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1. Chartier, Matthieu. Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire.

Degree: PhD, Biochimie, 2016, Université de Sherbrooke

Résumé : Les méthodes de détection de similarités de sites de liaison servent entre autres à la prédiction de fonction et à la prédiction de cibles croisées. Ces méthodes peuvent aider à prévenir les effets secondaires, suggérer le repositionnement de médicament existants, identifier des cibles polypharmacologiques et des remplacements bio-isostériques. La plupart des méthodes utilisent des représentations basées sur les atomes, même si les champs d’interaction moléculaire (MIFs) représentent plus directement ce qui cherche à être identifié. Nous avons développé une méthode bio-informatique, IsoMif, qui détecte les similarités de MIF entre différents sites de liaisons et qui ne nécessite aucun alignement de séquence ou de structure. Sa performance a été comparée à d’autres méthodes avec des bancs d’essais, ce qui n’a jamais été fait pour une méthode basée sur les MIFs. IsoMif performe mieux en moyenne et est plus robuste. Nous avons noté des limites intrinsèques à la méthodologie et d’autres qui proviennent de la nature. L’impact de choix de conception sur la performance est discuté. Nous avons développé une interface en ligne qui permet la détection de similarités entre une protéine et différents ensembles de MIFs précalculés ou à des MIFs choisis par l’utilisateur. Des sessions PyMOL peuvent être téléchargées afin de visualiser les similarités identifiées pour différentes interactions intermoléculaires. Nous avons appliqué IsoMif pour identifier des cibles croisées potentielles de drogues lors d’une analyse à large échelle (5,6 millions de comparaisons). Des simulations d’arrimage moléculaire ont également été effectuées pour les prédictions significatives. L’objectif est de générer des hypothèses de repositionnement et de mécanismes d’effets secondaires observés. Plusieurs exemples sont présentés à cet égard. Advisors/Committee Members: Najmanovich, Rafaël.

Subjects/Keywords: Champs d'interaction moléculaire; Détection de similarités; Réactivité croisée; Reconnaissance moléculaire; Polypharmacologie; Effets secondaires; Repositionnement de médicaments; Molecular interaction fields; Detection of similarities; Cross-reactivity; Molecular recognition; Polypharmacology; Side-effects; Drug repurposing

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Chartier, M. (2016). Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire. (Doctoral Dissertation). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_8893.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/8893/1/Chartier_Matthieu_PhD_2016.pdf

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Chartier, Matthieu. “Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire.” 2016. Doctoral Dissertation, Université de Sherbrooke. Accessed July 19, 2019. http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_8893.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/8893/1/Chartier_Matthieu_PhD_2016.pdf.

MLA Handbook (7th Edition):

Chartier, Matthieu. “Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire.” 2016. Web. 19 Jul 2019.

Vancouver:

Chartier M. Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Sherbrooke; 2016. [cited 2019 Jul 19]. Available from: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_8893.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/8893/1/Chartier_Matthieu_PhD_2016.pdf.

Council of Science Editors:

Chartier M. Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire. [Doctoral Dissertation]. Université de Sherbrooke; 2016. Available from: http://www.collectionscanada.gc.ca/obj/thesescanada/vol2/QSHERU/TC-QSHERU-11143_8893.pdf ; http://savoirs.usherbrooke.ca/bitstream/11143/8893/1/Chartier_Matthieu_PhD_2016.pdf


Université de Sherbrooke

2. Chartier, Matthieu. Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire .

Degree: 2016, Université de Sherbrooke

Résumé : Les méthodes de détection de similarités de sites de liaison servent entre autres à la prédiction de fonction et à la prédiction de cibles croisées. Ces méthodes peuvent aider à prévenir les effets secondaires, suggérer le repositionnement de médicament existants, identifier des cibles polypharmacologiques et des remplacements bio-isostériques. La plupart des méthodes utilisent des représentations basées sur les atomes, même si les champs d’interaction moléculaire (MIFs) représentent plus directement ce qui cherche à être identifié. Nous avons développé une méthode bio-informatique, IsoMif, qui détecte les similarités de MIF entre différents sites de liaisons et qui ne nécessite aucun alignement de séquence ou de structure. Sa performance a été comparée à d’autres méthodes avec des bancs d’essais, ce qui n’a jamais été fait pour une méthode basée sur les MIFs. IsoMif performe mieux en moyenne et est plus robuste. Nous avons noté des limites intrinsèques à la méthodologie et d’autres qui proviennent de la nature. L’impact de choix de conception sur la performance est discuté. Nous avons développé une interface en ligne qui permet la détection de similarités entre une protéine et différents ensembles de MIFs précalculés ou à des MIFs choisis par l’utilisateur. Des sessions PyMOL peuvent être téléchargées afin de visualiser les similarités identifiées pour différentes interactions intermoléculaires. Nous avons appliqué IsoMif pour identifier des cibles croisées potentielles de drogues lors d’une analyse à large échelle (5,6 millions de comparaisons). Des simulations d’arrimage moléculaire ont également été effectuées pour les prédictions significatives. L’objectif est de générer des hypothèses de repositionnement et de mécanismes d’effets secondaires observés. Plusieurs exemples sont présentés à cet égard. Advisors/Committee Members: Najmanovich, Rafaël (advisor).

Subjects/Keywords: Champs d'interaction moléculaire; Détection de similarités; Réactivité croisée; Reconnaissance moléculaire; Polypharmacologie; Effets secondaires; Repositionnement de médicaments; Molecular interaction fields; Detection of similarities; Cross-reactivity; Molecular recognition; Polypharmacology; Side-effects; Drug repurposing

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APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Chartier, M. (2016). Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire . (Doctoral Dissertation). Université de Sherbrooke. Retrieved from http://hdl.handle.net/11143/8893

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Chartier, Matthieu. “Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire .” 2016. Doctoral Dissertation, Université de Sherbrooke. Accessed July 19, 2019. http://hdl.handle.net/11143/8893.

MLA Handbook (7th Edition):

Chartier, Matthieu. “Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire .” 2016. Web. 19 Jul 2019.

Vancouver:

Chartier M. Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire . [Internet] [Doctoral dissertation]. Université de Sherbrooke; 2016. [cited 2019 Jul 19]. Available from: http://hdl.handle.net/11143/8893.

Council of Science Editors:

Chartier M. Développement et applications d’un outil bio-informatique pour la détection de similarités de champs d’interaction moléculaire . [Doctoral Dissertation]. Université de Sherbrooke; 2016. Available from: http://hdl.handle.net/11143/8893

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