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1. Cacheux, Lauriane. Diversité et histoire évolutive de l’ADN alpha satellite chez les Cercopithèques : Diversity and evolutionary history of alpha satellite DNA in Cercopithecini.

Degree: Docteur es, Biologie moléculaire - Génomique évolutive, 2016, Paris, Muséum national d'histoire naturelle

Les régions centromériques reposent, chez les Primates, sur une famille de séquences répétées en tandem appelée l'ADN alpha satellite. Les monomères de cet ADN (≈170 pb) se sont diversifiés au cours de l'évolution, formant des familles de séquences aux profils d'organisation et distribution variés. La diversité des alphas satellites chez les primates non-humains reste cependant peu caractérisée, et la compréhension de la dynamique évolutive de cet ADN nécessite son intégration dans de plus larges analyses comparatives. Les Cercopithèques, qui présentent une évolution chromosomique originale par fissions et émergences de nouveaux centromères, apparaissent comme des modèles d'étude prometteurs.Nous avons appliqué une nouvelle technologie de séquençage à des monomères et dimères d'alpha satellites, isolés à partir des génomes de Cercopithecus solatus (2n = 60) et C. pogonias (2n = 72). Ces deux espèces appartiennent à des lignées primaires distinctes au sein des Cercopithèques, et ont divergé l'une de l'autre il y a plusieurs millions d'années. L'analyse computationnelle des séquences collectées a permis la caractérisation de six familles d'alpha satellites, dont quatre sont partagées entre espèces et deux ne sont retrouvées que chez C. pogonias. Au moins trois familles seraient impliquées dans des répétitions d'ordre supérieur, profil d'organisation jusque-là inconnu dans l'ADN alpha satellite des Cercopithèques. L'hybridation in situ en fluorescence des familles identifiées, réalisée grâce à des sondes oligonucléotidiques hautement discriminantes, a permis de visualiser leur distribution sur les chromosomes de C. solatus et C. pogonias. Certaines de ces familles se distribuent différentiellement entre chromosomes, révélant l'existence d'une diversité interchromosomique de l'ADN alpha satellite chez les singes de l'Ancien Monde. Leurs positions sur les régions centromériques vont en faveur de l'hypothèse du gradient d'âge des alphas satellites, selon laquelle les familles se forment aux centromères en déplaçant les familles préexistantes vers les péricentromères. L'extension de cette analyse cytogénétique à quinze espèces et l'interprétation de ses résultats à la lumière d'une phylogénie moléculaire, nouvellement reconstruite, nous ont permis de proposer un scénario évolutif pour l'ADN alpha satellite chez les Cercopithèques. Celui-ci apparaît évoluer de manière concertée avec les chromosomes, se diversifiant et se déplaçant sur les régions centromériques à mesure que ces derniers se fissionnent et voient l'émergence de nouveaux centromères. Ces travaux ont enfin apporté des informations nouvelles quant aux relations de parenté entre Cercopithèques, invitant à une intégration de l'ADN alpha satellite dans l'étude de l'histoire évolutive des Primates. L'approche méthodologique mise au point a permis de caractériser la diversité et de comprendre l'évolution de l'ADN alpha satellite chez les Cercopithèques. Elle pourra être appliquée à l'étude de ces séquences particulières chez d'autres primates, ainsi qu'à l'étude de… Advisors/Committee Members: Escudé, Christophe (thesis director), Denys, Christiane (thesis director).

Subjects/Keywords: ADN alpha satellite; Cercopithèques; Centromère; Evolution des génomes; Alpha satellite DNA; Cercopithecini; Centromere; Genome evolution; 571.6; 572.86; 591.3

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Cacheux, L. (2016). Diversité et histoire évolutive de l’ADN alpha satellite chez les Cercopithèques : Diversity and evolutionary history of alpha satellite DNA in Cercopithecini. (Doctoral Dissertation). Paris, Muséum national d'histoire naturelle. Retrieved from http://www.theses.fr/2016MNHN0020

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Cacheux, Lauriane. “Diversité et histoire évolutive de l’ADN alpha satellite chez les Cercopithèques : Diversity and evolutionary history of alpha satellite DNA in Cercopithecini.” 2016. Doctoral Dissertation, Paris, Muséum national d'histoire naturelle. Accessed March 23, 2019. http://www.theses.fr/2016MNHN0020.

MLA Handbook (7th Edition):

Cacheux, Lauriane. “Diversité et histoire évolutive de l’ADN alpha satellite chez les Cercopithèques : Diversity and evolutionary history of alpha satellite DNA in Cercopithecini.” 2016. Web. 23 Mar 2019.

Vancouver:

Cacheux L. Diversité et histoire évolutive de l’ADN alpha satellite chez les Cercopithèques : Diversity and evolutionary history of alpha satellite DNA in Cercopithecini. [Internet] [Doctoral dissertation]. Paris, Muséum national d'histoire naturelle; 2016. [cited 2019 Mar 23]. Available from: http://www.theses.fr/2016MNHN0020.

Council of Science Editors:

Cacheux L. Diversité et histoire évolutive de l’ADN alpha satellite chez les Cercopithèques : Diversity and evolutionary history of alpha satellite DNA in Cercopithecini. [Doctoral Dissertation]. Paris, Muséum national d'histoire naturelle; 2016. Available from: http://www.theses.fr/2016MNHN0020

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