subject:(Flux constraints)

Australian National University

1. Styles, Julie Maree. Inverse Modelling of Trace Gas Exchange at Canopy and Regional Scales .

Degree: 2002, Australian National University

► This thesis deals with the estimation of plant-atmosphere trace gas exchange and isotopic discrimination from atmospheric concentration measurements. Two space scales were investigated: canopy and… (more)

Subjects/Keywords: carbon dioxide flux; carbowater use efficiency; thermal stability; atmospheric boundary layer budget; regional flux; multiple constraints; data assimilation

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APA (6^th Edition):

Styles, J. M. (2002). Inverse Modelling of Trace Gas Exchange at Canopy and Regional Scales . (Thesis). Australian National University. Retrieved from http://hdl.handle.net/1885/48204

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Styles, Julie Maree. “Inverse Modelling of Trace Gas Exchange at Canopy and Regional Scales .” 2002. Thesis, Australian National University. Accessed April 10, 2021. http://hdl.handle.net/1885/48204.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Styles, Julie Maree. “Inverse Modelling of Trace Gas Exchange at Canopy and Regional Scales .” 2002. Web. 10 Apr 2021.

Vancouver:

Styles JM. Inverse Modelling of Trace Gas Exchange at Canopy and Regional Scales . [Internet] [Thesis]. Australian National University; 2002. [cited 2021 Apr 10]. Available from: http://hdl.handle.net/1885/48204.

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Council of Science Editors:

Styles JM. Inverse Modelling of Trace Gas Exchange at Canopy and Regional Scales . [Thesis]. Australian National University; 2002. Available from: http://hdl.handle.net/1885/48204

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Freie Universität Berlin

2. Larhlimi, Abdelhalim. Neue Konzepte und Werkzeuge in der constraintbasierten Analyse metabolischer Netzwerke.

Degree: 2009, Freie Universität Berlin

URL: http://dx.doi.org/10.17169/refubium-11716

► In der Analyse metabolischer Netzwerke haben constraintbasierte Ansätze erfolgreiche Anwendung gefunden. Hierbei wird der Bereich des möglichen Verhaltens eines metabolischen Systems durch zusätzliche Anforderungen an… (more)

▼ In der Analyse metabolischer Netzwerke haben constraintbasierte Ansätze erfolgreiche Anwendung gefunden. Hierbei wird der Bereich des möglichen Verhaltens eines metabolischen Systems durch zusätzliche Anforderungen an das System eingeschränkt. Die resultierende Menge aller Flussverteilungen eines metabolischen Netzwerks im stationären Zustand hat die Gestalt eines polyedrischen Kegels, welcher Flusskegel genannt wird. Eine innere Beschreibung dieses Kegels basierend auf Mengen erzeugender Vektoren, wie etwa Elementarmodi oder Extremalpfade, ermöglicht eine effiziente Analyse. Wir haben einen neuen constraintbasierten Ansatz zur Analyse metabolischer Netzwerke entwickelt, in dem das System durch minimale metabolische Verhaltensmuster und den reversiblen metabolischen Raum charakterisiert wird. In unserer Methode kommt eine äußere Beschreibung des Flusskegels zur Anwendung, die wir durch Ausnutzung von Nicht-Negativitäts-Bedingungen erhalten. Diese Beschreibung ist minimal und eindeutig. Wir untersuchen die Beziehung zwischen innerer und äußerer Beschreibung des Kegels und stellen ein allgemeines Verfahren zur Herleitung der inneren aus der äußeren Beschreibung vor. Dieses Verfahren verdeutlicht, warum die äußere im Vergleich zur inneren Beschreibung eine meist sehr viel kompaktere, sogar bis zu mehreren Größenordungen kleinere Darstellung liefert. In unserem Ansatz verwenden wir eine verfeinerte Klassifikation von Reaktionen des metabolischen Netzwerks entsprechend ihres Reversibilitäts-Typus (irreversibel, pseudo-irreversibel und vollständig reversibel). Diese Einteilung ermöglicht uns eine deutliche Verbesserung existierender Algorithmen zur Bestimmung von blockierten und gekoppelten Reaktionen und die Formulierung eines neuen, effizienten Algorithmus für die Flusskopplungsanalyse. Die von uns eingeführten minimalen gerichteten Schnitte (MDCs), die die Ausführung einer Zielreaktion in eine ungewünschte Richtung verhindern, erweitern die klassische Flusskopplungsanalyse. Ein von uns entwickelter Algorithmus ermöglicht nicht nur die Berechnung von MDCs in einem metabolischen Netzwerk, sondern auch die direkte Ermittlung minimaler Schnittmengen (MCSs). Basierend auf unserer verfeinerten Klassifizierung von Reaktionen stellen wir schließlich einen constraintbasierten Ansatz zur Analyse der durch Gen-Ausfall ausgelösten Beeinträchtigungen globaler Fähigkeiten eines metabolischen Netzwerks vor. Flusskopplungs- und Gen-Ausfall-Analyse helfen bei der Identifikation essentieller Reaktionen im metabolischen System. Altenativ kann die Bedeutung von Reaktionen für die Netzwerkfunktionen mittels auf Elementarmodi basierender control-effective Fluss-Analyse (CEF) bewertet werden. Wir vergleichen CEF-Analyse mit der Verwendung eines minimalen Erzeugendensystems für die Bestimmung von Schlüsselreaktionen. Advisors/Committee Members: [email protected] (contact), n (gender), Prof. Dr. Alexander Bockmayr (firstReferee), Prof. Dr. Stefan Schuster (furtherReferee).

Subjects/Keywords: Metabolic network analysis; Steady-state flux cone; Stoichiometric and thermodynamic constraints; 500 Naturwissenschaften und Mathematik::510 Mathematik::510 Mathematik

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Larhlimi, A. (2009). Neue Konzepte und Werkzeuge in der constraintbasierten Analyse metabolischer Netzwerke. (Thesis). Freie Universität Berlin. Retrieved from http://dx.doi.org/10.17169/refubium-11716

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Larhlimi, Abdelhalim. “Neue Konzepte und Werkzeuge in der constraintbasierten Analyse metabolischer Netzwerke.” 2009. Thesis, Freie Universität Berlin. Accessed April 10, 2021. http://dx.doi.org/10.17169/refubium-11716.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Larhlimi, Abdelhalim. “Neue Konzepte und Werkzeuge in der constraintbasierten Analyse metabolischer Netzwerke.” 2009. Web. 10 Apr 2021.

Vancouver:

Larhlimi A. Neue Konzepte und Werkzeuge in der constraintbasierten Analyse metabolischer Netzwerke. [Internet] [Thesis]. Freie Universität Berlin; 2009. [cited 2021 Apr 10]. Available from: http://dx.doi.org/10.17169/refubium-11716.

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Council of Science Editors:

Larhlimi A. Neue Konzepte und Werkzeuge in der constraintbasierten Analyse metabolischer Netzwerke. [Thesis]. Freie Universität Berlin; 2009. Available from: http://dx.doi.org/10.17169/refubium-11716

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3. CHUNG KAI SHENG, BEVAN. Yeast Systems Biotechnology for Production of Value-Added Biochemicals.

Degree: 2012, National University of Singapore

URL: http://scholarbank.nus.edu.sg/handle/10635/35849

Subjects/Keywords: systems biotechnology; Pichia pastoris; genome-scale metabolic network; constraints-based; flux-sum analysis; codon optimization

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CHUNG KAI SHENG, B. (2012). Yeast Systems Biotechnology for Production of Value-Added Biochemicals. (Thesis). National University of Singapore. Retrieved from http://scholarbank.nus.edu.sg/handle/10635/35849

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

CHUNG KAI SHENG, BEVAN. “Yeast Systems Biotechnology for Production of Value-Added Biochemicals.” 2012. Thesis, National University of Singapore. Accessed April 10, 2021. http://scholarbank.nus.edu.sg/handle/10635/35849.

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MLA Handbook (7^th Edition):

CHUNG KAI SHENG, BEVAN. “Yeast Systems Biotechnology for Production of Value-Added Biochemicals.” 2012. Web. 10 Apr 2021.

Vancouver:

CHUNG KAI SHENG B. Yeast Systems Biotechnology for Production of Value-Added Biochemicals. [Internet] [Thesis]. National University of Singapore; 2012. [cited 2021 Apr 10]. Available from: http://scholarbank.nus.edu.sg/handle/10635/35849.

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Council of Science Editors:

CHUNG KAI SHENG B. Yeast Systems Biotechnology for Production of Value-Added Biochemicals. [Thesis]. National University of Singapore; 2012. Available from: http://scholarbank.nus.edu.sg/handle/10635/35849

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4. Laurent-Brouty, Nicolas. Modélisation du trafic sur des réseaux routiers urbains à l’aide des lois de conservation hyperboliques : Modeling traffic on urban road networks with hyperbolic conservation laws.

Degree: Docteur es, Mathématiques, 2019, Université Côte d'Azur (ComUE)

URL: http://www.theses.fr/2019AZUR4056

► Cette thèse se consacre à la modélisation mathématique du trafic routier à l'aide des lois de conservation hyperboliques. Nous nous intéressons plus particulièrement à l’application… (more)

▼ Cette thèse se consacre à la modélisation mathématique du trafic routier à l'aide des lois de conservation hyperboliques. Nous nous intéressons plus particulièrement à l’application des modèles macroscopiques en milieu urbain. Les zones urbaines sont désormais régulièrement confrontées à des niveaux de congestion record et à des épisodes de pollution atmosphérique causés par le trafic routier. L’objectif de cette thèse est alors de développer des modèles de trafic qui représentent de manière réaliste l’évolution des véhicules en milieu urbain. Dans un premier temps, nous considérons le modèle Aw-Rascle-Zhang avec relaxation. Nous construisons une suite de solutions approchées à l'aide de la méthode de suivi des fronts (wave-front tracking en anglais) couplée à une méthode de décomposition temporelle (splitting en anglais) en référentiel Lagrangien. Pour chaque valeur du paramètre de relaxation, nous montrons que cette suite converge vers une solution faible et entropique du système pour une donnée initiale à variation bornée. Par la suite, nous calculons une borne supérieure sur la décroissance des ondes positives. Nous démontrons que les solutions du système convergent vers une solution faible du modèle Lighthill-Whitham-Richards (LWR), c'est à dire vers la solution de la loi de conservation scalaire, lorsque le paramètre de relaxation tend vers zéro. Nous concluons par une discussion sur le caractère entropique de cette solution faible du modèle LWR. Dans un second temps, nous proposons un nouveau modèle macroscopique de trafic routier qui préserve le caractère borné de l'accélération des véhicules. Notre modèle couple une Équation aux Dérivées Partielles (EDP), la loi de conservation scalaire, à plusieurs Équations aux Dérivées Ordinaires (EDO), décrivant la trajectoire de véhicules accélérant à taux constant. Ces véhicules sont traités dans le modèle comme des goulots d'étranglement mobiles. Nous proposons la construction de solutions approchées avec un algorithme de suivi des fronts d'ondes et prouvons l'existence et l'unicité de la solution pour le problème de Cauchy associé à une donnée initiale constante par morceaux. Nous produisons ensuite des simulations numériques de notre modèle dans différentes situations urbaines, allant de la résolution du problème de Riemann à la simulation d'un axe urbain comportant plusieurs feux de signalisation. Enfin nous comparons ces simulations aux solutions du modèle LWR appliqué aux mêmes situations. Pour terminer, nous proposons un nouveau modèle macroscopique de trafic routier avec des stockages tampon (buffers en anglais) aux intersections afin de résoudre le modèle LWR sur des réseaux routiers. Ce modèle utilise des buffers de dimension finie, qui garantissent la propagation de la congestion au sein du réseau. Il comporte également des fonctions de répartition de véhicules aux jonctions qui sont dépendantes du temps, et peuvent dès lors être contrôlées au cours du temps. La dynamique du trafic est d'abord établie à l'aide des lois de conservation hyperboliques,… Advisors/Committee Members: Goatin, Paola (thesis director).

Subjects/Keywords: Lois de conservation hyperboliques; Systèmes de conservation hyperboliques avec relaxation; Modèles macroscopiques de trafic routier; Suivi de fronts d'onde; Systèmes de Temple; Couplage EDP-EDO; Contraintes de flux; Trafic routier sur les réseaux; Équations d'Hamilton-Jacobi; Méthodes de point fixe; Hyperbolic conservation laws; Hyperbolic systems of conservation laws with relaxation; Macroscopic traffic flow models; Wave-front tracking; Temple class systems; PDE-ODE coupling; Flux constraints; Traffic flow on networks; Hamilton-Jacobi equations; Fixed-point problems

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Laurent-Brouty, N. (2019). Modélisation du trafic sur des réseaux routiers urbains à l’aide des lois de conservation hyperboliques : Modeling traffic on urban road networks with hyperbolic conservation laws. (Doctoral Dissertation). Université Côte d'Azur (ComUE). Retrieved from http://www.theses.fr/2019AZUR4056

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Laurent-Brouty, Nicolas. “Modélisation du trafic sur des réseaux routiers urbains à l’aide des lois de conservation hyperboliques : Modeling traffic on urban road networks with hyperbolic conservation laws.” 2019. Doctoral Dissertation, Université Côte d'Azur (ComUE). Accessed April 10, 2021. http://www.theses.fr/2019AZUR4056.

MLA Handbook (7^th Edition):

Laurent-Brouty, Nicolas. “Modélisation du trafic sur des réseaux routiers urbains à l’aide des lois de conservation hyperboliques : Modeling traffic on urban road networks with hyperbolic conservation laws.” 2019. Web. 10 Apr 2021.

Vancouver:

Laurent-Brouty N. Modélisation du trafic sur des réseaux routiers urbains à l’aide des lois de conservation hyperboliques : Modeling traffic on urban road networks with hyperbolic conservation laws. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Côte d'Azur (ComUE); 2019. [cited 2021 Apr 10]. Available from: http://www.theses.fr/2019AZUR4056.

Council of Science Editors:

Laurent-Brouty N. Modélisation du trafic sur des réseaux routiers urbains à l’aide des lois de conservation hyperboliques : Modeling traffic on urban road networks with hyperbolic conservation laws. [Doctoral Dissertation]. Université Côte d'Azur (ComUE); 2019. Available from: http://www.theses.fr/2019AZUR4056

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