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You searched for +publisher:"Universitat Politècnica de València" +contributor:("Rubio Zamora, Vicente"). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

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Universitat Politècnica de València

1. Tremiño Agulló, Lorena. Bases estructurales de la señalización y regulación por nitrógeno y procesos asociados.

Degree: 2020, Universitat Politècnica de València

[ES] Enmarcada en la línea de investigación de nuestro laboratorio sobre señalización por nitrógeno principalmente en la cianobacteria Synechococcus elongatus PCC7942, con esfuerzos centrados en las proteínas PII y PipX y su red de señalización, esta Tesis amplía el espectro de moléculas investigadas en relación con dicha red. Estudia y caracteriza el miembro no canónico de la superfamilia de la proteína PII denominado CutA, generalmente anotado como de protección frente a metales divalentes, altamente conservado en todos los dominios de la vida (incluidos animales y el ser humano). En ella examinamos la posible protección frente a metales provista por CutA en dos bacterias muy distantes, Escherichia coli y Synechococcus elongatus, usando knockouts para ambas del gen que codifica para CutA. Ni los estudios de complementación en E. coli del gen silvestre ni los observacionales de sensibilidad a metales en S. elongatus han dado soporte a la función anotada para CutA, a pesar de que demostramos mediante seguimiento turbidimétrico que el Cu2+ hace agregar a la proteína CutA pura de S. elongatus (producida recombinantemente) y por tanto se une a ella, aunque con una afinidad baja por comparación con las concentraciones tóxicas de este metal para dicha cianobacteria. Buscando profundizar en el conocimiento de CutA, hemos determinado a muy alta resolución mediante difracción de rayos X la estructura de esta proteína de S. elongatus, sin evidenciar complejo alguno con cobre, pero demostrando que los tres bolsillos intersubunidades en el homotrímero de CutA son capaces de transportar moléculas orgánicas (en nuestro caso Bis-Tris). Estos resultados apoyan una posible función de CutA basada en la unión a estos bolsillos de biomoléculas neutras o positivamente cargadas y capaces de formar varios puentes de hidrógeno con las paredes de potencial negativo y fuerte carácter polar de estos bolsillos. También hemos estudiado la proteína PipY de S. elongatus, identificada recientemente como pareja funcional de la antes mencionada PipX, determinando sus propiedades espectroscópicas, unión de piridoxal fosfato (PLP) y resolviendo su estructura mediante difracción de rayos X. Probamos que PipY es monomérica y que tiene PLP unido. Su estructura no apoya que sea un enzima, siendo aparentemente apropiada para ejercer una posible función en la homeostasis de PLP. Dado que muy recientemente se ha descrito una epilepsia genética humana dependiente de vitamina B6 debida a mutaciones en el gen humano ortólogo de pipY, PROSC (ahora llamado PLPBP; codifica la proteína PLPHP), usamos inicialmente PipY de S. elongatus y luego PROSC humana como banco de pruebas de la patogenicidad de las mutaciones que se han asociado a esta epilepsia, utilizando para ello mutagénesis dirigida y producción de las formas silvestre y mutantes de estas proteínas, comparando sus propiedades. Estos estudios han demostrado la patogenicidad y establecido mecanismos para la misma para cada una de las mutaciones de cambio de sentido de PROSC descritas hasta ahora en esta… Advisors/Committee Members: Rubio Zamora, Vicente (advisor).

Subjects/Keywords: Estructura de proteínas; COG0325; Superfamilia PII; CutA; PLPBP; PLPHP; PROSC; Piridoxal fosfato (PLP); Epilepsia dependiente de vitamina B6; Mutaciones hereditarias; Cobre; Termoestabilidad; Correlación estructura-función; Proteínas recombinantes; Mutagénesis dirigida; Synechococcus elongatus PCC7942; Cristalografía, Difracción de rayos X.

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APA (6th Edition):

Tremiño Agulló, L. (2020). Bases estructurales de la señalización y regulación por nitrógeno y procesos asociados. (Doctoral Dissertation). Universitat Politècnica de València. Retrieved from http://hdl.handle.net/10251/117999

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Tremiño Agulló, Lorena. “Bases estructurales de la señalización y regulación por nitrógeno y procesos asociados. ” 2020. Doctoral Dissertation, Universitat Politècnica de València. Accessed August 23, 2019. http://hdl.handle.net/10251/117999.

MLA Handbook (7th Edition):

Tremiño Agulló, Lorena. “Bases estructurales de la señalización y regulación por nitrógeno y procesos asociados. ” 2020. Web. 23 Aug 2019.

Vancouver:

Tremiño Agulló L. Bases estructurales de la señalización y regulación por nitrógeno y procesos asociados. [Internet] [Doctoral dissertation]. Universitat Politècnica de València; 2020. [cited 2019 Aug 23]. Available from: http://hdl.handle.net/10251/117999.

Council of Science Editors:

Tremiño Agulló L. Bases estructurales de la señalización y regulación por nitrógeno y procesos asociados. [Doctoral Dissertation]. Universitat Politècnica de València; 2020. Available from: http://hdl.handle.net/10251/117999

2. Díez Fernández, Carmen. USING RECOMBINANT HUMAN CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE 1 (CPS1) FOR STUDYING THIS ENZYME'S FUNCTION, REGULATION, PATHOLOGY AND STRUCTURE .

Degree: 2015, Universitat Politècnica de València

[EN] Carbamoyl phosphate synthetase 1 (CPS1), a 1462-residue mitochondrial enzyme, catalyzes the entry of ammonia into the urea cycle, which converts ammonia, the neurotoxic waste product of protein catabolism, into barely toxic urea. The urea cycle inborn error and rare disease CPS1 deficiency (CPS1D) is inherited with mendelian autosomal recessive inheritance, being due to CPS1 gene mutations (>200 mutations reported), and causing life-threatening hyperammonemia. We have produced recombinantly human CPS1 (hCPS1) in a baculovirus/insect cell expression system, isolating the enzyme in active and highly purified form, in massive amounts. This has allowed enzyme crystallization for structural studies by X-ray diffraction (an off-shoot of the present studies). This hCPS1 production system allows site-directed mutagenesis and enzyme characterization as catalyst (activity, kinetics) and as protein (stability, aggregation state, domain composition). We have revealed previously unexplored traits of hCPS1 such as its domain composition, the ability of glycerol to replace the natural and essential CPS1 activator N-acetyl-L-glutamate (NAG), and the hCPS1 protection (chemical chaperoning) by NAG and by its pharmacological analog N-carbamyl-L-glutamate (NCG). We have exploited this system to explore the effects on the activity, kinetic parameters and stability/folding of the enzyme, and to test the disease-causing nature, of mutations identified in patients with CPS1 deficiency (CPS1D). These results, supplemented with those obtained with other non-clinical mutations, have provided novel information on the functions of three non-catalytic domains of CPS1. We have introduced three CPS1D-associated mutations and one trivial polymorphism in the glutaminase-like domain of CPS1, supporting a stabilizing and an activity-enhancing function of this non-catalytic domain. Two mutations introduced into the bicarbonate phosphorylation domain have shed light on bicarbonate binding and have directly confirmed the importance of this domain for NAG binding to the distant (in the sequence) C-terminal CPS1 domain. The introduction of 18 CPS1D-associated missense mutations mapping in a clinically highly eloquent central non-catalytic domain have proven the disease-causing nature of most of these mutations while showing that in most of the cases they trigger enzyme misfolding and/or destabilization. These results, by proving an important role of this domain in the structural integration of the multidomain CPS1 protein, have led us to call this domain the Integrating Domain. Finally, we have examined the effects of eight CPS1D-associated mutations, of one trivial polymorphism and of five non-clinical mutations, all of them mapping in the C-terminal domain of the enzyme where NAG binds, whereas we have re-analyzed prior results with another four clinical and five non-clinical mutations affecting this domain. We have largely confirmed the pathogenic nature of the clinical mutations, predominantly because of decreased activity, in many cases due… Advisors/Committee Members: Cervera Miralles, Javier (advisor), Rubio Zamora, Vicente (advisor).

Subjects/Keywords: CASTELLANO: errores del ciclo de la urea; Carbamil fosfato sintetasa; Déficit de CPS1; Hiperamonemia; Errores innatos; Mutagénesis dirigida; Cultivo celular con células de insecto; Expresión y purificación de proteínas; Ensayos enzimáticos; Sistema de expresión de baculovirus; Enzima recombinante; Regulación alostérica ENGLISH: urea cycle diseases; Carbamoyl phosphate synthetase; CPS1 deficiency; Hyperammonemia; Inborn errors; Site-directed mutagenesis; Insect cell culture; Protein expression and purification; Enzymatic assays; Baculovirus expression system; Recombinant enzyme; Allosteric regulation

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APA (6th Edition):

Díez Fernández, C. (2015). USING RECOMBINANT HUMAN CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE 1 (CPS1) FOR STUDYING THIS ENZYME'S FUNCTION, REGULATION, PATHOLOGY AND STRUCTURE . (Doctoral Dissertation). Universitat Politècnica de València. Retrieved from http://hdl.handle.net/10251/52855

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Díez Fernández, Carmen. “USING RECOMBINANT HUMAN CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE 1 (CPS1) FOR STUDYING THIS ENZYME'S FUNCTION, REGULATION, PATHOLOGY AND STRUCTURE .” 2015. Doctoral Dissertation, Universitat Politècnica de València. Accessed August 23, 2019. http://hdl.handle.net/10251/52855.

MLA Handbook (7th Edition):

Díez Fernández, Carmen. “USING RECOMBINANT HUMAN CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE 1 (CPS1) FOR STUDYING THIS ENZYME'S FUNCTION, REGULATION, PATHOLOGY AND STRUCTURE .” 2015. Web. 23 Aug 2019.

Vancouver:

Díez Fernández C. USING RECOMBINANT HUMAN CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE 1 (CPS1) FOR STUDYING THIS ENZYME'S FUNCTION, REGULATION, PATHOLOGY AND STRUCTURE . [Internet] [Doctoral dissertation]. Universitat Politècnica de València; 2015. [cited 2019 Aug 23]. Available from: http://hdl.handle.net/10251/52855.

Council of Science Editors:

Díez Fernández C. USING RECOMBINANT HUMAN CARBAMOYL PHOSPHATE SYNTHETASE 1 (CPS1) FOR STUDYING THIS ENZYME'S FUNCTION, REGULATION, PATHOLOGY AND STRUCTURE . [Doctoral Dissertation]. Universitat Politècnica de València; 2015. Available from: http://hdl.handle.net/10251/52855

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