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You searched for subject:(Mariner like element). Showing records 1 – 3 of 3 total matches.

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University of Toronto

1. Liu, Yuan. Elucidating Transposable Elements Survival Mechanisms: Invasion and Evasion by Tc1/mariner Superfamily DNA Transposons – Analysis of plant Tc1-like elements horizontal transfers and rice Mariner-like elements autoregulation.

Degree: 2014, University of Toronto

Transposable elements are mobile DNA elements residing in almost all sequenced genomes. However, the kingdom Plantae has not previously been reported to harbor Tc1-like elements (TLEs). This study reports the characterization of several plant TLEs. It was proposed that the wide distribution of transposons may be partly due to horizontal transmissions, and some cases of highly similar TLEs from distantly related species were found in this study. Once a transposon invades a new genome, it may freely amplify. Being mutagenic in nature, they are under constant scrutiny of host inhibitory mechanisms that often keep transposition activity at a basal level. A potential evasive mechanism by a rice Mariner-like element is described here to auto-regulate activity via a subterminal transposase binding motif.

M.Sc.

Advisors/Committee Members: Yang, Guojun, Cell and Systems Biology.

Subjects/Keywords: Mariner-like elements; Plant Genome; Tc1-like element; Tc1/Mariner; Tranposition acitivity; Transposable elements; 0307

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APA (6th Edition):

Liu, Y. (2014). Elucidating Transposable Elements Survival Mechanisms: Invasion and Evasion by Tc1/mariner Superfamily DNA Transposons – Analysis of plant Tc1-like elements horizontal transfers and rice Mariner-like elements autoregulation. (Masters Thesis). University of Toronto. Retrieved from http://hdl.handle.net/1807/68075

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Liu, Yuan. “Elucidating Transposable Elements Survival Mechanisms: Invasion and Evasion by Tc1/mariner Superfamily DNA Transposons – Analysis of plant Tc1-like elements horizontal transfers and rice Mariner-like elements autoregulation.” 2014. Masters Thesis, University of Toronto. Accessed November 13, 2019. http://hdl.handle.net/1807/68075.

MLA Handbook (7th Edition):

Liu, Yuan. “Elucidating Transposable Elements Survival Mechanisms: Invasion and Evasion by Tc1/mariner Superfamily DNA Transposons – Analysis of plant Tc1-like elements horizontal transfers and rice Mariner-like elements autoregulation.” 2014. Web. 13 Nov 2019.

Vancouver:

Liu Y. Elucidating Transposable Elements Survival Mechanisms: Invasion and Evasion by Tc1/mariner Superfamily DNA Transposons – Analysis of plant Tc1-like elements horizontal transfers and rice Mariner-like elements autoregulation. [Internet] [Masters thesis]. University of Toronto; 2014. [cited 2019 Nov 13]. Available from: http://hdl.handle.net/1807/68075.

Council of Science Editors:

Liu Y. Elucidating Transposable Elements Survival Mechanisms: Invasion and Evasion by Tc1/mariner Superfamily DNA Transposons – Analysis of plant Tc1-like elements horizontal transfers and rice Mariner-like elements autoregulation. [Masters Thesis]. University of Toronto; 2014. Available from: http://hdl.handle.net/1807/68075

2. Hermann, Dorothée. Caractérisation d’éléments transposables de type mariner chez les microalgues marines : Characterisation of transposable mariner like elements in marine diatoms.

Degree: Docteur es, Biologie, 2011, Le Mans

Les éléments transposables (ET) sont des séquences d‟ADN capables de se déplacer dans les génomes qui les hébergent. Les ET de type mariner (mariner-like element : MLE) ont été caractérisés chez les animaux et chez les plantes à fleurs terrestres mais pas chez les microalgues marines. Dans le présent travail, les MLE ont été recherchés chez les diatomées marines (Bacillariophycées) qui sont des microalgues possédant une enveloppe externe siliceuse. Elles ont colonisé tous les milieux aquatiques et constituent une part majeure du phytoplancton; de ce fait, elles jouent un rôle écologique clé dans le milieu marin.La caractérisation des MLE des diatomées a été réalisée au moyen d‟approches moléculaire et bio-informatique. La présence de MLE dans le génome de 10 espèces de diatomées a été mise en évidence grâce à l‟amplification de fragments d‟environ 380 pb. Ces fragments correspondent à une partie de la séquence conservée codant l‟enzyme responsable de la transposition des MLE : la transposase. L‟analyse des séquences obtenues, par des méthodes phylogénétiques, ainsi que la classification des MLE de diatomées mettent en évidence leur appartenance au groupe des MLE végétaux de la superfamille Tc1-mariner. Néanmoins, les séquences MLE de diatomées divergent considérablement par rapport aux MLE des plantes terrestres. Afin de déterminer si les diatomées ont la capacité de produire la transposase, l‟expression des MLE a été recherchée chez des diatomées soumises à des stress thermiques de courte durée (5 h). Nos travaux montrent que les MLE sont exprimés chez les trois espèces testées incluant la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum dont le génome a été séquencé récemment. L‟expression des MLE des diatomées est variable selon les conditions thermiques et selon les espèces.L‟ensemble de nos résultats suggère que les MLE sont ubiquistes dans les génomes de diatomées et qu‟ils sont présents de manière ancestrale dans la lignée végétale. Les MLE des diatomées forment trois nouvelles sousfamilles de la superfamille Tc1-mariner, la plus répandue des superfamilles d‟ET. De plus, leur expression suggère qu‟il existe des MLE capables de se déplacer dans le génome des diatomées. Si la transposition était vérifiée, ils pourraient alors être développés comme outils de mutagenèse.

Transposable elements (TE) are sequences able to move between two loci in the host genomes. Mariner-like element (MLE) are well characterized in animal and land plant genomes but not in marine microalgae. In this work, we have looked for MLE in marine diatoms (Bacillariophyceae) that are microalgae having a siliceous wall. They have colonized all aquatic environments and are a major component of the phytoplankton, so they play a major role in the ecology of marine environments.To characterize the diatom MLE, molecular and bio-informatics approaches were used. The presence of MLE was detected in ten diatom species which exhibited sequence fragments of about 380 pb. These fragments were identified as a section of the conserved sequence which encodes the…

Advisors/Committee Members: Manceau, Annick (thesis director), Casse, Nathalie (thesis director).

Subjects/Keywords: Eléments transposables; Diatomées marines; Stress; Bacillariophycée; Mariner-like element; Marine diatoms; Transposable element; Bacillariophyceae

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APA (6th Edition):

Hermann, D. (2011). Caractérisation d’éléments transposables de type mariner chez les microalgues marines : Characterisation of transposable mariner like elements in marine diatoms. (Doctoral Dissertation). Le Mans. Retrieved from http://www.theses.fr/2011LEMA1021

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Hermann, Dorothée. “Caractérisation d’éléments transposables de type mariner chez les microalgues marines : Characterisation of transposable mariner like elements in marine diatoms.” 2011. Doctoral Dissertation, Le Mans. Accessed November 13, 2019. http://www.theses.fr/2011LEMA1021.

MLA Handbook (7th Edition):

Hermann, Dorothée. “Caractérisation d’éléments transposables de type mariner chez les microalgues marines : Characterisation of transposable mariner like elements in marine diatoms.” 2011. Web. 13 Nov 2019.

Vancouver:

Hermann D. Caractérisation d’éléments transposables de type mariner chez les microalgues marines : Characterisation of transposable mariner like elements in marine diatoms. [Internet] [Doctoral dissertation]. Le Mans; 2011. [cited 2019 Nov 13]. Available from: http://www.theses.fr/2011LEMA1021.

Council of Science Editors:

Hermann D. Caractérisation d’éléments transposables de type mariner chez les microalgues marines : Characterisation of transposable mariner like elements in marine diatoms. [Doctoral Dissertation]. Le Mans; 2011. Available from: http://www.theses.fr/2011LEMA1021

3. Nguyen, Duc Hung. Caractérisation et expression de nouveaux éléments génétiques transposables de la superfamille Tcl-Mariner chez la microalgue marine Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). : Characterization and expression of new genetic elements transposables of the superfamily Tc1-mariner at the marine microseaweed Amphora acutiuscula (Bacillariophyta).

Degree: Docteur es, Biologie des organismes, 2014, Le Mans

Les éléments génétiques transposables (ET) sont des séquences d’ADN capables de se déplacer dans tous lesgénomes sous certaines conditions. Les ET ont des structures et des modes de transposition qui lesdifférencient en plusieurs groupes. Les éléments de la famille mariner sont ubiquistes ; lorsqu’ils sont actifs, ilsproduisent une transposase qui coupe l’élément et l’insère dans un autre locus. Des fragments d’éléments detype mariner (MLE) ont été précédemment identifiés chez la diatomée marine Amphora acutiuscula et ils semblaientactifs en condition de stress thermiques. Les diatomées sont caractérisées par une paroi siliceuse ornementée et,dans le milieu marin, elles jouent un rôle primordial dans les chaînes alimentaires.Dans le présent travail, par des méthodes de biologie moléculaire et de bioinformatique, nous avons recherché et caractérisé des MLE complets, et précisé leur activité en conditions de chocs thermiques et métalliques (cuivre et zinc). L’analyse des séquences amplifiées a mis en évidence la présence de MLE particuliers chez cette diatomée qui code une transposase ayant une triade catalytique DD43D jamais décrite jusqu’à présent.L’analyse phylogénétique place les MLE de diatomées dans une sousfamille différente mais proche de celle desMLE de plantes. Parmi les nombreuses copies de MLEprésentes dans le génome d’A. acutiuscula, certaines sont exprimées lorsque la diatomée est placée pendant 2 à 5 heures à unetempérature inférieure à sa température de culture. Par contre, l’expression des MLE n’a pas été mise en évidence chez cette espèce soumise aux stress métalliques appliqués.

Transposable elements (TE) are DNA sequences able to move in all genomes depending on conditions. TE have different structures and transposition mechanisms. Tc1-mariner elements are ubiquist ; when they are active, they produce a transposase which cuts and inserts the element into another locus. Fragments of mariner-like elements (MLE) hadpreviously been identified in the marine diatom Amphora acutiuscula and they seemed active under thermal stress. Diatoms are characterized by a siliceous ornamented cell wall and, in the ocean, they play a major role in trophic networks.In this work, with biomolecular and bioinformatic methods, we have searched for and characterized full length MLE, and precised their activity under thermal and metal (copper and zinc) stresses. The analyse of the DNA sequences obtained highlighted that MLE in diatoms are particular and that they encode a transposase which has a DD43D catalytic triad neverso far depicted. The phylogenetic analyse arranged diatom MLE in a subfamily different and close to that of plant MLE. Among the numerous MLE copies present in the genome of A.acutiuscula, some were expressed when the microalga was put at a lower temperature than the culture temperature for 2 to 5 hours. Conversely, metal stresses we applied did notinduce MLE expression in this species.

Advisors/Committee Members: Manceau, Annick (thesis director), Casse, Nathalie (thesis director).

Subjects/Keywords: Elément transposable; Mariner-like element; Diatomée marine; Stress thermique; Stress métallique; Marine diatom; Thermal stress; Metal stress; 579.135

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APA (6th Edition):

Nguyen, D. H. (2014). Caractérisation et expression de nouveaux éléments génétiques transposables de la superfamille Tcl-Mariner chez la microalgue marine Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). : Characterization and expression of new genetic elements transposables of the superfamily Tc1-mariner at the marine microseaweed Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). (Doctoral Dissertation). Le Mans. Retrieved from http://www.theses.fr/2014LEMA1013

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Nguyen, Duc Hung. “Caractérisation et expression de nouveaux éléments génétiques transposables de la superfamille Tcl-Mariner chez la microalgue marine Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). : Characterization and expression of new genetic elements transposables of the superfamily Tc1-mariner at the marine microseaweed Amphora acutiuscula (Bacillariophyta).” 2014. Doctoral Dissertation, Le Mans. Accessed November 13, 2019. http://www.theses.fr/2014LEMA1013.

MLA Handbook (7th Edition):

Nguyen, Duc Hung. “Caractérisation et expression de nouveaux éléments génétiques transposables de la superfamille Tcl-Mariner chez la microalgue marine Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). : Characterization and expression of new genetic elements transposables of the superfamily Tc1-mariner at the marine microseaweed Amphora acutiuscula (Bacillariophyta).” 2014. Web. 13 Nov 2019.

Vancouver:

Nguyen DH. Caractérisation et expression de nouveaux éléments génétiques transposables de la superfamille Tcl-Mariner chez la microalgue marine Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). : Characterization and expression of new genetic elements transposables of the superfamily Tc1-mariner at the marine microseaweed Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). [Internet] [Doctoral dissertation]. Le Mans; 2014. [cited 2019 Nov 13]. Available from: http://www.theses.fr/2014LEMA1013.

Council of Science Editors:

Nguyen DH. Caractérisation et expression de nouveaux éléments génétiques transposables de la superfamille Tcl-Mariner chez la microalgue marine Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). : Characterization and expression of new genetic elements transposables of the superfamily Tc1-mariner at the marine microseaweed Amphora acutiuscula (Bacillariophyta). [Doctoral Dissertation]. Le Mans; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014LEMA1013

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