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1. Malou, Nada. Adaptation de l'immuno-PCR pour le diagnostic des maladies infectieuses : Etude de la synthèse de l'ARN du virus de l'hépatite C in vitro et dans des cellules d’hépatocarcinomes.

Degree: Docteur es, Pathologie humaine, 2011, Aix-Marseille 2

Cette thèse présentait comme objectif mettre en évidence le potentiel apport de l’immuno-PCR dans le diagnostic des maladies infectieuses à travers 3 exemples. L’application de l’iPCR dans le diagnostic précoce de la fièvre Q aiguë via la détection des IgM Phase II anti Coxiella burnetii a permis de détecter 90% des sérums prélevés dans les 2 premières semaines après l’apparition des symptômes contre 55% détectés par PCR, 38% par ELISA et 35% par l’IF la technique de référence. De plus une spécificité de 92% a été retrouvée par iPCR, 100% par PCR et l’IF et 90% par ELISA. L’application de l’iPCR à la fièvre Q aiguë constitue un exemple d’application de la technique plus globalement pour tous types d’infections aiguës. D’autre part, dans le cadre de la mise au point d’un modèle expérimental murin d’infection à Tropheryma whipplei, l’iPCR a servi à mesurer la réponse immunitaire mucosale via la détection des IgA anti T. whipplei dans les selles de souris. Les résultats obtenus ont permis de confirmer le rôle de la bactérie comme agent de gastroentérite via entre autre la détection d’IgA anti T. whipplei dans les selles lorsque des atteintes intestinales étaient provoquées. Enfin l’’utilisation de l’iPCR pour la détection de l’antigène Y. pestis dans des dents anciennes a permis de confirmer Y. pestis comme agent étiologique de la peste noire dans 5 charniers à travers la France et l’Italie. Une sensibilité de 41% a été retrouvée par iPCR contre 32% par PCR et 10% par ELISA. Nos résultats suggèrent que la détection des antigènes et la détection de l’ADN du pathogène semblent être 2 approches complémentaires permettant de confirmer le rôle de Y. pestis dans les différentes pandémies de peste et de mettre fin aux controverses suscitées par la seule utilisation des techniques de biologie moléculaire.Globalement, les résultats que nous avons obtenus au cours de cette thèse démontrent le potentiel énorme de l’iPCR comme technique de détection des anticorps et d’antigènes dans le domaine des maladies infectieuses tant au niveau de la sensibilité de détection qu’au niveau de son adaptabilité à différentes applications.

The objective of this thesis was to highlight the potential contribution of immuno-PCR in the diagnosis of infectious disease through 3 examples of infection. The iPCR was adapted for the early diagnosis of acute Q fever by the detection of IgM anti phase II Coxiella burnetii in patient’s sera. The results that we obtained show that iPCR could allow an early diagnosis of acute Q fever since 90% of early sera of patients with acute Q fever collected during the 2 first weeks after the onset of symptoms are detected against 55% by PCR, 38% by ELISA and 35% by IFA the gold standard. In addition, a specificity of 92% was found by iPCR, 90% by ELISA and 100% by PCR and IF. Application of iPCR to the diagnosis of acute Q fever is an example of application of the technique more generally for all types of acute infections. In a second time, the use of iPCR for the detection of Yersinia pestis antigen in ancient teeth…

Advisors/Committee Members: Raoult, Didier (thesis director).

Subjects/Keywords: IPCR; Sérodiagnostic; Antigène; Anticorps; Détection; IPCR; Serodiagnostic; Antigens; Antibodies; Ultrasensitive detection

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APA (6th Edition):

Malou, N. (2011). Adaptation de l'immuno-PCR pour le diagnostic des maladies infectieuses : Etude de la synthèse de l'ARN du virus de l'hépatite C in vitro et dans des cellules d’hépatocarcinomes. (Doctoral Dissertation). Aix-Marseille 2. Retrieved from http://www.theses.fr/2011AIX20692

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Malou, Nada. “Adaptation de l'immuno-PCR pour le diagnostic des maladies infectieuses : Etude de la synthèse de l'ARN du virus de l'hépatite C in vitro et dans des cellules d’hépatocarcinomes.” 2011. Doctoral Dissertation, Aix-Marseille 2. Accessed July 10, 2020. http://www.theses.fr/2011AIX20692.

MLA Handbook (7th Edition):

Malou, Nada. “Adaptation de l'immuno-PCR pour le diagnostic des maladies infectieuses : Etude de la synthèse de l'ARN du virus de l'hépatite C in vitro et dans des cellules d’hépatocarcinomes.” 2011. Web. 10 Jul 2020.

Vancouver:

Malou N. Adaptation de l'immuno-PCR pour le diagnostic des maladies infectieuses : Etude de la synthèse de l'ARN du virus de l'hépatite C in vitro et dans des cellules d’hépatocarcinomes. [Internet] [Doctoral dissertation]. Aix-Marseille 2; 2011. [cited 2020 Jul 10]. Available from: http://www.theses.fr/2011AIX20692.

Council of Science Editors:

Malou N. Adaptation de l'immuno-PCR pour le diagnostic des maladies infectieuses : Etude de la synthèse de l'ARN du virus de l'hépatite C in vitro et dans des cellules d’hépatocarcinomes. [Doctoral Dissertation]. Aix-Marseille 2; 2011. Available from: http://www.theses.fr/2011AIX20692


University of St. Andrews

2. Zarins-Tutt, Joseph Scott. Gene mining of biosynthesis genes and biosynthetic manipulation of marine bacteria for the production of new antibiotic candidates .

Degree: 2015, University of St. Andrews

Natural product drug discovery has traditionally been the corner stone of medicine having provided cures to many of today’s most common diseases. In particular, antibiotics have revolutionised healthcare and extended human lifespan. However, since their introduction into the clinic, resistance to these drugs has arisen. With the number of new antibiotics being discovered in recent years declining, and fewer drugs making it past clinical trials, we have reached the point where antibiotic resistant infections have become common place and a serious threat to health and society. There is now an urgent requirement for the discovery of new antibiotics and in particular those with unexploited mode of action. This thesis details the different areas of natural product drug development from discovery through to analogue generation. In Chapter one, the history of natural products as therapeutics is explored with a particular focus on antibiotics and how resistance arises against these agents. It outlines why the discovery of new antibiotics is so important and new methods used to facilitate this search. Chapter two follows with the development of a screening platform for antibiotic induction, using the model Streptomyces; Streptomyces coleiolor M145. A variety of culture additives are explored for their ability to induce secondary metabolism production. Chapter three then details the sampling and identification of microbes from a pseudo-marine environment and their screening for their ability to produce secondary metabolites with antibiotic properties. The second half of this thesis centres on the non-ribosomal peptide echinomycin. Collaborators Aquapharm supplied the marine derived strain AQP-4895, capable of producing echinomycin. Chapter four details the establishment of AQP-4895 culturing conditions and the shift observed in production profile. Next Chapter five looks at producing echinomycin analogues through precursor directed biosynthesis. A range of halogenated quinoxaline carboxylic acids are synthesised and fed to AQP-4895, and the respective echinomycin analogues monitored by LC-MS. Chapter Six then aims to direct biosynthesis of the halogenated analogues, using mutasynthesis. Due to the lack of genetic data available surrounding the strain, an unusual approach was taken, using iPCR to create a template for homologous recombination. Advisors/Committee Members: Goss, Rebecca J (advisor).

Subjects/Keywords: Biosynthesis; Antibiotics; Natural products; Actinomycetes; Marine bacteria; iPCR; Echinomycin; Cryptic secondary metabolism

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APA (6th Edition):

Zarins-Tutt, J. S. (2015). Gene mining of biosynthesis genes and biosynthetic manipulation of marine bacteria for the production of new antibiotic candidates . (Thesis). University of St. Andrews. Retrieved from http://hdl.handle.net/10023/7690

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Chicago Manual of Style (16th Edition):

Zarins-Tutt, Joseph Scott. “Gene mining of biosynthesis genes and biosynthetic manipulation of marine bacteria for the production of new antibiotic candidates .” 2015. Thesis, University of St. Andrews. Accessed July 10, 2020. http://hdl.handle.net/10023/7690.

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MLA Handbook (7th Edition):

Zarins-Tutt, Joseph Scott. “Gene mining of biosynthesis genes and biosynthetic manipulation of marine bacteria for the production of new antibiotic candidates .” 2015. Web. 10 Jul 2020.

Vancouver:

Zarins-Tutt JS. Gene mining of biosynthesis genes and biosynthetic manipulation of marine bacteria for the production of new antibiotic candidates . [Internet] [Thesis]. University of St. Andrews; 2015. [cited 2020 Jul 10]. Available from: http://hdl.handle.net/10023/7690.

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Zarins-Tutt JS. Gene mining of biosynthesis genes and biosynthetic manipulation of marine bacteria for the production of new antibiotic candidates . [Thesis]. University of St. Andrews; 2015. Available from: http://hdl.handle.net/10023/7690

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

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