subject:(Diversidade microbiana)

1. Bianco, Carolina Ibelli. Caracterização da comunidade procarionte presente no tratamento anaeróbio da fração orgânica dos resíduos sólidos urbanos em conjunto com serragem e lodo de esgoto.

Degree: Mestrado, Hidráulica e Saneamento, 2015, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-21122015-111011/ ;

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Na presente pesquisa, utilizou-se a técnica molecular de Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE) e microscopia óptica (contraste de fase e fluorescência) para caracterizar… (more)

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Na presente pesquisa, utilizou-se a técnica molecular de Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE) e microscopia óptica (contraste de fase e fluorescência) para caracterizar a comunidade procarionte estabelecida em quatro biometanizadores de 50 L e em três biometanizadores de 5 L, cujo substrato principal foi a fração orgânica dos resíduos sólidos urbanos (FORSU) acrescida de serragem (12% nos biometanizadores de 50 L e 20% nos de 5 L) e lodo de esgoto (9% e 18% nos biometanizadores de 50 L; 40% e 60% nos de 5L). Pela análise do perfil das bandas de DGGE, verificou-se uma alteração na estrutura da comunidade de bactérias presentes no chorume dos biometanizadores de 50 L entre 60 e 120 dias de operação, período caracterizado pelo acúmulo de ácidos graxos voláteis, consumo crescente de alcalinidade, queda de pH e aumento da demanda química de oxigênio, resultando na baixa remoção de sólidos totais voláteis e na ausência de metano no biogás. Pela análise de microscopia de fluorescência, não foram detectadas metanogênicas em nenhuma das amostras de chorume dos biometanizadores de 50 L, sendo que as principais morfologias e formas de agrupamento visualizadas foram: bacilo, diplobacilos, vibrião, espirilo, diplococos e cocos em cadeia. Os biometanizadores de 5 L, por serem inoculados com maiores proporções de lodo de esgoto do que os biometanizadores de 50 L, apresentaram um processo mais equilibrado. Um dos tratamentos de 5 L (ETE 2) obteve a maior similaridade para o domínio Archaea entre o digestato e o respectivo inóculo, demonstrando a adaptação das arqueas exógenas ao substrato principal (FORSU), sendo esse o único tratamento para o qual detectou-se metano no biogás. Os resultados sugeriram que monitorar a comunidade microbiana que se desenvolve e atua no processo de biometanização pode trazer maior sensibilidade e especificidade na detecção e confirmação de instabilidades do sistema, garantindo intervenções somente quando necessário.

This dissertation addresses the use of the molecular technique of Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) and light microscopy (phase contrast and fluorescence) for the characterization of the prokaryotic community established in four 50 L reactors and in three 5 L reactors whose main substrate was the organic fraction of municipal solid wastes (OFMSW) plus sawdust (12% in 50 L reactors and 20% in 5 L reactors) and sewage sludge (9% and 18% in 50 L reactors; 40% and 60% in 5 L reactors). The analysis of the profile of DGGE bands revealed a change in the structure of the bacterial community present in the slurry of 50 L reactors between 60 and 120 days of operation, a period characterized by the accumulation of volatile fatty acids, increasing consumption of alkalinity, decrease in pH and increase in the chemical oxygen demand, which resulted in a lower removal of volatile total solids and absence of methane in the biogas. The fluorescence microscopy analysis detected no methanogenics in the slurry samples from 50 L…

Advisors/Committee Members: Schalch, Valdir.

Subjects/Keywords: Biometanização mesofílica; Diversidade microbiana; Inoculação; Inoculation; Mesophilic biomethanization; Microbial diversity

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APA (6^th Edition):

Bianco, C. I. (2015). Caracterização da comunidade procarionte presente no tratamento anaeróbio da fração orgânica dos resíduos sólidos urbanos em conjunto com serragem e lodo de esgoto. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-21122015-111011/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Bianco, Carolina Ibelli. “Caracterização da comunidade procarionte presente no tratamento anaeróbio da fração orgânica dos resíduos sólidos urbanos em conjunto com serragem e lodo de esgoto.” 2015. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-21122015-111011/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Bianco, Carolina Ibelli. “Caracterização da comunidade procarionte presente no tratamento anaeróbio da fração orgânica dos resíduos sólidos urbanos em conjunto com serragem e lodo de esgoto.” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Bianco CI. Caracterização da comunidade procarionte presente no tratamento anaeróbio da fração orgânica dos resíduos sólidos urbanos em conjunto com serragem e lodo de esgoto. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-21122015-111011/ ;.

Council of Science Editors:

Bianco CI. Caracterização da comunidade procarionte presente no tratamento anaeróbio da fração orgânica dos resíduos sólidos urbanos em conjunto com serragem e lodo de esgoto. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2015. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-21122015-111011/ ;

2. ALVES, Oucilane Ingret Moreno. Aspectos microbiológicos do tratamento de esgotos sanitários em reatores em batelada sequencial com lodo granular .

Degree: 2017, Universidade Federal de Pernambuco

URL: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/23928

► O tratamento com grânulos aeróbios apresentam inúmeras vantagens em relação ao sistema de lodos ativados convencionais. Esta tecnologia, quando operada sob condições específicas, é capaz… (more)

▼ O tratamento com grânulos aeróbios apresentam inúmeras vantagens em relação ao sistema de lodos ativados convencionais. Esta tecnologia, quando operada sob condições específicas, é capaz de realizar em uma única unidade a remoção de matéria orgânica e nutrientes, necessitando, assim, de menores áreas de implantação. Os micro-organismos presentes na estrutura do grânulo são semelhantes ao sistema de lodos ativados. Entretanto, os grânulos possuem em sua estrutura microzonas aeróbias, anóxicas e anaeróbias onde os processos de remoção ocorrem simultaneamente. Contudo, a maioria dos estudos desenvolvidos tem utilizado esgoto sintético e escala laboratorial. Neste trabalho, o objetivo foi estudar a influência de diferentes trocas volumétricas e velocidades ascensionais na formação de grânulos aeróbios e na diversidade microbiana em reatores em bateladas sequenciais tratando esgoto doméstico diluído. Para isso, foram realizados três experimentos, E1, E2 e E3 com diferentes trocas volumétricas (59%, 71% e 59%, respectivamente) e diferentes velocidades ascensionais (1,06 cm.s-1, 0,88 cm.s-1 e 0,88 cm.s-1, respectivamente), tempo final de sedimentação de 10 minutos e tempo de ciclo de 3 horas. Grânulos foram observados nos experimentos aos 51 dias, 78 dias e 53 dias para E1, E2 e E3, respectivamente. Avaliando a influência da presença e ausência de inóculo, quando operados com a mesma troca volumétrica, no tempo necessário à granulação e na concentração média de SSVLM, identificou-se que não houve diferença entre E1 e E3. A eficiência de remoção de DQO e NH4+-N obtida no E1 foi de 81,2 ± 7,8% e 62,6 ± 30,1%, respectivamente; no E2, de 81,3 ± 6,5% e 42,2 ± 19,6%, respectivamente; e, no E3, de 78,3 ± 9,8% e 75,4 ± 25,4%. O processo de nitrificação foi afetado principalmente pela troca volumétrica, devido à lavagem da biomassa de crescimento lento para fora dos reatores. Os testes respirométricos indicaram que houve uma maior concentração de micro-organismos heterotróficos no sistema. Avaliando a comunidade microbiana presente na estrutura dos grânulos, pôde-se observar a predominância da associação de vorticellas e rotíferos na superfície dos grânulos. Aplicando a técnica da PCR observou-se que no processo de nitrificação e desnitrificação, os grupos de bactérias dominantes foram as BOA e as desnitrificantes. A presença identificada do grupo Anammox e desnitrificantes na fase de grânulos nos reatores indicaram a presença de microzonas anóxicas. E, por fim, apesar da presença de PAO nos sistemas, não houve uma alta eficiência de remoção de fósforo. Isso ocorreu devido à não estabilização do sistema e ausência de grânulos bem desenvolvidos com presença de microzonas anaeróbias. Advisors/Committee Members: KATO, Mario Takayuki (advisor), http://lattes.cnpq.br/3087677954298076 (advisor).

Subjects/Keywords: Engenharia Civil; Grânulos aeróbios; Reatores em bateladas sequenciais (RBS); Diversidade microbiana

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APA (6^th Edition):

ALVES, O. I. M. (2017). Aspectos microbiológicos do tratamento de esgotos sanitários em reatores em batelada sequencial com lodo granular . (Masters Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/23928

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

ALVES, Oucilane Ingret Moreno. “Aspectos microbiológicos do tratamento de esgotos sanitários em reatores em batelada sequencial com lodo granular .” 2017. Masters Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed January 16, 2021. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/23928.

MLA Handbook (7^th Edition):

ALVES, Oucilane Ingret Moreno. “Aspectos microbiológicos do tratamento de esgotos sanitários em reatores em batelada sequencial com lodo granular .” 2017. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

ALVES OIM. Aspectos microbiológicos do tratamento de esgotos sanitários em reatores em batelada sequencial com lodo granular . [Internet] [Masters thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2017. [cited 2021 Jan 16]. Available from: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/23928.

Council of Science Editors:

ALVES OIM. Aspectos microbiológicos do tratamento de esgotos sanitários em reatores em batelada sequencial com lodo granular . [Masters Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2017. Available from: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/23928

3. NAKAZAWA, Mitsue Maia. Aproveitamento de Glicerol para a produção de Biogás ou 1,3-propanodiol em reator UASB .

Degree: 2015, Universidade Federal de Pernambuco

URL: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17254

► No presente estudo o aproveitamento de glicerol através de processos anaeróbios para geração de subprodutos de valor agregado foi analisado de duas maneiras. Em um… (more)

▼ No presente estudo o aproveitamento de glicerol através de processos anaeróbios para geração de subprodutos de valor agregado foi analisado de duas maneiras. Em um primeiro momento foi avaliado o uso de glicerol bruto proveniente da produção de biodiesel como substrato para produção de biogás em um reator anaeróbio de fluxo ascendente e manta de lodo (UASB) em escala de bancada durante o período experimental de 280 dias. O reator foi operado sob cargas orgânicas volumétricas variando entre 0,50 e 8,06 kg DQO/m³·d. Como resultados, foram alcançadas eficiências médias de remoção de DQO de 89% e valores de conversão de metano (CH4) de 68%. A produção média de CH4 foi igual a 0,25 L CH4/g DQO. Os perfis das bandas de DGGE dos domínios Bacteria e Archaea sugeriram poucas mudanças na comunidade microbiana durante a operação do reator. Na segunda etapa da tese, 13 variáveis foram avaliadas através do design experimental de Plackett-Burman visando definir a composição adequada do meio de cultivo para a produção de 1,3-propanodiol (1,3-PDO) e/ou hidrogênio. Em seguida, dois reatores UASB foram operados usando-se glicerol analítico como substrato. O rendimento máximo de 0,8 mol 1,3-PDO/mol glicerol consumido foi alcançado, após a adição de bicarbonato de sódio aos reatores. Como produtos secundários foram produzidos propionato e acetato. Análises de ecologia microbiana demonstraram a baixa diversidade presente no lodo granular do inóculo e das fases operacionais finais da operação dos reatores. A partir dos resultados obtidos em ambas etapas de estudo, é possível concluir que o glicerol bruto proveniente da produção de biodiesel pode ser degradado eficientemente através de digestão anaeróbia, alcançando altos rendimentos de metano e que a produção contínua de 1,3-PDO a partir de glicerol em reatores UASB com lodo granular é viável. Advisors/Committee Members: SANTOS, Maria de Lourdes Florencio dos (advisor), http://lattes.cnpq.br/9481193101590250 (advisor).

Subjects/Keywords: 1,3-PDO; Biodiesel; DGGE; Diversidade microbiana; Hidrogênio; Metano; UASB; 1,3-PDO; Biodiesel; DGGE.; Diversidad microbiana; Glicerol; Hidrógeno; Metano; UASB

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APA (6^th Edition):

NAKAZAWA, M. M. (2015). Aproveitamento de Glicerol para a produção de Biogás ou 1,3-propanodiol em reator UASB . (Thesis). Universidade Federal de Pernambuco. Retrieved from http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17254

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

NAKAZAWA, Mitsue Maia. “Aproveitamento de Glicerol para a produção de Biogás ou 1,3-propanodiol em reator UASB .” 2015. Thesis, Universidade Federal de Pernambuco. Accessed January 16, 2021. http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17254.

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MLA Handbook (7^th Edition):

NAKAZAWA, Mitsue Maia. “Aproveitamento de Glicerol para a produção de Biogás ou 1,3-propanodiol em reator UASB .” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

NAKAZAWA MM. Aproveitamento de Glicerol para a produção de Biogás ou 1,3-propanodiol em reator UASB . [Internet] [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17254.

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Council of Science Editors:

NAKAZAWA MM. Aproveitamento de Glicerol para a produção de Biogás ou 1,3-propanodiol em reator UASB . [Thesis]. Universidade Federal de Pernambuco; 2015. Available from: http://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17254

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Universidade do Rio Grande do Sul

4. Canal, Natalia. Cartacterização de resistência a antimicrobianos e diversidade genética em Escherichia coli isolada de amostras de água da Lagoa dos Patos, RS.

Degree: 2010, Universidade do Rio Grande do Sul

URL: http://hdl.handle.net/10183/26581

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Estudos que avaliam a resistência aos antimicrobianos em ecossistemas naturais são de alta relevância para a identificação de reservatórios ambientais da resistência bacteriana aos antimicrobianos.… (more)

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Estudos que avaliam a resistência aos antimicrobianos em ecossistemas naturais são de alta relevância para a identificação de reservatórios ambientais da resistência bacteriana aos antimicrobianos. O presente trabalho teve como objetivo analisar isolados E.coli provenientes de amostras de água da Lagoa dos Patos quanto ao perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, presença de integron de classe 1, presença de bomba de efluxo e diversidade genética. As amostras de água foram provenientes de oito pontos situados ao longo da Lagoa dos Patos. A susceptibilidade foi avaliada frente a 15 antimicrobianos. A presença da região variável de integron de classe 1 foi verificada através da reação em cadeia da polimerase. A indicação da presença de bomba de efluxo foi realizada comparando a Concentração Inibitória Mínima da ampicilina na presença e ausência de um inibidor de bomba efluxo. A diversidade genética dos isolados foi avaliada através da amplificação de seqüências repetitivas. As contagens de E. coli variaram entre 0 (pontos situados no Parque Itapuã) e 5,4x10³ UFC/100mL (ponto situado Enseada de Tapes). Foram identificados um total de 477 isolados de E.coli. As maiores percentagens de isolados resistentes foram encontrados frente à tetraciclina (22,2%) e 16,5% dos isolados foram considerados multiresistentes. Dos 157 isolados resistentes aos antimicrobianos, 39,4% apresentaram integron classe 1, sendo que destes, 42 isolados foram considerados multiresistentes. Pode-se inferir que 23 isolados multiresistentes apresentaram bombas de efluxo. Este estudo revelou diferentes padrões de susceptibilidade a antimicrobianos na Lagoa dos Patos, dependendo do grau de impacto antrópico. A presença de integron de classe 1 e bombas de efluxo pode estar contribuindo para o aparecimento de isolados multiresistentes aos antimicrobianos. Os isolados apresentaram grande diversidade pelo ERIC-PCR, indicando várias origens de contaminação nos pontos de coleta analisados.

Studies that evaluate antibiotic resistance in natural ecosystems are of great importance to identify environmental reservoirs of bacterial resistance to antibiotics. This study aimed to characterize E.coli strains isolated from water samples of the Lagoa dos Patos, in regards of their susceptibility profile, presence of integron class 1, presence of efflux pump and genetic diversity. Water samples were collected from eight points along the Lagoa dos Patos. Antimicrobial susceptibility was tested against 15 antibiotics. The presence of the variable region of class 1 integron was verified through Polymerase Chain Reaction. The indication of the presence of efflux pump was performed by comparing the MIC of ampicillin with and without efflux pump inhibitor. Genetic diversity of isolates was analyzed by repetitive sequences. E. coli counts ranged from 0 (points within the Parque Itapuã) to 5.4 x10³ CFU/100mL (point Enseada de Tapes). A total of 477 E.coli isolates were identified. The highest percentages of resistance were related to tetracycline, with 22.2% of…

Advisors/Committee Members: Corção, Gertrudes.

Subjects/Keywords: Escherichia coli; Resistencia microbiana a drogas; Diversidade genética; Patos, Lagoa dos (RS)

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APA (6^th Edition):

Canal, N. (2010). Cartacterização de resistência a antimicrobianos e diversidade genética em Escherichia coli isolada de amostras de água da Lagoa dos Patos, RS. (Thesis). Universidade do Rio Grande do Sul. Retrieved from http://hdl.handle.net/10183/26581

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Canal, Natalia. “Cartacterização de resistência a antimicrobianos e diversidade genética em Escherichia coli isolada de amostras de água da Lagoa dos Patos, RS.” 2010. Thesis, Universidade do Rio Grande do Sul. Accessed January 16, 2021. http://hdl.handle.net/10183/26581.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Canal, Natalia. “Cartacterização de resistência a antimicrobianos e diversidade genética em Escherichia coli isolada de amostras de água da Lagoa dos Patos, RS.” 2010. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Canal N. Cartacterização de resistência a antimicrobianos e diversidade genética em Escherichia coli isolada de amostras de água da Lagoa dos Patos, RS. [Internet] [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2010. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://hdl.handle.net/10183/26581.

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Council of Science Editors:

Canal N. Cartacterização de resistência a antimicrobianos e diversidade genética em Escherichia coli isolada de amostras de água da Lagoa dos Patos, RS. [Thesis]. Universidade do Rio Grande do Sul; 2010. Available from: http://hdl.handle.net/10183/26581

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5. Antônio Edilson da Silva Araújo. Caracterização e uso de bactérias diazotróficas isoladas de diferentes cultivares de arroz originárias do estado do Maranhão.

Degree: 2008, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro

URL: http://bdtd.ufrrj.br//tde_busca/arquivo.php?codArquivo=727

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Diversos trabalhos têm mostrado que a cultura do arroz pode se beneficiar da associação com bactérias diazotróficas. Entretanto, a fixação biológica de nitrogênio (FBN) em… (more)

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Diversos trabalhos têm mostrado que a cultura do arroz pode se beneficiar da associação com bactérias diazotróficas. Entretanto, a fixação biológica de nitrogênio (FBN) em arroz é dependente de uma interação complexa entre as plantas, os microrganismos e o ecossistema. Este trabalho teve como objetivo geral avaliar a contribuição da FBN em variedades tradicionais de arroz do estado do Maranhão. Como objetivos específicos: a- isolar e caracterizar bactérias diazotróficas nativas de solo cultivado com arroz no estado do Maranhão; b- selecionar as bactérias mais eficientes quanto ao acúmulo de biomassa e produção de grãos; c- verificar se existe relação entre a FBN e o teor de proteínas nos grãos. Para o isolamento foi utilizada como planta isca as cultivares IR42 e Diamante e mais duas variedades tradicionais de arroz do Maranhão Zebu Branco e Manteiga, crescidas em amostras de solo, provenientes de três municípios do Maranhão, sendo uma de terras altas (Bacabal) e duas de área de baixada (Arari e Vitoria do Mearim). Amostras de raízes, colmos e folhas foram maceradas e inoculadas em meios semi-sólidos semi-seletivos, NFB, JNFB, LGI, LGIP e JMV, sem adição de nitrogênio. Foram obtidos 304 isolados que foram classificados morfologicamente como pertencentes às espécies Azospirillum amazonense, Azospirillum lipoferum, Azospirillum brasilense, Herbaspirillum spp. e Burkholderia spp., além de um grupo não identificado. A diversidade genética dos isolados foi avaliada por meio da amplificação da região 16S DNAr por meio da reação da polimerase em cadeia (PCR) e da digestão dos produtos de amplificação com enzimas de restrição (ARDRA). O perfil de fragmentos de restrição confirmou o gênero da maioria dos isolados, além disso, mostrou alta diversidade, principalmente para os isolados bacterianos caracterizados morfologicamente como Burkholderia. Isolados representantes dos diferentes grupos foram testados em condições gnotobióticas, em vasos e em campo, em diferentes variedades procedentes do Maranhão utilizando-se também duas cultivares como controle. Foi observado que entre os isolados testados, AR1122 de Herbaspirillum sp. e AR3122 de A. amazonense apresentaram maior potencial para promover o crescimento das plantas e aumentar a produção de grãos na cultura do arroz.

Several works have shown that rice crop can benefit from the association with diazotrophic bacteria. However, the biological nitrogen fixation (BNF) in rice is dependent of a complex interaction among the plants, microorganisms and the ecosystem. The general objective of this work was to evaluate the contribution of BNF in varieties of rice originated from the State of Maranhão. The specific objectives were: a- To isolate and characterize native diazotrophic bacteria originated from soil cultivated with rice in Maranhão; b- to select the most efficient bacteria in relation to dry matter accumulation and grain yield; c- to study the relationship between FBN and the teor of proteins in the grains. For the isolation was used two rice varieties (IR42 and…

Advisors/Committee Members: Vera Lúcia Divan Baldani, José Ivo Baldani.

Subjects/Keywords: fixação biológica de nitrogênio; diversidade microbiana; isolamento.; AGRONOMIA; biological nitrogen fixation; microbial diversity; isolation

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APA (6^th Edition):

Araújo, A. E. d. S. (2008). Caracterização e uso de bactérias diazotróficas isoladas de diferentes cultivares de arroz originárias do estado do Maranhão. (Thesis). Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Retrieved from http://bdtd.ufrrj.br//tde_busca/arquivo.php?codArquivo=727

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Araújo, Antônio Edilson da Silva. “Caracterização e uso de bactérias diazotróficas isoladas de diferentes cultivares de arroz originárias do estado do Maranhão.” 2008. Thesis, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro. Accessed January 16, 2021. http://bdtd.ufrrj.br//tde_busca/arquivo.php?codArquivo=727.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Araújo, Antônio Edilson da Silva. “Caracterização e uso de bactérias diazotróficas isoladas de diferentes cultivares de arroz originárias do estado do Maranhão.” 2008. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Araújo AEdS. Caracterização e uso de bactérias diazotróficas isoladas de diferentes cultivares de arroz originárias do estado do Maranhão. [Internet] [Thesis]. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro; 2008. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://bdtd.ufrrj.br//tde_busca/arquivo.php?codArquivo=727.

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Council of Science Editors:

Araújo AEdS. Caracterização e uso de bactérias diazotróficas isoladas de diferentes cultivares de arroz originárias do estado do Maranhão. [Thesis]. Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro; 2008. Available from: http://bdtd.ufrrj.br//tde_busca/arquivo.php?codArquivo=727

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6. Franco, Diego Armando Castillo. Estudo da diversidade molecular de bactérias e arquéias e enriquecimento de comunidades metanogênicas em sedimentos marinhos antárticos.

Degree: Mestrado, Biotecnologia, 2014, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06122014-091409/ ;

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O sedimento marinho da Península Antártica representa uma área sensível a mudanças ambientais. No entanto, pouco se conhece sobre as comunidades microbianas que habitam esse… (more)

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O sedimento marinho da Península Antártica representa uma área sensível a mudanças ambientais. No entanto, pouco se conhece sobre as comunidades microbianas que habitam esse ecossistema, incluindo a sua diversidade, distribuição e variações temporais. O objetivo foi determinar a estrutura das comunidades microbianas nos sedimentos marinhos da Baía do Almirantado, Ilha Rei George, Península Antártica. Sedimentos da Baía apresentam uma predominância dos Filos Proteobacteria, Firmicutes e Actinobacteria. Análise temporal revelou que comunidades microbianas em sedimentos próximos à estação Ferraz são mais estáveis quando comparadas aos sedimentos em áreas de menor atividade antrópica. No gradiente de profundidade foi observado que a estrutura de comunidade não mudou, indicando tolerância a variações de pressão hidrostática. Organismos heterotróficos dos gêneros Psychrobacter, Psychromonas e Loktanella foram os mais abundantes, sugerindo uma alta concentração de matéria orgânica disponível. O enriquecimento de culturas metanogênicas produziu até 1,70 mmol de CH4 após 120 dias de incubação. Este estudo sugere que as condições dos sedimentos favorecem organismos psicrofílicos de metabolismo heterotrófico.

Marine sediment of the Antarctic Peninsula is a susceptible area to environmental changes. However, little is known about the microbial communities inhabiting this ecosystem, including its diversity, distribution and variations over time. The aim of this study was to determine the structure of microbial communities present in marine sediments of Admiralty Bay, King George Island, on the Antarctic Peninsula. Sediments from Admiralty Bay shown a predominance of the Proteobacteria, Firmicutes, and Actinobacteria phyla. Temporal analysis revealed that microbial communities in sediment, near Ferraz station, are more stable compared to that in the sediments in areas of lower human activity. No variation on the community structure was observed in depth gradient, indicating tolerance to hydrostatic pressure variations. Heterotrophic organisms of the genera Psychrobacter, Psychromonas and Loktanella were the most abundant, suggesting a high concentration of organic matter in the sediment. Enrichment of methanogenic cultures enrichment yielded 1.70 mmol of CH4. This study suggests that conditions in sediments favoring metabolism of heterotrophic and psychrophilic organisms.

Advisors/Committee Members: Pellizari, Vivian Helena.

Subjects/Keywords: Antarctica; Antártica; Diversidade microbiana; Marine sediments; Metanogênese; Methanogenesis; Microbial diversity; Sedimentos marinhos

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APA (6^th Edition):

Franco, D. A. C. (2014). Estudo da diversidade molecular de bactérias e arquéias e enriquecimento de comunidades metanogênicas em sedimentos marinhos antárticos. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06122014-091409/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Franco, Diego Armando Castillo. “Estudo da diversidade molecular de bactérias e arquéias e enriquecimento de comunidades metanogênicas em sedimentos marinhos antárticos.” 2014. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06122014-091409/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Franco, Diego Armando Castillo. “Estudo da diversidade molecular de bactérias e arquéias e enriquecimento de comunidades metanogênicas em sedimentos marinhos antárticos.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Franco DAC. Estudo da diversidade molecular de bactérias e arquéias e enriquecimento de comunidades metanogênicas em sedimentos marinhos antárticos. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06122014-091409/ ;.

Council of Science Editors:

Franco DAC. Estudo da diversidade molecular de bactérias e arquéias e enriquecimento de comunidades metanogênicas em sedimentos marinhos antárticos. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2014. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06122014-091409/ ;

Universidade do Rio Grande do Norte

7. Peixe, Paula Dorti. Diversidade microbiana em açude de uma região semiárida do Nordeste brasileiro: uma perspectiva de integração entre a ciência do laboratório e a ciência da sala de aula .

Degree: 2017, Universidade do Rio Grande do Norte

URL: http://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/23158

► The sustainable use of natural resources has been a concern of the 21st century. Among them, water stands out as it guarantees the permanence of… (more)

▼ The sustainable use of natural resources has been a concern of the 21st century. Among them, water stands out as it guarantees the permanence of life on the planet, with emphasis on the communities of microorganisms, responsible for exercising an important ecological role, which is reason for its study. It is important to emphasize that the accumulated knowledge on this topic needs to be reflected as an unfolding in the area of science teaching. Thus, this study aimed to identify the microbial biodiversity, especially the bacterioplankton, of a reservoir in the northeastern semiarid region, thus contributing to the understanding of the composition and ecological dynamics played by the microbiota. In addition, biological textbooks on DNA and Biotechnology were analyzed in order to identify if they deal with these contents in a perspective that relates the conceptual theory to the social and environmental context, that is, if there is a teaching perspective based on the relations between Science, Technology and Society (CTS), as well as to identify the didactic strategies of Biology teachers to teach these subjects in public schools in the semi-arid region of Rio Grande do Norte. In order to promote the facilitation of knowledge and teaching of genetics (DNA and Biotechnology), a teacher training course on recombinant DNA technology was offered using a variety of teaching strategies. The obtained results demonstrated, through molecular techniques, that the weed had the predominance of the Domain Bacteria - Phylum Cyanobacteria, Proteobacteria, Actinobacteria. Virus and Archaea were also found. Despite the importance of the CTS approach to Biology Teaching, most textbooks did not demonstrate a relation of scientific and technological knowledge with a direct implication for society and the environment. It was also found that 73% of teachers present difficulties in teaching topics related to DNA and Biotechnology and 100% of them stated that students also have difficulty understanding this content. In addition, 58% of the members of the teacher training course understand its importance, since they perceived several possibilities for the enrichment of science and biology classes, showing their importance for the contribution of the teaching practice and approximately 33% of the teachers reported That the theme developed presents constant innovation, which implies the need for them to have greater contact with scientific development to keep themselves informed and, consequently, apt to teach it in the classroom. It is concluded that of the analyzed microbiota, the predominance of the phylum Cyanobacteria, can be indicative of eutrophic environment, as mentioned by previous studies carried out in the same area of study. In addition, it was only with the advent of molecular techniques that it was possible to identify some bacterial phyla, such as Actinobacteria, common in freshwater habitats. It was concluded that the CTS approach in the textbook is still fragile in the textbooks evaluated in this study. It can generate a… Advisors/Committee Members: Araújo, Magnólia Fernandes Florêncio de (advisor), 51274957400 (advisor), http://lattes.cnpq.br/4511989641459455 (advisor).

Subjects/Keywords: Diversidade microbiana; Semiárido; Metagenômica; Livros didáticos; Estratégias de ensino; Curso de formação continuada

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APA (6^th Edition):

Peixe, P. D. (2017). Diversidade microbiana em açude de uma região semiárida do Nordeste brasileiro: uma perspectiva de integração entre a ciência do laboratório e a ciência da sala de aula . (Masters Thesis). Universidade do Rio Grande do Norte. Retrieved from http://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/23158

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Peixe, Paula Dorti. “Diversidade microbiana em açude de uma região semiárida do Nordeste brasileiro: uma perspectiva de integração entre a ciência do laboratório e a ciência da sala de aula .” 2017. Masters Thesis, Universidade do Rio Grande do Norte. Accessed January 16, 2021. http://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/23158.

MLA Handbook (7^th Edition):

Peixe, Paula Dorti. “Diversidade microbiana em açude de uma região semiárida do Nordeste brasileiro: uma perspectiva de integração entre a ciência do laboratório e a ciência da sala de aula .” 2017. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Peixe PD. Diversidade microbiana em açude de uma região semiárida do Nordeste brasileiro: uma perspectiva de integração entre a ciência do laboratório e a ciência da sala de aula . [Internet] [Masters thesis]. Universidade do Rio Grande do Norte; 2017. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/23158.

Council of Science Editors:

Peixe PD. Diversidade microbiana em açude de uma região semiárida do Nordeste brasileiro: uma perspectiva de integração entre a ciência do laboratório e a ciência da sala de aula . [Masters Thesis]. Universidade do Rio Grande do Norte; 2017. Available from: http://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/23158

Universidade Estadual de Campinas

8. Hernández Tasco, Alvaro José, 1991-. Bactérias e fungos endofíticos associados às lâminas foliares de "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch e "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), planta "in natura" e "in vitro" : diversidade microbiana, potencial metabólico e avaliação das atividades antimicrobiana e antioxidante: Endophytic bacteria and fungi associated with leaf blades of "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch and "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), "in nature" and "in vitro" plant : microbial diversity, metabolic potential and evaluation of antimicrobial and antioxidant activities.

Degree: 2020, Universidade Estadual de Campinas

URL: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/342885

► Abstract: Plants are considered ecological niches that have different environments with diverse associations such as rhizosphere (near the roots), philosopher (over plant tissues) and endosphere… (more)

▼ Abstract: Plants are considered ecological niches that have different environments with diverse associations such as rhizosphere (near the roots), philosopher (over plant tissues) and endosphere (inside the plant) and each part has its own community of microorganisms with their different functions. The endosphere works in association with other organisms where metabolic exchange with mutual benefit may occur. Plants of the Gesneriaceae Rich family. & Juss. ex DC. They are an interesting source of chemically diverse secondary metabolites with reports of extracts and some bioactive molecules (antioxidant, anti-inflammatory antimicrobial, analgesic and antiproliferative activity for tumor cell lines). However, few species of Sinningia Nees (Gesneriaceae) have been studied in chemical terms and the diversity of endophytic microorganisms associated with them and the impact of endophytes on biosynthesis of bioactive substances are not known. Thus, this work aimed to study, in a fresh and in vitro cultivated plant, the microbial diversity, the metabolic potential and the evaluation of the antimicrobial and antioxidant activities of methanolic extracts of bacteria and endophytic fungi associated with leaf blades of Sinningia magnifica (Otto & A. Dietr.) Wiehler, Sinningia schiffneri Fritsch and Sinningia speciosa (Lodd.) Hiern, Fyfiana Group (Gesneriaceae). For this we used different types of methodologies in a multidisciplinary study, which aimed to evaluate the microbial diversity in the same period of 3 different years, and for cultivable and isolated endophytes, analyzes were performed to determine communities of bacteria and endophytic fungi associated with the leaf blades of these three species of Sinningia. In addition, methanol extracts were obtained from plants in natura and from in vitro cultivated and from synthetic mixed cultures (co-cultures) between in vitro plants and isolated endophytic microorganisms from each plant species and also from co-cultures between endophytic microorganisms, evaluating impact on chromatographic profile, biosynthesis of secondary metabolites and bioactivity using chemical analyzes by UHPLC-ESI-MS/MS, using previously isolated standard substances from Sinningia species, and multivariate chemometric analyzes PCA and PLS-DA. The antioxidant potential (ORAC-FL assay) and antimicrobial (microdilution) potential of plant extracts (fresh and obtained in vitro), isolated cultivable endophytic microorganisms and in vitro endophyte plant co-cultures were evaluated. The microbial diversity results indicated that the endophytic communities present in the Sinningia species could be grouped into bacteria belonging to the phylum Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes and Proteobacteria and fungi associated with phylum Ascomycota, Basidiomycota and Chytridiomycota. As for the cultivable endophytic microorganisms isolated the results showed that the bacteria belong to the genera Curtobacterium, Methylobacterium, Pantoea, Stenotrophomonas and Xanthomonas, and the fungi to genera Cladosporium,… Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS (CRUESP), Salvador, Marcos José, 1971- (advisor), Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia (institution), Programa de Pós-Graduação em Biociências e Tecnologia de Produtos Bioativos (nameofprogram), Minatel, Elaine (committee member), Fantinatti-Garboggini, Fabiana (committee member), Stefanello, Maria Élida Alves (committee member), Almeida, Julieta Andrea Silva de (committee member).

Subjects/Keywords: Plantas; Sinningia; Diversidade microbiana; Atividade biológica; Plants; Sinningia; Microbial diversity; Biological activity

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APA (6^th Edition):

Hernández Tasco, Alvaro José, 1. (2020). Bactérias e fungos endofíticos associados às lâminas foliares de "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch e "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), planta "in natura" e "in vitro" : diversidade microbiana, potencial metabólico e avaliação das atividades antimicrobiana e antioxidante: Endophytic bacteria and fungi associated with leaf blades of "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch and "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), "in nature" and "in vitro" plant : microbial diversity, metabolic potential and evaluation of antimicrobial and antioxidant activities. (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/342885

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Hernández Tasco, Alvaro José, 1991-. “Bactérias e fungos endofíticos associados às lâminas foliares de "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch e "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), planta "in natura" e "in vitro" : diversidade microbiana, potencial metabólico e avaliação das atividades antimicrobiana e antioxidante: Endophytic bacteria and fungi associated with leaf blades of "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch and "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), "in nature" and "in vitro" plant : microbial diversity, metabolic potential and evaluation of antimicrobial and antioxidant activities.” 2020. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed January 16, 2021. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/342885.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Hernández Tasco, Alvaro José, 1991-. “Bactérias e fungos endofíticos associados às lâminas foliares de "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch e "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), planta "in natura" e "in vitro" : diversidade microbiana, potencial metabólico e avaliação das atividades antimicrobiana e antioxidante: Endophytic bacteria and fungi associated with leaf blades of "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch and "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), "in nature" and "in vitro" plant : microbial diversity, metabolic potential and evaluation of antimicrobial and antioxidant activities.” 2020. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Hernández Tasco, Alvaro José 1. Bactérias e fungos endofíticos associados às lâminas foliares de "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch e "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), planta "in natura" e "in vitro" : diversidade microbiana, potencial metabólico e avaliação das atividades antimicrobiana e antioxidante: Endophytic bacteria and fungi associated with leaf blades of "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch and "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), "in nature" and "in vitro" plant : microbial diversity, metabolic potential and evaluation of antimicrobial and antioxidant activities. [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2020. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/342885.

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Council of Science Editors:

Hernández Tasco, Alvaro José 1. Bactérias e fungos endofíticos associados às lâminas foliares de "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch e "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), planta "in natura" e "in vitro" : diversidade microbiana, potencial metabólico e avaliação das atividades antimicrobiana e antioxidante: Endophytic bacteria and fungi associated with leaf blades of "Sinningia magnifica" (Otto & A. Dietr.) Wiehler, "Sinningia schiffneri" Fritsch and "Sinningia speciosa" (Lodd.) Hiern (Gesneriaceae), "in nature" and "in vitro" plant : microbial diversity, metabolic potential and evaluation of antimicrobial and antioxidant activities. [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2020. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/342885

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Universidade Estadual de Campinas

9. Sierra Garcia, Isabel Natalia, 1984-. Investigation of the microbiota and processes involved in petroleum degradation in oil reservoirs : Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo: Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo.

Degree: 2016, Universidade Estadual de Campinas

URL: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/333609

► Abstract: Petroleum reservoirs are deep subsurface environments of global importance as energy resources and in biogeochemical cycles. Microorganisms living in petroleum reservoirs are able to… (more)

▼ Abstract: Petroleum reservoirs are deep subsurface environments of global importance as energy resources and in biogeochemical cycles. Microorganisms living in petroleum reservoirs are able to use petroleum hydrocarbons as carbon sources, leading to biodegradation and negatively affecting the quality and economic value of oil. Previous studies suggest that anaerobic microorganisms are responsible for in-reservoir oil biodegradation. However, little is known about the actual microbial diversity and metabolic processes involved in biodegradation, mainly because of the difficulty in recovering the complex microbial community present in such extreme environments. This work aimed to characterize the microbiota of two petroleum reservoir samples using culture-independent approaches and assess the anaerobic hydrocarbon degradation potential of the indigenous microorganisms under different physicochemical conditions. The study revealed clear differences in the phylogenetic diversity between the degraded (BA-1) and non-degraded (BA-2) oil samples based on the analysis of bacterial and archaeal 16S rRNA gene clone libraries. The taxonomic and functional differences were also evident in the metagenomic profiles of the two petroleum reservoir samples. The metagenome from the BA-1 sample showed high abundance of genes related with the anaerobic hydrocarbon degradation, methanogenesis and syntrophic associations, while the BA-2 sample showed abundance of aerobic hydrocarbon degradation genes. Correspondingly, a microbial anaerobic active consortium was successfully cultivated from the BA-1 oil sample capable of metabolizing the crude oil components to methane. Higher rates of methane production were observed at the lowest salinity and at the in situ reservoir temperature. Together, the highest salt concentration (120 gl-1) and temperature (70 ºC) tested showed to inhibit the methanogenic activity of the consortium. Data obtained demonstrate that crude oil can harbour an indigenous microbiota with the ability to degrade petroleum hydrocarbons predominantly via methanogenic metabolism. Results gathered herein, and the ongoing work, will help us to understand the potential roles of microbes in hydrocarbon biodegradation and how such organisms respond to the environmental conditions in the petroliferous subsurface. In addition, the unveiled potential of the BA-1 microbiota to convert oil components to methane has an important contribution to the petroleum industry, as methane might be the future for energy production from deep or depleted reservoirs Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS (CRUESP), Oliveira, Valeria Maia de, 1966- (advisor), Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia (institution), Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (nameofprogram), Araujo, Wellington Luiz de (committee member), Nakayama, Cristina Rossi (committee member), Andreote, Fernando Dini (committee member), Vicentini, Renato (committee member).

Subjects/Keywords: Petróleo; Biodegradação; Anaerobiose; Diversidade microbiana; Metagenômica; Petroleum; Biodegradation; Anaerobiosis; Microbial diversity; Metagenomics

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APA (6^th Edition):

Sierra Garcia, Isabel Natalia, 1. (2016). Investigation of the microbiota and processes involved in petroleum degradation in oil reservoirs : Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo: Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo. (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/333609

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Sierra Garcia, Isabel Natalia, 1984-. “Investigation of the microbiota and processes involved in petroleum degradation in oil reservoirs : Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo: Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo.” 2016. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed January 16, 2021. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/333609.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Sierra Garcia, Isabel Natalia, 1984-. “Investigation of the microbiota and processes involved in petroleum degradation in oil reservoirs : Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo: Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo.” 2016. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Sierra Garcia, Isabel Natalia 1. Investigation of the microbiota and processes involved in petroleum degradation in oil reservoirs : Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo: Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo. [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2016. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/333609.

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Council of Science Editors:

Sierra Garcia, Isabel Natalia 1. Investigation of the microbiota and processes involved in petroleum degradation in oil reservoirs : Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo: Investigação da microbiota e dos processos envolvidos na degradação de óleo em reservatórios de petróleo. [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2016. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/333609

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10. Lira, Évelyn Costa. Diversidade microbiana do trato genital feminino.

Degree: 2017, Universidade Federal do Amazonas

URL: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6756

► O papel da microbiota humana nos processos de saúde e doença tem recebido maior atenção devido à facilidade para a caracterização das comunidades microbianas utilizando… (more)

▼ O papel da microbiota humana nos processos de saúde e doença tem recebido maior atenção devido à facilidade para a caracterização das comunidades microbianas utilizando os métodos independentes de cultivo, que se baseiam na análise das regiões hipervariáveis do gene 16S rRNA. A microbiota vaginal é habitada por comunidades microbianas que exercem papel importantíssimo para a manutenção da homeostase vaginal e prevenção da colonização por microrganismos patogênicos, mas os mecanismos pelos quais exercem essa influência ainda não são tão bem definidos. Neste contexto, uma compreensão quanto a sua abundância relativa e variações é necessária para o reconhecimento de microrganismos patogênicos potenciais e de processos fisiológicos de proteção dessa microbiota. Este estudo avaliou a diversidade microbiana vaginal em quatro condições distintas: I. microbiota autóctone; II. Microbiota apresentando candidose vaginal; III. microbiota apresentando vaginose bacteriana e; IV. microbiota apresentando lesões pré-malignas e malignas do colo do útero. Amostras cervicais de 187 mulheres foram coletadas, caracterizadas e diagnosticadas a nível molecular quanto à presença de HPV, C. trachomatis, T. vaginalis e N. gonorrhoeae. Amostras HPV+ foram genotipadas em ABI 3500 e a co-infecção do HPV foi relacionada à presença dos outros patógenos e fatores sócio-econômicos e clínicos obtidos através do questionário preenchido pelas voluntárias. Análises de significância e associação foram realizadas através dos Testes Qui-Quadrado de Pearson, Exato de Fischer e Kruskal-Wallis utilizando o R 2.9.0. Após a composição dos grupos, foram montadas quatro bibliotecas de amplicons das regiões V1-V2 do gene 16S rRNA e, posteriormente sequenciadas em plataforma Ion PGM. As sequências geradas foram analisadas utilizando o QIIME e classificadas por comparação no banco Greengenes. A prevalência encontrada para HPV foi de 51,33% sendo que os tipos mais prevalentes foram HPV 16, 58 e 33. As prevalências encontradas para CT e TV foram de 6,42% e 12,83%, respectivamente, sendo observadas co-infecção HPV/CT em 5,20% e HPV/TV em 6,25% das mulheres. O DNA de N. gonorrhoeae não foi encontrado nas amostras. Quanto à estimativa da diversidade microbiana, o número de amostras sequenciado foi suficiente para garantir a cobertura da diversidade total encontrada. A abundância geral revelou predominância do gênero Lactobacillus nos quatro grupos de estudo, seguido pelos gêneros Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia entre os grupos estudados. A maior diversidade microbiana foi encontrada no grupo Vaginose, tendo como gêneros mais abundantes Prevotella, Shuttleworthia e Megasphaera, seguido pelo grupo Lesão, com abundância dos gêneros Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia. As diferenças a nível de espécie são extremamente necessárias para o entendimento do papel fisiológico da microbiota vaginal na manutenção do equilíbrio autóctone e de mecanismos patogênicos no desenvolvimento de doenças relacionadas à microbiota vaginal. Além disso, uma compreensão da… Advisors/Committee Members: Santos, Cristina Maria Borborema dos, 13692399200, http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4702577A8, Astolfi Filho, Spartaco, http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781849Y1, Santos, Cristina Maria Borborema dos, Saito, Daniel, Pereira, Juliana Vianna, Rocha, Danielle Albuquerque Pires, Marçal, Lorena Nacif, [email protected].

Subjects/Keywords: Diversidade microbiana; Vagina; Gene 16S rRNA; Bactéria; Ion PGM; CIÊNCIAS BIOLÓGICAS: MICROBIOLOGIA

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APA (6^th Edition):

Lira, �. C. (2017). Diversidade microbiana do trato genital feminino. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Amazonas. Retrieved from https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6756

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Lira, Évelyn Costa. “Diversidade microbiana do trato genital feminino.” 2017. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Amazonas. Accessed January 16, 2021. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6756.

MLA Handbook (7^th Edition):

Lira, Évelyn Costa. “Diversidade microbiana do trato genital feminino.” 2017. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Lira �C. Diversidade microbiana do trato genital feminino. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2017. [cited 2021 Jan 16]. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6756.

Council of Science Editors:

Lira �C. Diversidade microbiana do trato genital feminino. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2017. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6756

11. Queiroz, Luciano Lopes. Padrões de diversidade microbiana em sedimentos marinhos profundos influenciados por uma exsudação de asfalto.

Degree: Mestrado, Microbiologia, 2015, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-26082015-171953/ ;

► Sedimentos de mar profundo são ambientes estáveis e homogêneos, apesar disso, eles apresentam uma grande variedade de habitats disponíveis, possibilitando uma alta diversidade microbiana. A… (more)

▼ Sedimentos de mar profundo são ambientes estáveis e homogêneos, apesar disso, eles apresentam uma grande variedade de habitats disponíveis, possibilitando uma alta diversidade microbiana. A distribuição espacial dos micro-organismos é influenciada por fatores locais e regionais. Os fatores locais são associados à estrutura do ambiente e os fatores regionais, a limitação na dispersão dos micro-organismos que compõem as comunidades e eventos históricos que eventualmente podem modificar o ambiente. Eventos como a liberação de hidrocarbonetos das camadas mais profundas do sedimento para superfície podem alterar os padrões de distribuição espacial das comunidades microbianas, devido o aumento na disponibilidade de carbono e consequentemente selecionando as espécies capazes de degradá-los. Esses eventos são denominados de exsudações de asfalto e foram encontradas na região de estudo. Considerando a falta de conhecimento e a importância dos micro-organismos em sedimentos de mar profundo do oceano Atlântico Sul, o objetivo desse estudo foi compreender os padrões de diversidade microbiana nessas regiões e também investigar como o óleo proveniente da exsudação de asfalto influência as comunidades de micro-organismos no seu entorno. Esse estudo foi realizado na região do Platô de São Paulo que foi dividido em duas regiões, norte e sul. A diversidade microbiana foi estudada em 14 amostras de sedimento de mar profundo, nove amostras na região norte e cinco na sul. A exsudação de asfalto foi encontrada na região norte, influenciando diretamente três das nove amostras. As comunidades foram estudadas através dos métodos de eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE), PCR quantitativa (qPCR) e sequenciamento de última geração (Ion Torrent). A distribuição espacial das comunidades foi analisada em diferentes escalas espaciais: verticalmente, variando com a profundidade do sedimento (≤ 4 cm), localmente, em cada uma das regiões amostradas (1-34 Km) e regionalmente, comparando as regiões norte e sul (> 250 Km). O perfil da comunidade obtido com a técnica de DGGE mostrou que as comunidades microbianas foram menos similares entre as regiões e apresentaram relação com a distância geográfica para arqueia e bactéria. Os valores de similaridade foi maior localmente do que regionalmente. A similaridade obtida nas camadas de profundidade analisadas foi alta e não houve relação com a distância geográfica. O número de células entre as camadas de profundidades foi diferente, com tendência de diminuição com o aumento da profundidade. As classes bacterianas mais abundantes foram Alphaproteobacteria (30%), Acidimicrobiia (18%), Gammaproteobacteria (16%), Deltaproteobacteria e Gemmatimonadetes (3%). A composição das comunidades influenciadas pela exsudação de asfalto não teve relação com a presença do óleo ou com as camadas de profundidade. A distância geográfica e a exsudação de asfalto foram importantes fatores para determinação da distribuição geográfica das comunidades microbianas em sedimento marinhos profundos do Platô de São… Advisors/Committee Members: Pellizari, Vivian Helena.

Subjects/Keywords: Asphalt seep; Deep-sea; Diversidade microbiana; Exsudação de asfalto; Mar profundo; Microbial diversity; Oceano Atlântico Sul; Sediment; Sedimento; South Atlantic Ocean

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APA (6^th Edition):

Queiroz, L. L. (2015). Padrões de diversidade microbiana em sedimentos marinhos profundos influenciados por uma exsudação de asfalto. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-26082015-171953/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Queiroz, Luciano Lopes. “Padrões de diversidade microbiana em sedimentos marinhos profundos influenciados por uma exsudação de asfalto.” 2015. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-26082015-171953/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Queiroz, Luciano Lopes. “Padrões de diversidade microbiana em sedimentos marinhos profundos influenciados por uma exsudação de asfalto.” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Queiroz LL. Padrões de diversidade microbiana em sedimentos marinhos profundos influenciados por uma exsudação de asfalto. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-26082015-171953/ ;.

Council of Science Editors:

Queiroz LL. Padrões de diversidade microbiana em sedimentos marinhos profundos influenciados por uma exsudação de asfalto. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2015. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-26082015-171953/ ;

12. Lima, Felipe Rezende de. Caracterização da comunidade bacteriana da bacia do Rio Tietê por métodos independentes de cultivo.

Degree: Mestrado, Microbiologia, 2015, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-06102015-201159/ ;

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O Brasil é um dos países com a maior biodiversidade do mundo, embora existam ainda poucos estudos sobre a biodiversidade microbiana dulcícola, assim, o objetivo… (more)

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O Brasil é um dos países com a maior biodiversidade do mundo, embora existam ainda poucos estudos sobre a biodiversidade microbiana dulcícola, assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade e estrutura das comunidades bacterianas presentes no corpo e afluentes do Rio Tietê e relacioná-las às variáveis ambientais. Foram obtidos 385 fragmentos terminais de restrição representando a temporada de estiagem em 2013 e 217 TRFs representando a temporada de cheias em 2014. As análises de Redundância (RDA) apresentaram separação entre as amostras de acordo com o período de coleta seguida da qualidade da água de origem e a temporada 2013 apresentou maior riqueza e diversidade com relação à 2014. Já a técnica de sequenciamento por MiSeq Illumina, apresentou 2.130.122 sequências com boa qualidade e o parâmetro temperatura representou a principal variável ambiental agindo sobre a riqueza das comunidades avaliadas, além disso, a localização geográfica dos rios e suas conexões representaram fatores importantes para a distribuição dos gêneros observados.

Brazil is considered one of the countries with the highest biodiversity; however, there are few studies on microbial diversity in freshwaters. Thereby, the aim of present work was to evaluate the diversity and structure of bacterial community present in Tietê river and its tributaries, for that, 28 points along Tietê River Basin were evaluated by T-RFLP and 14 points were chosen based on these results for partial sequencing of rRNA 16S gene by MiSeq Illumina. 385 Terminal Restriction Fragments were obtained for season 2013 and 217 for 2014 and Redundancy Analysis presented separation between samples according to seasons followed by water quality group separation. Season 2013 presented higher richness and diversity compared to season 2014 and high throughput sequencing presented 2.130.122 sequences with good quality. Temperature parameter represented the main environmental variable acting on the richness of assessed communities, in addition, the geographic location of the rivers and their connections were important factors for the distribution of observed genera.

Advisors/Committee Members: Araujo, Welington Luiz de.

Subjects/Keywords: Aquatic microbiota; Bacterial diversity; Diversidade bacteriana; Ecologia microbiana; Microbial ecology; Microbiota aquática; Rio Tietê; Tietê River

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APA (6^th Edition):

Lima, F. R. d. (2015). Caracterização da comunidade bacteriana da bacia do Rio Tietê por métodos independentes de cultivo. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-06102015-201159/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Lima, Felipe Rezende de. “Caracterização da comunidade bacteriana da bacia do Rio Tietê por métodos independentes de cultivo.” 2015. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-06102015-201159/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Lima, Felipe Rezende de. “Caracterização da comunidade bacteriana da bacia do Rio Tietê por métodos independentes de cultivo.” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Lima FRd. Caracterização da comunidade bacteriana da bacia do Rio Tietê por métodos independentes de cultivo. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-06102015-201159/ ;.

Council of Science Editors:

Lima FRd. Caracterização da comunidade bacteriana da bacia do Rio Tietê por métodos independentes de cultivo. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2015. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-06102015-201159/ ;

13. Domingues, Mercia Regina. Investigação sobre a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com clorofenóis.

Degree: PhD, Hidráulica e Saneamento, 2007, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-01122008-165904/ ;

► Este trabalho investigou a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com pentaclorofenol (PCP)… (more)

▼ Este trabalho investigou a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com pentaclorofenol (PCP) e 2,6-diclorofenol (2,6-DCP). Para tanto foram construídas bibliotecas genômicas e utilizados métodos moleculares independentes de cultivo como a Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE) e o seqüenciamento de segmentos específicos do DNAr 16S microbiano. Os resultados da DGGE permitiram verificar alterações na estrutura das comunidades microbianas, as quais provavelmente ocorreram devido às adversidades ocorridas nos sistemas durante o período de incubação como a entrada de oxigênio nos frascos e o acúmulo de compostos clorados no meio de cultivo, principalmente o 2,6-DCP. A estimativa da diversidade beta, realizada pela comparação dos padrões de bandas da DGGE, também permitiu inferir que as alterações nas composições das comunidades de arquéias e bactérias foram devidas às duas estratégias empregadas para o enriquecimento da microbiota autóctone do estuário estudado, ou seja, a pasteurização/não pasteurização das amostras de sedimentos estuarinos. Os resultados das análises filogenéticas revelaram que as seqüências analisadas dos clones bacterianos foram relacionadas ao grupo das bactérias Gram-positivas com baixo conteúdo de G+C pertencentes à Ordem Clostridiales (100%) do Filo Firmicutes e as das arquéias relacionadas ao grupo das metanogênicas pertencentes às Ordens Methanobacteriales (7,1%), Methanosarcinales (14,3%), Methanomicrobiales (57,1%) e arquéias não identificadas (21,4%) do Filo Euryarchaeota. Em relação às bactérias, alguns clones foram identificados como pertencentes aos gêneros Sedimentibacter, Clostridium e Alkalibacter, os quais são representados por microrganismos que apresentam metabolismo fermentativo e requerem a presença de extrato de levedura para o crescimento. Provavelmente as bactérias analisadas neste trabalho fermentaram a glicose e o piruvato, os quais foram utilizados como doadores de elétrons, com conseqüente produção de lactato, etanol, butirato, acetato, formiato e hidrogênio/gás carbônico, que podem ter sido utilizados por outros grupos de microrganismos no processo global da digestão anaeróbia. Tais bactérias foram importantes para o processo global de degradação dos clorofenóis, pois também utilizaram como doadores de elétrons os produtos parcialmente degradados por outras bactérias fazendo com que não houvesse acúmulo desses compostos no sistema. Enquanto que algumas arquéias foram relacionadas a organismos hidrogenotróficos pertencentes aos gêneros Methanoculleus e Methanocalculus, Methanobacterium, e acetotróficos do gênero Methanosaeta, as quais utilizaram como substratos para a metanogênese os subprodutos da fermentação bacteriana, ou seja, o \'H IND.2\'/\'CO IND.2\', o formiato e o acetato, contribuindo assim para a manutenção do equilíbrio das demais reações ocorridas no sistema. Desta forma, os dados obtidos neste trabalho poderão auxiliar na compreensão do… Advisors/Committee Members: Vazoller, Rosana Filomena.

Subjects/Keywords: Anaerobic microorganisms; Bibliotecas genômicas; DGGE; Diversidade microbiana; Estuarine sediment; Genomic library; Microbial diversity; Microrganismos anaeróbios; Phylogenetic relations; Relações filogenéticas; Sedimento estuarino

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APA (6^th Edition):

Domingues, M. R. (2007). Investigação sobre a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com clorofenóis. (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-01122008-165904/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Domingues, Mercia Regina. “Investigação sobre a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com clorofenóis.” 2007. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-01122008-165904/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Domingues, Mercia Regina. “Investigação sobre a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com clorofenóis.” 2007. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Domingues MR. Investigação sobre a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com clorofenóis. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2007. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-01122008-165904/ ;.

Council of Science Editors:

Domingues MR. Investigação sobre a diversidade microbiana e a filogenia de arquéias e bactérias em consórcios anaeróbios metanogênicos, originados de sedimentos estuarinos enriquecidos com clorofenóis. [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2007. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-01122008-165904/ ;

14. Janaina Fernandes de Araújo. Diversidade bacteriana do solo em diferentes fitofionomias do bioma cerrado e perspectivas biotecnológica.

Degree: 2011, Universidade Católica de Brasilia

URL: http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=1387

► O bioma Cerrado é considerado um hotspot da biodiversidade. Sua área ocupa grande parte do território brasileiro, sendo o segundo maior bioma em extensão. Apresenta… (more)

▼ O bioma Cerrado é considerado um hotspot da biodiversidade. Sua área ocupa grande parte do território brasileiro, sendo o segundo maior bioma em extensão. Apresenta diferentes fitofisionomias que compreendem desde formações campestres até formações florestais, dentre as quais estão: campo sujo, cerrado sensu stricto, cerrado denso e mata de galeria. Vários estudos vêm sendo desenvolvidos sobre a diversidade e heterogeneidade de plantas e animais, porém a diversidade microbiana do solo das diferentes fitofisionomias é pouco conhecida. Estudos de ecologia microbiana são limitados pela dificuldade de se identificar os micro-organismos, entretanto, técnicas moleculares, baseadas na caracterização dos ácidos nucléicos, têm sido adotadas para investigação das comunidades microbianas do solo, incluindo as espécies não cultiváveis. A microbiota do solo é essencial em vários ciclos biogeoquímicos e permite o crescimento da vegetação, sendo a principal responsável pela decomposição da matéria orgânica e, por essa razão, é muito importante a geração de conhecimentos sobre as comunidades microbianas do solo do Cerrado. As comunidades bacterianas do solo de diferentes fitofisionomias do Cerrado foram analisadas por meio de técnicas moleculares: Análise do Espaço Intergênico Ribosomal (RISA), o Polimorfismo do Comprimento de Fragmentos de Restrição Terminal (T-RFLP), sequenciamento de bibliotecas de clones 16S rDNA e pirosequenciamento. Amostras compostas de solo foram coletadas em áreas de campo sujo, cerrado sensu stricto, cerrado denso e de mata de galeria. O filo Acidobacteria é dominante no solo do Cerrado, seguido por Proteobacteria. Os resultados de todas as técnicas moleculares utilizadas nesta pesquisa mostram que as comunidades bacterianas de cerrado sensu stricto e cerrado denso são muito semelhantes entre si, que campo sujo forma um grupo separado e mata de galeria apresenta uma comunidade bacteriana mais distinta e com maior diversidade. Os dados obtidos sugerem que as diferenças entre as comunidades bacterianas de cada fitofisionomia estão relacionadas com as propriedades físico-químicas do solo e cobertura vegetal. A versatilidade da microbiota do solo também é muito importante para fins biotecnológicos, pois os micro-organismos do solo têm sido a fonte de novos produtos, incluindo antibióticos e produção de enzimas. Foi isolada uma bactéria do solo de Cerrado pertencente ao gênero Paenibacillus e a cepa foi denominada de AC13MS/D. Foi verificada a presença de atividade antimicrobiana. A identificação e diferenciação de AC13MS/D foi realizada pelas seguintes metodologias: análise quantitativa e qualitativa da composição de ácidos graxos da parede celular (FAME), análise do espaço intergênico ribosomal (RISA), a identificação randômica do polimorfismo de DNA amplificado (RAPD), análises da sequência do gene rpoB, hibridização DNA:DNA e sequenciamento de genomas. Os resultados indicaram uma homologia acima de 70%, limite geralmente aceito para delineação de espécie, com a cepa de P. elgii LMG 24465. A partir desse… Advisors/Committee Members: Ricardo Henrique Kruger.

Subjects/Keywords: diversidade biológica; solos análise; ecologia microbiana; biotecnologia; GENETICA; cerrado; soil bacterial diversity; pirosequencing; 16s rdna; microbial ecology; paenibacillus; antimicrobial activity.; GENETICA

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APA (6^th Edition):

Araújo, J. F. d. (2011). Diversidade bacteriana do solo em diferentes fitofionomias do bioma cerrado e perspectivas biotecnológica. (Masters Thesis). Universidade Católica de Brasilia. Retrieved from http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=1387

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Araújo, Janaina Fernandes de. “Diversidade bacteriana do solo em diferentes fitofionomias do bioma cerrado e perspectivas biotecnológica.” 2011. Masters Thesis, Universidade Católica de Brasilia. Accessed January 16, 2021. http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=1387.

MLA Handbook (7^th Edition):

Araújo, Janaina Fernandes de. “Diversidade bacteriana do solo em diferentes fitofionomias do bioma cerrado e perspectivas biotecnológica.” 2011. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Araújo JFd. Diversidade bacteriana do solo em diferentes fitofionomias do bioma cerrado e perspectivas biotecnológica. [Internet] [Masters thesis]. Universidade Católica de Brasilia; 2011. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=1387.

Council of Science Editors:

Araújo JFd. Diversidade bacteriana do solo em diferentes fitofionomias do bioma cerrado e perspectivas biotecnológica. [Masters Thesis]. Universidade Católica de Brasilia; 2011. Available from: http://www.bdtd.ucb.br/tede/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=1387

Universidade Estadual de Campinas

15. De Souza, Rafael Soares Correa, 1988-. O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities .

Degree: 2018, Universidade Estadual de Campinas

URL: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/335219

► Abstract: Plants establish beneficial association with bacterial and fungal communities that directly impact on its growth by modulating important biological processes, such as nutrient acquisition,… (more)

▼ Abstract: Plants establish beneficial association with bacterial and fungal communities that directly impact on its growth by modulating important biological processes, such as nutrient acquisition, resistance to pathogens and stress tolerance. Despite the recent advances in mapping the functional and phylogenetic diversity of plant-associated microorganisms, our knowledge about plant-microbe interaction remains restricted to a few microbial groups and specific plant growth-promoting functions. Thus, it is essential to develop new approaches that allow the study of the microbial diversity and uncover new functions related to plant growth. In this work, we adopted an approach based on mapping the structure, diversity and colonization pattern of the microbial community associated with sugarcane in order to identify new groups with plant growth-promoting activities. The structure and diversity of the bacterial and fungal communities associated with the internal (endophytic) and external (exophytic) compartments of root, stalk and leaf of sugarcane organs were assessed by massive sequencing of the ribosomal genes from microbiome samples of plants in different stages of development cultivated in soil. We found a microbial richness composed of 23,811 bacterial OTUs (operational taxonomic units) and 11,727 fungal OTUs. We identified bacterial and fungal core communities composed of less than 20% of the total microbial richness but accounting for over 90% of the total microbial relative abundance. Interestingly, we have found that most of these microbial groups have not been studied yet regarding to their role in association with plants. In order to investigate the core microbiome in plant growth, we created a microbial culture collection from sugarcane microbiome. To isolate a representative set of the microbial community from the sugarcane, we developed an isolation approach based on picking non-confluent colonies from primary platings regardless of whether they comprise single or multiple microorganisms, therefore, allowing culturing communities instead of solely pure colonies. Additionally, we created a multiplex sequencing method using the PacBio platform (Pacific Biosciences) to identify isolated communities. This technique was applied in the identification of more than two thousand communities of bacteria isolated from sugarcane organs. Our culture collection contains microbial representatives from groups whose relative abundance in sugarcane sum for 15.9% to 65.3% in rhizosphere and stalks of sugarcane, respectively. By cross-referencing the sugarcane microbiome profile and the culture collection isolate identification, we designed a synthetic community comprised of naturally occurring highly abundant bacterial groups from roots and stalks, most of which has been poorly explored so far. When inoculated in maize plants, members of the synthetic community efficiently colonized plant organs, displaced the natural microbiota and dominated at 53.9% of the rhizosphere microbial abundance. As a result, inoculated plants… Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS (CRUESP), Arruda, Paulo, 1952- (advisor), Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia (institution), Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (nameofprogram), Ferro, Jesus Aparecido (committee member), Hemerly, Adriana Silva (committee member), Riaño-Pachón, Diego Mauricio (committee member), Kitajima, João Paulo (committee member).

Subjects/Keywords: Microbiota; Comunidades microbianas; Diversidade microbiana; Crescimento (Plantas); Cana-de-açúcar; Microbiota; Microbial communities; Microbial diversity; Growth (Plants); Sugarcane

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APA (6^th Edition):

De Souza, Rafael Soares Correa, 1. (2018). O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities . (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/335219

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

De Souza, Rafael Soares Correa, 1988-. “O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities .” 2018. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed January 16, 2021. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/335219.

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MLA Handbook (7^th Edition):

De Souza, Rafael Soares Correa, 1988-. “O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities .” 2018. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

De Souza, Rafael Soares Correa 1. O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities . [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2018. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/335219.

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Council of Science Editors:

De Souza, Rafael Soares Correa 1. O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities . [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2018. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/335219

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16. GeÃrgia Barguil Colares. Diversidade e estrutura de comunidades microbianas associadas Ã rizosfera de Rhyzophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, zona leste da costa cearense.

Degree: Master, 2010, Universidade Federal do Ceará

URL: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6987 ;

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Os manguezais sÃo ecossistemas costeiros que ocorrem em regiÃes de clima tropical e subtropical, sujeitos a aÃÃo das marÃs. SÃo regiÃes de extrema importÃncia para… (more)

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Os manguezais sÃo ecossistemas costeiros que ocorrem em regiÃes de clima tropical e subtropical, sujeitos a aÃÃo das marÃs. SÃo regiÃes de extrema importÃncia para a reproduÃÃo de espÃcies, atuam como aparadores da linha da costa e possuem espÃcies vegetais endÃmicas, conhecidas como mangue. Os manguezais geralmente sÃo Ãreas bastante populosas, estando sujeitos a diversos impactos antrÃpicos, como a descarga de esgotos nÃo-tratados, o desmatamento das espÃcies vegetais e assoreamento dos rios. Esses impactos afetam as populaÃÃes de animais, vegetais e de micro-organismos habitantes dessas Ãreas, acarretando uma perda de diversidade desses organismos. Os micro-organismos do solo dos manguezais representam uma considerÃvel parcela das atividades de ciclagem de nutrientes e decomposiÃÃo de detritos, tendo fundamental importÃncia para o equilÃbrio dos ecossistemas. Entretanto, estudos de diversidade e estrutura dessas comunidades de micro-organismos em solos de manguezais sÃo ainda escassos pela dificuldade de cultivo desses seres em laboratÃrio. Com o avanÃo da biologia molecular, suas tÃcnicas de estudo de diversidade utilizando o gene do rRNA 16S, houve a oportunidade de se estudar comunidades microbianas que nÃo seriam acessadas por mÃtodos de cultivos tradicionais. Deste modo, este estudo visa investigar a estrutura e a diversidade das comunidades microbianas do solo da rizosfera de Rhizophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, localizado na regiÃo metropolitana de Fortaleza, atravÃs da tÃcnica de Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE), assim podendo obter perfis de diversidade e caracterizar as comunidades microbianas habitantes do manguezal, compararando os dados obtidos com as variÃveis ambientais e caracterÃsticas do solo. Os resultados mostraram que as comunidades microbianas de solos do manguezal sÃo semelhantes em nÃmero de UTOs, mas diferem em composiÃÃo. As variÃveis fÃsico-quÃmicas e as caracterÃsticas do solo sÃo responsÃveis pelas diferenÃas na composiÃÃo e estrutura das comunidades microbianas, apesar de que o efeito rizosfÃrico determina a ocorrÃncia de muitas UTOs em comum entre os diferentes pontos de coleta. As anÃlises de diversidade das comunidades mostraram que estas estÃo em equilÃbrio por nÃo haver dominÃncia de UTOs e por apresentarem similaridades entre os pontos e perÃodos analisados. Em conclusÃo, os solos da rizosfera de Rhizophora mangle do manguezal do Rio Pacoti abrigam comunidades microbianas diversas, em equilÃbrio, que diferem em estrutura e composiÃÃo

Mangroves are coastal ecosystems which occur in tropical and subtropical regions, subjected to tidal action. These ecosystems are very important for species reproduction and act as shoreline protectors. Mangroves are usually highly populated areas and are exposed to various human impacts, such as the discharge of untreated sewage, deforestation and river silting. These impacts affect populations of animals, plants and microorganisms that inhabit these areas, causing a loss of diversity. The mangrove soil…

Advisors/Committee Members: VÃnia Maria Maciel Melo, Rodrigo Maggioni.

Subjects/Keywords: ECOLOGIA; Manguezal; Rio Pacoti; Solo; Diversidade microbiana; rDNA 16S; DGGE; Mangrove; Pacoti River; Soil; Microbial diversity; rDNA 16S; DGGE

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APA (6^th Edition):

Colares, G. B. (2010). Diversidade e estrutura de comunidades microbianas associadas Ã rizosfera de Rhyzophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, zona leste da costa cearense. (Masters Thesis). Universidade Federal do Ceará. Retrieved from http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6987 ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Colares, GeÃrgia Barguil. “Diversidade e estrutura de comunidades microbianas associadas Ã rizosfera de Rhyzophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, zona leste da costa cearense.” 2010. Masters Thesis, Universidade Federal do Ceará. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6987 ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Colares, GeÃrgia Barguil. “Diversidade e estrutura de comunidades microbianas associadas Ã rizosfera de Rhyzophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, zona leste da costa cearense.” 2010. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Colares GB. Diversidade e estrutura de comunidades microbianas associadas Ã rizosfera de Rhyzophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, zona leste da costa cearense. [Internet] [Masters thesis]. Universidade Federal do Ceará 2010. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6987 ;.

Council of Science Editors:

Colares GB. Diversidade e estrutura de comunidades microbianas associadas Ã rizosfera de Rhyzophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, zona leste da costa cearense. [Masters Thesis]. Universidade Federal do Ceará 2010. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6987 ;

Technical University of Lisbon

17. Duarte, Ana Lúcia Miranda. Changes in the feline gut microbiota associated to Toxocara cati infections.

Degree: 2018, Technical University of Lisbon

URL: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:www.repository.utl.pt:10400.5/15794

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Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária

Investigations of the relationships between the gut microbiota and gastrointestinal parasitic nematodes are attracting growing interest by the… (more)

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Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária

Investigations of the relationships between the gut microbiota and gastrointestinal parasitic nematodes are attracting growing interest by the scientific community. These studies have however been carried out mainly in humans and experimental animals, while knowledge of the make-up of the gut commensal microbiota in presence or absence of infection by parasitic nematodes in domestic animals is limited. In this study, we investigate the qualitative and quantitative impact that infections by a widespread parasite of cats (i.e. Toxocara cati) exert on the gut microbiota of feline hosts. The faecal microbiota of cats with patent infection by T. cati (= Tc+), as well as that of negative controls (= Tc-) was examined via high-throughput sequencing of the V3-V4 hypervariable region of the bacterial 16S rRNA gene, followed by bioinformatics and biostatistical analyses of sequence data. A total of 2,325,366 useable high-quality sequences were generated from the faecal samples analysed in this study and subjected to further bioinformatics analyses, which led to the identification of 128 OTUs and nine bacterial phyla, respectively. The phylum Firmicutes was predominant in all samples analysed (mean of 53.0%), followed by the phyla Proteobacteria (13.8%), Actinobacteria (13.7%) and Bacteroidetes (10.1%). Among others, bacteria of the order Lactobacillales, the family Enterococcaceae and genera Enterococcus and Dorea showed a trend towards increased abundance in Tc+ compared with Tc- samples, while no significant differences in OTU richness and diversity were recorded between Tc+ and Tcsamples (P = 0.485 and P = 0.581, respectively). However, Canonical Correlation and Redundancy Analyses were able to separate samples by infection status (P = 0.030 and P = 0.015, respectively), which suggests a correlation between the latter and the composition of the feline faecal microbiota.

RESUMO - Alterações na microbiota intestinal felina associadas a infecções por Toxocara cati - A investigação das interações entre a microbiota intestinal e os nematodes intestinais tem vindo a atrair o interesse da comunidade cientifica. No entanto, a maioria destes estudos tem sido desenvolvida em humanos e animais de laboratório, e deste modo o conhecimento da composição da microbiota comensal do intestino na presença de nematodes intestinais é reduzido. Neste estudo, foi investigado o impacto qualitativo e quantitativo da infeção pelo parasita comum dos gatos (i.e. Toxocara cati) na microbiota intestinal do hospedeiro felino. A microbiota fecal de gatos com infeção patente por T. cati (Tc+), bem como controlos negativos (Tc-) foi avaliada através de sequenciação de alto débito da região hiper-variável V3-V4 do gene 16S, seguido de análise bioinformática e bioestatística. Das amostras fecais incluídas no estudo foram obtidas um total de 2 325 366 sequências de alta qualidade e sujeitas a analise bioinformática, o que levou à identificação de 128 OTUs e nove filos bacterianos. O filo…

Advisors/Committee Members: Cantacessi, Cinzia, Carvalho, Luís Manuel Madeira de.

Subjects/Keywords: Gut microbiota; Cat; Toxocara cati; Lactobacilli; Microbial richness and diversity; 16S rRNA; Microbiota intestinal; gato; Riqueza e diversidade microbiana

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APA (6^th Edition):

Duarte, A. L. M. (2018). Changes in the feline gut microbiota associated to Toxocara cati infections. (Thesis). Technical University of Lisbon. Retrieved from https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:www.repository.utl.pt:10400.5/15794

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Duarte, Ana Lúcia Miranda. “Changes in the feline gut microbiota associated to Toxocara cati infections.” 2018. Thesis, Technical University of Lisbon. Accessed January 16, 2021. https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:www.repository.utl.pt:10400.5/15794.

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MLA Handbook (7^th Edition):

Duarte, Ana Lúcia Miranda. “Changes in the feline gut microbiota associated to Toxocara cati infections.” 2018. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Duarte ALM. Changes in the feline gut microbiota associated to Toxocara cati infections. [Internet] [Thesis]. Technical University of Lisbon; 2018. [cited 2021 Jan 16]. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:www.repository.utl.pt:10400.5/15794.

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Council of Science Editors:

Duarte ALM. Changes in the feline gut microbiota associated to Toxocara cati infections. [Thesis]. Technical University of Lisbon; 2018. Available from: https://www.rcaap.pt/detail.jsp?id=oai:www.repository.utl.pt:10400.5/15794

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18. Araújo, Solange Pires de. Produção de inóculo microbiano, obtido de macrófitas aquáticas na Amazônia, com potencial de degradação de hidrocarbonetos de petróleo.

Degree: 2014, Universidade Federal do Amazonas

URL: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4307

► A Amazônia, detentora da maior fauna e flora do mundo apresenta riqueza inigualável de diversidade biológica, entretanto, manter intacta essa megadiversidade requer conhecimentos científicos e… (more)

▼ A Amazônia, detentora da maior fauna e flora do mundo apresenta riqueza inigualável de diversidade biológica, entretanto, manter intacta essa megadiversidade requer conhecimentos científicos e tecnológicos. Nesse contexto, situa-se uma importante ferramenta biotecnológica que é a biorremediação de ambientes impactados por hidrocarbonetos de petróleo e derivados. No presente trabalho realizou-se estudo de amostras das comunidades microbianas de fungos e bactérias associadas às macrófitas aquáticas Eichornia crassipes (Mart.) Solms, Ichnanthus calvescens Döll e Cyperus ligularis L. Essas plantas hospedeiras comuns nas águas do rio Negro foram coletadas em ambientes contaminados por petróleo e derivados na Estação Hidroviária de Manaus. Das espécies vegetais selecionadas foram isoladas 155 linhagens de bactérias, sendo 97 epifíticas e 58 endofíticas e 54 cepas de fungos, sendo 30 epifíticos e 24 endofíticos. Foram empregados meio seletivo para isolamento dos microrganismos tal como meio liquido BH (Bushhnell Haas) acrescido de petróleo. O petróleo e o diesel utilizados foram provenientes da Base Petrolífera de Urucu, Amazonas. Os ensaios de biodegradabilidade foram realizados em meio seletivo (BH), com a adição de petróleo como fonte de carbono denominado Meio I. Este ensaio foi repetido com a adição ao meio I do indicador redox 2,6-diclorofenol indofenol (DCPIP), denominado meio II. Após a avaliação dos isolados microbianos foram selecionados 6 bactérias e 7 fungos. A identificação molecular das bactérias foi realizada por meio da região do DNA ribossomal 16S e revelou a presença de Bacillus pumilus (Endofítica/epifítica), Lysinibacillus fusiformes (Epifítica), Pseudomonas aeruginosa (Epifítica) e Acinetobacter junii (Epifítica/epifítica). A identificação molecular dos fungos foi realizada por meio da região TS1 e ITS2 e revelou a presença das seguintes espécies: Curvularia trifolii (epifítica), Curvularia clavata (endofítica/epifítica), Gibberella intermedia (epifítica/endofitica), Phoma herbarum (epifítica) e Dothideomycetes sp (epifítica). Estes microrganismos foram selecionados para composição do consórcio microbianos que foram utilizados em ensaios de biodegradação de hidrocarbonetos. A mensuração das atividades de biodegradação de petróleo e diesel foi estimada por cromatografia e espectrometria de massa. Nos ensaios utilizou-se água do rio Negro com o objetivo de aproximar a pesquisa ao ambiente de estudo. A degradação dos hidrocarbonetos pelos consócios de fungos e bactérias apresentaram médias significativas (98,7-100%), mas não apresentaram diferenças estatísticas entre a degradação do controle contendo água do rio Negro (97,3%). No experimento com o consórcio misto (F/B), houve diferenças significativas, pois embora o controle contendo água do rio Negro tenha promovido degradação do diesel pela microbiota selvagem (81,7%), esta degradação foi inferior e diferente estatisticamente do consórcio misto (97,5%). Foram realizadas análises de degradação dos compostos naftaleno e fenantreno do óleo diesel pelos… Advisors/Committee Members: Pereira, José Odair, 742.680.238-87, http://lattes.cnpq.br/5559640659851194, Batista, Ieda Hortêncio, 474.211.182-68, http://lattes.cnpq.br/5290529604475961.

Subjects/Keywords: Diversidade microbiana; Diodegradação; Consórcio microbiano; Biodiversidade Amazônica; Microbial diversity; Biodegradation; Microbial consortium; Amazon biodiversity; CIÊNCIAS BIOLÓGICAS

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Araújo, S. P. d. (2014). Produção de inóculo microbiano, obtido de macrófitas aquáticas na Amazônia, com potencial de degradação de hidrocarbonetos de petróleo. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Amazonas. Retrieved from http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4307

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Araújo, Solange Pires de. “Produção de inóculo microbiano, obtido de macrófitas aquáticas na Amazônia, com potencial de degradação de hidrocarbonetos de petróleo.” 2014. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Amazonas. Accessed January 16, 2021. http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4307.

MLA Handbook (7^th Edition):

Araújo, Solange Pires de. “Produção de inóculo microbiano, obtido de macrófitas aquáticas na Amazônia, com potencial de degradação de hidrocarbonetos de petróleo.” 2014. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Araújo SPd. Produção de inóculo microbiano, obtido de macrófitas aquáticas na Amazônia, com potencial de degradação de hidrocarbonetos de petróleo. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2014. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4307.

Council of Science Editors:

Araújo SPd. Produção de inóculo microbiano, obtido de macrófitas aquáticas na Amazônia, com potencial de degradação de hidrocarbonetos de petróleo. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2014. Available from: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4307

Universidade Estadual de Campinas

19. De Souza, Rafael Soares Correa, 1988-. O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities .

Degree: 2018, Universidade Estadual de Campinas

URL: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/352041

► Abstract: Plants establish beneficial association with bacterial and fungal communities that directly impact on its growth by modulating important biological processes, such as nutrient acquisition,… (more)

▼ Abstract: Plants establish beneficial association with bacterial and fungal communities that directly impact on its growth by modulating important biological processes, such as nutrient acquisition, resistance to pathogens and stress tolerance. Despite the recent advances in mapping the functional and phylogenetic diversity of plant-associated microorganisms, our knowledge about plant-microbe interaction remains restricted to a few microbial groups and specific plant growth-promoting functions. Thus, it is essential to develop new approaches that allow the study of the microbial diversity and uncover new functions related to plant growth. In this work, we adopted an approach based on mapping the structure, diversity and colonization pattern of the microbial community associated with sugarcane in order to identify new groups with plant growth-promoting activities. The structure and diversity of the bacterial and fungal communities associated with the internal (endophytic) and external (exophytic) compartments of root, stalk and leaf of sugarcane organs were assessed by massive sequencing of the ribosomal genes from microbiome samples of plants in different stages of development cultivated in soil. We found a microbial richness composed of 23,811 bacterial OTUs (operational taxonomic units) and 11,727 fungal OTUs. We identified bacterial and fungal core communities composed of less than 20% of the total microbial richness but accounting for over 90% of the total microbial relative abundance. Interestingly, we have found that most of these microbial groups have not been studied yet regarding to their role in association with plants. In order to investigate the core microbiome in plant growth, we created a microbial culture collection from sugarcane microbiome. To isolate a representative set of the microbial community from the sugarcane, we developed an isolation approach based on picking non-confluent colonies from primary platings regardless of whether they comprise single or multiple microorganisms, therefore, allowing culturing communities instead of solely pure colonies. Additionally, we created a multiplex sequencing method using the PacBio platform (Pacific Biosciences) to identify isolated communities. This technique was applied in the identification of more than two thousand communities of bacteria isolated from sugarcane organs. Our culture collection contains microbial representatives from groups whose relative abundance in sugarcane sum for 15.9% to 65.3% in rhizosphere and stalks of sugarcane, respectively. By cross-referencing the sugarcane microbiome profile and the culture collection isolate identification, we designed a synthetic community comprised of naturally occurring highly abundant bacterial groups from roots and stalks, most of which has been poorly explored so far. When inoculated in maize plants, members of the synthetic community efficiently colonized plant organs, displaced the natural microbiota and dominated at 53.9% of the rhizosphere microbial abundance. As a result, inoculated plants… Advisors/Committee Members: UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS (CRUESP), Arruda, Paulo, 1952- (advisor), Universidade Estadual de Campinas. Instituto de Biologia (institution), Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular (nameofprogram), Ferro, Jesus Aparecido (committee member), Hemerly, Adriana Silva (committee member), Riaño-Pachón, Diego Mauricio (committee member), Kitajima, João Paulo (committee member).

Subjects/Keywords: Microbiota; Comunidades microbianas; Diversidade microbiana; Crescimento (Plantas); Cana-de-açúcar; Microbiota; Microbial communities; Microbial diversity; Growth (Plants); Sugarcane

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De Souza, Rafael Soares Correa, 1. (2018). O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities . (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/352041

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

De Souza, Rafael Soares Correa, 1988-. “O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities .” 2018. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed January 16, 2021. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/352041.

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MLA Handbook (7^th Edition):

De Souza, Rafael Soares Correa, 1988-. “O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities .” 2018. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

De Souza, Rafael Soares Correa 1. O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities . [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2018. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/352041.

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Council of Science Editors:

De Souza, Rafael Soares Correa 1. O mapeamento do microbioma da cana-de-açúcar revela a diversidade, estrutura e dinâmica de colonização de comunidades microbianas benéficas ao crescimento vegetal : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities : The sugarcane microbiome profile unravels the structure, diversity and colonization pattern of plant-beneficial microbial communities . [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2018. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/352041

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20. QuÃzia Maia Viana. Diversidade microbiolÃgica e rendimento da produÃÃo fermentativa de hidrogÃnio a partir de glicerol .

Degree: Master, 2013, Universidade Federal do Ceará

URL: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10049 ;

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A crescente demanda por energias alternativas torna o hidrogÃnio (H2) interessante por possuir alta concentraÃÃo de energia por unidade de massa. Aliado a isso, futuramente,… (more)

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A crescente demanda por energias alternativas torna o hidrogÃnio (H2) interessante por possuir alta concentraÃÃo de energia por unidade de massa. Aliado a isso, futuramente, o glicerol, subproduto da geraÃÃo de biodiesel, passarÃ de resÃduo a passivo ambiental, devido Ã crescente produÃÃo de biodiesel.Unindo as duas perspectivas, a produÃÃo fermentativa de hidrogÃnio a partir de glicerol residual Ã uma alternativa atraente, pois pode-se Ã gerar energia limpa a partir de um resÃduo. A grande questÃo que envolve a otimizaÃÃo da produÃÃo biolÃgica de H2 Ã a seleÃÃo de inÃculos com diversidade microbiana que maximize os rendimentos. TÃcnicas de prÃ-tratamento do inÃculo selecionam microrganismos especÃficos para a produÃÃo de H2 e enriquecem a comunidade com bactÃrias produtoras de H2. Por isso, esses distÃrbios controlados no ambiente sÃo utilizados amplamente.Com base no que foi exposto, este trabalho teve como objetivos: (i) selecionar uma microbiota com potencial elevado de produÃÃo de H2 e analisar sua diversidade; (ii) avaliar o impacto dos prÃ-tratamentos sobre a diversidade microbiana e o rendimento da produÃÃo de H2 (ƞH2); (iii) e relacionar diversidade microbiana com ƞH2(na Ecologia este termo Ã conhecido como produtividade). Foram testados diferentes inÃculos submetidos a diferentes prÃ-tratamentos (choque de calor, choque Ãcido e adiÃÃo de clorofÃrmio). Pelos resultados, pode-se concluir que a diversidade microbiana tem relaÃÃo direta com a produtividade em H2. Da mesma forma,o impacto do prÃ-tratamento sobre a microbiota depende do tipo de inÃculo. No entanto, as maiores diversidade e produtividade foram alcanÃadas com lodo proveniente da estaÃÃo de tratamento de esgoto domÃstico sem prÃ-tratamento. Os prÃ-tratamentos resultaram em diferentes Ãndices de diversidade, o que mostra que o grau do distÃrbio, pode nÃo sÃ afetar os microrganismos metanogÃnicos, mas tambÃm os demais presentes. Concluiu-se que a aplicaÃÃo de prÃ-tratamentos se tornou redundante, pois apenas a aplicaÃÃo de carga orgÃnica elevada e ausÃncia de soluÃÃo tampÃo promovem reduÃÃo do pH para a faixa ideal das produtoras de H2, inibindo a atividade metanogÃnica.

The growing demand for alternative energy makes hydrogen (H2) an interesting fuel because of its high concentration of energy per unit mass. Moreover, in the future, the glycerol derived from the biodiesel industry can become an environmental liability due to the increasing production of biodiesel. Therefore, the fermentative production of hydrogen from residual glycerol is an attractive alternative because it will be possible to generate clean energy from a waste. The issue on the optimization of biological production of H2 is the selection of microbial population with an adequate diversity that improves the hydrogen yields. Techniques for pre-treatment of the inoculum select specific microorganisms to produce H2 and enrich the community with H2-producing bacteria. Therefore, these controlled environmental disturbs are widely used. Based on the above, this study aimed…

Advisors/Committee Members: Sandra TÃdde Santaella, Gustavo Adolfo Saavedra Pinto, AndrÃ Bezerra dos Santos.

Subjects/Keywords: ECOLOGIA APLICADA; Glicerina; bactÃrias hidrogenogÃnicas; diversidade microbiana; estresse seletivo; hidrogenogÃnese; Glycerine; H2-producing bacteria; microbial diversity; selective stress; hydrogenogenesis; HidrogÃnio como combustÃvel; Glicerol - Reaproveitamento; DigestÃo anaerÃbia

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Viana, Q. M. (2013). Diversidade microbiolÃgica e rendimento da produÃÃo fermentativa de hidrogÃnio a partir de glicerol . (Masters Thesis). Universidade Federal do Ceará. Retrieved from http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10049 ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Viana, QuÃzia Maia. “Diversidade microbiolÃgica e rendimento da produÃÃo fermentativa de hidrogÃnio a partir de glicerol .” 2013. Masters Thesis, Universidade Federal do Ceará. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10049 ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Viana, QuÃzia Maia. “Diversidade microbiolÃgica e rendimento da produÃÃo fermentativa de hidrogÃnio a partir de glicerol .” 2013. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Viana QM. Diversidade microbiolÃgica e rendimento da produÃÃo fermentativa de hidrogÃnio a partir de glicerol . [Internet] [Masters thesis]. Universidade Federal do Ceará 2013. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10049 ;.

Council of Science Editors:

Viana QM. Diversidade microbiolÃgica e rendimento da produÃÃo fermentativa de hidrogÃnio a partir de glicerol . [Masters Thesis]. Universidade Federal do Ceará 2013. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=10049 ;

21. Silva, Kelly Fernanda Seára da. Degradação de resíduos sólidos agrícolas por microrganismos isolados de bagaço de cana e seu percolado, e de efluentes de agroindústria.

Degree: 2008, Universidade Federal de Alagoas

URL: http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/1066

► Brazil occupies a place of prominence in the productive sector, as well as in the exploitation of agricultural waste, from sugar cane. This use is… (more)

▼ Brazil occupies a place of prominence in the productive sector, as well as in the exploitation of agricultural waste, from sugar cane. This use is a fairly widespread practice, both for effluents, mainly vinasse, but also for solid residues, such as filter-cake and bagasse from sugar cane. Thus, at the start of the 2005/06 harvest, samples were collected from residual waters of the S.T.E. (Station for the treatment of effluents), bagasse and from the filtrate liquid (percolate) from bagasse that was accumulated since the 2004/05 harvest, from the industrial processing of sugar cane in S.A. Usina Coruripe Açúcar e Álcool . The target was the isolation of microorganisms that produce extracellular enzymes able to degrade cellulose, hemicellulose, and lignin phenols. There were originally 42 microorganisms isolated, of which 31 were screened for the verification of the production of these and other enzymes, as well as for their morphobiochemistry identification. From these, 29 were identified, with the predominance of the genera Flavobacterium, Chromobaterium and Achromobacter. The other bacterial isolates belong to the genus Corynebacterium, Aeromonas., Bacillus, Clostridium, Citrobacter, Nocardia, Kurthia, Mycobacterium, Serratia, Pseudomonas, e Actinomyces. Among the fungal isolates, the genera detected were: Penicillium, Rhodotorula, Gonatobotrys and Gliocladium. The actynomicete Nocardia (PB4), isolated from the percolate of bagasse, presented a broad spectrum of enzymatic activities, being selected for evaluation of its cellulolitic activity in liquid medium containing carboxymethylcellulose and bagasse from sugar cane as a source of carbon. The production of cellulase in these substrates was evaluated according to the concentration of reducing sugars and of total protein, and the content of total phenols has also been determined. In addition to this isolated, another 5 microorganisms were chosen - because of their cellulolytic, xylanolytic, and phenolytic activities in a solid medium, and used for implementing a process of composting of the sugar cane bagasse (from 2005/06 and 2006/07 harvests) with filter-cake (2006/07 crop), in scale of the greenhouse for 48 days. These were divided into 2 consortia (CM1 and CM2), formed by 3 microorganisms each. Factors such as temperature, moisture, organic matter content, nitrate, nitrite, phosphate and organic carbon were evaluated in order to monitor the process of composting substrates, without the addition of other macro and micronutrients. From the physico-chemical analyses, it was found that there were not wide variations in the performance of both consortia, and that both led to a reduction of the concentration of organic matter and contents of nitrate and phosphate. Besides this, in period (48 days) and in the conditions (trays with large diameter and small height, which favors changes of temperature of the substrate with the environment; non addition of other sources of nitrogen and phosphorus) of this study, the substrates do not reached stabilization. However,… Advisors/Committee Members: Lopez, Ana Maria Queijeiro, CPF:05762811824, LOPEZ, A. M. Q., Soares, Cleide Mara Faria, CPF:07122823865, SOARES, Cleide Mara Faria, Caetano, Luiz Carlos, CPF:28358996615, CAETANO, L. C..

Subjects/Keywords: Bagaço de cana; Compostagem; Microrganismos; Celulose; Lignina; Enzimas; Diversidade microbiana; Sugarcane bagasse; Composting; Microorganisms; Cellulose; Lignin; Enzymes; Microbial diversity; CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::QUIMICA

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APA (6^th Edition):

Silva, K. F. S. d. (2008). Degradação de resíduos sólidos agrícolas por microrganismos isolados de bagaço de cana e seu percolado, e de efluentes de agroindústria. (Masters Thesis). Universidade Federal de Alagoas. Retrieved from http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/1066

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Silva, Kelly Fernanda Seára da. “Degradação de resíduos sólidos agrícolas por microrganismos isolados de bagaço de cana e seu percolado, e de efluentes de agroindústria.” 2008. Masters Thesis, Universidade Federal de Alagoas. Accessed January 16, 2021. http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/1066.

MLA Handbook (7^th Edition):

Silva, Kelly Fernanda Seára da. “Degradação de resíduos sólidos agrícolas por microrganismos isolados de bagaço de cana e seu percolado, e de efluentes de agroindústria.” 2008. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Silva KFSd. Degradação de resíduos sólidos agrícolas por microrganismos isolados de bagaço de cana e seu percolado, e de efluentes de agroindústria. [Internet] [Masters thesis]. Universidade Federal de Alagoas; 2008. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/1066.

Council of Science Editors:

Silva KFSd. Degradação de resíduos sólidos agrícolas por microrganismos isolados de bagaço de cana e seu percolado, e de efluentes de agroindústria. [Masters Thesis]. Universidade Federal de Alagoas; 2008. Available from: http://www.repositorio.ufal.br/handle/riufal/1066

Universidade do Minho

22. Soares, Ângela Moreira. Saprotrophic fungi Hypholoma fasciculare effect on the fungal community associated to Castanea sativa .

Degree: 2015, Universidade do Minho

URL: http://hdl.handle.net/1822/39737

► The European chestnut (Castanea sativa) is a plant species with eminent importance, due to the high gastronomic value attributed to its fruit, as well as… (more)

▼ The European chestnut (Castanea sativa) is a plant species with eminent importance, due to the high gastronomic value attributed to its fruit, as well as for being a high quality wood source. Associated to the chestnut orchards soils of the region of Trás-os-Montes (Bragança, Portugal) is commonly found the saprotrophic fungi, Hypholoma fasciculare. Some preliminary studies have suggested that the presence of this fungus in the soil can damage chestnut trees and reshape the soil microbial community, due to the strong antagonist activity that H. fasciculare displays against soil-borne fungi from orchard. In order to acknowledge the effect of H. fasciculare in soil fungal community, a metabarcoding project was performed by pyrosequencing the ITS1 barcodes of DNA obtained from different soil samples. Chestnut orchard soil was collected and used for chestnut plant growing. Two months after transplantation, plants were inoculated with H. fasciculare, being harvested after six-months or one-year upon inoculation. As controls, noninoculated plants were used. In order to study the effect of the well-established fungal community on H. fasciculare constraints, sterile orchard soils were use in a parallel assay. In this study, 458 OTUs (operational taxonomic units) were identified comprising 78,029 reads. The richest phylum was the Ascomycota (58.9%), followed by the Basidiomycota (38.9%). However, the Basidiomycota was the most abundant phylum (57.4%), followed by the Ascomycota (40.9%). In order to evaluate the habitat quality, alpha and beta diversity were evaluated, which allowed to determine the richness in species within each soil sample and the species turnover between conditions, respectively. Sterile soil samples were less rich and diverse than non-sterile soil samples, but non-sterile soil samples were more homogeneous among them. The variation of functional groups of the most well-represented OTUs was also analyzed, being the parasites the most rich and abundant, followed by saprotrophic and mycorrhizal functional groups. Correlations between functional groups were also computed and the most positive correlation was found between saprotrophs and parasites. At the end, a clear effect of H. fasciculare was not detected, although specific microbial interactions could have taken place. The use of sterile soils allowed the recognition of a buffering-like effect, in which microbial community is not so easily affected in its equilibrium, neither by the fungal inoculation nor by the chestnut growing. This effect could be of major importance from the agronomic point of view. Advisors/Committee Members: Neto, T. Lino (advisor), Baptista, P (advisor).

Subjects/Keywords: Chestnut orchard soils; Castanea sativa; Hypholoma fasciculare; Metagenomics; Ecological; Diversity; Fungal community; Solos de soutos; Castanea sativa; Hypholoma fasciculare; Metagenómica; Ecológico; Diversidade; Comunidade microbiana

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Soares, �. M. (2015). Saprotrophic fungi Hypholoma fasciculare effect on the fungal community associated to Castanea sativa . (Masters Thesis). Universidade do Minho. Retrieved from http://hdl.handle.net/1822/39737

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Soares, Ângela Moreira. “Saprotrophic fungi Hypholoma fasciculare effect on the fungal community associated to Castanea sativa .” 2015. Masters Thesis, Universidade do Minho. Accessed January 16, 2021. http://hdl.handle.net/1822/39737.

MLA Handbook (7^th Edition):

Soares, Ângela Moreira. “Saprotrophic fungi Hypholoma fasciculare effect on the fungal community associated to Castanea sativa .” 2015. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Soares �M. Saprotrophic fungi Hypholoma fasciculare effect on the fungal community associated to Castanea sativa . [Internet] [Masters thesis]. Universidade do Minho; 2015. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://hdl.handle.net/1822/39737.

Council of Science Editors:

Soares �M. Saprotrophic fungi Hypholoma fasciculare effect on the fungal community associated to Castanea sativa . [Masters Thesis]. Universidade do Minho; 2015. Available from: http://hdl.handle.net/1822/39737

23. Francisca Gleire Rodrigues de Menezes. CaracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de bactÃrias do gÃnero Vibrio isoladas em alguns estuÃrios do Estado do CearÃ.

Degree: PhD, 2011, Universidade Federal do Ceará

URL: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6702 ;

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Muitas pesquisas tÃm associado contaminaÃÃo aquÃtica ambiental com infecÃÃes de Vibrio em humanos, sugerindo que a importÃncia do monitoramento sistemÃtico das cepas ambientais se faz… (more)

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Muitas pesquisas tÃm associado contaminaÃÃo aquÃtica ambiental com infecÃÃes de Vibrio em humanos, sugerindo que a importÃncia do monitoramento sistemÃtico das cepas ambientais se faz necessÃrio para definir seu possÃvel potencial patogÃnico e sua significÃncia clÃnica. O objetivo dessa pesquisa foi estudar a diversidade do gÃnero Vibrio isolado de quatro regiÃes estuarinas no Estado do CearÃ, (Pacoti, ChorÃ, Pirangi e Jaguaribe). As coletas realizadas resultaram num total de 32 amostras de Ãgua e 32 de sedimento, durante os meses de janeiro a abril de 2009. Foram catalogadas 19 espÃcies de bactÃrias pertencentes ao gÃnero Vibrio, das quais Vibrio parahaemolyticus e Vibrio alginolyticus foram as mais abundantes nos quatro estuÃrios: V. parahaemolyticus no Rio ChorÃ e V. alginolyticus no Rio Pacoti. As cepas identificadas foram submetidas a testes de susceptibilidade a quinze antimicrobianos. Todas as cepas analisadas (197) apresentaram susceptibilidade a sulfazotrim, ciprofloxacin, Ãcido nalidÃxico e cloranfenicol, sendo que cento e sessenta e trÃs (82%) apresentaram resistÃncia a penicilina G, cento e oito (54%) a ampicilina, quinze (7%) a cefalotina, trÃs (1%) a aztreonam, uma (0,5%) a gentamicina, a cefotaxima e a ceftriaxona. Cinquenta e uma cepas (25%) apresentaram comportamento intermediÃrio frente Ã cefalotina, vinte e oito cepas (14%) a ampicilina, dez (5%) a aztreonam, oito (4%) a tetracilina, duas (1%) a oxitetraciclina e uma (0,5%) a florfenicol, a cefotaxima, a ceftriaxona, a estreptomicina e a gentamicina. Foram escolhidas cinco espÃcies patÃgenas ao homem para verificaÃÃo de seus fatores de patogenicidade. As cepas identificadas como V. parahaemolyticus (64) e V. cholerae (9) foram analisadas atravÃs de tÃcnicas de biologia molecular, usando genes que confirmam as espÃcies e genes que indicam virulÃncia. Das 64 amostras de V. parahaemolyticus analisadas, 63 foram positivas para o gene tl, especÃfico para espÃcie, 57 para o gene tdh e 20 para o trh, genes que indicam patogenicidade. Das nove cepas de V. cholerae, cinco foram positivas para o gene ompW, gene especÃfico para espÃcie, porÃm, nenhuma amostra apresentou os genes de virulÃncia ctxA, zot, tcp e rfbO1. Com isso conclui-se que os estuÃrios dos rios analisados apresentam uma elevada abundÃncia de espÃcies, tendo V. parahaemolyticus e V. alginolyticus como as mais abundantes. O antibiograma das cepas isoladas mostrou uma elevada resistÃncia Ã penicilina e a ampicilina. Foram encontradas elevada positividade para a presenÃa dos fatores de virulÃncia nas cepas pertencentes Ãs espÃcies de Vibrio patÃgenas a humanos. As cepas de V. parahaemolyticus apresentaram genes de virulÃncia indicando que as cepas podem acarretar danos Ã saÃde pÃblica. A presenÃa do V. cholerae foi confirmada nas Ãguas e sedimento dos estuÃrios

The frequent association of environmental aquatic contamination with vibriosis in humans suggests the need for systematic monitoring and study of environmental vibrio strains and their pathogenic potential and clinical significance. The…

Advisors/Committee Members: Regine Helena Silva dos Fernandes Vieira, Rodrigo Maggioni, Maria Izabel Florindo Guedes, Oscarina Viana de Sousa, Ernesto Hofer.

Subjects/Keywords: ENGENHARIA DE PESCA; Diversidade; Vibrio cholerae; Genes de virulÃncia; Diversity; Vibrio cholerae; Virulence genes; EstuÃrios; Vibrio cholerae; Agentes antiinfecciosos; Microbiologia Ambiental; ContaminaÃÃo microbiana

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APA (6^th Edition):

Menezes, F. G. R. d. (2011). CaracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de bactÃrias do gÃnero Vibrio isoladas em alguns estuÃrios do Estado do CearÃ. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Ceará. Retrieved from http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6702 ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Menezes, Francisca Gleire Rodrigues de. “CaracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de bactÃrias do gÃnero Vibrio isoladas em alguns estuÃrios do Estado do CearÃ.” 2011. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Ceará. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6702 ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Menezes, Francisca Gleire Rodrigues de. “CaracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de bactÃrias do gÃnero Vibrio isoladas em alguns estuÃrios do Estado do CearÃ.” 2011. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Menezes FGRd. CaracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de bactÃrias do gÃnero Vibrio isoladas em alguns estuÃrios do Estado do CearÃ. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Ceará 2011. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6702 ;.

Council of Science Editors:

Menezes FGRd. CaracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de bactÃrias do gÃnero Vibrio isoladas em alguns estuÃrios do Estado do CearÃ. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Ceará 2011. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6702 ;

24. MARIA ISABEL STETS. AVALIAÇÃO DA INFLUÊNCIA DO MATERIAL SUPORTE E CARACTERIZAÇÃO DA DIVERSIDADE MICROBIANA DE REATORES ANAERÓBIOS PARA O TRATAMENTO DE EFLUENTE DE ABATEDOURO.

Degree: 2008, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA

URL: http://www.bicen-tede.uepg.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=178

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O efluente gerado em abatedouros possui uma elevada concentração de matéria orgânica e necessita de tratamento antes de ser descartado nos corpos hídricos. Os filtros… (more)

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O efluente gerado em abatedouros possui uma elevada concentração de matéria orgânica e necessita de tratamento antes de ser descartado nos corpos hídricos. Os filtros biológicos anaeróbios são considerados uma boa técnica para tratamento de efluentes industriais, porém, a escolha correta do meio suporte é extremamente importante para garantir o sucesso do reator. Da mesma forma, o estudo da diversidade microbiana pode otimizar o desempenho e a operação desses sistemas. Neste trabalho, foi realizada a avaliação da eficiência do tratamento de efluente de abatedouro, utilizando-se três filtros biológicos anaeróbios de fluxo ascendente, bem como a comparação da diversidade microbiana desses filtros. Os reatores denominados A, B e C foram construídos em cloreto de polivinila e preenchidos com anéis de polipropileno, espuma de poliuretano ou pedaços de tijolo de argila, respectivamente. Esses reatores foram operados à temperatura ambiente e os Tempos de Retenção Hidráulica (TRHs) utilizados foram de 30; 20; 18; 14; 10; 8; 6; 5; 4; 3; 2; 1,5 e 1 dia. Para monitorar a eficiência do processo, foram analisados no substrato e efluente de cada reator pH, alcalinidade, acidez, Demanda Química de Oxigênio (DQO), teor de sólidos totais e sólidos voláteis, nitrogênio efósforo. Os valores de pH do efluente dos reatores decresceram com a redução do TRH. A relação acidez volátil/alcalinidade ficou abaixo de 0,13 durante a maior parte do período analisado. No TRH de 1 dia o reator C foi o mais eficiente alcançando 80,76 de remoção de DQO. Observou-se uma elevada taxa de remoção de nitrogênio em todos os reatores provavelmente devido à sua baixa quantidade no substrato. Também ocorreram elevadas remoções de fósforo, mas houve decréscimo dessa remoção com a diminuição do TRH nos reatores A e B, o mesmo não ocorrendo no reator C. Quando se analisaram as amostras retiradas em quatro diferentes alturas dos reatores, observou-se que os três se comportaram de forma similar quanto aos pontos de coleta e não houve diferença entre esses pontos quanto à remoção de DQO, relação acidez volátil/alcalinidade e pH. Para avaliar o efeito dos diferentes meios suporte na comunidade microbiana, o DNA da biomassa dos reatores foi extraído, quantificado e usado como molde numa reação de amplificação do gene 16S rDNA de bactérias e archaeas metanogênicas. Os fragmentos de aproximadamente 1500 pb amplificados foram tratados com as enzimas de restrição HinfI, RsaI e HaeIII para obtenção dos perfis de ARDRA (Análise da Restrição de rDNA Amplificado) dos reatores. Os índices de riqueza, riqueza modificada, diversidade de Shannon-Weaver e dendograma de similaridade, determinados a partir da ARDRA, agruparam os reatores A e B, ficando o reator C isolado devido à sua dessemelhança. A Análise de Agrupamento Hierárquico (HCA) também agrupou os reatores dessa forma, entretanto, esse agrupamento possui menos que 0,1% de similaridade, sugerindo uma baixa interferência do meio suporte nas comunidades microbianas.

The effluent generated in abattoirs has a high…

Advisors/Committee Members: Carolina Weigert Galvão, Fernando Fernandes, Marcos Pileggi, Ana Cláudia Barana.

Subjects/Keywords: biodigestão anaeróbia; abatedouro; meio suporte; diversidade microbiana; anaerobic biodigestion; upflow anaerobic filter; slaughterhouse; means support; microbial diversity; ENGENHARIA DE ALIMENTOS; filtro anaeróbio de fluxo ascendente

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APA (6^th Edition):

STETS, M. I. (2008). AVALIAÇÃO DA INFLUÊNCIA DO MATERIAL SUPORTE E CARACTERIZAÇÃO DA DIVERSIDADE MICROBIANA DE REATORES ANAERÓBIOS PARA O TRATAMENTO DE EFLUENTE DE ABATEDOURO. (Thesis). UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA. Retrieved from http://www.bicen-tede.uepg.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=178

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Chicago Manual of Style (16^th Edition):

STETS, MARIA ISABEL. “AVALIAÇÃO DA INFLUÊNCIA DO MATERIAL SUPORTE E CARACTERIZAÇÃO DA DIVERSIDADE MICROBIANA DE REATORES ANAERÓBIOS PARA O TRATAMENTO DE EFLUENTE DE ABATEDOURO.” 2008. Thesis, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA. Accessed January 16, 2021. http://www.bicen-tede.uepg.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=178.

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MLA Handbook (7^th Edition):

STETS, MARIA ISABEL. “AVALIAÇÃO DA INFLUÊNCIA DO MATERIAL SUPORTE E CARACTERIZAÇÃO DA DIVERSIDADE MICROBIANA DE REATORES ANAERÓBIOS PARA O TRATAMENTO DE EFLUENTE DE ABATEDOURO.” 2008. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

STETS MI. AVALIAÇÃO DA INFLUÊNCIA DO MATERIAL SUPORTE E CARACTERIZAÇÃO DA DIVERSIDADE MICROBIANA DE REATORES ANAERÓBIOS PARA O TRATAMENTO DE EFLUENTE DE ABATEDOURO. [Internet] [Thesis]. UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA; 2008. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.bicen-tede.uepg.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=178.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

STETS MI. AVALIAÇÃO DA INFLUÊNCIA DO MATERIAL SUPORTE E CARACTERIZAÇÃO DA DIVERSIDADE MICROBIANA DE REATORES ANAERÓBIOS PARA O TRATAMENTO DE EFLUENTE DE ABATEDOURO. [Thesis]. UNIVERSIDADE ESTADUAL DE PONTA GROSSA; 2008. Available from: http://www.bicen-tede.uepg.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=178

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25. Lidianne Leal Rocha. Diversidade taxonÃmica e funcional da microbiota de solos do manguezal do rio CocÃ (Fortaleza-CE) e seleÃÃo de cepas produtoras de enzimas com potencial para aplicaÃÃo industrial.

Degree: PhD, 2012, Universidade Federal do Ceará

URL: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=8688 ;

Subjects/Keywords: OUTROS; RNAr 16S; pirosequenciamento; DGGE; diversidade microbiana; lipases; Ecologia dos manguezais - CocÃ, Rio (CE); ProteobactÃrias - AplicaÃÃo industrial; Rizosfera; Manguezais - Microbiologia

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APA (6^th Edition):

Rocha, L. L. (2012). Diversidade taxonÃmica e funcional da microbiota de solos do manguezal do rio CocÃ (Fortaleza-CE) e seleÃÃo de cepas produtoras de enzimas com potencial para aplicaÃÃo industrial. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Ceará. Retrieved from http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=8688 ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Rocha, Lidianne Leal. “Diversidade taxonÃmica e funcional da microbiota de solos do manguezal do rio CocÃ (Fortaleza-CE) e seleÃÃo de cepas produtoras de enzimas com potencial para aplicaÃÃo industrial.” 2012. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Ceará. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=8688 ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Rocha, Lidianne Leal. “Diversidade taxonÃmica e funcional da microbiota de solos do manguezal do rio CocÃ (Fortaleza-CE) e seleÃÃo de cepas produtoras de enzimas com potencial para aplicaÃÃo industrial.” 2012. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Rocha LL. Diversidade taxonÃmica e funcional da microbiota de solos do manguezal do rio CocÃ (Fortaleza-CE) e seleÃÃo de cepas produtoras de enzimas com potencial para aplicaÃÃo industrial. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Ceará 2012. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=8688 ;.

Council of Science Editors:

Rocha LL. Diversidade taxonÃmica e funcional da microbiota de solos do manguezal do rio CocÃ (Fortaleza-CE) e seleÃÃo de cepas produtoras de enzimas com potencial para aplicaÃÃo industrial. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Ceará 2012. Available from: http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=8688 ;

26. Araujo, Ana Carolina Vieira. Diversidade molecular de arqueias em sedimentos de rios da Amazônia e caracterização de espécies metanogênicas cultivadas.

Degree: PhD, Biotecnologia, 2010, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-13082010-162741/ ;

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Altos fluxos positivos de metano para a atmosfera foram detectados na região amazônica. O gás metano é o segundo mais importante gás de efeito estufa… (more)

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Altos fluxos positivos de metano para a atmosfera foram detectados na região amazônica. O gás metano é o segundo mais importante gás de efeito estufa e micro-organismos pertencentes ao Domínio Archaea são responsáveis pela produção de aproximadamente 70% do metano emitido para a atmosfera anualmente. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade de arqueias em sedimentos dos rios Floresta e Madeira através de técnicas moleculares e do cultivo de arqueias metanogênicas. A maior parte das sequências obtidas nas duas bibliotecas pertence ao domínio Crenarchaeota, algumas com similaridade menor que 97% às sequências depositadas nos bancos de dados, revelando a existência de grupos ainda não descritos na literatura. Nos enriquecimentos do sedimento do rio Madeira detectaram-se células pertencentes às famílias Methanosarcinaceae e Methanobacteriaceae pelo emprego de sondas fluorescentes de RNA. Culturas dos gêneros Methanosarcina e Methanobacterium foram estabelecidas em laboratório. A grande diversidade de arqueias não cultivadas encontrada vem reforçar a necessidade de se estudar esse grupo, especialmente sua fisiologia e, consequentemente, seu papel ecológico nos diversos ambientes em que são encontrados.

High positive fluxes of methane to the atmosphere have been detected in the Amazonian region. Methane is the second most important greenhouse gas and microorganisms belonging to the Archaea domain are responsible for approximately 70% of the total methane emitted to the atmosphere annually. The objective of this work was to characterize the Archaea diversity in two sites at Madeira and Floresta rivers sediments using molecular techniques and the culturing of methanogenic archaea. Most sequences obtained in the libraries from both rivers belonged to the Crenarchaeota domain, and around half of them presented less than 97% of similarity to sequences available in databases, revealing the existence of new archaea groups yet to be described in the literature. Cells belonging to the Methanosarcinaceae and Methanobacteriaceae families were detected in the enrichment cultures from Madeira River through the use of RNA fluorescent probes. Strains of Methanosarcina sp. and Methanobacterium sp. are being maintained under laboratory conditions. The great diversity of uncultured Archaea found emphasizes the need to study this group, mainly its physiology and, consequently, its role in the diverse environments they occupy.

Advisors/Committee Members: Pellizari, Vivian Helena.

Subjects/Keywords: Archaea domain; Amazon; Amazônia; Arqueias metanogênicas; Biodiversidade; Biodiversity; Células eucarióticas; Diversidade microbiana; Domínio arqueia; Eukaryotic cells; Fluvial sedimentology; Genética molecular; Madeira river; Methanogenic archaea; Microbial diversity; Microbiologia ambiental; Microbiologia da água; Microbiology water; Microbiology environmental; Molecular Genetics; Rio madeira; Sedimentologia fluvial

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APA (6^th Edition):

Araujo, A. C. V. (2010). Diversidade molecular de arqueias em sedimentos de rios da Amazônia e caracterização de espécies metanogênicas cultivadas. (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-13082010-162741/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Araujo, Ana Carolina Vieira. “Diversidade molecular de arqueias em sedimentos de rios da Amazônia e caracterização de espécies metanogênicas cultivadas.” 2010. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-13082010-162741/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Araujo, Ana Carolina Vieira. “Diversidade molecular de arqueias em sedimentos de rios da Amazônia e caracterização de espécies metanogênicas cultivadas.” 2010. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Araujo ACV. Diversidade molecular de arqueias em sedimentos de rios da Amazônia e caracterização de espécies metanogênicas cultivadas. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2010. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-13082010-162741/ ;.

Council of Science Editors:

Araujo ACV. Diversidade molecular de arqueias em sedimentos de rios da Amazônia e caracterização de espécies metanogênicas cultivadas. [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2010. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-13082010-162741/ ;

27. Saavedra del Aguila, Nora Katia. Avaliação de bactérias fototróficas em lagoas de estabilização: diversidade, purificação e identificação.

Degree: PhD, Hidráulica e Saneamento, 2007, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-22072008-175951/ ;

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As bactérias fototróficas freqüentemente apresentam florescimentos em lagoas de estabilização utilizadas no tratamento de esgoto sanitário, formando uma camada de cor púrpura na sua superfície.… (more)

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As bactérias fototróficas freqüentemente apresentam florescimentos em lagoas de estabilização utilizadas no tratamento de esgoto sanitário, formando uma camada de cor púrpura na sua superfície. Portanto, o estudo das condições que propiciam tais florescimentos, a diversidade microbiana, o potencial de remoção da matéria orgânica e o estabelecimento das relações entre tais conhecimentos, permitem compreender o metabolismo do sistema. Nesse sentido, o objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade de bactérias (domínio Bacteria), bactérias fototróficas púrpuras e bactérias redutoras de sulfato (BRS) em lagoas de estabilização do Vale do Ribeira (Cajati, SP). Para tal, foram realizadas coletas sazonais (primavera, verão, outono e inverno) na sub-superfície, camada intermediária e interface água-sedimento, em dois horários (14:00 h e 02:00 h), nas lagoas anaeróbia e facultativa. Para analisar os diferentes grupos de microrganismos, utilizou-se a técnica de PCR/DGGE, com primers específicos. Nas análises de filogenia realizou-se o seqüenciamento parcial do gene RNAr 16S e da subunidade M do centro de reação fotossintético das bactérias fototróficas púrpuras. Análises físico-químicas, tais como sulfato, DQO, sólidos, nitrogênio e fósforo foram realizadas, além da determinação da concentração de oxigênio dissolvido, pH, temperatura e radiação solar fotossinteticamente ativa incidente. No outono observou-se maior diversidade de microrganismos do domínio Bacteria, bactérias fototróficas púrpuras e BRS, enquanto na primavera foi verificada a menor diversidade desses microrganismos para as duas lagoas. Na lagoa facultativa foi observada maior diversidade do domínio Bacteria e das BRS em relação à lagoa anaeróbia. Verificou-se maior diversidade de bactérias fototróficas púrpuras na lagoa anaeróbia, caracterizada por duas populações predominantes nas quatro estações e nas diferentes profundidades. A concentração de matéria orgânica (DQO) variou de 60,3 mg/L (inverno) a 298,0 mg/L (primavera) e a maior concentração de sulfato observada foi de 51,0 mg/L (inverno). Bacilo curvo Gram negativo, semelhante à bactéria fototrófica púrpura não sulfurosa, presente em amostra proveniente da sub-superfície da lagoa anaeróbia foi purificado e apresentou 92% de similaridade com Rhodopseudomonas palustris. Em ambas as lagoas foram identificadas bactérias semelhantes a Chromobacterium suttsuga (95%), Clostridium sp. (99%), Rhodobacter sphaeroides (99%), Rhodopseudomonas palustris (99%), Lampropedia hyalina (97%), Campylobacter fetus (99%), Desulfovibrio vulgaris (95%), Rhodospirillum rubrum (95%) e diferentes bactérias não cultivadas.

The phototrophic bacteria frequently blossom in the stabilization lagoons that are used in sanitary sewer treatment, forming a purple layer on its surface. Therefore, the study of the conditions that propitiate such blooms, the microbial diversity, the removal of the organic matter and the establishment of the relations between them permit to understand the metabolism of the system. The objective of this…

Advisors/Committee Members: Silva, Maria Bernadete Amancio Varesche.

Subjects/Keywords: Bactérias fototróficas púrpuras; Diversidade microbiana; Lagoas de estabilização; Microbial diversity; PCR-DGGE; PCR-DGGE; Purple phototrophic bacteria; Sequencing of 16S RNAr fragments; Seqüenciamento de fragmentos do gene RNAr 16S; Stabilization lagoons

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APA (6^th Edition):

Saavedra del Aguila, N. K. (2007). Avaliação de bactérias fototróficas em lagoas de estabilização: diversidade, purificação e identificação. (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-22072008-175951/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Saavedra del Aguila, Nora Katia. “Avaliação de bactérias fototróficas em lagoas de estabilização: diversidade, purificação e identificação.” 2007. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-22072008-175951/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Saavedra del Aguila, Nora Katia. “Avaliação de bactérias fototróficas em lagoas de estabilização: diversidade, purificação e identificação.” 2007. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Saavedra del Aguila NK. Avaliação de bactérias fototróficas em lagoas de estabilização: diversidade, purificação e identificação. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2007. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-22072008-175951/ ;.

Council of Science Editors:

Saavedra del Aguila NK. Avaliação de bactérias fototróficas em lagoas de estabilização: diversidade, purificação e identificação. [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2007. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18138/tde-22072008-175951/ ;

28. Batista, Ieda Hortêncio. Biorremediação de ambientes aquáticos contaminados por resíduos de petróleo: um estudo com bactérias isoladas de eichornia crassipes na Amazônia.

Degree: 2009, Universidade Federal do Amazonas

URL: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/3116

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A biodiversidade é elemento fundamental para o desenvolvimento da Biotecnologia, em especial na Amazônia devido sua inconteste potencialidade. Um dos aspectos de elevado interesse é… (more)

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A biodiversidade é elemento fundamental para o desenvolvimento da Biotecnologia, em especial na Amazônia devido sua inconteste potencialidade. Um dos aspectos de elevado interesse é a busca por mecanismos de gestão que possam promover a qualidade ambiental, garantindo a manutenção das características naturais dos ecossistemas. Neste contexto situa-se uma importante ferramenta biotecnológica que é a biorremediação de ambientes contaminados por compostos tóxicos e recalcitrantes. Assim, a prospecção de microrganismos para uso nesses processos tem sido um desafio permanente. No presente trabalho realizou-se estudo de amostra da comunidade bacteriana associada à macrófita aquática Eichornia crassipes, avaliando seu potencial de biodegradação de hidrocarbonetos de petróleo. Foi feito isolamento seletivo e identificação preliminar de parte dos isolados por meio da região do DNA ribossomal 16S com comparação com sequências do Gen Bank. Verificou-se o potencial para a produção de biossurfactantes por meio da avaliação da atividade de emulsificação em cepas bacterianas. O crescimento de cepas foi avaliado em meio mineral com mistura de hidrocarbonetos e em meio mineral com petróleo bruto. O índice de toxicidade foi avaliado nos extratos dos meios com mistura de hidrocarbonetos das cinco cepas que apresentaram melhor crescimento. Considerando os resultados destes primeiros testes, foi produzido um consórcio com as cepas bacterianas mais eficientes. Este consórcio foi avaliado quanto à degradação de hidrocarbonetos alifáticos e aromáticos em experimento contendo água de rio da Amazônia, sendo utilizadas as técnicas de bioaumentação e bioestimulação. Obteve-se no isolamento 71 bactérias, sendo 42 epifíticas e 29 endofíticas. A identificação preliminar revelou a predominância dos gêneros Acinetobacter, Pseudomonas, Bacillus e Stenotrophomonas. Verificou-se melhor crescimento bacteriano no meio com petróleo bruto, destacando-se a cepa Stenotrophomonas sp. que atingiu cerca de 13,4x106 UFCs/mL. O crescimento bacteriano nos meios utilizados indicou a degradação dos hidrocarbonetos de petróleo, considerando que estes eram a única fonte de carbono. Destacaram-se na produção de biossurfactantes as cepas Stenotrophomonas sp e Methylobacterium radiotolerans, com melhores resultados no meio com petróleo. Os índices de toxicidade mostraram melhores resultados nos extratos do crescimento bacteriano em comparação aos extratos controles. As cepas que demonstraram melhores resultados e que foram utilizadas para a produção do consórcio foram Stenotrophomonas sp., Uncultured Klebsiella sp., Enterobacter sp., Methylobacterium radiotolerans e Acinetobacter baumannii. No planejamento experimental com o consórcio, os resultados obtidos demonstraram que o efeito principal de todos os parâmetros analisados influenciaram na degradação dos hidrocarbonetos avaliados, entretanto a adição do consórcio foi o fator mais importante nesta degradação, demonstrando o potencial destas linhagens para uso em futuros processos de biorremediação.

Biodiversity is a…

Advisors/Committee Members: Pereira, José Odair, CPF:74268023887, http://lattes.cnpq.br/5559640659851194.

Subjects/Keywords: Diversidade microbiana, Biodegradação, Consórcio bacteriano, Biodiversidade Amazônica; Microbial diversity, Bioremediation, Bacteria consortia, Amazon biodiversity; CIÊNCIAS BIOLÓGICAS

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APA (6^th Edition):

Batista, I. H. (2009). Biorremediação de ambientes aquáticos contaminados por resíduos de petróleo: um estudo com bactérias isoladas de eichornia crassipes na Amazônia. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Amazonas. Retrieved from http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/3116

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Batista, Ieda Hortêncio. “Biorremediação de ambientes aquáticos contaminados por resíduos de petróleo: um estudo com bactérias isoladas de eichornia crassipes na Amazônia.” 2009. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Amazonas. Accessed January 16, 2021. http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/3116.

MLA Handbook (7^th Edition):

Batista, Ieda Hortêncio. “Biorremediação de ambientes aquáticos contaminados por resíduos de petróleo: um estudo com bactérias isoladas de eichornia crassipes na Amazônia.” 2009. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Batista IH. Biorremediação de ambientes aquáticos contaminados por resíduos de petróleo: um estudo com bactérias isoladas de eichornia crassipes na Amazônia. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2009. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/3116.

Council of Science Editors:

Batista IH. Biorremediação de ambientes aquáticos contaminados por resíduos de petróleo: um estudo com bactérias isoladas de eichornia crassipes na Amazônia. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2009. Available from: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/3116

29. Sobral, Julia Kuklinsky. A comunidade bacteriana endofítica e epifítica de soja (Glycine max) e estudo da interação endófitos-planta.

Degree: PhD, Genética e Melhoramento de Plantas, 2004, University of São Paulo

URL: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-24052004-154815/ ;

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Bactérias endofíticas e epifíticas podem conferir ao seu hospedeiro características como maior resistência a condições de estresse, alterações nas condições fisiológicas, fixação de nitrogênio atmosférico,… (more)

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Bactérias endofíticas e epifíticas podem conferir ao seu hospedeiro características como maior resistência a condições de estresse, alterações nas condições fisiológicas, fixação de nitrogênio atmosférico, suprimento de nutrientes, produção de reguladores de crescimento vegetal, entre outros. Desta forma, o presente trabalho teve por objetivos estudar a composição da comunidade bacteriana associada à soja e avaliar diferentes mecanismos de interação bactéria-planta hospedeira. Para isso, bactérias endofíticas e epifíticas de folhas, caules e raízes de duas cultivares de soja, crescidas em solo com e sem aplicação pré-plantio do herbicida glifosato, foram amostradas em três estádios de desenvolvimento do hospedeiro, durante as safras de 2000/01 e 2001/02. Foram observadas diferenças significativas na diversidade e densidade bacterianas em relação às fases de crescimento da soja e tecidos da planta. Os principais grupos foram identificados como pertencentes aos gêneros Pseudomonas, Burkholderia, Ralstonia, Enterobacter, Pantoea, Acinetobacter, Agrobacterium e Methylobacterium. Além da avaliação de populações cultiváveis, análise por DGGE revelou que a comunidade bacteriana endofítica de raiz de soja pode ser influenciada pelo tratamento do solo com o herbicida glifosato. O potencial destas bactérias para a promoção de crescimento vegetal por bactérias associadas à soja foi avaliado, sendo possível observar que populações endofíticas e epifíticas de soja apresentam características relacionadas à promoção de crescimento vegetal e que fatores como cultivar e estádio fenológico do hospedeiro podem influenciar as freqüências destas populações. A análise da variabilidade genética destas populações bacterianas revelou que diferentes fatores ambientais também podem influenciar a diversidade de grupos bacterianos. Além disso, populações endofíticas com capacidade de crescer na presença do herbicida glifosato foram caracterizadas e identificadas como pertencentes às espécies Burkholderia gladioli e Pseudomonas oryzihabitans, enquanto que Methylobacterium spp. colonizam ativamente a superfície e os tecidos internos de soja após inoculação via semente. Os resultados obtidos podem oferecer uma contribuição para a melhor compreensão da interação microrganismossoja e, conseqüentemente, de sua aplicação na cultura deste vegetal.

Endophytic and epiphytic bacteria may increase the fitness of the plant host by increasing resistance to stress conditions, alterations in the physiologic conditions, fixation of atmospheric nitrogen, nutrient supplying and plant growth regulators production. The aims of the present work were to study the composition of soybean-associated bacterial community and to evaluate different mechanisms for bacteria-host plant interaction. For that, endophytic and epiphytic bacteria from leaves, stems and roots of two soybean cultivars, planted in soil with and without pre-planting application of the glyphosate herbicide, they were colleted in three development stages of the…

Advisors/Committee Members: Azevedo, Joao Lucio de.

Subjects/Keywords: bacteria-plant interaction; bactéria endofítica; crescimento vegetal; diversidade genética; ecologia microbiana; endophytic bacterium; genetic diversity; genetic variability; herbicida sintético; microbial ecology; plant growth; relação planta-bactéria; soja; soybean; synthetic herbicide; variabilidade genética

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APA (6^th Edition):

Sobral, J. K. (2004). A comunidade bacteriana endofítica e epifítica de soja (Glycine max) e estudo da interação endófitos-planta. (Doctoral Dissertation). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-24052004-154815/ ;

Chicago Manual of Style (16^th Edition):

Sobral, Julia Kuklinsky. “A comunidade bacteriana endofítica e epifítica de soja (Glycine max) e estudo da interação endófitos-planta.” 2004. Doctoral Dissertation, University of São Paulo. Accessed January 16, 2021. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-24052004-154815/ ;.

MLA Handbook (7^th Edition):

Sobral, Julia Kuklinsky. “A comunidade bacteriana endofítica e epifítica de soja (Glycine max) e estudo da interação endófitos-planta.” 2004. Web. 16 Jan 2021.

Vancouver:

Sobral JK. A comunidade bacteriana endofítica e epifítica de soja (Glycine max) e estudo da interação endófitos-planta. [Internet] [Doctoral dissertation]. University of São Paulo; 2004. [cited 2021 Jan 16]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-24052004-154815/ ;.

Council of Science Editors:

Sobral JK. A comunidade bacteriana endofítica e epifítica de soja (Glycine max) e estudo da interação endófitos-planta. [Doctoral Dissertation]. University of São Paulo; 2004. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-24052004-154815/ ;

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