subject:(Levure)

1. Hovsepian, Junie. L'arrestine Csr2/Art8 régule l'endocytose des transporteurs d'hexoses lors d'une carence en glucose chez Saccharomyces cerevisiae : The arrestin Csr2/Art8 regulates hexose transporter endocytosis during glucose depletion in Saccharomyces cerevisiae.

Degree: Docteur es, Sciences de la vie et de la santé. Biologie cellulaire, 2017, Sorbonne Paris Cité

URL: http://www.theses.fr/2017USPCC151

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L’abondance des transporteurs présents au niveau de la membrane plasmique des cellules est régulée par leur endocytose, qui peut être déclenchée par des signaux nutritionnels.… (more)

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L’abondance des transporteurs présents au niveau de la membrane plasmique des cellules est régulée par leur endocytose, qui peut être déclenchée par des signaux nutritionnels. Chez la levure S. cerevisiae, l’endocytose des transporteurs requiert leur ubiquitylation par l’E3 ligase à domaine HECT nommée Rsp5, appartenant à la famille des protéines Nedd4. L’ubiquitine, conjuguée aux transporteurs, agit comme un signal déclenchant leur internalisation puis leur dégradation dans la vacuole (lysosome). L’activité de Rsp5 nécessite la présence de protéines adaptatrices de type arrestine, appelées ARTs (Arrestin-Related Trafficking adaptors). Ces ARTs participent à la spécificité du mécanisme d’endocytose en régulant l’activité de Rsp5 envers certains cargos dans des conditions physiologiques spécifiques. Au cours de ma thèse, j’ai étudié l’endocytose des transporteurs de glucose lors d’une carence en glucose chez S. cerevisiae. Cette levure possède de très nombreux transporteurs de glucose avec différentes affinités pour ce substrat. Cela lui permet de s’adapter à des variations importantes de la concentration de glucose dans son environnement. J’ai montré que les transporteurs à haute affinité pour le glucose sont dégradés par endocytose au cours de l’adaptation des cellules à un milieu dépourvu de glucose. Cette endocytose requiert la protéine ART nommée Csr2/Art8. J’ai mis en évidence la régulation transcriptionnelle et post-traductionnelle de Csr2 par le glucose. Mon travail a permis de montrer le rôle central de la kinase Snf1/AMPK dans la régulation de l’endocytose des transporteurs de source de carbone, en fonction de la disponibilité en glucose dans le milieu

Cells respond to environmental nutritional signals by regulating transporter availability at their plasma membrane. This adaptation first occurs trough the regulation of transporter gene expression. Nutritional signals also regulate the stability of transporters and their subcellular localization, which is controlled by trafficking events such as endocytosis. In S. cerevisiae, transporter endocytosis is a consequence of their ubiquitylation by the E3 ubiquitin ligase Rsp5, which belongs to the Nedd4 protein familly. Ubiquitin conjugates act as a molecular signal that triggers transporter internalization and degradation in the yeast lysosome. Rsp5 activity requires adaptor proteins called ART (Arrestin-related trafficking adaptors). ART proteins are involved in the specificity of the endocytosis process because they regulate Rsp5 activity towards specific cargoes in response to specific environmental cues. During my PhD, I studied glucose transporter endocytosis in response to glucose starvation in yeast. S. cerevisiae genome encodes many glucose transporters with different substrate affinities. This allows cells to adapt to a wide range of extracellular glucose concentrations. I showed that high affinity glucose transporters are internalized and degraded during cell adaptation to glucose-free medium. These endocytosis events require the ART protein…

Advisors/Committee Members: Léon, Sébastien (thesis director).

Subjects/Keywords: Levure; Yeast

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APA (6^th Edition):

Hovsepian, J. (2017). L'arrestine Csr2/Art8 régule l'endocytose des transporteurs d'hexoses lors d'une carence en glucose chez Saccharomyces cerevisiae : The arrestin Csr2/Art8 regulates hexose transporter endocytosis during glucose depletion in Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Dissertation). Sorbonne Paris Cité. Retrieved from http://www.theses.fr/2017USPCC151

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Hovsepian, Junie. “L'arrestine Csr2/Art8 régule l'endocytose des transporteurs d'hexoses lors d'une carence en glucose chez Saccharomyces cerevisiae : The arrestin Csr2/Art8 regulates hexose transporter endocytosis during glucose depletion in Saccharomyces cerevisiae.” 2017. Doctoral Dissertation, Sorbonne Paris Cité. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2017USPCC151.

MLA Handbook (7^th Edition):

Hovsepian, Junie. “L'arrestine Csr2/Art8 régule l'endocytose des transporteurs d'hexoses lors d'une carence en glucose chez Saccharomyces cerevisiae : The arrestin Csr2/Art8 regulates hexose transporter endocytosis during glucose depletion in Saccharomyces cerevisiae.” 2017. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Hovsepian J. L'arrestine Csr2/Art8 régule l'endocytose des transporteurs d'hexoses lors d'une carence en glucose chez Saccharomyces cerevisiae : The arrestin Csr2/Art8 regulates hexose transporter endocytosis during glucose depletion in Saccharomyces cerevisiae. [Internet] [Doctoral dissertation]. Sorbonne Paris Cité; 2017. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2017USPCC151.

Council of Science Editors:

Hovsepian J. L'arrestine Csr2/Art8 régule l'endocytose des transporteurs d'hexoses lors d'une carence en glucose chez Saccharomyces cerevisiae : The arrestin Csr2/Art8 regulates hexose transporter endocytosis during glucose depletion in Saccharomyces cerevisiae. [Doctoral Dissertation]. Sorbonne Paris Cité; 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017USPCC151

2. Marti Raga, Maria. Environmental and genetic factors affecting Saccharomyces cerevisiae performance during second fermentation : Facteurs génétiques et environnementaux contrôlant les performances de la levure pendant la prise de mousse.

Degree: Docteur es, Oenologie, 2015, Bordeaux; Universitat Rovira i Virgili (Tarragone, Espagne)

URL: http://www.theses.fr/2015BORD0185

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La méthode traditionnelle utilisée pour produire des vins mousseux (comme cava et champagne) est caractérisée par une seconde fermentation qui a lieu à l'intérieur de… (more)

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La méthode traditionnelle utilisée pour produire des vins mousseux (comme cava et champagne) est caractérisée par une seconde fermentation qui a lieu à l'intérieur de la bouteille. Cette deuxième fermentation présente des caractéristiques très spécifiques telles qu’une teneur élevée en éthanol, la pression croissante de CO2, une basse température et une faible disponibilité des nutriments. Dans cette thèse, on a tout d'abord analysé l'effet des facteurs environnementaux sur la cinétique de fermentation de Saccharomyces cerevisiae au cours de la seconde fermentation. Deuxièmement, on a analysé l'effet de pratiques communes, telles que l'ajout de nutriments au vin de base, sur la composition finale du vin mousseux. Enfin, nous avons cherché à identifier la base génétique de la variabilité phénotypique observée pendant la seconde fermentation en utilisant une approche Quantitative Trait Locus (QTL). Les résultats obtenus ont permis de déterminer la température, le vin de base utilisé, la souche de levure et la source d'azote utilisée dans l'acclimatation de levure comme les facteurs qui ont la plus grande incidence dans la cinétique de la seconde fermentation. Deuxièmement, par rapport à la composition finale du vin mousseux, nous avons trouvé que l'addition d'azote dans le vin base favorise la libération des acides aminés. Bien que l'ajout de levure sèche inactive favorise la libération des polysaccharides et les propriétés moussantes du vin mousseux. Enfin, on a pu identifier quatre gènes dont la variation allélique explique la variation phénotypique observée parmi les souches.

The traditional method used to produce sparkling wines (such as cava and champagne) is characterized by a second fermentation that takes place inside the bottle. This second fermentation has very specific characteristics such as a high ethanol content, increasing CO2 pressure, low temperature and low nutrient availability. In this thesis, we have firstly analyzed the effect of environmental factors on fermentation kinetics of Saccharomyces cerevisiae during the second fermentation, by monitoring the second fermentation development using aphrometers. Secondly, we analyzed what is the effect of common practices such as adding nutrients to the base wine on the final composition of the sparkling wine by HPLC analysis of content of amino acids and polysaccharides and its foaming capacity (mosalux) of the sparkling wine. Finally we aimed to identify the genetic basis of the second fermentation using Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and validation approach. The results obtained enabled us to identify the temperature, the base wine used, the yeast strain and source of nitrogen used in the acclimatization of yeast as the factors that have the highest impact in the second fermentation kinetics. Secondly, with respect to the final composition of sparkling wine, we have found that the addition of nitrogen to the wine base favors the release of amino acids. While the addition of inactive dry yeast, promotes the release of polysaccharides and favors…

Advisors/Committee Members: Marullo, Philippe (thesis director), Mas, Albert (thesis director), Beltran, Gemma (thesis director).

Subjects/Keywords: Levure; Azote; QTL; Yeast; Nitrogen; QTL

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APA (6^th Edition):

Marti Raga, M. (2015). Environmental and genetic factors affecting Saccharomyces cerevisiae performance during second fermentation : Facteurs génétiques et environnementaux contrôlant les performances de la levure pendant la prise de mousse. (Doctoral Dissertation). Bordeaux; Universitat Rovira i Virgili (Tarragone, Espagne). Retrieved from http://www.theses.fr/2015BORD0185

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Marti Raga, Maria. “Environmental and genetic factors affecting Saccharomyces cerevisiae performance during second fermentation : Facteurs génétiques et environnementaux contrôlant les performances de la levure pendant la prise de mousse.” 2015. Doctoral Dissertation, Bordeaux; Universitat Rovira i Virgili (Tarragone, Espagne). Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2015BORD0185.

MLA Handbook (7^th Edition):

Marti Raga, Maria. “Environmental and genetic factors affecting Saccharomyces cerevisiae performance during second fermentation : Facteurs génétiques et environnementaux contrôlant les performances de la levure pendant la prise de mousse.” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Marti Raga M. Environmental and genetic factors affecting Saccharomyces cerevisiae performance during second fermentation : Facteurs génétiques et environnementaux contrôlant les performances de la levure pendant la prise de mousse. [Internet] [Doctoral dissertation]. Bordeaux; Universitat Rovira i Virgili (Tarragone, Espagne); 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2015BORD0185.

Council of Science Editors:

Marti Raga M. Environmental and genetic factors affecting Saccharomyces cerevisiae performance during second fermentation : Facteurs génétiques et environnementaux contrôlant les performances de la levure pendant la prise de mousse. [Doctoral Dissertation]. Bordeaux; Universitat Rovira i Virgili (Tarragone, Espagne); 2015. Available from: http://www.theses.fr/2015BORD0185

Université de Sherbrooke

3. Plante, Samuel. Homéostasie des ions cuivre et fer au cours de la germination fongique.

Degree: 2019, Université de Sherbrooke

URL: http://hdl.handle.net/11143/15775

► La germination fongique est un processus cellulaire qui coordonne les changements métaboliques et morphologiques permettant à une spore en dormance de retrouver une forme végétative… (more)

▼ La germination fongique est un processus cellulaire qui coordonne les changements métaboliques et morphologiques permettant à une spore en dormance de retrouver une forme végétative et une croissance mitotique. Les spores doivent jauger adéquatement leur environnement afin d’identifier les conditions propices à leur germination. La régulation fine de la germination est essentielle puisque l’activation des spores implique la renonciation à leurs caractéristiques protectrices. L’objectif de mon projet est de comprendre les besoins des spores en micronutriments comme le Cu et le Fe au moment où ils doivent produire l’énergie, les macromolécules et les organelles afin de supporter la reprise du cycle cellulaire et les changements morphologiques associés. La levure fissipare (S. pombe) est le modèle que j’ai choisi pour l’étude de la germination. J’ai utilisé une souche hétérothallique que j’ai faite sporuler dans un milieu carencé en azote. Après l’isolement des spores, j’ai pu induire leur germination de manière synchrone. Mes travaux ont révélé que les ions Cu et Fe sont requis pour la germination. Une carence en Cu induite par l’ajout du chélateur TTM, ou une carence de Fe induite par l’ajout du chélateur Dip lors de la germination inhibe pareillement l’éclosion des spores et l’apparition des projections. J’ai démontré que les transporteurs de Cu Ctr4, Ctr5 et Ctr6 sont requis pour la complétion de la germination. Ctr4 et Ctr5 co-localisent à la membrane plasmique de la projection en émergence. Dans le cas de Ctr6, il se localise à la membrane des vacuoles. Quant aux vacuoles, elles s’accumulent préférentiellement dans la vieille portion des spores en éclosion. Ces trois transporteurs sont requis pour la pleine activation da la superoxyde dismutase Cu/Zn SOD1. L’activité antioxydante de SOD1 est nécessaire pour l’éclosion des spores. De plus, mes résultats révèlent le rôle crucial du sidérophore ferrichrome (FC) pour la germination. Le FC est synthétisé chez S. pombe par une voie impliquant les enzymes Sib1 et Sib2. La délétion de sib1+ et sib2+ inhibe complétement la synthèse de FC, entraînant un arrêt de la germination avant l’éclosion des spores. Les spores peuvent acquérir du FC exogène via le transporteur Str1 pour assurer la complétion de la germination. Str1 se localise à la membrane plasmique des spores en croissance isotrope. Sa fonction de transport du FC est dépendante de deux résidus tyrosine conservés (Tyr553 et Tyr567) dans ce qui est prédit pour être la dernière boucle extracellulaire de Str1. Dans l’ensemble, j’ai mis en évidence que l’assimilation adéquate de Cu et de Fe est nécessaire pour satisfaire le métabolisme des spores en germination. L’activation de la SOD1 et l’accumulation de FC sont des pré-requis cruciaux qui permettent l’adaptation de la spore à la transition vers une forme végétative. Advisors/Committee Members: Labbé, Simon (advisor).

Subjects/Keywords: Germination; Levure; Sidérophores; Cuivre; Fer; Speroxyde dismutase

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APA (6^th Edition):

Plante, S. (2019). Homéostasie des ions cuivre et fer au cours de la germination fongique. (Doctoral Dissertation). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/15775

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Plante, Samuel. “Homéostasie des ions cuivre et fer au cours de la germination fongique.” 2019. Doctoral Dissertation, Université de Sherbrooke. Accessed January 16, 2021. http://hdl.handle.net/11143/15775.

MLA Handbook (7^th Edition):

Plante, Samuel. “Homéostasie des ions cuivre et fer au cours de la germination fongique.” 2019. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Plante S. Homéostasie des ions cuivre et fer au cours de la germination fongique. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Sherbrooke; 2019. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/15775.

Council of Science Editors:

Plante S. Homéostasie des ions cuivre et fer au cours de la germination fongique. [Doctoral Dissertation]. Université de Sherbrooke; 2019. Available from: http://hdl.handle.net/11143/15775

Université Paris-Sud – Paris XI

4. Da silva, Telma. Exploration du phénomène d'heterosis chez deux espèces de levure d'oenologie : Saccharomyces cerevisiae et S. uvarum : Exploitation of the heterosis phenomenon within two yeast species : Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum.

Degree: Docteur es, Sciences de la vie, 2014, Université Paris-Sud – Paris XI

URL: http://www.theses.fr/2014PA112110

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Malgré son potentiel, l’hétérosis a rarement été étudié, et encore moins exploité, chez les levures, espèces d’intérêt biotechnologique majeur. Ce travail avait pour objectif d’explorer… (more)

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Malgré son potentiel, l’hétérosis a rarement été étudié, et encore moins exploité, chez les levures, espèces d’intérêt biotechnologique majeur. Ce travail avait pour objectif d’explorer ce phénomène chez deux espèces de levure, Saccharomyces cerevisiae et S. uvarum, dans des conditions proches de celles de l’œnologie. Pour la première fois des hybrides interspécifiques ont été inclus dans un dispositif diallèle complet. Un autre aspect original de ce travail résidait dans l’approche intégrative choisie, qui combinait l’étude de phénotypes aux niveaux métabolique, cellulaire et populationnel. Un panel de 66 souches (55 hybrides et leurs 11 parents) a été analysé pour 35 caractères à deux températures et avec trois réplicats, soit au total 396 fermentations alcooliques. Ces données nombreuses et complexes nous ont conduits non seulement à utiliser, mais aussi à développer divers outils statistiques et de modélisation originaux pour l’interprétation des données. Après avoir vérifié que les interactions nucléo-cytoplasmiques n’influençaient pas la variation des caractères étudiés, nous avons tout d’abord montré que les sources de variation (effet souche, effet température et interactions souche*température) différaient selon les types de caractères. Nous avons ensuite comparé globalement les trois groupes d’hybrides : intraspécifiques S. cerevisiae*S. cerevisiae, intraspécifiques S. uvarum*S. uvarum et interspécifiques S. cerevisiae*S. uvarum, et avons observé que l’hybridation interspécifique pouvait engendrer des phénotypes présentant de meilleures aptitudes œnologiques et une homéostasie supérieure à celle des hybrides intraspécifiques. Ce dernier résultat pourrait expliquer que l’hybridation interspécifique soit si fréquente chez les levures naturelles et domestiquées.

Despite its biotechnological interest, heterosis has not commonly been studied or exploited in the yeast genus. This work aimed to explore this phenomenon within two yeast species well adapted to oenological conditions, Saccharomyces cerevisiae and S. uvarum. Eleven parental strains and their 55 intra- and inter-specific hybrids were phenotyped under enological conditions, at two temperatures in three replicates. A total of 396 alcoholic fermentations were characterized in depth through 35 phenotypic traits with original statistical and modeling tools. We first showed that, depending on the types of trait - kinetics parameters, life-history traits, enological parameters and aromas -, the sources of variation (strain, temperature and strain*temperature effects) differed in a large extent. Then we compared globally three groups of hybrids and their parents at two growth temperatures: intraspecific hybrids S. cerevisiae*S. cerevisiae, intraspecific hybrids S. uvarum*S. uvarum and interspecific hybrids S. cerevisiae*S. uvarum. We found that hybridization could generate multi-trait phenotypes with improved oenological performances and better homeostasis with respect to temperature. These results could explain why interspecific hybridization is so common…

Advisors/Committee Members: Vienne, Dominique de (thesis director).

Subjects/Keywords: Hétérosis; Levure; Homéostasie; Heterosis; Yeast; Homeostasis

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APA (6^th Edition):

Da silva, T. (2014). Exploration du phénomène d'heterosis chez deux espèces de levure d'oenologie : Saccharomyces cerevisiae et S. uvarum : Exploitation of the heterosis phenomenon within two yeast species : Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum. (Doctoral Dissertation). Université Paris-Sud – Paris XI. Retrieved from http://www.theses.fr/2014PA112110

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Da silva, Telma. “Exploration du phénomène d'heterosis chez deux espèces de levure d'oenologie : Saccharomyces cerevisiae et S. uvarum : Exploitation of the heterosis phenomenon within two yeast species : Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum.” 2014. Doctoral Dissertation, Université Paris-Sud – Paris XI. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2014PA112110.

MLA Handbook (7^th Edition):

Da silva, Telma. “Exploration du phénomène d'heterosis chez deux espèces de levure d'oenologie : Saccharomyces cerevisiae et S. uvarum : Exploitation of the heterosis phenomenon within two yeast species : Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Da silva T. Exploration du phénomène d'heterosis chez deux espèces de levure d'oenologie : Saccharomyces cerevisiae et S. uvarum : Exploitation of the heterosis phenomenon within two yeast species : Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Paris-Sud – Paris XI; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2014PA112110.

Council of Science Editors:

Da silva T. Exploration du phénomène d'heterosis chez deux espèces de levure d'oenologie : Saccharomyces cerevisiae et S. uvarum : Exploitation of the heterosis phenomenon within two yeast species : Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum. [Doctoral Dissertation]. Université Paris-Sud – Paris XI; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014PA112110

5. Dehecq, Marine. Composition et dynamique des complexes protéiques impliqués dans le "nonsense-mediated mRNA decay" chez la levure Saccharomyces cerevisiae : Composition and dynamic of Nonsense-mediated mRNA decay complexes in yeast.

Degree: Docteur es, Biochimie et biologie moléculaire, 2018, Sorbonne université

URL: http://www.theses.fr/2018SORUS538

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Le Nonsense-Mediated mRNA Decay (NMD) détecte et dégrade les ARNs qui ont une terminaison de la traduction précoce. Il affecte une grande diversité d’ARNs cytoplasmiques,… (more)

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Le Nonsense-Mediated mRNA Decay (NMD) détecte et dégrade les ARNs qui ont une terminaison de la traduction précoce. Il affecte une grande diversité d’ARNs cytoplasmiques, c’est la voie majeure de dégradation des ARNs aberrants.Les ARNs ciblés par le NMD chez la levure ont une phase ouverte de lecture courte et un long 3’-UTR. Comment ces caractéristiques permettent une dégradation efficace par le NMD et quelles sont les étapes du mécanisme reste peu clair. À partir de 112 purifications d’affinités suivies d’une analyse en spectrométrie de masse quantitative, nous avons identifié deux complexes distincts impliqués dans le NMD. Ces deux complexes, mutuellement exclusifs, s’articulent autour d’UPF1, la protéine majeure du NMD. Le premier complexe, nommé Détecteur, aurait un rôle dans la reconnaissance des cibles alors que le deuxième complexe, nommé Effecteur, initierait la dégradation des ARNs par une interaction directe avec la machinerie de décapping.Les facteurs impliqués dans ce modèle sont tous conservés à travers les eucaryotes et les étapes décrites sont transposables d’après la littérature. Cela semble indiquer un nouveau paradigme pour le mécanisme du NMD qui s’articulerait autour d’une base universelle commune à laquelle pourrait s’ajouter des étapes spécifiques des organismes ou des types d’ARNs.

Nonsense-Mediated mRNA Decay (NMD) detects and degrades RNA for which translation ends prematurely. It affects a large diversity of cytoplasmics RNAs; it is the major decay pathway for aberrants RNAs.In yeast, NMD targeted RNAs have a short open reading frame and a long 3’-UTR. How these two features lead to an efficient degradation through NMD and what are the steps of this mechanism is still unclear.From 112 affinity purifications of NMD factors followed by an analysis using quantitative mass spectrometry, we identified two distinct complexes. Those complexes were mutually exclusive and both contained Upf1, the major NMD protein. A first complex, named Detector, might have a role in the NMD substrates recognition whereas the second one, named Effector, would initiate the degradation through a direct interaction with the decapping machinery.The factors involved in our new model are all conserved throughout eukaryotes and the steps we describe have potential equivalents in other species. Our data suggest a new paradigm for the NMD mechanism that would be organised around a shared universal base to which specific steps could be added in certain organisms or for certain types of RNA substrates.

Advisors/Committee Members: Saveanu, Cosmin (thesis director).

Subjects/Keywords: NMD; Dégradation des ARNs; Spectrométrie de masse quantitative; UPF1; Levure; NMD; RNA decay; Quantitative mass spectrometry; UPF1; Levure; 572.8

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APA (6^th Edition):

Dehecq, M. (2018). Composition et dynamique des complexes protéiques impliqués dans le "nonsense-mediated mRNA decay" chez la levure Saccharomyces cerevisiae : Composition and dynamic of Nonsense-mediated mRNA decay complexes in yeast. (Doctoral Dissertation). Sorbonne université. Retrieved from http://www.theses.fr/2018SORUS538

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Dehecq, Marine. “Composition et dynamique des complexes protéiques impliqués dans le "nonsense-mediated mRNA decay" chez la levure Saccharomyces cerevisiae : Composition and dynamic of Nonsense-mediated mRNA decay complexes in yeast.” 2018. Doctoral Dissertation, Sorbonne université. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2018SORUS538.

MLA Handbook (7^th Edition):

Dehecq, Marine. “Composition et dynamique des complexes protéiques impliqués dans le "nonsense-mediated mRNA decay" chez la levure Saccharomyces cerevisiae : Composition and dynamic of Nonsense-mediated mRNA decay complexes in yeast.” 2018. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Dehecq M. Composition et dynamique des complexes protéiques impliqués dans le "nonsense-mediated mRNA decay" chez la levure Saccharomyces cerevisiae : Composition and dynamic of Nonsense-mediated mRNA decay complexes in yeast. [Internet] [Doctoral dissertation]. Sorbonne université; 2018. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2018SORUS538.

Council of Science Editors:

Dehecq M. Composition et dynamique des complexes protéiques impliqués dans le "nonsense-mediated mRNA decay" chez la levure Saccharomyces cerevisiae : Composition and dynamic of Nonsense-mediated mRNA decay complexes in yeast. [Doctoral Dissertation]. Sorbonne université; 2018. Available from: http://www.theses.fr/2018SORUS538

6. Buche, François. Influence de la formulation de pâtes de farine de blé sur leur consommation d'oxygène et leur production de dioxyde de carbone au cours du pétrissage et de la fermentation : Conséquences biochimiques et rhéologiques : Influence of wheat dough formulation on its oxygen consumption and its carbon dioxide production during kneading and fermentation : Biochemical et rheological consequences.

Degree: Docteur es, Sciences des aliments, 2011, Paris, AgroParisTech

URL: http://www.theses.fr/2011AGPT0033

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Le pétrissage et la fermentation des pâtes constituent deux étapes clé de la panification. Lors du pétrissage, l'oxygène incorporé à la pâte alimente en substrat… (more)

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Le pétrissage et la fermentation des pâtes constituent deux étapes clé de la panification. Lors du pétrissage, l'oxygène incorporé à la pâte alimente en substrat oxydant les réactions d'oxydation, pour la plupart enzymatiques, conduisant au développement des réseaux de gluten et d'arabinoxylanes donnant à la pâte ses propriétés viscoélastiques et son aptitude à la rétention gazeuse. Lors de la fermentation, la production de dioxyde de carbone par la levure conditionne la levée du pâton. Un pétrin-fermenteur étanche, le sitoxygraphe, a été utilisé pour quantifier, à tout instant au cours du pétrissage et de la fermentation, la consommation d'oxygène et la production de dioxyde de carbone en distinguant la part de CO2 qui est retenue par la pâte de celle qui apparaît dans la phase gazeuse. Une modification de la formulation de la pâte de farine de blé – par l'ajout, seul ou en mélange, de levure, d'oses oxydases, de farine de fève ou de soja, de lipases – augmente sa consommation d'oxygène, et affecte sa teneur en acides gras polyinsaturés, son état d'agrégation des protéines et ses propriétés rhéologiques. Il existe, par exemple, une compétition pour l'utilisation de l'oxygène entre la levure, qui respire durant le pétrissage, et les oxydoréductases endogènes ou exogènes. Elle se traduit par une diminution des effets biochimiques et rhéologiques des oxydoréductases exogènes. L'utilisation d'atmosphères enrichies en oxygène en début de pétrissage devrait permettre de limiter ces compétitions et donc d'amplifier l'activité des oxydoréductases exogènes.

Kneading and fermentation of dough are two key steps in bread making. During kneading, incorporated oxygen into dough supplies in oxidizing substrate oxidation reactions, most of them are enzymatic, leading to the development of gluten and arabinoxylans networks giving dough viscoelastic properties and its ability to gas retention. During fermentation, the production of carbon dioxide by yeast determines the volume increase of the dough. An airtight knerder-fermenter, the sitoxygraphe, has been used to quantify, at any moment during of kneading and fermentation, oxygen consumption and carbon dioxide production by distinguishing the part of CO2 that is retained by dough from that which appears in the gas phase. A modification of dough formulation prepared with wheat flour - by adding one or a mix of, yeast, oses oxidases, horse bean or soybean flour, lipases - increases oxygen consumption and affects its content of polyunsaturated fatty acids, its protein aggregation and its rheological properties. For example, there is a competition for the use of oxygen between the yeast, which breathes during kneading and endogenous or exogenous oxidoreductases. It results in a decrease of rheological and biochemical effects of exogenous oxidoreductases. The use of atmospheres enriched with oxygen at the beginning of kneading should allow limiting these competitions and amplifying exogenous oxidoreductases activity.

Advisors/Committee Members: Potus, Jacques (thesis director).

Subjects/Keywords: Kneaging; Dough; Fermentation; Oxygène; Levure; Améliorants de panification; Kneading; Dough; Fermentation; Oxygen; Levure; Bread improvers; 664

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APA (6^th Edition):

Buche, F. (2011). Influence de la formulation de pâtes de farine de blé sur leur consommation d'oxygène et leur production de dioxyde de carbone au cours du pétrissage et de la fermentation : Conséquences biochimiques et rhéologiques : Influence of wheat dough formulation on its oxygen consumption and its carbon dioxide production during kneading and fermentation : Biochemical et rheological consequences. (Doctoral Dissertation). Paris, AgroParisTech. Retrieved from http://www.theses.fr/2011AGPT0033

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Buche, François. “Influence de la formulation de pâtes de farine de blé sur leur consommation d'oxygène et leur production de dioxyde de carbone au cours du pétrissage et de la fermentation : Conséquences biochimiques et rhéologiques : Influence of wheat dough formulation on its oxygen consumption and its carbon dioxide production during kneading and fermentation : Biochemical et rheological consequences.” 2011. Doctoral Dissertation, Paris, AgroParisTech. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2011AGPT0033.

MLA Handbook (7^th Edition):

Buche, François. “Influence de la formulation de pâtes de farine de blé sur leur consommation d'oxygène et leur production de dioxyde de carbone au cours du pétrissage et de la fermentation : Conséquences biochimiques et rhéologiques : Influence of wheat dough formulation on its oxygen consumption and its carbon dioxide production during kneading and fermentation : Biochemical et rheological consequences.” 2011. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Buche F. Influence de la formulation de pâtes de farine de blé sur leur consommation d'oxygène et leur production de dioxyde de carbone au cours du pétrissage et de la fermentation : Conséquences biochimiques et rhéologiques : Influence of wheat dough formulation on its oxygen consumption and its carbon dioxide production during kneading and fermentation : Biochemical et rheological consequences. [Internet] [Doctoral dissertation]. Paris, AgroParisTech; 2011. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2011AGPT0033.

Council of Science Editors:

Buche F. Influence de la formulation de pâtes de farine de blé sur leur consommation d'oxygène et leur production de dioxyde de carbone au cours du pétrissage et de la fermentation : Conséquences biochimiques et rhéologiques : Influence of wheat dough formulation on its oxygen consumption and its carbon dioxide production during kneading and fermentation : Biochemical et rheological consequences. [Doctoral Dissertation]. Paris, AgroParisTech; 2011. Available from: http://www.theses.fr/2011AGPT0033

7. Reyes, Céline. Mécanismes de séparation des télomères en mitose chez la levure à fission S. pombe : Mechanisms of telomeres separation during mitosis in the fission yeast S. pombe.

Degree: Docteur es, Biologie cellulaire, 2016, Université Toulouse III – Paul Sabatier

URL: http://www.theses.fr/2016TOU30020

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La chromatine est le support de l'information génétique tout le long du cycle cellulaire. Elle est soumise à des modifications diverses et rigoureusement coordonnées par… (more)

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La chromatine est le support de l'information génétique tout le long du cycle cellulaire. Elle est soumise à des modifications diverses et rigoureusement coordonnées par les complexes CDK-Cyclines, sous le contrôle de mécanismes de surveillance. En mitose, la kinase Aurora est un acteur clé qui contrôle la ségrégation correcte des chromosomes. Aurora participe à la bi-orientation des centromères, à la condensation des chromosomes et à la cytocinèse. Le dysfonctionnement de cette kinase conduit alors à une instabilité chromosomique et à l'aneuploïdie, un phénotype observé dans la majorité des cancers solides. Les travaux réalisés au cours de cette thèse démontrent un nouveau rôle pour cette kinase dans la dispersion et la disjonction des télomères en mitose chez la levure S. Pombe. La dispersion des télomères s'accompagne en métaphase de la dissociation aux télomères des protéines Swi6/HP1 et cohésine Rad21. Tandis que la disjonction a lieu en anaphase après la phosphorylation de la sous-unité de condensine Cnd2. L'inhibition d'Aurora induit la formation de ponts chromosomiques anaphasiques qui révèle des défauts de séparation des télomères. La délétion d'une protéine spécifique aux télomères, Ccq1, protège la cellule de la formation de ces ponts chromosomiques en favorisant le chargement de la condensine en anaphase malgré l'inhibition d'Aurora.

Chromatin is the support of the genetic information throughout the cell cycle. It is subject to various modifications that occur with precise coordination. This coordination is led by CDK-cyclins under the control of cell cycle checkpoints. In mitosis, correct chromosome segregation is ensured by Aurora kinases. Aurora participates to centromere bi-orientation, chromosome condensation and cytokinesis. A dysfunction in the activity of this kinase leads to chromosomal instability and aneuploidy, phenotypes frequently observed in cancer. The results obtained during this thesis reveal a new function for fission yeast Aurora kinase during mitosis in telomere dispersion and disjunction. Telomere dispersion is triggered in metaphase by the dissociation of Swi6/HP1 and cohesion Rad21 from telomeres. Then, during anaphase, the phosphorylation of the condensin subunit Cnd2 is required for telomere disjunction. Aurora inhibition leads to anaphase chromosome bridges with unseparated telomeres. Deletion of a specific telomeric protein, Ccq1, prevents the formation of anaphase chromosome bridges by favoring condensin loading despite Aurora inhibition.

Advisors/Committee Members: Tournier-Gachet, Sylvie (thesis director), Gachet, Yannick (thesis director).

Subjects/Keywords: Télomères; Aurora B; Shelterin; Condensine; Levure à fission; Mitose

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APA (6^th Edition):

Reyes, C. (2016). Mécanismes de séparation des télomères en mitose chez la levure à fission S. pombe : Mechanisms of telomeres separation during mitosis in the fission yeast S. pombe. (Doctoral Dissertation). Université Toulouse III – Paul Sabatier. Retrieved from http://www.theses.fr/2016TOU30020

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Reyes, Céline. “Mécanismes de séparation des télomères en mitose chez la levure à fission S. pombe : Mechanisms of telomeres separation during mitosis in the fission yeast S. pombe.” 2016. Doctoral Dissertation, Université Toulouse III – Paul Sabatier. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2016TOU30020.

MLA Handbook (7^th Edition):

Reyes, Céline. “Mécanismes de séparation des télomères en mitose chez la levure à fission S. pombe : Mechanisms of telomeres separation during mitosis in the fission yeast S. pombe.” 2016. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Reyes C. Mécanismes de séparation des télomères en mitose chez la levure à fission S. pombe : Mechanisms of telomeres separation during mitosis in the fission yeast S. pombe. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Toulouse III – Paul Sabatier; 2016. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2016TOU30020.

Council of Science Editors:

Reyes C. Mécanismes de séparation des télomères en mitose chez la levure à fission S. pombe : Mechanisms of telomeres separation during mitosis in the fission yeast S. pombe. [Doctoral Dissertation]. Université Toulouse III – Paul Sabatier; 2016. Available from: http://www.theses.fr/2016TOU30020

8. Delerue, Thomas. Etude du rôle de la protéine Msp1p dans la dynamique mitochondriale et le maintien de l'ADNmt chez la levure Schizosaccharomyces pombe : Role of Msp1p in mitochondrial dynamics and mtDNA maintenance in the yeast schizosaccharomyces pombe.

Degree: Docteur es, Biologie cellulaire, 2015, Université Toulouse III – Paul Sabatier

URL: http://www.theses.fr/2015TOU30314

► La dynamique mitochondriale est un processus qui correspond à un équilibre dynamique entre des forces de fusion et de fission qui s'exercent sur les membranes… (more)

▼ La dynamique mitochondriale est un processus qui correspond à un équilibre dynamique entre des forces de fusion et de fission qui s'exercent sur les membranes des mitochondries. Quand les forces de fission prédominent les mitochondries apparaissent fragmentées, à l'inverse quand les forces de fusion sont prépondérantes les mitochondries forment un réseau filamenteux et interconnecté. Les principaux acteurs qui contrôlent la dynamique mitochondriale sont de grandes GTPases conservées de la levure à l'homme. Dnm1p (DRP1) est impliquée dans la fission de la membrane externe. Fzo1p (MFN1-2) et Mgm1p/Msp1p (OPA1) sont impliquées dans la fusion respectivement de la membrane externe et interne. L'objet d'étude principal de mon équipe est la protéine Msp1p/OPA1. Mon équipe a montré que la perte de Msp1p chez la levure à fission S. pombe induit la fragmentation des mitochondries, la perte du génome mitochondrial (ADNmt) et conduit à la mort de cette levure petite négative qui ne peut tolérer l'absence d'ADNmt. Afin de mieux comprendre les différents rôles de Msp1p et leurs relations, j'ai recherché des suppresseurs génétiques et pharmacologiques de la létalité induite par la perte de Msp1p. Nous avons identifié des suppresseurs génétiques en supprimant le gène msp1+ par recombinaison homologue dans des levures de fonds génétiques différents. Dans toutes les souches utilisées, des mutations spontanées localisées dans un des 3 gènes codant des protéines de fission (dnm1+, fis1+, caf4+), ont été retrouvées. Ces mutations suppriment à la fois la fragmentation des mitochondries et la perte de l'ADNmt, suggérant que le rôle de Msp1p dans la stabilité de l'ADNmt est une conséquence de sa fonction fusogène. Grâce au criblage de chimiothèques, nous avons identifié 5 composés pharmacologiques capables de supprimer la létalité d'un mutant thermosensible de Msp1p. J'ai entrepris la caractérisation de deux d'entre eux. Le premier supprime à la fois la fragmentation et la perte d'ADNmt induites par l'inactivation de Msp1p et semble cibler la fission mitochondriale. Le second ne supprime que la perte de l'ADNmt, suggérant que la seule fonction essentielle de Msp1p est son rôle dans le maintien de l'ADNmt. Au cours de ces travaux je me suis également intéressé aux mécanismes moléculaires pouvant expliquer la petite négativité de S. pombe. En absence d'ADNmt, les levures petites positives sont viables car capables, contrairement aux levures petites négatives, de maintenir un potentiel de membrane mitochondrial. 6 allèles, nommés ptp et rzl, qui permettent à la levure S. pombe de vivre sans ADNmt ont été décrits il y a plus de 20 ans. Nous les avons identifiées par des approches gène candidat ou séquençage haut débit. Ces allèles correspondent à des versions mutées de gènes codant soit des sous-unités de l'ATP synthase soit des sous-unités du protéasome. Dans le premier cas, ceci nous permet d'impliquer un fonctionnement reverse de l'ATP synthase et du transporteur ADP/ATP dans la restauration du potentiel de membrane mitochondrial et donc… Advisors/Committee Members: Belenguer, Pascale (thesis director), Arnauné, Laetitia (thesis director).

Subjects/Keywords: Mitochondrie; Levure; ADNmt; Dynamique mitochondriale; ADOA-1; Petite positivité

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APA (6^th Edition):

Delerue, T. (2015). Etude du rôle de la protéine Msp1p dans la dynamique mitochondriale et le maintien de l'ADNmt chez la levure Schizosaccharomyces pombe : Role of Msp1p in mitochondrial dynamics and mtDNA maintenance in the yeast schizosaccharomyces pombe. (Doctoral Dissertation). Université Toulouse III – Paul Sabatier. Retrieved from http://www.theses.fr/2015TOU30314

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Delerue, Thomas. “Etude du rôle de la protéine Msp1p dans la dynamique mitochondriale et le maintien de l'ADNmt chez la levure Schizosaccharomyces pombe : Role of Msp1p in mitochondrial dynamics and mtDNA maintenance in the yeast schizosaccharomyces pombe.” 2015. Doctoral Dissertation, Université Toulouse III – Paul Sabatier. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2015TOU30314.

MLA Handbook (7^th Edition):

Delerue, Thomas. “Etude du rôle de la protéine Msp1p dans la dynamique mitochondriale et le maintien de l'ADNmt chez la levure Schizosaccharomyces pombe : Role of Msp1p in mitochondrial dynamics and mtDNA maintenance in the yeast schizosaccharomyces pombe.” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Delerue T. Etude du rôle de la protéine Msp1p dans la dynamique mitochondriale et le maintien de l'ADNmt chez la levure Schizosaccharomyces pombe : Role of Msp1p in mitochondrial dynamics and mtDNA maintenance in the yeast schizosaccharomyces pombe. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Toulouse III – Paul Sabatier; 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2015TOU30314.

Council of Science Editors:

Delerue T. Etude du rôle de la protéine Msp1p dans la dynamique mitochondriale et le maintien de l'ADNmt chez la levure Schizosaccharomyces pombe : Role of Msp1p in mitochondrial dynamics and mtDNA maintenance in the yeast schizosaccharomyces pombe. [Doctoral Dissertation]. Université Toulouse III – Paul Sabatier; 2015. Available from: http://www.theses.fr/2015TOU30314

9. Mary, Hadrien. Analyse et modélisation de la dynamique des chromosomes durant la mitose chez la levure à fission : Chromosome dynamics during mitosis in fission yeast.

Degree: Docteur es, Biologie santé biotechnologies, 2015, Université Toulouse III – Paul Sabatier

URL: http://www.theses.fr/2015TOU30226

► La mitose est une étape clé du cycle cellulaire, très préservée chez toutes les cellules eucaryotes, durant laquelle le matériel génétique de la cellule (les… (more)

▼ La mitose est une étape clé du cycle cellulaire, très préservée chez toutes les cellules eucaryotes, durant laquelle le matériel génétique de la cellule (les chromosomes) réparti de manière égale dans les deux cellules filles. Cette équipartition du matériel génétique est cruciale pour le maintien de la stabilité génétique. Durant ce processus, les chromosomes, composés des chromatides soeurs, établissent une plaque métaphasique au centre du fuseau mitotique. Chaque chromatide est attachée à un pôle du fuseau mitotique respectif (on parle d'attachement bipolaire) vers lequel elle se dirigera durant l'anaphase. Les chromatides sont l'unité indivisible du matériel génétique durant la mitose, à l'image des atomes dans une molécule. Initialement, une fois la chromatine condensée en chromosomes, chacun de ces " objets " est détaché et réparti suivant une position précise appellée territoires chromosomiques. Toute la complexité de la mitose est de capturer chacune des chromatides et de les positionner sur la plaque métaphasique avant leur séparation et migration vers leur pôle respectif durant l'anaphase. Cette étape de la division cellulaire requiert donc non seulement un réseau complexe d'interaction et de signalisation biochimique comme dans beaucoup d'autres processus biologiques mais aussi un fin contrôle spatio-temporel du mouvement et du positionnement de ces objets de grande taille à l'échelle de la cellule. Il semblerait que l'origine du mouvement des chromosomes provienne pour une grande part de la dynamique des microtubules. Ce qui est moins certain est la part relative accordée aux différents processus régulant cette dynamique; que ce soit la dynamique intrinsèque (appelée instabilité dynamique des microtubules) ou l'effet de différentes protéines sur les microtubules comme les MAPs (Microtubule Associated Proteins) et les kinésines (protéines motrices). On notera par ailleurs que le mécanisme de transfert d'énergie entre la dynamique des microtubules et le mouvement des chromosomes est encore très largement hypothétique. La dynamique des chromosomes durant la mitose est aussi largement contrôlée par un grand nombre d'acteurs autres que les microtubules. Certains d'entre eux étant responsables de l'attachement MTs-kinétochore comme les complexes NDC80 et DAM1, tandis que d'autres sont impliqués dans la régulation de la dynamique des microtubules comme la kinésine-8 et la kinésine-13. Durant mon travail de thèse, j'ai étudié la dynamique des chromosomes en mitose chez la levure à fission, modèle celulaire dont les mécanismes primordiaux qui contrôlent la mitose sont conservés avec les eucaryotes supérieurs. En effet, j'ai caractérisé deux de ces mécanismes conservés au cours de l'évolution: l'alignement des chromosomes durant la métaphase ainsi qu'un mouvement de va et vient plus ou moins régulier le long du fuseau aussi appelé oscillation des chromosomes. J'ai montré, en analysant les trajectoires des chromosomes que ces deux processus sont pour une large part indépendants [@Mary2015]. De plus, le processus… Advisors/Committee Members: Tournier-Gachet, Sylvie (thesis director), Gachet, Yannick (thesis director).

Subjects/Keywords: Modélisation; Chromosome; Mitose; Levure à fission; Ségrégation; Imagerie

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APA (6^th Edition):

Mary, H. (2015). Analyse et modélisation de la dynamique des chromosomes durant la mitose chez la levure à fission : Chromosome dynamics during mitosis in fission yeast. (Doctoral Dissertation). Université Toulouse III – Paul Sabatier. Retrieved from http://www.theses.fr/2015TOU30226

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Mary, Hadrien. “Analyse et modélisation de la dynamique des chromosomes durant la mitose chez la levure à fission : Chromosome dynamics during mitosis in fission yeast.” 2015. Doctoral Dissertation, Université Toulouse III – Paul Sabatier. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2015TOU30226.

MLA Handbook (7^th Edition):

Mary, Hadrien. “Analyse et modélisation de la dynamique des chromosomes durant la mitose chez la levure à fission : Chromosome dynamics during mitosis in fission yeast.” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Mary H. Analyse et modélisation de la dynamique des chromosomes durant la mitose chez la levure à fission : Chromosome dynamics during mitosis in fission yeast. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Toulouse III – Paul Sabatier; 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2015TOU30226.

Council of Science Editors:

Mary H. Analyse et modélisation de la dynamique des chromosomes durant la mitose chez la levure à fission : Chromosome dynamics during mitosis in fission yeast. [Doctoral Dissertation]. Université Toulouse III – Paul Sabatier; 2015. Available from: http://www.theses.fr/2015TOU30226

10. Gounot, Jean-Sébastien. Génomique des populations : étude comparative au sein du sous-phylum des Saccharomycotina : Population genomics : comparative study within the Saccharomycotina subphylum.

Degree: Docteur es, Bioinformatique, 2018, Université de Strasbourg

URL: http://www.theses.fr/2018STRAJ052

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Les améliorations des technologies de séquençage offrent aujourd’hui la possibilité d’explorer la variabilité intraspécifique au sein d’une espèce à travers le séquençage complet du génome… (more)

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Les améliorations des technologies de séquençage offrent aujourd’hui la possibilité d’explorer la variabilité intraspécifique au sein d’une espèce à travers le séquençage complet du génome d’un grand nombre d’individus. Dans ce contexte, mes travaux de thèse se sont basés sur l’étude et la comparaison de la variabilité génomique à travers des études de génomique des populations au sein de plusieurs espèces de levures. Dans un premier temps, j’ai réalisé une étude systématique de la variabilité intraspécifique au sein de 6 espèces de levures, me donnant notamment la possibilité d’étudier la variabilité du contenu en gènes entre les espèces. Dans un second temps, je me suis focalisé sur l’utilisation des dernières technologies de séquençage dans l’objectif de produire une séquence de référence de Dekkera bruxellensis, dont l’absence pour un grand nombre d’espèces limite l’établissement d’étude de génomique des populations. Cette séquence a été utilisée dans un dernier temps afin d’étudier l’évolution de l’espèce. Dans l’ensemble, ces travaux apportent de solides fondations dans l’exploration de la diversité génétique au sein d’espèces non-modèles.

Advent of high throughput technologies as well as the reduction of their price open the way to the exploration of the intraspecific genetic variation at the species level by sequencing the complete genome of a wide range of individuals. Doing so, I first produced populations genomics studies of 6 yeast species based on the same framework, allowing the exploration and comparison of the genes repository of each species. I then used new sequencing technologies to produce a reference sequence for the yeast species Dekkera bruxellensis. Using this sequence, I was then able to produce for the first time a population genomic study at the genome wide scale for this species.

Advisors/Committee Members: Schacherer, Joseph (thesis director).

Subjects/Keywords: Génomique des populations; Bioinformatique; Levure; Population genomic; Bioinformatic; Yeast; 572.8

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APA (6^th Edition):

Gounot, J. (2018). Génomique des populations : étude comparative au sein du sous-phylum des Saccharomycotina : Population genomics : comparative study within the Saccharomycotina subphylum. (Doctoral Dissertation). Université de Strasbourg. Retrieved from http://www.theses.fr/2018STRAJ052

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Gounot, Jean-Sébastien. “Génomique des populations : étude comparative au sein du sous-phylum des Saccharomycotina : Population genomics : comparative study within the Saccharomycotina subphylum.” 2018. Doctoral Dissertation, Université de Strasbourg. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2018STRAJ052.

MLA Handbook (7^th Edition):

Gounot, Jean-Sébastien. “Génomique des populations : étude comparative au sein du sous-phylum des Saccharomycotina : Population genomics : comparative study within the Saccharomycotina subphylum.” 2018. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Gounot J. Génomique des populations : étude comparative au sein du sous-phylum des Saccharomycotina : Population genomics : comparative study within the Saccharomycotina subphylum. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Strasbourg; 2018. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2018STRAJ052.

Council of Science Editors:

Gounot J. Génomique des populations : étude comparative au sein du sous-phylum des Saccharomycotina : Population genomics : comparative study within the Saccharomycotina subphylum. [Doctoral Dissertation]. Université de Strasbourg; 2018. Available from: http://www.theses.fr/2018STRAJ052

11. Aguilera Aguilera, Paula. Régulation spatio-temporelle de la recombinaison télomérique au cours de la sénescence réplicative : Spatio-temporal regulation of telomere recombination during replicative senescence.

Degree: Docteur es, Pathologie humaine. Oncologie, 2018, Aix Marseille Université

URL: http://www.theses.fr/2018AIXM0681

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Les extrémités des chromosomes portent des structures nommées télomères, nécessaires à la survie des cellules. La sénescence réplicative induite par l’altération des télomères bloque les… (more)

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Les extrémités des chromosomes portent des structures nommées télomères, nécessaires à la survie des cellules. La sénescence réplicative induite par l’altération des télomères bloque les proliférations cellulaires excessives. Cependant, certaines cellules échappent à ce contrôle et deviennent immortelles. Je me suis intéressée aux mécanismes permettant de reconstituer des télomères fonctionnels par recombinaison chez la levure. Le noyau est divisé en sous-compartiments plus ou moins permissifs pour la recombinaison. J’ai étudié comment la localisation des télomères dysfonctionnels aux pores nucléaires (NPC) conditionne leur réparation et la prolifération des cellules. J’ai montré que les lésions réplicatives au télomères sont relocalisées aux NPC ce qui favorise leur réparation par un mécanisme conservatif. J’ai aussi montré la présence aux NPC de cercles d’ADN télomérique qui pourraient servir de matrice pour allonger les télomères et sortir de la sénescence réplicative.

Chromosome ends are formed by structures called telomeres, which are necessary for genome integrity and cell survival. Upon aberrant proliferation, as in precancerous cells, telomere alterations blocks cell proliferation, a mechanism called replicative senescence. However, some cells escape this control and become immortals. Using budding yeast as model, my work aimed to understand the mechanisms that allow cells to reconstitute functional telomeres using homologous recombination. The nucleus is divided in sub-compartments that are differently permissive for recombination. I investigated how the localization of dysfunctional telomeres to the nuclear pore complex (NPC) determines their repair and favors cell proliferation. I showed that replicative lesions at telomeres relocate to the NPC allowing conservative repair by recombination. I further shed light on the presence at NPC of telomeric DNA circles that may serve as template for telomere elongation and thus escape from senescence.

Advisors/Committee Members: Geli, Vincent (thesis director), Simon, Marie-Noëlle (thesis director).

Subjects/Keywords: Télomères; Levure; Sénescence; Recombinaison; Génétique; Telomeres; Yeast; Senescence; Recombination; Genetics

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APA (6^th Edition):

Aguilera Aguilera, P. (2018). Régulation spatio-temporelle de la recombinaison télomérique au cours de la sénescence réplicative : Spatio-temporal regulation of telomere recombination during replicative senescence. (Doctoral Dissertation). Aix Marseille Université. Retrieved from http://www.theses.fr/2018AIXM0681

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Aguilera Aguilera, Paula. “Régulation spatio-temporelle de la recombinaison télomérique au cours de la sénescence réplicative : Spatio-temporal regulation of telomere recombination during replicative senescence.” 2018. Doctoral Dissertation, Aix Marseille Université. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2018AIXM0681.

MLA Handbook (7^th Edition):

Aguilera Aguilera, Paula. “Régulation spatio-temporelle de la recombinaison télomérique au cours de la sénescence réplicative : Spatio-temporal regulation of telomere recombination during replicative senescence.” 2018. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Aguilera Aguilera P. Régulation spatio-temporelle de la recombinaison télomérique au cours de la sénescence réplicative : Spatio-temporal regulation of telomere recombination during replicative senescence. [Internet] [Doctoral dissertation]. Aix Marseille Université 2018. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2018AIXM0681.

Council of Science Editors:

Aguilera Aguilera P. Régulation spatio-temporelle de la recombinaison télomérique au cours de la sénescence réplicative : Spatio-temporal regulation of telomere recombination during replicative senescence. [Doctoral Dissertation]. Aix Marseille Université 2018. Available from: http://www.theses.fr/2018AIXM0681

Université de Sherbrooke

12. Aksouh, Leyla. Étude de l'impact de la régulation post-transcriptionnelle sur l'expression de la kinase du point de contrôle de la morphogénèse HSL1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae.

Degree: 2012, Université de Sherbrooke

URL: http://hdl.handle.net/11143/6262

► Il est connu chez la levure Saccharomyces cerevisiae que la dégradation nucléaire est surtout impliquée dans les mécanismes de surveillance de la qualité des ARNs.… (more)

▼ Il est connu chez la levure Saccharomyces cerevisiae que la dégradation nucléaire est surtout impliquée dans les mécanismes de surveillance de la qualité des ARNs. Parmi les ribonucléases nucléaires, il existe l'endoribonucléase Rnt1p qui possède plusieurs fonctions notamment dans la maturation de l'ARN ribosomal. Cependant, sa délétion causait des défauts dans la progression du cycle cellulaire ainsi qu'une sensibilité à la température. Ces défauts ont été associés à deux gènes impliqués dans la régulation du cycle cellulaire HSL1 et SW14. L'analyse des niveaux d'ARNm de ces deux gènes a montré que ces derniers étaient surexprimés en absence de RNT1 et que l'ajout de Rnt1p recombinant à des extraits d'ARNm provenant d'une souche rntl [delta] provoquait une diminution de l'ARNm mature. Le rôle de Rnt1p dans la régulation de ces deux gènes a également été confirmé par des expériences analysant les niveaux des protéines encodées par ces gènes. La protéine Hsl1p étant impliquée dans le contrôle de la morphogénèse et donc du cycle cellulaire, et étant donné que la localisation de Rnt1p est également dépendante de celui ci, nous avons voulu examiner la possibilité que Rnt1p régule Hsl1p de façon dépendante du cycle cellulaire. Pour cela, nous avons examiné l'impact de la délétion de Rnt1p sur l'expression de Hsl1p dans les différentes phases du cycle cellulaire. Par ailleurs, puisque Hsl1p possède deux fonctions à la fois dans le contrôle de la morphogénèse mais aussi dans la réponse au stress des parois, nous avons décidé d'étudier sa distribution dans le cycle cellulaire mais aussi l'impact de la régulation posttranscriptonnelle sur l'expression et la localisation de son ARNm dans les différentes phases du cycle cellulaire. Pour cela, nous avons testé l'impact de trois délétions de ribonucléases nucléaires (Rnt1p et Rrp6p) et cytoplasmique (Xrnlp) afin de comprendre quel niveau de régulation était le plus important dans l'expression de l'ARNm Hsll. Nous avons utilisé pour cela une technique très sensible appelée FISH (fluorescent in situ hybridization) qui permet de détecter des ARNm individuels au sein de la cellule et d'en calculer le nombre dans chaque phase du cycle et dans chaque compartiment cellulaire (noyau et cytoplasme). Nos résultats ont montré que Rnt1p jouait un rôle très important dans l'expression et la localisation cycle cellulaire-dépendante de l'ARNm Hsll avec un impact marqué au niveau de la phase G2/M, alors que les autres délétions n'avaient pas d'effet sur l'expression cyclique de l'ARNm Hsl1. Advisors/Committee Members: Abou Elela, Sherif (advisor).

Subjects/Keywords: Cycle cellulaire; Rnt1p; Dégradation de l'ARN; Levure; ARNm Hs11

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APA (6^th Edition):

Aksouh, L. (2012). Étude de l'impact de la régulation post-transcriptionnelle sur l'expression de la kinase du point de contrôle de la morphogénèse HSL1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae. (Masters Thesis). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/6262

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Aksouh, Leyla. “Étude de l'impact de la régulation post-transcriptionnelle sur l'expression de la kinase du point de contrôle de la morphogénèse HSL1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2012. Masters Thesis, Université de Sherbrooke. Accessed January 16, 2021. http://hdl.handle.net/11143/6262.

MLA Handbook (7^th Edition):

Aksouh, Leyla. “Étude de l'impact de la régulation post-transcriptionnelle sur l'expression de la kinase du point de contrôle de la morphogénèse HSL1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2012. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Aksouh L. Étude de l'impact de la régulation post-transcriptionnelle sur l'expression de la kinase du point de contrôle de la morphogénèse HSL1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Internet] [Masters thesis]. Université de Sherbrooke; 2012. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/6262.

Council of Science Editors:

Aksouh L. Étude de l'impact de la régulation post-transcriptionnelle sur l'expression de la kinase du point de contrôle de la morphogénèse HSL1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Masters Thesis]. Université de Sherbrooke; 2012. Available from: http://hdl.handle.net/11143/6262

Université de Sherbrooke

13. Viel, Guy. Caractérisation du métabolisme et de la toxicité aiguë des n-alcools chez Saccharomyces cerevisiae par microcalorimétrie dynamique.

Degree: 1990, Université de Sherbrooke

URL: http://hdl.handle.net/11143/16503

► Dans le but de proposer une approche biophysique à l'amélioration de la tolérance aux n-alcools de diverses espèces microbiennes, nous avons appliqué la microcalorimétrie pour… (more)

▼ Dans le but de proposer une approche biophysique à l'amélioration de la tolérance aux n-alcools de diverses espèces microbiennes, nous avons appliqué la microcalorimétrie pour étudier la toxicité de n-alcools sur le métabolisme de Saccharomyces cerevisiae. Comme pré-requis à l'étude de toxicité des n-alcools, l'approche exploitée pour relier l'activité thermique au métabolisme de S. cerevisiae a démontré que les thermogrammes détectent directement les changements observés durant une croissance en cuvée ou en chemostat. L'analyse des courbes du flux thermique et de consommation du glucose a démontré une corrélation entre la chaleur dégagée, le glucose consommé et la production de levures. Les études microcalorimétriques sur des levures maintenues en conditions de non-croissance ont permis d'obtenir une relation similaire entre le métabolisme fermentaire et la chaleur dégagée, d'établir un pH optimal de fermentation et de suggérer une limitation au taux de dégagement de chaleur par le système du transport des sucres. Les études de toxicité aiguë des n-alcools ont démontré une relation linéaire entre les paramètres de toxicité (CI-50, Ki) et la lipophilie des alcools. Par rapport aux alcools à plus longue chaîne, les alcools miscibles à l'eau ont un comportement différent pour le schéma d'inhibition et la relation linéaire obtenue avec le nombre de carbone. Cette différence suggère une préférence de sites polaires pour les alcools à courte chaîne par rapport à des sites hydrophobe pour les alcools ayant plus de quatre carbones. L'étude du schéma biphasé des courbes de toxicité montre que l'éthanol inhibe le métabolisme de fermentation à des concentrations inoffensives pour le métabolisme endogène des levures. En relation avec ces observations, les enzymes glycolytiques ne seraient donc pas affectés à la phase d'inhibition du métabolisme fermentaire du glucose. La première phase correspond à l'inhibition de la croissance et l'inhibition complète de l'activité endogène correspond à une perte de la viabilité et de l'utilisation du glucose. Cette approche globale par la microcalorimétrie nous permet d'évaluer rapidement la tolérance à l'éthanol de diverses souches de levures et de dépister les souches les plus performantes en fermentation d'un moût de raisin. Enfin, l'étude préliminaire des effets potentiels d'agents protecteurs contre la toxicité de l'éthanol n'a pas permis de trouver un agent idéal. Certains indices démontrent que des propriétés particulières pourraient être nécessaires dans le choix de futurs additifs de protection. Ce sont une taille moléculaire permettant un passage à travers la paroi cellulaire, un caractère lipophile et une charge nette positive. Advisors/Committee Members: Jolicoeur, Carmel (advisor).

Subjects/Keywords: Saccharomycétacées; Fermentation; Microbiologie; Levure

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APA (6^th Edition):

Viel, G. (1990). Caractérisation du métabolisme et de la toxicité aiguë des n-alcools chez Saccharomyces cerevisiae par microcalorimétrie dynamique. (Doctoral Dissertation). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/16503

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Viel, Guy. “Caractérisation du métabolisme et de la toxicité aiguë des n-alcools chez Saccharomyces cerevisiae par microcalorimétrie dynamique.” 1990. Doctoral Dissertation, Université de Sherbrooke. Accessed January 16, 2021. http://hdl.handle.net/11143/16503.

MLA Handbook (7^th Edition):

Viel, Guy. “Caractérisation du métabolisme et de la toxicité aiguë des n-alcools chez Saccharomyces cerevisiae par microcalorimétrie dynamique.” 1990. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Viel G. Caractérisation du métabolisme et de la toxicité aiguë des n-alcools chez Saccharomyces cerevisiae par microcalorimétrie dynamique. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Sherbrooke; 1990. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/16503.

Council of Science Editors:

Viel G. Caractérisation du métabolisme et de la toxicité aiguë des n-alcools chez Saccharomyces cerevisiae par microcalorimétrie dynamique. [Doctoral Dissertation]. Université de Sherbrooke; 1990. Available from: http://hdl.handle.net/11143/16503

14. Nikolov, Ivaylo. Identifying novel factors involved into heterochromatin formation in budding yeast : Identification de nouveaux facteurs impliqués dans la formation d'hétérochromatine chez la levure Saccharomyces cerevisiae.

Degree: Docteur es, Chromatine, replication, 2014, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI

URL: http://www.theses.fr/2014PA066473

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Chez la levure à bourgeon, l’établissement de domaines silencieux pour la transcription nécessite le recrutement du complexe SIR (Silencing Information Regulator).Mon travail de thèse s’est… (more)

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Chez la levure à bourgeon, l’établissement de domaines silencieux pour la transcription nécessite le recrutement du complexe SIR (Silencing Information Regulator).Mon travail de thèse s’est attaché à étudier une nouvelle voie d’établissement de la répression transcriptionnelle par les SIRs. Des travaux récents ont montré que la répétition en tandem de protéines fortement liées à l’ADN favorise la mise en silence d’un gène rapporteur voisin (Dubarry et al. 2011).En combinant des approches génétiques et moléculaires, j’ai pu montrer qu’un locus composé de 120 répétitions du site opérateur de l'opéron lactose (lacO) liées par la protéine LacI génère un stress chromatinien local et représente une source d'instabilité génomique. Cette instabilité étant limitée par la recombinaison homologue.Dans la seconde partie de ma thèse, j'ai étudié la dynamique d’établissement de la répression par les complexes lacO/LacI et montré que la répression transcriptionnelle et le recrutement du complexe SIR s'établissent sur plusieurs cycles cellulaires. En outre, mes résultats montrent que le complexe SIR stabilise les nucléosomes au niveau des complexes ADN / protéines de forte affinité.Enfin, deux cribles génétiques m’ont permis d’identifier les complexes HIR et LSM comme des facteurs impliqués dans l’hétérochromatinisation induite par les répétitions lacO/LacI. Les connaissances actuelles de ces complexes étant restreintes à la régulation de la transcription et au post-traitement des ARN messagers, d'autres études seront nécessaires pour disséquer le lien entre ces complexes et l'inhibition transcriptionnelle déclenchée par les complexes lacO /lacI.

Silent domains in budding yeast are formed by the recruitment and spreading of the Silent Information Regulator (SIR) complex.Previous studies showed that an array of tight protein-DNA complexes has the ability to trigger SIR dependent silencing of an ectopically placed EADE2I reporter (Dubarry et al. 2011). It was proposed that replication stress arising due to difficulties to replicate the array of tight protein-DNA complexes is the source of this phenomenon. In my work I have demonstrated that an array of 120 lacO repeats tightly bound by a LacI protein is a source of genomic instability. Investigating the genetic requirements for this event, I have demonstrated that homologous recombination pathways maintain the stability of the locus. My work is consistent with previous reports in fission yeast demonstrating that lacO/LacI is a chromatin stress site (Sofueva et al. 2011). As a second part of my PhD project, using an inducible system that I have developed, I followed the dynamics of establishment of silencing of an ectopically placed reporter gene. My results demonstrate that transcriptional silencing in this system takes many cell cycles to be established. Additionally, I have identified a novel role of the SIR proteins in stabilizing nucleosomes. In an attempt to elucidate the functional link between lacO/LacI and EADE2I silencing, I have performed two SGA (synthetic genetic array)…

Advisors/Committee Members: Taddei, Angela (thesis director).

Subjects/Keywords: ADN; Chromatine; Replication; Levure à bourgeon; Protein-DNA; Budding yeast; 572.86

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APA (6^th Edition):

Nikolov, I. (2014). Identifying novel factors involved into heterochromatin formation in budding yeast : Identification de nouveaux facteurs impliqués dans la formation d'hétérochromatine chez la levure Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Dissertation). Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Retrieved from http://www.theses.fr/2014PA066473

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Nikolov, Ivaylo. “Identifying novel factors involved into heterochromatin formation in budding yeast : Identification de nouveaux facteurs impliqués dans la formation d'hétérochromatine chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2014. Doctoral Dissertation, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2014PA066473.

MLA Handbook (7^th Edition):

Nikolov, Ivaylo. “Identifying novel factors involved into heterochromatin formation in budding yeast : Identification de nouveaux facteurs impliqués dans la formation d'hétérochromatine chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Nikolov I. Identifying novel factors involved into heterochromatin formation in budding yeast : Identification de nouveaux facteurs impliqués dans la formation d'hétérochromatine chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2014PA066473.

Council of Science Editors:

Nikolov I. Identifying novel factors involved into heterochromatin formation in budding yeast : Identification de nouveaux facteurs impliqués dans la formation d'hétérochromatine chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Doctoral Dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014PA066473

Université de Sherbrooke

15. Larrivée, Michel. Protection et maintien des extrémités des chromosomes de Saccharomyces cerevisiae.

Degree: 2006, Université de Sherbrooke

URL: http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4226

► Les extrémités des chromosomes eucaryotes, appelées les télomères, sont composées de protéines et de courtes séquences de nucléotides répétées en tandem. Chez la majorité des… (more)

▼ Les extrémités des chromosomes eucaryotes, appelées les télomères, sont composées de protéines et de courtes séquences de nucléotides répétées en tandem. Chez la majorité des organismes, le brin d'ADN se terminant à l'extrémité du chromosome en 3' est un brin contenant plusieurs bases guanine (G-riche), alors que le brin complémentaire est toujours le brin riche en cytosine. Un des rôles importants que jouent les télomères dans la cellule est qu'ils protègent les chromosomes contre la dégradation et les évènements de fusion des extrémités des chromosomes. Dans le but d'identifier des facteurs importants dans le maintien des télomères, nous avons tout d'abord identifié un complexe protéique s'associant aux télomères de la levure Saccharomyces cerevisiae, appelé yKu70 et yKu80. Cet hétérodimère était connu comme étant un joueur important pour la réparation des cassures d'ADN double-brin (db) via un mécanisme de réparation par jonction d'extrémités d'ADN non-homologues (NHEJ). La présence du complexe yKu aux télomères est surprenante du fait qu'il doit jouer un rôle antagoniste aux extrémités des chromosomes (empêcher les fusions télomère-télomère) par rapport aux cassures d'ADN db (permettre la fusion des bouts d'ADN sectionnés). De plus, nous avons démontré que le complexe yKu est important pour protéger la structure normale des télomères. En effet, les télomères des souches mutantes possèdent de longues extensions 3' télomériques. Par ailleurs, il avait été démontré que les télomères de levure acquièrent de longues extensions 3' simple-brin (sb) de plus de 25 bases à la fin de la phase S. Cependant, pour le reste du cycle cellulaire, la structure terminale n'était pas connue. Nous avons démontré dans un deuxième manuscrit que la levure possède des extensions 3' télomériques à l'extérieur de la phase S, soit en phase G 1 du cycle cellulaire. Ces extensions du brin G-riche ont une taille de 12 à 14 bases pour des cellules de type sauvage (Wt). De plus, nous avons démontré que le complexe Mre11/Rad50/Xrs2 est important pour former et/ou maintenir ces extensions. En effet, une délétion de l'un ou l'autre de ces gènes provoque une structure terminale différente par rapport à des cellules Wt. Ces mutants ont de courtes extensions 3' télomériques, la majorité étant moins de 8 bases, suggérant que ce complexe est important mais pas essentiel pour créer une structure terminale normale. En absence de la télomérase, un faible pourcentage des cellules réussissent à survivre après 50-80 générations, préservant alors leurs séquences télomériques par des mécanismes de recombinaison. Deux types de survivants ont été décrits, soit les survivants de type I et de type II. Nous avons démontré que les deux types de survivants possèdent des cercles d'ADN extra-chromosomiques différents : les survivants de type I possèdent majoritairement des cercles d'ADN db contenant une ou deux répétitions de l'élément sous-télomérique Y', alors que les survivants de type II possèdent des cercles d'ADN partiellement sb du brin G-riche. Ces cercles… Advisors/Committee Members: [non identifié] (advisor).

Subjects/Keywords: Adaptation; Recombinaison; Levure; Télomérase; Télomères

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APA (6^th Edition):

Larrivée, M. (2006). Protection et maintien des extrémités des chromosomes de Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Dissertation). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4226

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Larrivée, Michel. “Protection et maintien des extrémités des chromosomes de Saccharomyces cerevisiae.” 2006. Doctoral Dissertation, Université de Sherbrooke. Accessed January 16, 2021. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4226.

MLA Handbook (7^th Edition):

Larrivée, Michel. “Protection et maintien des extrémités des chromosomes de Saccharomyces cerevisiae.” 2006. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Larrivée M. Protection et maintien des extrémités des chromosomes de Saccharomyces cerevisiae. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Sherbrooke; 2006. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4226.

Council of Science Editors:

Larrivée M. Protection et maintien des extrémités des chromosomes de Saccharomyces cerevisiae. [Doctoral Dissertation]. Université de Sherbrooke; 2006. Available from: http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4226

Université de Sherbrooke

16. Bah, Amadou. Réplication des télomères humanisés chez la levure Saccharomyces cerevisiae.

Degree: 2009, Université de Sherbrooke

URL: http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4285

► Des cellules de levures dont les chromosomes se finissent par des répétitions télomériques humaines, peuvent être conçues en remplaçant simplement la séquence matrice ARN originale… (more)

▼ Des cellules de levures dont les chromosomes se finissent par des répétitions télomériques humaines, peuvent être conçues en remplaçant simplement la séquence matrice ARN originale de la télomérase (TLC1) par une séquence matrice humaine (tlc1h). Dans ces levures dites « humanisées », les télomères sont courts mais stables avec une extension télomérique humaine 3' simple brin. Néanmoins, ces séquences humaines inhabituelles au niveau des télomères de Saccharomyces cerevisiae engendrent différentes réponses cellulaires. Après la substitution initiale de la séquence matrice de TLC1, les répétitions télomériques levures sont graduellement remplacées par les répétitions humaines qui sont reconnues comme un dommage par la cellule : la protéine Rad53p est phosphorylée. Cette activation de Rad53p est synonyme d'activation des points de contrôle du cycle cellulaire et en effet un délai en phase G2/M du cycle cellulaire est observé. L'accumulation en G2/M augmente avec le degré d'humanisation des télomères, et le phénotype terminal observé aux générations les plus avancées est un réarrangement chromosomique suite aux fusions entre télomères. La réintroduction d'une copie originale de TLC1 comme unique matrice ARN dans une levure qui était précédemment humanisée montrerait que le bloc télomérique humain distal, et plus précisément le simple brin télomérique humain T[indice inférieur 2]AG[indice inférieur 3], serait le signal responsable de la phosphorylation de Rad53p, tandis qu'un bloc [T[indice inférieur 2]AG[indice inférieur 3]/C[indice inférieur 3]TA[indice inférieur 2]] à un site interne ne déclenche ni l'activation de Rad53p, ni les points de contrôle du cycle cellulaire. Tandis que les phénotypes associés à l'activation des points de contrôles du cycle cellulaire n'apparaissent seulement qu'aux générations avancées, la télomérase devient essentielle aussitôt que la cellule de levure contient tlc1h comme matrice ARN unique. L'abolition de l'expression de tlc1h ou l'expression d'un mutant catalytique de la télomérase mène à une perte immédiate de la viabilité sans sénescence. Cela suggère une augmentation dramatique de la fréquence des évènements de raccourcissements critiques des télomères qui doivent être surmontés par une télomérase active. Nous nous sommes dès lors demandé si les répétitions télomériques humaines causaient des problèmes pour la machinerie de réplication de l'ADN chez la levure. En effet, les analyses de gel à deux dimensions ont révélé des intermédiaires de réplication non conventionnels indiquant qu'un télomère humanisé cause une pause au niveau de la fourche de réplication. En accord avec cette observation, la mutation de certains gènes impliqués dans la stabilité ou la progression des fourches cause une augmentation de la sensibilité des levures humanisées aux agents endommageant l'ADN. Ces derniers résultats expliqueraient le rôle obligatoire de la télomérase chez la levure humanisée qui viendrait compenser la perte des répétitions télomériques suite à la pause voire l'écroulement de la fourche… Advisors/Committee Members: [non identifié] (advisor).

Subjects/Keywords: Cancer; Levure; Réplication; Télomérase; Télomères

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APA (6^th Edition):

Bah, A. (2009). Réplication des télomères humanisés chez la levure Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Dissertation). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4285

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Bah, Amadou. “Réplication des télomères humanisés chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2009. Doctoral Dissertation, Université de Sherbrooke. Accessed January 16, 2021. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4285.

MLA Handbook (7^th Edition):

Bah, Amadou. “Réplication des télomères humanisés chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2009. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Bah A. Réplication des télomères humanisés chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Sherbrooke; 2009. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4285.

Council of Science Editors:

Bah A. Réplication des télomères humanisés chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Doctoral Dissertation]. Université de Sherbrooke; 2009. Available from: http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4285

Université de Sherbrooke

17. Plante, Samuel. Caractérisation des transporteurs de cuivre chez la levure Schizosaccharomyces pombe en différentiation méiotique.

Degree: 2014, Université de Sherbrooke

URL: http://hdl.handle.net/11143/5444

► Il est bien connu que des cofacteurs comme le zinc et le cuivre sont essentiels pour la progres-sion de la méiose qui permet la formation… (more)

▼ Il est bien connu que des cofacteurs comme le zinc et le cuivre sont essentiels pour la progres-sion de la méiose qui permet la formation de gamètes haploïdes à partir d’une cellule diploïde. Au laboratoire, de graves défauts dans la méiose chez la levure à fission Schizosaccharomyces pombe ont été observés en carence de cuivre, mais peu est connu sur son acquisition durant la différentiation méiotique. Trois transporteurs de cuivre sont connus chez S. pombe, soient Ctr4, Ctr5 et Ctr6. Ils ont été largement caractérisés dans un contexte mitotique, mais nous en connaissons peu sur leur contribution à l’homéostasie du cuivre en méiose. Mes travaux avaient pour objectif de dresser un portrait global des transporteurs de cuivre au cours de la méiose. D'abord, j’ai entrepris d’évaluer le profil d’expression de ces gènes. J’ai mis en évidence des patrons différents d’expression selon les transporteurs. L’expression de ctr4+ et ctr5+ a lieu principalement durant les premières heures de la méiose en carence de cuivre alors que ctr6+ a une expression plus étendue avec un pic durant la phase médiane de la méiose. L’expression de ctr4+ et ctr5+ est dépendante uniquement de Cuf1 alors que l’expression de ctr6+ repose sur les facteurs Cuf1 et Mei4. Les deux protéines Ctr4 et Ctr5 co-localisent à la membrane plasmique rapidement durant les premières heures de la méiose en carence de cuivre. À ce moment, Ctr6 apparaît à la membrane vacuolaire. Après la première division méiotique, Ctr4 et Ctr5 disparaissent alors que Ctr6 transite de la membrane vacuolaire vers la membrane des spores où elle se localise même après la libération des spores. Une délétion des gènes ctr4 et ctr6 affecte grandement l’activité d’enzymes cuivre dépendantes. Notons que dans ce mutant, l’activité superoxide dismutase est abolie et l’activité amine oxydase cuivre est grandement diminuée uniquement dans les premières étapes de la méiose. Mes travaux ont permis de mettre en évidence des profils différents d’expression, de localisation et de contribution à l’activité d’enzymes cuivre-dépendantes. Ces observations suggèrent qu’en cours de méiose la levure à fission voit ses besoins en ion de cuivre modulés et doit adapter ses systèmes d’acquisition et de gestion de cuivre intracellulaire. Advisors/Committee Members: Labbé, Simon (advisor).

Subjects/Keywords: Levure à fission; Méiose; Homéostasie du cuivre; Sporulation

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APA (6^th Edition):

Plante, S. (2014). Caractérisation des transporteurs de cuivre chez la levure Schizosaccharomyces pombe en différentiation méiotique. (Masters Thesis). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/5444

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Plante, Samuel. “Caractérisation des transporteurs de cuivre chez la levure Schizosaccharomyces pombe en différentiation méiotique.” 2014. Masters Thesis, Université de Sherbrooke. Accessed January 16, 2021. http://hdl.handle.net/11143/5444.

MLA Handbook (7^th Edition):

Plante, Samuel. “Caractérisation des transporteurs de cuivre chez la levure Schizosaccharomyces pombe en différentiation méiotique.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Plante S. Caractérisation des transporteurs de cuivre chez la levure Schizosaccharomyces pombe en différentiation méiotique. [Internet] [Masters thesis]. Université de Sherbrooke; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/5444.

Council of Science Editors:

Plante S. Caractérisation des transporteurs de cuivre chez la levure Schizosaccharomyces pombe en différentiation méiotique. [Masters Thesis]. Université de Sherbrooke; 2014. Available from: http://hdl.handle.net/11143/5444

Université de Sherbrooke

18. Jbel, Mehdi. Caractérisation in vivo du mécanisme d'action du métallorégulateur Fep1.

Degree: 2011, Université de Sherbrooke

URL: http://hdl.handle.net/11143/5807

► L'objectif de mes travaux de doctorat était d'approfondir les connaissances sur le mode d'action du répresseur transcriptionnel Fep1 et de découvrir les mécanismes posttraductionnels par… (more)

▼ L'objectif de mes travaux de doctorat était d'approfondir les connaissances sur le mode d'action du répresseur transcriptionnel Fep1 et de découvrir les mécanismes posttraductionnels par lesquels son activité serait régulée. Mes travaux ont été entrepris dans un contexte génétique php4[delta], où la régulation Php4-dépendante a été abolie. Ceci a permis d'exprimer Fep1 constitutivement et par conséquent d'étudier les effets directs du fer sur la protéine en la découplant de sa régulation transcriptionnelle par Php4. Dans le but de mieux caractériser la fonction de liaison à l'ADN de Fep1 dans un contexte in vivo, j'ai procédé par une approche d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). Grace à une protéine de fusion TAP-Fep1, j'ai démontré que Fep1 s'associe à la chromatine de manière fer-dépendante. En utilisant différentes versions mutantes de la protéine TAP-Fep1, j'ai démontré que la région N-terminale de Fep1 est requise pour la liaison à la chromatine, cette région couvrant les 241 premiers acides aminés. Le rôle de la région C-terminale serait d'assurer la répression transcriptionnelle des gènes cibles étant donné qu'elle s'associe avec les corépresseurs Tup. Au niveau de la région N-terminale de Fep1, plusieurs motifs sont nécessaires pour une liaison optimale de Fep1 à la chromatine, notamment, deux doigts de zinc (ZF1 et ZF2) et une région riche en résidus cystéines (CRD). Lorsque la région 1-241 est fusionnée au domaine VP16 de transactivation, cette nouvelle protéine agit comme un activateur fer-dépendant, ce qui suggère que le domaine de liaison à la chromatine de Fep1 agit de façon modulaire et ce, indépendamment de la région C-terminale de la protéine. Afin d'élucider le mécanisme post-traductionnel impliqué dans l'inactivation de Fep1 en situation de carence de fer, j'ai procédé par une approche génétique. Grâce à une délétion du gène qui code pour la monothiolglutarédoxine Grx4, j'ai pu démontrer son rôle dans l'inactivation de Fep1 en réponse à la carence en fer. En effet, dans une souche grx4A, Fep1 agit comme un répresseur transcriptionnel constitutif. J'ai pu démontrer que la présence de Grx4 est nécessaire pour assurer le relargage de Fep1 de la chromatine en réponse à la carence en fer. La monothiolglutarédoxine, Grx4, est caractérisée par la présence de deux domaines fonctionnels: un domaine en N-terminal appelé thiorédoxine (TRX) et un domaine C-terminal appelé glutarédoxine (GRX). L'étude d'interaction de Fep1 avec Grx4 a révélé que le domaine TRX interagit avec la région C-terminale de Fep1 et ce, de manière constitutive. Par contre, le domaine GRX de Grx4 s'associe avec la région N-terminale de Fep1 et ce, d'une manière fer-dépendante. De plus, dans une souche grx4[delta], le domaine GRX s'est révélé être nécessaire à la fonction d'inhibition de Fep1 en réponse à la carence en fer. Le régulateur Fep1 possède plusieurs homologues fonctionnels potentiels chez les levures filamenteuses pathogènes, notamment Sfu1 chez Candida albicans. Grâce à l'expression de la protéine Sfu1 dans une… Advisors/Committee Members: Labbé, Simon (advisor).

Subjects/Keywords: Monothiolglutarédoxine; Régulation post-traductionnelle; Levure; Facteur transcriptionnel; Homéostasie du fer

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APA (6^th Edition):

Jbel, M. (2011). Caractérisation in vivo du mécanisme d'action du métallorégulateur Fep1. (Doctoral Dissertation). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/5807

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Jbel, Mehdi. “Caractérisation in vivo du mécanisme d'action du métallorégulateur Fep1.” 2011. Doctoral Dissertation, Université de Sherbrooke. Accessed January 16, 2021. http://hdl.handle.net/11143/5807.

MLA Handbook (7^th Edition):

Jbel, Mehdi. “Caractérisation in vivo du mécanisme d'action du métallorégulateur Fep1.” 2011. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Jbel M. Caractérisation in vivo du mécanisme d'action du métallorégulateur Fep1. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Sherbrooke; 2011. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/5807.

Council of Science Editors:

Jbel M. Caractérisation in vivo du mécanisme d'action du métallorégulateur Fep1. [Doctoral Dissertation]. Université de Sherbrooke; 2011. Available from: http://hdl.handle.net/11143/5807

19. Champeimont, Raphael. Combinatoire des mutations génétiques : Genetic mutations combinatorics.

Degree: Docteur es, Informatique, 2014, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI

URL: http://www.theses.fr/2014PA066636

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Dans une première partie, je présente le travail que j’ai accompli sur la coévolution moléculaire. Je présente le contexte biologique et les différentes mesures qui… (more)

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Dans une première partie, je présente le travail que j’ai accompli sur la coévolution moléculaire. Je présente le contexte biologique et les différentes mesures qui permettent de détecter la conservation et la coévolution à l’échelle des acides aminés. Ensuite, je montre une application de ces mesures à la détection des résidus critiques dans la protéine P53 liée au cancer. Dans ce but, j’ai créé une évaluation des différentes méthodes de prédiction. J’utilise ensuite la même méthodologie sur une base de données de mutations liées à des maladies génétiques. Je montre également comment la coévolution au niveau des résidus permet de découvrir des interactions protéine-protéine sur le virus de l’hépatite C. Enfin, je présente l’algorithme PruneTree, qui permet de filtrer des ensembles de séquences utilisés comme entrée par les programmes de détection de coévolution.Dans une deuxième partie, je m’intéresse à l’étude de l’évolution à l’échelle du génome, en particulier aux mécanismes de recombinaison méiotique. Pour cela j’ai considéré le taux de recombinaison le long du génome et sa cause, les cassures double-brin de l’ADN. Je présente alors un modèle de la distribution de ces cassures et de la liaison des différentes protéines liées à la recombinaison. Je présente également une méthode de détection de périodicité le long du génome basée sur les transformées de Fourier.Enfin, dans la dernière partie, je présente un nouvel algorithme pour simuler l’évolution des génomes de façon à évaluer les outils de reconstruction, et le paquet R-CLAG permettant d’utiliser l’algorithme de classification CLAG depuis R.

In a first part, I show the work I have done on molecular evolution. I present the general biological background and the measures that allow us to detect both conservation and coevolution at the amino-acid level. Then, I present an application of these measures to the detection of critical residues in the cancer protein P53. To this end, I have made a benchmark of different prediction methods. I then use the same methodology on a large scale database of pathogenic mutations linked to genetic diseases. After that, I show how residue-level coevolution can help us discover protein-protein interactions in the hepatitis C virus. Finally, I present the PruneTree algorithm, which allows filtering sequence sets used as input for molecular coevolution detection methods. In a second part, I have studied evolution at the genome level, in particular the recombination mechanisms that occur during meiosis. I have looked at the recombination rates along the genomes and its primary cause, the double-strand breaks, but also at the density of other proteins involved in recombination. I also present a method based on Fourier transforms to analyze these genomic signals, and a model for the distribution along the genome of double-strand breaks and recombination proteins. Finally, I present the other tools I have developed. I describe a novel algorithm that can simulate the evolution of genomes in order to benchmark the phylogenetic…

Advisors/Committee Members: Carbone, Alessandra (thesis director).

Subjects/Keywords: Coévolution; Mutations; Cancer; Interactions; Levure; Recombinaison; Coevolution; Cancer; 004

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APA (6^th Edition):

Champeimont, R. (2014). Combinatoire des mutations génétiques : Genetic mutations combinatorics. (Doctoral Dissertation). Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Retrieved from http://www.theses.fr/2014PA066636

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Champeimont, Raphael. “Combinatoire des mutations génétiques : Genetic mutations combinatorics.” 2014. Doctoral Dissertation, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2014PA066636.

MLA Handbook (7^th Edition):

Champeimont, Raphael. “Combinatoire des mutations génétiques : Genetic mutations combinatorics.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Champeimont R. Combinatoire des mutations génétiques : Genetic mutations combinatorics. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2014PA066636.

Council of Science Editors:

Champeimont R. Combinatoire des mutations génétiques : Genetic mutations combinatorics. [Doctoral Dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014PA066636

20. Sarno, Roberta. Targeting of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae : Ciblage de la recombinaison méiotique chez la levure Saccharomyces cerevisiae.

Degree: Docteur es, Génétique, 2014, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI

URL: http://www.theses.fr/2014PA066326

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La recombinaison méiotique n'est pas distribué de manière aléatoire le long des chromosomes, mais est caractérisée par des domaines froids et chauds qui limitent la… (more)

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La recombinaison méiotique n'est pas distribué de manière aléatoire le long des chromosomes, mais est caractérisée par des domaines froids et chauds qui limitent la diversité génétique transmise par les gamètes. Cependant, le profil de la recombinaison méiotique peut être modifiée, étant donné que la fusion de l’ endonucléase Spo11 au domaine de liaison à l'ADN de Gal4 est suffisante pour favoriser la formation des cassures double brin (CDB) et la recombinaison à proximité des sites de liaison de Gal4, dans la levure et dans les souris. Ici, dans la levure Saccharomyces cerevisiae, nous avons étudié l'effet de la fusion de Spo11 à 8 protéines de liaison à l'ADN lors de la méiose. Comme modules de ciblage, nous avons utilisé des facteurs de transcription de levure et des protéines artificiels de liaison à l'ADN (TALEs et ZFs), qui sont apparus comme des outils efficaces pour faire varier la position et / ou le nombre de sites ciblés. Lors de l'expression de chacun des fusions Spo11, nous avons examiné la progression de la méiose, la formation des CDB dans les sites naturels et ciblées ainsi que le niveau relatif de la recombinaison méiotique. Ce travail dans l’organisme modèle levure ouvre de nouvelles voies pour modifier la recombinaison méiotique chez d'autres organismes, tels que des mammifères et des plantes, pour augmenter la diversité génétique dans les sites d'intérêt et disséquer l'information génétique, en surmontant les limitations dues à la liaison génétique.

Meiotic recombination is not randomly distributed along the chromosomes, but is characterized by hot and cold domains that limit the genetic diversity transmitted by the gametes. However, the recombination profile can be modified, since the tethering of Spo11 endonuclease, upon fusion to the Gal4 DNA-binding domain, is sufficient to enhance DSB formation and recombination near several Gal4 consensus binding sites, in yeast and in mouse. Here, in the yeast Saccharomyces cerevisiae, we studied the effect of Spo11 fusions to 8 different DNA-binding proteins during meiosis. As targeting modules, we used yeast full-length transcription factors and artificial DNA-binding modules (TALEs and ZFs), which emerged to be efficient tools to vary the location and /or the number of targeted sites. Upon expression of each of the Spo11 fusions, we examined meiotic progression, DSB formation at natural and targeted sites as well as the relative level of meiotic recombination. This work in the yeast model opens new avenues to modify meiotic recombination in other organisms, such as mammals and plants, to boost genetic diversity at sites of interest and to dissect the genetic information, overcoming the restrictions due to the genetic linkage.

Advisors/Committee Members: Nicolas, Alain (thesis director).

Subjects/Keywords: Spo11; CDB; Méiose; Recombinaison; Levure; Nucléases artificielles; Recombination; Meiosis; 576.5

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APA (6^th Edition):

Sarno, R. (2014). Targeting of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae : Ciblage de la recombinaison méiotique chez la levure Saccharomyces cerevisiae. (Doctoral Dissertation). Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Retrieved from http://www.theses.fr/2014PA066326

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Sarno, Roberta. “Targeting of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae : Ciblage de la recombinaison méiotique chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2014. Doctoral Dissertation, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2014PA066326.

MLA Handbook (7^th Edition):

Sarno, Roberta. “Targeting of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae : Ciblage de la recombinaison méiotique chez la levure Saccharomyces cerevisiae.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Sarno R. Targeting of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae : Ciblage de la recombinaison méiotique chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2014PA066326.

Council of Science Editors:

Sarno R. Targeting of meiotic recombination in the yeast Saccharomyces cerevisiae : Ciblage de la recombinaison méiotique chez la levure Saccharomyces cerevisiae. [Doctoral Dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014PA066326

21. Hou, Jing. Multiplicité des origines génétiques de l’isolement reproductif au sein de populations naturelles de levures : Species-wide survey reveals the complex landscape of the genetic origin of reproductive isolation within natural yeast populations.

Degree: Docteur es, Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie, 2016, Université de Strasbourg

URL: http://www.theses.fr/2016STRAJ011

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Un objectif central en biologie est de comprendre la relation entre le génotype et le phénotype. Mes travaux de thèse s’inscrivent dans cette thématique et… (more)

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Un objectif central en biologie est de comprendre la relation entre le génotype et le phénotype. Mes travaux de thèse s’inscrivent dans cette thématique et focalisent sur les populations naturelles d’une même espèce, en utilisant la levure Saccharomyces cerevisiae comme système d’étude. Dans un premier temps, je me suis focalisée sur l’effet des mutations présentes dans différents isolats naturels sur l’apparition de l’isolement reproductif, un processus engendrant la perte de la viabilité de la descendance lors du croisement. Dans un second temps, en plus des phénotypes sévères tels que la létalité de la descendance, je me suis aussi intéressée à la caractérisation de la complexité génétique d’un ensemble de traits quantitatifs tels que la croissance sur différents conditions de culture, afin d’avoir une vision globale du nombre de gènes impliqués et de leur mode d'interaction qui sous-tend la variation phénotypique au sein d’une même espèce.

Elucidating the genetic origin of phenotypic diversity among individuals within the same species is essential to understand evolution. Using the yeast Saccharomyces cerevisiae, we showed that reproductive isolation could readily segregate at the intraspecific level, which is governed by various molecular mechanisms ranging from large-scale chromosomal changes to incompatible epistatic genetic interactions. Compared to reproductive isolation, other phenotypes such as monogenic Mendelian traits are thought to be simple in terms of their phenotypic penetrance and genetic constitution. However, our survey showed that the expressivity of monogenic mutations and hence the inheritance pattern of a Mendelian trait could also depend on parental combinations, transitioning from simple to complex. Our studies unveiled the multiplicity and complexity of the genetic origin of phenotypes within a population, from the origin of reproductive isolation to the hidden complexity of Mendelian traits.

Advisors/Committee Members: Schacherer, Joseph (thesis director).

Subjects/Keywords: Isolement reproductif; Complexité génétique; Génomique; Levure; Reproductive isolation; Genetic complexity; Genomics; Yeast; 572.8; 571.6

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APA (6^th Edition):

Hou, J. (2016). Multiplicité des origines génétiques de l’isolement reproductif au sein de populations naturelles de levures : Species-wide survey reveals the complex landscape of the genetic origin of reproductive isolation within natural yeast populations. (Doctoral Dissertation). Université de Strasbourg. Retrieved from http://www.theses.fr/2016STRAJ011

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Hou, Jing. “Multiplicité des origines génétiques de l’isolement reproductif au sein de populations naturelles de levures : Species-wide survey reveals the complex landscape of the genetic origin of reproductive isolation within natural yeast populations.” 2016. Doctoral Dissertation, Université de Strasbourg. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2016STRAJ011.

MLA Handbook (7^th Edition):

Hou, Jing. “Multiplicité des origines génétiques de l’isolement reproductif au sein de populations naturelles de levures : Species-wide survey reveals the complex landscape of the genetic origin of reproductive isolation within natural yeast populations.” 2016. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Hou J. Multiplicité des origines génétiques de l’isolement reproductif au sein de populations naturelles de levures : Species-wide survey reveals the complex landscape of the genetic origin of reproductive isolation within natural yeast populations. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Strasbourg; 2016. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2016STRAJ011.

Council of Science Editors:

Hou J. Multiplicité des origines génétiques de l’isolement reproductif au sein de populations naturelles de levures : Species-wide survey reveals the complex landscape of the genetic origin of reproductive isolation within natural yeast populations. [Doctoral Dissertation]. Université de Strasbourg; 2016. Available from: http://www.theses.fr/2016STRAJ011

22. Paoletti, Camille. Mécanismes de ségrégation asymétrique des agrégats protéiques liés à Hsp104 chez Saccharomyces cerevisiae : Mechanisms of asymmetrical segregation of Hsp104-bounded protein aggregates in budding yeast.

Degree: Docteur es, Biophysique et biologie structurale, 2014, Université de Strasbourg

URL: http://www.theses.fr/2014STRAJ089

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La levure du boulanger a une durée de vie réplicative limitée : chaque cellule mère produit un nombre fini de filles avant de mourir. Cette… (more)

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La levure du boulanger a une durée de vie réplicative limitée : chaque cellule mère produit un nombre fini de filles avant de mourir. Cette entrée en sénescence est supposée notamment résulter de l’accumulation d’agrégats de protéines endommagées au sein de la cellule mère. La rétention des agrégats au sein des mères permettrait de produire des filles rajeunies. Cependant, ce mécanisme de ségrégation asymétrique reste controversé, en partie car il est complexe de suivre la dynamique des agrégats protéiques in vivo. Nous avons développé une méthodologie pour suivre la formation des agrégats protéiques au cours d’un choc thermique au sein de cellules uniques. Associées à un modèle simple d’agrégation, nos données montrent que l’asymétrie peut être expliquée quantitativement par la croissance polarisée du bourgeon. De plus, des expériences de vieillissement réplicatif réalisées au sein d’une puce microfluidique suggérèrent que l’accumulation d’agrégats dans les mères pourrait induire la mort, mais seulement lorsque les cellules subissent un stress protéotoxique. Cette étude apporte donc un éclairage nouveau sur les mécanismes d’héritabilité des agrégats protéiques et leur contribution au vieillissement réplicatif chez la levure du boulanger.

Budding yeast cells have a limited replicative life span: a mother cell can produce a limited number of daughter cells before it dies. It has been proposed that the progressive accumulation of aggregates of damaged proteins within mother cells drives entry into senescence. The retention of such damages by mothers is thought to permit the daughter lineage rejuvenation. Yet the mechanism of their asymmetrical segregation is still controversial, in part because of difficulties inherent to the tracking of the dynamics of protein aggregates in vivo. In this context, we have developed a single cell methodology to track the formation of protein aggregates upon heat shock in single cells. In combination with a simple computational model of aggregation, our data reveal that the asymmetry can be explained quantitatively by the polarized growth of the bud. In addition, replicative aging experiments performed in a microfluidic device suggest that the accumulation and retention of protein aggregates in mothers may be responsible for cell death, but only under particular proteotoxic stress. Therefore, this study sheds new light on the mechanism of inheritance of protein aggregates and its contribution to replicative aging in budding yeast.

Advisors/Committee Members: Charvin, Gilles (thesis director).

Subjects/Keywords: Agrégation; Vieillissement; Ségrégation asymétrique; Microfluidique; Levure; Aggregation; Aging; Asymmetrical segragation; Microfluidics; Yeast; 572.6; 571.4

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APA (6^th Edition):

Paoletti, C. (2014). Mécanismes de ségrégation asymétrique des agrégats protéiques liés à Hsp104 chez Saccharomyces cerevisiae : Mechanisms of asymmetrical segregation of Hsp104-bounded protein aggregates in budding yeast. (Doctoral Dissertation). Université de Strasbourg. Retrieved from http://www.theses.fr/2014STRAJ089

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Paoletti, Camille. “Mécanismes de ségrégation asymétrique des agrégats protéiques liés à Hsp104 chez Saccharomyces cerevisiae : Mechanisms of asymmetrical segregation of Hsp104-bounded protein aggregates in budding yeast.” 2014. Doctoral Dissertation, Université de Strasbourg. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2014STRAJ089.

MLA Handbook (7^th Edition):

Paoletti, Camille. “Mécanismes de ségrégation asymétrique des agrégats protéiques liés à Hsp104 chez Saccharomyces cerevisiae : Mechanisms of asymmetrical segregation of Hsp104-bounded protein aggregates in budding yeast.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Paoletti C. Mécanismes de ségrégation asymétrique des agrégats protéiques liés à Hsp104 chez Saccharomyces cerevisiae : Mechanisms of asymmetrical segregation of Hsp104-bounded protein aggregates in budding yeast. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Strasbourg; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2014STRAJ089.

Council of Science Editors:

Paoletti C. Mécanismes de ségrégation asymétrique des agrégats protéiques liés à Hsp104 chez Saccharomyces cerevisiae : Mechanisms of asymmetrical segregation of Hsp104-bounded protein aggregates in budding yeast. [Doctoral Dissertation]. Université de Strasbourg; 2014. Available from: http://www.theses.fr/2014STRAJ089

23. Garreau de Loubresse, Nicolas. Etude structurale du ribosome eucaryote : Structural study of the eukaryotic ribosome.

Degree: Docteur es, Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie, 2012, Université de Strasbourg

URL: http://www.theses.fr/2012STRAJ128

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Le ribosome est un complexe cellulaire impliqué dans la catalyse et la coordination des différentes étapes de la traduction de l’information génétique, des ARN messagers… (more)

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Le ribosome est un complexe cellulaire impliqué dans la catalyse et la coordination des différentes étapes de la traduction de l’information génétique, des ARN messagers aux protéines. Avec une masse moléculaire avoisinant 3.3 méga daltons, le ribosome eucaryote est 40% plus volumineux que son homologue bactérien. Le premier volet de la thèse présente la structure cristallographique du ribosome eucaryote 80S de levure à haute résolution. Cette structure constitue une base solide pour l’étude de la synthèse des protéines chez les eucaryotes ainsi que pour le développement de nouveaux composés thérapeutiques. Le deuxième volet est consacré aux structures cristallographiques de deux familles d’inhibiteurs spécifiques des eucaryotes, les glutarimides et les trichothecenes, en complexe avec le ribosome. Ces inhibiteurs constituent de nouveaux outils pour sonder les fonctions du ribosome et contribueront aux développements de composés par des approches de structure‐based drug design.

The ribosome is large cellular machinery that catalyzes and coordinates every step required to translate the genetic information encoded in messenger RNAs into proteins. With a molecular weight of 3.3 mega daltons, the eukaryotic ribosome is 40% larger compared to its bacterial counterpart. The fist axis of thesis presents the crystal structure of the complete eukaryotic 80S ribosome from yeast at high resolution. This structure constitutes a unique framework for future investigations of protein synthesis in eukaryotes and development of new therapeutic agents. The second axis of the thesis presents the crystal structures of two distinct families of eukaryote‐specific inhibitors, the glutarimides and the trichothecenes, bound the eukaryotic ribosome. These inhibitors constitute new tools to probe the ribosome functions and a starting point for future structure‐based drug design.

Advisors/Committee Members: Yusupov, Marat (thesis director), Yusupova, Gulnara (thesis director).

Subjects/Keywords: Ribosome eucaryote; Inhibiteur; Structure; Cristallographie; Levure; Eukaryotic ribosome; Inhibitor; Structure; Crystallography; Yeast; 572.8

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APA (6^th Edition):

Garreau de Loubresse, N. (2012). Etude structurale du ribosome eucaryote : Structural study of the eukaryotic ribosome. (Doctoral Dissertation). Université de Strasbourg. Retrieved from http://www.theses.fr/2012STRAJ128

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Garreau de Loubresse, Nicolas. “Etude structurale du ribosome eucaryote : Structural study of the eukaryotic ribosome.” 2012. Doctoral Dissertation, Université de Strasbourg. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2012STRAJ128.

MLA Handbook (7^th Edition):

Garreau de Loubresse, Nicolas. “Etude structurale du ribosome eucaryote : Structural study of the eukaryotic ribosome.” 2012. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Garreau de Loubresse N. Etude structurale du ribosome eucaryote : Structural study of the eukaryotic ribosome. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Strasbourg; 2012. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2012STRAJ128.

Council of Science Editors:

Garreau de Loubresse N. Etude structurale du ribosome eucaryote : Structural study of the eukaryotic ribosome. [Doctoral Dissertation]. Université de Strasbourg; 2012. Available from: http://www.theses.fr/2012STRAJ128

24. Peter, Jackson. Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae : Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast.

Degree: Docteur es, Bioinformatique, 2017, Université de Strasbourg

URL: http://www.theses.fr/2017STRAJ064

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Un objectif central en biologie est de comprendre la relation entre le génotype et le phénotype. Afin de disséquer les bases génétiques de la diversité… (more)

Subjects/Keywords: Génomique des populations; Études d’association; Levure; Population genomics; Genome-wide association studies; Yeast; 572.8; 576.5

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APA (6^th Edition):

Peter, J. (2017). Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae : Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast. (Doctoral Dissertation). Université de Strasbourg. Retrieved from http://www.theses.fr/2017STRAJ064

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Peter, Jackson. “Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae : Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast.” 2017. Doctoral Dissertation, Université de Strasbourg. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2017STRAJ064.

MLA Handbook (7^th Edition):

Peter, Jackson. “Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae : Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast.” 2017. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Peter J. Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae : Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Strasbourg; 2017. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2017STRAJ064.

Council of Science Editors:

Peter J. Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae : Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast. [Doctoral Dissertation]. Université de Strasbourg; 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017STRAJ064

Université du Québec à Montréal

25. Ji, Biao. Analysis of yeast metabolomics by LC-MS.

Degree: 2016, Université du Québec à Montréal

URL: http://www.archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf

► Saccharomyces cerevisiae (levure) est un organisme modèle largement utilisé dans l'étude de la biologie moléculaire et cellulaire. Dans cette étude, des perturbations dans le métabolome… (more)

▼ Saccharomyces cerevisiae (levure) est un organisme modèle largement utilisé dans l'étude de la biologie moléculaire et cellulaire. Dans cette étude, des perturbations dans le métabolome et les voies de deux souches de levure de type sauvage ainsi que six souches mutantes furent étudiés. Ces mutants se rapportent à des gènes d'auxotrophies et sont identifiés comme étant URA3, LEU2 et HIS3. Un intérêt particulier est porté à ces gènes puisqu'ils concernent la souche la plus souvent utilisée dans la génomique chimique. Cependant, le profilage global de métabolites fut très difficile au cours des dernières décennies, principalement alimenté par une grande variété de propriétés chimiques et physiques ainsi qu'une gamme dynamique des concentrations. Parmi plusieurs techniques d'analyse les plus couramment utilisées, la chromatographie en phase liquide (LC) couplée à la spectrométrie de masse en tandem à haute résolution (HRMS/MS) est devenue une approche extrêmement puissante et populaire pour surmonter les défis rencontrés dans l'analyse d'échantillons biologiques complexes. Cette approche offre de grands avantages tels que la possibilité d'analyses de routine, la résolution, la précision et la sensibilité. Dans cette étude, une approche non ciblée par LC-MS fut développée afin d'étudier l'effet de l'auxotrophie de l'uracile, de l'histidine et de la leucine. Premièrement, les métabolites intracellulaires furent extraits selon une méthode optimisée par bead-beating à partir du milieu de culture employant trois marqueurs isotopiques nécessaire à la normalisation. Par la suite, le recouvrement du métabolome fut considéré par la comparaison de trois types de colonnes (BetaBasic™ C18, HSS T3 et PFP). Les données brutes furent traités par les logiciels PeakView®, MarkerView™ et MultiQuant™ afin d'en évaluer la détection, l'intégration et la quantification relative de chaque pics détectés en plus de conserver uniquement les candidats statistiquement différent. L'utilisation de METLIN a permis l'identification des métabolites d'intérêt qui furent subséquemment confirmé par des composés standards. Finalement, les voies biologiques furent analysés par les connections reliées aux métabolites identifiés à différent niveaux génétiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : levure, souches mutantes, nutriment auxotrophie, la métabolomique non ciblée, bead-beating, LC-HRMS/MS

Subjects/Keywords: Métabolomique; Levure; Saccharomyces cerevisiæ; Métabolites; Chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse

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APA (6^th Edition):

Ji, B. (2016). Analysis of yeast metabolomics by LC-MS. (Thesis). Université du Québec à Montréal. Retrieved from http://www.archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Ji, Biao. “Analysis of yeast metabolomics by LC-MS.” 2016. Thesis, Université du Québec à Montréal. Accessed January 16, 2021. http://www.archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

MLA Handbook (7^th Edition):

Ji, Biao. “Analysis of yeast metabolomics by LC-MS.” 2016. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Ji B. Analysis of yeast metabolomics by LC-MS. [Internet] [Thesis]. Université du Québec à Montréal; 2016. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Ji B. Analysis of yeast metabolomics by LC-MS. [Thesis]. Université du Québec à Montréal; 2016. Available from: http://www.archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Université du Québec à Montréal

26. Ji, Biao. Analysis of yeast metabolomics by LC-MS.

Degree: 2016, Université du Québec à Montréal

URL: http://archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf

► Saccharomyces cerevisiae (levure) est un organisme modèle largement utilisé dans l'étude de la biologie moléculaire et cellulaire. Dans cette étude, des perturbations dans le métabolome… (more)

▼ Saccharomyces cerevisiae (levure) est un organisme modèle largement utilisé dans l'étude de la biologie moléculaire et cellulaire. Dans cette étude, des perturbations dans le métabolome et les voies de deux souches de levure de type sauvage ainsi que six souches mutantes furent étudiés. Ces mutants se rapportent à des gènes d'auxotrophies et sont identifiés comme étant URA3, LEU2 et HIS3. Un intérêt particulier est porté à ces gènes puisqu'ils concernent la souche la plus souvent utilisée dans la génomique chimique. Cependant, le profilage global de métabolites fut très difficile au cours des dernières décennies, principalement alimenté par une grande variété de propriétés chimiques et physiques ainsi qu'une gamme dynamique des concentrations. Parmi plusieurs techniques d'analyse les plus couramment utilisées, la chromatographie en phase liquide (LC) couplée à la spectrométrie de masse en tandem à haute résolution (HRMS/MS) est devenue une approche extrêmement puissante et populaire pour surmonter les défis rencontrés dans l'analyse d'échantillons biologiques complexes. Cette approche offre de grands avantages tels que la possibilité d'analyses de routine, la résolution, la précision et la sensibilité. Dans cette étude, une approche non ciblée par LC-MS fut développée afin d'étudier l'effet de l'auxotrophie de l'uracile, de l'histidine et de la leucine. Premièrement, les métabolites intracellulaires furent extraits selon une méthode optimisée par bead-beating à partir du milieu de culture employant trois marqueurs isotopiques nécessaire à la normalisation. Par la suite, le recouvrement du métabolome fut considéré par la comparaison de trois types de colonnes (BetaBasic™ C18, HSS T3 et PFP). Les données brutes furent traités par les logiciels PeakView®, MarkerView™ et MultiQuant™ afin d'en évaluer la détection, l'intégration et la quantification relative de chaque pics détectés en plus de conserver uniquement les candidats statistiquement différent. L'utilisation de METLIN a permis l'identification des métabolites d'intérêt qui furent subséquemment confirmé par des composés standards. Finalement, les voies biologiques furent analysés par les connections reliées aux métabolites identifiés à différent niveaux génétiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : levure, souches mutantes, nutriment auxotrophie, la métabolomique non ciblée, bead-beating, LC-HRMS/MS

Subjects/Keywords: Métabolomique; Levure; Saccharomyces cerevisiæ; Métabolites; Chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse

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APA (6^th Edition):

Ji, B. (2016). Analysis of yeast metabolomics by LC-MS. (Thesis). Université du Québec à Montréal. Retrieved from http://archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Ji, Biao. “Analysis of yeast metabolomics by LC-MS.” 2016. Thesis, Université du Québec à Montréal. Accessed January 16, 2021. http://archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Ji, Biao. “Analysis of yeast metabolomics by LC-MS.” 2016. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Ji B. Analysis of yeast metabolomics by LC-MS. [Internet] [Thesis]. Université du Québec à Montréal; 2016. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf.

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Council of Science Editors:

Ji B. Analysis of yeast metabolomics by LC-MS. [Thesis]. Université du Québec à Montréal; 2016. Available from: http://archipel.uqam.ca/9194/1/M14641.pdf

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27. Defosse, Tatiana. Développement d'outils moléculaires standardisés pour les espèces levuriformes du clade CTG : Development of a standardized toolkit for CTG clade yeast.

Degree: Docteur es, Sciences de la vie et de la santé, spécialité Biotechnologie, 2017, Université François-Rabelais de Tours

URL: http://www.theses.fr/2017TOUR3803

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Parmi les espèces de levures du clade CTG, certaines sont responsables de candidoses tandis que d’autres présentent des potentiels en biotechnologie. Depuis quelques années, nous… (more)

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Parmi les espèces de levures du clade CTG, certaines sont responsables de candidoses tandis que d’autres présentent des potentiels en biotechnologie. Depuis quelques années, nous assistons à une intensification des recherches sur ces levures. Cependant, leur code génétique particulier a ralenti la mise au point d’outils génétiques pour la plupart d’entre elles. Cette thèse vise à développer des outils moléculaires standardisés pour un grand nombre d’espèces de levures du clade CTG. Nous avons d’abord conçu des vecteurs d’expression adaptés à l’espèce M. guilliermondii. Par la suite, nous avons caractérisé le gène de résistance à l’acide mycophénolique IMH3.2 afin de l’utiliser comme marqueur de sélection lors de la transgénèse d’espèces du clade CTG. Enfin, nous avons mis au point une série de vecteurs permettant la manipulation génétique de ces espèces. Ce travail a conduit à la conception d’une large gamme d’outils utilisable dans un grand nombre de ces levures, pré-requis essentiel aux futurs recherches en mycologie médicale et au développement de stratégies de biologie synthétique.

The fungal CTG clade includes well-known yeasts of clinical importance and/or biotechnological potential. Thus, albeit being intensively studied over the last 30 years, their uncommon genetic code precludes the use of the widely available markers and reporter systems for genetic approaches in these microorganisms. We provide here a toolbox to genetically manipulate a wide range of CTG clade species. Firstly, we developed a new series of versatile controllable expression vectors for M. guilliermondii. After, we characterized MPA-resistant gene IMH3.2 et used it as a drug resistance marker in several yeast species. Finaly, we provide a molecular toolbox suitable to genetically manipulate a broad range of prominent species from the CTG clade. This versatile toolkit represents a new starting point for successful developments of research in medical mycology in the CTG clade but also will expedite synthetic biology strategies in these microorganisms for biotechnological applications.

Advisors/Committee Members: Guivarc'h, Nathalie (thesis director), Papon, Nicolas (thesis director).

Subjects/Keywords: Levure; Clade CTG; Transgénèse; Outils moléculaires; Biotechnologie; Yeast; CTG clade; Transgenese; Molecular tools; Biotechnology

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Defosse, T. (2017). Développement d'outils moléculaires standardisés pour les espèces levuriformes du clade CTG : Development of a standardized toolkit for CTG clade yeast. (Doctoral Dissertation). Université François-Rabelais de Tours. Retrieved from http://www.theses.fr/2017TOUR3803

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Defosse, Tatiana. “Développement d'outils moléculaires standardisés pour les espèces levuriformes du clade CTG : Development of a standardized toolkit for CTG clade yeast.” 2017. Doctoral Dissertation, Université François-Rabelais de Tours. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2017TOUR3803.

MLA Handbook (7^th Edition):

Defosse, Tatiana. “Développement d'outils moléculaires standardisés pour les espèces levuriformes du clade CTG : Development of a standardized toolkit for CTG clade yeast.” 2017. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Defosse T. Développement d'outils moléculaires standardisés pour les espèces levuriformes du clade CTG : Development of a standardized toolkit for CTG clade yeast. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université François-Rabelais de Tours; 2017. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2017TOUR3803.

Council of Science Editors:

Defosse T. Développement d'outils moléculaires standardisés pour les espèces levuriformes du clade CTG : Development of a standardized toolkit for CTG clade yeast. [Doctoral Dissertation]. Université François-Rabelais de Tours; 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017TOUR3803

28. Al-Attrache, Houssein. Etude de la toxicité idiosyncratique de médicaments sur cellules HepaRG et levure : influence du stress inflammatoire et de la biotransformation : Study of the idiosyncratic toxicity of drugs in HepaRG and yeast : influence of inflammatory stress and biotransformation.

Degree: Docteur es, Biologie et sciences de la santé, 2016, Rennes 1; Université libanaise

URL: http://www.theses.fr/2016REN1B049

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Chez l’homme, de nombreux médicaments ne sont toxiques que chez un petit nombre de patients traités. Divers facteurs de susceptibilité, génétiques et autres (doses quotidiennes,… (more)

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Chez l’homme, de nombreux médicaments ne sont toxiques que chez un petit nombre de patients traités. Divers facteurs de susceptibilité, génétiques et autres (doses quotidiennes, stress inflammatoire, réaction immune, maladie hépatique,…), favoriseraient la survenue de ces toxicités de type idiosyncratique, non prévisibles par des études chez l’animal. Leur prédiction et la caractérisation des mécanismes impliqués représentent donc un challenge majeur. Dans ce travail, nous avons étudié in vitro l’influence d’un stress inflammatoire sur le potentiel cytotoxique, cholestatique et stéatosique de trois médicaments connus par leurs effets de type idiosyncratique au niveau du foie, le diclofenac (DCF), la trovafloxacine (TVX) et l’amiodarone (AMD) en utilisant comme modèles expérimentaux les cellules humaines HepaRG différenciées, métaboliquement compétentes, et pour comparaison les cellules HepaRG non différenciées, les cellules HepG2, les hépatocytes humains primaires ainsi qu’un autre modèle cellulaire eucaryote la levure Saccharomyces cerevisiae. Nos résultats montrent que les cellules HepaRG différenciées sont moins sensibles au DCF que les cellules métaboliquement non compétentes et que cette toxicité implique la voie intrinsèque de l’apoptose, associée à la génération de ROS et d’un stress du réticulum endoplasmique. Elle est aggravée par le TNF-α via la voie apoptotique extrinsèque. La toxicité de DCF est aussi augmentée lors d’un co-traitement avec TVX et encore plus en présence de TNF-α. En revanche, cette cytokine ne potentialise pas les effets cholestatiques des 2 molécules, caractérisés notamment par une dilatation des canalicules biliaires et une inhibition de l’activité de certains transporteurs d’acides biliaires (BSEP, NTCP). Un stress inflammatoire induit par le lipopolysaccharide bactérien aggrave aussi les effets cytotoxiques et stéatosiques de l’AMD via une production de ROS, une inhibition de l’oxydation des acides gras et une accumulation des triglycérides, aboutissant à un contexte de stéatohépatite. De plus, une aggravation de la toxicité de DCF a également été observée dans Saccharomyces cerevisiae portant une mutation au niveau de certains transporteurs de la phase III, tel que Pdr5, et surtout après co-traitement avec la N-acétyl-cystéine via une voie qui pourrait être dépendante des perturbations des ponts di-sulfure au niveau de certaines protéines clés (transporteurs, protéines de signalisation ou facteurs de transcription, ...). Au total, tous ces résultats suggèrent que des facteurs environnementaux tel qu’un stress inflammatoire, et génétiques peuvent moduler la réponse toxique à des médicaments non seulement en induisant des stress oxydants et du réticulum endoplasmique mais aussi en modifiant leur métabolisme et donc les interactions entre médicaments, et certaines voies de signalisation essentielles.

In human, many drugs are toxic for only rare patients. Genetic and various other factors (daily doses, inflammatory stress, immune reaction, liver diseases) are thought to favor such…

Advisors/Committee Members: Morel, Isabelle (thesis director), Abdel-Razzak, Ziad (thesis director).

Subjects/Keywords: Médicaments; Cellules HepaRG; Levure; Inflammation; Toxicité; Drugs; HepaRG cells; Yeast; Inflammation; Toxicity

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APA (6^th Edition):

Al-Attrache, H. (2016). Etude de la toxicité idiosyncratique de médicaments sur cellules HepaRG et levure : influence du stress inflammatoire et de la biotransformation : Study of the idiosyncratic toxicity of drugs in HepaRG and yeast : influence of inflammatory stress and biotransformation. (Doctoral Dissertation). Rennes 1; Université libanaise. Retrieved from http://www.theses.fr/2016REN1B049

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Al-Attrache, Houssein. “Etude de la toxicité idiosyncratique de médicaments sur cellules HepaRG et levure : influence du stress inflammatoire et de la biotransformation : Study of the idiosyncratic toxicity of drugs in HepaRG and yeast : influence of inflammatory stress and biotransformation.” 2016. Doctoral Dissertation, Rennes 1; Université libanaise. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2016REN1B049.

MLA Handbook (7^th Edition):

Al-Attrache, Houssein. “Etude de la toxicité idiosyncratique de médicaments sur cellules HepaRG et levure : influence du stress inflammatoire et de la biotransformation : Study of the idiosyncratic toxicity of drugs in HepaRG and yeast : influence of inflammatory stress and biotransformation.” 2016. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Al-Attrache H. Etude de la toxicité idiosyncratique de médicaments sur cellules HepaRG et levure : influence du stress inflammatoire et de la biotransformation : Study of the idiosyncratic toxicity of drugs in HepaRG and yeast : influence of inflammatory stress and biotransformation. [Internet] [Doctoral dissertation]. Rennes 1; Université libanaise; 2016. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2016REN1B049.

Council of Science Editors:

Al-Attrache H. Etude de la toxicité idiosyncratique de médicaments sur cellules HepaRG et levure : influence du stress inflammatoire et de la biotransformation : Study of the idiosyncratic toxicity of drugs in HepaRG and yeast : influence of inflammatory stress and biotransformation. [Doctoral Dissertation]. Rennes 1; Université libanaise; 2016. Available from: http://www.theses.fr/2016REN1B049

29. Wang, Kai. Protéines infectieuses chez la levure Saccharomyces cerevisiae : un mal pour un bien ? Modulation de la propagation de prions de levure par le protéasome et les chaperons moléculaires durant la transition duauxique et la phase stationnaire : Infectious Proteins in the Yeast Saccharomyces Cerevisiae : a Blessing in Disguise ? Modulation of Yeast Prion Propagation by the Proteasome and Molecular Chaperons During Diauxic Shift and Stationary Phase.

Degree: Docteur es, Sciences de la vie et de la santé, 2016, Université Paris-Saclay (ComUE)

URL: http://www.theses.fr/2016SACLS212

► Les prions sont des protéines qui suite à des changements de conformation acquièrent un caractère infectieux. Ils sont à l’origine de traits dominants, héritables de… (more)

▼ Les prions sont des protéines qui suite à des changements de conformation acquièrent un caractère infectieux. Ils sont à l’origine de traits dominants, héritables de façon non-Mendélienne, chez les mammifères, les champignons filamenteux et les levures. Le mauvais repliement et l’agrégation des protéines sont à l’origine de plus de 40 maladies, parmi lesquelles on retrouve des maladies neurodégénératives telles que les maladies d’Alzheimer, de Parkinson et de Huntington. Il a été montré que les formes agrégées des protéines supposées responsables de ces maladies (i.e. peptide amyloïde-β, tau, α-synucléine, huntingtine) se propagent de cellule en cellule à la manière des prions. La levure Saccharomyces cerevisiae possède plusieurs prions qui sont autant d’excellents modèles biologiques pour la compréhension des mécanismes de formation et de propagation des prions.[PSI+] et [URE3], issus respectivement de la conversion sous forme prion du terminateur de la traduction Sup35p et d’un régulateur du métabolisme azoté Ure2p, sont à ce jour les deux prions les mieux documentés chez la levure. Les chaperons moléculaires et leurs co-chaperons modulent la formation, la réplication et la propagation des prions chez la levure. Cependant, l’élimination ou la dégradation de ces prions sont encore mal connus. Notre laboratoire a montré que le protéasome 26S est capable de dégrader les formes soluble et fibrillaire de Sup35p. Dans la première partie de ma thèse, nous avons étudié le rôle du protéasome 26S dans la dégradation des formes soluble et fibrillaire d’Ure2p. Nous avons montré que, comme pour Sup35p, le protéasome 26S dégrade Ure2p soluble en générant des peptides amyloïdes issus du domaine prion N-terminal ainsi qu’un fragment C-terminal résistant à la protéolyse. Nous avons montré que le domaine prion déstructuré est nécessaire pour la reconnaissance et la dégradation par le protéasome. Contrairement à ce qui avait été observé pour Sup35p, Ure2p sous sa forme fibrillaire est totalement résistante à la dégradation protéasomale. Nous suggérons que la variabilité structurale aux seins des particules de prions dans un contexte cellulaire dicte leurs interactions avec les machineries protéolytiques, et plus particulièrement avec le protéasome.Les prions de levure ont principalement été étudiés dans un contexte de cellules en division active. Cependant, dans la nature, la plupart des cellules sont retrouvées dans un état quiescent post-mitotique. Nous n’avons que très peu d’informations sur le devenir des particules de prions lorsque les cellules entrent dans un état quiescent. De même les conséquences physiologiques des prions sur la survie à long terme des levures sont très peu documentées. Dans la seconde partie de ma thèse, nous avons utilisé le prion [PSI+] comme modèle pour répondre à ces questions. Différentes conformations des agrégats de Sup35p conduisent à des souches phénotypiquement distinctes du prion [PSI+]. Nous avons constaté que les agrégats de Sup35p subissent des changements ultra-structuraux et fonctionnels au… Advisors/Committee Members: Kabani, Mehdi (thesis director).

Subjects/Keywords: Prions de levure; Protéasome 26S; Chaperons moléculaires; Yeast prions; 26S Proteasome; Molecular Chaperons

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APA (6^th Edition):

Wang, K. (2016). Protéines infectieuses chez la levure Saccharomyces cerevisiae : un mal pour un bien ? Modulation de la propagation de prions de levure par le protéasome et les chaperons moléculaires durant la transition duauxique et la phase stationnaire : Infectious Proteins in the Yeast Saccharomyces Cerevisiae : a Blessing in Disguise ? Modulation of Yeast Prion Propagation by the Proteasome and Molecular Chaperons During Diauxic Shift and Stationary Phase. (Doctoral Dissertation). Université Paris-Saclay (ComUE). Retrieved from http://www.theses.fr/2016SACLS212

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Wang, Kai. “Protéines infectieuses chez la levure Saccharomyces cerevisiae : un mal pour un bien ? Modulation de la propagation de prions de levure par le protéasome et les chaperons moléculaires durant la transition duauxique et la phase stationnaire : Infectious Proteins in the Yeast Saccharomyces Cerevisiae : a Blessing in Disguise ? Modulation of Yeast Prion Propagation by the Proteasome and Molecular Chaperons During Diauxic Shift and Stationary Phase.” 2016. Doctoral Dissertation, Université Paris-Saclay (ComUE). Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2016SACLS212.

MLA Handbook (7^th Edition):

Wang, Kai. “Protéines infectieuses chez la levure Saccharomyces cerevisiae : un mal pour un bien ? Modulation de la propagation de prions de levure par le protéasome et les chaperons moléculaires durant la transition duauxique et la phase stationnaire : Infectious Proteins in the Yeast Saccharomyces Cerevisiae : a Blessing in Disguise ? Modulation of Yeast Prion Propagation by the Proteasome and Molecular Chaperons During Diauxic Shift and Stationary Phase.” 2016. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Wang K. Protéines infectieuses chez la levure Saccharomyces cerevisiae : un mal pour un bien ? Modulation de la propagation de prions de levure par le protéasome et les chaperons moléculaires durant la transition duauxique et la phase stationnaire : Infectious Proteins in the Yeast Saccharomyces Cerevisiae : a Blessing in Disguise ? Modulation of Yeast Prion Propagation by the Proteasome and Molecular Chaperons During Diauxic Shift and Stationary Phase. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Paris-Saclay (ComUE); 2016. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2016SACLS212.

Council of Science Editors:

Wang K. Protéines infectieuses chez la levure Saccharomyces cerevisiae : un mal pour un bien ? Modulation de la propagation de prions de levure par le protéasome et les chaperons moléculaires durant la transition duauxique et la phase stationnaire : Infectious Proteins in the Yeast Saccharomyces Cerevisiae : a Blessing in Disguise ? Modulation of Yeast Prion Propagation by the Proteasome and Molecular Chaperons During Diauxic Shift and Stationary Phase. [Doctoral Dissertation]. Université Paris-Saclay (ComUE); 2016. Available from: http://www.theses.fr/2016SACLS212

30. Noble, Jessica. Identification des bases moléculaires de propriétés technologiques de levures oenologiques : Identification of molecular basis of technological properties of wine yeasts.

Degree: Docteur es, Biotechnologie, microbiologie, 2011, Montpellier, SupAgro

URL: http://www.theses.fr/2011NSAM0014

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Les bases moléculaires responsables des propriétés technologiques des levures œnologiques sont pas ou peu connues. Or, ces connaissances sont nécessaires pour mettre en œuvre des… (more)

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Les bases moléculaires responsables des propriétés technologiques des levures œnologiques sont pas ou peu connues. Or, ces connaissances sont nécessaires pour mettre en œuvre des stratégies d'amélioration génétique des capacités fermentaires ou de l'impact organoleptique des levures par croisements et une meilleure exploitation de la biodiversité. Ces travaux de thèse ont visé à l'identification des bases génétiques de plusieurs propriétés d'intérêt, telles que la production de sulfites, la capacité fermentaire en milieu carencé en azote ou la formation d'esters. Une approche de recherche de QTL a été mise en œuvre en s'appuyant sur la création d'une population de ségrégants méiotiques issus du croisement de deux souches œnologiques aux caractéristiques contrastées. Une caractérisation des phénotypes des ségrégants associé à leur génotypage a permis d'identifier des QTL pour les différents traits étudiés. L'implication d'une région du génome dans le contrôle de la voie d'assimilation des sulfates a été démontrée. Ce locus est responsable de la variation phénotypique de plusieurs métabolites de cette voie et de métabolites indirectement connectés. D'autres QTL ont également pu être mis en évidence pour les capacités fermentaires sur un milieu carencé en azote et la production de différents composés volatils. Leur analyse a permis d'identifier plusieurs gènes candidats dont les fonctions sont liées directement ou indirectement aux phénotypes étudiés.

The molecular basis of technological properties of wine yeasts are not or poorly known. However, this knowledge is required for the improvement of the fermentation capacity and of the organoleptic impact of wine yeasts by breeding strategies and a better exploitation of the yeast biodiversity. This thesis aimed at identifying the genetic bases of several traits of interest such as: sulfite production, fermentation ability in low nitrogen medium or esters formation. A QTL mapping approach has been implemented from a population of meiotic segregants derived from the cross of two strains with contrasting oenological characteristics. Phenotyping of the a population of meiotic segregants was combined with a genotyping to identify QTL for these traits. The involvement of a region of the genome in the control of sulphate assimilation pathway has been demonstrated. This locus is responsible for the phenotypic variation of several metabolites of this pathway and indirectly connected metabolites. Other QTLs have also been demonstrated for the fermentation capacities on a nitrogen limiting medium and production of various volatile compounds. Their analysis revealed several candidate genes whose functions are related directly or indirectly to the studied phenotypes.

Advisors/Committee Members: Blondin, Bruno (thesis director).

Subjects/Keywords: S. cerevisiae; Levure oenologique; Qtl; So2; S. cerevisiae; Wine yeast; Qtl; So2

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Noble, J. (2011). Identification des bases moléculaires de propriétés technologiques de levures oenologiques : Identification of molecular basis of technological properties of wine yeasts. (Doctoral Dissertation). Montpellier, SupAgro. Retrieved from http://www.theses.fr/2011NSAM0014

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Noble, Jessica. “Identification des bases moléculaires de propriétés technologiques de levures oenologiques : Identification of molecular basis of technological properties of wine yeasts.” 2011. Doctoral Dissertation, Montpellier, SupAgro. Accessed January 16, 2021. http://www.theses.fr/2011NSAM0014.

MLA Handbook (7^th Edition):

Noble, Jessica. “Identification des bases moléculaires de propriétés technologiques de levures oenologiques : Identification of molecular basis of technological properties of wine yeasts.” 2011. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Noble J. Identification des bases moléculaires de propriétés technologiques de levures oenologiques : Identification of molecular basis of technological properties of wine yeasts. [Internet] [Doctoral dissertation]. Montpellier, SupAgro; 2011. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.theses.fr/2011NSAM0014.

Council of Science Editors:

Noble J. Identification des bases moléculaires de propriétés technologiques de levures oenologiques : Identification of molecular basis of technological properties of wine yeasts. [Doctoral Dissertation]. Montpellier, SupAgro; 2011. Available from: http://www.theses.fr/2011NSAM0014

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