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1.
Guerra Martins dos Santos Assunção, José Afonso.
Evolutionary analysis of animal microRNAs.
Degree: PhD, 2013, University of Cambridge
URL: http://www.dspace.cam.ac.uk/handle/1810/244240https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/3/license_url 
;
https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/4/license_text
;
https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/5/license_rdf
;
https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/8/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.txt
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https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/9/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.jpg
► In recent years, microRNAs (miRNAs) have been recognised as important genetic regulators of gene expression in Animals and Plants. They can potentially target a large…
(more)
▼ In recent years, microRNAs (miRNAs) have been recognised as important genetic regulators of gene expression in Animals and Plants. They can potentially target a large fraction of the cellular transcriptome, having been shown to be important for diverse biological processes such as development, cell differentiation, proliferation and metabolism. The publication of the Human genome in 2001 marked the start of a great community effort to sequence a variety of other species. These data have great potential for comparative genomics, that can lead to better biological understanding.
Some miRNA families are known to be highly conserved, across long evolutionary distances, many found in co-transcribed clusters across the genome. While these phenomena have been previously reported, a large-scale analysis of evolutionary patterns was still lacking. Furthermore, the rate at which new relevant data is being made available makes it challenging to keep up and many of the evolutionary studies performed before are now significantly out of date.
This thesis describes a number of approaches taken to analyse miRNA datasets, harnessing the full potential of currently available data for comparative genomics. These were used, not only to revisit many of the notions in the field with a larger and updated dataset, but also to develop novel strategies that enable a coherent view of miRNA evolution at different evolutionary time-scales.
A new tool, described within this thesis, was developed for large-scale, species independent miRNA mapping. An assessment of the evolution of the miRNA reper- toire across species was performed, together with detailed sequence conservation analysis and miRNA family clustering. Phylogenetic profile analysis uncovered in- teresting co-evolution between miRNAs and protein coding genes. The genomic organisation of miRNAs and their conservation across species was also studied, pro- viding detailed conserved synteny maps for miRNAs and proteins across more than 80 species. Finally, at the intra-specific level, I analysed the occurrence of single nucleotide polymorphisms affecting miRNA loci or their predicted target sites.
All the tools built and integrated in this research were made available to the community and designed to be easily updated, making it easier to keep up with the data that is constantly being made available. Many aspects of miRNA biology are still being uncovered, and the ability to easily put these findings into an evolutionary context will potentially be useful for the community.
Subjects/Keywords: Evolution; microRNAs
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Guerra Martins dos Santos Assunção, J. A. (2013). Evolutionary analysis of animal microRNAs. (Doctoral Dissertation). University of Cambridge. Retrieved from http://www.dspace.cam.ac.uk/handle/1810/244240https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/3/license_url ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/4/license_text ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/5/license_rdf ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/8/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.txt ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/9/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.jpg
Chicago Manual of Style (16th Edition):
Guerra Martins dos Santos Assunção, José Afonso. “Evolutionary analysis of animal microRNAs.” 2013. Doctoral Dissertation, University of Cambridge. Accessed February 27, 2020.
http://www.dspace.cam.ac.uk/handle/1810/244240https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/3/license_url ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/4/license_text ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/5/license_rdf ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/8/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.txt ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/9/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.jpg.
MLA Handbook (7th Edition):
Guerra Martins dos Santos Assunção, José Afonso. “Evolutionary analysis of animal microRNAs.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Guerra Martins dos Santos Assunção JA. Evolutionary analysis of animal microRNAs. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of Cambridge; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://www.dspace.cam.ac.uk/handle/1810/244240https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/3/license_url ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/4/license_text ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/5/license_rdf ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/8/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.txt ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/9/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.jpg.
Council of Science Editors:
Guerra Martins dos Santos Assunção JA. Evolutionary analysis of animal microRNAs. [Doctoral Dissertation]. University of Cambridge; 2013. Available from: http://www.dspace.cam.ac.uk/handle/1810/244240https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/3/license_url ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/4/license_text ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/5/license_rdf ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/8/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.txt ; https://www.repository.cam.ac.uk/bitstream/1810/244240/9/AfonsoGuerra-PhD-2012-Cambridge.pdf.jpg
Universidade do Rio Grande do Sul
2.
Beserra, Bárbara Alemar.
MicroRNAs em adenocarcinoma ductal pancreático : novos biomarcadores de diagnóstico e prognóstico.
Degree: 2013, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/73114
► O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é uma doença rara, mas possui uma taxa de incidência muito próxima à taxa de letalidade. Parte da alta mortalidade…
(more)
▼ O adenocarcinoma ductal pancreático (ADP) é uma doença rara, mas possui uma taxa de incidência muito próxima à taxa de letalidade. Parte da alta mortalidade do ADP se deve ao diagnóstico difícil (muitas vezes somente possível com análise de tecido pancreático) e tardio da doença, que geralmente acontece com o tumor já em estágio avançado. Assim, a descoberta de biomarcadores não-invasivos surge como uma possibilidade de diagnóstico mais seguro e, de preferência, precoce. Recentemente descobriuse que os microRNAS (miRNAs - pequenos RNAs não-codificantes, envolvidos na iniciação e na manutenção de tumores, incluindo o ADP) são estáveis em amostras circulantes, e a diferença em seus níveis de expressão pode discriminar com acurácia a presença ou ausência de determinadas doenças. Neste estudo, nós avaliamos a expressão de seis miRNAs (miR-21, -34a, -155, -196a, -200b e -376a) escolhidos de acordo com dados prévios da literatura, em amostras de soro e saliva de pacientes com e sem ADP, e também em tecido tumoral e não-tumoral de pacientes com ADP. Esta avaliação comparativa teve como objetivo verificar a presença de biomarcadores de diagnóstico, e possivelmente de prognóstico, neste perfil. Os níveis de expressão foram mensurados através de quantificação relativa, por PCR quantitativo em tempo real. Embora os níveis de expressão tenham se mostrado elevados em todas as amostras de tecido tumoral em relação ao tecido não-tumoral, esta diferença não foi significativa. Isso pode ser explicado pelo pequeno tamanho amostral, pela heterogeneidade tumoral e tecidual e pela ampla variabilidade de expressão dos miRNAs. Em amostras de soro, miR-21 e miR-34a foram significativamente mais expressos em pacientes com ADP e ambos foram capazes de discriminar pacientes com e sem doença com sensibilidade e especificidades clinicamente aceitáveis. Nosso estudo mostrou ainda que existe uma correlação forte e positiva entre os níveis de expressão destes dois miRNAs em amostras de soro e tecido, embora o mecanismo responsável por esta correlação seja desconhecido. A ausência de correlação de miR-21 e de miR-34a, quando analisados individualmente em amostras de soro e tecido pareadas, sugere que diferentes mecanismos regulam a expressão destes miRNAs em diferentes tecidos. Nas amostras de saliva, de modo geral, os níveis de miRNA foram muito baixos, e mesmo os miRNA detectáveis não apresentaram valores de expressão significativamente diferentes entre casos e controles. Tais achados sugerem que os miRNAs escolhidos neste estudo não são biomarcadores salivares adequados para diagnóstico, embora seja necessário uma confirmação destes dados em uma série maior de casos.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is a rare disease, whose incidence rates are very close to mortality rates. Part of the high mortality of PDAC is due to its difficult (often only possible with pancreatic tissue analysis) and late diagnosis, when disease is at an advanced stage. Thus, the discovery of noninvasive diagnostic biomarkers emerges as a possibility to perform a…
Advisors/Committee Members: Prolla, Patrícia Ashton.
Subjects/Keywords: Adenocarcinoma; Biomarcadores; MicroRNAs
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Beserra, B. A. (2013). MicroRNAs em adenocarcinoma ductal pancreático : novos biomarcadores de diagnóstico e prognóstico. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/73114
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Beserra, Bárbara Alemar. “MicroRNAs em adenocarcinoma ductal pancreático : novos biomarcadores de diagnóstico e prognóstico.” 2013. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/73114.
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MLA Handbook (7th Edition):
Beserra, Bárbara Alemar. “MicroRNAs em adenocarcinoma ductal pancreático : novos biomarcadores de diagnóstico e prognóstico.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Beserra BA. MicroRNAs em adenocarcinoma ductal pancreático : novos biomarcadores de diagnóstico e prognóstico. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/73114.
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Council of Science Editors:
Beserra BA. MicroRNAs em adenocarcinoma ductal pancreático : novos biomarcadores de diagnóstico e prognóstico. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10183/73114
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Universidade do Rio Grande do Sul
3.
Vieira, Igor Araújo.
Caracterização das sequências regulatórias de poliadenilação e modulação da expressão por micrornas em um conjunto abrangente de genes de predisposição ao câncer.
Degree: 2017, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/180496
► A poliadenilação consiste na etapa de processamento da extremidade 3’ dos pré-mRNAs em eucariotos. Duas sequências regulatórias localizadas na região 3’ não-traduzida (3’UTR) desses transcritos…
(more)
▼ A poliadenilação consiste na etapa de processamento da extremidade 3’ dos pré-mRNAs em eucariotos. Duas sequências regulatórias localizadas na região 3’ não-traduzida (3’UTR) desses transcritos primários apresentam um papel fundamental nesse processo: o sinal de poliadenilação (SP) AAUAAA e suas variantes funcionais; e o sítio de clivagem (SC), preferencialmente um dinucleotídeo “CA”. Outros elementos de sequência também situados na região 3’UTR são os sítios de ligação para microRNAs (miRNAs), os quais representam uma classe de pequenos RNAs não-codificantes que regulam negativamente a expressão gênica e podem atuar como supressores de tumor e/ou oncogenes. Os principais objetivos desse estudo foram: (1) caracterizar os SP e SC em um conjunto de genes de predisposição ao câncer (GPC); (2) avaliar a frequência de poliadenilação alternativa entre os GPC estudados; e (3) identificar miRNAs e/ou famílias de miRNAs potencialmente oncogênicos e supressores de tumor considerando o mesmo grupo de genes. Para caracterizar essas sequências nos GPC selecionados (n=117) foram utilizados os bancos de dados do NCBI (referência) e os bancos de dados de poliadenilação alternativa APADB e APASdb. A busca por miRNAs reguladores de genes supressores de tumor (n=81) e oncogenes (n=17) foi realizada utilizando fontes de dados preditos computacionalmente e com validação experimental. Em relação ao objetivo (1), 21 dos 117 GPC (~18%) não apresentaram SP indicados no NCBI, sendo que um método computacional foi empregado para detectar SP putativos nesses genes. A maioria dos SP descritos para GPC nesse banco (74,4%) possuía a sequência canônica AAUAAA, enquanto 24,1% continha a variante funcional AUUAAA. Curiosamente, o dinucleotídeo “AA” representou o SC mais frequente dentre os GPC analisados. Além disso, análises relacionadas ao objetivo (2) identificaram evidências de poliadenilação alternativa (mais de um SP funcional) em 105 GPC (~90%), em comparação com uma estimativa anterior de que isso ocorreria em cerca de 50% dos genes humanos, sugerindo uma maior complexidade na regulação da poliadenilação nesses transcritos. Quanto ao objetivo (3), a família de miRNA miR-192 foi significativamente super-representada entre os genes supressores de tumor (P<0,01), o que sugere 10 uma função potencialmente oncogênica. Em contraste, um número maior de famílias de miRNAs foi fortemente associado com a regulação de oncogenes: miR-128, miR-1471, miR-483, miR-3170 e miR-218. Nossos dados fornecem um mapeamento das sequências regulatórias de poliadenilação (SRP) em GPC, o qual pode ser utilizado no desenvolvimento de análises moleculares incluindo esses elementos da região 3’UTR frequentemente negligenciados na rotina de diagnóstico molecular. Ademais, estudos funcionais devem ser realizados para validar as funções potencialmente atribuídas às famílias de miRNAs aqui mencionadas. Em suma, esse é o primeiro estudo focado nesse tipo de caracterização abrangente (SRP e miRNAs) em GPC.
Polyadenylation is the processing step of 3’end in eukaryotic…
Advisors/Committee Members: Prolla, Patrícia Ashton.
Subjects/Keywords: Neoplasias; MicroRNAs; Poliadenilação
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Vieira, I. A. (2017). Caracterização das sequências regulatórias de poliadenilação e modulação da expressão por micrornas em um conjunto abrangente de genes de predisposição ao câncer. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/180496
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Vieira, Igor Araújo. “Caracterização das sequências regulatórias de poliadenilação e modulação da expressão por micrornas em um conjunto abrangente de genes de predisposição ao câncer.” 2017. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/180496.
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MLA Handbook (7th Edition):
Vieira, Igor Araújo. “Caracterização das sequências regulatórias de poliadenilação e modulação da expressão por micrornas em um conjunto abrangente de genes de predisposição ao câncer.” 2017. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Vieira IA. Caracterização das sequências regulatórias de poliadenilação e modulação da expressão por micrornas em um conjunto abrangente de genes de predisposição ao câncer. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2017. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/180496.
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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation
Council of Science Editors:
Vieira IA. Caracterização das sequências regulatórias de poliadenilação e modulação da expressão por micrornas em um conjunto abrangente de genes de predisposição ao câncer. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2017. Available from: http://hdl.handle.net/10183/180496
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Penn State University
4.
Addo-Quaye, Charles.
Computational pipeline for the empirical detection of
cleaved targets of small silencing RNAs using degradome sequencing
data.
Degree: PhD, Computer Science and Engineering, 2009, Penn State University
URL: https://etda.libraries.psu.edu/catalog/10006
► Small silencing RNAs are short oligonucleotide sequences, usually 20-30 nucleotides long, and include microRNAs (miRNAs), short interfering RNAs (siRNAs), transacting siRNAs and Piwi-interacting RNAs (piRNAs).…
(more)
▼ Small silencing RNAs are short oligonucleotide
sequences, usually 20-30 nucleotides long, and include microRNAs
(miRNAs), short interfering RNAs (siRNAs), transacting siRNAs and
Piwi-interacting RNAs (piRNAs). These small silencing RNAs play a
critical role in the regulation of gene expression in the genomes
of eukaryotes, by guiding gene silencing complexes to the
appropriate target-gene transcripts. Confident identification of
genes targeted by miRNAs is crucial to unraveling their biological
relevance. In plants, miRNAs tend to have a high similarity to
their target genes. Computer programs that search
transcriptome-wide for sequence similarity to mature miRNA
sequences have widely been used to predict miRNA target genes.
Currently available programs have varying degrees of sensitivity
and specificity and hence predicted target genes require
experimental confirmation. Confirmation is time-consuming and can
only be carried out on a one-at-a-time basis. In plants, the
results of miRNA-guided, Argonaute-catalyzed cleavage of target
genes are uncapped and polyadenylated fragments that are stable in
vivo. Degradome sequencing is a transcriptome-wide method for
capturing the 5' ends of these stable, diagnostic fragments of
cleaved messenger RNA transcripts. Data from degradome sequencing
provides empirical evidence for detecting cleaved miRNA targets and
eliminates the requirement for experimental confirmation. I
implemented an efficient and generalizable computational pipeline
for transcriptome-wide empirical detection of cleaved targets of
miRNAs. Using the computational pipeline, I was able to detect
previously known targets of plant miRNAs and transacting siRNAs and
also confirm previously predicted targets as well as detect novel
targets.
Subjects/Keywords: small RNAs microRNAs
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Addo-Quaye, C. (2009). Computational pipeline for the empirical detection of
cleaved targets of small silencing RNAs using degradome sequencing
data. (Doctoral Dissertation). Penn State University. Retrieved from https://etda.libraries.psu.edu/catalog/10006
Chicago Manual of Style (16th Edition):
Addo-Quaye, Charles. “Computational pipeline for the empirical detection of
cleaved targets of small silencing RNAs using degradome sequencing
data.” 2009. Doctoral Dissertation, Penn State University. Accessed February 27, 2020.
https://etda.libraries.psu.edu/catalog/10006.
MLA Handbook (7th Edition):
Addo-Quaye, Charles. “Computational pipeline for the empirical detection of
cleaved targets of small silencing RNAs using degradome sequencing
data.” 2009. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Addo-Quaye C. Computational pipeline for the empirical detection of
cleaved targets of small silencing RNAs using degradome sequencing
data. [Internet] [Doctoral dissertation]. Penn State University; 2009. [cited 2020 Feb 27].
Available from: https://etda.libraries.psu.edu/catalog/10006.
Council of Science Editors:
Addo-Quaye C. Computational pipeline for the empirical detection of
cleaved targets of small silencing RNAs using degradome sequencing
data. [Doctoral Dissertation]. Penn State University; 2009. Available from: https://etda.libraries.psu.edu/catalog/10006
University of Cambridge
5.
Guerra Martins dos Santos Assunção, José Afonso.
Evolutionary analysis of animal microRNAs.
Degree: PhD, 2013, University of Cambridge
URL: https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/244240
;
http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.566199
► In recent years, microRNAs (miRNAs) have been recognised as important genetic regulators of gene expression in Animals and Plants. They can potentially target a large…
(more)
▼ In recent years, microRNAs (miRNAs) have been recognised as important genetic regulators of gene expression in Animals and Plants. They can potentially target a large fraction of the cellular transcriptome, having been shown to be important for diverse biological processes such as development, cell differentiation, proliferation and metabolism. The publication of the Human genome in 2001 marked the start of a great community effort to sequence a variety of other species. These data have great potential for comparative genomics, that can lead to better biological understanding. Some miRNA families are known to be highly conserved, across long evolutionary distances, many found in co-transcribed clusters across the genome. While these phenomena have been previously reported, a large-scale analysis of evolutionary patterns was still lacking. Furthermore, the rate at which new relevant data is being made available makes it challenging to keep up and many of the evolutionary studies performed before are now significantly out of date. This thesis describes a number of approaches taken to analyse miRNA datasets, harnessing the full potential of currently available data for comparative genomics. These were used, not only to revisit many of the notions in the field with a larger and updated dataset, but also to develop novel strategies that enable a coherent view of miRNA evolution at different evolutionary time-scales. A new tool, described within this thesis, was developed for large-scale, species independent miRNA mapping. An assessment of the evolution of the miRNA reper- toire across species was performed, together with detailed sequence conservation analysis and miRNA family clustering. Phylogenetic profile analysis uncovered in- teresting co-evolution between miRNAs and protein coding genes. The genomic organisation of miRNAs and their conservation across species was also studied, pro- viding detailed conserved synteny maps for miRNAs and proteins across more than 80 species. Finally, at the intra-specific level, I analysed the occurrence of single nucleotide polymorphisms affecting miRNA loci or their predicted target sites. All the tools built and integrated in this research were made available to the community and designed to be easily updated, making it easier to keep up with the data that is constantly being made available. Many aspects of miRNA biology are still being uncovered, and the ability to easily put these findings into an evolutionary context will potentially be useful for the community.
Subjects/Keywords: 570.285; Evolution; microRNAs
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Guerra Martins dos Santos Assunção, J. A. (2013). Evolutionary analysis of animal microRNAs. (Doctoral Dissertation). University of Cambridge. Retrieved from https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/244240 ; http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.566199
Chicago Manual of Style (16th Edition):
Guerra Martins dos Santos Assunção, José Afonso. “Evolutionary analysis of animal microRNAs.” 2013. Doctoral Dissertation, University of Cambridge. Accessed February 27, 2020.
https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/244240 ; http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.566199.
MLA Handbook (7th Edition):
Guerra Martins dos Santos Assunção, José Afonso. “Evolutionary analysis of animal microRNAs.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Guerra Martins dos Santos Assunção JA. Evolutionary analysis of animal microRNAs. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of Cambridge; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/244240 ; http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.566199.
Council of Science Editors:
Guerra Martins dos Santos Assunção JA. Evolutionary analysis of animal microRNAs. [Doctoral Dissertation]. University of Cambridge; 2013. Available from: https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/244240 ; http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.566199
Universidade Estadual de Campinas
6.
Dogini, Danyella Barbosa.
Quantificação de diferentes microRNAs no sistema nervoso central = implicações nos mecanismos de desenvolvimento e processos fisiopatologicos
.
Degree: 2010, Universidade Estadual de Campinas
URL: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/309739
► Resumo: MicroRNAs são moléculas recém-descobertas de RNA não-codificadores que possuem de 21 a 24 nucleotídeos e que regulam a expressão após a transcrição dos genes…
(more)
▼ Resumo:
MicroRNAs são moléculas recém-descobertas de RNA não-codificadores que possuem de 21 a 24 nucleotídeos e que regulam a expressão após a transcrição dos genes alvo. Essa regulação pode ser realizada através da inibição da tradução ou da degradação do RNA mensageiro. Os miRNAs estão envolvidos em vários processo biológicos como, diferenciação celular e desenvolvimento embrionário, além de apresentarem expressão tecido e tempo-específica. Eles podem regular a expressão de pelo menos 1/3 de todos os genes humanos e estão envolvidos com a regulação do metabolismo e da apoptose. Os miRNAs são a chave como reguladores pós-transcricionais da neurogênese; estudos mostram que eles possuem a expressão associada com a transição entre proliferação e diferenciação e também tem expressão constitutiva em neurônios maduros, evidenciando o envolvimento dessas moléculas com o desenvolvimento do sistema nervoso central (SNC). Outros miRNAs estão sendo estudados e verifica-se que eles agem como reguladores de genes envolvidos em doenças como Alzheimer, Parkinson e, provavelmente, também devam possuir um papel na regulação das epilepsias. No primeiro trabalho, apresentado no segundo capítulo, investigamos o papel dos miRNAs no desenvolvimento do SNC através da quantificação de 104 miRNAs em cérebros em desenvolvimento de camundongos. No segundo trabalho, apresentado no terceiro capítulo, para analisarmos o papel dos miRNAs na epilepsia de lobo temporal, verificamos se havia presença de miRNAs com expressão diferenciada entre tecidos removidos de pacientes que se submeteram a cirurgia de hipocampectomia e tecidos normais provenientes de autópsias. Para ambos os experimentos, foram extraídos os RNAs dos tecidos e quantificados por PCR em tempo real com o kit MicroRNA Assay baseado em iniciadores com estrutura em stem loop. Nos camundongos, análises de bioinformática encontraram quatro cluster de acordo com a expressão dos miRNAs. Um cluster (C1) com 12 miRNAs (miR-9; miR-17- 5p; miR-124a; miR-125a; miR-125b;miR-130a; miR-140; miR-181a; miR-199a; miR-205; miR-214; miR-301) apresentou expressão com diferença significativa durante o desenvolvimento. Nos tecidos dos pacientes, após a análise de bioinformática, encontramos três miRNAs com expressão diferenciada entre pacientes e controle (miR-29b, miR-30d e let-7). Em ambos os experimentos analisamos os possíveis genes alvo desse miRNAs. Nos camundongos, nossos resultados sugerem a presença de um padrão específico de expressão no cluster C1, indicando que esses miRNAs possam ter um papel na regulação de genes envolvidos na neurogênese. Nos tecidos humanos, os genes alvo encontrados estão envolvidos, principalmente, em proliferação celular, neurogênese e apoptose, indicando uma provável atuação dos miRNAs na regulação de genes que estão envolvidos na epilepsia de lobo temporal; Abstract:
MicroRNAs are a new class of small RNA molecules (21-24 nucleotide-long) that negatively regulate gene expression either by translational repression or target mRNA degradation. It is believed that about…
Advisors/Committee Members: Lopes-Cendes, Íscia Teresinha, 1964- (advisor), Scerni, Debora Amado (committee member), Fernandes, Maria Jose da Silva (committee member), Sonati, Maria de Fátima (committee member), Melo, Mônica Barbosa de (committee member).
Subjects/Keywords: MicroRNAs;
Epilepsia;
Neurogenética
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Dogini, D. B. (2010). Quantificação de diferentes microRNAs no sistema nervoso central = implicações nos mecanismos de desenvolvimento e processos fisiopatologicos
. (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/309739
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Dogini, Danyella Barbosa. “Quantificação de diferentes microRNAs no sistema nervoso central = implicações nos mecanismos de desenvolvimento e processos fisiopatologicos
.” 2010. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed February 27, 2020.
http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/309739.
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MLA Handbook (7th Edition):
Dogini, Danyella Barbosa. “Quantificação de diferentes microRNAs no sistema nervoso central = implicações nos mecanismos de desenvolvimento e processos fisiopatologicos
.” 2010. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Dogini DB. Quantificação de diferentes microRNAs no sistema nervoso central = implicações nos mecanismos de desenvolvimento e processos fisiopatologicos
. [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2010. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/309739.
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Council of Science Editors:
Dogini DB. Quantificação de diferentes microRNAs no sistema nervoso central = implicações nos mecanismos de desenvolvimento e processos fisiopatologicos
. [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2010. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/309739
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Universidade Estadual de Campinas
7.
Lucon, Danielle Ribeiro, 1977-.
Perfil de microRNAs diferencialmente expressos em meduloblastoma e anencefalia
.
Degree: 2013, Universidade Estadual de Campinas
URL: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/308381
► Resumo: Crianças com anomalias congênitas possuem um risco significativamente aumentado para desenvolver algum tipo de câncer. Anomalias do sistema nervoso central (SNC) estão associadas à…
(more)
▼ Resumo: Crianças com anomalias congênitas possuem um risco significativamente aumentado para desenvolver algum tipo de câncer. Anomalias do sistema nervoso central (SNC) estão associadas à maior incidência de tumores também do SNC. A comparação entre tecido 'anômalo', tecido tumoral e tecido normal pode ajudar na identificação dos genes mais importantes na carcinogênese.
microRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas que atuam negativamente na expressão gênica e têm papel importante no controle do desenvolvimento, diferenciação, apoptose e proliferação celular. Vários miRNAs são expressos no SNC e são conhecidos por serem dinamicamente regulados durante o neurodesenvolvimento. Recentemente, miRNAs foram associados com tumores e malformações do SNC, como o meduloblastoma (MB) e a anencefalia (AN), respectivamente. Ambos tecidos são de origem neuroectodérmica e embrionária. Neste projeto foram estudados os miRNAs diferencialmente expressos no tecido tumoral de MB desmoplástico de pacientes jovens (1-2 anos) versus cerebelo e no tecido cérebro-vascular de fetos com AN versus córtex frontal. Os controles foram obtidos de tecidos normais provenientes de autópsias de fetos e recém-nascidos. As vias gênica-metabólicas importantes na carcinogênese e morfogênese do perfil de miRNAs de MB e AN foram analisados in silico. No primeiro trabalho, apresentado no segundo capítulo, investigamos o perfil de miRNAs de MB que foi predominantemente baixo expresso (64/84 miRNAs) e regulam genes envolvidos com desenvolvimento e/ou câncer. Muitos dos miRNAs baixo expressos (32/64) foram localizados no lócus cromossômico 14q32 (miRNA 14q32). Possíveis mecanismos da baixa expressão de miRNA 14q32 foram investigados por bancos de dados públicos disponíveis. A expressão do gene receptor de estrógeno gama (ESRRG), um regulador transcricional positivo de alguns miRNAs 14q32, foi encontrada baixo expresso em MB desmoplástico. miR-129-5p (11p11.2/7q32.1), miR-206 (6p12.2) e miR-323-3p (14q32.2) foram escolhidos para estudos funcionais em células DAOY. A super expressão do miR-129-5p usando miRNA mimics diminuiu a proliferação das células DAOY. No segundo trabalho, apresentado no terceiro capítulo, analisamos o perfil de expressão de miRNAs em AN que foi predominantemente super expressos (34/52 miRNAs) e regulam genes envolvidos com defeito do tubo neural e/ou câncer. Dentre estes miRNAs estão os miR-21, 34a/c, 182, 500 cluster. miRNAs importantes no desenvolvimento do cérebro (miR-124, 128, 137, 139) foram encontrados baixo expressos nas amostras de AN. A prospecção dos genes alvos destes miRNAs mostrou que eles desempenham um papel importante durante o desenvolvimento e a diferenciação neural. Por fim, nós comparamos os miRNAs diferencialmente expressos entre MB e AN e identificamos 19 miRNAs em comum (baixo expressos: miR-124, 128, 129*, 129-5p, 138, 138-1*, 138-2*, 139-3p, 490-5p, 650, 770-5p; super expressos: miR-199a-3p, 199b-3p, 199a-5p, 21, 214, 214*, 34a, 574-3p). A maioria destes miRNAs em comum encontrados nas duas patologias fazem parte dos…
Advisors/Committee Members: Yunes, José Andrés (advisor), Maurer-Morelli, Cláudia Vianna, 1966- (advisor), Cavalcanti, Denise Pontes, 1957- (advisor), Scrideli, Carlos Alberto (committee member), Kobarg, Jörg (committee member), Lopes, Vera Lúcia Gil da Silva (committee member), Lourenço, Gustavo Jacob (committee member).
Subjects/Keywords: MicroRNAs;
Meduloblastoma;
Anencefalia
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Lucon, Danielle Ribeiro, 1. (2013). Perfil de microRNAs diferencialmente expressos em meduloblastoma e anencefalia
. (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/308381
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Lucon, Danielle Ribeiro, 1977-. “Perfil de microRNAs diferencialmente expressos em meduloblastoma e anencefalia
.” 2013. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed February 27, 2020.
http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/308381.
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MLA Handbook (7th Edition):
Lucon, Danielle Ribeiro, 1977-. “Perfil de microRNAs diferencialmente expressos em meduloblastoma e anencefalia
.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Lucon, Danielle Ribeiro 1. Perfil de microRNAs diferencialmente expressos em meduloblastoma e anencefalia
. [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/308381.
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Council of Science Editors:
Lucon, Danielle Ribeiro 1. Perfil de microRNAs diferencialmente expressos em meduloblastoma e anencefalia
. [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2013. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/308381
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University of Texas Southwestern Medical Center
8.
Carrer, Michele.
Regulation of Metabolic Processes by Micrornas and Class I Histone Deacetylases.
Degree: 2013, University of Texas Southwestern Medical Center
URL: http://hdl.handle.net/2152.5/1232
► Obesity is a medical condition resulting from accumulation of excess body fat that affects more than 30% of the adult population in the U.S. Obesity-related…
(more)
▼ Obesity is a medical condition resulting from accumulation of excess body fat that affects more than 30% of the adult population in the U.S. Obesity-related pathological conditions include heart disease, stroke, type 2 diabetes and certain types of cancer. Despite the high incidence and the elevated social costs, the molecular basis of obesity and associated metabolic syndrome are still poorly understood. Yet, the need for novel therapeutic approaches for the treatment and prevention of obesity remains. In humans and animal model of disease, hallmarks of obesity include dysregulation of genes involved in mitochondrial function, lipid uptake and lipid storage. The dynamic and modifiable regulation of transcriptional pathways that control mitochondrial function and adipogenesis, as well as additional aspects of mammalian metabolism, will provide new approaches for pharmacological intervention in obesity. Thus, the modulation of epigenetic histone modifications and microRNA functions represents a potentially powerful approach for the treatment of metabolic disorders. We show that the Ppargc1b gene, which encodes the PGC-1β protein, also co-transcribes two
microRNAs, miR-378 and miR-378*. Mice lacking miR-378/378* are resistant to high fat diet-induced obesity and display enhanced mitochondrial fatty acid metabolism and elevated oxidative capacity of insulin-target tissues. Taken together, our findings reveal that miR-378 and miR-378* function as integral components of the regulatory circuit formed by PGC-1beta and nuclear hormone receptors to control the overall oxidative capacity and energy homeostasis of insulin-target tissues. MiR-378/378* mutant mice do not display overt phenotypes under normal laboratory conditions, whereas their phenotypes become apparent under conditions of stress, in this case in response to excessive caloric intake. Thus, pharmacological modulation of miR-378/378* function might represent an effective approach in the treatment of obesity. In obese humans and mice, the unused caloric energy resulting from excessive net caloric intake is converted to triglycerides and stored in adipocytes for further usage. Lipid accumulation within adipocytes is under the control of a cascade of transcription factors that interact with histone acetyltransferases and deacetylases. We show that histone deacetylase inhibitors efficiently block adipocyte differentiation in vitro. Furthermore, through a loss-of-function approach, we provide evidence that histone deacetylases 1 and 2 play redundant and requisite roles in adipogenesis. In conclusion, we unveiled previously unrecognized roles for miR-378/378* in the control of mitochondrial metabolism and energy homeostasis, and for histone deacetylases in the control of adipocyte differentiation.
Advisors/Committee Members: Olson, Eric N..
Subjects/Keywords: Adipocytes; MicroRNAs; Mitochondria
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Carrer, M. (2013). Regulation of Metabolic Processes by Micrornas and Class I Histone Deacetylases. (Thesis). University of Texas Southwestern Medical Center. Retrieved from http://hdl.handle.net/2152.5/1232
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Carrer, Michele. “Regulation of Metabolic Processes by Micrornas and Class I Histone Deacetylases.” 2013. Thesis, University of Texas Southwestern Medical Center. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/2152.5/1232.
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MLA Handbook (7th Edition):
Carrer, Michele. “Regulation of Metabolic Processes by Micrornas and Class I Histone Deacetylases.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Carrer M. Regulation of Metabolic Processes by Micrornas and Class I Histone Deacetylases. [Internet] [Thesis]. University of Texas Southwestern Medical Center; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/2152.5/1232.
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Council of Science Editors:
Carrer M. Regulation of Metabolic Processes by Micrornas and Class I Histone Deacetylases. [Thesis]. University of Texas Southwestern Medical Center; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/2152.5/1232
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University of Illinois – Chicago
9.
Seal, Alexandra A.
Viral MicroRNAs Modulate Transcriptome in Oral Keratinocytes and Alter Cytokine Levels in Myeloid Cells.
Degree: 2017, University of Illinois – Chicago
URL: http://hdl.handle.net/10027/21736
► MicroRNAs (miRNAs) are small, non-coding RNAs of ~18-25 nucleotides that have gained extensive attention as critical regulators in complex gene networks. Some of the key…
(more)
▼ MicroRNAs (miRNAs) are small, non-coding RNAs of ~18-25 nucleotides that have gained extensive attention as critical regulators in complex gene networks. Some of the key regulations involve immune cell lineage commitment, differentiation, maturation, and maintenance of immune homeostasis and function. Many viruses encode miRNAs that directly modulate expression of genes of the innate immune system, which includes proteins involved in promoting apoptosis and recruitment of cells of the immune system. In this study, we examined the expression profiles of three known v-miRNAs (vmiRs) from HSV-1 (miR-H1), KSHV (miR-K12-3), and HCMV (miR-US4) in healthy and diseased periodontal tissues from non-obese and obese subjects and observed increased levels of these vmiRs in diseased tissues compared to respective controls. Next, we investigated the impact of miR-H1 and miR-K12-3 overexpression on the host transcriptome focusing on gingival epithelial cells that are target sites for various HHVs. Expression of more than 1300 genes were altered in human oral keratinocytes (HOK) transfected with miR-H1 and miR-K12-3. Global pathway analysis identified dysregulation of key signaling genes and pathways that may favor virus persistence. Using bioinformatic analysis, we identified hundreds of potential vmiR binding sites on genes downregualted by miR-H1 and miR-K12-3 suggesting direct regualtion of these genes by vmiRs. We also assessed the expression of six selected vmiR-deregulated genes in myeloid inflammtory cells viz., macrophages and dendritic cells. Our results show that three genes exhibit similar changes in myeloid cells as observed in HOK while the remaining genes exhibit cell specific changes.
Finally, cytokine responses of vmiR expressing myeloid cells challenged with lipopolysacchride (LPS) derived from the periodontal pathogen, Aggregatibacter actinomycetemcomitans (Aa) show increased levels of TNF-α but reduced IL-12p40 indicating immunomoduatory functions of vmiRs. Overall, our resutls demonstrate clinical and functional relevance of pathogenic viral molecules viz., vmiRs capable of modulating expression of key gene and pathways in HOK and cytokine expression in myeloid cells which may favor an environment condusive to periodontal pathology.
Advisors/Committee Members: Nares, Salvador (advisor), Atsawasuwam, Phimon (committee member), Luan, Xianghong (committee member), Zhou, Xiaofeng (committee member), Naqvi, Afsar (committee member), Nares, Salvador (chair).
Subjects/Keywords: MiRNAs; MicroRNAs; VmiRNAs
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Seal, A. A. (2017). Viral MicroRNAs Modulate Transcriptome in Oral Keratinocytes and Alter Cytokine Levels in Myeloid Cells. (Thesis). University of Illinois – Chicago. Retrieved from http://hdl.handle.net/10027/21736
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Seal, Alexandra A. “Viral MicroRNAs Modulate Transcriptome in Oral Keratinocytes and Alter Cytokine Levels in Myeloid Cells.” 2017. Thesis, University of Illinois – Chicago. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10027/21736.
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MLA Handbook (7th Edition):
Seal, Alexandra A. “Viral MicroRNAs Modulate Transcriptome in Oral Keratinocytes and Alter Cytokine Levels in Myeloid Cells.” 2017. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Seal AA. Viral MicroRNAs Modulate Transcriptome in Oral Keratinocytes and Alter Cytokine Levels in Myeloid Cells. [Internet] [Thesis]. University of Illinois – Chicago; 2017. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10027/21736.
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Council of Science Editors:
Seal AA. Viral MicroRNAs Modulate Transcriptome in Oral Keratinocytes and Alter Cytokine Levels in Myeloid Cells. [Thesis]. University of Illinois – Chicago; 2017. Available from: http://hdl.handle.net/10027/21736
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University of Texas Southwestern Medical Center
10.
Johnson, Brett A.
Regulation of Exercise-Dependent Cardiac Growth by MicroRNAs.
Degree: 2013, University of Texas Southwestern Medical Center
URL: http://hdl.handle.net/2152.5/1219
► The heart is an adaptive organ which undergoes pathological or physiological remodeling in response to a variety of stimuli to meet the demands of the…
(more)
▼ The heart is an adaptive organ which undergoes pathological or physiological remodeling in response to a variety of stimuli to meet the demands of the body. Chronic exercise training promotes a physiological remodeling response in which the heart increases in size to match loading demands. In this thesis, I present my studies on the function of
microRNAs during exercise-induced cardiac remodeling.
First, I show the expression of muscle-specific microRNA (miRNA), miR-499, is down-regulated by voluntary free-wheel running in hearts of mice. I hypothesized the reduction of miR-499 may be required for exercise-induced cardiac hypertrophy. I found forced cardiac over-expression of miR-499 was associated with diminished physiological cardiac growth, whereas genetic deletion and antimiR mediated inhibition of miR-499 caused enhanced physiological growth following exercise. I also explored the mechanism by which miR-499 represses exercise-induced cardiac growth. I determined the repressive effects of miR-499 are mediated through regulation of IGF-1/PI-3K/Akt and beta-catenin signaling pathways, which drive physiological growth of the heart. I demonstrated the effects of miR-499 on physiological cardiac growth are mediated, at least in part, through repression of a network of genes including p85-alpha, Rictor, Lin7c and Fzd4. Collectively, the results of my thesis research identify miR-499 as a pivotal regulator of exercise-induced cardiac hypertrophy.
Advisors/Committee Members: Olson, Eric N..
Subjects/Keywords: MicroRNAs; Heart; Exercise
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Johnson, B. A. (2013). Regulation of Exercise-Dependent Cardiac Growth by MicroRNAs. (Thesis). University of Texas Southwestern Medical Center. Retrieved from http://hdl.handle.net/2152.5/1219
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Johnson, Brett A. “Regulation of Exercise-Dependent Cardiac Growth by MicroRNAs.” 2013. Thesis, University of Texas Southwestern Medical Center. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/2152.5/1219.
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MLA Handbook (7th Edition):
Johnson, Brett A. “Regulation of Exercise-Dependent Cardiac Growth by MicroRNAs.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Johnson BA. Regulation of Exercise-Dependent Cardiac Growth by MicroRNAs. [Internet] [Thesis]. University of Texas Southwestern Medical Center; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/2152.5/1219.
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Council of Science Editors:
Johnson BA. Regulation of Exercise-Dependent Cardiac Growth by MicroRNAs. [Thesis]. University of Texas Southwestern Medical Center; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/2152.5/1219
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Universidade do Rio Grande do Sul
11.
Dutra, Filipe Santos Pereira.
Clonagem e expressão da eIF4E de Echinococcus granulosus : utilização na purificação de mRNAs.
Degree: 2016, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/141990
► Com base na interação especifica entre o fator de iniciação eucariótico 4E (eIF4E) e o 5’ CAP monometilguanosina (MMGcap) do mRNA foi desenvolvido um eficiente…
(more)
▼ Com base na interação especifica entre o fator de iniciação eucariótico 4E (eIF4E) e o 5’ CAP monometilguanosina (MMGcap) do mRNA foi desenvolvido um eficiente sistema para purificação de mRNA usando um mutante da proteína humana eIF4E. Apesar de o MMGcap ser o mais comum nos mRNAs eucarióticos, em nematoides e platelmintos devido ao processo de trans-splicing há também a presença do 5’ CAP trimetilguanosina (TMGcap). Tendo em vista a capacidade única da eIF4E de helmintos em interagir com ambos MMGcap e TMGcap, nesse trabalho foram analisadas as sequências peptídicas das eIF4E de platelmintos e a aplicação da proteína recombinante eIF4E de Echinococcus granulosus como uma ferramenta para o enriquecimento de amostras com mRNAs a partir de RNA total do parasito. As sequências preditas das eIF4E de platelmintos foram obtidas para 18 platelmintos parasitos e apenas uma isoforma da proteína foi encontrada em cada organismo. Na análise filogenética, essas proteínas formaram um ramo único e divergente, inclusive dos platelmintos de vida livre. A sequência codificante da proteína eIF4E de E. granulosus foi clonada por recombinação in vivo e a proteína recombinante (EgReIF4E) em fusão com a glutationa S-transferase (GST) foi expressa em Escherichia coli. A proteína em fusão foi recuperada a partir da fração solúvel por cromatografia de afinidade, sendo obtido o rendimento de 12,8 mg de proteína por 1 L de cultura. No ensaio de captura de mRNAs através do 5’ CAP pela GST-EgReIF4E foi usado RNA total de E. granulosus e de E. ortleppi. A capacidade da EgReIF4E em capturar mRNAs foi avaliada por RT-qPCR de forma comparativa ao RNA total e aos resultados obtidos de um kit comercial de Oligo-dT. Foram avaliados tanto os genes relacionados ao processo de trans-splicing como os genes que não passam por este processo. Também foi avaliado a presença dos rRNAs nas amostras. Nossos dados preliminares indicam que a EgReIF4E foi capaz de purificar os mRNAs e reduzir os níveis dos rRNAs. Porém, houve perdas significativas de mRNAs, que precisam ser corrigidas. Apesar de promissora para platelmintos, a aplicação dessa metodologia precisa ser melhor padronizada visando o aumento do rendimento global do sistema.
Based on the specific interaction between the eukaryotic initiation factor 4E (eIF4E) and the mRNA 5 'CAP monometilguanosina (MMGcap), an efficient system for mRNA purification using a mutant of the human protein eIF4E has been developed. Despite of the MMGcap be the most common in eukaryotic mRNAs, in in parasitic nematodes and flatworms due to the trans-splicing process there is also the 5 'CAP trimetilguanosina (TMGcap). Due to this peculiarity and unique ability of the helminthes eIF4E in interacting with both MMGcap and TMGcap, in this work was analyzed the sequences of eIF4E from flatworms and evaluated the using of eIF4E from E. granulosus (Eg-eIF4E) be used as a tool for purification of mRNA derived from total RNA of the parasite. The predicted sequence of the eIF4E flatworms was obtained for 18 parasitic flatworms and…
Advisors/Committee Members: Zaha, Arnaldo.
Subjects/Keywords: Echinococcus granulosus; MicroRNAs; Expressão gênica
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Dutra, F. S. P. (2016). Clonagem e expressão da eIF4E de Echinococcus granulosus : utilização na purificação de mRNAs. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/141990
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Dutra, Filipe Santos Pereira. “Clonagem e expressão da eIF4E de Echinococcus granulosus : utilização na purificação de mRNAs.” 2016. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/141990.
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Dutra, Filipe Santos Pereira. “Clonagem e expressão da eIF4E de Echinococcus granulosus : utilização na purificação de mRNAs.” 2016. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Dutra FSP. Clonagem e expressão da eIF4E de Echinococcus granulosus : utilização na purificação de mRNAs. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2016. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/141990.
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Council of Science Editors:
Dutra FSP. Clonagem e expressão da eIF4E de Echinococcus granulosus : utilização na purificação de mRNAs. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2016. Available from: http://hdl.handle.net/10183/141990
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Universidade do Rio Grande do Sul
12.
Lima, Júlio César de.
MicroRNAs como reguladores do desenvolvimento em plantas e o papel regulatório em raízes de arroz (Oryza sativa L.) na resposta ao alumínio.
Degree: 2011, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/29994
► Diversos trabalhos demonstram que a resposta das plantas ao alumínio é complexa. Porém, nenhum trabalho caracterizou o envolvimento de microRNAs nesta resposta. Parte deste trabalho…
(more)
▼ Diversos trabalhos demonstram que a resposta das plantas ao alumínio é complexa. Porém, nenhum trabalho caracterizou o envolvimento de
microRNAs nesta resposta. Parte deste trabalho visou caracterizar o perfil de expressão de diferentes famílias de
microRNAs em resposta ao alumínio comparando-se as raízes de plantas de arroz japonica e indica. De um total de dezesseis
microRNAs diferencialmente expressos, treze
microRNAs tiveram a expressão reduzida e outros seis tiveram a expressão aumentada nas raízes de plantas de arroz japonica tratadas com 450 M de AlCl3 após 8h. Nas plantas de arroz indica tratadas nas mesmas condições, nove
microRNAs foram detectados como diferencialmente expressos. Destes, quatro tiveram a expressão aumentada e os outros cinco tiveram a expressão reduzida. Por RT-qPCR foram confirmados dois alvos do miR528. Um dos alvos, o gene L-Ascorbato Oxidase está relacionado com a regulação da divisão celular. Sugere-se que a regulação pelo miR528 pode estar de acordo com a inibição do desenvolvimento das raízes em resposta ao alumínio em plantas sensíveis. Estes resultados demonstram que a resposta dos
microRNAs ao tratamento com alumínio também é complexa, pois vários
microRNAs, que provavelmente regulam alvos distintos tiveram sua expressão modulada após o tratamento das plantas. Já foi demonstrado que o desenvolvimento de raízes laterais sofre regulação por
microRNAs em Arabidopsis. A outra parte deste trabalho visou caracterizar funcionalmente o miR164 e a expressão espacial de diferentes membros da família miR164 em raízes de plantas de arroz. Plantas superexpressando o miR164 apresentaram as raízes laterais reduzidas em comparação com as plantas não transformadas. Interessantemente, a análise por RT-qPCR de dois alvos do miR164 revelaram resultados inversos. A análise das plantas contendo os promotores de três genes da família miR164 fusionados ao gene repórter GUS revelou uma sobreposição da expressão espacial no órgão. Os
microRNAs miR164a e miR164d localizam-se nas raízes laterais, e o miR164f está localizado nas raízes laterais e também na raiz primária. Porém, cortes transversais das raízes demonstraram que os miR164a e o miR164f localizam-se na endoderme e no estelo, respectivamente. Uma análise in silico das seqüências dos promotores dos seis membros da família miR164 e de seus respectivos alvos revelou a presença de motivos de DNA provavelmente responsivos a fatores de transcrição envolvidos no desenvolvimento de meristemas primários. Com base nestes resultados, sugere-se que os
microRNAs miR164a e miR164f devem estar regulando seus alvos em diferentes tecidos da raiz. Este resultado está de acordo com o desenvolvimento inicial das raízes laterais, pois estas se originam do periciclo componente do estelo. Os
microRNAs têm função crucial ao longo do desenvolvimento e em resposta a estresses abióticos. O papel regulatório dos
microRNAs reside na complexidade e diversidade das respostas a estresses abióticos e ao desenvolvimento, visto que diversos
microRNAs, que provavelmente regulam…
Advisors/Committee Members: Margis, Rogerio.
Subjects/Keywords: MicroRNAs; Arroz; Oryza sativa
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Lima, J. C. d. (2011). MicroRNAs como reguladores do desenvolvimento em plantas e o papel regulatório em raízes de arroz (Oryza sativa L.) na resposta ao alumínio. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/29994
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Lima, Júlio César de. “MicroRNAs como reguladores do desenvolvimento em plantas e o papel regulatório em raízes de arroz (Oryza sativa L.) na resposta ao alumínio.” 2011. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/29994.
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MLA Handbook (7th Edition):
Lima, Júlio César de. “MicroRNAs como reguladores do desenvolvimento em plantas e o papel regulatório em raízes de arroz (Oryza sativa L.) na resposta ao alumínio.” 2011. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Lima JCd. MicroRNAs como reguladores do desenvolvimento em plantas e o papel regulatório em raízes de arroz (Oryza sativa L.) na resposta ao alumínio. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2011. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/29994.
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Council of Science Editors:
Lima JCd. MicroRNAs como reguladores do desenvolvimento em plantas e o papel regulatório em raízes de arroz (Oryza sativa L.) na resposta ao alumínio. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2011. Available from: http://hdl.handle.net/10183/29994
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13.
Errico, Maria Cristina.
Melanoma stem-like cells and melanoma cell lines: main molecular pathways and possible microRNA involvement.
Degree: 2011, Università degli Studi di Catania
URL: http://hdl.handle.net/10761/94
► Cancer Stem Cells (CSCs) have been identified in several malignancies and indirect evidences support the existence of melanoma stem-like cells. Since microRNAs (miRs), an abundant…
(more)
▼ Cancer Stem Cells (CSCs) have been identified in several malignancies and indirect evidences support the existence of melanoma stem-like cells. Since microRNAs (miRs), an abundant class of small non-coding RNAs playing important roles in regulating gene expression, are involved in melanoma development and progression, we investigated their possible involvement also in melanoma stem-like cells. We identified a subset of melanoma cells, isolated from lung metastatic melanomas that, cultured in appropriate serum free conditions, were able to propagate as non adherent spheres (SC), whereas in the presence of serum they adhere to the plastic and acquire the typical morphologic features of differentiated cells (PC). These melanoma spheres are also capable of self-renewing and tumorigenesis in vivo. Here we analyzed a group of selected miRs by qReal Time PCR and among them miR-221/-222 had the most consistent and significant increased expression in PC cells. In these cells we confirmed the inverse correlation between microRNA-221/-222 and p27Kip1 and c-KIT receptor, already reported in melanoma development and progression. Moreover, looking for new miR-221/-222-dependent target genes, we selected the proto-oncogene ETS-1 because its functional role in melanoma development was not completely elucidated. In fact ETS-1 has been reported either as a valuable diagnostic/prognostic marker or as molecule without a clear association with clinical outcome. Here we demonstrated that in melanoma stem cells as well as in melanoma cell lines ETS-1 is a direct target of miR-222. Furthermore we showed the existence of an ETS1-mediated repression of miR-222 in melanoma cell lines, thus we suggest that in putative melanoma stem cells proliferating as spheres (Mel SC) in comparison to their adherent counterpart (Mel PC) may be active an ETS-1 miR-222 circuitry whose deregulation could be relevant for melanoma progression. Further studies are in progress to understand the function of miRNAs in the context of gene networks controlling cell differentiation and tumorigenicity in melanoma stem-like cells.
Subjects/Keywords: CSCs; melanoma; microRNAs; ETS-1
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Errico, M. C. (2011). Melanoma stem-like cells and melanoma cell lines: main molecular pathways and possible microRNA involvement. (Thesis). Università degli Studi di Catania. Retrieved from http://hdl.handle.net/10761/94
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Errico, Maria Cristina. “Melanoma stem-like cells and melanoma cell lines: main molecular pathways and possible microRNA involvement.” 2011. Thesis, Università degli Studi di Catania. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10761/94.
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MLA Handbook (7th Edition):
Errico, Maria Cristina. “Melanoma stem-like cells and melanoma cell lines: main molecular pathways and possible microRNA involvement.” 2011. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Errico MC. Melanoma stem-like cells and melanoma cell lines: main molecular pathways and possible microRNA involvement. [Internet] [Thesis]. Università degli Studi di Catania; 2011. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10761/94.
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Council of Science Editors:
Errico MC. Melanoma stem-like cells and melanoma cell lines: main molecular pathways and possible microRNA involvement. [Thesis]. Università degli Studi di Catania; 2011. Available from: http://hdl.handle.net/10761/94
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Universidade Estadual de Campinas
14.
Oliveira, Renato Aparecido de, 1986-.
Investigação do perfil de miRNAs em cérebro de zebrafish após indução de crises epilépticas recorrentes
.
Degree: 2015, Universidade Estadual de Campinas
URL: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/312552
► Resumo: As epilepsias formam um conjunto de doenças neurológicas crônicas marcadas por eventos de interrupção recorrente e imprevisível do funcionamento normal do cérebro, denominados crises…
(more)
▼ Resumo: As epilepsias formam um conjunto de doenças neurológicas crônicas marcadas por eventos de interrupção recorrente e imprevisível do funcionamento normal do cérebro, denominados crises epilépticas. O status epilepticus (SE) é uma condição grave, considerada como emergência neurológica devido ao seu potencial para causar danos irreversíveis ao cérebro e até mesmo levar à morte. Modelos que visem uma melhor compreensão os mecanismos moleculares que permeiam as crises epilépticas, sejam eles dentro de SE ou não, podem propiciar novas alternativas de tratamento. Nesse estudo foram empregados dois protocolos de indução de crises epilépticas (agudo e SE) no modelo do zebrafish com sete dias de vida pós-fertilização tendo o pentilenotetrazol como agente convulsivante. Nosso objetivo foi investigar o perfil de miRNAs no cérebro desses animais por meio da tecnologia de sequenciamento de nova geração em equipamento HiSeq 2500. Os miRNAs dre-miR-460-3p, dre-miR-725-3p, dre-miR-31, dre-miR-132-5p, dre-miR-459-3p, dre-miR-221-5p e dre-miR-192 se apresentaram diferencialmente expressos (p ajustado < 0,01) nas comparações entre grupos controle, agudo e SE. De modo geral esses miRNAs estão envolvidos em importantes vias de sinalização celular como a diferenciação, o crescimento, sobrevivência e apoptose; Abstract: Epilepsy is the most common form of chronic neurological disease characterized by recurrent seizures. Status epilepticus (SE) is a severe condition, considered as clinical emergency because of its potential to cause irreversible brain damage and even lead to death. Animal models can be used for better understanding of the molecular mechanisms underlying seizures and open perspectives for new therapeutic targets in this disease. In this study, we aimed to established a protocol of SE and analyze the differential expression of miRNAs in zebrafish brain after pentilenetetrazole-induced seizure by using two different protocols of chemical seizure induction (acute and SE). For this purpose, we used the next generation sequencing technology (HiSeq 2500) with subsequent bioinformatics analysis. Differently expressed miRNAs (dre-miR-460-3p, dre-miR-725-3p, dre-miR-31, miR-132-5p-dre, dre-miR-459-3p, dre-miR-221-5p and dre- miR-192; adjusted p-value <0.01) were investigated by in silico analysis, and the gene target identified. In general, target genes are involved in key cell signaling pathways such as differentiation, growth, survival, and apoptosis
Advisors/Committee Members: Maurer-Morelli, Claudia Vianna, 1966- (advisor), Morelli, Cláudia Vianna Maurer (advisor), Gonçalves, Edmilson Ricardo (committee member), Torres, Fabio Rossi (committee member).
Subjects/Keywords: MicroRNAs;
Zebrafish;
Estado epiléptico;
Epilepsia
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Oliveira, Renato Aparecido de, 1. (2015). Investigação do perfil de miRNAs em cérebro de zebrafish após indução de crises epilépticas recorrentes
. (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/312552
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Oliveira, Renato Aparecido de, 1986-. “Investigação do perfil de miRNAs em cérebro de zebrafish após indução de crises epilépticas recorrentes
.” 2015. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed February 27, 2020.
http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/312552.
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Oliveira, Renato Aparecido de, 1986-. “Investigação do perfil de miRNAs em cérebro de zebrafish após indução de crises epilépticas recorrentes
.” 2015. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Oliveira, Renato Aparecido de 1. Investigação do perfil de miRNAs em cérebro de zebrafish após indução de crises epilépticas recorrentes
. [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2015. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/312552.
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Oliveira, Renato Aparecido de 1. Investigação do perfil de miRNAs em cérebro de zebrafish após indução de crises epilépticas recorrentes
. [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2015. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/312552
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University of Alberta
15.
Liang, Guanxiang.
Transcriptomic changes of the gut in dairy calves during
pre-weaned period.
Degree: PhD, Department of Agricultural, Food, and Nutritional
Science, 2015, University of Alberta
URL: https://era.library.ualberta.ca/files/c47429914t
► Maintenance of the gut health of calves is vital because enteric infections are associated with high mortality during the pre-weaned period. The small intestine is…
(more)
▼ Maintenance of the gut health of calves is vital
because enteric infections are associated with high mortality
during the pre-weaned period. The small intestine is the primary
site of many enteric infections and plays an important role in
protecting the host from pathogenic infection through both barrier
and mucosal immune functions. However, the molecular mechanisms
regulating small intestine development in the pre-weaned calf have
not been well characterized. Four studies (Chapters 2, 3, 4 and 5)
were performed to investigate the expression profiles of
protein-coding genes and microRNAs (miRNAs) in gut tissues of
pre-weaned calves, identify their changes in response to gut
microbial colonization and enteric infection, and elucidate
potential mechanisms of the small intestinal development in the
pre-weaned calves. The expression of miRNAs in the gastrointestinal
tract had dynamic changes during the pre-weaned period, and their
functions were related to the development of intestinal mucosal
immune system Moreover, significant associations between miRNA
expression and microbial populations in the small intestine
provided evidences that miRNAs were involved in mediating
host-microbial interactions. Further transcriptomic analysis
revealed higher expression levels of genes involved in complement
functional pathway, tight junction protein, and IgA complex in the
jejunum than those in the ileum, suggesting the roles of the
jejunum in the immune and barrier functions in pre-weaned calves.
In addition, during the first week after birth, the temporal
expression pattern of tight junction protein genes, antimicrobial
peptide genes, NOD-like receptor genes, a regulatory T cell marker
gene, and cytokine genes suggested that this is a critical
developmental period for intestinal mucosal immune function. An
ileal loop model was used to target Mycobacterium avium subspecies
paratuberculosis (MAP) infection to the ileal region of the small
intestine. Differentially expressed miRNAs and alternatively
spliced genes in the infected versus uninfected ileal segment
revealed significant changes in endothelial cell proliferation,
macrophage maturation and lysosome function as possible mechanisms
by which MAP escapes host immune responses. Finally, the same
surgical model was used to analyze changes in miRNA expression when
the intestinal microbiota was altered by treatment with a
dose-dependent exposure to allicin, an antimicrobial compound
present in garlic. The observed changes in miRNA expression and
their predicted function in lymphocytes development following of
the changes in gut bacterial population changes after antimicrobial
treatment further supported the conclusion that miRNA expression
was associated with microbial colonization and miRNA played a role
in regulating the intestinal mucosal immune system of pre-weaned
calves. In summary, the transcriptomic analysis revealed that the
protein-coding genes and miRNAs are involved in regulating diverse
aspects of small intestinal development that are age-dependent and
vary among…
Subjects/Keywords: gut; transcriptome; microRNAs; calf
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Liang, G. (2015). Transcriptomic changes of the gut in dairy calves during
pre-weaned period. (Doctoral Dissertation). University of Alberta. Retrieved from https://era.library.ualberta.ca/files/c47429914t
Chicago Manual of Style (16th Edition):
Liang, Guanxiang. “Transcriptomic changes of the gut in dairy calves during
pre-weaned period.” 2015. Doctoral Dissertation, University of Alberta. Accessed February 27, 2020.
https://era.library.ualberta.ca/files/c47429914t.
MLA Handbook (7th Edition):
Liang, Guanxiang. “Transcriptomic changes of the gut in dairy calves during
pre-weaned period.” 2015. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Liang G. Transcriptomic changes of the gut in dairy calves during
pre-weaned period. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of Alberta; 2015. [cited 2020 Feb 27].
Available from: https://era.library.ualberta.ca/files/c47429914t.
Council of Science Editors:
Liang G. Transcriptomic changes of the gut in dairy calves during
pre-weaned period. [Doctoral Dissertation]. University of Alberta; 2015. Available from: https://era.library.ualberta.ca/files/c47429914t
16.
Drakaki, Alexandra.
Η διερεύνηση νέων microRNA που παίζουν ρόλο στην δημιουργία καρκίνου ήπατος μέσα από υψηλής τεχνολογίας ανάλυση.
Degree: 2015, University of Crete (UOC); Πανεπιστήμιο Κρήτης
URL: http://hdl.handle.net/10442/hedi/36997
► Identification of Novel MicroRNAs Involved in Hepatocellular Carcinogenesis by High Throughput screening. Abstract-background: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the second leading cause of cancer-related death in…
(more)
▼ Identification of Novel MicroRNAs Involved in Hepatocellular Carcinogenesis by High Throughput screening. Abstract-background: Hepatocellular carcinoma (HCC) is the second leading cause of cancer-related death in men and the sixth in women. Those numbers reflect the aggressiveness of this disease while at the same time mirror the absence of effective therapeutic regimens. There have been conducted hundreds of clinical trials in which either combination chemotherapies or small molecule inhibitors and recently immune checkpoint inhibitors have been studied. However the only FDA approved drug for unresectable or metastatic HCC is sorafenib which is a tyrosine kinase inhibitor. Our interest was to identify genes that play a role in liver oncogenesis and so we directed our focus to study a novel class of small non coding RNAs, the microRNAs.MicroRNAs have been involved in the pathogenesis of different types of cancers, including liver cancer. Specific microRNA signatures have been identified to be deregulated in HCC patient tissues and also to correlate with different clinicopathological parameters including survival. Having all this in mind our mission was to identify microRNAs that have both functional and clinical relevance in HCC and examine their downstream signaling effectors. Methods: In this study, we have screened the human microRNAome, aiming to identify microRNAs that are potent regulators of HCC invasiveness. Initially we received 24 tissues from patients with liver cancer along with 14 from adjacent non tumor specimens. RNA extraction was performed and microRNA and gene expression levels were measured by quantitative real-time RT-PCR. We determined the expression levels of miR-9, miR-21 and miR-224 in those samples. Simultaneously a novel microRNA library screen was done after plating SNU-449 liver cancer cells in 96-well plates. Those were transfected with a microRNA library consisting of 316 microRNA mimics and 2 negative controls. 48hrs post transfection we evaluated the SNU-449 cell invasiveness. We also performed invasion assays in SNU-449 cells 24hrs after transfection specifically with miR-9 and anti-miR-9 and their respective controls. A TargetScan algorithm was used to identify miR-9 downstream direct targets based on bioinformatics. Those analyses were validated by performing 3’UTR luciferase assay. Precisely, we transfected SNU-449 cells with the reporter vectors carrying the 3’UTR of CDH1 or PPARA. The constructs harbored the seed sequence of miR-9 (wildtype) or had a deletion of this sequence (miR-9 mutant). At 24 hours, they were transfected with miR-9 or miR-control and at 48 hours luciferase activity was measured. We have also performed transfection with microRNA mimic for mir-9 overexpression as well as microRNA inihibitor to suppress the miR-9 activity and observed the expression levels of the downstream targets CDH1, PPARA, PDK4 and vimentin. Furthermore we performed cell proliferation as well as assessed sphere formation and colony assay in SNU-449 and HepG2 liver cancer cell lines, both…
Subjects/Keywords: Καρκίνος ήπατος; MicroRNAs; Liver cancer
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Drakaki, A. (2015). Η διερεύνηση νέων microRNA που παίζουν ρόλο στην δημιουργία καρκίνου ήπατος μέσα από υψηλής τεχνολογίας ανάλυση. (Thesis). University of Crete (UOC); Πανεπιστήμιο Κρήτης. Retrieved from http://hdl.handle.net/10442/hedi/36997
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Drakaki, Alexandra. “Η διερεύνηση νέων microRNA που παίζουν ρόλο στην δημιουργία καρκίνου ήπατος μέσα από υψηλής τεχνολογίας ανάλυση.” 2015. Thesis, University of Crete (UOC); Πανεπιστήμιο Κρήτης. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10442/hedi/36997.
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MLA Handbook (7th Edition):
Drakaki, Alexandra. “Η διερεύνηση νέων microRNA που παίζουν ρόλο στην δημιουργία καρκίνου ήπατος μέσα από υψηλής τεχνολογίας ανάλυση.” 2015. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Drakaki A. Η διερεύνηση νέων microRNA που παίζουν ρόλο στην δημιουργία καρκίνου ήπατος μέσα από υψηλής τεχνολογίας ανάλυση. [Internet] [Thesis]. University of Crete (UOC); Πανεπιστήμιο Κρήτης; 2015. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10442/hedi/36997.
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Council of Science Editors:
Drakaki A. Η διερεύνηση νέων microRNA που παίζουν ρόλο στην δημιουργία καρκίνου ήπατος μέσα από υψηλής τεχνολογίας ανάλυση. [Thesis]. University of Crete (UOC); Πανεπιστήμιο Κρήτης; 2015. Available from: http://hdl.handle.net/10442/hedi/36997
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Universidade do Rio Grande do Sul
17.
Morais, Guilherme Loss de.
MicroRNAs de sementes de soja maduras e em germinação e Transfer RNA- derived Fragments (tRFs) associados a proteínas argonautas de Arabidopsis.
Degree: 2013, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/78085
► O advento de técnicas de sequenciamento de alta eficiência possibilitou o estudo mais aprofundado de pequenos RNAs, como os microRNAs (miRNAs), a classe melhor caracterizada,…
(more)
▼ O advento de técnicas de sequenciamento de alta eficiência possibilitou o estudo mais aprofundado de pequenos RNAs, como os microRNAs (miRNAs), a classe melhor caracterizada, e a identificação de novas classes como a dos transfer RNA-derived Fragments (tRFs). Os pequenos RNAs podem atuar como reguladores negativos da expressão gênica do seu transcrito alvo. Este mecanismo, denominado Silenciamento Gênico Pós-Transcricional (PTGS) ou RNA interferência (RNAi), pode ocorrer pela indução da clivagem do transcrito alvo, ou pela repressão da tradução do mesmo. Em soja, ainda não foram descritos miRNAs atuantes na germinação da semente, os quais foram abordados no primeiro capítulo desta tese. Utilizando duas bibliotecas de sequenciamento de alta eficiência, uma relativa a sementes maduras e outra composta de uma combinação de sementes em germinação (3, 5 e 7 dias), foram identificados um total de 178 microRNAs, sendo 36 inéditos. Dos 178, 8 miRNAs com alvos potencialmente relacionados à germinação da semente, às rotas de auxina, giberelina, metabolismo lipídico, de nitrogênio e homeostase de potencial redox, foram validados por análise de degradoma. O segundo capítulo aborda a caracterização de tRFs em Arabidopsis associados com proteínas Argonauta (AGO), as quais são essenciais ao RNAi. Foram utilizadas 26 bibliotecas de sequenciamento de argonautas imunoprecipitadas (AGO-IP), relativas às AGOs 1, 2, 4, 5, 7 e 9, além de 3 bibliotecas de degradoma. O mapeamento destas sequências nos tRNAs de Arabidopsis revelou que estes pequenos RNAs são majoritariamente associados a AGO1 e 2, sendo a classe 5' de 19 nucleotídeos de comprimento a mais comum. Contudo, estes não obedecem aos critérios de direcionamento a proteínas AGO relativos ao primeiro nucleotídeo do pequeno RNA, como ocorre com miRNAs. Foram identificados quatro transcritos alvos, validados por análise do degradoma, os quais possivelmente sofrem PTGS via tRFs. Ambos os capítulos apresentam uma robusta caracterização in silico de pequenos RNAs em plantas inferindo suas possíveis funções. Contudo, mais experimentos devem ser efetuados para confirmação de seus papeis em soja e Arabidopsis.
The advent of the deep sequencing approach enabled a better characterization of small RNAs, such as microRNAs (miRNAs), the well-known small RNA class, and the identification of new classes like the transfer RNA-derived Fragments (tRFs). The small RNAs can act as negative regulators of gene expression of their target transcript. This mechanism, known as Post Transcriptional Gene Silencing (PTGS), involves dicing of the target transcript, or translational repression. In soybean, the microRNAs acting on seed germination are unknown. These miRNAs were described in the first chapter of this thesis. Using two deep sequencing libraries, relative to the mature seeds and a combination of germinating seeds (3, 5 and 7 days). A total of 178 miRNAs were identified, including 36 new ones. Eight miRNAs had targets potentially related to seed germination including some acting on auxin and…
Advisors/Committee Members: Margis, Rogerio.
Subjects/Keywords: MicroRNAs; Soja; Arabidopsis thaliana
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Morais, G. L. d. (2013). MicroRNAs de sementes de soja maduras e em germinação e Transfer RNA- derived Fragments (tRFs) associados a proteínas argonautas de Arabidopsis. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/78085
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Morais, Guilherme Loss de. “MicroRNAs de sementes de soja maduras e em germinação e Transfer RNA- derived Fragments (tRFs) associados a proteínas argonautas de Arabidopsis.” 2013. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/78085.
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MLA Handbook (7th Edition):
Morais, Guilherme Loss de. “MicroRNAs de sementes de soja maduras e em germinação e Transfer RNA- derived Fragments (tRFs) associados a proteínas argonautas de Arabidopsis.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Morais GLd. MicroRNAs de sementes de soja maduras e em germinação e Transfer RNA- derived Fragments (tRFs) associados a proteínas argonautas de Arabidopsis. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/78085.
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Council of Science Editors:
Morais GLd. MicroRNAs de sementes de soja maduras e em germinação e Transfer RNA- derived Fragments (tRFs) associados a proteínas argonautas de Arabidopsis. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10183/78085
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Universidade do Rio Grande do Sul
18.
Machado, Ronei Dorneles.
Análise da expressão de miRNAS durante o desenvolvimento de sementes de BRASSICA NAPUS e predição de seus possíveis genes alvos.
Degree: 2013, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/90466
► Brassica napus (canola) é a terceira cultura oleaginosa mais produzida no mundo, fornecendo cerca de 13% de toda a oferta mundial de óleo vegetal. Durante…
(more)
▼ Brassica napus (canola) é a terceira cultura oleaginosa mais produzida no mundo, fornecendo cerca de 13% de toda a oferta mundial de óleo vegetal. Durante o desenvolvimento de sementes, B. napus acumula compostos de reservas em estádios e tecidos específicos. A maioria destes compostos de reservas são lípidos (30-40%) e proteínas (17-26%), sendo quase que exclusivamente armazenados nos cotilédones do embrião maduro. Os microRNAs (miRNAs) desempenham um papel essencial em diversos aspectos do desenvolvimento de sementes. A função destes pequenos RNAs (sRNAs) endógenos não-codificantes é regular a expressão gênica, principalmente através da clivagem e a inibição de tradução de mRNA alvo. Estudos recentes têm contribuído para a identificação de miRNAs em sementes de B. napus, mas a expressão temporal e as funções regulatórias dos miRNAs em sementes de B. napus, especialmente durante a maturação, são desconhecidas. Para entender os padrões de expressão temporal dos miRNAs durante o desenvolvimento de sementes por RT-qPCR, este trabalho se concentra primeiramente na determinação de genes de referência para serem utilizados como normalizadores em estudos de RT-qPCR e no perfil de expressão dos miRNAs durante o desenvolvimento de sementes. A estabilidade da expressão de 16 mRNA e 43 miRNAs de B. napus foi avaliada em amostras de folha, tecidos florais e diferentes estágios de desenvolvimento de sementes. Nossas análises demonstraram que os miRNAs apresentam uma maior estabilidade de expressão do que genes que codificam proteínas, e a combinação miR156-7, miR11-1 e miR408-1 foi a mais apropriada para ser utilizada como normalizadores em estudos de expressão gênica por RT-qPCR. O perfil de expressão de 40 miRNAs foi avaliado ao longo do desenvolvimento de sementes. A maioria dos miRNAs teve sua expressão induzida durante a maturação de sementes, enquanto um pequeno número foi preferencialmente expressos em estágios iniciais do desenvolvimento das sementes. Um miRNA inédito, denominado miR03-1, apresentou uma expressão diferencial entre os estágios precoces e tardios do desenvolvimento. A expressão do miR03-1 é fortemente induzida 21 dias após o florescimento. A partir de uma abordagem computacional para predição de possíveis genes-alvo de miRNAs de B. napus foi possível identificar um total de 481 alvos putativos para 104 sequências maduras de miRNAs. Todos os alvos preditos estão diretamente relacionados com o metabolismo lipídico, dentre estes fatores de transcrição e enzimas-chave do metabolismo lipídico. O estudo da regulação destes genes por miRNAs em diferentes estágios do desenvolvimento de semente contribuirá para o entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos no metabolismo lipidico.
Brassica napus (canola) is the third largest oilseed crop in the world, providing approximately 13% of the world's supply of vegetable oil. During seed development, B. napus build up storage reserves in specific stages and tissues. The vast majority of these reserves are made up of lipids (30–40%) and proteins (17–26%) that are…
Advisors/Committee Members: Margis-Pinheiro, Márcia.
Subjects/Keywords: Brassica napus; MicroRNAs; Semente
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Machado, R. D. (2013). Análise da expressão de miRNAS durante o desenvolvimento de sementes de BRASSICA NAPUS e predição de seus possíveis genes alvos. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/90466
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Machado, Ronei Dorneles. “Análise da expressão de miRNAS durante o desenvolvimento de sementes de BRASSICA NAPUS e predição de seus possíveis genes alvos.” 2013. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/90466.
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MLA Handbook (7th Edition):
Machado, Ronei Dorneles. “Análise da expressão de miRNAS durante o desenvolvimento de sementes de BRASSICA NAPUS e predição de seus possíveis genes alvos.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Machado RD. Análise da expressão de miRNAS durante o desenvolvimento de sementes de BRASSICA NAPUS e predição de seus possíveis genes alvos. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/90466.
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Machado RD. Análise da expressão de miRNAS durante o desenvolvimento de sementes de BRASSICA NAPUS e predição de seus possíveis genes alvos. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10183/90466
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Universidade do Rio Grande do Sul
19.
Ribeiro, Patrícia Lisbôa Izetti.
Biomarcadores e novas terapias no diagnóstico e tratamento do adenocarcinoma ductal pancreático : estudos de expressão gênica e resposta celular.
Degree: 2014, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/117905
► O adenocarcinoma ductal pancreático é uma neoplasia cuja incidência é quase igual à mortalidade. Os principais fatores que contribuem para a baixa sobrevida no câncer…
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▼ O adenocarcinoma ductal pancreático é uma neoplasia cuja incidência é quase igual à mortalidade. Os principais fatores que contribuem para a baixa sobrevida no câncer de pâncreas incluem a sua biologia tumoral agressiva, o diagnóstico tardio e a baixa eficácia dos tratamentos atualmente disponíveis. Com o presente estudo, objetivamos identificar biomarcadores com potencial diagnóstico, bem como novas terapias que possam contribuir para o controle do câncer de pâncreas. Para isso, foram propostas duas diferentes linhas de investigação: o estudo de biomarcadores salivares como possíveis ferramentas para a detecção do câncer de pâncreas e a avaliação de novas drogas (isoladas e em combinação) em linhagens de adenocarcinoma ductal pancreático. Dessa forma, os objetivos específicos desse trabalho foram: 1) estudar a expressão dos genes KRAS e DPM1 na saliva de pacientes com adenocarcinoma ductal pancreático, pancreatite crônica e controles sem doença pancreática; 2) avaliar a reativação farmacológica da proteína p53 mutante pelo composto PRIMA-1 em linhagens tumorais de adenocarcinoma ductal pancreático e 3) investigar o efeito da combinação do composto PRIMA-1 com o inibidor de desacetilase de histonas butirato de sódio. Para os estudos de expressão gênica, foram conduzidas análises por PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR) para determinar a expressão dos genes KRAS e DPM1 em amostras de saliva. Em relação aos estudos com linhagens celulares de adenocarcinoma ductal pancreático, foram selecionadas três tipos com diferentes padrões de expressão da proteína p53: PANC-1 (TP53 p.R273H), CAPAN-2 (TP53 wild-type) e BxPC-3 (TP53 p.Y220C) foram utilizadas como modelos in vitro. Para avaliar a resposta celular às drogas, foram realizados estudos de viabilidade celular (MTT), apoptose (AnexinaV/FITC), ciclo celular (BrDU), western-blot e transfecção por siRNAs. Em relação às análises de expressão gênica em saliva, encontramos uma diferença significativa na expressão de KRAS em amostras de câncer de pâncreas, quando comparado aos níveis de expressão em amostras de indivíduos controles. No entanto, uma alta expressão foi detectada também em amostras de pacientes com pancreatite crônica, sugerindo uma baixa especificidade para esse marcador. Nos estudos com novas terapias, observamos que o emprego do composto PRIMA-1 induziu a apoptose de forma seletiva nas células com p53 mutante (PANC-1), redução na síntese de DNA e parada no ciclo celular (G2/M) 12h após o tratamento na dose de 75 μM, efeito que foi intensificado pela associação com o inibidor de desacetilase de histonas butirato de sódio. Os resultados encontrados indicam que o gene KRAS pode ser um potencial biomarcador para o diagnóstico não invasivo de doenças pancreáticas, merecendo estudos complementares e com um número maior de amostra. Também indicam que o composto PRIMA-1 é capaz de controlar a proliferação e induzir apoptose de forma sustentada em células de câncer de pâncreas com mutações no gene TP53, sugerindo um novo alvo potencial para o tratamento dessa…
Advisors/Committee Members: Prolla, Patrícia Ashton.
Subjects/Keywords: Adenocarcinoma ductal pancreático; Biomarcadores; MicroRNAs
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Ribeiro, P. L. I. (2014). Biomarcadores e novas terapias no diagnóstico e tratamento do adenocarcinoma ductal pancreático : estudos de expressão gênica e resposta celular. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/117905
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Ribeiro, Patrícia Lisbôa Izetti. “Biomarcadores e novas terapias no diagnóstico e tratamento do adenocarcinoma ductal pancreático : estudos de expressão gênica e resposta celular.” 2014. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/117905.
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Ribeiro, Patrícia Lisbôa Izetti. “Biomarcadores e novas terapias no diagnóstico e tratamento do adenocarcinoma ductal pancreático : estudos de expressão gênica e resposta celular.” 2014. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Ribeiro PLI. Biomarcadores e novas terapias no diagnóstico e tratamento do adenocarcinoma ductal pancreático : estudos de expressão gênica e resposta celular. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2014. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/117905.
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Ribeiro PLI. Biomarcadores e novas terapias no diagnóstico e tratamento do adenocarcinoma ductal pancreático : estudos de expressão gênica e resposta celular. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2014. Available from: http://hdl.handle.net/10183/117905
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Universidade do Rio Grande do Sul
20.
Gromann, Lorrayne Gomes Molina.
Identificação e análise de expressão de microRNAs em tecidos florais de soja (Glycine max (L.) Merrill).
Degree: 2012, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/54415
► A soja é uma das culturas mais importantes a nível mundial, devido à produção de óleo e a seu alto teor proteico. A fase reprodutiva…
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▼ A soja é uma das culturas mais importantes a nível mundial, devido à produção de óleo e a seu alto teor proteico. A fase reprodutiva é a mais importante para a produtividade da soja, visto que seu cultivo se destina principalmente à produção de grãos. Os microRNAs (miRNAs) desempenham funções essenciais em diversos aspectos do desenvolvimento reprodutivo, incluindo o florescimento, a fertilidade e o desenvolvimento da semente. A função destes pequenos RNAs (sRNAs) endógenos não codificantes é regular a expressão gênica, principalmente através de clivagem e inibição da tradução de mRNAs alvos. A identificação de miRNAs ainda não está saturada e, em soja, não há trabalhos relacionando-os aos diferentes órgãos florais, que são fundamentais na produtividade desta cultura. Neste estudo, amostras de flores, carpelos, estames e pétalas de soja foram usadas na construção de quatro bibliotecas de sRNAs sequenciadas utilizando a plataforma Solexa, gerando um total de 13.557.795 sequências. Através da análise do mapeamento das sequências de sRNAs das bibliotecas em candidatos a precursores de miRNAs de soja identificados, 276 foram considerados precursores autênticos, incluindo 143 precursores novos. Foram identificados 235 miRNAs maduros, dos quais 51 são miRNAs inéditos, pertencentes a 40 novas famílias. Os demais miRNAs identificados pertencem a 64 famílias conhecidas de miRNAs de plantas, das quais três ainda não tinham sido reportadas em soja. Todas as famílias de miRNAs que estão envolvidas na regulação do florescimento foram identificadas entre as mais frequentes nos tecidos florais de soja. Na análise de expressão pela frequência de sequências nas bibliotecas de sRNAs de carpelos, estames e pétalas, 67.2% (158) dos miRNAs identificados foram diferencialmente expressos. Análises de expressão por PCR quantitativa (RT-qPCR) comprovaram a expressão diferencial de 19 miRNAs. O miRNA inédito denominado NF13 apresentou a maior diferença entre os tecidos, sendo fortemente induzido nos carpelos. Para os miRNAs com expressão diferencial comprovada por RT-qPCR foi feita a predição computacional dos genes alvos, para muitos dos quais já foram descritas funções relacionadas ao processo reprodutivo em plantas. O estudo da regulação destes genes pelos miRNAs em diferentes tecidos e estádios de desenvolvimento floral contribuirá para o entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos na reprodução da soja.
Soybean is one of the most important crops worldwide, due to the production of oil and its high protein content. The reproductive phase is considered the most important for the yield of soybean, which is mainly intended to produce the grains. MicroRNAs (miRNAs) play essential roles in various aspects of reproductive development, including flowering, fertility and seed development. The function of these endogenous small non-coding RNAs (sRNAs) is to regulate gene expression, mainly through cleavage and translation inhibition of target mRNAs. The identification of miRNAs is not yet saturated in soybeans, and there are no studies…
Advisors/Committee Members: Margis, Rogerio.
Subjects/Keywords: Soja; MicroRNAs; Glycine max
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Gromann, L. G. M. (2012). Identificação e análise de expressão de microRNAs em tecidos florais de soja (Glycine max (L.) Merrill). (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/54415
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Gromann, Lorrayne Gomes Molina. “Identificação e análise de expressão de microRNAs em tecidos florais de soja (Glycine max (L.) Merrill).” 2012. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/54415.
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Gromann, Lorrayne Gomes Molina. “Identificação e análise de expressão de microRNAs em tecidos florais de soja (Glycine max (L.) Merrill).” 2012. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Gromann LGM. Identificação e análise de expressão de microRNAs em tecidos florais de soja (Glycine max (L.) Merrill). [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2012. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/54415.
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Gromann LGM. Identificação e análise de expressão de microRNAs em tecidos florais de soja (Glycine max (L.) Merrill). [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2012. Available from: http://hdl.handle.net/10183/54415
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Universidade do Rio Grande do Sul
21.
Santos, Francine Melise dos.
Análise de microRNAs-LIKE em cryptococcus gattii.
Degree: 2013, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/96872
► O complexo Cryptococcus possui 37 espécies descritas, das quais se destacam C. neoformans e C. gattii devido a sua capacidade de causar doença tanto em…
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▼ O complexo Cryptococcus possui 37 espécies descritas, das quais se destacam C. neoformans e C. gattii devido a sua capacidade de causar doença tanto em humanos como animais. A fim de se prevenir de organismos patogênicos, o hospedeiro pode reduzir a disponibilidade de nutrientes em um processo conhecido como imunidade nutricional. Além disso, é bem descrito o papel central de metais essenciais em relação à expressão dos fatores de virulência nas espécies patogênicas do gênero Cryptococcus. MicroRNAs (miRNAs) são importantes mediadores da expressão gênica em resposta a estresses, incluindo privação de metais ou toxicidade causada pelos mesmos. Entretanto, pouco é conhecido sobre expressão de miRNAs ou miRNAs-like em C. gattii. Portanto, o objetivo desde trabalho foi determinar o perfil miRNAs ou miRNAs-like produzidos por C. gattii durante privação de ferro e privação de zinco. Células de C. gattii R265 foram cultivadas em três condições: privação de zinco, privação de ferro e condição controle. As sequências dos pequenos RNAs foram obtidas por RNA-Seq. A fim de identificar miRNAs em C. gattii, as sequências não redundantes foram alinhadas às sequências dos genomas das linhagens de C. gattii R265 e WM276. Foi realizada a predição de miRNAs ou microRNA-like com ferramentas de bioinformática que resultou em 31 possíveis miRNAs na linhagem R265 e 26 na linhagem WM276, respectivamente. Análises in silico da expressão diferencial dos miRNAs mostraram que a maioria está presente nas três condições, ao passo que apenas dois estão presentes apenas nas condições de privação de metais. Desta forma, estes miRNAs-like podem estar exercendo algum papel importante na homeostase de metais em resposta a condições que mimetizam o ambiente de infecção. Visto que a linhagem R265 de C. gattii não possui um gene codificador da proteína Argonauta, a qual desempenha um papel central na via de RNA de interferência (RNAi), esta via possivelmente não seria responsável pelo silenciamento de outros genes. Levanta-se a hipótese que estes miRNAs-like poderiam ser exportados da célula e, então, modular a expressão gênica no hospedeiro. Esta análise foi iniciada pela avaliação de possíveis alvos expressos pelos genomas de camundongo e humano. Alguns destes alvos mostraram relação com a resposta imune nos hospedeiros. Esta identificação deve esclarecer o papel desenvolvido por miRNAs na regulação da expressão gênica na interação patógeno-hospedeiro.
The Cryptococcus complex has 37 species described, from which C. neoformans and C. gattii stand out for their ability to cause disease in humans and animals. To prevent infection with pathogenic microorganisms, host may reduce the availability of nutrients in a process known as nutritional immunity. Furthermore, it is well described that essential metals have central roles related to the regulation of expression of virulence factors in pathogenic Cryptococcus species. MicroRNAs (miRNAs) are important mediators of gene expression in response to several stresses, including metal deprivation or toxicity.…
Advisors/Committee Members: Staats, Charley Christian.
Subjects/Keywords: Cryptococcus gattii; Criptococose; MicroRNAs
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Santos, F. M. d. (2013). Análise de microRNAs-LIKE em cryptococcus gattii. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/96872
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Santos, Francine Melise dos. “Análise de microRNAs-LIKE em cryptococcus gattii.” 2013. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/96872.
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MLA Handbook (7th Edition):
Santos, Francine Melise dos. “Análise de microRNAs-LIKE em cryptococcus gattii.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Santos FMd. Análise de microRNAs-LIKE em cryptococcus gattii. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/96872.
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Council of Science Editors:
Santos FMd. Análise de microRNAs-LIKE em cryptococcus gattii. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10183/96872
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22.
Moreira, Lúcia Margarida Ferreira.
Reprogramação da diferenciação por miRNAs dependentes de CDX2.
Degree: 2017, RCAAP
URL: http://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:http://repositorio.utad.pt/:10348/7997
► Dissertação de Mestrado em Biotecnologia para as Ciências da Saúde
No trato gastrointestinal, SOX2 e CDX2 são os fatores de transcrição chave para a diferenciação…
(more)
▼ Dissertação de Mestrado em Biotecnologia para as Ciências da Saúde
No trato gastrointestinal, SOX2 e CDX2 são os fatores de transcrição chave para
a diferenciação dos tecidos, particularmente esófago, estômago e intestino. Na parte
anterior o SOX2 tem um papel ativo na regulação da diferenciação da mucosa esofágica
e gástrica, enquanto na parte posterior é o CDX2 que desempenha um papel essencial
na diferenciação intestinal. Sabe-se que a expressão de SOX2 e CDX2 é mutuamente
exclusiva, em tecidos normais. Para além disso, experiências em modelos animais
mostraram que quando se diminui a expressão de SOX2 ocorre um aumento de CDX2
e vice-versa.
As células com perda total de expressão do gene CDX2 têm um aumento da
expressão do gene SOX2, demonstrando uma interligação na expressão destas
proteínas. Uma vez que não é conhecida atividade repressora de CDX2 tentou-se
estudar uma regulação negativa mediada por microRNAs,
Recorrendo a um array de 754 microRNAs foram selecionados 106 que
obtiveram um Ct<32 tendo sido normalizados para os 3 housekeepings, e para a média
de todos os microRNAs. Para obter uma lista mais restrita e possivelmente mais robusta
de microRNAs diferencialmente expressos nas 3 linhas celulares em estudo,
selecionamos os miRNAs que apareceram diferencialmente expressos quando a
normalização foi feita utilizando a média e pelo menos um dos 3 housekeepings.
Obtivemos uma lista de 10 potenciais microRNAs de interesse regulados por CDX2.
Com recurso à base de dados miRanda e pesquisa bibliográfica fomos investigar quais
desses miRNAs poderiam regular o mRNA SOX2. Selecionamos os let-7d, miR-27b e
miR-19a para validação. O miR-19a e miR-let7d não foram validados, em contrapartida
o miR-27b demonstrou um aumento significativo da sua expressão na linha que
expressa CDX2 o que pode significar a sua regulação por CDX2. Futuramente este
microRNA será estudado quanto ao seu efeito no mRNA de SOX2.
In the gastrointestinal tract, SOX2 and CDX2 are key transcription factors for
tissues differentiation, particularly esophagus, stomach and intestine. SOX2 has an
active role in the regulation of differentiation of esophageal and gastric mucosa, while
CDX2 has an essential role in the intestinal differentiation. It is known that expression of
SOX2 and CDX2 is mutually exclusive in normal tissues. Furthermore, experiments in
animal have shown that when SOX2 expression decreases, CDX2 increased and vice
versa.
Cells with total loss of CDX2 gene expression have an increased expression of
SOX2 gene, showing an interconnection in the expression of these proteins. Since it is
not known any repressor activity of CDX2 it was put to the test a down regulation
mediated by microRNAs.
Using an array of 754 microRNAs were selected 106, which obtained a Ct <32
being normalized for 3 housekeeping’s, and for global averages. To obtain a more
restricted list and possibly more robust of microRNAs differentially expressed in 3 cell
lines under study, we selected miRNAs that appeared differentially expressed when the
normalization…
Advisors/Committee Members: Almeida, Raquel Maria da Silva Graça, Barros, Rita Henriques Pinto de.
Subjects/Keywords: Neoplasias; Cólon; MicroRNAs; Reprogramação
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Moreira, L. M. F. (2017). Reprogramação da diferenciação por miRNAs dependentes de CDX2. (Thesis). RCAAP. Retrieved from http://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:http://repositorio.utad.pt/:10348/7997
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Moreira, Lúcia Margarida Ferreira. “Reprogramação da diferenciação por miRNAs dependentes de CDX2.” 2017. Thesis, RCAAP. Accessed February 27, 2020.
http://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:http://repositorio.utad.pt/:10348/7997.
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Moreira, Lúcia Margarida Ferreira. “Reprogramação da diferenciação por miRNAs dependentes de CDX2.” 2017. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Moreira LMF. Reprogramação da diferenciação por miRNAs dependentes de CDX2. [Internet] [Thesis]. RCAAP; 2017. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:http://repositorio.utad.pt/:10348/7997.
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Moreira LMF. Reprogramação da diferenciação por miRNAs dependentes de CDX2. [Thesis]. RCAAP; 2017. Available from: http://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:http://repositorio.utad.pt/:10348/7997
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23.
Muller-Coan, Barbara Grasiele [UNESP].
Efeitos da oncoproteína LMP1 do vírus de Epstein-Barr no potencial de invasão e na expressão de microRNAs endógenos em células humanas in vitro.
Degree: 2016, Universidade Estadual Paulista
URL: http://hdl.handle.net/11449/144990
► O vírus Epstein-Barr (Epstein-Barr virus - EBV) é um herpesvírus ubíquo que participa na patogênese de diferentes neoplasias malignas humanas, notadamente o linfoma de Burkitt…
(more)
▼ O vírus Epstein-Barr (Epstein-Barr virus - EBV) é um herpesvírus ubíquo que participa na patogênese de diferentes neoplasias malignas humanas, notadamente o linfoma de Burkitt endêmico e o carcinoma indiferenciado de nasofaringe. Tem tropismo principalmente por células epiteliais e linfócitos B e seu ciclo biológico é dividido em fases de infecção lítica e latente. Isolados distintos do EBV podem apresentar propriedades biológicas peculiares: por exemplo, em relação ao isolado viral B95-8, o M81 tem predileção por células epiteliais e é mais suscetível a induzir reativação lítica espontânea. As células neoplásicas latentemente infectadas pelo EBV expressam número limitado de produtos virais, alguns com papel cancerígeno bem documentado. Nesse sentido merece destaque a proteína latente de membrana 1 (Latent Membrane Protein 1 - LMP1), uma proteína transmembrana com propriedades transformantes in vitro e in vivo. Adicionalmente, a expressão de LMP1 em células epiteliais estimula motilidade e invasão celular, o que reflete em na agressividade biológica de carcinomas associados ao EBV. Para esse efeito, LMP1 pode regular a expressão de determinados microRNAs, que por sua vez podem atuar em diversos processos celulares, como progressão do ciclo celular, proliferação celular, metabolismo celular e apoptose. Alguns microRNAs estão envolvidos em condições adversas à saúde, incluindo a carcinogênese, a progressão tumoral e o surgimento do fenótipo de resistência à drogas em cânceres. A expressão de EBV LMP1 contribui no potencial metastático do carcinoma de nasofaringe; entretanto, é desconhecido se a LMP1 de diferentes isolados virais exibem efeitos distintos no que se refere aos fenômenos da progressão de carcinomas. Por essa razão, o presente estudo verificou se as diferentes variantes de LMP1 (e.g., isolados B95-8 e M81) induziram níveis distintos de migração e invasão celular e de expressão de diversos microRNAs. Para tanto, células expressando a proteína LMP1 dos isolados virais B95-8 e M81, foram submetidas a experimento de migração e invasão celular in vitro e análise da expressão dos miRNAs. Quanto à indução de migração e invasão celular, as variantes não apresentaram diferenças significativas, porém, a expressão de microRNAs demonstrou um indício in silico da variante M81 de induzir a regulação negativa de genes envolvidos em estímulos da adesão focal, angiogênese, anti-apoptóticos, modulação da expressão gênica celular, motilidade e proliferação celular.
Epstein-Barr virus (EBV) is a ubiquitous herpesvirus that participates in many human cancers pathogenesis, such as endemic Burkitt lymphoma and undifferentiated nasopharyngeal carcinoma. EBV cycle is divided into the lytic and latent infection and distinct viral strains may present peculiar biological properties; compared to the viral isolate B95-8, M81 has propensity to epithelial cell infection and can more likely induce spontaneous lytic activation. In latently-infected neoplastic cells, EBV expresses a limited set of viral products, some of them with well…
Advisors/Committee Members: Oliveira, Deilson Elgui de [UNESP], Universidade Estadual Paulista (UNESP).
Subjects/Keywords: Epstein-Barr; microRNAs; Carcinoma; LMP1
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APA (6th Edition):
Muller-Coan, B. G. [. (2016). Efeitos da oncoproteína LMP1 do vírus de Epstein-Barr no potencial de invasão e na expressão de microRNAs endógenos em células humanas in vitro. (Thesis). Universidade Estadual Paulista. Retrieved from http://hdl.handle.net/11449/144990
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Muller-Coan, Barbara Grasiele [UNESP]. “Efeitos da oncoproteína LMP1 do vírus de Epstein-Barr no potencial de invasão e na expressão de microRNAs endógenos em células humanas in vitro.” 2016. Thesis, Universidade Estadual Paulista. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/11449/144990.
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MLA Handbook (7th Edition):
Muller-Coan, Barbara Grasiele [UNESP]. “Efeitos da oncoproteína LMP1 do vírus de Epstein-Barr no potencial de invasão e na expressão de microRNAs endógenos em células humanas in vitro.” 2016. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Muller-Coan BG[. Efeitos da oncoproteína LMP1 do vírus de Epstein-Barr no potencial de invasão e na expressão de microRNAs endógenos em células humanas in vitro. [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual Paulista; 2016. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/11449/144990.
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Council of Science Editors:
Muller-Coan BG[. Efeitos da oncoproteína LMP1 do vírus de Epstein-Barr no potencial de invasão e na expressão de microRNAs endógenos em células humanas in vitro. [Thesis]. Universidade Estadual Paulista; 2016. Available from: http://hdl.handle.net/11449/144990
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Universidade do Rio Grande do Sul
24.
Calloni, Raquel.
Predição de função de RNAs não codificantes característicos do estado tronco embrionário humano através de ferramentas de bioinformática.
Degree: 2017, Universidade do Rio Grande do Sul
URL: http://hdl.handle.net/10183/173128
► O genoma humano tem um tamano aproximado de 3,2 Gb e aproximadamente 74% das suas sequências são transcritas em RNAs. Destes transcritos, cerca de 33…
(more)
▼ O genoma humano tem um tamano aproximado de 3,2 Gb e aproximadamente 74% das suas sequências são transcritas em RNAs. Destes transcritos, cerca de 33 mil não são traduzidos em proteínas, desempenhando seu papel funcional na célula na forma de RNAs. Dentre os trancritos que não codificam proteínas estão os lncRNAs, os pseudogenes e os circRNAs. Inicialmente considerados como ruídos transcricionais, esses RNAs têm chamado cada vez mais a atenção da comunidade científica e têm sido atribuídos a um série de funções celulares. Apesar do crescente número de trabalhos enfocando estes RNAs, pouco se sabe sobre essas moléculas em células-tronco embrionárias (CTEs) humanas, tanto no que se refere ao conjunto de moléculas expressas quanto sobre a função por elas desempenhada. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo identificar os lncRNAs, pseudogenes e circRNAs expressos em células-tronco embrionárias humanas a partir de dados de RNA-seq depositados no banco de dados GEO e inferir, através de ferramentas de bioinformática, as possíveis funções desempenhadas por estas moléculas no estado tronco. As análises revelaram, ao todo 1182 ncRNAs pertencentes as três classes em estudo (lncRNA, n=317; pseudogene, n=585; e circRNA, n=280) no conjunto de dados principal. Quando este foi comparado a outros conjuntos de dados, 87 lncRNAs, 51 pseudogenes e 10 circRNAs foram detectados como transcritos comuns. Dentre os lncRNAs e os pseudogenes, 15 foram selecionados para inferência de função pela abordagem de guilty by association. Foi possível associar RNA selecionados a processos como splicing, organização de cromatina, mitose, ciclo celular, biogênese de ribossomos, reparo de DNA e resposta ao dano, apoptose, organização do citoesqueleto, desenvolvimento embrionário e regulação da diferenciação celular. Além disso, alguns dos RNAs em estudo mostraram-se fortes candidatos a atuarem como competidores endógenos de mRNAs expressos em CTEs. Análises de correlação, de força de ligação ao miRNA e do tipo de seed do sítio de ligação apontaram os pares de mRNAs e ncRNAs AHCY-RP11-253E3.3, F2RL1-EEF1A1P6, HSPD1-SNHG5, INO80-RP11-20D14.6, PARP1-RP11-20D14.6 e PRIM2-GAS5, juntamente com o RNA circular circ-HIPK3, como os RNAs com maior potencial para competirem pelos miRNAs expressos em CTEs. Estes resultados voltam a atenção da pesquisa básica para uma parte pouco conhecida da biologia das CTEs e direcionam futuros experimentos visando a elucidação da função de ncRNAs nesse contexto celular. Ensaios de modulação da expressão dos ncRNAs e a observação concomitante da respostas dos RNAs e proteínas a eles relacionados são o próximo passo para desvendar os mecanismos moleculares através dos quais estes RNAs desempenham seus papeis em CTEs.
The human genome has an average size of 3.2 Gb and approximately 74% of its sequences are transcribed into RNAs. From this transcripts, around 33 thousand are not translated into proteins, performing their cellular roles as RNAs molecules. Among the non-protein coding transcripts are the lncRNAs, the…
Advisors/Committee Members: Bonatto, Diego.
Subjects/Keywords: Células-tronco embrionárias; RNA; MicroRNAs
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Calloni, R. (2017). Predição de função de RNAs não codificantes característicos do estado tronco embrionário humano através de ferramentas de bioinformática. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/173128
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Calloni, Raquel. “Predição de função de RNAs não codificantes característicos do estado tronco embrionário humano através de ferramentas de bioinformática.” 2017. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10183/173128.
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MLA Handbook (7th Edition):
Calloni, Raquel. “Predição de função de RNAs não codificantes característicos do estado tronco embrionário humano através de ferramentas de bioinformática.” 2017. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Calloni R. Predição de função de RNAs não codificantes característicos do estado tronco embrionário humano através de ferramentas de bioinformática. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2017. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10183/173128.
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Council of Science Editors:
Calloni R. Predição de função de RNAs não codificantes característicos do estado tronco embrionário humano através de ferramentas de bioinformática. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2017. Available from: http://hdl.handle.net/10183/173128
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University of the Western Cape
25.
Pitts, Stephanie Julia.
“An investigation into the MicroRNA-gene interactions involved in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus”
.
Degree: 2015, University of the Western Cape
URL: http://hdl.handle.net/11394/5070
► Systemic lupus erythematosus is a chronic, inflammatory disease characterised by the production of autoantibodies which target particularly the nuclear components of multiple cell types throughout…
(more)
▼ Systemic lupus erythematosus is a chronic, inflammatory disease characterised by the production of autoantibodies which target particularly the nuclear components of multiple cell types throughout the body. MicroRNA’s have been well-established to regulate gene function by partial-, or complete binding to the 3’-UTR of the target genes, causing repression or complete degradation of the target gene. As a result, proteins normally produced by the targeted mRNA would exhibit a decrease in production.The aim of this study was to investigate the interactions between genes and
microRNAs implicated in the pathogenesis of SLE. Objectives included curating lists of miRNAs and genes associated with lupus pathogenesis, to identify regulatory targets of miRNAs and genes targeted by miRNAs, and to find the intersections of these outputs. By examining the intersections of the resultant targets, we aimed to identify novel interactions using Pathway Analysis, which have not been previously reported in scientific literature, to be associated with the pathogenesis of SLE. Understanding the miRNA-gene target interactions in the progression of SLE may provide us with essential biomarkers and targets for disease diagnosis and therapy.
Advisors/Committee Members: Tiffin, Nicki (advisor), Gamieldien, Junaid (advisor).
Subjects/Keywords: Genes;
MicroRNAs;
Systemic lupus erythematosus
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Pitts, S. J. (2015). “An investigation into the MicroRNA-gene interactions involved in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus”
. (Thesis). University of the Western Cape. Retrieved from http://hdl.handle.net/11394/5070
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Pitts, Stephanie Julia. ““An investigation into the MicroRNA-gene interactions involved in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus”
.” 2015. Thesis, University of the Western Cape. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/11394/5070.
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MLA Handbook (7th Edition):
Pitts, Stephanie Julia. ““An investigation into the MicroRNA-gene interactions involved in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus”
.” 2015. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Pitts SJ. “An investigation into the MicroRNA-gene interactions involved in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus”
. [Internet] [Thesis]. University of the Western Cape; 2015. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/11394/5070.
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Council of Science Editors:
Pitts SJ. “An investigation into the MicroRNA-gene interactions involved in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus”
. [Thesis]. University of the Western Cape; 2015. Available from: http://hdl.handle.net/11394/5070
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Texas State University – San Marcos
26.
Sousares, Michaela M.
MicroRNA-506-3p as a Differentiation Agent for Neuroblastoma.
Degree: MS, Biochemistry, 2017, Texas State University – San Marcos
URL: https://digital.library.txstate.edu/handle/10877/8783
► Neuroblastoma is the most common solid tumor cancer in infants less than 1 year of age, and the second most common extracranial cancer in children.…
(more)
▼ Neuroblastoma is the most common solid tumor cancer in infants less than 1 year of age, and the second most common extracranial cancer in children. Approximately 60% of the cases have already spread to the lymph nodes at diagnosis, where children with this disease typically do not live past 10 years of age. The high mortality rate of this cancer arises from the failure of neural crest cell precursors to differentiate, which inhibits the maturation of these cells, leaving immortal, infant malignancies. 13-cis-retionoic acid is currently used as the agent of choice for neuroblastoma, but exhibits a 50% recurrence of tumor cells, leaving the identification of new targets a crucial step in the elucidation of neuroblastoma.
MicroRNAs are small, noncoding RNAs, that regulate transcription and the expression of many genes. They perform posttranscriptional gene modification by translational suppression, mRNA degradation, or site-specific cleavage of mRNAs. The dysregulation of these molecules leads to tumor development and metastasis, along with chemoresistance and multidrug resistance. MicroRNA mimics are partially double-stranded RNAs designed to mimic the function of endogenous miRNAs, effectively increasing the level of cellular miRNAs. Recent studies have provided evidence for the use of miRNAs in the induction of differentiation of neuroblastoma cells, which induce malignant cells to mature and undergo apoptosis. More recently, a novel miRNA, miR-506-3p, was identified as a potent inducer of neuroblastoma cell differentiation by the down-regulation of two target genes at the 3’UTR target site, suggesting this as an effective differentiation agent for neuroblastomal remission therapy. The current study examined the effects of retinoic acid and miR-506-3p mimic, alone and in combination, on undifferentiated neuroblastoma cells. To approach this, techniques such as cell culture, forward and reverse transfection, neurite outgrowth assays, cell viability assays, cell proliferation assays, and Western Blot were used to quantify the differentiation-inducing effect of these treatments. For both all-trans-retinoic acid (ATRA) and microRNA-506-3p mimic-treated cells with different genetic backgrounds, there were variations in the responses. More cell lines responded to the miR-506-3p mimic, indicating the possibility of a more generic effect than ATRA on neuroblastoma cell differentiation. For combined treatments, all experimental values were less than predicted. In sum, the results provided here support the hypothesis that the miR-506-3p mimic may have a more generic effect than ATRA on neuroblastoma cell differentiation, but we cannot report synergism for the response following combined treatments on neuroblastoma cell viability. However, an enhanced effect for the combined treatments was observed.
Advisors/Committee Members: Du, Liqin (advisor), Lewis, L. Kevin (committee member), Lewis, Karen A. (committee member).
Subjects/Keywords: Neuroblastoma; Differentiation; microRNAs; Chemoresistance; Tumorigenesis
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Sousares, M. M. (2017). MicroRNA-506-3p as a Differentiation Agent for Neuroblastoma. (Masters Thesis). Texas State University – San Marcos. Retrieved from https://digital.library.txstate.edu/handle/10877/8783
Chicago Manual of Style (16th Edition):
Sousares, Michaela M. “MicroRNA-506-3p as a Differentiation Agent for Neuroblastoma.” 2017. Masters Thesis, Texas State University – San Marcos. Accessed February 27, 2020.
https://digital.library.txstate.edu/handle/10877/8783.
MLA Handbook (7th Edition):
Sousares, Michaela M. “MicroRNA-506-3p as a Differentiation Agent for Neuroblastoma.” 2017. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Sousares MM. MicroRNA-506-3p as a Differentiation Agent for Neuroblastoma. [Internet] [Masters thesis]. Texas State University – San Marcos; 2017. [cited 2020 Feb 27].
Available from: https://digital.library.txstate.edu/handle/10877/8783.
Council of Science Editors:
Sousares MM. MicroRNA-506-3p as a Differentiation Agent for Neuroblastoma. [Masters Thesis]. Texas State University – San Marcos; 2017. Available from: https://digital.library.txstate.edu/handle/10877/8783
Virginia Tech
27.
Chafin, Cristen Brooke.
MicroRNA-mediated Attenuation of Inflammation in NZB/W Lupus Mice.
Degree: PhD, Veterinary Medicine, 2013, Virginia Tech
URL: http://hdl.handle.net/10919/51666
► Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease characterized by the production and deposition of nuclear self-antigen-containing immune complexes. Epigenetic factors, including altered microRNA (miRNA)…
(more)
▼ Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease characterized by the production and deposition of nuclear self-antigen-containing immune complexes. Epigenetic factors, including altered microRNA (miRNA) expression, may contribute to aberrant immune cell function in SLE. miRNAs are small, noncoding RNAs that bind to the 3’ untranslated region of target mRNAs resulting in post-transcriptional gene modulation. IL-6, an inflammatory cytokine overproduced by mesangial cells in SLE, contains a potential binding site for miR-let-7a. In order to examine if alterations in miR-let-7a expression can influence inflammatory mediator production in SLE, we isolated mesangial cell miRNAs from 8 and 32- week-old female New Zealand Black/White (NZB/W) mice. We found miR-let-7a expression was significantly increased in the mesangial cells of pre-diseased and actively diseased NZB/W mice compared to age-matched female New Zealand White (NZW) controls. Overexpression of miR-let-7a in vitro increased IL-6 production in LPS/IFN-γ-stimulated mesangial cells compared to the stimulated control. Due to the crucial role of miR-let-7a in cell division and inflammation, we investigated miR-let-7a-mediated proliferation and NFκB activation in J774A.1 macrophages and MES 13 mesangial cells in vitro. Cell proliferation, retinoblastoma protein (Rb) phosphorylation, and NFκB activation were increased in cells transfected with miR-let-7a and stimulated with LPS/IFN-γ. Expression and production of the cell cycle inhibitor E2F5 was decreased in stimulated cells overexpressing miR-let-7a. We found that the cell cycle promoter E2F2 and NFκB target the miR-let-7a promoter. Next we sought to determine alterations in iii specific disease-associated miRNAs in female NZB/W mice treated with hydroxychloroquine (HCQ) or prednisone (PRED) for 12 weeks beginning at 20 weeks-of-age. We found that treatment with HCQ or PRED induced unique changes to miRNA expression in multiple tissues. In order to identify specific miRNAs as disease-modifying agents and not merely disease correlates, further in vitro analyses confirmed HCQ or PRED-mediated inhibition of miRNAs is critical to alter the inflammatory response. Taken together, our results suggest that overexpression of miR-let-7a may contribute to hyperplasia and the proinflammatory response in SLE. Our studies indicate that lupus therapeutics may work, in part, by altering the expression of disease-associated miRNAs in immune cells and the urine.
Advisors/Committee Members: Reilly, Christopher Michael (committeechair), Ahmed, S. Ansar (committee member), Li, Liwu (committee member), Caudell, David L. (committee member).
Subjects/Keywords: inflammation; microRNAs; systemic lupus erythematosus
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Chafin, C. B. (2013). MicroRNA-mediated Attenuation of Inflammation in NZB/W Lupus Mice. (Doctoral Dissertation). Virginia Tech. Retrieved from http://hdl.handle.net/10919/51666
Chicago Manual of Style (16th Edition):
Chafin, Cristen Brooke. “MicroRNA-mediated Attenuation of Inflammation in NZB/W Lupus Mice.” 2013. Doctoral Dissertation, Virginia Tech. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10919/51666.
MLA Handbook (7th Edition):
Chafin, Cristen Brooke. “MicroRNA-mediated Attenuation of Inflammation in NZB/W Lupus Mice.” 2013. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Chafin CB. MicroRNA-mediated Attenuation of Inflammation in NZB/W Lupus Mice. [Internet] [Doctoral dissertation]. Virginia Tech; 2013. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10919/51666.
Council of Science Editors:
Chafin CB. MicroRNA-mediated Attenuation of Inflammation in NZB/W Lupus Mice. [Doctoral Dissertation]. Virginia Tech; 2013. Available from: http://hdl.handle.net/10919/51666
28.
Kapodistrias, Nikolaos.
Διερεύνηση διαγνωστικών και προγνωστικών υπογραφών έκφρασης MicroRnas στα λιποσαρκώματα.
Degree: 2017, University of Ioannina; Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων
URL: http://hdl.handle.net/10442/hedi/44687
► Soft tissue sarcomas, are rare heterogeneous groups tumors of mesechimal origin, and publications related to the involvement of microRnas in mechanisms of carcinogenicity and progression…
(more)
▼ Soft tissue sarcomas, are rare heterogeneous groups tumors of mesechimal origin, and publications related to the involvement of microRnas in mechanisms of carcinogenicity and progression of these tumors are relatively few compared with studies concerning microRnas in epithelial tumors. In the present study we reviewed most published studies as concern microRnas implication in the most frequent sarcomas, in cells, cell lines and tissues specimens as well as publications for vivo studies.In our review we conclude that mir-155, mir-143, mir-145, mir-451, mir-21 showed crucial influence at specific molecular processes in liposarcomas development , as well as in other subtypes of sarcomas, affecting the metastatic potential, differentiation, apoptosis and other essential cellular functions suggesting candidates molecules for investigation in our study. Moreover ,in some other studies were used for the differential diagnosis between the subtypes of liposarcoma, between liposarcomas with other sarcomas, or for discrimination liposarcomas from adipose tissue or lipomas. In no one of the preceding studies expression of these miRnas in liposarcomas were correlated with prognosis and more important with survival. Having available a total of 62 liposarcomas and 21 lipomas tissue specimens the expression levels of these 5 miRnas were determined by the method reverse transcription- real time /quantative polymerase chain reaction (qPCR) with relative quantification based on detection of specific stable reference genes (mir-103 and mir-191) using two algorithms for normalization .The results of the experiments demonstrated the ability of these mirnas in differential diagnosis between lipomas and liposarcomas, and also a different expression pattern of mirRnas for high grade tumors ,in older patients and between different subtypes of liposarcoma. The agreement of this research with previous studies in these results demonstrate the validity of the samples and the accuracy of the experimental procedure. Prognosis for patients based on expression levels of miRnas, as rezults from the statistical analysis, revealed that mir -155 is an independent predictor of poor prognosis in terms of overall survival as confirmed by multivariate analysis. A possible explanation for the poor prognosis of survival in mir-155 high patients, is the molecular basis of suppression in casein kinase-a expression by mir-155 ,the increase in b-catenin signaling and b-catenin/cyclin D1 expression , and activation of E-cadherin/b-catenin complex as well as the increase in adhesion capacity in cellular membrane via this molecule. This case will be considered for future research.
Στα σαρκώματα μαλακών μορίων ,μια σπάνια ετερογενής ομάδα μεσεκχυματογενούς προέλευσης όγκων ,οι δημοσιεύσεις που αφορούν την εμπλοκή των microRnas στους μηχανισμούς της καρκινογένεσης και εξέλιξης των όγκων αυτών είναι σχετικά λίγες εν σύγκριση με τις μελέτες που αφορούν τα microRnas στους επιθηλιακούς όγκους. Στην παρούσα έρευνα εξετάστηκαν οι περισσότερες δημοσιευμένες μελέτες που…
Subjects/Keywords: Λιποσάρκωμα; Μικροριβονουκλεοτίδια; Liposarcoma; MicroRNAs
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Kapodistrias, N. (2017). Διερεύνηση διαγνωστικών και προγνωστικών υπογραφών έκφρασης MicroRnas στα λιποσαρκώματα. (Thesis). University of Ioannina; Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Retrieved from http://hdl.handle.net/10442/hedi/44687
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Kapodistrias, Nikolaos. “Διερεύνηση διαγνωστικών και προγνωστικών υπογραφών έκφρασης MicroRnas στα λιποσαρκώματα.” 2017. Thesis, University of Ioannina; Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10442/hedi/44687.
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Kapodistrias, Nikolaos. “Διερεύνηση διαγνωστικών και προγνωστικών υπογραφών έκφρασης MicroRnas στα λιποσαρκώματα.” 2017. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Kapodistrias N. Διερεύνηση διαγνωστικών και προγνωστικών υπογραφών έκφρασης MicroRnas στα λιποσαρκώματα. [Internet] [Thesis]. University of Ioannina; Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων; 2017. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10442/hedi/44687.
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Council of Science Editors:
Kapodistrias N. Διερεύνηση διαγνωστικών και προγνωστικών υπογραφών έκφρασης MicroRnas στα λιποσαρκώματα. [Thesis]. University of Ioannina; Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων; 2017. Available from: http://hdl.handle.net/10442/hedi/44687
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29.
Alevizos, Ilias.
Μελέτη ρύθμισης γονιδιακής έκφρασης στο σύνδρομο Sjögren.
Degree: 2014, National and Kapodistrian University of Athens; Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ)
URL: http://hdl.handle.net/10442/hedi/42121
► Το σύνδρομο Sjögren χαρακτηρίζεται από στοιχεία συστημικής αυτοανοσίας και δυσλειτουργίας και φλεγμονής στους εξωκρινείς αδένες. Η ακριβής αιτία της εξωκρινούς δυσλειτουργίας στο SS δεν έχει…
(more)
▼ Το σύνδρομο Sjögren χαρακτηρίζεται από στοιχεία συστημικής αυτοανοσίας και δυσλειτουργίας και φλεγμονής στους εξωκρινείς αδένες. Η ακριβής αιτία της εξωκρινούς δυσλειτουργίας στο SS δεν έχει διασαφηνιστεί αλλά θεωρείται ότι συνεισφέρουν σημαντικά μεσολαβούμενοι από το ανοσοποιητικό αλλά και μη ανοσοποιητικοί μηχανισμοί. Η διάγνωση βασίζεται στο συνδυασμό υποκειμενικών συμπτωμάτων και αντικειμενικών σημείων όπως στεγνού στόματος ή/και ξηροφθαλμίας, παρουσίας αυτοαντισωμάτων και φλεγμονώδους διήθησης στους δευτερεύοντες σιελογόνους αδένες.Τα μόρια microRNA (miRNAs) είναι μια ομάδα μικρών μορίων RNA, μήκους 21-24 νουκλεοτιδίων, που εμπλέκονται στη ρύθμιση μιας ευρείας ποικιλίας κυτταρικών και φυσιολογικών διαδικασιών[1-3]. Ασκούν τις επιδράσεις τους με δύο μηχανισμούς: με αποδόμηση του αγγελιοφόρου RNA και διακοπή της μετάφραση. Ένα μοναδικό μόριο mRNA συνήθως μεταφράζεται σε μια μόνο πρωτεΐνη. Ωστόσο, ένα μοναδικό μόριο microRNA είναι ικανό να ρυθμίζει τη μετάφραση πολλαπλών γονιδίων που εμπλέκονται σε μια συγκεκριμένη λειτουργία. Οι αλλαγές στα επίπεδα μεμονωμένων μορίων mRNA μπορεί τελικά να τροποποιηθούν ή να εκμηδενιστούν από τη μετα-μεταφραστική ρύθμιση και έτσι να είναι λιγότερο αντιπροσωπευτικές της φυσιολογικής κατάστασης του κυττάρου σε σχέση με τα μόρια microRNA. Σε αυτή τη διατριβή παρουσιάζουμε τρείς διαφορετικές μελέτες σχετιζόμενες με το ρόλο των μορίων microRNA σto σύνδρομο Sjögren.Η πρώτη μελέτη εξερευνεί τη δυνατότητας χρήσης των μορίων microRNA ως διαγνωστικών και λειτουργικών βιοδεικτών στις αυτοάνοσες νόσους. Συγκεκριμένα, χρησιμοποιήσαμε μικροσυστοιχίες microRNA για να προσδιορίσουμε το προφίλ των δευτερευόντων σιελογόνων αδένων από άτομα ελέγχου και ασθενείς με πρωτοπαθές σύνδρομο Sjögren. Για να εκτιμηθεί η βιολογική εγκυρότητα των διαφορών στα προφίλ των μορίων microRNA μεταξύ των διαφόρων ομάδων εντοπίσαμε τις προβλεπόμενες ατραπούς–στόχους των διαφορικά εκφρασμένων μορίων microRNA χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα Ingenuity Pathway Analysis.Η δεύτερη μελέτη εστιάζεται στην ανακάλυψη μέχρι πρότινος αγνώστων μορίων microRNA στους σιελογόνους αδένες των ασθενών με πρωτοπαθές σύνδρομο Sjögren μέσω της μεθόδου Next Generation Sequencing (NGS - Αλληλούχηση Νέας Γενιάς). Η τρίτη μελέτη εστιάζεται στα εξωσώματα από ανθρώπινη σίελο ως πηγή βιοδεικτών microRNA, παρουσιάζοντας μεθόδους για την απομόνωση των εξωσωμάτων απο σίελο μη διεγερμένης και διεγερμένης ολικής, παρωτιδικής και υπογνάθιας σιέλου.
Subjects/Keywords: Σύνδρομο sjögren; MicroRNAs; Sjogren's syndrome
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APA (6th Edition):
Alevizos, I. (2014). Μελέτη ρύθμισης γονιδιακής έκφρασης στο σύνδρομο Sjögren. (Thesis). National and Kapodistrian University of Athens; Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ). Retrieved from http://hdl.handle.net/10442/hedi/42121
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Alevizos, Ilias. “Μελέτη ρύθμισης γονιδιακής έκφρασης στο σύνδρομο Sjögren.” 2014. Thesis, National and Kapodistrian University of Athens; Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ). Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10442/hedi/42121.
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MLA Handbook (7th Edition):
Alevizos, Ilias. “Μελέτη ρύθμισης γονιδιακής έκφρασης στο σύνδρομο Sjögren.” 2014. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Alevizos I. Μελέτη ρύθμισης γονιδιακής έκφρασης στο σύνδρομο Sjögren. [Internet] [Thesis]. National and Kapodistrian University of Athens; Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ); 2014. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10442/hedi/42121.
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Council of Science Editors:
Alevizos I. Μελέτη ρύθμισης γονιδιακής έκφρασης στο σύνδρομο Sjögren. [Thesis]. National and Kapodistrian University of Athens; Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ); 2014. Available from: http://hdl.handle.net/10442/hedi/42121
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Deakin University
30.
Xia, Yingju.
Delivery of immunomodulatory miRNAs using genetically modified influenza viruses.
Degree: School of Medicine, 2017, Deakin University
URL: http://hdl.handle.net/10536/DRO/DU:30103742
► This study investigated a reverse genetics strategy to generate recombinant influenza viruses capable of enhancing immunity through expressing immunomodulatory microRNAs. This strategy can be applied…
(more)
▼ This study investigated a reverse genetics strategy to generate recombinant influenza viruses capable of enhancing immunity through expressing immunomodulatory
microRNAs. This strategy can be applied to generate self-adjuvanting live attenuated vaccines in the future.
Advisors/Committee Members: Stambas, John, Izzard, Leonard, Bean, Andrew, Ward Alister C..
Subjects/Keywords: microRNAs (miRNAs); influenza virus; immunity
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APA (6th Edition):
Xia, Y. (2017). Delivery of immunomodulatory miRNAs using genetically modified influenza viruses. (Thesis). Deakin University. Retrieved from http://hdl.handle.net/10536/DRO/DU:30103742
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Chicago Manual of Style (16th Edition):
Xia, Yingju. “Delivery of immunomodulatory miRNAs using genetically modified influenza viruses.” 2017. Thesis, Deakin University. Accessed February 27, 2020.
http://hdl.handle.net/10536/DRO/DU:30103742.
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MLA Handbook (7th Edition):
Xia, Yingju. “Delivery of immunomodulatory miRNAs using genetically modified influenza viruses.” 2017. Web. 27 Feb 2020.
Vancouver:
Xia Y. Delivery of immunomodulatory miRNAs using genetically modified influenza viruses. [Internet] [Thesis]. Deakin University; 2017. [cited 2020 Feb 27].
Available from: http://hdl.handle.net/10536/DRO/DU:30103742.
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Council of Science Editors:
Xia Y. Delivery of immunomodulatory miRNAs using genetically modified influenza viruses. [Thesis]. Deakin University; 2017. Available from: http://hdl.handle.net/10536/DRO/DU:30103742
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