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You searched for subject:(Genotying). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

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Texas A&M University

1. Alhaboubi, Amer Rasoolfadhl. In Vitro Growth and Molecular Characterization of Vector-Borne Intraerythrocytic Parasites of Domestic Animals and Wildlife.

Degree: PhD, Veterinary Pathobiology, 2018, Texas A&M University

Haemogregarines are a group of blood sporozoans that parasitize reptiles, most commonly turtles, or tortoises. Haemogregarine-like inclusions in the red blood cells of a severely underweight alligator snapping turtle Macrochelys temminckii Troost in Harlan were examined in this study. The morphology and morphometric data for intraerythrocytic forms found on microscopic examination were similar to Haemogregarina macrochelysi n. sp. previously reported in the same species. The 18S ribosomal RNA (18S rRNA) gene was cloned and five sequences deposited in the NCBI GenBank® database. All five showed ∼96 % identity to Haemogregarina balli, Hepatozoon sp., and Hemolivia stellata. A phylogenetic tree generated from the five sequences aligned with 18S rDNA sequences of other hematozoa and two outgroup species revealed the cloned sequences clustered on their own branch within the Haemogregarina spp. clade. There is no genetic data for H. macrochelysi n. sp., so it is unclear if the Texas turtle parasite is conspecific with H. macrochelysi n. sp. Babesia spp. are intraerythrocytic protozoans that parasitize mammals. Cultured Babesia bovis and Babesia bigemina, parasites of cattle, were recovered from liquid nitrogen (LN₂) storage nearly 30 years after cryopreservation. Four cattle were compared as donors of red blood cells (RBC) and serum for microaerophilous stationary phase (MASP) cultures in the recovery of B. bigemina. RBC and serum from only one donor supported the growth of B. bigemina. Two B. bigemina (frozen in 1986 and 1987) and two B. bovis (both frozen in 1986) cryostocks were resuscitated from LN₂ storage and all four recovered and thrived in the donor bovine RBC and serum. In the 3rd passage after recovery, B. bovis cultures were cryopreserved. Six months later they were successfully recovered from LN₂ using RBC and serum from the same donor. This study shows that B. bovis and B. bigemina stored nearly 30 years in LN₂ can be successfully recovered in the MASP system. This study also confirms previous observations that selection of a suitable bovine donor of RBC and serum is critical to the success of the Babesia sp. culture. Two markers, 18S rRNA gene and rRNA intervening transcribed spacer regions 1 and 2 (ITS), in B. bovis and B. bigemina from Puerto Rico (PR) cattle and archived culture samples from Mexico (B. bovis) and the Virgin Islands (B. bigemina) were PCR amplified, cloned and sequenced. In total, 54 18S rDNA and 21 ITS sequences were deposited in GenBank. The identity scores among the PR B. bovis 18S rDNA cloned sequences were 92.3% to 100%, and 97.7% to 99.99% among the archived Mexico B. bovis. PR and the Virgin Islands B. bigemina 18S rDNA sequence identity scores ranged from 99.1% to 99.98%. The UPMGA cladogram generated from 18S rDNA sequences shows the clear distinction of B. bovis and B. bigemina (and B. ovis). The PR ITS cloned sequences showed 69.3% to 100% identity among them. In the UPMGA cladogram, the PR sequences fell into seven different groups, except for one outlier that branched… Advisors/Committee Members: Esteve-Gasent, Maria D (advisor), Holman, Patricia J (advisor), Logan, Linda (committee member), Pérez de Léon, Adalberto A (committee member), Berghman, Luc R (committee member).

Subjects/Keywords: Blood sporozoans; Haemogregarines; Babesia bovis; Babesia bigemina; culture; Genotying

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APA (6th Edition):

Alhaboubi, A. R. (2018). In Vitro Growth and Molecular Characterization of Vector-Borne Intraerythrocytic Parasites of Domestic Animals and Wildlife. (Doctoral Dissertation). Texas A&M University. Retrieved from http://hdl.handle.net/1969.1/173687

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Alhaboubi, Amer Rasoolfadhl. “In Vitro Growth and Molecular Characterization of Vector-Borne Intraerythrocytic Parasites of Domestic Animals and Wildlife.” 2018. Doctoral Dissertation, Texas A&M University. Accessed April 13, 2021. http://hdl.handle.net/1969.1/173687.

MLA Handbook (7th Edition):

Alhaboubi, Amer Rasoolfadhl. “In Vitro Growth and Molecular Characterization of Vector-Borne Intraerythrocytic Parasites of Domestic Animals and Wildlife.” 2018. Web. 13 Apr 2021.

Vancouver:

Alhaboubi AR. In Vitro Growth and Molecular Characterization of Vector-Borne Intraerythrocytic Parasites of Domestic Animals and Wildlife. [Internet] [Doctoral dissertation]. Texas A&M University; 2018. [cited 2021 Apr 13]. Available from: http://hdl.handle.net/1969.1/173687.

Council of Science Editors:

Alhaboubi AR. In Vitro Growth and Molecular Characterization of Vector-Borne Intraerythrocytic Parasites of Domestic Animals and Wildlife. [Doctoral Dissertation]. Texas A&M University; 2018. Available from: http://hdl.handle.net/1969.1/173687

2. Aline Cabral Braga de Medeiros. Desenvolvimento, caracterização e estimativas de erros de genotipagem de locos microssatélites de tabebuia áurea (bignoniaceae).

Degree: 2007, Universidade Católica de Brasilia

Tabebuia aurea (Bignoniaceae), o paratudo ou caraibeira, é uma árvore do Cerrado polinizada por abelhas de grande porte e dispersa pelo vento. É amplamente utilizada para fornecimento de madeira e para fins medicinais. A fragmentação e a alta freqüência de fogo no Cerrado têm a afetado a dinâmica populacional dessa e de outras espécies deste bioma. Marcadores microssatélites vêm sendo crescentemente utilizados para compreender estruturas genéticas de populações, fluxo gênico, viabilidade de populações, para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e servir como guia de estratégia de conservação. A fim de gerar estratégias para a conservação e manejo de T. aurea e para outras espécies do gênero foram desenvolvidos e caracterizados locos microssatélites que foram testados em outras quatro espécies do gênero Tabebuia. Esses marcadores serão posteriormente utilizados para estudos de estrutura de acasalamento, parentesco e fluxo gênico em T. aurea. Os locos microssatélites foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida para a unidade de repetição AG/TC. A partir de 271 clones seqüenciados, trinta e um pares de primers puderam ser desenhados e sintetizados para otimização. Destes, vinte e um apresentaram amplificação de clara interpretação a uma temperatura de anelamento de 56 °C e foram caracterizados utilizando 36 indivíduos de uma população de T.aurea. Esses locos apresentaram média de 18,7 alelos por loco (variação de 09 a 26) e heterozigosidade observada e esperada variando de 0,466 a 0,944 (Ho = 0,587, média para todos os locos) e 0,809 a 0,955 (He=0,913, média para todos os locos), respectivamente. O conjunto de locos desenvolvido mostrou-se bastante apropriado para o estudo de estrutura de parentesco e acasalamento de T. aurea, com alto poder de exclusão de paternidade (0,988923) e baixa probabilidade de identidade genética (1,032801 x 10-37). A transferibilidade foi testada em T. ochracea, T. serratifolia, T.impetiginosa e T. roseo-alba. No mínimo dez pares de primers amplificaram para todas essas espécies. Adicionalmente, foi obtido um sistema de genotipagem automatizado através do programa Genotyper (Aplied Biosystems) utilizando doze pares de primers marcados com fluorescência amplificados em multiplex. Esse sistema foi comparado com a detecção por nitrato de prata em relação à determinação de genótipos e evidência de erros de genotipagem (alelo nulo, stutter e dropout de alelos) utilizando o programa Micro-checker. Essa estimativa foi realizada para 36 indivíduos da mesma população. Os resultados demonstram diferenças significativas na determinação do genótipo para sete locos e entre as heterozigosidades observadas entre as duas metodologias. Além disso, foi observado que a prata está mais susceptível a apresentar erros de genotipagem comparado com a fluorescência, uma vez que todos os locos apresentaram excesso de homozigotos. Para dez famílias de meio-irmãos foi estimada a freqüência de alelos nulos através da genotipagem com sistema automatizado. Os resultados foram comparados… Advisors/Committee Members: Rinaldo Wellerson Pereira, Dario Grattapaglia, Rosana Pereira Vianello Brondani, Rosane Garcia Collevatti.

Subjects/Keywords: alelo nulos; erros de genotipagem; transferibilidade; microssatélites; cerrado; GENETICA VEGETAL; cerrados; genética vegetal; tabebuia aurea; bignoniaceae; microsatellites; null alleles; genotying error; GENETICA VEGETAL

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APA (6th Edition):

Medeiros, A. C. B. d. (2007). Desenvolvimento, caracterização e estimativas de erros de genotipagem de locos microssatélites de tabebuia áurea (bignoniaceae). (Masters Thesis). Universidade Católica de Brasilia. Retrieved from http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=485

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Medeiros, Aline Cabral Braga de. “Desenvolvimento, caracterização e estimativas de erros de genotipagem de locos microssatélites de tabebuia áurea (bignoniaceae).” 2007. Masters Thesis, Universidade Católica de Brasilia. Accessed April 13, 2021. http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=485.

MLA Handbook (7th Edition):

Medeiros, Aline Cabral Braga de. “Desenvolvimento, caracterização e estimativas de erros de genotipagem de locos microssatélites de tabebuia áurea (bignoniaceae).” 2007. Web. 13 Apr 2021.

Vancouver:

Medeiros ACBd. Desenvolvimento, caracterização e estimativas de erros de genotipagem de locos microssatélites de tabebuia áurea (bignoniaceae). [Internet] [Masters thesis]. Universidade Católica de Brasilia; 2007. [cited 2021 Apr 13]. Available from: http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=485.

Council of Science Editors:

Medeiros ACBd. Desenvolvimento, caracterização e estimativas de erros de genotipagem de locos microssatélites de tabebuia áurea (bignoniaceae). [Masters Thesis]. Universidade Católica de Brasilia; 2007. Available from: http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=485

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