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1. Ramírez Prado, Juan Sebastián. Depicting some chromatin-based mechanisms behind Arabidopsis thaliana stress responses : Rôle des modifications de la chromatine dans la réponse au stress chez Arabidopsis thaliana.

Degree: Docteur es, Biologie, 2019, Paris Saclay

Les modifications de la chromatine jouent un rôle fondamental dans le contrôle de l’expression des gènes de stress et la mise en place d’une réponse physiologique appropriée en réponse aux signaux environnementaux. Les complexes répressifs polycomb (PRC pour Polycomb Repressive Complexes), PRC1 et PRC2 permettent la répression des gènes via le dépôt des marques H3K27me3 et H2AUb. Ce projet de thèse vise à explorer le rôle de la protéine LHP1, une sous-unité du complexe PRC1 chez Arabidopsis thaliana, dans la régulation de l’homéostasie de la marque H3K27me3 et des voies de signalisation activées par les stress. Nous avons utilisé une approche intégrative pour identifier les réponses immunitaires dé-régulées dans le mutant lhp1 ; mettant ainsi en évidence le rôle de la protéine LHP1 dans la répression de la branche dépendante de MYC2 de la signalisation par l’Acide Jasmonique et l’éthylène. La perte de la protéine LHP1 induit une baisse du niveau de la marque H3K27 me3 dans le corps des gènes ANAC019 et ANAC055, ce qui augmente leur expression et la dérégulation de leurs cible, conduisant ainsi à une résistance accrue aux pucerons, ainsi qu’à une sensibilité plus importante à l’ABA et à une meilleure tolérance à la sècheresse. D’autre part, l’activation de cette voie de signalisation dans le mutant lhp1 induit une baisse d’accumulation de l’Acide Salicylique (SA), due à la dé-régulation des gènes ICS1 et BSMT1, ainsi qu’à une sensibilité accrue au pathogène hémibiotrophe Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. Afin de mieux comprendre la fonction moléculaire de LHP1, nous avons étudié son interaction génétique avec l’histone déméthylase REF6. Nous avons analysé des données de ChIP-seq menées dans les mutants lhp1 et ref6 ainsi que dans le double mutant à la lumière des phénotypes développementaux et physiologiques de ces lignées, mettant ainsi en évidence le rôle complexe de LHP1 dans l’homéostasie de la marque H3K27me3. D’après ces résultats, nous proposons que d’une part, LHP1 est requise pour le recrutement d’histone méthyltransférases sur certains gènes afin de permettre le dépôt de la marque, et que d’autre part, LHP1 protège d’autre loci de l’activité de déméthylases telles que REF6. Nous avons aussi étudié les mécanismes conduisant à une augmentation des niveaux de H3K27me3 sur certains gènes dans le mutant lhp1, et montrons que LHP1 réprime le gène MEA. L’expression ectopique de ce gène dans les tissus somatiques du mutant lhp1 est probablement responsable de l’hyper-méthylation de nombreux loci. Ce groupe de gènes hyper-méthylés dans le mutant lhp1 est enrichi en gènes annotés comme étant impliqués dans les réponses immunitaires, affectant ainsi la régulation transcriptionnelle des gènes de défense, ce qui contribue à la sensibilité accrue du mutant lhp1 aux pathogènes nécrotrophes. Ainsi, nous proposons que l’homéostasie de la marque H3K27me3 est essentielle au développement harmonieux ainsi qu’aux réponses immunitaires de la plante, et que LHP1 contribue au maintien de l’équilibre entre diverses voies de… Advisors/Committee Members: Benhamed, Moussa (thesis director).

Subjects/Keywords: Arabidopsis thaliana; Stress; Pathogène; Polycomb; LHP1; Chromatine; H3K27me3; Arabidopsis thaliana; Stress; Pathogen; Polycomb; LHP1; Chromatin; H3K27me3

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APA (6th Edition):

Ramírez Prado, J. S. (2019). Depicting some chromatin-based mechanisms behind Arabidopsis thaliana stress responses : Rôle des modifications de la chromatine dans la réponse au stress chez Arabidopsis thaliana. (Doctoral Dissertation). Paris Saclay. Retrieved from http://www.theses.fr/2019SACLS167

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Ramírez Prado, Juan Sebastián. “Depicting some chromatin-based mechanisms behind Arabidopsis thaliana stress responses : Rôle des modifications de la chromatine dans la réponse au stress chez Arabidopsis thaliana.” 2019. Doctoral Dissertation, Paris Saclay. Accessed August 24, 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS167.

MLA Handbook (7th Edition):

Ramírez Prado, Juan Sebastián. “Depicting some chromatin-based mechanisms behind Arabidopsis thaliana stress responses : Rôle des modifications de la chromatine dans la réponse au stress chez Arabidopsis thaliana.” 2019. Web. 24 Aug 2019.

Vancouver:

Ramírez Prado JS. Depicting some chromatin-based mechanisms behind Arabidopsis thaliana stress responses : Rôle des modifications de la chromatine dans la réponse au stress chez Arabidopsis thaliana. [Internet] [Doctoral dissertation]. Paris Saclay; 2019. [cited 2019 Aug 24]. Available from: http://www.theses.fr/2019SACLS167.

Council of Science Editors:

Ramírez Prado JS. Depicting some chromatin-based mechanisms behind Arabidopsis thaliana stress responses : Rôle des modifications de la chromatine dans la réponse au stress chez Arabidopsis thaliana. [Doctoral Dissertation]. Paris Saclay; 2019. Available from: http://www.theses.fr/2019SACLS167

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