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1. Zarkovic, Gabriella. Study of the mechanisms of ADP-ribosylation of DNA break extremities. : Etude des mécanismes de l’ADP-ribosylation des extrémités des cassures de l’ADN.

Degree: Docteur es, Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie, 2017, Paris Saclay

Les poly(ADP-ribose) polymérases (PARPs/ARTDs) sont des senseurs des cassures de l’ADN et utilisent la nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+) pour synthétiser un polymère de poly(ADP-ribose) (PAR) long et branché attaché aux résidus accepteurs des protéines nucléaires. Le travail présent montre que les protéines des mammifères PARP-1, PARP-2 et PARP-3 sont capables d’ADPribosyler les extrémités des duplex d’oligonucléotides in vitro. PARP-1 modifie préférentiellement les substrats resequés, alors que PARP-2 et PARP-3 modifient préférentiellement les substrats avec un nick, et sont capables d’ADP-ribosyler les groupements phosphate en 5’ ou 3’ au niveau des extrémités des cassures double brin des duplex d’ADN contenant à proximité un nick ou gap phosphorylé en 5’. Cet étude présente une caractérisationdétaillée des préférences de substrat d’ADN pour les enzymes structuralement proches PARP-2 et PARP-3, et propose un modèle putatif du mécanisme de l’ADP-ribosylation des extrémités de l’ADN catalysée par PARP-3 et PARP-2. L’ADPribosylationefficiente d’un fragment d’ADN d’environ 3kb par PARP-3 et PARP-2, l’ADPribosylationmédiée par les PARPs dans les extrait cellulaires ainsi qu’un signal persistant générée par l’anticorps anti-PAR sur de l’ADN génomique purifié en série à partir des cellules HeLa déplétées de PARG et traitées à la bléomycine suggèrent que certains types de cassures complexes de l’ADN peuvent être efficacement PARylés par les PARPs comme réponse cellulaire aux dommages de l’ADN. Cet nouveau type de modification postréplicative de l’ADN médiée par les PARPs in vitro apporte des nouveaux éléments sur les mécanismes moléculaires sous-jacents aux enzymes qui catalysent l’ADP-ribosylation.

Poly(ADP-ribose) polymerases (PARPs/ARTDs) act as DNA break sensors and use nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) to catalyze the synthesis of a long branched poly(ADP-ribose) polymer (PAR) attached to the acceptor residues of nuclear proteins. The present work shows that mammalian PARP-1, PARP-2 and PARP-3 can ADP-ribosylate strand break termini in DNA oligonucleotide duplexes in vitro. PARP-1 preferentially modifies recessed substrates, while PARP2 and PARP3 preferentially modify nicked DNA and can ADPribosylate 5′- and 3′-terminal phosphate residues at double-strand break termini of a DNA duplex containing a proximal 5′-phosphorylated nick or a gap. This work provides detailed characterization of DNA substrate preferences for structurally

Advisors/Committee Members: Ishchenko, Alexander (thesis director).

Subjects/Keywords: Parp; ADP-Ribosylation; Cassures; Adn; Parp; ADP-Ribosylation; Breaks; Dna

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APA (6th Edition):

Zarkovic, G. (2017). Study of the mechanisms of ADP-ribosylation of DNA break extremities. : Etude des mécanismes de l’ADP-ribosylation des extrémités des cassures de l’ADN. (Doctoral Dissertation). Paris Saclay. Retrieved from http://www.theses.fr/2017SACLS567

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Zarkovic, Gabriella. “Study of the mechanisms of ADP-ribosylation of DNA break extremities. : Etude des mécanismes de l’ADP-ribosylation des extrémités des cassures de l’ADN.” 2017. Doctoral Dissertation, Paris Saclay. Accessed June 19, 2018. http://www.theses.fr/2017SACLS567.

MLA Handbook (7th Edition):

Zarkovic, Gabriella. “Study of the mechanisms of ADP-ribosylation of DNA break extremities. : Etude des mécanismes de l’ADP-ribosylation des extrémités des cassures de l’ADN.” 2017. Web. 19 Jun 2018.

Vancouver:

Zarkovic G. Study of the mechanisms of ADP-ribosylation of DNA break extremities. : Etude des mécanismes de l’ADP-ribosylation des extrémités des cassures de l’ADN. [Internet] [Doctoral dissertation]. Paris Saclay; 2017. [cited 2018 Jun 19]. Available from: http://www.theses.fr/2017SACLS567.

Council of Science Editors:

Zarkovic G. Study of the mechanisms of ADP-ribosylation of DNA break extremities. : Etude des mécanismes de l’ADP-ribosylation des extrémités des cassures de l’ADN. [Doctoral Dissertation]. Paris Saclay; 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017SACLS567

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