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Universitat Pompeu Fabra

1. Agostini, Federico, 1985-. Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins.

Degree: Departament de Ciències Experimentals i de la Salut, 2014, Universitat Pompeu Fabra

Las proteínas de unión de ARN son responsables de controlar el destino de una multitud de transcriptos codificantes y no codificantes. De hecho, la formación de complejos de ribonucleoproteínas (RNP) afina la regulación de una serie de eventos post-transcripcionales e influye en la expresión génica. Recientemente, se ha observado que las proteínas con capacidad no canónica de unión al ARN se enriquecen en las regiones estructuralmente desordenadas y de baja complejidad, que son las que participan generalmente en asociaciones funcionales y disfuncionales. Por lo tanto, es posible que interactuar con el ARN pudiera ser una manera de proteger las proteínas no estructuradas de asociaciones aberrantes o de agregación. Sin embargo, los mecanismos que impiden la agregación de proteínas y la función del ARN en tales procesos no están bien descritas. En este trabajo, se describen los me ́todos que he desarrollado para predecir la solubilidad de proteínas y para estimar la capacidad de transcriptos y proteínas de interactuar. De otra parte, voy a ilustrar sus aplicaciones y explicar como los métodos de bajo rendimiento han evolucionado a un mayor rendimiento. El objetivo final es proporcionar instrumentos a los investigadores experimentales que se pueden utilizar para facilitar la investigación de los mecanismos reguladores que controlan la homeostasis molecular. Advisors/Committee Members: [email protected] (authoremail), true (authoremailshow), Tartaglia, Gian Gaetano (director), true (authorsendemail).

Subjects/Keywords: Intrinsically disordered region (IDR); Long non-coding RNA (lncRNA); Low-complexity sequence (LCS); Protein aggregate; Ribonucleoprotein complex (RNP complex); RNA granule; RNA recognition element (RRE); RNA-binding protein (RBP); Stress granules; Región intrínsecamente desordenada; ARN largo no codificante; Secuencia de baja complejidad; Agregado proteico; Complejo de ribonucleoproteína; Gránulo de ARN; Elemento de reconocimiento de ARN; Proteína de unión al ARN; Gránulos de estrés; 577

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APA (6th Edition):

Agostini, Federico, 1. (2014). Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins. (Thesis). Universitat Pompeu Fabra. Retrieved from http://hdl.handle.net/10803/318159

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Chicago Manual of Style (16th Edition):

Agostini, Federico, 1985-. “Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins.” 2014. Thesis, Universitat Pompeu Fabra. Accessed May 11, 2021. http://hdl.handle.net/10803/318159.

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MLA Handbook (7th Edition):

Agostini, Federico, 1985-. “Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins.” 2014. Web. 11 May 2021.

Vancouver:

Agostini, Federico 1. Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins. [Internet] [Thesis]. Universitat Pompeu Fabra; 2014. [cited 2021 May 11]. Available from: http://hdl.handle.net/10803/318159.

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Council of Science Editors:

Agostini, Federico 1. Predictions of RNA-binding ability and aggregation propensity of proteins. [Thesis]. Universitat Pompeu Fabra; 2014. Available from: http://hdl.handle.net/10803/318159

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

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