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You searched for subject:( Bioinform tica). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

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1. Batalha Junior, Minerval de Oliveira. Clonagem e express?o da enzima ?-glucuronidase obtida de uma biblioteca metagen?mica de terra preta de ?ndio.

Degree: 2020, Universidade Federal do Amazonas

As enzimas est?o presentes em todas as c?lulas vivas, onde atuam como catalisadoras biol?gicas no controle metab?lico de todos os organismos vivos. Os microrganismos ganham cada vez mais destaque como produtor dessas mol?culas biocatalizadoras. A t?cnica metagen?mica utilizando ferramentas moleculares e da bioinform?tica torna poss?vel descobrir novas enzimas a partir de uma amostra ambiental qualquer. A Terra Preta de ?ndio ? encontrada em algumas regi?es da Amaz?nia, apresentando alto teor de mat?ria org?nica devido ? alta atividade biol?gica neste ambiente. A partir de uma biblioteca metagen?mica de Terra Preta de ?ndio constru?da e depositada na Universidade Federal do Amazonas, foi poss?vel identificar um grupo de enzimas hidrolases. Dentro deste grupo foi rastreada a enzima ?-glucuronidase que tem papel fundamental no metabolismo bacteriano, como gene rep?rter em transforma??o de plantas, em teste antidoping e na biotransforma??o da mol?cula de glicirrizina em derivados que agrega maior valor econ?mico para ind?stria farmac?utica e cosm?tica. A ?-glucuronidase foi clonada e expressa em E coli. BL21(DE3) pLysS utilizando como vetor o plasm?deo pET28a(+) Promega. Sua massa molecular foi estimada em 61 kDa. Sua atividade catal?tica em tamp?o fosfato de s?dio 100mM utilizando como substrato X-gal (20 mg/mL) (5-bromo-4-chloro-3-indolyl-?-D-galactopiranos?deo) foi melhor a 40 °C e pH 7. Com par?metros cin?ticos aparentes Km e Vmax 4,08 mg e 0,45 mn.min-1 respectivamente. Os resultados deste projeto ir?o contribuir para o melhor estudo da capacidade catal?tica, comparar sua capacidade hidrol?tica com outras ?-glucuronidases comerciais e desta forma torn?-la mais adequada para aplica??o em diferentes ramos biotecnol?gicos.

Enzymes are present in all living cells, where they act as biological catalysts in the metabolic control of all living organisms. Microorganisms are increasingly highlighted as a producer of these biocatalyst molecules. The metagenomic technique using molecular and bioinformatics tools makes it possible to discover new enzymes from any environmental sample. Black Earth the Indian is found in some regions of the Amazon, with a high content of organic matter due to the high biological activity in this environment. From a metagenomic library of Black earth the indian built and deposited at the Federal University of Amazonas, it was possible to identify a group of hydrolases enzymes. Within this group, the enzyme ?-glucuronidase was screened, which plays a fundamental role in bacterial metabolism, as a reporter gene in plant transformation, in an anti-doping test and acts in the biotransformation of the glycyrrhizin molecule into derivatives that adds greater economic value to the pharmaceutical and cosmetic industry. ?-glucuronidase was cloned and expressed in E coli. BL21 (DE3) pLysS using the plasmid pET28a (+) Promega as vector. Its molecular mass was estimated at 61 kDa. Its catalytic activity in 100mM sodium phosphate buffer using X-gal (20 mg / mL)…

Advisors/Committee Members: Astolfi Filho, Spartaco, http://lattes.cnpq.br/2699190136695057, Mar?al, Lorena Nacif, http://lattes.cnpq.br/2367781429843619, Cordeiro, Isabelle Bezerra, http://lattes.cnpq.br/1929162702718867.

Subjects/Keywords: T?cnica metagen?mica; ?-glucuronidase; Enzimas hidrolases; Mol?culas biocatalizadoras; Bioinform?tica; CI?NCIAS BIOL?GICAS; Enzima; ?-glucuronidase; Metagen?mica; Terra Preta de ?ndio; Express?o Heter?loga

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APA (6th Edition):

Batalha Junior, M. d. O. (2020). Clonagem e express?o da enzima ?-glucuronidase obtida de uma biblioteca metagen?mica de terra preta de ?ndio. (Masters Thesis). Universidade Federal do Amazonas. Retrieved from https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7720

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Batalha Junior, Minerval de Oliveira. “Clonagem e express?o da enzima ?-glucuronidase obtida de uma biblioteca metagen?mica de terra preta de ?ndio.” 2020. Masters Thesis, Universidade Federal do Amazonas. Accessed August 14, 2020. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7720.

MLA Handbook (7th Edition):

Batalha Junior, Minerval de Oliveira. “Clonagem e express?o da enzima ?-glucuronidase obtida de uma biblioteca metagen?mica de terra preta de ?ndio.” 2020. Web. 14 Aug 2020.

Vancouver:

Batalha Junior MdO. Clonagem e express?o da enzima ?-glucuronidase obtida de uma biblioteca metagen?mica de terra preta de ?ndio. [Internet] [Masters thesis]. Universidade Federal do Amazonas; 2020. [cited 2020 Aug 14]. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7720.

Council of Science Editors:

Batalha Junior MdO. Clonagem e express?o da enzima ?-glucuronidase obtida de uma biblioteca metagen?mica de terra preta de ?ndio. [Masters Thesis]. Universidade Federal do Amazonas; 2020. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7720

2. Vilca, Omar Latorre. Combinatorial Approaches for the Closest String Problem.

Degree: 2019, Universidade Federal do Amazonas

O problema da cadeia de caracteres mais pr?xima (do ingl?s Closest String Problem CSP) que surge na bioinform?tica e na criptografia ? encontrar uma cadeia de caracteres que minimize a maior dist?ncia de Hamming de um determinado conjunto de cadeias de caracteres, o CSP ? um problema NP-dif?cil. O principal objetivo deste trabalho ? propor m?todos exatos para este problema, para esse fim, caracterizamos casos especiais para esse problema com ?nfase no n?mero de strings. At? agora, nossa contribui??o ?: algoritmos de tempo linear para o CSP com at? tr?s strings e para quatro strings bin?rias, al?m de um algoritmo guloso heur?stico e um algoritmo exato recursivo para o caso geral. Al?m disso, para cada algoritmo proposto ser?o apresentadas provas formais de corretude, tamb?m experimentos num?ricos mostrar?o a efic?cia dos algoritmos propostos.

The closest string problem (CSP) that arises in computational molecular biology and coding theory is to find a string that minimizes the maximum Hamming distance from a given set of strings, the CSP is an NP-hard problem. The main aim of this work is to propose exact methods for this problem, for this purpose, we characterize special cases for this problem with emphasis in the number of strings. Until now our contribution is: linear-time algorithms for CSP with up to three strings and for four binary strings, in addition to an heuristic greedy algorithm and a recursive exact algorithm for CSP for the general case. Furthermore, for each proposed algorithm formal proofs will be presented, also numerical experiments will show the effectiveness of the proposed algorithms.

CAPES - Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior

Advisors/Committee Members: Feitosa, Eduardo Luzeiro, 5939944067207881, http://lattes.cnpq.br/5939944067207881, Collona, Juan Gabriel, Nakamura, Fab?ola Guerra, Onety, Renata da Encarna??o, Craveiro, Joaquim Maciel da Costa, [email protected], https://orcid.org/0000-0001-6401-3992.

Subjects/Keywords: Bioinform?tica; Criptografia de dados (Computa??o); CI?NCIAS EXATAS E DA TERRA: CI?NCIA DA COMPUTA??O: TEORIA DA COMPUTA??O: AN?LISE DE ALGORITMOS E COMPLEXIDADE DE COMPUTA??O; Combinatorial Optimization; Integer Programming; Heuristics

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APA (6th Edition):

Vilca, O. L. (2019). Combinatorial Approaches for the Closest String Problem. (Doctoral Dissertation). Universidade Federal do Amazonas. Retrieved from https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7449

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Vilca, Omar Latorre. “Combinatorial Approaches for the Closest String Problem.” 2019. Doctoral Dissertation, Universidade Federal do Amazonas. Accessed August 14, 2020. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7449.

MLA Handbook (7th Edition):

Vilca, Omar Latorre. “Combinatorial Approaches for the Closest String Problem.” 2019. Web. 14 Aug 2020.

Vancouver:

Vilca OL. Combinatorial Approaches for the Closest String Problem. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2019. [cited 2020 Aug 14]. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7449.

Council of Science Editors:

Vilca OL. Combinatorial Approaches for the Closest String Problem. [Doctoral Dissertation]. Universidade Federal do Amazonas; 2019. Available from: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/7449

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