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1. Mendes, Fábio Henrique Kuriki. Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma.

Degree: Mestrado, Biologia (Genética), 2013, University of São Paulo

O MHC é uma região genômica que contém genes de papel central na resposta imune adaptativa. Genes do MHC e, particularmente, genes HLA em humanos, estão envolvidos susceptibilidade e resistência a doenças infecciosas, na predisposição a doenças autoimunes e na rejeição de órgãos transplantados. Essas descobertas incentivaram uma série de estudos sobre padrões da variabilidade genética em genes HLA, que demonstraram possuir uma variação bastante distinta da expectativa neutra. Essa contundente evidência de seleção natural, ímpar no genoma humano, levanta uma série de perguntas a respeito das forças evolutivas específicas que agem nesses genes e as implicações genômicas para a evolução da região como um todo. O presente estudo investiga como a seleção natural afeta e é afetada pela diversidade de genes que estão ligados fisicamente a outros que constituem alvos de seleção. Nossa expectativa é que seleção balanceadora forte sobre genes HLA interfere na eficácia com que a seleção purificadora remove variantes deletérias em loci próximos. Especificamente, a partir da anotação funcional de variantes genéticas, testamos se grupos de genes ligados fisicamente aos genes HLA apresentam uma diversidade mais alta do que seria esperado na ausência de seleção balanceadora e de carona genética causada por ela, e se essa diversidade é enriquecida com variantes possivelmente deletérias. Por meio da análise de razão entre polimorfismos não-sinônimos e sinônimos (e diversas outras estatísticas relacionadas), fomos capazes de observar que loci próximos a genes HLA acumulam um excesso de variação não-sinônima (e portanto potencialmente deletéria). O grau de deleteriedade foi confirmado pelo emprego do software Polyphen 2, que utiliza como critério de classificação a conservação das sequências nucleotídicas e informação das estruturas protéicas, e pela análise de estatísticas como Pdel/Pn e Pdel/Ps. De acordo com testes de McDonald-Kreitman e o Índice de Neutralidade, entretanto, parte dessa variação deletéria se fixa em longo prazo, o que sugere que a seleção em genes HLA pode interferir tanto nos padrões de polimorfismos como de divergência

The MHC is a genomic region that contains genes with a central role in the adaptive immune response. Genes in the MHC region, in particular the HLA genes of humans, are involved in the differential susceptibility and resistance to infectious diseases, predisposition to autoimmune diseases and the rejection of transplanted organs. These findings have fueled a series of studies on patterns of genetic variation at HLA genes, which have conclusively demonstrated that their variation deviates from neutral expectations. Such strong evidence of natural selection, with few counterparts in the remainder of the human genome, raise a series of questions concerning the specific evolutionary forces acting on this region and their genomic implications for the evolution of the region as a whole. This work investigates how natural selection affects and is affected by the diversity of genes that are physically…

Advisors/Committee Members: Meyer, Diogo.

Subjects/Keywords: Efeito carona; Hitchhiking effect; HLA; HLA; Natural selection; Seleção natural

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APA (6th Edition):

Mendes, F. H. K. (2013). Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02082013-161104/ ;

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Mendes, Fábio Henrique Kuriki. “Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma.” 2013. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed November 11, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02082013-161104/ ;.

MLA Handbook (7th Edition):

Mendes, Fábio Henrique Kuriki. “Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma.” 2013. Web. 11 Nov 2019.

Vancouver:

Mendes FHK. Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2013. [cited 2019 Nov 11]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02082013-161104/ ;.

Council of Science Editors:

Mendes FHK. Seleção natural em genes HLA e seu efeito sobre regiões adjacentes do genoma. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2013. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-02082013-161104/ ;

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