subject:(RT qPCR)

1. SANTANA, Marcelo Oliva. Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) .

Degree: 2011, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022

► O cultivo de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é de grande importância econômica para o Brasil pela produção de açúcar e etanol, sendo o déficit hídrico um… (more)

▼ O cultivo de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é de grande importância econômica para o Brasil pela produção de açúcar e etanol, sendo o déficit hídrico um dos principais fatores limitantes do crescimento e produtividade desta cultura. A crescente demanda por biocombustíveis tem exigido o desenvolvimento de variedades de cana-de-açúcar geneticamente melhoradas e mais eficientes no uso da água. A partir de dados SAGE de cana-de-açúcar previamente anotados, oriundos de bibliotecas de amostras de colmo de plantas cultivadas em campo, e contrastantes para época chuvosa ou seca, foram identificados in silico transcritos potencialmente associados a respostas ao estresse hídrico. Destes, vinte e um genes (incluídos três genes de referência) foram selecionados para análise de expressão gênica e validação via transcrição reversa seguida de PCR em temporeal (RT-qPCR) utilizando duas variedades de cana-de-açúcar contrastantes à resposta ao estresse hídrico, RB92579 (tolerante) e RB72454 (sensível). Os experimentos foram conduzidos em casa de vegetação sob dois tratamentos hídricos diferentes (seco e irrigado). Para cada gene, três réplicas biológicas foram executadas, sendo cada RT-qPCR realizada em triplicata. A especificidade e ausência de contaminação foram avaliadas pela curva de dissociação das PCRs e controles negativos, respectivamente. Para a normalização e processamento dos dados de RT-qPCR, foram utilizados três genes de referência sendo estes analisados quanto a estabilidade utilizando o software geNorm. Da coleção de 46.536 tags distintas analisadas em SAGE, 45,0% mostraram-se inibidas pela seca, 6,3% induzidos pela seca, e 48,7% não apresentaram variação de ratio significativa (0,5 < ratio < 2,0). Dos 21 transcritos selecionados para validação experimental como potencialmente responsivos ao estresse hídrico somente 15 e 12 genes foram monitorados via RT-qPCR em folha e raiz respectivamente. Essas análises resultaram que 2/3 dos genes estudados (Dhyn_98, ERD4, Sip, Dgt, MARK, Pox, Hd-zip, Hsp70, PPlase e DnaK) foram diferencialmente expressos sob seca (p<0,05), sendo que 40% e 33,3% deles apresentaram, nas variedades tolerante e sensível, respectivamente, a mesma tendência de expressão que aquela já descrita via SAGE para a espécie. Além disso, em função dos resultados de RT-qPCR, dois genes mais associados com a resposta de tolerância à seca foram selecionados para futura determinação de suas sequências nucleotídicas completas e construções gênicas. Os genes identificados para tolerância a seca poderão ser utilizados não só nos programas de melhoramento das principais culturas de importância econômica, mas também poderão ajudar a entender as redes gênicas envolvidas na tolerância das plantas ao estresse hídrico Advisors/Committee Members: CALSA JUNIOR, Tercilio (advisor).

Subjects/Keywords: RT-qPCR; SAGE; estresse hídrico; seca

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SANTANA, M. O. (2011). Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

SANTANA, Marcelo Oliva. “Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) .” 2011. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed February 27, 2021. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022.

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MLA Handbook (7^th Edition):

SANTANA, Marcelo Oliva. “Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) .” 2011. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

SANTANA MO. Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022.

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Council of Science Editors:

SANTANA MO. Expressão gênica da resposta à seca em cana-de-açúcar (Saccharum spp.) . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6022

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Kansas State University

2. Cool, Konner. Characterizing the fecal shedding of swine infected with Japanese encephalitis virus.

Degree: MS, Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology, 2020, Kansas State University

URL: http://hdl.handle.net/2097/40926

► Japanese encephalitis virus (JEV) is an enveloped, single-stranded, positive sense Flavivirus with five circulating genotypes (GI to GV). JEV has a well described enzootic cycle… (more)

Subjects/Keywords: Japanese encephalitis virus; Swine; RT-qPCR; Shedding

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Cool, K. (2020). Characterizing the fecal shedding of swine infected with Japanese encephalitis virus. (Masters Thesis). Kansas State University. Retrieved from http://hdl.handle.net/2097/40926

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Cool, Konner. “Characterizing the fecal shedding of swine infected with Japanese encephalitis virus.” 2020. Masters Thesis, Kansas State University. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/2097/40926.

MLA Handbook (7^th Edition):

Cool, Konner. “Characterizing the fecal shedding of swine infected with Japanese encephalitis virus.” 2020. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Cool K. Characterizing the fecal shedding of swine infected with Japanese encephalitis virus. [Internet] [Masters thesis]. Kansas State University; 2020. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/2097/40926.

Council of Science Editors:

Cool K. Characterizing the fecal shedding of swine infected with Japanese encephalitis virus. [Masters Thesis]. Kansas State University; 2020. Available from: http://hdl.handle.net/2097/40926

3. Coudray-Meunier, Coralie. Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies.

Degree: Docteur es, Sciences du vivant, 2014, Paris, AgroParisTech

URL: http://www.theses.fr/2014AGPT0055

► Les principaux virus entériques à l’origine de toxi-infections alimentaires collectives sont les norovirus génogroupes I et II (NoV GI, NoV GII) et le virus de… (more)

▼ Les principaux virus entériques à l’origine de toxi-infections alimentaires collectives sont les norovirus génogroupes I et II (NoV GI, NoV GII) et le virus de l’hépatite A (VHA) responsables respectivement de gastro-entérites et d’hépatites. Ces virus sont transmissibles par la voie féco-orale directe ou via l’ingestion d’eaux ou d’aliments consommés crus ou peu cuits (coquillages, fruits et légumes). Le niveau de contamination virale des aliments souvent faible nécessite d’utiliser des méthodes de détection très sensibles. La plupart des virus entériques étant non cultivable, ces méthodes reposent sur la détection / quantification des génomes viraux par RT-qPCR ce qui ne permet pas de déterminer l’infectiosité des virus et limite l’appréciation du risque viral en santé publique. Les travaux de thèse visaient à proposer des méthodes moléculaires pour la détection, la quantification et le typage des virus entériques, à évaluer l’apport de nouvelles technologies moléculaires (comme la Digital RT-PCR (RT-dPCR) et la RT-PCR à haut débit) dans le cadre du diagnostic viral dans les aliments et enfin à développer des traitements précédant les réactions de RT-qPCR pour détecter des génomes issus de particules virales infectieuses. Une nouvelle technique d’extraction du VHA à partir de la laitue a été développée et évaluée équivalente à la technique de référence décrite dans les spécifications techniques publiées en 2013 (ISO/TS 15216-1 et 15216-2). Pour favoriser les études phylogénétiques dans le domaine alimentaire, 6 modèles moléculaires de RT-qPCR spécifiques des 6 sous-types humains du VHA (IA, IB, IIA, IIB, IIIA, IIIB) ont été développés et évalués pour le génotypage d’échantillons cliniques contaminés par le VHA. Ils peuvent être utiles pour tracer les sous-types du VHA dans des échantillons faiblement contaminés comme des matrices alimentaires, mais aussi permettre l'identification de co-infection de l'homme ou de souches de VHA recombinantes. La RT-dPCR en nanofluidique a été comparée à la RT-qPCR pour la quantification des génomes de NoV GI, NoV GII et VHA en présence de 2 contrôles de process (mengovirus et norovirus murin) dans des échantillons de laitues et d’eau embouteillée artificiellement contaminés. Un contrôle externe d’amplification a permis d’évaluer et de comparer l’inhibition des réactions de RT-qPCR et RT-dPCR. Les rendements d’extraction viraux se sont révélés significativement plus élevés après RT-dPCR qu’après RT-qPCR pour les NoV GI et mengovirus dans l'eau et pour les NoV GII et VHA dans les échantillons de laitue. De plus, les essais de RT-dPCR se sont avérés être plus tolérants à la présence de substances inhibitrices issues de laitues. La technologie qPCR en nanofluidique a également été utilisée afin de proposer une « puce » capable de détecter 20 virus entériques. Des limites de détection similaires ont été obtenues avec la qPCR et la dPCR. La qPCR nanofluidique a été trouvé moins sensible d’environ 1 à 3 log10 (du fait des faibles volumes (~nanolitre) d’échantillons analysés). Des… Advisors/Committee Members: Perelle, Sylvie (thesis director).

Subjects/Keywords: Virus entériques; Detection; Aliments; RT-QPCR; Enteric virus; Detection; Food; RT-QPCR; 616.33

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Coudray-Meunier, C. (2014). Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies. (Doctoral Dissertation). Paris, AgroParisTech. Retrieved from http://www.theses.fr/2014AGPT0055

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Coudray-Meunier, Coralie. “Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies.” 2014. Doctoral Dissertation, Paris, AgroParisTech. Accessed February 27, 2021. http://www.theses.fr/2014AGPT0055.

MLA Handbook (7^th Edition):

Coudray-Meunier, Coralie. “Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies.” 2014. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Coudray-Meunier C. Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies. [Internet] [Doctoral dissertation]. Paris, AgroParisTech; 2014. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.theses.fr/2014AGPT0055.

Council of Science Editors:

Coudray-Meunier C. Virus entériques transmissibles par voie alimentaire : détection, typage, pouvoir infectieux et nouvelles technologies : Foodborne enteric viruses : detecting, typing, infectivity and new technologies. [Doctoral Dissertation]. Paris, AgroParisTech; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014AGPT0055

Universiteit Utrecht

4. Breed, R.D. mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis.

Degree: 2013, Universiteit Utrecht

URL: http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083

► Feline idiopathic cystitis (FIC) is a common inflammatory condition of the bladder that affects young to middle aged cats with unknown cause. Because there may… (more)

▼ Feline idiopathic cystitis (FIC) is a common inflammatory condition of the bladder that affects young to middle aged cats with unknown cause. Because there may be different pathological mechanisms that could cause FIC, there is a critical need to identify the key pathogenic factors in FIC. Eicosanoids are potent lipid mediators involved in the initiation and resolution of inflammation and in the maintenance of the normal health of the urothelium. Recent studies suggest that FIC may be associated with alterations in bladder eicosanoid metabolism. The altered expression of genes encoding key enzymes involved in the metabolism of eicosanoids could be important in the pathogenesis of FIC. We hypothesized that expression of the mRNAs for these enzymes would differ between affected and healthy cats. In order to test this hypothesis, mRNA was isolated from healthy and FIC cat bladders (obtained by cystotomy and embedded in formalin-fixed paraffin), as well as urolith bladders as a general inflammation control. The mRNAs for COX-1, COX-2, mPGES, cPGES, 15- LOX-2 and PGDH (which all play a role in metabolism of eicosanoids) were quantified by reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR). Four control genes (SDHA, RPS5, RPS19, and POL2A) were developed to allow a relative analysis by the delta delta CT method. Formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) samples of affected cats (n=8), unaffected negative control cats (n=9) and urolith positive control cats (n=8) were obtained and used for the quantification. No significant differences were found for the expression of the genes in FIC compared to urolith and normal cats, although a trend toward of p < 0.10 was found for cPGES and 15-LOX-2. The results of these experiments may lead to a better understanding of the contribution of eicosanoids in the pathogenesis of FIC, and may eventually lead to better methods of diagnosis and treatment. Furthermore primers with high efficiencies were made for the genes, which may be useful for future studies of FIC and other feline inflammatory diseases. Moreover the use of FFPE tissues for studying mRNA expression in relation with a disease or inflammatory condition is not a common practice. However due to the lack of the availability of fresh frozen tissues, this study took the initiative to use FFPE tissues to study the mRNA expression in relation with FIC. This could make further studies easier to perform due to using stored samples instead of fresh samples. Advisors/Committee Members: Venta, P.J., Kruger, J.M., Corbee, R.J..

Subjects/Keywords: Diergeneeskunde; Feline, idiopathic, cystitis, cat, eicosanoid, mRNA, rt-qpcr, qpcr, enzyme

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Breed, R. D. (2013). mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis. (Masters Thesis). Universiteit Utrecht. Retrieved from http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Breed, R D. “mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis.” 2013. Masters Thesis, Universiteit Utrecht. Accessed February 27, 2021. http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083.

MLA Handbook (7^th Edition):

Breed, R D. “mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis.” 2013. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Breed RD. mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis. [Internet] [Masters thesis]. Universiteit Utrecht; 2013. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083.

Council of Science Editors:

Breed RD. mRNA Expression Of Key Enzymes Involved In The Eicosanoid Biosynthesis Pathway In Feline Idiopathic Cystitis. [Masters Thesis]. Universiteit Utrecht; 2013. Available from: http://dspace.library.uu.nl:8080/handle/1874/283083

Virginia Tech

5. Hoak, Jessica. Tracking Tobacco Mosaic Virus Infection from Infected Seeds to Seedlings Confirms Seed Transmission in Tobacco (Nicotiana tabacum L.).

Degree: MS, Crop and Soil Environmental Sciences, 2019, Virginia Tech

URL: http://hdl.handle.net/10919/101702

► The Tobacco mosaic virus (TMV) is a positive sense single stranded RNA virus and is found across the world. TMV can impact the overall yield… (more)

Subjects/Keywords: Tobacco mosaic virus; RT-qPCR; endpoint RT-PCR; seed transmission; tobamovirus

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Hoak, J. (2019). Tracking Tobacco Mosaic Virus Infection from Infected Seeds to Seedlings Confirms Seed Transmission in Tobacco (Nicotiana tabacum L.). (Masters Thesis). Virginia Tech. Retrieved from http://hdl.handle.net/10919/101702

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Hoak, Jessica. “Tracking Tobacco Mosaic Virus Infection from Infected Seeds to Seedlings Confirms Seed Transmission in Tobacco (Nicotiana tabacum L.).” 2019. Masters Thesis, Virginia Tech. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/10919/101702.

MLA Handbook (7^th Edition):

Hoak, Jessica. “Tracking Tobacco Mosaic Virus Infection from Infected Seeds to Seedlings Confirms Seed Transmission in Tobacco (Nicotiana tabacum L.).” 2019. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Hoak J. Tracking Tobacco Mosaic Virus Infection from Infected Seeds to Seedlings Confirms Seed Transmission in Tobacco (Nicotiana tabacum L.). [Internet] [Masters thesis]. Virginia Tech; 2019. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/10919/101702.

Council of Science Editors:

Hoak J. Tracking Tobacco Mosaic Virus Infection from Infected Seeds to Seedlings Confirms Seed Transmission in Tobacco (Nicotiana tabacum L.). [Masters Thesis]. Virginia Tech; 2019. Available from: http://hdl.handle.net/10919/101702

6. Pinheiro, Thaísa Tessutti. Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico.

Degree: Mestrado, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2009, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;

► As sementes do cacaueiro (Theobroma cacao L.) constituem a única fonte de manteiga de cacau, matéria prima fundamental para as indústrias de chocolates e confeitos,… (more)

▼ As sementes do cacaueiro (Theobroma cacao L.) constituem a única fonte de manteiga de cacau, matéria prima fundamental para as indústrias de chocolates e confeitos, farmacêutica e cosmética. Cerca de 50 % do peso seco das sementes é composto por gordura, caracterizada pelo alto nível de estearato (30-37%), em combinação com palmitato (24-31%) e de oleato (33-39%), conferindo-lhe uma composição triglicerídica única, responsável pelas suas propriedades de fusão, com aplicações específicas e especiais. Apesar dos genes que codificam as enzimas da via metabólica de biossíntese de ácidos graxos e triglicerídeos em plantas serem conhecidos, os mecanismos moleculares pelos quais as plantas controlam a produção de estearato e que diferenciam as plantas acumuladoras de estearato de todas as demais não estão claramente definidos. O objetivo deste trabalho foi analisar a composição de ácidos graxos nos frutos de Theobroma cacao e a expressão temporal de genes relacionados à via metabólica de ácidos graxos e triglicerídeos durante o desenvolvimento de sementes de T. cacao, com ênfase na acumulação de estearato. Em paralelo, foram eleitos os genes referências mais estáveis para os estudos em embriões e diversos tecidos de Theobroma cacao. Empregando-se a técnica de reação quantitativa da amplificação em cadeia de transcritos reversos de RNA (RT-qPCR), foram analisadas a expressão dos genes codificadores da proteína carregadora de acil A, B e C, \'beta\'-cetoacil-ACP sintase II, \'delta\'9estearoil-ACP desaturase A e B, Acil-ACP tioesterase A, acil-ACP tioesterase B, acil-CoA sintetase A e B e da proteína oleosina. Quando se estudou de expressão gênica apenas nos embriões de T. cacao, os três genes mais estáveis foram proteína ribossomal L35, proteína carregadora de acil A e gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase. Quando se considerou diversos tecidos de plantas de Theobroma cacao, os melhores genes para a normalização dos valores de expressão foram os codificadores da proteína ribossomal L35, proteína carregadora de acil B e gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase. A acumulação de transcritos da \'delta\'9estearoil-ACP desaturase foi relacionada ao aumento do ácido oleico. O aumento na quantidade deste ácido acontece pela ação conjunta da \'delta\'9estearoil-ACP desaturase, e acil-ACP tioesterase A, a qual mostra maiores níveis de transcritos entre 90 e 140 DAP com pico aos 100 DAP. O aumento de ácidos esteárico estaria relacionado com a ação conjunta e com transcrição temporalmente coordenada dos genes das enzimas \'beta-́cetoacil-ACP sintase II, Acil-ACP tioesterase A e Acil-ACP tioesterase B. Transcritos da enzima \'beta-́cetoacil-ACP sintase II apresenta pico aos 100 DAP, possivelmente com acúmulo máximo de substratos 18:0-ACP, que poderiam ser hidrolizado preferencialmente pela enzima acil-ACP tioesterase A, ou acil-ACP tioesterase B, O intervalo entre o pico de acúmulo de trasncritos entre \'beta\'-cetoacil-ACP sintase II (100 DAP) e Acil-ACP tioesterase A e \'delta\'9estearoil-ACP desaturase (110 DAP) sugere que poderia… Advisors/Committee Members: Figueira, Antonio Vargas de Oliveira.

Subjects/Keywords: Biossíntese ácidos graxos; Cacau; Cocoa; Expressão gênica; Fatty acids biosynthesis; Gene expression; RT-qPCR; RT-qPCR

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Pinheiro, T. T. (2009). Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pinheiro, Thaísa Tessutti. “Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico.” 2009. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed February 27, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Pinheiro, Thaísa Tessutti. “Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico.” 2009. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Pinheiro TT. Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2009. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;.

Council of Science Editors:

Pinheiro TT. Análise da expressão de genes associados à via de biossíntese de ácidos graxos em Theobroma cacao e ao acúmulo de ácido esteárico. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2009. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-10122009-095811/ ;

7. Pereira, Maristela Soares Swerts. Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal.

Degree: PhD, Odontopediatria, 2012, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;

► Substâncias contendo clorexidina (CHX) ou associação de antibióticos têm sido pesquisadas como medicações intracanal. Os objetivos do presente estudo foram: Capítulo 1- Caracterizar a resposta… (more)

▼ Substâncias contendo clorexidina (CHX) ou associação de antibióticos têm sido pesquisadas como medicações intracanal. Os objetivos do presente estudo foram: Capítulo 1- Caracterizar a resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos à pasta triantibiótica (Trimix), por microscopia óptica convencional e por RT-PCR em tempo real; e Capítulo 2 - Comparar a resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos a medicações intracanal contendo CHX por microscopia óptica convencional. No Capítulo 1, a resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos foi avaliada por meio da implantação de tubos de polietilieno vazios ou contendo uma das substâncias avaliadas: Trimix ou Calen. Como controle adicional, foram utilizados animais que não receberam a implantação dos tubos. Para a avaliação histopatológica, decorridos os períodos experimentais de 7, 21 e 63 dias, os implantes (n=10) contendo Trimix ou Calen foram removidos juntamente com o tecido conjuntivo subcutâneo e a pele adjacente e submetidos ao processamento histotécnico, sendo os cortes corados pelo método de hematoxilina e eosina e picrosírius vermelho. Foram efetuadas análises qualitativa, determinando os parâmetros de resposta biológica e quantitativa, onde foram avaliados o número de células inflamatórias e de vasos, a área e a densidade vascular, além do percentual relativo de colágeno. As reações de RT-PCR em tempo real foram realizadas nos grupos tubo vazio, pasta Calen, Trimix e controle adicional nos períodos experimentais de 7 e 21 dias. Foi realizada a detecção e quantificação das citocinas pró-inflamatórias (IL-1β, TNF-α e IL- 17) e anti-inflamatória (TGF-β), fator crescimento endotelial vascular (VEGF), fator induzido por hipóxia (HIF-1α), metaloproteinases (MMP-2 e -9) e inibidores de metaloproteinases (TIMP-1 e - 2). Os resultados foram comparados empregando teste t de Student e ANOVA, seguida do pósteste de Tukey. No Capítulo 2, foi efetuada a comparação da resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos às pastas Calen+CHX a 0,5%, Calen+CHX a 2,0%, ao gel de CHX a 2,0% e à pasta Calen (controle) utilizando metodologia semelhante à empregada para avaliação histopatológica no Capítulo 1. Os resultados obtidos foram analisados por meio da ANOVA, seguida do pós-teste de Tukey. O nível de significancia adotado em todas as análises estatísticas foi de 5%. Com base nos resultados obtidos, pôde-se concluir que: 1) A resposta do tecido conjuntivo subcutâneo de camundongos à pasta Trimix caracterizou-se por reação inflamatória aguda persistente e ausência de reparo no período estudado de 63 dias, o que foi suportado pela maior expressão gênica dos biomarcadores relacionados à resposta inflamatória e angiogênica, comparado à pasta Calen; 2) Quando comparadas as medicações contendo CHX, os resultados evidenciaram que a Calen+CHX a 0,5% exibiu resposta tecidual reparativa, em contraste com a Calen+CHX a 2,0% e o gel de CHX a 2,0% que propiciaram resposta inflamatória persistente, apontando para agressividade destes… Advisors/Committee Members: Rossi, Marcos Antonio, Silva, Lea Assed Bezerra da.

Subjects/Keywords: biocompatibility; calcium hydroxide; chlorhexidine; clorexidina; compatibilidade biológica; hidróxido de cálcio; pasta triantibiótica; RT-qPCR; RT-qPCR; triantibiotic paste

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APA (6^th Edition):

Pereira, M. S. S. (2012). Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal. (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pereira, Maristela Soares Swerts. “Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal.” 2012. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed February 27, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Pereira, Maristela Soares Swerts. “Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal.” 2012. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Pereira MSS. Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2012. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;.

Council of Science Editors:

Pereira MSS. Resposta celular e molecular do tecido conjuntivo de camundongos e medicações intracanal. [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2012. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58135/tde-22052012-134952/ ;

8. Almeida, Raul Santin. \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\".

Degree: PhD, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2007, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;

► As plantas apresentam diversas adaptações fisiológicas à baixa disponibilidade de fósforo (Pi) do solo. Este trabalho discute os custos fisiológicos e energéticos associados com essas… (more)

▼ As plantas apresentam diversas adaptações fisiológicas à baixa disponibilidade de fósforo (Pi) do solo. Este trabalho discute os custos fisiológicos e energéticos associados com essas estratégias, focado nas respostas da cana-de-açúcar (Saccharum spp.) à disponibilidade de Pi durante a simbiose com micorrizas arbusculares (Glomus clarum). Esses custos são importantes componentes para a adaptação a solos com baixo Pi, afetando a aquisição e conteúdo de fósforo; o crescimento e concentração de açúcares em tecidos vegetais. Plantas de cana-de-açúcar foram cultivadas em vasos com ou sem micorrizas (Glomus clarum), e sob a disponibilidade de baixo (20 mg kg-1) ou alto (202 mg kg-1) fósforo. Raízes e parte-aérea foram coletadas para as análises após 14, 30, 44 e 58 dias pós-inoculação (dpi) com Glomus clarum . A condição de BP causou a deficiência de Pi nas plantas, micorrízicas ou não. As plantas sob AP continham um teor foliar de Pi adequado, e partir dos 44 dpi acumularam pelo menos 6 vezes mais Pi parte-aérea, do que as cultivadas sob BP, efeito mais evidente nas micorrízicas. A eficiência de absorção, indicada pelo acúmulo de Pi na parte-aérea a uma dada biomassa da raiz, foi igual para todos os tratamentos, sugerindo que as eficiências radicular e micorrízica da absorção de Pi foram similares, independentemente da doses de Pi. A disponibilidade de fósforo não afetou a biomassa total das plantas, sendo as cultivadas sob BP mais eficientes na utilização deste nutriente. Por outro lado, as plantas micorrízicas suplementadas com BP apresentaram maior crescimento da raiz e redução na parte-aérea, resultando no aumento da proporção raiz:parte-aérea. Aos 58 dpi, a glicose, frutose e sacarose presente nas folhas de plantas micorrízicas foi 3,8, 2,3 e 2,4 vezes respectivamente mais concentrada do que nas não micorrízicas. Esses resultados sugerem que, nestas condições experimentais, o estabelecimento da simbiose não foi uma associação mutualística típica, afetando o perfil de crescimento e a alometria da cana cultivada com BP. As concentrações de fotoassimilados na folhas de planta micorrízicas indicam que houve aumentos nas taxas fotossintéticas, mas isso não resultou no maior crescimento do macrosimbionte. A tecnologia de amplificação quantitativa de transcritos reversos (RT-PCR) se tornou uma opção para a validação funcional de genes, com alta sensibilidade, acurada quantificação e eficácia. A quantificação relativa da expressão gênica é conseqüentemente fácil e determina a expressão de um gene em relação a outro expresso e relativamente constante. Neste trabalho foi analisada a variabilidade de expressão dos genes de cana-de-açúcar codificando a actina (Actina), gliceraldeido fosfato desidrogenase (GAPDH), tubulina (Tubulina), e ubiquitinas (UbiQ1 e UbiQ2) em diversos tecidos, e comparou-se a variabilidade obtida utilizando os programas Genorm e NormFinder. Em seguida, foram realizadas análises de expressão gênica utilizando o programa REST para a validação estatística da expressão de genes de cana-de-açúcar. O gene UbiQ1… Advisors/Committee Members: Figueira, Antonio Vargas de Oliveira.

Subjects/Keywords: Arbuscular; Expressão gênica; Fósforo; Gene Expression; Micorrizas arbusculares; Mycorrhizal; Phosphorus; RT-QPCR; RT-qPCR; Sacarose; Sucrose

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APA (6^th Edition):

Almeida, R. S. (2007). \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\". (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Almeida, Raul Santin. “\"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\".” 2007. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed February 27, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Almeida, Raul Santin. “\"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\".” 2007. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Almeida RS. \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\". [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2007. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;.

Council of Science Editors:

Almeida RS. \"Perfil fisiológico e da expressão de transportadores de fosfato da cana-de-açúcar durante a simbiose com micorriza arbuscular\". [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2007. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-07082007-142558/ ;

9. Nishimura, Deborah Sanae. Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas.

Degree: Mestrado, Biologia na Agricultura e no Ambiente, 2007, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;

► A glutationa S-transferase (GST) tem a capacidade de conferir resistência do tipo não-alvo aos efeitos danosos de certos herbicidas em várias culturas, principalmente gramíneas. Entretanto,… (more)

▼ A glutationa S-transferase (GST) tem a capacidade de conferir resistência do tipo não-alvo aos efeitos danosos de certos herbicidas em várias culturas, principalmente gramíneas. Entretanto, o papel das GSTs em relação aos herbicidas em cana-de-açúcar é desconhecido, e tal elucidação poderia auxiliar na redução de perdas de produtividade e/ou aumento na eficiência de produção. O objetivo desse trabalho foi caracterizar as diversas classes de GST de cana-de-açúcar por análise filogenética e padrão de expressão por amplificação quantitativa de transcritos reversos (RT-qPCR). Foi realizada no banco de dados de Saccharum Gene Index a busca completa das seqüências codificadoras de GST referentes às classes Phi, Tau, Theta e Zeta, baseando-se nos 61 genes de GST de arroz; estas foram traduzidas e empregadas em análise filogenética. Foram identificados 18 agrupamentos de ESTs codificando GSTs, totalizando 355 transcritos das 255.635 seqüências disponíveis no banco de dados. A análise filogenética identificou 7 agrupamentos como pertencentes à classe Phi (denominados ScGSTF), 7 como Tau (ScGSTU), 1 como Theta (ScGSTT), e 3 como Zeta (ScGSTZ); respectivamente. As classes Phi e Tau, consideradas planta-específica, foram as mais representativas em termos de número de agrupamentos de ESTs em relação à Theta e Zeta (mamífero-específica). Os 18 agrupamentos de cana-de-açúcar equivalem aos genes mais expressos em termos de número de ESTs individuais em arroz. Foram extraídos RNA de diversos tecidos/órgãos, e de tecido foliar das cultivares \'SP87-365é \'SP80-3280ćoletados a 0 e 48 h após tratamento com herbicidas, seguida da síntese de cDNA e RT-qPCR. O gene da proteína ribossômica rpl35-4 foi determinado como referência nas análises de expressão. A expressão nos tecidos/órgãos mostraram que os genes ScGSTF3, ScGSTU8 e ScGSTU13 foram menos expressos no colmo, inflorescência, meristema e raiz em relação ao limbo foliar; ScGSTF4, ScGSTF6, ScGSTF14 e ScGSTF15 foram mais expressos no colmo; ScGSTF5, ScGSTU1, ScGSTU17, ScGSTU31, ScGSTU39 e ScGSTT1 na inflorescência; e ScGSTZ1 foi único mais expresso no meristema. De forma geral, todas as classes tiveram expressão detectada nos tecidos, mas os genes da Phi e Tau foram os mais expressos. Os genes da classe Phi foram mais expressos no colmo em relação aos demais; os da classe Tau e Theta na inflorescência; e os da Zeta no meristema. A validação a 0 h determinou que os genes ScGSTF3, ScGSTF4, ScGSTU8, ScGSTU13 e ScGSTU17 foram os mais expressos na cultivar \'SP80-3280ém relação à \'SP87-365\'. As evidentes diferenças na expressão basal entre as cultivares foram dos genes das classes Phi e Tau. Com relação à expressão das GSTs 48 h após aplicação dos herbicidas, foi observado que a aplicação de Ametryn ou Diuron, os genes de GST foram induzidos, enquanto foram reprimidos com Imazapic ou Isoxaflutole. Os genes ScGSTF3, ScGSTF4, ScGSTU13 e ScGSTU17 foram os mais expressos nas cultivares tratadas com os herbicidas; e foram considerados possíveis candidatos a associação em resposta a… Advisors/Committee Members: Figueira, Antonio Vargas de Oliveira.

Subjects/Keywords: Cana-de-açúcar; Filogenia; GST; GST; Herbicidas; Herbicide; Phylogeny; RT-qPCR; Southern; Southern; Sugarcane; Tecidos/Orgãos RT-qPCR; Tissues/Organs

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APA (6^th Edition):

Nishimura, D. S. (2007). Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Nishimura, Deborah Sanae. “Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas.” 2007. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed February 27, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Nishimura, Deborah Sanae. “Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas.” 2007. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Nishimura DS. Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2007. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;.

Council of Science Editors:

Nishimura DS. Caracterização molecular da glutationa S-transferase de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) em resposta a aplicação de herbicidas. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2007. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-18122007-142749/ ;

10. Bezjak, Lara. Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma.

Degree: 2019, Univerza v Mariboru

URL: https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=74501 ; https://dk.um.si/Dokument.php?id=139147&dn= ; https://plus.si.cobiss.net/opac7/bib/2542756?lang=sl

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Izhodišče: Z razvojem visoko zmogljivih tehnologij sekvenciranja, ki so omogočile pridobitev velike količine podatkov iz bioloških vzorcev, je hitro naraslo tudi število programskih orodij za… (more)

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Izhodišče: Z razvojem visoko zmogljivih tehnologij sekvenciranja, ki so omogočile pridobitev velike količine podatkov iz bioloških vzorcev, je hitro naraslo tudi število programskih orodij za urejanje teh podatkov, vendar pa trenutno še ni soglasja o najprimernejšem postopku ali metodi za identifikacijo različno izraženih genov s tehnologijo sekvenciranja naslednje generacije (RNA-seq). Namen naloge je bil analizirati dva pristopa za analizo RNA-seq podatkov in njune rezultate validirati z zlatim standardom. Metode: V nalogi smo uporabili dva pristopa, edgeR (Robinson, et al., 2010) in limma (Ritchie, et al., 2015) -voom (Law, et al., 2014), ter njune rezultate preverili z metodo RT-qPCR. Z RT-qPCR smo preverili štiri gene, ki so imeli izračunane nasprotujoče si log2FC in p-vrednosti. Na koncu smo zbrane rezultate vseh treh metod analizirali s programskim orodjem SPSS. Rezultati: Rezultati Spearmanovega testa korelacije so pokazali močno korelacijo med izračunanimi log2FC in p-vrednostmi obeh pristopov, vendar je Wilcoxonov test pokazal, da se log2FC in p-vrednosti kljub temu statistično značilno razlikujejo glede na to, katero metodo smo uporabili. Tri gene, ki so se po metodah edgeR in voom najbolj razlikovali, smo analizirali z RT-qPCR in ugotovili, da dobljeni rezultati qRT-PCR bolj sovpadajo s pristopom voom kot z edgeR, kar je potrdil tudi Spearmanov test korelacije in Wilcoxonov test. Diskusija: Iz rezultatov smo zaključili, da je pristop voom primernejši, saj daje zanesljivejše rezultate kot edgeR kljub temu da smo imeli zelo majhen vzorec (3 posameznike za vsako skupino).

Introduction: With the development of high-end sequencing technologies, that produce large amounts of data from biological samples, the number of software tools for analyzing this data has also rapidly increased, but there is no agreement on the most appropriate approach for identifying differentially expressed genes. The purpose of this master's thesis was to analyze two approaches for the RNA-seq data analysis and validated their results with the gold standard. Methods: Here, we compare two approaches, edgeR (Robinson, et al., 2010) and limma (Ritchie, et al., 2015) -voom (Law, et al., 2014), and we verified their results using the RT-qPCR method. Using RT-qPCR, we verified four genes that had differently computed log2FC and p-values. Finally, the results of all three methods were analyzed with the SPSS software tool. Results: The results of the Spearman's rank-order correlation showed a strong correlation between calculated log2FC and p-values of both approaches, but the Wilcoxon’s test showed that the values were significantly differ. Among the four selected genes, only three were analyzed with RT-qPCR, since the primers for one gene were not specific enough. Obtained results were more matched with the voom approach than with the edgeR, which was also confirmed by Spearman's correlation and the Wilcoxon signed-rank test. Discussion: From the results we concluded that the voom approach is better, since it gives more reliable results,…

Advisors/Committee Members: Potočnik, Uroš.

Subjects/Keywords: RNA sekvenciranje; transkriptomika; R; RT-qPCR; bioinformatika; RNA sequencing; Transcriptomics; R; RT-qPCR; Bioinformatics; info:eu-repo/classification/udc/575.112(043.2)

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APA (6^th Edition):

Bezjak, L. (2019). Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma. (Masters Thesis). Univerza v Mariboru. Retrieved from https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=74501 ; https://dk.um.si/Dokument.php?id=139147&dn= ; https://plus.si.cobiss.net/opac7/bib/2542756?lang=sl

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Bezjak, Lara. “Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma.” 2019. Masters Thesis, Univerza v Mariboru. Accessed February 27, 2021. https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=74501 ; https://dk.um.si/Dokument.php?id=139147&dn= ; https://plus.si.cobiss.net/opac7/bib/2542756?lang=sl.

MLA Handbook (7^th Edition):

Bezjak, Lara. “Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma.” 2019. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Bezjak L. Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma. [Internet] [Masters thesis]. Univerza v Mariboru; 2019. [cited 2021 Feb 27]. Available from: https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=74501 ; https://dk.um.si/Dokument.php?id=139147&dn= ; https://plus.si.cobiss.net/opac7/bib/2542756?lang=sl.

Council of Science Editors:

Bezjak L. Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma. [Masters Thesis]. Univerza v Mariboru; 2019. Available from: https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=74501 ; https://dk.um.si/Dokument.php?id=139147&dn= ; https://plus.si.cobiss.net/opac7/bib/2542756?lang=sl

11. Duqué, Benjamin. Quantification du niveau de contamination de Campylobacter jejuni dans la filière volaille - Influence de la variabilité des souches et de l'histoire cellulaire : Quantification of the contamination of Campylobacter jejuni in the poultry chain - Influence of strain variability and cell history.

Degree: Docteur es, Microbiologie, 2020, Nantes, Ecole nationale vétérinaire

URL: http://www.theses.fr/2020ONIR137F

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Campylobacter jejuni est la principale cause d'entérites humaines d'origine bactérienne dans le monde et la volaille est le principal vecteur de contamination. L'objectif principal de… (more)

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Campylobacter jejuni est la principale cause d'entérites humaines d'origine bactérienne dans le monde et la volaille est le principal vecteur de contamination. L'objectif principal de cette étude était d'évaluer l'effet du processus d'abattage des volailles sur le comportement de C. jejuni à un stress ultérieur, en tenant compte de la variabilité des souches et de l'influence de l'histoire cellulaire. Certaines étapes clés du processus d'abattage générant un stress chaud et froid ont été reproduites au laboratoire. L'hypothèse était que cette histoire cellulaire pouvait influencer l'inactivation de C. jejuni pendant l'étape ultérieure de stockage au froid. Le niveau de contamination du poulet en Campylobacter chez le consommateur a été estimé et les résultats obtenus satisfont l'objectif de performance définis par l'ICMSF. 11 a été aussi confirmé que l'histoire cellulaire avait un impact sur le comportement de C. jejuni. Les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'histoire cellulaire ont été investigués par RT-qPCR appliquée à 3 souches, dans l'objectif de déterminer des gènes «biomarqueurs». L'expression de ces biomarqueurs permettraient de prédire le comportement ultérieur du pathogène. Utilisant la régression PLS, un modèle prédictif a été bati pour une seule des trois souches de C. jejuni, aboutissant à l'identification de 9 gènes biomarqueurs. La construction d'un modèle généralisable à l'ensemble des souches, basé sur la quantification de l'expression de gènes biomarqueurs, nécessitera d'explorer de nouvelles pistes méthodologiques. Ceci pourrait ouvrir la voie vers une nouvelle génération de modèles d'appréciation du risque.

Campylobacter jejuni is the leading cause of human enteritis of bacterial origin worldwide and poultry is the main vector of contamination. The main objective of this study was to assess the effect of the slaughter poultry process on the behaviour of C. jejuni on the subsequent stress, taking into account strain variability and the influence of cell history. Some key steps of the slaughter process that generate hot and cold stress were mimicked in the laboratory. The influence of cell history on the inactivation of C. jejuni during the subsequent step of cold storage was hypothesized. The contamination level of Campy/obacter on chicken at the consumer's place was estimated and the results complied with the performance objective defined by the ICMSF. lt was also confirmed that cell history had an impact on the behaviour of C. jejuni. The molecular mechanisms underlying the cell history were investigated by RT-qPCR applied to 3 strains, with the aim of determining 11biomarker11 genes. The expression of these biomarkers could predict the subsequent behaviour of the pathogen. Using PLS regression, a predictive model was built for only one of the three strains of C. jejuni, resulting in the identification of 9 biomarker genes. The construction of a generalized model based on the quantification of biomarker gene expression, will require the exploration of new methodologies. This could pave…

Advisors/Committee Members: Guillou, Sandrine (thesis director), Membré, Jeanne-Marie (thesis director), Haddad, Nabila (thesis director).

Subjects/Keywords: Campylobacter jejuni; AQRM; RT-qPCR; Biomarqueur; Stress; Inactivation; Campylobacter jejuni; QMRA; RT-qPCR; Biomarker; Stress; Inactivation

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APA (6^th Edition):

Duqué, B. (2020). Quantification du niveau de contamination de Campylobacter jejuni dans la filière volaille - Influence de la variabilité des souches et de l'histoire cellulaire : Quantification of the contamination of Campylobacter jejuni in the poultry chain - Influence of strain variability and cell history. (Doctoral Dissertation). Nantes, Ecole nationale vétérinaire. Retrieved from http://www.theses.fr/2020ONIR137F

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Duqué, Benjamin. “Quantification du niveau de contamination de Campylobacter jejuni dans la filière volaille - Influence de la variabilité des souches et de l'histoire cellulaire : Quantification of the contamination of Campylobacter jejuni in the poultry chain - Influence of strain variability and cell history.” 2020. Doctoral Dissertation, Nantes, Ecole nationale vétérinaire. Accessed February 27, 2021. http://www.theses.fr/2020ONIR137F.

MLA Handbook (7^th Edition):

Duqué, Benjamin. “Quantification du niveau de contamination de Campylobacter jejuni dans la filière volaille - Influence de la variabilité des souches et de l'histoire cellulaire : Quantification of the contamination of Campylobacter jejuni in the poultry chain - Influence of strain variability and cell history.” 2020. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Duqué B. Quantification du niveau de contamination de Campylobacter jejuni dans la filière volaille - Influence de la variabilité des souches et de l'histoire cellulaire : Quantification of the contamination of Campylobacter jejuni in the poultry chain - Influence of strain variability and cell history. [Internet] [Doctoral dissertation]. Nantes, Ecole nationale vétérinaire; 2020. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.theses.fr/2020ONIR137F.

Council of Science Editors:

Duqué B. Quantification du niveau de contamination de Campylobacter jejuni dans la filière volaille - Influence de la variabilité des souches et de l'histoire cellulaire : Quantification of the contamination of Campylobacter jejuni in the poultry chain - Influence of strain variability and cell history. [Doctoral Dissertation]. Nantes, Ecole nationale vétérinaire; 2020. Available from: http://www.theses.fr/2020ONIR137F

Universidad de Extremadura

12. Bernáldez Rey, María Victoria. Desarrollo de métodos de RT-PCR en tiempo real para la cuantificación de mohos toxigénicos viables en alimentos .

Degree: 2017, Universidad de Extremadura

URL: http://hdl.handle.net/10662/5244

► Algunas especies de mohos pueden crecer y producir micotoxinas en alimentos como cereales y derivados cárnicos curado-madurados. Las más importantes debido a su toxicidad e… (more)

Subjects/Keywords: Mohos toxigénicos; RT-qPCR; Expresión génica; Toxigenic moulds; RT-q PCR; Gene expression

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APA (6^th Edition):

Bernáldez Rey, M. V. (2017). Desarrollo de métodos de RT-PCR en tiempo real para la cuantificación de mohos toxigénicos viables en alimentos . (Thesis). Universidad de Extremadura. Retrieved from http://hdl.handle.net/10662/5244

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Bernáldez Rey, María Victoria. “Desarrollo de métodos de RT-PCR en tiempo real para la cuantificación de mohos toxigénicos viables en alimentos .” 2017. Thesis, Universidad de Extremadura. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/10662/5244.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

MLA Handbook (7^th Edition):

Bernáldez Rey, María Victoria. “Desarrollo de métodos de RT-PCR en tiempo real para la cuantificación de mohos toxigénicos viables en alimentos .” 2017. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Bernáldez Rey MV. Desarrollo de métodos de RT-PCR en tiempo real para la cuantificación de mohos toxigénicos viables en alimentos . [Internet] [Thesis]. Universidad de Extremadura; 2017. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/10662/5244.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Bernáldez Rey MV. Desarrollo de métodos de RT-PCR en tiempo real para la cuantificación de mohos toxigénicos viables en alimentos . [Thesis]. Universidad de Extremadura; 2017. Available from: http://hdl.handle.net/10662/5244

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Universidade do Rio Grande do Sul

13. Pieta, Luiza. Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas.

Degree: 2013, Universidade do Rio Grande do Sul

URL: http://hdl.handle.net/10183/77673

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Dentre as oito espécies do gênero Listeria, a única transmitida por alimentos, patogênica para humanos, é a Listeria monocytogenes. De grande preocupação para a indústria… (more)

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Dentre as oito espécies do gênero Listeria, a única transmitida por alimentos, patogênica para humanos, é a Listeria monocytogenes. De grande preocupação para a indústria alimentícia, este microrganismo pode ser encontrado em diversas superfícies de plantas processadoras de alimentos, sendo capaz de se aderir e formar persistentes biofilmes. No presente trabalho, foi estudada a influência da concentração de glicose e do tempo de incubação na formação de biofilme por uma cepa de L. monocytogenes, sorotipo 1/2a, cultivada em três diferentes temperaturas, 7°C, 25°C e 37°C, através de planejamento experimental utilizando a Metodologia de Superfície de Resposta. As duas variáveis testadas, para os intervalos estudados, foram significativas (p<0,05) na formação de biofilme somente na temperatura de 37°C e, tanto concentrações de glicose tendendo a zero combinadas com tempos de incubação próximos a 26 h, como maiores concentrações de glicose combinadas com menores tempos de incubação, dentro da faixa de estudo aplicada, representaram boas condições para a formação de biofilme. Foi também realizada a análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em duas cepas de L. monocytogenes, sorotipos 1/2a e 4b, cultivadas a 7°C e 37°C (condição controle), pela técnica de PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR). Para ambas as cepas, os genes sigB, prfA, luxS, sufS, sufU, ltrC e flaA apresentaram transcrição significativamente aumentada (p<0,05) a 7°C, em comparação aos resultados para a condição de cultivo a 37°C, enquanto que o gene hly não variou significativamente a sua transcrição entre as duas temperaturas. O gene actA foi mais transcrito a 7°C para a cepa denominada 55, do sorotipo 1/2a, enquanto que não variou significativamente a sua transcrição entre as duas condições de crescimento para a cepa denominada 47, do sorotipo 4b. No entanto, para a cepa 55, o gene degU não demonstrou diferença estatisticamente significativa entre seus níveis de transcrição nas duas temperaturas estudadas, mas para a cepa 47, apresentou transcrição significativamente aumentada a 7°C. Interessantemente, a presença do gene agrA não foi detectada na cepa 47, e os seus níveis de transcrição foram menores a 7°C para a cepa 55. Estes resultados demonstram que os dois sorotipos estudados, responsáveis por muitos dos casos humanos de listeriose, apresentam mecanismos moleculares diferentes, nas temperaturas de 7°C e 37°C.

Among the eight species of genus Listeria, the only transmitted by food, pathogenic for humans, is Listeria monocytogenes. Of great concern to the food industry, this microorganism can be found in various areas of food processing plants, being able to adhere and form persistent biofilms. In the present work, the influence of glucose concentration and incubation time on biofilm formation by a strain of L. monocytogenes, serotype 1/2a, grown in three different temperatures, 7°C, 25°C and 37°C, have been studied, through an experimental design using the Response Surface Methodology. The two variables…

Advisors/Committee Members: Frazzon, Jeverson.

Subjects/Keywords: Listeria monocytogenes; Biofilme; Biofilm formation; Listeria monocytogenes; Virulence; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Pieta, L. (2013). Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/77673

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Pieta, Luiza. “Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas.” 2013. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/10183/77673.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Pieta, Luiza. “Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas.” 2013. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Pieta L. Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/10183/77673.

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Council of Science Editors:

Pieta L. Análise transcricional de genes relacionados à formação de biofilme e virulência em cepas de Listerua Monocytogenes cultivadas em diferentes temperaturas. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10183/77673

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14. Souza, Marina de Assis. Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica .

Degree: 2014, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685

► O modelo clássico de susceptibilidade e resistência à leishmaniose sugere que a expansão de células Th1 ou Th2 direcione o resultado da infecção. Recentemente, o… (more)

▼ O modelo clássico de susceptibilidade e resistência à leishmaniose sugere que a expansão de células Th1 ou Th2 direcione o resultado da infecção. Recentemente, o perfil Th17 foi relacionado à doença e parece ser antagônico às células T regulatórias (Treg). Assim, este estudo teve como objetivo quantificar, por ELISA de captura ou qPCR, alguns mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg (IFN-γ, TNF-α, IL-10, IL-4, TGF-β, IL-6, IL-17, IL-22, RORC, Foxp3 e iNOS) em pacientes com leishmaniose tegumentar americana (LTA) ativa (AD) e após a cura clínica, tratados (AT) ou não (cura espontânea; SH). Os pacientes foram capazes de apresentar resposta imunológica específica frente aos antígenos solúvel (AgSol) e insolúvel (AgIns) de L. (V.) braziliensis em relação ao grupo controle. O primeiro artigo demonstrou que, em resposta ao AgSol, houve a predominância de IFN-γ (P = 0,0061) e TNF-α (P = 0,008) durante a doença ativa, indicando a presença de uma resposta inflamatória; IL-17 também é evidenciada nesse estado clínico (P = 0,04). Um aumento na secreção de NO foi observado em SH (P = 0,023), enquanto que IL-17 foi observada em baixos níveis nesses pacientes, sugerindo que esta parece ser regulada pelo NO. A presença de IL-10 e IL-22 foi observada em todos os grupos (P > 0,05). No segundo artigo, o AgIns estimulou produção significativa de IFN- γ em todos os grupos (P < 0,05). AD (P = 0,007) e AT (P = 0,003) produziram TNF-α. Em contrapartida, o grupo SH apresentou baixos níveis da citocina. De forma interessante, a secreção de NO foi significativa nesses indivíduos (P = 0,04), enquanto que IL-17 foi observada em baixos níveis. Produção significativa de IL-17 foi observada no grupo AT (P = 0,04). Embora IL-22 tenha sido detectada em AD (P = 0,02), seu papel é questionável. A presença de IL-10 em todos os grupos de pacientes sugere que a citocina desempenhe diferentes papéis na doença (P > 0,05). No terceiro artigo, PBMC de pacientes com lesões ativas expressaram mRNA para IFN-γ (AgSol: P = 0,017; AgIns: P = 0,0004) e TNF-α (AgSol: 0,0306; AgIns: P = 0,027), reforçando a possível presença de uma resposta inflamatória. A ausência de mRNA para a iNOS nesses pacientes pode ser devido à presença de NO secretado, representando um mecanismo de compensação. Este evento pode ajudar a evitar a exacerbação da resposta imune. Além disso, a presença significativa de mRNA para IL-10 (AgSol: P = 0,0119; AgIns: P = 0,0114) sugere que mecanismos imunomodulatórios favoreçam uma resposta imune efetiva contra a Leishmania. A expressão de Foxp3 frente ao AgIns (P = 0,0208) indica que células T regulatórias estejam presentes na resposta de pacientes com lesões ativas. Embora IL-17 e IL-22 pareçam ser importantes na resposta imune efetiva na LTA, Os níveis de mRNA para estas citocinas não foram significativos (P > 0,05).Entretanto, os níveis de IL-6 expressos pelos pacientes (AgSol: P = 0,0189) com doença ativa parecem ter sido insuficientes para induzir um perfil Th17 juntamente com TGF-β (P > 0,05), dada a expressão não significativa de RORC (P >… Advisors/Committee Members: Pereira, Valéria Rêgo Alves (advisor).

Subjects/Keywords: Leishmaniose tegumentar americana; resposta imune celular; ELISA; RT-qPCR

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Souza, M. d. A. (2014). Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Souza, Marina de Assis. “Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica .” 2014. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed February 27, 2021. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Souza, Marina de Assis. “Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica .” 2014. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Souza MdA. Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2014. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685.

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Council of Science Editors:

Souza MdA. Quantificação de mediadores dos perfis Th1, Th2, Th17 e Treg na resposta imune contra Leishmaniose Tegumentar Americana ativa e após cura clínica . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2014. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12685

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15. Porto Carneiro Leão, Mariele. Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum .

Degree: 2011, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714

► Metarhizium anisopliae é um patógeno de insetos economicamente importante usado em todo o mundo no controle biológico de insetos-praga. Porém, sua utlização é limitada devido… (more)

Subjects/Keywords: Controle biológico; Fungo entomopatogênico; Genes de patogenicidade; RT-qPCR

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Porto Carneiro Leão, M. (2011). Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Porto Carneiro Leão, Mariele. “Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum .” 2011. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed February 27, 2021. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Porto Carneiro Leão, Mariele. “Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum .” 2011. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Porto Carneiro Leão M. Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714.

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Porto Carneiro Leão M. Expressão diferencial de genes envolvidos na virulência durante a germinação, conidiogenese e patogênese em Metarhizium anisoplae var. anisoplae e Metarhizium anisoplae var. acridum . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2011. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/714

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16. ALMEIDA, Erik Amazonas de. Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus .

Degree: 2012, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223

► A avicultura brasileira gera grandes divisas para o país e fornece alimento a baixo custo para a população. Entretanto, os problemas sanitários que acometem a… (more)

▼ A avicultura brasileira gera grandes divisas para o país e fornece alimento a baixo custo para a população. Entretanto, os problemas sanitários que acometem a indústria avícola afetam todo o sistema produtivo, podendo acarretar perdas no mercado mundial ou elevação dos preços do produto final. Dentre as enfermidades mais frequentes na avicultura mundial e brasileira está a coccidiose, causada por diferentes espécies de protozoários do gênero Eimeria spp., sendo E. maxima, E. acervulina e E. tenella os agentes causadores mais comuns. Este estudo avaliou a expressão gênica em resposta à infecção por E. tenella no baço de três linhagens de galinhas: uma selecionada para altas taxas de crescimento e desenvolvimento muscular (TT), outra selecionada para altas taxas de fertilidade e postura de ovos (CC), e uma terceira linhagem não selecionada geneticamente (CCc), um controle genético de CC. As duas linhagens selecionadas (TT e CC) apresentaram, em estudo anterior, diferenças na resistência/susceptibilidade à coccidiose. As aves foram inoculadas com E. tenella e seus tecidos foram colhidos aos dias 0 (pré-infecção), 2, 6 e 9 pós-infecção. O perfil de expressão gênica no baço das aves foi avaliado por meio de microarranjos de DNA contendo 13.000 pontos de genes impressos, oriundos de tecido linfóide de aves. RT-PCR quantitativo em tempo real foi realizado para avaliar o perfil de expressão de NK-lisina uma citocina produzida por linfócitos T e células natural killer, e responsável pelo recrutamento e ativação de outras citocinas e células de defesa. O estudo de microarranjos revelou importantes conjuntos de genes diferencialmente expressos entre as linhagens. Aves da linhagem mais resistente CC apresentaram um padrão de expressão de genes que codificam imunoglobulinas e citocinas maior do que os animais TT. Dentre esses genes, encontram-se galinacina, uma β-defensina de aves, e IRF-10. Ambas atuam no combate a patógenos intracelulares. Já a linhagem TT apresentou maior expressão de IL1-F5, uma citocina antagônica de IL-1, que atua inibindo NF-κB, um fator importante na diferenciação de linfócitos e estímulo de IRF10 e IFN-γ. Entre as linhagens que compartilham uma maior proximidade genética, CC e CCc, as diferenças foram quantitativa e qualitativamente mais sutis. Consistente com esse padrão, os níveis de expressão de NK-lisina foram maiores na linhagem CC durante o período pré-infecção. Já no segundo dia após a infecção, TT mostrou uma expressão muito superior a CC e CCc, possivelmente devido à sua inabilidade em prontamente combater a doença. Ao avançar da infecção, a expressão gênica foi homogênea entre as linhagens. É possível que a seleção genética para características de postura possa ter favorecido a expressão basal de genes envolvidos com defesa celular, promovendo maior condição de resistência a doenças aos animais Advisors/Committee Members: GIL, Laura Helena Vega Gonzales (advisor).

Subjects/Keywords: Coccidiose; Expressão gênica; Galinha; Microarranjo; RT-qPCR; Resistência a doenças

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ALMEIDA, E. A. d. (2012). Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

ALMEIDA, Erik Amazonas de. “Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus .” 2012. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed February 27, 2021. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223.

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MLA Handbook (7^th Edition):

ALMEIDA, Erik Amazonas de. “Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus .” 2012. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

ALMEIDA EAd. Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2012. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223.

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Council of Science Editors:

ALMEIDA EAd. Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2012. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6223

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17. Smith-Peter, Erich. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.

Degree: M. Sc., Biologie, 2015, Université de Sherbrooke

URL: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf

► Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes… (more)

▼ Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes pour réguler l’expression génique et par conséquent, les diverses voies métaboliques nécessaires aux différentes conditions environnementales auxquelles ils sont confrontés. On sait maintenant que certains ARN, dont les riborégulateurs, ont également un grand rôle à jouer dans les processus de régulation de l’expression du génome. En général, les riborégulateurs sont des éléments génétiques situés dans les régions 5’ non traduites (5’ UTR) de l’ARN messager bactérien. Ces éléments possèdent une structure tertiaire bien définie qui est conservée à travers l'évolution. Les riborégulateurs subissent un changement de conformation en s’associant à un ligand spécifique et modulent l’expression des gènes qu’ils contrôlent en aval. Le rôle des riborégulateurs en relation avec le métabolisme des eubactéries peut être d’une grande importance. C’est le cas de Clostridium difficile qui voit son génome régulé par au moins une quarantaine de riborégulateurs. Étant un pathogène nosocomial, causant des infections contractées dans le milieu hospitalier, bien connu pour engendrer des complications au niveau de l’intestin, il est intéressant d’étudier la relation gène-riborégulateur-métabolisme chez C. difficile. De plus, les riborégulateurs ont montré un potentiel intéressant comme cible antibiotique pour combattre certaines infections. C. difficile possède quatre riborégulateurs guanine transcriptionnels qui contrôlent quatre gènes intervenant dans la voie de biosynthèse de la guanosine monophosphate (GMP). Deux de ces gènes interviennent directement dans la voie de synthèse du GMP soit une guanosine-monophosphate synthase (guaA) et une xanthine phosphoribosyltransférase (XPRTase) (xpt) ainsi que deux transporteurs de précurseur nommés CD630_21070 codant pour une perméase uracile/xanthine et CD630_ 27040 une perméase putative. Bien que quelques études ont démontré l’importance que pourrait avoir le gène guaA chez d’autres espèces bactériennes (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Streptococcus suis et, Salmonella thyphimurium), aucune étude de C. difficile n'a élucidé la relation entre les quatre riborégulateurs guanine et les gènes qu’ils contrôlent, de même que leur rôle au sein du métabolisme du GMP dans un contexte in vivo. Le présent mémoire porte sur l’étude de ces quatre riborégulateurs guanine chez C. difficile, les gènes régulés par ces riborégulateurs et leurs effets sur la biologie de C. difficile. Une fois que les recherches bio-informatiques ont été entreprises, le projet s’est divisé en deux grandes parties soit l’efficacité de régulation des riborégulateurs guanine et l’importance des quatre gènes qui sont sous le contrôle de ces riborégulateurs chez C. difficile 630. Afin de vérifier si les riborégulateurs guanine avaient une affinité acceptable pour leur ligand (guanine), des essais de… Advisors/Committee Members: Fortier, Louis-Charles, Lafontaine, Daniel.

Subjects/Keywords: Clostridium difficile; Riborégulateur; GMP synthase; guaA; Guanine; ARN; Clostron; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Smith-Peter, E. (2015). Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. (Masters Thesis). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.” 2015. Masters Thesis, Université de Sherbrooke. Accessed February 27, 2021. http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf.

MLA Handbook (7^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.” 2015. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. [Internet] [Masters thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf.

Council of Science Editors:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. [Masters Thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. Available from: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_7717.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/7717/5/Smith_Peter_Erich_MSc_2015.pdf

18. Martins, Maria de Fátima Tomé. Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença.

Degree: 2010, Instituto Politécnico de Bragança

URL: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817

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Uma característica notável da interacção entre plantas e microrganismos patogénios de espécies de Phytophthora é a produção de proteínas inibidoras de glucanases (GIP) relacionadas com… (more)

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Uma característica notável da interacção entre plantas e microrganismos patogénios de espécies de Phytophthora é a produção de proteínas inibidoras de glucanases (GIP) relacionadas com a doença da Tinta do castanheiro. Dada a grande importância do castanheiro (Castanea sativa Mill) ao nível da economia e ecologia na região do Nordeste Transmontano, tornou-se necessário melhorar o conhecimento sobre os mecanismos de infecção de Phytophthora cinnamomi Rands, através do estudo da proteína GIP como mecanismo de resposta a proteínas hidrolíticas, endo-β-1,3-glucanases por parte da planta. Este estudo, teve como objectivo clonar o gene gip e avaliar a expressão por gel de SDS-PAGE em diferentes tempos de indução e determinar em qual dos substratos naturais utilizados existe maior expressão por RT-qPCR. Paralelamente foram efectuados biotestes com plantas Castanea sativa Mill e com Phytophthora cinnamomi de modo a estudar a capacidade antimicrobiana de óleos essenciais extraídos de Mentha pulegium L. Os resultados deste estudo revelaram que a clonagem foi bem sucedida após a visualização em gel de agarose 0.8 % (v/v) de uma banda de 5369pb e outra de 940pb corresponde ao vector pET-28a(+) e á ORF do gene gip. A expressão da proteína verificou-se às 8 horas de indução pela presença de uma banda 31kDa observada por gel SDS-PAGE. A análise da expressão por RT-qPCR indicou que a expressão do gene gip é maior quando o patogénio cresce na presença de serrim 0.2 % (p/v) como substrato indutor. Os ensaios com óleos essenciais extraídos de Mentha pulegium L revelaram que a P. cinnamomi é inibida a uma concentração de 80 % (v/v), na qual a planta se mantem viavel e a sua sobrevivencia não é afectada. Desta forma o uso deste produto natural como agente activo é de grande importância, especialmente nas regiões que têm soutos como recursos naturais, de grande valor económico, podendo vir a ser uma alternativa ao controlo de P. cinnamomi.

A remarkable characteristic of the interaction between plants and pathogen microorganisms of Phytophthora species is the production of inhibitory proteins of glucanases (GIP) related with the chestnut ink disease. Due to the great importance of the chestnut (Castanea sativa Mill) at economical and ecological levels in the Nordeste Transmontano region, became necessary to improve the knowledge about the infection mechanisms of Phytophthora cinnamomi Rands, through the study of GIP proteins, as a response mechanism to hydrolytic proteins, endo-β-1,3-glucanases, by the plant. In the present study was intended to clone the gene gip and to evaluate the expression by SDS-PAGE gel in different induction times and to determine in which natural substrates used there is a higher expression for RT-qPCR. At the same time were carried out bioassays with Castanea sativa Mill plants and Phytophthora cinnamomi in order to study the antimicrobial activity of the essential oils extracted from Mentha pulegium L. The results obtained revealed that the cloning was well succeeded after the visualization in a agarose 0.8 %…

Advisors/Committee Members: Choupina, Altino, Sousa, Maria João.

Subjects/Keywords: Castanheiro; Phytophthora cinnamomi Rands; GIP; RT-qPCR; SDS-PAGE; Plasmídios

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APA (6^th Edition):

Martins, M. d. F. T. (2010). Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença. (Thesis). Instituto Politécnico de Bragança. Retrieved from https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Martins, Maria de Fátima Tomé. “Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença.” 2010. Thesis, Instituto Politécnico de Bragança. Accessed February 27, 2021. https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

MLA Handbook (7^th Edition):

Martins, Maria de Fátima Tomé. “Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença.” 2010. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Martins MdFT. Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença. [Internet] [Thesis]. Instituto Politécnico de Bragança; 2010. [cited 2021 Feb 27]. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Martins MdFT. Caracterização do gene gip de Phytophthora cinnamomi Rands associado à doença da Tinta do castanheiro e pesquisa de novos fitofármacos no controlo da doença. [Thesis]. Instituto Politécnico de Bragança; 2010. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:bibliotecadigital.ipb.pt:10198/5817

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University of Guelph

19. Davis, Bailey Helena. Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters.

Degree: MS, School of Environmental Sciences, 2013, University of Guelph

URL: https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253

► As part of a larger quantitative microbial risk assessment (QMRA) study, the raw water intakes of 8 different drinking water treatment plants in Ontario were… (more)

Subjects/Keywords: Human rotavirus; RT-qPCR; Source water characterization; QMRA

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APA (6^th Edition):

Davis, B. H. (2013). Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters. (Masters Thesis). University of Guelph. Retrieved from https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Davis, Bailey Helena. “Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters.” 2013. Masters Thesis, University of Guelph. Accessed February 27, 2021. https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253.

MLA Handbook (7^th Edition):

Davis, Bailey Helena. “Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters.” 2013. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Davis BH. Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters. [Internet] [Masters thesis]. University of Guelph; 2013. [cited 2021 Feb 27]. Available from: https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253.

Council of Science Editors:

Davis BH. Detection of Human Rotavirus in Southern Ontario Source Waters. [Masters Thesis]. University of Guelph; 2013. Available from: https://atrium.lib.uoguelph.ca/xmlui/handle/10214/5253

20. Dantas, Ana Filipa Fernandes. Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1).

Degree: 2017, RCAAP

URL: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185

►

Dissertação para obtenção do grau de mestre na Escola Superior de Saúde Egas Moniz

A extensão mundial de doenças infeciosas que provocam morbilidade e mortalidade… (more)

Subjects/Keywords: Influenza A; Pandemia; A(H1N1)pdm09; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Dantas, A. F. F. (2017). Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1). (Thesis). RCAAP. Retrieved from https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Dantas, Ana Filipa Fernandes. “Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1).” 2017. Thesis, RCAAP. Accessed February 27, 2021. https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Dantas, Ana Filipa Fernandes. “Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1).” 2017. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Dantas AFF. Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1). [Internet] [Thesis]. RCAAP; 2017. [cited 2021 Feb 27]. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185.

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Council of Science Editors:

Dantas AFF. Infeções respiratórias por vírus influenza na Região Autónoma da Madeira : diagnóstico e epidemiologia da infeção por vírus pandémico 2009 Influenza A (H1N1). [Thesis]. RCAAP; 2017. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:comum.rcaap.pt:10400.26/20185

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21. Abdalla, Ligia Fernandes. Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico.

Degree: 2018, Universidade Federal do Amazonas

URL: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727

►

O Zika virus (ZIKV) é um arbovírus emergente da família Flaviviridae e do gênero Flavivirus, que até 2007 estava restrito a alguns casos de doença… (more)

▼

O Zika virus (ZIKV) é um arbovírus emergente da família Flaviviridae e do gênero Flavivirus, que até 2007 estava restrito a alguns casos de doença leve na África e na Ásia. No Brasil, suspeita-se que a entrada do vírus tenha se dado durante a Copa das Confederações de 2013 e no primeiro semestre de 2015, já havia casos confirmados em estados de todas as regiões do país. A epidemia brasileira revelou que a infecção geralmente leve e autolimitada poderia estar relacionada à distúrbios neurológicos. Os objetivos deste trabalho era esclarecer inúmeros questionamentos existentes em relação à infecção pelo ZIKV, visando contribuir com uma melhor compreensão dos mecanismos envolvidos na imunopatogênese e curso da doença. Como resultados, descreveu-se o primeiro relato de fibrilação atrial em pacientes com Zika, podendo ser considerado uma manifestação atípica durante a infecção pelo vírus; observou-se elevação de citocinas pró-inflamatórias durante a infecção ZIKV; identificou-se a quimiocina CXCL10 como um biomarcador potencial de infecção; caracterizou-se a saliva como fluído de escolha para o detecção do vírus Zika na fase aguda da doença e, montouse um modelo de regressão logística para a classificação de casos de zika em relação à dengue, com base na avaliação clínica.

Zika virus (ZIKV) is an emergent arbovirus of the family Flaviviridae and the genus Flavivirus, which until 2007 was restricted to some cases of mild disease in Africa and Asia. In Brazil, it`s suspected that the entry of the virus occurred during the 2013 Confederations Cup and in the first half of 2015, there were already confirmed cases in states in all regions of the country. The Brazilian epidemic revealed that the usually mild and self-limiting infection could be related to neurological disorders. The objectives of this study were to clarify numerous questions regarding ZIKV infection, aiming to contribute to a better understanding of the mechanisms involved in the immunopathogenesis and course of the disease. As a result, the first report of atrial fibrillation in patients with Zika was described and could be considered an atypical manifestation during the virus infection; elevation of proinflammatory cytokines during ZIKV infection was observed; CXCL10 chemokine was identified as a potential biomarker for infection; saliva was characterized as the fluid of choice for the detection of Zika virus in the acute phase of the disease and a logistic regression model for the classification of cases of zika in relation to dengue was set up based on the clinical evaluation.

Advisors/Committee Members: Naveca, Felipe Gomes, 07512955740, http://lattes.cnpq.br/3396741165569463, Lopes, Antônio Luiz Ribeiro Boechat, 41779320272, http://lattes.cnpq.br/3558832059770794, Naveca, Felipe Gomes, 07512955740, http://lattes.cnpq.br/3396741165569463, Sadahiro, Aya, http://lattes.cnpq.br/8658798733544812, Mariúba, Luís André Morais, http://lattes.cnpq.br/4784959431673419, Sampaio, Vanderson de Souza, http://lattes.cnpq.br/0039836167659650, Pontes, Gemilson Soares, http://lattes.cnpq.br/9081671233815990, [email protected].

Subjects/Keywords: Zika virus; RT-qPCR; CXCL10; Saliva; Fibrilação; Atrial Clínica; CIÊNCIAS BIOLÓGICAS

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APA (6^th Edition):

Abdalla, L. F. (2018). Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Amazonas. Retrieved from https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Abdalla, Ligia Fernandes. “Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico.” 2018. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Amazonas. Accessed February 27, 2021. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727.

MLA Handbook (7^th Edition):

Abdalla, Ligia Fernandes. “Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico.” 2018. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Abdalla LF. Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2018. [cited 2021 Feb 27]. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727.

Council of Science Editors:

Abdalla LF. Infecção pelo vírus Zika em uma população da Amazônia Ocidental Brasileira: estudo da resposta imune, características clínicas e de diagnóstico. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2018. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6727

Universitat Autònoma de Barcelona

22. Timoneda i Heredia, Oriol. Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina.

Degree: Departament de Ciència Animal i dels Aliments, 2013, Universitat Autònoma de Barcelona

URL: http://hdl.handle.net/10803/120211

► The discovery of microRNAs (miRNAs) as novel gene expression regulators has opened a new field in the study of the roles of these small RNAs,… (more)

▼ The discovery of microRNAs (miRNAs) as novel gene expression regulators has opened a new field in the study of the roles of these small RNAs, as well as on describing in what processes they act and how they regulate gene expression. The emergence of next generation sequencing methods has allowed the description and study of miRNA expression profiles in different situations, in order to observe its involvement in biological processes, both physiological and pathological. This thesis illustrates, through two different approaches, the use of these techniques for the description, discovery and study of miRNA profiles in the porcine species. The first part of the study was designed with the aim of increasing the number of described miRNAs in pigs. The approaches used for the determination of novel miRNAs were, first of all, the expression profiling of miRNAs in the swine kidney, including the orthologous ones and, second, using a pipeline for the discovery and validation of new porcine miRNAs. Another motivation of this work was to study the possible changes in the kidney miRNAs expression patterns among pig breeds from different origins, from European to Asian breeds, including European breeds with Asian influences. In this sense, differentially expressed miRNAs have been described and their functional roles have been studied. In the second part of the study, an experimental infection with Aujeszky's disease virus (ADV), also known as suid herpesvirus type 1 (SHV-1), was carried out, using a virulent strain (NIA-3) and a vaccine strain (Begonia). Two different approaches were conducted: an in vitro approach using PK-15 cell lines, derived from pig kidney, and an in vivo approach using the olfactory bulb and trigeminal ganglia as target tissues. With the aim of studying the role of both host and viral miRNAs in host – pathogen interactions during SHV-1 infection, miRNAs expression profiles have been described and their expression differences evaluated, not only between infected and mock-infected groups, but also between strains and between the two performed approaches. New viral miRNAs have been described and their expression during the infection has been confirmed. Finally, a network of interactions between viral miRNAs, host differentially expressed miRNAs and SHV-1 encoded genes was developed using in silico functional studies. Given the importance of RT-qPCR method for validating the expression of miRNAs, we also performed an additional study to assess the expression stability of some miRNAs to be used as reference genes in relative quantification studies of RT-qPCR data, which they have not been widely used for this purpose. Advisors/Committee Members: [email protected] (authoremail), true (authoremailshow), Sánchez Bonastre, Armando (director), true (authorsendemail).

Subjects/Keywords: Microrna; Seqüenciació massiva; RT-qPCR; Ciències de la Salut; 575

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APA (6^th Edition):

Timoneda i Heredia, O. (2013). Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina. (Thesis). Universitat Autònoma de Barcelona. Retrieved from http://hdl.handle.net/10803/120211

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Timoneda i Heredia, Oriol. “Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina.” 2013. Thesis, Universitat Autònoma de Barcelona. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/10803/120211.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Timoneda i Heredia, Oriol. “Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina.” 2013. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Timoneda i Heredia O. Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina. [Internet] [Thesis]. Universitat Autònoma de Barcelona; 2013. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/10803/120211.

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Council of Science Editors:

Timoneda i Heredia O. Caracterització de microRNAs d’interès en l’espècie porcina. [Thesis]. Universitat Autònoma de Barcelona; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10803/120211

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University of California – San Francisco

23. Ealba, Erin Lynn. Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length.

Degree: Oral and Craniofacial Sciences, 2013, University of California – San Francisco

URL: http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c

► Mesenchymal Regulation of Jaw Bone LengthErin Lynn EalbaWith the goal of devising new therapies for skeletal diseases, injuries, and birth defects, there is keen interest… (more)

Subjects/Keywords: Dentistry; Developmental biology; Bone Resorption; Jaw Length; Neural Crest; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Ealba, E. L. (2013). Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length. (Thesis). University of California – San Francisco. Retrieved from http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Ealba, Erin Lynn. “Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length.” 2013. Thesis, University of California – San Francisco. Accessed February 27, 2021. http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Ealba, Erin Lynn. “Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length.” 2013. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Ealba EL. Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length. [Internet] [Thesis]. University of California – San Francisco; 2013. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Ealba EL. Mesenchymal Regulation of Jaw Bone Length. [Thesis]. University of California – San Francisco; 2013. Available from: http://www.escholarship.org/uc/item/7v56n70c

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University of Connecticut

24. Zappulla, Frank. Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine.

Degree: MS, Pathobiology, 2014, University of Connecticut

URL: https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672

► Foot-and-mouth disease virus (FMDV) gives rise to a highly contagious and economically important disease of cloven-hooved animals. Vaccination reduces the economic impact by inducing… (more)

Subjects/Keywords: FMDV; FMD; Vaccine; Gene Expression; microarray; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Zappulla, F. (2014). Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine. (Masters Thesis). University of Connecticut. Retrieved from https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Zappulla, Frank. “Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine.” 2014. Masters Thesis, University of Connecticut. Accessed February 27, 2021. https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672.

MLA Handbook (7^th Edition):

Zappulla, Frank. “Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine.” 2014. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Zappulla F. Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine. [Internet] [Masters thesis]. University of Connecticut; 2014. [cited 2021 Feb 27]. Available from: https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672.

Council of Science Editors:

Zappulla F. Gene Expression Analysis of Bovine Peripheral Blood Mononuclear Cells in Response to Adenovirus-Vectored Foot-and-Mouth Disease Vaccine. [Masters Thesis]. University of Connecticut; 2014. Available from: https://opencommons.uconn.edu/gs_theses/672

Université de Sherbrooke

25. Smith-Peter, Erich. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.

Degree: 2015, Université de Sherbrooke

URL: http://hdl.handle.net/11143/7717

► Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes… (more)

▼ Les organismes unicellulaires sont très vulnérables aux changements rapides de leur environnement puisqu’ils sont en contact direct avec celui-ci. Les organismes unicellulaires utilisent plusieurs stratagèmes pour réguler l’expression génique et par conséquent, les diverses voies métaboliques nécessaires aux différentes conditions environnementales auxquelles ils sont confrontés. On sait maintenant que certains ARN, dont les riborégulateurs, ont également un grand rôle à jouer dans les processus de régulation de l’expression du génome. En général, les riborégulateurs sont des éléments génétiques situés dans les régions 5’ non traduites (5’ UTR) de l’ARN messager bactérien. Ces éléments possèdent une structure tertiaire bien définie qui est conservée à travers l'évolution. Les riborégulateurs subissent un changement de conformation en s’associant à un ligand spécifique et modulent l’expression des gènes qu’ils contrôlent en aval. Le rôle des riborégulateurs en relation avec le métabolisme des eubactéries peut être d’une grande importance. C’est le cas de Clostridium difficile qui voit son génome régulé par au moins une quarantaine de riborégulateurs. Étant un pathogène nosocomial, causant des infections contractées dans le milieu hospitalier, bien connu pour engendrer des complications au niveau de l’intestin, il est intéressant d’étudier la relation gène-riborégulateur-métabolisme chez C. difficile. De plus, les riborégulateurs ont montré un potentiel intéressant comme cible antibiotique pour combattre certaines infections. C. difficile possède quatre riborégulateurs guanine transcriptionnels qui contrôlent quatre gènes intervenant dans la voie de biosynthèse de la guanosine monophosphate (GMP). Deux de ces gènes interviennent directement dans la voie de synthèse du GMP soit une guanosine-monophosphate synthase (guaA) et une xanthine phosphoribosyltransférase (XPRTase) (xpt) ainsi que deux transporteurs de précurseur nommés CD630_21070 codant pour une perméase uracile/xanthine et CD630_ 27040 une perméase putative. Bien que quelques études ont démontré l’importance que pourrait avoir le gène guaA chez d’autres espèces bactériennes (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Streptococcus suis et, Salmonella thyphimurium), aucune étude de C. difficile n'a élucidé la relation entre les quatre riborégulateurs guanine et les gènes qu’ils contrôlent, de même que leur rôle au sein du métabolisme du GMP dans un contexte in vivo. Le présent mémoire porte sur l’étude de ces quatre riborégulateurs guanine chez C. difficile, les gènes régulés par ces riborégulateurs et leurs effets sur la biologie de C. difficile. Une fois que les recherches bio-informatiques ont été entreprises, le projet s’est divisé en deux grandes parties soit l’efficacité de régulation des riborégulateurs guanine et l’importance des quatre gènes qui sont sous le contrôle de ces riborégulateurs chez C. difficile 630. Afin de vérifier si les riborégulateurs guanine avaient une affinité acceptable pour leur ligand (guanine), des essais de… Advisors/Committee Members: Fortier, Louis-Charles (advisor), Lafontaine, Daniel (advisor).

Subjects/Keywords: Clostridium difficile; Riborégulateur; GMP synthase; guaA; Guanine; ARN; Clostron; RT-qPCR

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APA (6^th Edition):

Smith-Peter, E. (2015). Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. (Masters Thesis). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/7717

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.” 2015. Masters Thesis, Université de Sherbrooke. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/11143/7717.

MLA Handbook (7^th Edition):

Smith-Peter, Erich. “Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630.” 2015. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. [Internet] [Masters thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/7717.

Council of Science Editors:

Smith-Peter E. Étude des riborégulateurs guanine et de l'impact des gènes qu'ils régulent sur la biologie de Clostridium difficile 630. [Masters Thesis]. Université de Sherbrooke; 2015. Available from: http://hdl.handle.net/11143/7717

Virginia Tech

26. Ernst, Marigold Ellen Bethany. Characterization, toxicity, and biological activities of organometallic compounds and peptide nucleic acids for potential use as antimicrobials.

Degree: PhD, Biomedical and Veterinary Sciences, 2019, Virginia Tech

URL: http://hdl.handle.net/10919/100634

► Bacterial antibiotic resistance is a globally recognized problem that has prompted extensive research into novel antimicrobial compounds. This dissertation describes research focusing on two types… (more)

▼ Bacterial antibiotic resistance is a globally recognized problem that has prompted extensive research into novel antimicrobial compounds. This dissertation describes research focusing on two types of potential antimicrobial molecules, organometallic compounds (OMC) and peptide nucleic acids (PNA). Organometallic compounds show promise as antimicrobial drugs because of their structural difference from conventional antibiotics and antimicrobials, and because of the ability to "tune" their chemical and biological properties by varying ligand attachments. Peptide nucleic acids, when linked to a cell-penetrating peptide (CPP), can suppress bacterial gene expression by an antisense mechanism and are attractive candidates for antimicrobial drugs because they bind strongly to target nucleic acids and are resistant to nucleases. Chapters 1 and 2 of the dissertation provide an introduction and broad literature review to frame the experimental questions addressed. Chapter 3 describes work to test the cytotoxicity and cellular penetration capabilities of novel OMCs by evaluating their effects on J774A.1 murine macrophage-like cells that were either uninfected or were infected with Mycobacterium bovis BCG. Results indicate that OMCs with an iridium (Ir) metal center and an amino acid ligand show minimal cytotoxicity against eukaryotic cells but likely do not penetrate the intracellular compartment in significant amounts. Chapter 4 presents research into in vitro effects of CPP-PNAs targeting the tetA and tetR antibiotic resistance genes (CPP-anti-tetA PNA and CPP-anti-tetR PNA, respectively) in tetracycline-resistant Salmonella enterica ssp. enterica serovar Typhimurium DT104 (DT104). Through the use of modified minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) assays it was shown that both the CPP-anti-tetA PNA and CPP-anti-tetR PNA increase tetracycline susceptibility in DT104. Chapter 5 explores the molecular mechanism of the CPP-anti-tetA PNA and CPP-anti-tetR PNA through the use of reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Results indicate good specificity of the CPP-anti-tetA PNA for its nucleic acid target as evidenced by suppression of tetA mRNA expression in DT104 cultures treated with a combination of tetracycline and the PNA. Chapter 6 describes the development of a mouse model of DT104 infection using BALB/c mice, followed by implementation of that model to test in vivo antimicrobial effects of the CPP-anti-tetA PNA and the CPP-Sal-tsf PNA, which targets expression of the essential tsf gene. An optimal dose of DT104 was identified that causes clinical illness within 2-4 days. At the doses tested, concurrent treatment of infected mice with tetracycline and the CPP-anti-tetA PNA or with the CPP-Sal-tsf PNA alone did not have a protective effect. Final conclusions are 1) that further research with the OMCs should focus on compounds with an Ir center and an amino acid ligand, and should explore ways to enhance intracellular penetration, 2) that the in vitro… Advisors/Committee Members: Merola, Joseph S. (committeechair), Sriranganathan, Nammalwar (committeechair), Ehrich, Marion F. (committee member), Boes, Katie Mae (committee member).

Subjects/Keywords: drug discovery; RT-qPCR; tetracycline; TetA efflux pump

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APA (6^th Edition):

Ernst, M. E. B. (2019). Characterization, toxicity, and biological activities of organometallic compounds and peptide nucleic acids for potential use as antimicrobials. (Doctoral Dissertation). Virginia Tech. Retrieved from http://hdl.handle.net/10919/100634

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Ernst, Marigold Ellen Bethany. “Characterization, toxicity, and biological activities of organometallic compounds and peptide nucleic acids for potential use as antimicrobials.” 2019. Doctoral Dissertation, Virginia Tech. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/10919/100634.

MLA Handbook (7^th Edition):

Ernst, Marigold Ellen Bethany. “Characterization, toxicity, and biological activities of organometallic compounds and peptide nucleic acids for potential use as antimicrobials.” 2019. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Ernst MEB. Characterization, toxicity, and biological activities of organometallic compounds and peptide nucleic acids for potential use as antimicrobials. [Internet] [Doctoral dissertation]. Virginia Tech; 2019. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/10919/100634.

Council of Science Editors:

Ernst MEB. Characterization, toxicity, and biological activities of organometallic compounds and peptide nucleic acids for potential use as antimicrobials. [Doctoral Dissertation]. Virginia Tech; 2019. Available from: http://hdl.handle.net/10919/100634

University of Illinois – Urbana-Champaign

27. Obenland, Olivia Augusta. Identification of chromosomes in hexaploid bread wheat (Triticum aestivum l.) Associated with natural or safener-induced tolerance to halauxifen-methyl.

Degree: MS, Crop Sciences, 2020, University of Illinois – Urbana-Champaign

URL: http://hdl.handle.net/2142/107928

► Wheat (Triticum aestivum L.) is one of the most widely cultivated crops globally, and like many other crops, herbicides are utilized for weed control in… (more)

▼ Wheat (Triticum aestivum L.) is one of the most widely cultivated crops globally, and like many other crops, herbicides are utilized for weed control in order to minimize yield loss. While several effective herbicides are labelled for wheat, the application rates and application time frames are often limited in order to avoid injury and yield loss. Synthetic auxin herbicides are generally applied prior to the jointing stage of wheat to avoid injury or reduced yields. Introducing a transgene to increase crop tolerance or extend the herbicide application time-frame is not a viable option due to concerns of pollen flow between wheat and a closely related weedy relative, jointed goatgrass (Aegilops cylindrica). An alternative to transgenes is the use of herbicide safeners, which are a group of chemicals that confer herbicide tolerance by inducing the expression and/or activity of herbicide-detoxifying enzymes, such as cytochrome P450-dependent monooxygenases (P450s), glutathione S-transferases (GSTs), and ATP-binding cassette (ABC) transport proteins. Safeners are easily integrated with herbicide application practices because they are typically mixed with the herbicide and utilized in post-emergence applications to wheat. While safeners have been prevalent in agriculture for decades, knowledge of how safeners induce the expression of these enzymes is still limited. Previous research indicated that genes encoding 12-oxophytodienoic acid reductases (OPRs) exhibited increased expression after treatments of the wheat safener, cloquintocet-mexyl (CM). There are two isoforms of these enzymes (OPRI and OPRII) but only OPRII isoforms participate in jasmonate (JA) biosynthesis, which are a class of oxidized lipids (oxylipins) that mediate plant responses to biotic and abiotic stresses. Based on these previous findings, my current hypothesis is that safeners utilize an oxylipin-mediated signaling pathway to induce the expression of genes encoding herbicide-detoxifying enzymes. Similarly, little is known about the herbicide-detoxifying enzymes that confer natural tolerance to synthetic auxin herbicides in wheat. Like other common monocot crop species, wheat displays a natural tolerance to synthetic auxin herbicides. While it is established P450s play a pivotal role in the natural tolerance of monocot species towards synthetic auxin herbicides, a specific P450 associated with synthetic auxin metabolism has not been characterized in wheat. In the present study I focused on the newer synthetic auxin herbicide, halauxifen-methyl (HM). Chapter 1 of this thesis includes a literature review of alien substitution and aneuploid lines of wheat, the possible role of OPRs mediating the safener response, synthetic auxin herbicide mode of action, and specifically the arylpicolinic acid class of synthetic auxin herbicides. Chapter 2 examines the results of wheat alien substitution lines and aneuploid lines in response to treatments of HM and CM. These lines lack specified wheat chromosomes and were used to identify the chromosomes of wheat… Advisors/Committee Members: Riechers, Dean E (advisor), Moose, Stephen P (committee member), Rayburn, A. Lane (committee member), Bollero, Germán A (committee member), Kolb, Frederic L (committee member).

Subjects/Keywords: halauxifen-methyl; Triticum aestivum; RT-qPCR; Herbicide Metabolism

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APA (6^th Edition):

Obenland, O. A. (2020). Identification of chromosomes in hexaploid bread wheat (Triticum aestivum l.) Associated with natural or safener-induced tolerance to halauxifen-methyl. (Thesis). University of Illinois – Urbana-Champaign. Retrieved from http://hdl.handle.net/2142/107928

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Obenland, Olivia Augusta. “Identification of chromosomes in hexaploid bread wheat (Triticum aestivum l.) Associated with natural or safener-induced tolerance to halauxifen-methyl.” 2020. Thesis, University of Illinois – Urbana-Champaign. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/2142/107928.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Obenland, Olivia Augusta. “Identification of chromosomes in hexaploid bread wheat (Triticum aestivum l.) Associated with natural or safener-induced tolerance to halauxifen-methyl.” 2020. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Obenland OA. Identification of chromosomes in hexaploid bread wheat (Triticum aestivum l.) Associated with natural or safener-induced tolerance to halauxifen-methyl. [Internet] [Thesis]. University of Illinois – Urbana-Champaign; 2020. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/2142/107928.

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Council of Science Editors:

Obenland OA. Identification of chromosomes in hexaploid bread wheat (Triticum aestivum l.) Associated with natural or safener-induced tolerance to halauxifen-methyl. [Thesis]. University of Illinois – Urbana-Champaign; 2020. Available from: http://hdl.handle.net/2142/107928

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University of Georgia

28. Yu, Yuan-Sheng. Expression analysis and identifying candidate genes for wood formation in desert sunflower, Helianthus argophyllus.

Degree: 2014, University of Georgia

URL: http://hdl.handle.net/10724/28459

► Biofuel production is an increasingly important area of research as fossil fuels are becoming scarcer and climate change caused by the burning of fossil fuels… (more)

Subjects/Keywords: Helianthus argophyllus; Microarray; Laser microscopy dissection (LMD); RT-qPCR; Wood formation

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APA (6^th Edition):

Yu, Y. (2014). Expression analysis and identifying candidate genes for wood formation in desert sunflower, Helianthus argophyllus. (Thesis). University of Georgia. Retrieved from http://hdl.handle.net/10724/28459

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Yu, Yuan-Sheng. “Expression analysis and identifying candidate genes for wood formation in desert sunflower, Helianthus argophyllus.” 2014. Thesis, University of Georgia. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/10724/28459.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Yu, Yuan-Sheng. “Expression analysis and identifying candidate genes for wood formation in desert sunflower, Helianthus argophyllus.” 2014. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Yu Y. Expression analysis and identifying candidate genes for wood formation in desert sunflower, Helianthus argophyllus. [Internet] [Thesis]. University of Georgia; 2014. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/10724/28459.

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Council of Science Editors:

Yu Y. Expression analysis and identifying candidate genes for wood formation in desert sunflower, Helianthus argophyllus. [Thesis]. University of Georgia; 2014. Available from: http://hdl.handle.net/10724/28459

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Virginia Tech

29. Ellis, Madeleine D. Quantitative analysis of individual flue-cured tobacco seed tissues reveals Tobacco mosaic virus infection in embryos.

Degree: MS, Crop and Soil Environmental Sciences, 2019, Virginia Tech

URL: http://hdl.handle.net/10919/101554

► Tobacco mosaic virus (TMV) is an extensively studied RNA virus that reduces quality and yield in commercially grown tobacco (Nicotiana tabacum L.). The virus is… (more)

Subjects/Keywords: Tobacco mosaic virus; seed transmission; RT-qPCR; embryo infection

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APA (6^th Edition):

Ellis, M. D. (2019). Quantitative analysis of individual flue-cured tobacco seed tissues reveals Tobacco mosaic virus infection in embryos. (Masters Thesis). Virginia Tech. Retrieved from http://hdl.handle.net/10919/101554

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Ellis, Madeleine D. “Quantitative analysis of individual flue-cured tobacco seed tissues reveals Tobacco mosaic virus infection in embryos.” 2019. Masters Thesis, Virginia Tech. Accessed February 27, 2021. http://hdl.handle.net/10919/101554.

MLA Handbook (7^th Edition):

Ellis, Madeleine D. “Quantitative analysis of individual flue-cured tobacco seed tissues reveals Tobacco mosaic virus infection in embryos.” 2019. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Ellis MD. Quantitative analysis of individual flue-cured tobacco seed tissues reveals Tobacco mosaic virus infection in embryos. [Internet] [Masters thesis]. Virginia Tech; 2019. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://hdl.handle.net/10919/101554.

Council of Science Editors:

Ellis MD. Quantitative analysis of individual flue-cured tobacco seed tissues reveals Tobacco mosaic virus infection in embryos. [Masters Thesis]. Virginia Tech; 2019. Available from: http://hdl.handle.net/10919/101554

Johannes Gutenberg Universität Mainz

30. Moser, Mirko. Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes.

Degree: 2010, Johannes Gutenberg Universität Mainz

URL: http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/

► Apple proliferation (AP) disease is the most important graft-transmissible and vector-borne disease of apple in Europe. ‘Candidatus Phytoplasma mali’ (Ca. P. mali) is the causal… (more)

▼ Apple proliferation (AP) disease is the most important graft-transmissible and vector-borne disease of apple in Europe. ‘Candidatus Phytoplasma mali’ (Ca. P. mali) is the causal agent of AP. Apple (Malus x domestica) and other Malus species are the only known woody hosts. In European apple orchards, the cultivars are mainly grafted on one rootstock, M. x domestica cv. M9. M9 like all other M. x domestica cultivars is susceptible to ‘Ca. P. mali’. Resistance to AP was found in the wild genotype Malus sieboldii (MS) and in MS-derived hybrids but they were characterised by poor agronomic value. The breeding of a new rootstock carrying the resistant and the agronomic traits was the major aim of a project of which this work is a part. The objective was to shed light into the unknown resistance mechanism. The plant-phytoplasma interaction was studied by analysing differences between the ‘Ca. P. mali’-resistant and -susceptible genotypes related to constitutively expressed genes or to induced genes during infection. The cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP) technique was employed in both approaches. Differences related to constitutively expressed genes were identified between two ‘Ca. P. mali’-resistant hybrid genotypes (4551 and H0909) and the ‘Ca. P. mali’-susceptible M9. 232 cDNA-AFLP bands present in the two resistant genotypes but absent in the susceptible one were isolated but several different products associated to each band were found. Therefore, two different macroarray hybridisation experiments were performed with the cDNA-AFLP fragments yielding 40 sequences encoding for genes of unknown function or a wide array of functions including plant defence. In the second approach, individuation and analysis of the induced genes was carried out exploiting an in vitro system in which healthy and ‘Ca. P. mali’-infected micropropagated plants were maintained under controlled conditions. Infection trials using in vitro grafting of ‘Ca. P. mali’ showed that the resistance phenotype could be reproduced in this system. In addition, ex vitro plants were generated as an independent control of the genes differentially expressed in the in vitro plants. The cDNA-AFLP analysis in in vitro plants yielded 63 bands characterised by over-expression in the infected state of both the H0909 and MS genotypes. The major part (37 %) of the associated sequences showed homology with products of unknown function. The other genes were involved in plant defence, energy transport/oxidative stress response, protein metabolism and cellular growth. Real-time qPCR analysis was employed to validate the differential expression of the genes individuated in the cDNA-AFLP analysis. Since no internal controls were available for the study of the gene expression in Malus, an analysis on housekeeping genes was performed. The most stably expressed genes were the elongation factor-1 α (EF1) and the eukaryotic translation initiation factor 4-A (eIF4A). Twelve out of 20 genes investigated through qPCR were significantly differentially expressed in…

Subjects/Keywords: Apfeltriebsucht; Candidatus Phytoplasma mali; Genexpression; cDNA-AFLP; RT-qPCR; Apple Proliferation; Candidatus Phytoplasma mali; Gene expression; cDNA-AFLP; RT-qPCR; Life sciences

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APA (6^th Edition):

Moser, M. (2010). Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes. (Doctoral Dissertation). Johannes Gutenberg Universität Mainz. Retrieved from http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Moser, Mirko. “Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes.” 2010. Doctoral Dissertation, Johannes Gutenberg Universität Mainz. Accessed February 27, 2021. http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/.

MLA Handbook (7^th Edition):

Moser, Mirko. “Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes.” 2010. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Moser M. Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes. [Internet] [Doctoral dissertation]. Johannes Gutenberg Universität Mainz; 2010. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/.

Council of Science Editors:

Moser M. Gene expression analysis in ‘Candidatus Phytoplasma mali’-resistant and -susceptible Malus genotypes. [Doctoral Dissertation]. Johannes Gutenberg Universität Mainz; 2010. Available from: http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2010/2426/

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