Advanced search options

Advanced Search Options 🞨

Browse by author name (“Author name starts with…”).

Find ETDs with:

in
/  
in
/  
in
/  
in

Written in Published in Earliest date Latest date

Sorted by

Results per page:

You searched for subject:( OptiGrid). One record found.

Search Limiters

Last 2 Years | English Only

No search limiters apply to these results.

▼ Search Limiters


Brno University of Technology

1. Jaroš, Marta. Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech .

Degree: 2016, Brno University of Technology

Práce se zabývá problémem shlukování tunelů z dat získaných molekulární dynamikou proteinů. Tento proces je velmi výpočetně náročný a představuje výzvu pro vědecké komunity. Cílem je najít algoritmus s optimálním poměrem časové a prostorové složitosti. Práce začíná rešerší shlukovacích algoritmů. Rovněž se zabývá způsobem, jak pracovat s velkými datovými sadami, způsobem vizualizace a porovnání výsledků shlukování. Jádro práce představuje návrh řešení tohoto problému s využitím algoritmu Twister Tries . Rozebírá jeho implementační detaily a poskytuje výsledky testování z hlediska kvality výsledků a výpočetní náročnosti. Cílem práce bylo experimentálně ověřit, zda stochastickým algoritmem  Twister Tries dosáhneme stejných výsledků jako s exaktním algoritmem ( average-linkage ). Tento předpoklad se nepovedlo jednoznačně potvrdit. Z poznatků při testování hashovacích funkcí vyplývá, že stejných výsledků jsme schopni dosáhnout i s funkcí, která pracuje na nízkém stupni dimenzionality, avšak v mnohem kratším výpočetním čase.; This thesis deals with the clustering of tunnels in data obtained from the protein molecular dynamics simulation. This process is very computationaly intensive and it has been a challenge for scientific communities. The goal is to find such an algorithm with optimal time and space complexity ratio. The research of clustering algorithms, work with huge highdimensional datasets, visualisation and cluster-comparing methods are discussed. The thesis provides a proposal of the solution of this problem using the Twister Tries algorithm. The implementation details are analysed and the testing results of the solution quality and space complexity are provided. The goal of the thesis was to prove that we could achieve the same results with a stochastic algorithm - Twister Tries , as with an exact algorithm ( average-linkage ). This assumption was not confirmed confidently. Another finding of the hashing functions analysis shows that we could obtain the same results of hashing with a low dimensional hashing function but in much better computational time. Advisors/Committee Members: Martínek, Tomáš (advisor).

Subjects/Keywords: Protein; detekce tunelů; shlukovací algoritmy; OptiGrid; Gilpin; Twister Tries; LSH; Java; CAVER.; Protein; tunnel detection; clustering algorithms; OptiGrid; Gilpin; Twister Tries; LSH; Java; CAVER.

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Jaroš, M. (2016). Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech . (Thesis). Brno University of Technology. Retrieved from http://hdl.handle.net/11012/61867

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Jaroš, Marta. “Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech .” 2016. Thesis, Brno University of Technology. Accessed August 25, 2019. http://hdl.handle.net/11012/61867.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

MLA Handbook (7th Edition):

Jaroš, Marta. “Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech .” 2016. Web. 25 Aug 2019.

Vancouver:

Jaroš M. Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech . [Internet] [Thesis]. Brno University of Technology; 2016. [cited 2019 Aug 25]. Available from: http://hdl.handle.net/11012/61867.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Jaroš M. Akcelerace algoritmů pro shlukování tunelů v proteinech . [Thesis]. Brno University of Technology; 2016. Available from: http://hdl.handle.net/11012/61867

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

.