e ANOVA, seguida do pósteste de Tukey. No Capítulo 2, foi efetuada a comparação da resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos às pastas Calen+CHX a 0,5%, Calen+CHX a 2,0%, ao gel de CHX a 2,0% e à pasta Calen (controle) utilizando metodologia semelhante à empregada para avaliação histopatológica no Capítulo 1. Os resultados obtidos foram analisados por meio da ANOVA, seguida do pós-teste de Tukey. O nível de significancia adotado em todas as análises estatísticas foi de 5%. Com base nos resultados obtidos, pôde-se concluir que: 1) A resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos à pasta Trimix caracterizou-se por reação inflamatória aguda persistente e ausência de reparo no período estudado de 63 dias, o que foi suportado pela maior expressão gênica dos biomarcadores relacionados à resposta inflamatória e angiogênica, comparado à pasta Calen; 2) Quando comparadas as medicações contendo CHX, os resultados evidenciaram que a Calen+CHX a 0,5% exibiu resposta tecidual reparativa, em contraste com a Calen+CHX a 2,0% e o gel de CHX a 2,0% que propiciaram resposta inflamatória persistente, apontando para agressividade destes… Advisors/Committee Members: Rossi, Marcos Antonio, Silva, Lea Assed Bezerra da.

Subjects/Keywords: biocompatibility; calcium hydroxide; chlorhexidine; clorexidina; compatibilidade biológica; hidróxido de cálcio; pasta triantibiótica; RT-qPCR; RT-qPCR; triantibiotic paste

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Pereira, M. S. S. (2012). Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal. (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pereira, Maristela Soares Swerts. “Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal.” 2012. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Pereira, Maristela Soares Swerts. “Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal.” 2012. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Pereira MSS. Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2012. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;.

Council of Science Editors:

Pereira MSS. Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal. [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2012. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;

6. Almeida, Raul Santin. \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\".

Degree: PhD, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2007, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;

► As plantas apresentam diversas adaptações fisiológicas à baixa disponibilidade de fósforo (Pi) do solo. Este trabalho discute os custos fisiológicos e energéticos associados com essas… (more)

▼ As plantas apresentam diversas adaptações fisiológicas à baixa disponibilidade de fósforo (Pi) do solo. Este trabalho discute os custos fisiológicos e energéticos associados com essas estratégias, focado nas respostas da cana-de-açúcar (Saccharum spp.) à disponibilidade de Pi durante a simbiose com micorrizas arbusculares (Glomus clarum). Esses custos são importantes componentes para a adaptação a solos com baixo Pi, afetando a aquisição e conteúdo de fósforo; o crescimento e concentração de açúcares em tecidos vegetais. Plantas de cana-de-açúcar foram cultivadas em vasos com ou sem micorrizas (Glomus clarum), e sob a disponibilidade de baixo (20 mg kg-1) ou alto (202 mg kg-1) fósforo. Raízes e parte-aérea foram coletadas para as análises após 14, 30, 44 e 58 dias pós-inoculação (dpi) com Glomus clarum . A condição de BP causou a deficiência de Pi nas plantas, micorrízicas ou não. As plantas sob AP continham um teor foliar de Pi adequado, e partir dos 44 dpi acumularam pelo menos 6 vezes mais Pi parte-aérea, do que as cultivadas sob BP, efeito mais evidente nas micorrízicas. A eficiência de absorção, indicada pelo acúmulo de Pi na parte-aérea a uma dada biomassa da raiz, foi igual para todos os tratamentos, sugerindo que as eficiências radicular e micorrízica da absorção de Pi foram similares, independentemente da doses de Pi. A disponibilidade de fósforo não afetou a biomassa total das plantas, sendo as cultivadas sob BP mais eficientes na utilização deste nutriente. Por outro lado, as plantas micorrízicas suplementadas com BP apresentaram maior crescimento da raiz e redução na parte-aérea, resultando no aumento da proporção raiz:parte-aérea. Aos 58 dpi, a glicose, frutose e sacarose presente nas folhas de plantas micorrízicas foi 3,8, 2,3 e 2,4 vezes respectivamente mais concentrada do que nas não micorrízicas. Esses resultados sugerem que, nestas condições experimentais, o estabelecimento da simbiose não foi uma associação mutualística típica, afetando o perfil de crescimento e a alometria da cana cultivada com BP. As concentrações de fotoassimilados na folhas de planta micorrízicas indicam que houve aumentos nas taxas fotossintéticas, mas isso não resultou no maior crescimento do macrosimbionte. A tecnologia de amplificação quantitativa de transcritos reversos (RT-PCR) se tornou uma opção para a validação funcional de genes, com alta sensibilidade, acurada quantificação e eficácia. A quantificação relativa da expressão gênica é conseqüentemente fácil e determina a expressão de um gene em relação a outro expresso e relativamente constante. Neste trabalho foi analisada a variabilidade de expressão dos genes de cana-de-açúcar codificando a actina (Actina), gliceraldeido fosfato desidrogenase (GAPDH), tubulina (Tubulina), e ubiquitinas (UbiQ1 e UbiQ2) em diversos tecidos, e comparou-se a variabilidade obtida utilizando os programas Genorm e NormFinder. Em seguida, foram realizadas análises de expressão gênica utilizando o programa REST para a validação estatística da expressão de genes de cana-de-açúcar. O gene UbiQ1… Advisors/Committee Members: Figueira, Antonio Vargas de Oliveira.

Subjects/Keywords: Arbuscular; Expressão gênica; Fósforo; Gene Expression; Micorrizas arbusculares; Mycorrhizal; Phosphorus; RT-QPCR; RT-qPCR; Sacarose; Sucrose

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APA (6^th Edition):

Almeida, R. S. (2007). \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\". (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Almeida, Raul Santin. “\"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\".” 2007. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Almeida, Raul Santin. “\"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\".” 2007. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Almeida RS. \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\". [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2007. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;.

Council of Science Editors:

Almeida RS. \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\". [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2007. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;

7. Nishimura, Deborah Sanae. Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas.

Degree: Mestrado, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2007, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;

► A glutationa S-transferase (GST) tem a capacidade de conferir resistência do tipo não-alvo aos efeitos danosos de certos herbicidas em várias culturas, principalmente gramíneas. Entretanto,… (more)

▼ A glutationa S-transferase (GST) tem a capacidade de conferir resistência do tipo não-alvo aos efeitos danosos de certos herbicidas em várias culturas, principalmente gramíneas. Entretanto, o papel das GSTs em relação aos herbicidas em cana-de-açúcar é desconhecido, e tal elucidação poderia auxiliar na redução de perdas de produtividade e/ou aumento na eficiência de produção. O objetivo desse trabalho foi caracterizar as diversas classes de GST de cana-de-açúcar por análise filogenética e padrão de expressão por amplificação quantitativa de transcritos reversos (RT-qPCR). Foi realizada no banco de dados de Saccharum Gene Index a busca completa das seqüências codificadoras de GST referentes às classes Phi, Tau, Theta e Zeta, baseando-se nos 61 genes de GST de arroz; estas foram traduzidas e empregadas em análise filogenética. Foram identificados 18 agrupamentos de ESTs codificando GSTs, totalizando 355 transcritos das 255.635 seqüências disponíveis no banco de dados. A análise filogenética identificou 7 agrupamentos como pertencentes à classe Phi (denominados ScGSTF), 7 como Tau (ScGSTU), 1 como Theta (ScGSTT), e 3 como Zeta (ScGSTZ); respectivamente. As classes Phi e Tau, consideradas planta-específica, foram as mais representativas em termos de número de agrupamentos de ESTs em relação à Theta e Zeta (mamífero-específica). Os 18 agrupamentos de cana-de-açúcar equivalem aos genes mais expressos em termos de número de ESTs individuais em arroz. Foram extraídos RNA de diversos tecidos/órgãos, e de tecido foliar das cultivares \'SP87-365é \'SP80-3280ćoletados a 0 e 48 h após tratamento com herbicidas, seguida da síntese de cDNA e RT-qPCR. O gene da proteína ribossômica rpl35-4 foi determinado como referência nas análises de expressão. A expressão nos tecidos/órgãos mostraram que os genes ScGSTF3, ScGSTU8 e ScGSTU13 foram menos expressos no colmo, inflorescência, meristema e raiz em relação ao limbo foliar; ScGSTF4, ScGSTF6, ScGSTF14 e ScGSTF15 foram mais expressos no colmo; ScGSTF5, ScGSTU1, ScGSTU17, ScGSTU31, ScGSTU39 e ScGSTT1 na inflorescência; e ScGSTZ1 foi único mais expresso no meristema. De forma geral, todas as classes tiveram expressão detectada nos tecidos, mas os genes da Phi e Tau foram os mais expressos. Os genes da classe Phi foram mais expressos no colmo em relação aos demais; os da classe Tau e Theta na inflorescência; e os da Zeta no meristema. A validação a 0 h determinou que os genes ScGSTF3, ScGSTF4, ScGSTU8, ScGSTU13 e ScGSTU17 foram os mais expressos na cultivar \'SP80-3280ém relação à \'SP87-365\'. As evidentes diferenças na expressão basal entre as cultivares foram dos genes das classes Phi e Tau. Com relação à expressão das GSTs 48 h após aplicação dos herbicidas, foi observado que a aplicação de Ametryn ou Diuron, os genes de GST foram induzidos, enquanto foram reprimidos com Imazapic ou Isoxaflutole. Os genes ScGSTF3, ScGSTF4, ScGSTU13 e ScGSTU17 foram os mais expressos nas cultivares tratadas com os herbicidas; e foram considerados possíveis candidatos a associação em resposta a… Advisors/Committee Members: Figueira, Antonio Vargas de Oliveira.

Subjects/Keywords: Cana-de-açúcar; Filogenia; GST; GST; Herbicidas; Herbicide; Phylogeny; RT-qPCR; Southern; Southern; Sugarcane; Tecidos/Orgãos RT-qPCR; Tissues/Organs

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APA (6^th Edition):

Nishimura, D. S. (2007). Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Nishimura, Deborah Sanae. “Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas.” 2007. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Nishimura, Deborah Sanae. “Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas.” 2007. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Nishimura DS. Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2007. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;.

Council of Science Editors:

Nishimura DS. Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2007. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;

8. Smith-Peter, Erich. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.

Degree: M. Sc., Biologie, 2015, Université de Sherbrooke

URL: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf

► Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes… (more)

▼ Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes pour réguler l’expression génique et par conséquent, les diverses voies métaboliques nécessaires aux différentes conditions environnementales auxquelles ils sont confrontés. On sait maintenant que certains ARN, dont les riborégulateurs, ont également un grand rôle à jouer dans les processus de régulation de l’expression du génome. En général, les riborégulateurs sont des éléments génétiques situés dans les régions 5’ non traduites (5’ UTR) de l’ARN messager bactérien. Ces éléments possèdent une structure tertiaire bien définie qui est conservée à travers l'évolution. Les riborégulateurs subissent un changement de conformation en s’associant à un ligand spécifique et modulent l’expression des gènes qu’ils contrôlent en aval. Le rôle des riborégulateurs en relation avec le métabolisme des eubactéries peut être d’une grande importance. C’est le cas de Clostridium difficile qui voit son génome régulé par au moins une quarantaine de riborégulateurs. Étant un pathogène nosocomial, causant des infections contractées dans le milieu hospitalier, bien connu pour engendrer des complications au niveau de l’intestin, il est intéressant d’étudier la relation gène-riborégulateur-métabolisme chez C. difficile. De plus, les riborégulateurs ont montré un potentiel intéressant comme cible antibiotique pour combattre certaines infections. C. difficile possède quatre riborégulateurs guanine transcriptionnels qui contrôlent quatre gènes intervenant dans la voie de biosynthèse de la guanosine monophosphate (GMP). Deux de ces gènes interviennent directement dans la voie de synthèse du GMP soit une guanosine-monophosphate synthase (guaA) et une xanthine phosphoribosyltransférase (XPRTase) (xpt) ainsi que deux transporteurs de précurseur nommés CD630_21070 codant pour une perméase uracile/xanthine et CD630_ 27040 une perméase putative. Bien que quelques études ont démontré l’importance que pourrait avoir le gène guaA chez d’autres espèces bactériennes (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Streptococcus suis et, Salmonella thyphimurium), aucune étude de C. difficile n'a élucidé la relation entre les quatre riborégulateurs guanine et les gènes qu’ils contrôlent, de même que leur rôle au sein du métabolisme du GMP dans un contexte in vivo. Le présent mémoire porte sur l’étude de ces quatre riborégulateurs guanine chez C. difficile, les gènes régulés par ces riborégulateurs et leurs effets sur la biologie de C. difficile. Une fois que les recherches bio-informatiques ont été entreprises, le projet s’est divisé en deux grandes parties soit l’efficacité de régulation des riborégulateurs guanine et l’importance des quatre gènes qui sont sous le contrôle de ces riborégulateurs chez C. difficile 630. Afin de vérifier si les riborégulateurs guanine avaient une affinité acceptable pour leur ligand (guanine), des essais de… Advisors/Committee Members: Fortier, Louis-Charles, Lafontaine, Daniel.

Subjects/Keywords: Clostridium difficile; Riborégulateur; GMP synthase; guaA; Guanine; ARN; Clostron; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Smith-Peter, E. (2015). Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. (Masters Thesis). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.” 2015. Masters Thesis, Université de Sherbrooke. Accessed September 15, 2019. http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf.

MLA Handbook (7^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.” 2015. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. [Internet] [Masters thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf.

Council of Science Editors:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. [Masters Thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. Available from: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf

Universidade do Rio Grande do Sul

9. Pieta, Luiza. Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas.

Degree: 2013, Universidade do Rio Grande do Sul

URL: http://hdl.handle.net/10183/77673

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Dentre as oito espécies do gênero Listeria, a única transmitida por alimentos, patogênica para humanos, é a Listeria monocytogenes. De grande preocupação para a indústria… (more)

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Dentre as oito espécies do gênero Listeria, a única transmitida por alimentos, patogênica para humanos, é a Listeria monocytogenes. De grande preocupação para a indústria alimentícia, este microrganismo pode ser encontrado em diversas superfícies de plantas processadoras de alimentos, sendo capaz de se aderir e formar persistentes biofilmes. No presente trabalho, foi estudada a influência da concentração de glicose e do tempo de incubação na formação de biofilme por uma cepa de L. monocytogenes, sorotipo 1/2a, cultivada em três diferentes temperaturas, 7°C, 25°C e 37°C, através de planejamento experimental utilizando a Metodologia de Superfície de Resposta. As duas variáveis testadas, para os intervalos estudados, foram significativas (p<0,05) na formação de biofilme somente na temperatura de 37°C e, tanto concentrações de glicose tendendo a zero combinadas com tempos de incubação próximos a 26 h, como maiores concentrações de glicose combinadas com menores tempos de incubação, dentro da faixa de estudo aplicada, representaram boas condições para a formação de biofilme. Foi também realizada a análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em duas cepas de L. monocytogenes, sorotipos 1/2a e 4b, cultivadas a 7°C e 37°C (condição controle), pela técnica de PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR). Para ambas as cepas, os genes sigB, prfA, luxS, sufS, sufU, ltrC e flaA apresentaram transcrição significativamente aumentada (p<0,05) a 7°C, em comparação aos resultados para a condição de cultivo a 37°C, enquanto que o gene hly não variou significativamente a sua transcrição entre as duas temperaturas. O gene actA foi mais transcrito a 7°C para a cepa denominada 55, do sorotipo 1/2a, enquanto que não variou significativamente a sua transcrição entre as duas condições de crescimento para a cepa denominada 47, do sorotipo 4b. No entanto, para a cepa 55, o gene degU não demonstrou diferença estatisticamente significativa entre seus níveis de transcrição nas duas temperaturas estudadas, mas para a cepa 47, apresentou transcrição significativamente aumentada a 7°C. Interessantemente, a presença do gene agrA não foi detectada na cepa 47, e os seus níveis de transcrição foram menores a 7°C para a cepa 55. Estes resultados demonstram que os dois sorotipos estudados, responsáveis por muitos dos casos humanos de listeriose, apresentam mecanismos moleculares diferentes, nas temperaturas de 7°C e 37°C.

Among the eight species of genus Listeria, the only transmitted by food, pathogenic for humans, is Listeria monocytogenes. Of great concern to the food industry, this microorganism can be found in various areas of food processing plants, being able to adhere and form persistent biofilms. In the present work, the influence of glucose concentration and incubation time on biofilm formation by a strain of L. monocytogenes, serotype 1/2a, grown in three different temperatures, 7°C, 25°C and 37°C, have been studied, through an experimental design using the Response Surface Methodology. The two variables…

Advisors/Committee Members: Frazzon, Jeverson.

Subjects/Keywords: Listeria monocytogenes; Biofilme; Biofilm formation; Listeria monocytogenes; Virulence; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Pieta, L. (2013). Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/77673

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pieta, Luiza. “Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas.” 2013. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed September 15, 2019. http://hdl.handle.net/10183/77673.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Pieta, Luiza. “Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas.” 2013. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Pieta L. Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://hdl.handle.net/10183/77673.

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Council of Science Editors:

Pieta L. Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10183/77673

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10. Souza, Marina de Assis. Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica .

Degree: 2014, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685

► O modelo clássico de susceptibilidade e resistência à leishmaniose sugere que a expansão de células Th1 ou Th2 direcione o resultado da infecção. Recentemente, o… (more)

▼ O modelo clássico de susceptibilidade e resistência à leishmaniose sugere que a expansão de células Th1 ou Th2 direcione o resultado da infecção. Recentemente, o perfil Th17 foi relacionado à doença e parece ser antagônico às células T regulatórias (Treg). Assim, este estudo teve como objetivo quantificar, por ELISA de captura ou qPCR, alguns mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg (IFN-γ, TNF-α, IL-10, IL-4, TGF-β, IL-6, IL-17, IL-22, RORC, Foxp3 e iNOS) em pacientes com leishmaniose tegumentar americana (LTA) ativa (AD) e após a cura clínica, tratados (AT) ou não (cura espontânea; SH). Os pacientes foram capazes de apresentar resposta imunológica específica frente aos antígenos solúvel (AgSol) e insolúvel (AgIns) de L. (V.) braziliensis em relação ao grupo controle. O primeiro artigo demonstrou que, em resposta ao AgSol, houve a predominância de IFN-γ (P = 0,0061) e TNF-α (P = 0,008) durante a doença ativa, indicando a presença de uma resposta inflamatória; IL-17 também é evidenciada nesse estado clínico (P = 0,04). Um aumento na secreção de NO foi observado em SH (P = 0,023), enquanto que IL-17 foi observada em baixos níveis nesses pacientes, sugerindo que esta parece ser regulada pelo NO. A presença de IL-10 e IL-22 foi observada em todos os grupos (P > 0,05). No segundo artigo, o AgIns estimulou produção significativa de IFN- γ em todos os grupos (P < 0,05). AD (P = 0,007) e AT (P = 0,003) produziram TNF-α. Em contrapartida, o grupo SH apresentou baixos níveis da citocina. De forma interessante, a secreção de NO foi significativa nesses indivíduos (P = 0,04), enquanto que IL-17 foi observada em baixos níveis. Produção significativa de IL-17 foi observada no grupo AT (P = 0,04). Embora IL-22 tenha sido detectada em AD (P = 0,02), seu papel é questionável. A presença de IL-10 em todos os grupos de pacientes sugere que a citocina desempenhe diferentes papéis na doença (P > 0,05). No terceiro artigo, PBMC de pacientes com lesões ativas expressaram mRNA para IFN-γ (AgSol: P = 0,017; AgIns: P = 0,0004) e TNF-α (AgSol: 0,0306; AgIns: P = 0,027), reforçando a possível presença de uma resposta inflamatória. A ausência de mRNA para a iNOS nesses pacientes pode ser devido à presença de NO secretado, representando um mecanismo de compensação. Este evento pode ajudar a evitar a exacerbação da resposta imune. Além disso, a presença significativa de mRNA para IL-10 (AgSol: P = 0,0119; AgIns: P = 0,0114) sugere que mecanismos imunomodulatórios favoreçam uma resposta imune efetiva contra a Leishmania. A expressão de Foxp3 frente ao AgIns (P = 0,0208) indica que células T regulatórias estejam presentes na resposta de pacientes com lesões ativas. Embora IL-17 e IL-22 pareçam ser importantes na resposta imune efetiva na LTA, Os níveis de mRNA para estas citocinas não foram significativos (P > 0,05).Entretanto, os níveis de IL-6 expressos pelos pacientes (AgSol: P = 0,0189) com doença ativa parecem ter sido insuficientes para induzir um perfil Th17 juntamente com TGF-β (P > 0,05), dada a expressão não significativa de RORC (P >… Advisors/Committee Members: Pereira, Valéria Rêgo Alves (advisor).

Subjects/Keywords: Leishmaniose tegumentar americana; resposta imune celular; ELISA; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Souza, M. d. A. (2014). Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Souza, Marina de Assis. “Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica .” 2014. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed September 15, 2019. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Souza, Marina de Assis. “Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica .” 2014. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Souza MdA. Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2014. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685.

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Council of Science Editors:

Souza MdA. Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2014. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685

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11. Porto Carneiro Leão, Mariele. Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum .

Degree: 2011, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714

► Metarhizium anisopliae é um patógeno de insetos economicamente importante usado em todo o mundo no controle biológico de insetos-praga. Porém, sua utlização é limitada devido… (more)

Subjects/Keywords: Controle biológico; Fungo entomopatogênico; Genes de patogenicidade; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Porto Carneiro Leão, M. (2011). Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Porto Carneiro Leão, Mariele. “Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum .” 2011. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed September 15, 2019. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Porto Carneiro Leão, Mariele. “Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum .” 2011. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Porto Carneiro Leão M. Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714.

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Porto Carneiro Leão M. Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714

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12. ALMEIDA, Erik Amazonas de. Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus .

Degree: 2012, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223

► A avicultura brasileira gera grandes divisas para o país e fornece alimento a baixo custo para a população. Entretanto, os problemas sanitários que acometem a… (more)

▼ A avicultura brasileira gera grandes divisas para o país e fornece alimento a baixo custo para a população. Entretanto, os problemas sanitários que acometem a indústria avícola afetam todo o sistema produtivo, podendo acarretar perdas no mercado mundial ou elevação dos preços do produto final. Dentre as enfermidades mais frequentes na avicultura mundial e brasileira está a coccidiose, causada por diferentes espécies de protozoários do gênero Eimeria spp., sendo E. maxima, E. acervulina e E. tenella os agentes causadores mais comuns. Este estudo avaliou a expressão gênica em resposta à infecção por E. tenella no baço de três linhagens de galinhas: uma selecionada para altas taxas de crescimento e desenvolvimento muscular (TT), outra selecionada para altas taxas de fertilidade e postura de ovos (CC), e uma terceira linhagem não selecionada geneticamente (CCc), um controle genético de CC. As duas linhagens selecionadas (TT e CC) apresentaram, em estudo anterior, diferenças na resistência/susceptibilidade à coccidiose. As aves foram inoculadas com E. tenella e seus tecidos foram colhidos aos dias 0 (pré-infecção), 2, 6 e 9 pós-infecção. O perfil de expressão gênica no baço das aves foi avaliado por meio de microarranjos de DNA contendo 13.000 pontos de genes impressos, oriundos de tecido linfóide de aves. RT-PCR quantitativo em tempo real foi realizado para avaliar o perfil de expressão de NK-lisina uma citocina produzida por linfócitos T e células natural killer, e responsável pelo recrutamento e ativação de outras citocinas e células de defesa. O estudo de microarranjos revelou importantes conjuntos de genes diferencialmente expressos entre as linhagens. Aves da linhagem mais resistente CC apresentaram um padrão de expressão de genes que codificam imunoglobulinas e citocinas maior do que os animais TT. Dentre esses genes, encontram-se galinacina, uma β-defensina de aves, e IRF-10. Ambas atuam no combate a patógenos intracelulares. Já a linhagem TT apresentou maior expressão de IL1-F5, uma citocina antagônica de IL-1, que atua inibindo NF-κB, um fator importante na diferenciação de linfócitos e estímulo de IRF10 e IFN-γ. Entre as linhagens que compartilham uma maior proximidade genética, CC e CCc, as diferenças foram quantitativa e qualitativamente mais sutis. Consistente com esse padrão, os níveis de expressão de NK-lisina foram maiores na linhagem CC durante o período pré-infecção. Já no segundo dia após a infecção, TT mostrou uma expressão muito superior a CC e CCc, possivelmente devido à sua inabilidade em prontamente combater a doença. Ao avançar da infecção, a expressão gênica foi homogênea entre as linhagens. É possível que a seleção genética para características de postura possa ter favorecido a expressão basal de genes envolvidos com defesa celular, promovendo maior condição de resistência a doenças aos animais Advisors/Committee Members: GIL, Laura Helena Vega Gonzales (advisor).

Subjects/Keywords: Coccidiose; Expressão gênica; Galinha; Microarranjo; RT-qPCR; Resistência a doenças

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ALMEIDA, E. A. d. (2012). Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

ALMEIDA, Erik Amazonas de. “Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus .” 2012. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed September 15, 2019. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223.

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MLA Handbook (7^th Edition):

ALMEIDA, Erik Amazonas de. “Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus .” 2012. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

ALMEIDA EAd. Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2012. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223.

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ALMEIDA EAd. Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2012. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223

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13. Martins, Maria de Fátima Tomé. Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença.

Degree: 2010, Instituto Politécnico de Bragança

URL: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817

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Uma característica notável da interacção entre plantas e microrganismos patogénios de espécies de Phytophthora é a produção de proteínas inibidoras de glucanases (GIP) relacionadas com… (more)

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Uma característica notável da interacção entre plantas e microrganismos patogénios de espécies de Phytophthora é a produção de proteínas inibidoras de glucanases (GIP) relacionadas com a doença da Tinta do castanheiro. Dada a grande importância do castanheiro (Castanea sativa Mill) ao nível da economia e ecologia na região do Nordeste Transmontano, tornou-se necessário melhorar o conhecimento sobre os mecanismos de infecção de Phytophthora cinnamomi Rands, através do estudo da proteína GIP como mecanismo de resposta a proteínas hidrolíticas, endo-β-1,3-glucanases por parte da planta. Este estudo, teve como objectivo clonar o gene gip e avaliar a expressão por gel de SDS-PAGE em diferentes tempos de indução e determinar em qual dos substratos naturais utilizados existe maior expressão por RT-qPCR. Paralelamente foram efectuados biotestes com plantas Castanea sativa Mill e com Phytophthora cinnamomi de modo a estudar a capacidade antimicrobiana de óleos essenciais extraídos de Mentha pulegium L. Os resultados deste estudo revelaram que a clonagem foi bem sucedida após a visualização em gel de agarose 0.8 % (v/v) de uma banda de 5369pb e outra de 940pb corresponde ao vector pET-28a(+) e á ORF do gene gip. A expressão da proteína verificou-se às 8 horas de indução pela presença de uma banda 31kDa observada por gel SDS-PAGE. A análise da expressão por RT-qPCR indicou que a expressão do gene gip é maior quando o patogénio cresce na presença de serrim 0.2 % (p/v) como substrato indutor. Os ensaios com óleos essenciais extraídos de Mentha pulegium L revelaram que a P. cinnamomi é inibida a uma concentração de 80 % (v/v), na qual a planta se mantem viavel e a sua sobrevivencia não é afectada. Desta forma o uso deste produto natural como agente activo é de grande importância, especialmente nas regiões que têm soutos como recursos naturais, de grande valor económico, podendo vir a ser uma alternativa ao controlo de P. cinnamomi.

A remarkable characteristic of the interaction between plants and pathogen microorganisms of Phytophthora species is the production of inhibitory proteins of glucanases (GIP) related with the chestnut ink disease. Due to the great importance of the chestnut (Castanea sativa Mill) at economical and ecological levels in the Nordeste Transmontano region, became necessary to improve the knowledge about the infection mechanisms of Phytophthora cinnamomi Rands, through the study of GIP proteins, as a response mechanism to hydrolytic proteins, endo-β-1,3-glucanases, by the plant. In the present study was intended to clone the gene gip and to evaluate the expression by SDS-PAGE gel in different induction times and to determine in which natural substrates used there is a higher expression for RT-qPCR. At the same time were carried out bioassays with Castanea sativa Mill plants and Phytophthora cinnamomi in order to study the antimicrobial activity of the essential oils extracted from Mentha pulegium L. The results obtained revealed that the cloning was well succeeded after the visualization in a agarose 0.8 %…

Advisors/Committee Members: Choupina, Altino, Sousa, Maria João.

Subjects/Keywords: Castanheiro; Phytophthora cinnamomi Rands; GIP; RT-qPCR; SDS-PAGE; Plasmídios

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APA (6^th Edition):

Martins, M. d. F. T. (2010). Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença. (Thesis). Instituto Politécnico de Bragança. Retrieved from https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Martins, Maria de Fátima Tomé. “Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença.” 2010. Thesis, Instituto Politécnico de Bragança. Accessed September 15, 2019. https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Martins, Maria de Fátima Tomé. “Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença.” 2010. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Martins MdFT. Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença. [Internet] [Thesis]. Instituto Politécnico de Bragança; 2010. [cited 2019 Sep 15]. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817.

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Martins MdFT. Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença. [Thesis]. Instituto Politécnico de Bragança; 2010. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817

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14. Dantas, Ana Filipa Fernandes. Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1).

Degree: 2017, RCAAP

URL: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185

►

Dissertação para obtenção do grau de mestre na Escola Superior de Saúde Egas Moniz

A extensão mundial de doenças infeciosas que provocam morbilidade e mortalidade… (more)

Subjects/Keywords: Influenza A; Pandemia; A(H1N1)pdm09; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Dantas, A. F. F. (2017). Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1). (Thesis). RCAAP. Retrieved from https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Dantas, Ana Filipa Fernandes. “Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1).” 2017. Thesis, RCAAP. Accessed September 15, 2019. https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Dantas, Ana Filipa Fernandes. “Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1).” 2017. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Dantas AFF. Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1). [Internet] [Thesis]. RCAAP; 2017. [cited 2019 Sep 15]. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185.

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Council of Science Editors:

Dantas AFF. Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1). [Thesis]. RCAAP; 2017. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185

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Universitat Autònoma de Barcelona

15. Timoneda i Heredia, Oriol. Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina.

Degree: Departament de Ciència Animal i dels Aliments, 2013, Universitat Autònoma de Barcelona

URL: http://hdl.handle.net/10803/120211

► The discovery of microRNAs (miRNAs) as novel gene expression regulators has opened a new field in the study of the roles of these small RNAs,… (more)

▼ The discovery of microRNAs (miRNAs) as novel gene expression regulators has opened a new field in the study of the roles of these small RNAs, as well as on describing in what processes they act and how they regulate gene expression. The emergence of next generation sequencing methods has allowed the description and study of miRNA expression profiles in different situations, in order to observe its involvement in biological processes, both physiological and pathological. This thesis illustrates, through two different approaches, the use of these techniques for the description, discovery and study of miRNA profiles in the porcine species. The first part of the study was designed with the aim of increasing the number of described miRNAs in pigs. The approaches used for the determination of novel miRNAs were, first of all, the expression profiling of miRNAs in the swine kidney, including the orthologous ones and, second, using a pipeline for the discovery and validation of new porcine miRNAs. Another motivation of this work was to study the possible changes in the kidney miRNAs expression patterns among pig breeds from different origins, from European to Asian breeds, including European breeds with Asian influences. In this sense, differentially expressed miRNAs have been described and their functional roles have been studied. In the second part of the study, an experimental infection with Aujeszky's disease virus (ADV), also known as suid herpesvirus type 1 (SHV-1), was carried out, using a virulent strain (NIA-3) and a vaccine strain (Begonia). Two different approaches were conducted: an in vitro approach using PK-15 cell lines, derived from pig kidney, and an in vivo approach using the olfactory bulb and trigeminal ganglia as target tissues. With the aim of studying the role of both host and viral miRNAs in host – pathogen interactions during SHV-1 infection, miRNAs expression profiles have been described and their expression differences evaluated, not only between infected and mock-infected groups, but also between strains and between the two performed approaches. New viral miRNAs have been described and their expression during the infection has been confirmed. Finally, a network of interactions between viral miRNAs, host differentially expressed miRNAs and SHV-1 encoded genes was developed using in silico functional studies. Given the importance of RT-qPCR method for validating the expression of miRNAs, we also performed an additional study to assess the expression stability of some miRNAs to be used as reference genes in relative quantification studies of RT-qPCR data, which they have not been widely used for this purpose. Advisors/Committee Members: [email protected] (authoremail), true (authoremailshow), Sánchez Bonastre, Armando (director), true (authorsendemail).

Subjects/Keywords: Microrna; Seqüenciació massiva; RT-qPCR; Ciències de la Salut; 575

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APA (6^th Edition):

Timoneda i Heredia, O. (2013). Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina. (Thesis). Universitat Autònoma de Barcelona. Retrieved from http://hdl.handle.net/10803/120211

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Timoneda i Heredia, Oriol. “Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina.” 2013. Thesis, Universitat Autònoma de Barcelona. Accessed September 15, 2019. http://hdl.handle.net/10803/120211.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Timoneda i Heredia, Oriol. “Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina.” 2013. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Timoneda i Heredia O. Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina. [Internet] [Thesis]. Universitat Autònoma de Barcelona; 2013. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://hdl.handle.net/10803/120211.

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Council of Science Editors:

Timoneda i Heredia O. Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina. [Thesis]. Universitat Autònoma de Barcelona; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10803/120211

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Université de Sherbrooke

16. Smith-Peter, Erich. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630 .

Degree: 2015, Université de Sherbrooke

URL: http://hdl.handle.net/11143/7717

► Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes… (more)

▼ Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes pour réguler l’expression génique et par conséquent, les diverses voies métaboliques nécessaires aux différentes conditions environnementales auxquelles ils sont confrontés. On sait maintenant que certains ARN, dont les riborégulateurs, ont également un grand rôle à jouer dans les processus de régulation de l’expression du génome. En général, les riborégulateurs sont des éléments génétiques situés dans les régions 5’ non traduites (5’ UTR) de l’ARN messager bactérien. Ces éléments possèdent une structure tertiaire bien définie qui est conservée à travers l'évolution. Les riborégulateurs subissent un changement de conformation en s’associant à un ligand spécifique et modulent l’expression des gènes qu’ils contrôlent en aval. Le rôle des riborégulateurs en relation avec le métabolisme des eubactéries peut être d’une grande importance. C’est le cas de Clostridium difficile qui voit son génome régulé par au moins une quarantaine de riborégulateurs. Étant un pathogène nosocomial, causant des infections contractées dans le milieu hospitalier, bien connu pour engendrer des complications au niveau de l’intestin, il est intéressant d’étudier la relation gène-riborégulateur-métabolisme chez C. difficile. De plus, les riborégulateurs ont montré un potentiel intéressant comme cible antibiotique pour combattre certaines infections. C. difficile possède quatre riborégulateurs guanine transcriptionnels qui contrôlent quatre gènes intervenant dans la voie de biosynthèse de la guanosine monophosphate (GMP). Deux de ces gènes interviennent directement dans la voie de synthèse du GMP soit une guanosine-monophosphate synthase (guaA) et une xanthine phosphoribosyltransférase (XPRTase) (xpt) ainsi que deux transporteurs de précurseur nommés CD630_21070 codant pour une perméase uracile/xanthine et CD630_ 27040 une perméase putative. Bien que quelques études ont démontré l’importance que pourrait avoir le gène guaA chez d’autres espèces bactériennes (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Streptococcus suis et, Salmonella thyphimurium), aucune étude de C. difficile n'a élucidé la relation entre les quatre riborégulateurs guanine et les gènes qu’ils contrôlent, de même que leur rôle au sein du métabolisme du GMP dans un contexte in vivo. Le présent mémoire porte sur l’étude de ces quatre riborégulateurs guanine chez C. difficile, les gènes régulés par ces riborégulateurs et leurs effets sur la biologie de C. difficile. Une fois que les recherches bio-informatiques ont été entreprises, le projet s’est divisé en deux grandes parties soit l’efficacité de régulation des riborégulateurs guanine et l’importance des quatre gènes qui sont sous le contrôle de ces riborégulateurs chez C. difficile 630. Afin de vérifier si les riborégulateurs guanine avaient une affinité acceptable pour leur ligand (guanine), des essais de… Advisors/Committee Members: Fortier, Louis-Charles (advisor), Lafontaine, Daniel (advisor).

Subjects/Keywords: Clostridium difficile; Riborégulateur; GMP synthase; guaA; Guanine; ARN; Clostron; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Smith-Peter, E. (2015). Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630 . (Masters Thesis). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/7717

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630 .” 2015. Masters Thesis, Université de Sherbrooke. Accessed September 15, 2019. http://hdl.handle.net/11143/7717.

MLA Handbook (7^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630 .” 2015. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630 . [Internet] [Masters thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/7717.

Council of Science Editors:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630 . [Masters Thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. Available from: http://hdl.handle.net/11143/7717

University of Connecticut

17. Zappulla, Frank. Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine.

Degree: MS, Pathobiology, 2014, University of Connecticut

URL: https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672

► Foot-and-mouth disease virus (FMDV) gives rise to a highly contagious and economically important disease of cloven-hooved animals. Vaccination reduces the economic impact by inducing… (more)

Subjects/Keywords: FMDV; FMD; Vaccine; Gene Expression; microarray; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Zappulla, F. (2014). Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine. (Masters Thesis). University of Connecticut. Retrieved from https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Zappulla, Frank. “Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine.” 2014. Masters Thesis, University of Connecticut. Accessed September 15, 2019. https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672.

MLA Handbook (7^th Edition):

Zappulla, Frank. “Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine.” 2014. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Zappulla F. Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine. [Internet] [Masters thesis]. University of Connecticut; 2014. [cited 2019 Sep 15]. Available from: https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672.

Council of Science Editors:

Zappulla F. Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine. [Masters Thesis]. University of Connecticut; 2014. Available from: https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672

University of California – San Francisco

18. Ealba, Erin Lynn. Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length.

Degree: Oral and Craniofacial Sciences, 2013, University of California – San Francisco

URL: http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c

► Mesenchymal Regulation of Jaw Bone LengthErin Lynn EalbaWith the goal of devising new therapies for skeletal diseases, injuries, and birth defects, there is keen interest… (more)

Subjects/Keywords: Dentistry; Developmental biology; Bone Resorption; Jaw Length; Neural Crest; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Ealba, E. L. (2013). Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length. (Thesis). University of California – San Francisco. Retrieved from http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Ealba, Erin Lynn. “Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length.” 2013. Thesis, University of California – San Francisco. Accessed September 15, 2019. http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Ealba, Erin Lynn. “Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length.” 2013. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Ealba EL. Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length. [Internet] [Thesis]. University of California – San Francisco; 2013. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c.

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Council of Science Editors:

Ealba EL. Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length. [Thesis]. University of California – San Francisco; 2013. Available from: http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c

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University of Guelph

19. Davis, Bailey Helena. Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters .

Degree: 2013, University of Guelph

URL: https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253

► As part of a larger quantitative microbial risk assessment (QMRA) study, the raw water intakes of 8 different drinking water treatment plants in Ontario were… (more)

Subjects/Keywords: Human rotavirus; RT-qPCR; Source water characterization; QMRA

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APA (6^th Edition):

Davis, B. H. (2013). Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters . (Thesis). University of Guelph. Retrieved from https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Davis, Bailey Helena. “Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters .” 2013. Thesis, University of Guelph. Accessed September 15, 2019. https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Davis, Bailey Helena. “Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters .” 2013. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Davis BH. Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters . [Internet] [Thesis]. University of Guelph; 2013. [cited 2019 Sep 15]. Available from: https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253.

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Council of Science Editors:

Davis BH. Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters . [Thesis]. University of Guelph; 2013. Available from: https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253

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20. Abdalla, Ligia Fernandes. Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico.

Degree: 2018, Universidade Federal do Amazonas

URL: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727

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O Zika virus (ZIKV) é um arbovírus emergente da família Flaviviridae e do gênero Flavivirus, que até 2007 estava restrito a alguns casos de doença… (more)

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O Zika virus (ZIKV) é um arbovírus emergente da família Flaviviridae e do gênero Flavivirus, que até 2007 estava restrito a alguns casos de doença leve na África e na Ásia. No Brasil, suspeita-se que a entrada do vírus tenha se dado durante a Copa das Confederações de 2013 e no primeiro semestre de 2015, já havia casos confirmados em estados de todas as regiões do país. A epidemia brasileira revelou que a infecção geralmente leve e autolimitada poderia estar relacionada à distúrbios neurológicos. Os objetivos deste trabalho era esclarecer inúmeros questionamentos existentes em relação à infecção pelo ZIKV, visando contribuir com uma melhor compreensão dos mecanismos envolvidos na imunopatogênese e curso da doença. Como resultados, descreveu-se o primeiro relato de fibrilação atrial em pacientes com Zika, podendo ser considerado uma manifestação atípica durante a infecção pelo vírus; observou-se elevação de citocinas pró-inflamatórias durante a infecção ZIKV; identificou-se a quimiocina CXCL10 como um biomarcador potencial de infecção; caracterizou-se a saliva como fluído de escolha para o detecção do vírus Zika na fase aguda da doença e, montouse um modelo de regressão logística para a classificação de casos de zika em relação à dengue, com base na avaliação clínica.

Zika virus (ZIKV) is an emergent arbovirus of the family Flaviviridae and the genus Flavivirus, which until 2007 was restricted to some cases of mild disease in Africa and Asia. In Brazil, it`s suspected that the entry of the virus occurred during the 2013 Confederations Cup and in the first half of 2015, there were already confirmed cases in states in all regions of the country. The Brazilian epidemic revealed that the usually mild and self-limiting infection could be related to neurological disorders. The objectives of this study were to clarify numerous questions regarding ZIKV infection, aiming to contribute to a better understanding of the mechanisms involved in the immunopathogenesis and course of the disease. As a result, the first report of atrial fibrillation in patients with Zika was described and could be considered an atypical manifestation during the virus infection; elevation of proinflammatory cytokines during ZIKV infection was observed; CXCL10 chemokine was identified as a potential biomarker for infection; saliva was characterized as the fluid of choice for the detection of Zika virus in the acute phase of the disease and a logistic regression model for the classification of cases of zika in relation to dengue was set up based on the clinical evaluation.

Advisors/Committee Members: Naveca, Felipe Gomes, 07512955740, http://lattes.cnpq.br/3396741165569463, Lopes, Antônio Luiz Ribeiro Boechat, 41779320272, http://lattes.cnpq.br/3558832059770794, Naveca, Felipe Gomes, 07512955740, http://lattes.cnpq.br/3396741165569463, Sadahiro, Aya, http://lattes.cnpq.br/8658798733544812, Mariúba, Luís André Morais, http://lattes.cnpq.br/4784959431673419, Sampaio, Vanderson de Souza, http://lattes.cnpq.br/0039836167659650, Pontes, Gemilson Soares, http://lattes.cnpq.br/9081671233815990, [email protected].

Subjects/Keywords: Zika virus; RT-qPCR; CXCL10; Saliva; Fibrilação; Atrial Clínica; CIÊNCIAS BIOLÓGICAS

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APA (6^th Edition):

Abdalla, L. F. (2018). Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Amazonas. Retrieved from https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Abdalla, Ligia Fernandes. “Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico.” 2018. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Amazonas. Accessed September 15, 2019. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727.

MLA Handbook (7^th Edition):

Abdalla, Ligia Fernandes. “Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico.” 2018. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Abdalla LF. Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2018. [cited 2019 Sep 15]. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727.

Council of Science Editors:

Abdalla LF. Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2018. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727

21. Bertin, Gwladys. Etude différentielle des protéines membranaires exprimées à la surface de l'hématie infectée par Plasmodium falciparum, en fonction de la symptomatologie : Differential protein expression profiles from Plasmodium falciparum isolates according to clinical forms malaria.

Degree: Docteur es, Biochimie et biologie moléculaire, 2013, Université Paris Descartes – Paris V

URL: http://www.theses.fr/2013PA05P635

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La virulence de Plasmodium falciparum est fonction de sa capacité à séquestrer les érythrocytes infectés (iEs) dans les organes profonds de l’hôte. Elle est liée… (more)

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La virulence de Plasmodium falciparum est fonction de sa capacité à séquestrer les érythrocytes infectés (iEs) dans les organes profonds de l’hôte. Elle est liée à la mise en place d’un trafic protéique conséquent au niveau membranaire et sub-membranaire de l’iE. Cet adressage protéique aboutit à l’expression d’antigènes variant de surface, dont P. falciparum Erythrocyte Membrane Protein-1, PfEMP-1. Cet adhésine présente une affinité pour divers récepteurs de l'hôte impliqués dans la physiopathologie des formes graves, telles que le paludisme associé à la grossesse (PAM) et le paludisme cérébral (CM). La diversité de liaison de PfEMP-1 est associée à la variabilité de séquence de son domaine extracellulaire. Ce domaine est constitué d’une succession de domaines DBL et CIDR en nombre variable. PfEMP-1 est codée par les gènes var classifiés en groupes Ups A, B, C, E et B/A, B/C. Des régions de PfEMP-1 constituées d’une succession établie de 2 à 4 domaines, nommées Domain Cassette, « DC » sont retrouvées dans différents isolats. L’obtention de données exhaustives par LC-MS/MS a permis d’établir un comparatif du protéome membranaire et hypothétique à partir des échantillons PAM et CM en comparaison à des accès simples de paludisme (UM). L’identification protéique des PfEMP-1 a montré la singularité de l’expression d’une PfEMP-1 particulière, VAR2CSA chez les PAM. Ces résultats corroborent les analyses des transcrits du gène var2csa comme surexprimé chez les PAM, transcrit qu’on retrouve également dans les infections de début et de fin de grossesse. Les PfEMP-1 identifiés au sein des CM étaient significativement associés aux groupes Ups A et B/A et la plupart des peptides identifiés étaient associés à la cassette DC8 dont le transcrit était également surexprimé. L’analyse de filter-based feature selection a permis d’identifier un sous ensemble de 13 et 14 protéines assignées comme protéines membranaires ou hypothétiques, prédictives des formes de paludisme PAM et CM, respectivement. Parmi ces protéines surexprimées chez les PAM, la présence de VAR2CSA valide l’approche d’analyse. PFI1785w a été identifiée et associée au PAM, quatre autres protéines apparaissent prédictives de cette forme clinique PFB0115w, PFF0325c, PFA_0410w et PF14_0018. Pour les CM, on distingue les protéines PfEMP-2 et antigen-332 comme spécifiques de cette forme clinique. Les autres protéines qui émergent de ce groupe sont des protéines de fonction inconnue, dont trois sont assignées comme des protéines exportées. L’obtention et l’analyse en LC-MS/MS d’extraits protéiques issus d’isolats de terrain font l’originalité de ce travail et permettent la corrélation entre les données cliniques et biologiques. Cette étude confirme les données de transcrits sur la famille des gènes var et suggère de nouvelles intéractions protéiques dans le cadre du paludisme associé à la grossesse et cérébral.

Plasmodium falciparum is responsible for severe malaria (cerebral malaria, CM and pregnancy associated malaria, PAM). During the intra-erythrocytic maturation of P.…

Advisors/Committee Members: Deloron, Philippe (thesis director).

Subjects/Keywords: Spectrométrie de masse; RT- qPCR; Paludisme; PfEMP-1; Analyse de clustering; Protéine membranaire; Mass spectrometry; RT- qPCR; Malaria; PfEMP-1; Field isolates; Membrane proteins; Clustering analysis; 616.936 2

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APA (6^th Edition):

Bertin, G. (2013). Etude différentielle des protéines membranaires exprimées à la surface de l'hématie infectée par Plasmodium falciparum, en fonction de la symptomatologie : Differential protein expression profiles from Plasmodium falciparum isolates according to clinical forms malaria. (Doctoral Dissertation). Université Paris Descartes – Paris V. Retrieved from http://www.theses.fr/2013PA05P635

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Bertin, Gwladys. “Etude différentielle des protéines membranaires exprimées à la surface de l'hématie infectée par Plasmodium falciparum, en fonction de la symptomatologie : Differential protein expression profiles from Plasmodium falciparum isolates according to clinical forms malaria.” 2013. Doctoral Dissertation, Université Paris Descartes – Paris V. Accessed September 15, 2019. http://www.theses.fr/2013PA05P635.

MLA Handbook (7^th Edition):

Bertin, Gwladys. “Etude différentielle des protéines membranaires exprimées à la surface de l'hématie infectée par Plasmodium falciparum, en fonction de la symptomatologie : Differential protein expression profiles from Plasmodium falciparum isolates according to clinical forms malaria.” 2013. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Bertin G. Etude différentielle des protéines membranaires exprimées à la surface de l'hématie infectée par Plasmodium falciparum, en fonction de la symptomatologie : Differential protein expression profiles from Plasmodium falciparum isolates according to clinical forms malaria. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Paris Descartes – Paris V; 2013. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.theses.fr/2013PA05P635.

Council of Science Editors:

Bertin G. Etude différentielle des protéines membranaires exprimées à la surface de l'hématie infectée par Plasmodium falciparum, en fonction de la symptomatologie : Differential protein expression profiles from Plasmodium falciparum isolates according to clinical forms malaria. [Doctoral Dissertation]. Université Paris Descartes – Paris V; 2013. Available from: http://www.theses.fr/2013PA05P635

22. Pereira, Ana Carolina Vieira Zakir. Análise funcional do fator de transcrição DREB6A de feijão (Phaseolus vulgaris L.) pela superexpressão em Arabidopsis thaliana.

Degree: Mestrado, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2014, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-03112014-162950/ ;

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Estresses abióticos como seca, alta salinidade e baixas temperaturas, afetam o crescimento e a produtividade em culturas de interesse comercial como o feijoeiro comum. Proteínas… (more)

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Estresses abióticos como seca, alta salinidade e baixas temperaturas, afetam o crescimento e a produtividade em culturas de interesse comercial como o feijoeiro comum. Proteínas DREB (Dehydration Responsive Element Binding) são fatores de transcrição que regulam genes específicos envolvidos na tolerância ao estresse abiótico. Para determinar como as plantas toleram condições ambientais adversas, variedades tolerantes, biologia molecular e bioinformática podem ser aplicadas para identificar e caracterizar genes que controlam mecanismos de adaptação a estresses. Baseado nas informações disponíveis nos bancos de dados públicos, a sequência da Orf completa do gene Phvul.009G029600.1| PACid:27146455 contendo 1062 pb foi encontrada e usada para o desenho dos primers e para o sequenciamento. A nova sequência é muito similar ao AtRAP2.4 e foi nomeada como PvDREB6A, segundo a análise filogenética. Ferramentas de predição mostraram que a sequência apresenta 354 aminoácidos e possui uma cópia do domínio AP2, que se dobra em uma estrutura com três ?-folhas e uma ?-hélice apresentando resíduos importantes e motivos específicos de reconhecimento e de ligação ao DNA. Além disso, um peptídeo trânsito foi detectado na porção N-terminal com um sítio de clivagem no resíduo 52. A interação deste fator de transcrição com seu domínio de ligação ao DNA foi validada por Electro Mobility Shift Assay (EMSA). A localização subcelular da proteína foi realizada e expressão da Green Fluorescent Proteín (GFP) foi detectada no núcleo. A transformação genética para a superexpressão do gene PvDREB6A em plantas de Arabidopsis thaliana Columbia-0 e mutantes nocaute para o gene AtRAP2.4 (Salk_020767C) foi realizada. Quatro eventos com cópia única e melhor expressão do gene PvDREB6A denominados Col-0/pFEC2.11, Salk_020767C/pFEC2.1 #13.1, Salk_020767C/ pFEC2.1 #19.7 e Salk_020767C/ pFEC2.1 #23.7, foram selecionados. O evento Salk_020767C/pFEC2.1 #23.7 mostrou melhor expressão do gene PvDREB6A e foi visualizado sob luz UV. A análise funcional revelou que as plantas transgênicas submetidas ao déficit hídrico, à alta salinidade e ao frio, apresentaram maior taxa de sobrevivência. Plantas transgênicas superexpressando o gene PvDREB6A apresentaram menor taxa de desidratação e de vazamento de eletrólitos quando submetidas a estresses abióticos. Uma análise da expressão de genes relacionados à tolerância foi conduzida. A quantificação revelou que a expressão de 18 genes: AtDC1.2, AtUSP, AtKIN1, AtERF69, AtGolS3, AtMT2A, AtCAP160, AtNTR1.7, AtGPR7, AtPDC2, AtLTI78, AtCOR15a, AtCOR15b, AtCOR47, AtCOR413, AtLEA6, AtLEA9 e AtLEA14, relacionados a tolerância a seca, sal e frio foram up-regulated devido à superexpressão do gene PvDREB6A de feijoeiro nas plantas transgênicas

Abiotic stresses like drought, high salinity and low temperatures affect growth and productivity in crops of economic interest such as common bean. DREB (Dehydration Responsive Element Binding) proteins are transcription factors that activate specific genes involved in tolerance to abiotic…

Advisors/Committee Members: Caldas, Danielle Gregorio Gomes.

Subjects/Keywords: Análise in sílico; Commom bean; Feijão comum; In silico analysis; Knockout mutant; Localização subcelular; Mutante nulo; Overexpression; RT-qPCR; RT-qPCR; Subcellular localization; Superexpressão

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APA (6^th Edition):

Pereira, A. C. V. Z. (2014). Análise funcional do fator de transcrição DREB6A de feijão (Phaseolus vulgaris L.) pela superexpressão em Arabidopsis thaliana. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-03112014-162950/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pereira, Ana Carolina Vieira Zakir. “Análise funcional do fator de transcrição DREB6A de feijão (Phaseolus vulgaris L.) pela superexpressão em Arabidopsis thaliana.” 2014. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-03112014-162950/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Pereira, Ana Carolina Vieira Zakir. “Análise funcional do fator de transcrição DREB6A de feijão (Phaseolus vulgaris L.) pela superexpressão em Arabidopsis thaliana.” 2014. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Pereira ACVZ. Análise funcional do fator de transcrição DREB6A de feijão (Phaseolus vulgaris L.) pela superexpressão em Arabidopsis thaliana. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2014. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-03112014-162950/ ;.

Council of Science Editors:

Pereira ACVZ. Análise funcional do fator de transcrição DREB6A de feijão (Phaseolus vulgaris L.) pela superexpressão em Arabidopsis thaliana. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2014. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-03112014-162950/ ;

23. Sereno, Maria Lorena. Caracterização e análise de expressão dos genes de metalotioneínas dos tipos 1, 2 e 3 de cana-de-açucar (Saccharum spp.) sob condições de estresse.

Degree: PhD, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2009, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-02122009-101500/ ;

► As metalotioneínas (MTs) constituem uma superfamília de proteínas de baixo peso molecular (5-10 kDa), ricas em cisteinas. As MTs de plantas são classificadas em quatro… (more)

▼ As metalotioneínas (MTs) constituem uma superfamília de proteínas de baixo peso molecular (5-10 kDa), ricas em cisteinas. As MTs de plantas são classificadas em quatro tipos de acordo com o arranjo de cisteinas na cadeia polipeptídica. A função das metalotioneínas em plantas é ainda desconhecida, mas as evidências sugerem que teriam um papel na regulação da homeostasia de metais essenciais, detoxificação de metais pesados e proteção contra espécies reativas de oxigênio. Neste trabalho foram identificados e caracterizados seis genes de metalotioneína a partir das seqüências codificantes para MTs depositadas em banco de dados de cana-de-açúcar, mediante análise filogenética e comparações por alinhamento com os membros da família gênica de metalotioneínas de arroz (Oryza sativa) e Arabidospsis. Os seis genes MTs de cana de açúcar foram classificados como sendo dois do tipo 1 (SoMT1a e SoMT1b); dois do tipo 2 (SoMT2a e SoMT2b); um do tipo 3 (SoMT3); e um tipo 4 SoMT4 (Ec). A região promotora presumível de quatro genes (SoMT1a, SoMT1b, SoMT2b e SoMT3) foi caracterizada e os motivos cis-regulatórios identificados. A distribuição de éxons e íntrons foi estabelecida, e dois éxons separados por único íntron foram identificados na estrutura dos genes SoMT1a e SoMT2b. Um segundo íntron parece estar presente na estrutura dos genes SoMT2a e SoMT3, mas os resultados não foram conclusivos. O gene SoMT1b não foi caracterizado para composição éxons/íntrons. Foi avaliada a expressão constitutiva de SoMT1a, SoMT1b, SoMT2a, SoMT2b e SoMT3 em diferentes tecidos/órgão (colmo, inflorescência, limbo foliar, meristema e raiz). SoMT1a e SoMT1b foram mais abundantemente expressos em todos os tecidos, seguidos de SoMT2b e SoMT3. SoMT2a apresentou a menor expressão. A expressão dos cinco genes SoMTs foi também avaliada em parte aérea e raízes de plântulas de cana-de-açúcar em resposta a 100 e 500 µM de cobre, crescidas in vitro. Não houve modulação da expressão dos genes SoMTs nos tecidos examinados para as doses de cobre utilizadas, as 6, 24, 48 e 96 h após imposição dos tratamentos. A resposta dos genes SoMTs também foi avaliada para o tratamento com 200g L-1 ha-1 de paraquat, aos 15 min, 6 e 24 h após aplicação do herbicida em folhas de plantas deSP80-3280. Houve uma tendência a repressão da expressão dos genes SoMTs, significativa as 6 e 24 h somente para SoMT1a. A expressão de SoMT1b, SoMT2a e SoMT3 foi significativamente reprimida as 24 h após a imposição do tratamento, enquanto que não houve efeito significativo sobre a expressão de SoMT2b. Em relação a expressão dos cinco genes SoMTs em resposta a inoculação com patógenos, plântulas de \'SP70-1143é \'RB72-454\', consideradas suscetíveis e resistentes, respectivamente ao fungo da ferrugem, foram inoculadas e não inoculadas com Puccinia melanocephala, enquanto que plântulas de \'SP78-4467é \'SP82-1176\', consideradas suscetíveis e resistentes, respectivamente a bactéria da escaldadura, foram inoculadas ou não com Xanthomonas albilineans. As coletas de parte aérea das plântulas foram… Advisors/Committee Members: Figueira, Antonio Vargas de Oliveira.

Subjects/Keywords: Cana-de-açúcar; Estresse oxidativo; Expressão gênica; Gene expression; Heavy metal; Metais pesados; Metallothionein; Metalotioneína; Oxidative stress; RT-qPCR; RT-qPCR; Sugarcane

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APA (6^th Edition):

Sereno, M. L. (2009). Caracterização e análise de expressão dos genes de metalotioneínas dos tipos 1, 2 e 3 de cana-de-açucar (Saccharum spp.) sob condições de estresse. (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-02122009-101500/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Sereno, Maria Lorena. “Caracterização e análise de expressão dos genes de metalotioneínas dos tipos 1, 2 e 3 de cana-de-açucar (Saccharum spp.) sob condições de estresse.” 2009. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-02122009-101500/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Sereno, Maria Lorena. “Caracterização e análise de expressão dos genes de metalotioneínas dos tipos 1, 2 e 3 de cana-de-açucar (Saccharum spp.) sob condições de estresse.” 2009. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Sereno ML. Caracterização e análise de expressão dos genes de metalotioneínas dos tipos 1, 2 e 3 de cana-de-açucar (Saccharum spp.) sob condições de estresse. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2009. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-02122009-101500/ ;.

Council of Science Editors:

Sereno ML. Caracterização e análise de expressão dos genes de metalotioneínas dos tipos 1, 2 e 3 de cana-de-açucar (Saccharum spp.) sob condições de estresse. [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2009. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-02122009-101500/ ;

24. Borges, Aline. Análise da expressão de genes relacionados à interação incompatível Phaseolus vulgaris/Colletotrichum lindemuthianum.

Degree: Mestrado, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2011, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-09022012-100212/ ;

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A cultura do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) se destaca como fonte protéica e mineral para as populações humanas, principalmente, para populações de baixa renda.… (more)

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A cultura do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) se destaca como fonte protéica e mineral para as populações humanas, principalmente, para populações de baixa renda. Dentre os agentes patogênicos, o fungo Colletotrichum lindemuthianum (Sacc. & Magnus) Lams. Scrib., causador da antracnose, é considerado o de maior importância devido aos seus efeitos destrutivos para o feijoeiro. Este estudo teve como objetivo avaliar a expressão de genes candidatos a atuarem na defesa da planta durante a interação incompatível do feijoeiro SEL 1308 e raça 73 do C. lindemuthianum, considerando diferentes tecidos (folhas, epicótilo e hipocótilo) e períodos de interação (24, 48, 72 e 96 horas). Além disso, o trabalho visou a validação de bibliotecas de ESTs (Expressed Sequence Tags) de feijoeiro (MELOTTO et al., 2005) e a análise da estabilidade de possíveis genes de referência para as análises de expressão por RT-qPCR. Foram utilizados 20 genes no estudo: 12 possivelmente responsivos ao patógeno e oito candidatos a genes de referência. A eficiência média das curvas de amplificação e valores dos ciclos e de quantificação (Cq) foram definidos no programa LinRegPCR. A estabilidade dos genes de referência foi avaliada nos programas geNorm e NormFinder. A expressão relativa dos genes alvos e normalizadores e as análises estatísticas foram determinadas no programa REST. As combinações de genes de referência Act2/Ukn2 e InsDeg/Act2 foram utilizadas para normalização dos genes-alvo por RT-qPCR. Os dados de expressão relativa dos transcritos entre as bibliotecas de ESTs foram validados pelo RT-qPCR. Os genes-alvo analisados foram todos responsivos ao sistema fitopatogênico avaliado, revelando perfil transcricional específico nos tecidos e período de interação com o patógeno. Os dados permitiram a disponibilização de genes de referência importantes para análise de expressão por RTqPCR em feijoeiro sob estresse biótico; e indícios para melhor entendimento dos processos envolvidos nos mecanismos de defesa do feijoeiro ao patógeno da antracnose

Common bean crop (Phaseolus vulgaris L.) highlight as protein and mineral source to the human population, especially, for low-income populations. Among the pathogens, Colletotrichum lindemuthianum (Sacc. & Magnus) Lams. - Scrib., which causes anthracnose, is considered the most important due to its destructive effects to common bean. This study aimed to evaluate the expression of candidate genes to act in defense of the plant during the incompatible interaction between common bean SEL 1308 and race 73 of C. lindemuthianum, considering different tissues (leaves, epicotyl and hypocotyl) and periods of interaction (24, 48, 72 and 96 hours). Also, this study attempted the validation of ESTs (Expressed Sequence Tags) libraries of common bean (MELOTTO et al., 2005) and the evaluation of candidate reference genes stability for expression analysis in RT-qPCR. Twenty genes were used: 12 candidate genes responsive to the pathogen and eight candidate reference genes. The average efficiency of amplification…

Advisors/Committee Members: Caldas, Danielle Gregorio Gomes.

Subjects/Keywords: Anthracnose; Antracnose; Bibliotecas de ESTs; Common bean; ESTs libraries; Feijoeiro comum; Incompatible interaction; Interação incompatível; Quantificação relative; Relative quantification; RT-qPCR; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Borges, A. (2011). Análise da expressão de genes relacionados à interação incompatível Phaseolus vulgaris/Colletotrichum lindemuthianum. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-09022012-100212/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Borges, Aline. “Análise da expressão de genes relacionados à interação incompatível Phaseolus vulgaris/Colletotrichum lindemuthianum.” 2011. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-09022012-100212/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Borges, Aline. “Análise da expressão de genes relacionados à interação incompatível Phaseolus vulgaris/Colletotrichum lindemuthianum.” 2011. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Borges A. Análise da expressão de genes relacionados à interação incompatível Phaseolus vulgaris/Colletotrichum lindemuthianum. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2011. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-09022012-100212/ ;.

Council of Science Editors:

Borges A. Análise da expressão de genes relacionados à interação incompatível Phaseolus vulgaris/Colletotrichum lindemuthianum. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2011. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-09022012-100212/ ;

25. AntÃnio JosÃ Rocha. AnÃlise da expressÃo gÃnica de proteinases cisteÃnicas relacionadas Ã morte celular programada e Ã maturaÃÃo de proteÃnas de reservas em sementes de pinhÃo manso (Jatropha curcas L.).

Degree: Master, 2012, Universidade Federal do Ceará

URL: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=7880 ;

► O pinhÃo manso (Jatropha curcas L) Ã uma planta oleaginosa com grande potencial para a produÃÃo de biocombustÃvel devido Ã riqueza de lipÃdios existente em… (more)

▼ O pinhÃo manso (Jatropha curcas L) Ã uma planta oleaginosa com grande potencial para a produÃÃo de biocombustÃvel devido Ã riqueza de lipÃdios existente em suas sementes. Portanto, Ã uma fonte potencial de Ãleo renovÃvel que tem recebido considerÃvel atenÃÃo da comunidade cientÃfica. O objetivo deste estudo foi fazer uma anÃlise da expressÃo gÃnica de proteinases cisteÃnicas relacionadas Ã morte celular programada (MCP) em sementes em desenvolvimento e durante a germinaÃÃo de pinhÃo manso, no intuito de conhecer melhor o transcriptoma dos principais genes envolvidos no processo de MCP e durante a deposiÃÃo de proteÃnas de reservas durante a maturaÃÃo das sementes de pinhÃo manso. Para quantificar com acurÃcia os nÃveis de expressÃo gÃnica por RT-qPCR foi necessÃrio realizar uma seleÃÃo de genes de referÃncia (genes constitutivos). Os genes constitutivos escolhidos para esse estudo foram: GliceraldeÃdo-3-fosfato desidrogenase (GAPDH), Poliubiquitina (PUB), alfa-tubulina (TA2), proteÃna fosfatase 2-A (PP2A2), fator de alongaÃÃo-alfa (EF1-α) e actina, todos eles citados e escolhidos na literatura para estudo de normalizaÃÃo de genes em plantas. AtravÃs do programa geNorm de foi possÃvel mostrar os genes de referÃncia mais estÃveis dentre os seis genes de referÃncia. Nossos resultados apontaram que os genes de referÃncia mais estÃveis para as amostras de endosperma e integumento em desenvolvimento foram: GAPDH, PP2A2 e EF1-α e TA2. Os genes de menor estabilidade foram: a actina11; poliubiquitina (PUB). Na germinaÃÃo, os genes mais estÃveis foram GAPDH, PUB e TA2. Entretanto, os genes com menores valores de estabilidade foram a actina, EF1-α e PP2A2. Em nossos estudos, o programa geNorm tambÃm mostrou o nÃmero de genes de referÃncia necessÃrios para a normalizaÃÃo dos dados obtidos por RT-qPCR. Na anÃlise desse estudo, nos mostramos que para as sementes em desenvolvimento, a adoÃÃo de quatro genes mais estÃveis foram GAPDH, PP2A2 e EF1-α e TA2 necessÃrios para normalizaÃÃo dos dados de RT-qPCR. Nos dados de sementes em germinaÃÃo, mostrou-se a adoÃÃo de trÃs genes mais estÃveis (GAPDH, PUB e TA2). Contudo, Para validar nossos resultados com genes de referÃncia, foi usado o perfil padrÃo da expressÃo do gene que expressa a oleosina, na qual mostrou que o padrÃo de expressÃo da oleosina estÃ de acordo com os fornecidos pela literatura, revelando que os genes de referÃncia sÃo eficientes para normalizar os dados obtidos pela RT-qPCR. De posse desses resultados, realizou-se um estudo de expressÃo de genes supostamente envolvidos na morte celular programada e na maturaÃÃo de sementes de pinhÃo manso. Nossos resultados mostraram que os genes com seqÃÃncia C-terminal KDEL: JcCB0580861; JcCA0152821; JcCA0047111 e o gene γ-VPE JCCB0060111 mostraram um altos nÃveis de expressÃo nos estÃgios mais avanÃados em tecidos do integumento e endosperma em sementes de pinhÃo manso em desenvolvimento, e com base em nossas anÃlises, esses genes expressam proteinases cisteÃnicas que estÃo… Advisors/Committee Members: Francisco de Assis de Paiva Campos, Osmundo Brilhante de Oliveira Neto, Gilberto Barbosa Domont, JosÃ HÃlio Costa.

Subjects/Keywords: BIOQUIMICA; Jatropha curcas; Proteinases cisteÃnicas; Morte celular programada; RT-qPCR; Jatropha curcas; Cysteine ; proteinases; Programmed cell death; RT-qPCR; PinhÃo-manso; Jatropha curcas; CisteÃna Proteases; Morte celular - Sementes

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Rocha, A. J. (2012). AnÃlise da expressÃo gÃnica de proteinases cisteÃnicas relacionadas Ã morte celular programada e Ã maturaÃÃo de proteÃnas de reservas em sementes de pinhÃo manso (Jatropha curcas L.). (Masters Thesis). Universidade Federal do Ceará. Retrieved from http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=7880 ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Rocha, AntÃnio JosÃ. “AnÃlise da expressÃo gÃnica de proteinases cisteÃnicas relacionadas Ã morte celular programada e Ã maturaÃÃo de proteÃnas de reservas em sementes de pinhÃo manso (Jatropha curcas L.).” 2012. Masters Thesis, Universidade Federal do Ceará. Accessed September 15, 2019. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=7880 ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Rocha, AntÃnio JosÃ. “AnÃlise da expressÃo gÃnica de proteinases cisteÃnicas relacionadas Ã morte celular programada e Ã maturaÃÃo de proteÃnas de reservas em sementes de pinhÃo manso (Jatropha curcas L.).” 2012. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Rocha AJ. AnÃlise da expressÃo gÃnica de proteinases cisteÃnicas relacionadas Ã morte celular programada e Ã maturaÃÃo de proteÃnas de reservas em sementes de pinhÃo manso (Jatropha curcas L.). [Internet] [Masters thesis]. Universidade Federal do Ceará 2012. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=7880 ;.

Council of Science Editors:

Rocha AJ. AnÃlise da expressÃo gÃnica de proteinases cisteÃnicas relacionadas Ã morte celular programada e Ã maturaÃÃo de proteÃnas de reservas em sementes de pinhÃo manso (Jatropha curcas L.). [Masters Thesis]. Universidade Federal do Ceará 2012. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=7880 ;

University of Helsinki

26. Paavola, Katja. Puolustukseen liittyvät transkriptomin muutokset perunan mukulassa patogeeni- ja antagonistikäsittelyn seurauksena.

Degree: Department of Agricultural Sciences; Helsingfors universitet, Agrikultur- och forstvetenskapliga fakulteten, Institutionen för lantsbruksvetenskaper, 2017, University of Helsinki

URL: http://hdl.handle.net/10138/222932

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Endofyyttinen bakteeri Serratia plymuthica ja erityisesti sen kanta A30 on osoittautunut hyväksi biokontrollikanta-kandidaatiksi Suomessakin perunalle (Solanum tuberosum) märkä- ja tyvimätää aiheuttavaa Dickeya solani -patogeeniä vastaan.… (more)

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Endofyyttinen bakteeri Serratia plymuthica ja erityisesti sen kanta A30 on osoittautunut hyväksi biokontrollikanta-kandidaatiksi Suomessakin perunalle (Solanum tuberosum) märkä- ja tyvimätää aiheuttavaa Dickeya solani -patogeeniä vastaan. Tämän maisterintutkielman tarkoituksena oli analysoida aikaisemmin tuotettua RNA-sekvensointi -aineistoa ja selvittää mitkä hormonisignalointireitit perunan mukulassa olivat pääasiassa aktivoituneet antagonisti Serratia plymuthica A30- ja Dickeya solani Ds 432-1 -käsittelyissä. Erityisesti tarkoituksena oli verrata jasmonaatti- ja etyleenisignalointireittiin sekä salisyylihapposignalointireittiin liittyvien geenien ilmenemiseroja toisiinsa patogeeni/antagonistikäsittelyn sekä patogeenikäsittelyn välillä 24 tunnin aikapisteessä käsittelyjen jälkeen. Lisätavoitteena oli poimia aineistosta mahdollisia eroavaisuuksia kasvin puolustusvasteisiin liittyvien geenien välillä. Geenien ilmenemisessä havaittujen erojen varmistamiseen käytettiin kvantitatiivista käänteistranskriptaasi-PCR- eli RT-qPCR -menetelmää. RNA-sekvensointi -tulosten perusteella patogeeni- ja antagonistikäsittelyn jälkeen hormonisignalointireiteistä aktiivisimpia olivat jasmonaatti-, etyleeni- ja brassinosteroidisignalointireitit. Vähiten aktiivisia olivat salisyylihappo- ja gibberelliinisignalointireitit. Sen sijaan patogeenikäsitellyissä perunoissa aktiivisimpia olivat salisyylihappo- ja gibberelliinisignalointireitit ja vähiten aktiivisia jasmonaatti-, etyleeni-, auksiini- ja brassinosteroidisignalointireitit. Tämän tutkielman tulosten perusteella näyttäisi siltä, että biokontrollibakteeri Serratia plymuthica A30 -kannan tehokas vaikutus Dickeya solani Ds 432-1 -patogeeniä vastaan perustuisi mahdollisesti sen suoran patogeeniä torjuvan vaikutuksen lisäksi myös jasmonaatti/etyleenisignalointireitin ja tätä kautta kasvin paremman puolustustusvasteen aktivoitumisesta nekrotrofisia patogeenejä vastaan perunan mukulassa.

Endophytic bacterial strain Serratia plymuthica A30 has been shown to be a good bio-control candidate against pathogen Dickeya solani that is causing soft-rot of potato (Solanum tuberosum) also in Finland. The aim of this master’s thesis was to analyze previously produced RNA sequencing data and to understand which hormone signaling pathways were mainly activated in potato tubers treated by antagonist Serratia plymuthica A30 and Dickeya solani Ds 432-1. The main objective was to compare transcriptional differences of the genes related to jasmonate/ethylene signaling pathways and salicylic acid signaling pathway in pathogen/antagonist treated potato and pathogen treated potato at 24 hour time point after treatments. The additional objective was to identify potential differences between gene groups related to plant defense responses. RNA sequencing data was verified by RT-qPCR method. According to the RNA sequencing, the most active hormonal signaling pathways were jasmonate, ethylene and brassinosteroid signaling pathways after simultanous treatment with pathogen and antagonist. The least active…

Subjects/Keywords: Serratia plymuthica; Dickeya solani; RT-qPCR; RNA-sekvensointi; biokontrolli; hormonisignalointireitit; jasmonaatti; Biotekniikka (MAAT); Biotechnology (MAAT); Bioteknik (MAAT); Serratia plymuthica; Dickeya solani; RT-qPCR; RNA-sekvensointi; biokontrolli; hormonisignalointireitit; jasmonaatti

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APA (6^th Edition):

Paavola, K. (2017). Puolustukseen liittyvät transkriptomin muutokset perunan mukulassa patogeeni- ja antagonistikäsittelyn seurauksena. (Masters Thesis). University of Helsinki. Retrieved from http://hdl.handle.net/10138/222932

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Paavola, Katja. “Puolustukseen liittyvät transkriptomin muutokset perunan mukulassa patogeeni- ja antagonistikäsittelyn seurauksena.” 2017. Masters Thesis, University of Helsinki. Accessed September 15, 2019. http://hdl.handle.net/10138/222932.

MLA Handbook (7^th Edition):

Paavola, Katja. “Puolustukseen liittyvät transkriptomin muutokset perunan mukulassa patogeeni- ja antagonistikäsittelyn seurauksena.” 2017. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Paavola K. Puolustukseen liittyvät transkriptomin muutokset perunan mukulassa patogeeni- ja antagonistikäsittelyn seurauksena. [Internet] [Masters thesis]. University of Helsinki; 2017. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://hdl.handle.net/10138/222932.

Council of Science Editors:

Paavola K. Puolustukseen liittyvät transkriptomin muutokset perunan mukulassa patogeeni- ja antagonistikäsittelyn seurauksena. [Masters Thesis]. University of Helsinki; 2017. Available from: http://hdl.handle.net/10138/222932

Johannes Gutenberg Universität Mainz

27. Moser, Mirko. Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes.

Degree: 2010, Johannes Gutenberg Universität Mainz

URL: http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/

► Apple proliferation (AP) disease is the most important graft-transmissible and vector-borne disease of apple in Europe. ‘Candidatus Phytoplasma mali’ (Ca. P. mali) is the causal… (more)

▼ Apple proliferation (AP) disease is the most important graft-transmissible and vector-borne disease of apple in Europe. ‘Candidatus Phytoplasma mali’ (Ca. P. mali) is the causal agent of AP. Apple (Malus x domestica) and other Malus species are the only known woody hosts. In European apple orchards, the cultivars are mainly grafted on one rootstock, M. x domestica cv. M9. M9 like all other M. x domestica cultivars is susceptible to ‘Ca. P. mali’. Resistance to AP was found in the wild genotype Malus sieboldii (MS) and in MS-derived hybrids but they were characterised by poor agronomic value. The breeding of a new rootstock carrying the resistant and the agronomic traits was the major aim of a project of which this work is a part. The objective was to shed light into the unknown resistance mechanism. The plant-phytoplasma interaction was studied by analysing differences between the ‘Ca. P. mali’-resistant and -susceptible genotypes related to constitutively expressed genes or to induced genes during infection. The cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP) technique was employed in both approaches. Differences related to constitutively expressed genes were identified between two ‘Ca. P. mali’-resistant hybrid genotypes (4551 and H0909) and the ‘Ca. P. mali’-susceptible M9. 232 cDNA-AFLP bands present in the two resistant genotypes but absent in the susceptible one were isolated but several different products associated to each band were found. Therefore, two different macroarray hybridisation experiments were performed with the cDNA-AFLP fragments yielding 40 sequences encoding for genes of unknown function or a wide array of functions including plant defence. In the second approach, individuation and analysis of the induced genes was carried out exploiting an in vitro system in which healthy and ‘Ca. P. mali’-infected micropropagated plants were maintained under controlled conditions. Infection trials using in vitro grafting of ‘Ca. P. mali’ showed that the resistance phenotype could be reproduced in this system. In addition, ex vitro plants were generated as an independent control of the genes differentially expressed in the in vitro plants. The cDNA-AFLP analysis in in vitro plants yielded 63 bands characterised by over-expression in the infected state of both the H0909 and MS genotypes. The major part (37 %) of the associated sequences showed homology with products of unknown function. The other genes were involved in plant defence, energy transport/oxidative stress response, protein metabolism and cellular growth. Real-time qPCR analysis was employed to validate the differential expression of the genes individuated in the cDNA-AFLP analysis. Since no internal controls were available for the study of the gene expression in Malus, an analysis on housekeeping genes was performed. The most stably expressed genes were the elongation factor-1 α (EF1) and the eukaryotic translation initiation factor 4-A (eIF4A). Twelve out of 20 genes investigated through qPCR were significantly differentially expressed in…

Subjects/Keywords: Apfeltriebsucht; Candidatus Phytoplasma mali; Genexpression; cDNA-AFLP; RT-qPCR; Apple Proliferation; Candidatus Phytoplasma mali; Gene expression; cDNA-AFLP; RT-qPCR; Life sciences

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APA (6^th Edition):

Moser, M. (2010). Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes. (Doctoral Dissertation). Johannes Gutenberg Universität Mainz. Retrieved from http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Moser, Mirko. “Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes.” 2010. Doctoral Dissertation, Johannes Gutenberg Universität Mainz. Accessed September 15, 2019. http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/.

MLA Handbook (7^th Edition):

Moser, Mirko. “Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes.” 2010. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Moser M. Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes. [Internet] [Doctoral dissertation]. Johannes Gutenberg Universität Mainz; 2010. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/.

Council of Science Editors:

Moser M. Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes. [Doctoral Dissertation]. Johannes Gutenberg Universität Mainz; 2010. Available from: http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/

Université de Grenoble

28. Pugnière, Pascal. Contribution à l'amélioration de la quantification des acides nucléiques par qPCR et RT-qPCR : Contribution to Improving of the Quantification of Nucleic Acids using qPCR and RT-qPCR.

Degree: Docteur es, Biotechnologie, instrumentation, signal et imagerie pour la biologie, la médecine et l'environnement, 2012, Université de Grenoble

URL: http://www.theses.fr/2012GRENS028

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La qPCR est actuellement la technique de référence en matière de quantification d'ADN. Elle peut être définie comme une amplification exponentielle, cyclique et ciblée de… (more)

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La qPCR est actuellement la technique de référence en matière de quantification d'ADN. Elle peut être définie comme une amplification exponentielle, cyclique et ciblée de la séquence d'ADN cible. Le caractère exponentiel de la qPCR est à la fois à l'origine de la sensibilité de la méthode mais aussi d'une potentielle variabilité inter-échantillons. Cette variabilité est compensée par le caractère cyclique de la méthode qui entraine une synchronisation de la réaction pour tous les échantillons à chaque cycle. L'amplification ciblée de la séquence choisie traduit quand à elle la spécificité de la méthode. Néanmoins, cette dernière propriété de la PCR reste la moins vérifiée. La spécificité de la qPCR est indiscutable lorsque la cible à détecter se trouve en quantité suffisante (>100 copies environ). En revanche, pour des quantités plus faibles ou en présence d'inhibiteurs, la spécificité diminue ou disparaît (limites de détection et de quantification). Cette perte de spécificité retentit de façon significative sur la précision et la reproductibilité du dosage à réaliser. Cependant, si l'hybridation non spécifique est inéluctable dans ces conditions, l'amplification non spécifique consécutive peut être limitée, voire supprimée au moyen d'amorces de PCR soit plus spécifiques, soit moins susceptibles de générer des différences inter-échantillons. La RT-qPCR, grâce à une étape initiale de transcription inverse (conversion d'un ARN en un ADN complémentaire) permet la quantification des ARN. Cependant, la transcription inverse reste moins reproductible que la PCR, générant des différences inter-échantillons délétères en diagnostic comme en recherche. Au cours de ces travaux, je propose des méthodes originales améliorant de façon significative différentes étapes de ces techniques. Premièrement, je propose une amélioration de la standardisation de l'étape de transcription inverse capable de diminuer de façon significative la variabilité inter-échantillons ; l'utilisation d'un volume constant d'extrait d'ARN pour chaque échantillon améliore considérablement la précision de la quantification d'ARN messagers. Deuxièmement, je propose une modification des amorces par incorporation de résidus d'acides nucléiques bloqués (LNA) ; cette modification permet d'augmenter la spécificité des amorces aux limites de la détection. Enfin, je propose une méthode simple et économique permettant la mesure directe de la température de fusion (Tm) dans les conditions réelles de la PCR. Ce paramètre, considéré comme capital pour la réalisation des dosages par qPCR, est généralement obtenu par des méthodes prédictives peu précises. De plus, cette méthode doit permettre de déterminer précisément les paramètres thermodynamiques des amorces (∆G, ∆H et ∆S) et ainsi avoir accès d'une part au pourcentage réel d'amorces hybridées en fonction de la température et d'autre part d'identifier la susceptibilité des amorces aux inhibiteurs.

QPCR is currently the gold standard for DNA quantification of DNA. It can be defined as an exponential, cyclic and…

Advisors/Committee Members: Peinnequin, André (thesis director), Drouet, Emmanuel (thesis director).

Subjects/Keywords: RT-qPCR; Recommandations MIQE; Transcription inverse; Acides nucléiques bloqués LNA; Température de fusion; Quantification d’ARNm; RT-qPCR; MIQE guidelines; Reverse transcription; Locked Nucleic Acid; Melting temperature; MRNA quantification

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APA (6^th Edition):

Pugnière, P. (2012). Contribution à l'amélioration de la quantification des acides nucléiques par qPCR et RT-qPCR : Contribution to Improving of the Quantification of Nucleic Acids using qPCR and RT-qPCR. (Doctoral Dissertation). Université de Grenoble. Retrieved from http://www.theses.fr/2012GRENS028

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pugnière, Pascal. “Contribution à l'amélioration de la quantification des acides nucléiques par qPCR et RT-qPCR : Contribution to Improving of the Quantification of Nucleic Acids using qPCR and RT-qPCR.” 2012. Doctoral Dissertation, Université de Grenoble. Accessed September 15, 2019. http://www.theses.fr/2012GRENS028.

MLA Handbook (7^th Edition):

Pugnière, Pascal. “Contribution à l'amélioration de la quantification des acides nucléiques par qPCR et RT-qPCR : Contribution to Improving of the Quantification of Nucleic Acids using qPCR and RT-qPCR.” 2012. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Pugnière P. Contribution à l'amélioration de la quantification des acides nucléiques par qPCR et RT-qPCR : Contribution to Improving of the Quantification of Nucleic Acids using qPCR and RT-qPCR. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Grenoble; 2012. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.theses.fr/2012GRENS028.

Council of Science Editors:

Pugnière P. Contribution à l'amélioration de la quantification des acides nucléiques par qPCR et RT-qPCR : Contribution to Improving of the Quantification of Nucleic Acids using qPCR and RT-qPCR. [Doctoral Dissertation]. Université de Grenoble; 2012. Available from: http://www.theses.fr/2012GRENS028

INP Toulouse

29. Pouzoulet, Jérôme. Développement d'une méthodologie PCR en temps réel pour la détection et la quantification in planta des principaux champignons pathogènes associés aux maladies du bois de la vigne : Development of a real time PCR methodology for in planta detection and quantification of the main fungal pathogens associated with grapevine trunk diseases.

Degree: Docteur es, Interactions plantes micro-organismes, 2012, INP Toulouse

URL: http://www.theses.fr/2012INPT0058

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Les maladies fongiques du bois de la vigne que sont le syndrome de l'esca, le Black Dead Arm (BDA) et l'Eutypiose sont particulièrement dommageables à… (more)

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Les maladies fongiques du bois de la vigne que sont le syndrome de l'esca, le Black Dead Arm (BDA) et l'Eutypiose sont particulièrement dommageables à la profession vitivinicole, et sont actuellement en progression. Le temps d'incubation nécessaire à l'expression de ces maladies au champ complique l'évaluation de solutions préventives adaptées en condition contrôlée ainsi qu'en condition de terrain. Ces travaux de thèse ont eu pour objectifs la conception et la validation de tests PCR quantitatifs en temps réel (RtqPCR), permettant la détection et la quantification in planta de cinq champignons associés aux maladies de dépérissement de la vigne, Phaeomoniella chlamydospora et Phaeoacremonium aleophilum (esca), Diplodia seriata et Neofusicoccum parvum (BDA), et Eutypa lata (Eutypiose). Le développement de tests multiplexes a ensuite été entrepris et ces derniers ont été évalués pour la détection de quatre champignons (2 associés à esca et 2 au BDA) dans le bois de jeunes plants issus de pépinière viticole. Enfin, l'étude de l'interaction in planta de deux champignons associés au syndrome de l'esca de la vigne (P.chlamydospora et P.aleophilum) a été réalisée par RT-qPCR, et complétée par la caractérisation histologique de la réponse de la plante à la blessure dans le bois, en inoculation individuelle et en co-inoculation.

Grapevine trunk diseases, among which esca's syndrome, Black Dead Arm (BDA) and Eutypiosis, represent a real threat for grape and wine industry. Incubation time required before symptoms externalization in field complicates the evaluation of the efficacy of preventive solution in control and field conditions. These thesis's works focused on the design and the validation of Real Time quantitative PCR assays (RT-qPCR), in order to detect and quantify in vine plant five fungi associated with grapevine trunk disease, Phaeomoniella chlamydospora et Phaeoacremonium aleophilum (esca), Diplodia seriata et Neofusicoccum parvum (BDA), et Eutypa lata (Eutypiosis). The development of multiplex assays was undertaken and these last were evaluated in order to detect four fungi (esca and BDA) in wood sample from young plants in vine nursery. Finally, a study of the interaction between two fungi associated with esca's syndrome has been determined in planta through RT-qPCR, and completed by a histological analysis of plant response to injury of woody tissues.

Advisors/Committee Members: Daydé, Jean (thesis director), Mailhac, Nathalie (thesis director).

Subjects/Keywords: Esca; Bda; Eutypiose; Diagnostic moléculaire; RT-qPCR; Maladies du bois de la vigne; Esca; Bda; Eutypiosis; Molecular diagnosis; RT-qPCR; Grapevine trunk disease

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APA (6^th Edition):

Pouzoulet, J. (2012). Développement d'une méthodologie PCR en temps réel pour la détection et la quantification in planta des principaux champignons pathogènes associés aux maladies du bois de la vigne : Development of a real time PCR methodology for in planta detection and quantification of the main fungal pathogens associated with grapevine trunk diseases. (Doctoral Dissertation). INP Toulouse. Retrieved from http://www.theses.fr/2012INPT0058

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pouzoulet, Jérôme. “Développement d'une méthodologie PCR en temps réel pour la détection et la quantification in planta des principaux champignons pathogènes associés aux maladies du bois de la vigne : Development of a real time PCR methodology for in planta detection and quantification of the main fungal pathogens associated with grapevine trunk diseases.” 2012. Doctoral Dissertation, INP Toulouse. Accessed September 15, 2019. http://www.theses.fr/2012INPT0058.

MLA Handbook (7^th Edition):

Pouzoulet, Jérôme. “Développement d'une méthodologie PCR en temps réel pour la détection et la quantification in planta des principaux champignons pathogènes associés aux maladies du bois de la vigne : Development of a real time PCR methodology for in planta detection and quantification of the main fungal pathogens associated with grapevine trunk diseases.” 2012. Web. 15 Sep 2019.

Vancouver:

Pouzoulet J. Développement d'une méthodologie PCR en temps réel pour la détection et la quantification in planta des principaux champignons pathogènes associés aux maladies du bois de la vigne : Development of a real time PCR methodology for in planta detection and quantification of the main fungal pathogens associated with grapevine trunk diseases. [Internet] [Doctoral dissertation]. INP Toulouse; 2012. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.theses.fr/2012INPT0058.

Council of Science Editors:

Pouzoulet J. Développement d'une méthodologie PCR en temps réel pour la détection et la quantification in planta des principaux champignons pathogènes associés aux maladies du bois de la vigne : Development of a real time PCR methodology for in planta detection and quantification of the main fungal pathogens associated with grapevine trunk diseases. [Doctoral Dissertation]. INP Toulouse; 2012. Available from: http://www.theses.fr/2012INPT0058

30. Almelli, Talleh. Parasite genetic factors implicated in cerebral malaria : Facteurs génétiques parasitaires impliqués dans le neuropaludisme.

Degree: Docteur es, Parasitologie, 2014, Université Paris Descartes – Paris V

URL: http://www.theses.fr/2014PA05P605

► Le paludisme à P. falciparum est l’une des causes majeures de mortalité et de morbidité dans le monde. Ce parasite est responsable de plusieurs manifestations… (more)

▼ Le paludisme à P. falciparum est l’une des causes majeures de mortalité et de morbidité dans le monde. Ce parasite est responsable de plusieurs manifestations cliniques allant du portage asymptomatique et infections non compliquées aigüe au paludisme grave et compliqué, tel que le neuropaludisme. Nous avons émis l’hypothèse que l’expression différentielle des gènes contribue à la variation phénotypique de parasites, entraînant des interactions spécifiques avec l’hôte, qui à son tour déterminent le type de manifestations cliniques du paludisme. L’objectif principal de cette étude était d’identifier les facteurs génétiques de P. falciparum impliqués dans la pathogenèse du neuropaludisme. Ceci a été réalisé par l’analyse complète du transcriptome d’isolats provenant d’enfants camerounais porteurs asymptomatiques (PA) ou atteints d’accès simple (AS) ou de neuropaludisme (NP). Le transcriptome du clone non sélectionnée (3D7) et la lignée sélectionnée (3D7-Lib) a été également analysé. Les résultats ont montré la surexpression de plusieurs gènes chez des isolats provenant d’enfants atteints de neuropaludisme et chez la lignée 3D7-Lib, par rapport à ceux provenant d’enfants asymptomatiques et 3D7, respectivement. L’analyse de l’ontologie de gène indique que les gènes potentiellement impliqués dans la pathogenèse, la cytoadhérence et l’agrégation des érythrocytes sont surreprésentés parmi les gènes surexprimés chez les isolats de CM et 3D7-Lib. Les résultats les plus marquants étaient la surexpression des gènes var (groups A et B) portant les domaines cassettes DC4, DC5, DC8 et DC13 et les gènes avoisinants rif chez les isolats de NP et la lignée 3D7-Lib, par rapport aux isolats de PA et au clone non sélectionné 3D7, respectivement. Le rôle joué par ces gènes dans la virulence parasitaire est lié à la cytoadhérence, c’est-à-dire la capacité de leurs protéines exprimées à interagir entre les érythrocytes parasités et les récepteurs endothéliaux post capillaires. Parmi ces récepteurs, le CD36 et inter cellular adhesion molecule 1 (ICAM-1) ont été les plus couramment utilisés par les isolats. L’étude sur l’implication de ces deux récepteurs, ainsi que celle des ligands PfEMP-1, dans la pathogenèse du neuropaludisme devrait être approfondie poursuivie. Nous avons analysé le phénotype de cytoadhérence et les profils de transcription des variantes de Pfemp-1 des isolats frais provenant des enfants béninois atteints de NP ou AS à l’aide du test d’adhérence statique aux récepteurs CD36, ICAM-1 et CSPG et au moyen de RT-PCR quantitative pour les groupes A, B, var2, var3, DC8 et DC13. Nos résultats montrent que le niveau de cytoadhérence des parasites associés au neuropaludisme au CD36 est significativement plus important que celui des parasites associés à l’accès simple. En outre, nous n’avons pas trouvé de différence significative entre la cytoadhérence des isolats de deux groupes cliniques à ICAM-1 et au CSPG. En outre, les niveaux d’expression des groupes var A, B, var2, var3 et du DC8 et DC13 sont plus élevés chez les isolats… Advisors/Committee Members: Tahar, Rachida (thesis director).

Subjects/Keywords: Transcriptome; RT-qPCR; Cytoadhérence; PfEMP-1; CD36; ICAM-1; Gènes var; Neuropaludisme; Transcriptome; Cerebral malaria; RT-qPCR; Cytoadherence; Var genes; PfEMP-1; CD36; ICAM-1; 616.936 2

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Almelli, T. (2014). Parasite genetic factors implicated in cerebral malaria : Facteurs génétiques parasitaires impliqués dans le neuropaludisme. (Doctoral Dissertation). Université Paris Descartes – Paris V. Retrieved from http://www.theses.fr/2014PA05P605

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Almelli, Talleh. “Parasite genetic factors implicated in cerebral malaria : Facteurs génétiques parasitaires impliqués dans le neuropaludisme.” 2014. Doctoral Dissertation, Université Paris Descartes – Paris V. Accessed September 15, 2019. http://www.theses.fr/2014PA05P605.

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Almelli T. Parasite genetic factors implicated in cerebral malaria : Facteurs génétiques parasitaires impliqués dans le neuropaludisme. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Paris Descartes – Paris V; 2014. [cited 2019 Sep 15]. Available from: http://www.theses.fr/2014PA05P605.

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Almelli T. Parasite genetic factors implicated in cerebral malaria : Facteurs génétiques parasitaires impliqués dans le neuropaludisme. [Doctoral Dissertation]. Université Paris Descartes – Paris V; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014PA05P605

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