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You searched for +publisher:"University of São Paulo" +contributor:("Silva, Marco Antonio Alves da"). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

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1. Costa, Flávio Henrique Sant\'Ana. Modelagem e simulação computacional do crescimento de tumores in vitro.

Degree: Mestrado, Física Biológica, 2012, University of São Paulo

O crescimento de tumores vem chamando a atenção de físicos e matemáticos há mais de sessenta anos. Entretanto, a conversa com biólogos e a interação teoria-experimento têm aparecido apenas recentemente. Equações fenomenológicas e simulações computacionais continuam sendo uma ferramenta comum entre todos os modelos que conhecemos. Assim, nesse trabalho nós estudamos o problema do crescimento de tumores monocamada através das abordagens experimental, teórica e computacional, fortalecendo assim a interação teoria-experimento. Cultivamos células das linhagens HeLa (carcinoma cervical humano), HCT-15 (adenocarcinoma coloretal humano), NIH-HN-13 (carcinoma de células escamosas humanas) e U-251 (glioblastoma neuronal humano), obtendo a dimensão fractal e o comportamento do raio médio com o número de células, além de analisarmos os dados da literatura para a linhagem HT-29 (adenocarcinoma coloretal humano). A seguir nós modelamos a taxa de crescimento do raio médio através de uma curva sigmoidal. A solução analítica dessa equação nos permitiu ajustar bem os dados obtidos experimentalmente, e os parâmetros obtidos serviram para a simulação Monte Carlo dinâmico. Para essa, transformamos a taxa de crescimento do raio em taxa de crescimento do número de células, cujos resultados novamente concordaram muito bem com os dados experimentais. A dimensão fractal dos agregados esteve entre 1; 12 df 1; 21, e concordou com os dados da literatura. Novos resultados foram produzidos: i) O raio médio como uma função do número de células nos permitiu um ajuste do tipo Rc(t) = a[Nc(t) ? N~0]1=2 + R~0, mais geral que a comumente aceita relação Rc(t) = cNc(t)1=2; e ii) os tempos de espera no procedimento MCD se distribuem log-normalmente (ou Gaussianamente em alguns casos), diferentemente da distribuição Poissoniana frequêntemente assumida. A distribuição log-normal nos permitiu também conjecturar que um parâmetro , da relação ht(nT)i / n? T , possa caracterizar o crescimento monocamada de tumores devido à sua estreita abrangência 0; 69 0; 81. Nossos resultados nos permitiram concluir que diferentes condições de cultivo podem gerar diferentes respostas dos parâmetros, além disso, dois fenômenos podem caracterizar esse crescimento no âmbito mesoscópico: A competição por espaços livres e a cooperação entre as células.

Tumor growth has been calling attention of physicists and mathematicians for more than sixty years. However, cross-talking with biologists and the interplay between theory and experiment have emerged just recently. Phenomenological equations and computational simulations are still the common toolbox among all the models we know. Thus, in this work, we have studied the problem of monolayer tumor growth through the experimental, theoretical and computational approaches, enhancing the interaction between theory and experiment. We cultivate HeLa (human cervical carcinoma), HCT-15 (human colorectal adenocarcinoma), NIH-HN-13 (human squamous cell carcinoma) and U-251 (human neuronal glioblastoma) cells, calculating the fractal…

Advisors/Committee Members: Silva, Marco Antonio Alves da.

Subjects/Keywords: crescimento de tumores; dynamical Monte Carlo; mathematical modelling; modelagem matemática; Monte Carlo dinâmico; tumor growth

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APA (6th Edition):

Costa, F. H. S. (2012). Modelagem e simulação computacional do crescimento de tumores in vitro. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-28062012-150314/ ;

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Costa, Flávio Henrique Sant\'Ana. “Modelagem e simulação computacional do crescimento de tumores in vitro.” 2012. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed March 23, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-28062012-150314/ ;.

MLA Handbook (7th Edition):

Costa, Flávio Henrique Sant\'Ana. “Modelagem e simulação computacional do crescimento de tumores in vitro.” 2012. Web. 23 Mar 2019.

Vancouver:

Costa FHS. Modelagem e simulação computacional do crescimento de tumores in vitro. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2012. [cited 2019 Mar 23]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-28062012-150314/ ;.

Council of Science Editors:

Costa FHS. Modelagem e simulação computacional do crescimento de tumores in vitro. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2012. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-28062012-150314/ ;

2. Maciel, Náira Rezende. Estudos dos tempos de incubação de doenças priônicas utilizando o método Monte Carlo Dinâmico.

Degree: Mestrado, Física Biológica, 2008, University of São Paulo

Príons são patógenos infecciosos que causam um grupo de doenças neurodegenerativas fatais. A proteína normal, PrP celular, denominada PrPC, é convertida em PrPSc, isoforma anormal e patogênica de PrP, através de um processo no qual uma porção de -hélice da estrutura é reenovelada em folhas . A conversão de PrPC em PrPSc ocorre por um mecanismo auto-catalítico. Para um melhor entendimento do mecanismo de propagação dos príons, têm sido propostos vários modelos matemáticos. Nesse trabalho, estudamos o tempo de incubação de algumas doenças causadas por príons: Encefalopatia Espongiforme Bovina (BSE), ou mal da vaca louca; doença variante de Creutzfeldt-Jakob (vCJD), que afeta humanos, através da exposição ao agente de BSE; e Scrapie murina, uma infecção priônica experimental em camundongos. A distribuição de probabilidades da duração do período de incubação foi suposta ser lognormal, modelo este extensamente aceito em doenças infecciosas. Os objetivos desse trabalho foram esclarecer aspectos obscuros sobre a cinética de replicação priônica e o mecanismo de toxicidade das doenças priônicas, através de comparação dos resultados de simulações computacionais com os perfis de distribuição de tempos de incubação de BSE, vCJD e Scrapie murina. Foram realizadas simulações computacionais, utilizando o Método Monte Carlo Dinâmico (MCD) e o modelo Difusão Limitada à Agregação. Primeiramente, estudamos o modelo de Eigen (1996), através de simulações computacionais usando o MCD, para verificar quais termos são importantes para a cinética priônica. De posse desse resultado, partimos então para o estudo sobre a toxicidade das doenças priônicas, usando o modelo DLA e o método MCD: considerando que PrPC se converte em PrPSc quando existe contato (auto-catálise); e PrPCs são livres e podem se movimentar por uma rede, enquanto PrPScs, ou agregados de PrPScs são fixos. Confirmamos a suspeita de Eigen de que o termo mais importante nas equações de cinética priônica é o termo de Michaelis-Menten, ou termo auto-catalítico. Os resultados obtidos através das simulações MCD e modelo DLA foram comparados com os perfis de distribuições de tempos dessas doenças (BSE, vCJD e Scrapie murina). Conseguimos o ajuste de diferentes perfis de distribuição de tempos de incubação para algumas doenças priônicas, lognormal para BSE e vCJD, e lognormal com segundo pico para Scrapie murina. A auto-catálise é o mecanismo mais importante na cinética priônica, a conversão espontânea de PrPC em PrPSc pode ser negligenciada. A partir do modelo DLA, fica reforçada a hipótese de que para BSE e vCJD, doenças priônicas de ocorrência natural, a toxicidade é causada, principalmente, pela formação das placas amilóides. Para Scrapie murina, uma infecção experimentalmente induzida, a toxicidade é, possivelmente, causada por dois mecanismos: formação das placas amilóides e depleção de PrPC. Apenas com a mudança dos parâmetros iniciais e finais, conseguimos ajustar as distribuições de tempos de incubação das três doenças priônicas estudadas, apesar de o modelo ser bastante… Advisors/Committee Members: Silva, Marco Antonio Alves da.

Subjects/Keywords: Autocatalitic reactions; BSE; BSE; Diffusion Limited Aggregation model (DLA); distribuição lognormal; Dynamical Monte Carlo; lognormal distribution.; Modelo Difusão Limitada à Agregação (DLA); Monte Carlo Dinâmico; murine scrapie; Reações auto-catalíticas; Scrapie murina; vCJD; vCJD

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APA (6th Edition):

Maciel, N. R. (2008). Estudos dos tempos de incubação de doenças priônicas utilizando o método Monte Carlo Dinâmico. (Masters Thesis). University of São Paulo. Retrieved from http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-31032009-134311/ ;

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Maciel, Náira Rezende. “Estudos dos tempos de incubação de doenças priônicas utilizando o método Monte Carlo Dinâmico.” 2008. Masters Thesis, University of São Paulo. Accessed March 23, 2019. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-31032009-134311/ ;.

MLA Handbook (7th Edition):

Maciel, Náira Rezende. “Estudos dos tempos de incubação de doenças priônicas utilizando o método Monte Carlo Dinâmico.” 2008. Web. 23 Mar 2019.

Vancouver:

Maciel NR. Estudos dos tempos de incubação de doenças priônicas utilizando o método Monte Carlo Dinâmico. [Internet] [Masters thesis]. University of São Paulo; 2008. [cited 2019 Mar 23]. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-31032009-134311/ ;.

Council of Science Editors:

Maciel NR. Estudos dos tempos de incubação de doenças priônicas utilizando o método Monte Carlo Dinâmico. [Masters Thesis]. University of São Paulo; 2008. Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60136/tde-31032009-134311/ ;

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