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You searched for subject:(Interaction glycocluster lectine). Showing records 1 – 3 of 3 total matches.

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1. Dupin, Lucie. Validation et criblage de nouvelles molécules anti-infectieuses sur microarray : applications à Pseudomonas aeruginosa : Validation and screening of new anti-infective molecules on microarray : applications to Pseudomonas aeruginosa.

Degree: Docteur es, Ingénierie pour le vivant, 2016, Lyon

Pseudomonas aeruginosa (PA) est la troisième bactérie impliquée dans les maladies nosocomiales et est la principale cause de mortalité des patients atteints de la mucoviscidose. PA est résistante à la plupart des traitements antibiotiques. Trouver de nouvelles stratégies thérapeutiques est devenu un enjeu majeur de santé publique, l’une d’entre elles est l’inhibition de facteurs de virulence. Parmi ceux-ci, les lectines sont des protéines impliquées dans l’adhésion et la formation de biofilm via des interactions avec des sucres (PA-IL, PA- IIL, FliC, FliD, PilA, PilY1 et CupB6).Le but de ce travail est donc de trouver des leurres moléculaires ayant une forte affinité pour ces lectines. Ceux-ci sont des motifs saccharidiques présentés de façon multivalente : glycoclusters. De part leur grande diversité structurale et leur faible quantité, un outil de criblage innovant a été développé qui consiste en une lame de verre microstructurée : le glycocluster-microarray. Les glycoclusters sont immobilisés de manière ordonnée par DNA Directed Immobilization (DDI). Deux méthodes de criblage ont été développées grâce à cet outils : 1) le criblage en solution et par compétition d’une bibliothèque de motifs saccharidiques et 2) le criblage d’une bibliothèque de glycoclusters immobilisés sur le microarray. Avec cet outil, des protocoles de mesures d’IC50 et de Kd ont aussi été fiabilisés pour caractériser les meilleurs candidats inhibiteurs des lectines. Le glycocluster- microarray présente l’avantage de n’utiliser qu’une très faible quantité de matériel (quelques picomoles) et permet de réaliser diverses analyses en parallèle.Afin de valider cet outil, une étude sur l’impact de la densité de surface en glycocluster a été menée. Le criblage de plus de 150 motifs saccharidiques a permis de sélectionner ceux ayant une forte affinité pour les lectines. L’analyse sur microarray complétée par de la modélisation moléculaire d’une bibliothèque de glycoclusters, possédant ces motifs et différentes topologies, valences et propriétés (aromaticité, charge,…), a permis d’identifier les paramètres clés dirigeant les relations structure-affinité. Une activité anti-biofilm chez PA a été démontrée avec les meilleurs glycoclusters ciblant PA-IL.Tester l’activité in vivo, chez l’animal, des meilleurs candidats est une voie à explorer. Cibler d’autres lectines comme celles présentes sur le flagelle et les pili de PA et notamment impliquées dans son adhésion précoce est aussi une voie à développer. Pour cela, des tests préliminaires ont été présentés et d’autres sont en cours faisant appel à l’utilisation de bactéries entières ainsi qu’à une détection sans marquage des lectines.

Summary: Pseudomonas aeruginosa (PA) is the third pathogen involved in nosocomial diseases and the major cause of mortality of cystic fibrosis patients. PA develops resistance to antibiotics treatments. And so, developing new therapeutic strategies is a public health issue. One of the promising strategies is to inhibit virulence factors involved in the adhesion and the…

Advisors/Committee Members: Chevolot, Yann (thesis director).

Subjects/Keywords: Interaction glycocluster/lectine; Microarray; DNA Directed Immobilization (DDI); Modélisation moléculaire; Glycocluster/lectin interaction; Microarray; DNA Directed Immobilization (DDI); Molecular simulations

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APA (6th Edition):

Dupin, L. (2016). Validation et criblage de nouvelles molécules anti-infectieuses sur microarray : applications à Pseudomonas aeruginosa : Validation and screening of new anti-infective molecules on microarray : applications to Pseudomonas aeruginosa. (Doctoral Dissertation). Lyon. Retrieved from http://www.theses.fr/2016LYSEC018

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Dupin, Lucie. “Validation et criblage de nouvelles molécules anti-infectieuses sur microarray : applications à Pseudomonas aeruginosa : Validation and screening of new anti-infective molecules on microarray : applications to Pseudomonas aeruginosa.” 2016. Doctoral Dissertation, Lyon. Accessed April 14, 2021. http://www.theses.fr/2016LYSEC018.

MLA Handbook (7th Edition):

Dupin, Lucie. “Validation et criblage de nouvelles molécules anti-infectieuses sur microarray : applications à Pseudomonas aeruginosa : Validation and screening of new anti-infective molecules on microarray : applications to Pseudomonas aeruginosa.” 2016. Web. 14 Apr 2021.

Vancouver:

Dupin L. Validation et criblage de nouvelles molécules anti-infectieuses sur microarray : applications à Pseudomonas aeruginosa : Validation and screening of new anti-infective molecules on microarray : applications to Pseudomonas aeruginosa. [Internet] [Doctoral dissertation]. Lyon; 2016. [cited 2021 Apr 14]. Available from: http://www.theses.fr/2016LYSEC018.

Council of Science Editors:

Dupin L. Validation et criblage de nouvelles molécules anti-infectieuses sur microarray : applications à Pseudomonas aeruginosa : Validation and screening of new anti-infective molecules on microarray : applications to Pseudomonas aeruginosa. [Doctoral Dissertation]. Lyon; 2016. Available from: http://www.theses.fr/2016LYSEC018

2. Sicard, Delphine. Caractérisation par microscopie à force atomique des arrangements protéine/sucre impliquant la lectine PA-IL de la bactérie pseudomonas aeruginosa : Characterisation by atomic force microscopy of protein/glycocluster arrangement involving lectin PA-IL of pseudomonas aeruginosa bacteria.

Degree: Docteur es, Matériaux, 2012, Ecully, Ecole centrale de Lyon

La bactérie Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste responsable de graves infections chez les personnes affaiblies immunitairement. Présentant des souches résistantes aux antibiotiques, une nouvelle approche thérapeutique est en cours de développement avec pour objectif l’inhibition des facteurs de virulence de la bactérie. Lors de son processus d’infection, le pathogène utilise les lectines pour reconnaître et se lier de manière spécifique aux glycoconjugués des cellules-hôtes en formant une interaction lectine/glycoconjugué. Plus particulièrement, la lectine PA-IL, spécifique du galactose, a été étudiée. A l’aide de glycomimétique, il semble possible de bloquer l’action de la lectine en créant une interaction lectine/glycomimétique. Pour développer cette approche, de nombreux glycocluster sont donc été élaborés et leur affinité avec la lectine PA-IL a été évaluée par plusieurs méthodes de caractérisation (SPR, HIA, ELLA, puce à sucre,…).Dans ce projet de thèse, nous avons cherché à visualiser par microscopie à force atomique (AFM) l’arrangement des complexes lectine PA-IL/glycocluster formés pour trois glycoclusters différents. Nous avons ainsi pu montrer l’influence du cœur du glycocluster et des bras-espaceurs sur l’arrangement des complexes. Suivant le glycocluster, l’arrangement prend la forme de filaments 1D,de structures dentelées avec des bras sinueux ou encore de larges structures compactes. Dans le cas des filaments, la résolution de nos images AFM nous a permis d’identifier les lectines à l’intérieur même de la structure filaire. Nous avons aussi démontré, en observant les lectines seules, l’existence d’une interaction lectine/lectine. De plus, des expériences ont été menées pour déterminer les conditions expérimentales appropriées à leur observation à l’air et en milieu liquide.

The bacterium P. aeruginosa is an opportunistic pathogen responsible for serious infections in immunocompromised patients. It also develops some strains resistant to antibiotics. A new approach is developed to inhibit virulence factors of the bacterium. During the process of infection, the pathogen uses lectins to recognize and bind specifically to glycoconjugates of the host cells forming alectin/glycoconjugate complex. Particularly, the lectin PA-IL, specific to galactose, was studied. Using glycomimetics, it seems possible to block the action of the lectin by creating lectin/glycomimetic interaction. To develop this approach, many glycoclusters were designed and their affinity with lectin PA-IL was evaluated by various characterization techniques (SPR, HIA, ELLA, microarrays,…).In this thesis project, we have tried to visualize by Atomic Force Microscopy (AFM) the arrangement of lectin PA-IL/glycocluster complexes with three different glycoclusters. Our results show the influence of the glycocluster core and the linker on the arrangement of complexes. Depending on glycocluster, the arrangement takes the form of 1D filaments, 2D "pinked" structures with sinuous branches or large compact structures. In the case…

Advisors/Committee Members: Phaner-Goutorbe, Magali (thesis director).

Subjects/Keywords: Microscopie à force atomique; Modulation en amplitude; Lectine PA-IL; Pseudomonas aeruginosa; Glycocluster; Complexe lectine-sucre; Arrangement moléculaire; Intéraction lectine-lectine; Atomic force microscopy; Amplitude modulation - AFM; Lectin PA-IL; Pseudomonas aeruginosa; Glycocluster; Lectin/glycocluster; Molecular arrangement; Lectin/lectin interaction

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APA (6th Edition):

Sicard, D. (2012). Caractérisation par microscopie à force atomique des arrangements protéine/sucre impliquant la lectine PA-IL de la bactérie pseudomonas aeruginosa : Characterisation by atomic force microscopy of protein/glycocluster arrangement involving lectin PA-IL of pseudomonas aeruginosa bacteria. (Doctoral Dissertation). Ecully, Ecole centrale de Lyon. Retrieved from http://www.theses.fr/2012ECDL0049

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Sicard, Delphine. “Caractérisation par microscopie à force atomique des arrangements protéine/sucre impliquant la lectine PA-IL de la bactérie pseudomonas aeruginosa : Characterisation by atomic force microscopy of protein/glycocluster arrangement involving lectin PA-IL of pseudomonas aeruginosa bacteria.” 2012. Doctoral Dissertation, Ecully, Ecole centrale de Lyon. Accessed April 14, 2021. http://www.theses.fr/2012ECDL0049.

MLA Handbook (7th Edition):

Sicard, Delphine. “Caractérisation par microscopie à force atomique des arrangements protéine/sucre impliquant la lectine PA-IL de la bactérie pseudomonas aeruginosa : Characterisation by atomic force microscopy of protein/glycocluster arrangement involving lectin PA-IL of pseudomonas aeruginosa bacteria.” 2012. Web. 14 Apr 2021.

Vancouver:

Sicard D. Caractérisation par microscopie à force atomique des arrangements protéine/sucre impliquant la lectine PA-IL de la bactérie pseudomonas aeruginosa : Characterisation by atomic force microscopy of protein/glycocluster arrangement involving lectin PA-IL of pseudomonas aeruginosa bacteria. [Internet] [Doctoral dissertation]. Ecully, Ecole centrale de Lyon; 2012. [cited 2021 Apr 14]. Available from: http://www.theses.fr/2012ECDL0049.

Council of Science Editors:

Sicard D. Caractérisation par microscopie à force atomique des arrangements protéine/sucre impliquant la lectine PA-IL de la bactérie pseudomonas aeruginosa : Characterisation by atomic force microscopy of protein/glycocluster arrangement involving lectin PA-IL of pseudomonas aeruginosa bacteria. [Doctoral Dissertation]. Ecully, Ecole centrale de Lyon; 2012. Available from: http://www.theses.fr/2012ECDL0049

3. Goudot, Alice. Développement d'une plateforme de criblage pour la recherche de nouvelles molécules anti-infectieuses : applications à Pseudomonas aeruginosa. : Glycoarray technology development for new anti-infective molecules discovering : applications to Pseudomonas aeruginosa.

Degree: Docteur es, STIC santé et micro et nano-technologies, 2013, Ecully, Ecole centrale de Lyon

Pseudomonas aeruginosa (PA) est l’un des principaux germes impliqués dans les maladies nosocomiales et est aussi la principale cause de mortalité et morbidité des patients atteints de la mucoviscidose malgré l’utilisation massive d’antibiotiques. Dans la lutte contre PA, une alternative aux antibiotiques est l’inhibition de ses facteurs de virulence notamment ceux impliqués dans l’adhésion et la formation du biofilm via des interactions de type sucres/protéines. Ces protéines sont appelées lectines (PA-IL, PA-IIL, FliD). L’objectif de ce travail est la recherche de molécules inhibitrices (glycoclusters) de ces lectines impliquées dans la virulence de PA. Compte tenu du grand nombre de glycoclusters à tester et des faibles quantités de matériels biologiques disponibles, un outil de criblage innovant a été développé (glycoarray) à partir d’une lame de verre microstructurée et fonctionnalisée chimiquement afin d’immobiliser de manière organisée et ordonnée les glycoclusters. La méthode d’immobilisation choisie est la méthode d’immobilisation spécifique par hybridation de l’ADN appelée DDI : DNA Directed Immobilization. Sur ces glycoarrays, 3 méthodes indépendantes (lecture de fluorescence directe, IC50 et Kd) de mesure des interactions glycoclusters/lectines ont été mises au point et validées par une étude comparative donnant un classement similaire des glycoclusters pour leur affinité vis-à-vis des lectines Il faut noter que ces mesures faites sur glycoarrays ne consomment que quelques picomoles de glycoclusters comparées aux méthodes classiques (ITC, ELLA, RMN, …) qui nécessitent des micromoles de produits. A l’aide de ces glycoarrays, un criblage d’une bibliothèque d’une centaine de glycoclusters multivalents, de différentes topologies, charges et linkers a permis d’identifier deux structures montrant une très forte affinité vis-à-vis des lectines de PA. Ces glycoclusters sont actuellement en test in vitro et in vivo. Ces études d’interactions sur DDI-glycoarray ont été étendues à d’autres agents pathogènes tels que les bactéries Burkholderia ambifaria, Viscum album ou contre le virus de la grippe. Dans le futur, pour mieux appréhender les mécanismes d’interactions sucres/protéines, il serait intéressant de pouvoir suivre en temps réel ces interactions en utilisant des systèmes de détection sans marquage tel que, par exemple, la résonance plasmonique de surface. Aussi, le dernier chapitre donne les prémices d’une adaptation de la méthode DDI sur glycoarray sur surface d’or.

Pseudomonas aeruginosa (PA) is one of the predominant bacterium encountered in nosocomial infections. PA infections often lead to chronic inflammation and eventually to death despite aggressive antibiotic therapy. A promising approach is to inhibit the virulence factors of PA such as PA-IL, PA-IIL, FliD (lectins). Therefore, there is a great interest for studying carbohydrate/lectin interactions in order to design new treatments. The goal of this work is the research for inhibitory molecules (glycoclusters ) of these lectins involved in the…

Advisors/Committee Members: Souteyrand, Eliane (thesis director).

Subjects/Keywords: Glycobiologie; Interaction glycocluster/lectine; Glycoarray; Chimie de surface; Immobilisation dirigée par l’ADN (DDI); Glycobiology; Glycocluster/lectin interaction; Glycoarray; Surface chemistry; DNA directed immobilization (DDI)

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APA (6th Edition):

Goudot, A. (2013). Développement d'une plateforme de criblage pour la recherche de nouvelles molécules anti-infectieuses : applications à Pseudomonas aeruginosa. : Glycoarray technology development for new anti-infective molecules discovering : applications to Pseudomonas aeruginosa. (Doctoral Dissertation). Ecully, Ecole centrale de Lyon. Retrieved from http://www.theses.fr/2013ECDL0023

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Goudot, Alice. “Développement d'une plateforme de criblage pour la recherche de nouvelles molécules anti-infectieuses : applications à Pseudomonas aeruginosa. : Glycoarray technology development for new anti-infective molecules discovering : applications to Pseudomonas aeruginosa.” 2013. Doctoral Dissertation, Ecully, Ecole centrale de Lyon. Accessed April 14, 2021. http://www.theses.fr/2013ECDL0023.

MLA Handbook (7th Edition):

Goudot, Alice. “Développement d'une plateforme de criblage pour la recherche de nouvelles molécules anti-infectieuses : applications à Pseudomonas aeruginosa. : Glycoarray technology development for new anti-infective molecules discovering : applications to Pseudomonas aeruginosa.” 2013. Web. 14 Apr 2021.

Vancouver:

Goudot A. Développement d'une plateforme de criblage pour la recherche de nouvelles molécules anti-infectieuses : applications à Pseudomonas aeruginosa. : Glycoarray technology development for new anti-infective molecules discovering : applications to Pseudomonas aeruginosa. [Internet] [Doctoral dissertation]. Ecully, Ecole centrale de Lyon; 2013. [cited 2021 Apr 14]. Available from: http://www.theses.fr/2013ECDL0023.

Council of Science Editors:

Goudot A. Développement d'une plateforme de criblage pour la recherche de nouvelles molécules anti-infectieuses : applications à Pseudomonas aeruginosa. : Glycoarray technology development for new anti-infective molecules discovering : applications to Pseudomonas aeruginosa. [Doctoral Dissertation]. Ecully, Ecole centrale de Lyon; 2013. Available from: http://www.theses.fr/2013ECDL0023

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