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You searched for +publisher:"Université Pierre et Marie Curie – Paris VI" +contributor:("Delzescaux, Thierry"). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

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1. You, Zhenzhen. Etude de la morphologie et de la distribution des neurones dans le cerveau de macaque par microscopie optique : Study of the morphology and distribution of neurons in the macaque brain using optical microscopy.

Degree: Docteur es, Informatique, Télécommunications et Électronique, 2017, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI

La compréhension des mécanismes impliqués dans les cas sains, les maladies neurodégénératives ainsi que le développement de nouvelles approches thérapeutiques repose sur l’utilisation de modèles expérimentaux pertinents et de techniques d’imagerie adaptées. Dans ce contexte, la microscopie virtuelle offre la possibilité unique d’analyser ces modèles à l’échelle cellulaire avec une très grande variété de marquages histologiques. Mon projet de thèse consiste à mettre en place et à appliquer une méthode d’analyse d’images histologiques en couleur permettant de segmenter et de synthétiser l’information relative aux neurones à l’aide de l’anticorps NeuN sur des coupes de cerveau de macaque. Dans ce travail, nous appliquons d’abord la méthode de Random Forest (RF) pour segmenter les neurones ainsi que le tissu et le fond. Ensuite, nous proposons une méthode originale pour séparer les neurones qui sont accolés afin de les individualiser. Cette méthode s’adapte à l’ensemble des neurones présentant une taille variable (diamètre variant entre 5 et 30 μm). Elle est également efficace non seulement pour des régions dites « simples » caractérisées par une faible densité de neurones mais aussi pour des régions dites « complexes » caractérisées par une très forte densité de plusieurs milliers de neurones. Le travail suivant se concentre sur la création de cartes paramétriques synthétisant la morphologie et la distribution des neurones individualisés. Pour cela, un changement d’échelle est mis en œuvre afin de produire des cartographies présentant des résolutions spatiales plus faibles (résolution originale de 0,22 μm et cartographies créées proposant une résolution spatiale adaptative de quelques dizaines à quelques centaines de micromètres). Plusieurs dizaines de paramètres morphologiques (rayon moyen, surface, orientation, etc.) sont d’abord calculés pour chaque neurone ainsi que des paramètres colorimétriques. Ensuite, il est possible de synthétiser ces informations sous la forme de cartes paramétriques à plus basse résolution à l’échelle de régions anatomiques, de coupes voire, à terme, de cerveaux entiers. Cette étape transforme des images microscopiques qualitatives couleur en images mésoscopiques quantitatives, plus informatives et plus simples à analyser. Ce travail permet d’analyser statistiquement de très grands volumes de données, de synthétiser l’information sous la forme de cartographies quantitatives, d’analyser des problèmes extrêmement complexes tels que la mort neuronale et à terme de tester de nouveaux médicaments voire de confronter ces informations acquises post mortem avec des données acquises in vivo.

Understanding the mechanisms involved in healthy cases, neurodegenerative diseases and the development of new therapeutic approaches is based on the use of relevant experimental models and appropriate imaging techniques. In this context, virtual microscopy offers the unique possibility of analyzing these models at a cellular scale with a very wide variety of histological markers. My thesis project consists in…

Advisors/Committee Members: Delzescaux, Thierry (thesis director).

Subjects/Keywords: Individualisation des neurones; Comptage de neurones; Segmentation; Images histologiques; Microscopie optique; Cerveau de macaque; Neuron individualization; Neuron counting; Macaque brain; 004; 610.28

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APA (6th Edition):

You, Z. (2017). Etude de la morphologie et de la distribution des neurones dans le cerveau de macaque par microscopie optique : Study of the morphology and distribution of neurons in the macaque brain using optical microscopy. (Doctoral Dissertation). Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Retrieved from http://www.theses.fr/2017PA066278

Chicago Manual of Style (16th Edition):

You, Zhenzhen. “Etude de la morphologie et de la distribution des neurones dans le cerveau de macaque par microscopie optique : Study of the morphology and distribution of neurons in the macaque brain using optical microscopy.” 2017. Doctoral Dissertation, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Accessed October 24, 2020. http://www.theses.fr/2017PA066278.

MLA Handbook (7th Edition):

You, Zhenzhen. “Etude de la morphologie et de la distribution des neurones dans le cerveau de macaque par microscopie optique : Study of the morphology and distribution of neurons in the macaque brain using optical microscopy.” 2017. Web. 24 Oct 2020.

Vancouver:

You Z. Etude de la morphologie et de la distribution des neurones dans le cerveau de macaque par microscopie optique : Study of the morphology and distribution of neurons in the macaque brain using optical microscopy. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2017. [cited 2020 Oct 24]. Available from: http://www.theses.fr/2017PA066278.

Council of Science Editors:

You Z. Etude de la morphologie et de la distribution des neurones dans le cerveau de macaque par microscopie optique : Study of the morphology and distribution of neurons in the macaque brain using optical microscopy. [Doctoral Dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017PA066278

2. Vandenberghe, Michel. 3D whole-brain quantitative histopathology : methodology and applications in mouse models of Alzheimer's disease : Histopathologie 3d quantitative à l'échelle du cerveau entier de rongeur : méthodologie et applications chez des modèles murins de la maladie d'Alzheimer.

Degree: Docteur es, Informatique, Télécommunications et Electronique, 2015, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI

L’histologie est la méthode de choix pour l’étude ex vivo de la distribution spatiale des molécules qui composent les organes. En particulier, l’histologie permet de mettre en évidence les marqueurs neuropathologiques de la maladie d’Alzheimer ce qui en fait un outil incontournable pour étudier la physiopathologie de la maladie et pour évaluer l’efficacité de candidats médicaments. Classiquement, l’analyse de données histologiques implique de lourdes interventions manuelles, et de ce fait, est souvent limitée à l’analyse d’un nombre restreint de coupe histologiques et à quelques régions d’intérêts. Dans ce travail de thèse, nous proposons une méthode automatique pour l’analyse quantitative de marqueurs histopathologiques en trois dimensions dans le cerveau entier de rongeurs. Les images histologiques deux-dimensionnelles sont d’abord reconstruites en trois dimensions en utilisant l’imagerie photographique de bloc comme référence géométrique et les marqueurs d’intérêts sont segmentés par apprentissage automatique. Deux approches sont proposées pour détecter des différences entre groupes d’animaux: la première est basée sur l’utilisation d’une ontologie anatomique de cerveau qui permet détecter des différences à l’échelle de structures entières et la deuxième approche est basée sur la comparaison voxel-à-voxel afin de détecter des différences locales sans a priori spatial. Cette méthode a été appliquée dans plusieurs études chez des souris modèles de déposition amyloïde afin d’en démontrer l’utilisabilité.

Histology is the gold standard to study the spatial distribution of the molecular building blocks of organs. In humans and in animal models of disease, histology is widely used to highlight neuropathological markers on brain tissue sections. This makes it particularly useful to investigate the pathophysiology of neurodegenerative diseases such as Alzheimer’s disease and to evaluate drug candidates. However, due to tedious manual interventions, quantification of histopathological markers is classically performed on a few tissue sections, thus restricting measurements to limited portions of the brain. Quantitative methods are lacking for whole-brain analysis of cellular and pathological markers. In this work, we propose an automated and scalable method to thoroughly quantify and analyze histopathological markers in 3D in rodent whole brains. Histology images are reconstructed in 3D using block-face photography as a spatial reference and the markers of interest are segmented via supervised machine learning. Two complimentary approaches are proposed to detect differences in histopathological marker load between groups of animals: an ontology-based approach is used to infer difference at the level of brain regions and a voxel-wise approach is used to detect local differences without spatial a priori. Several applications in mouse models of A-beta deposition are described to illustrate 3D histopathology usability to characterize animal models of brain diseases, to evaluate the effect of experimental interventions, to…

Advisors/Committee Members: Delzescaux, Thierry (thesis director), Frouin, Frédérique (thesis director).

Subjects/Keywords: Histologie; 3D; Analyse d'image; Maladie d'alzheimer; Cerveau; Souris; Histology; Image Analysis; 610.28

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APA (6th Edition):

Vandenberghe, M. (2015). 3D whole-brain quantitative histopathology : methodology and applications in mouse models of Alzheimer's disease : Histopathologie 3d quantitative à l'échelle du cerveau entier de rongeur : méthodologie et applications chez des modèles murins de la maladie d'Alzheimer. (Doctoral Dissertation). Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Retrieved from http://www.theses.fr/2015PA066411

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Vandenberghe, Michel. “3D whole-brain quantitative histopathology : methodology and applications in mouse models of Alzheimer's disease : Histopathologie 3d quantitative à l'échelle du cerveau entier de rongeur : méthodologie et applications chez des modèles murins de la maladie d'Alzheimer.” 2015. Doctoral Dissertation, Université Pierre et Marie Curie – Paris VI. Accessed October 24, 2020. http://www.theses.fr/2015PA066411.

MLA Handbook (7th Edition):

Vandenberghe, Michel. “3D whole-brain quantitative histopathology : methodology and applications in mouse models of Alzheimer's disease : Histopathologie 3d quantitative à l'échelle du cerveau entier de rongeur : méthodologie et applications chez des modèles murins de la maladie d'Alzheimer.” 2015. Web. 24 Oct 2020.

Vancouver:

Vandenberghe M. 3D whole-brain quantitative histopathology : methodology and applications in mouse models of Alzheimer's disease : Histopathologie 3d quantitative à l'échelle du cerveau entier de rongeur : méthodologie et applications chez des modèles murins de la maladie d'Alzheimer. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2015. [cited 2020 Oct 24]. Available from: http://www.theses.fr/2015PA066411.

Council of Science Editors:

Vandenberghe M. 3D whole-brain quantitative histopathology : methodology and applications in mouse models of Alzheimer's disease : Histopathologie 3d quantitative à l'échelle du cerveau entier de rongeur : méthodologie et applications chez des modèles murins de la maladie d'Alzheimer. [Doctoral Dissertation]. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI; 2015. Available from: http://www.theses.fr/2015PA066411

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