Advanced search options

Advanced Search Options 🞨

Browse by author name (“Author name starts with…”).

Find ETDs with:

in
/  
in
/  
in
/  
in

Written in Published in Earliest date Latest date

Sorted by

Results per page:

Sorted by: relevance · author · university · dateNew search

You searched for +publisher:"Universidade Estadual de Campinas" +contributor:("Neto, Adhemar Zerlotini"). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

Search Limiters

Last 2 Years | English Only

No search limiters apply to these results.

▼ Search Limiters


Universidade Estadual de Campinas

1. Peixoto, Bruno Malveira, 1987-. Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica .

Degree: 2013, Universidade Estadual de Campinas

Resumo: Metagenômica é o estudo genético de uma amostra ambiental, e permite a análise de organismos incultiváveis em laboratório. É uma área de estudo nova e possui muitos desafios computacionais, com poucas ferramentas dedicadas disponíveis. O objetivo deste trabalho é realizar um estudo metagenômico da diversidade de organismos microbianos de amostras da unidade de compostagem da Fundação Parque Zoológico de São Paulo, analisando e comparando os programas e métodos existentes. O estudo das comunidades microbianas que ali vivem é de grande importância para um melhor entendimento do papel biológico desses organismos. Dados simulados foram testados para validar os métodos utilizados com os dados reais e os resultados mostram que mesmo programas conhecidos são sensíveis aos bancos de dados de referência que utilizam; Abstract: Metagenomics is the genetic study of an environmental sample, and allows the analysis of non-culturable organisms. It is a new area of genetic study and has many computational challenges, with few dedicated tools available. The objective of this work is to realize a metagenomic study of the microbial diversity of samples from the composting unit of Fundação Parque Zoológico de São Paulo, analyzing and comparing existing programs and methods. The study of the microbial communities that live there is of great importance to a better understanding of the biological role of these organisms. Simulated data were tested to validate the methods we used with the real data and the results show that even well-known tools are biased by the reference databases it uses Advisors/Committee Members: Dias, Zanoni, 1975- (advisor), Telles, Guilherme Pimentel, 1972- (advisor), Setubal, João Carlos (committee member), Neto, Adhemar Zerlotini (committee member).

Subjects/Keywords: Metagenômica; Bioinformática; Biodiversidade

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Peixoto, Bruno Malveira, 1. (2013). Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica . (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/275639

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Peixoto, Bruno Malveira, 1987-. “Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica .” 2013. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed August 03, 2020. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/275639.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

MLA Handbook (7th Edition):

Peixoto, Bruno Malveira, 1987-. “Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica .” 2013. Web. 03 Aug 2020.

Vancouver:

Peixoto, Bruno Malveira 1. Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica . [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2013. [cited 2020 Aug 03]. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/275639.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Peixoto, Bruno Malveira 1. Classificação de sequências e análise de diversidade em metagenômica . [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2013. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/275639

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation


Universidade Estadual de Campinas

2. Silva, Joaquim Manoel, 1980-. Detecção de variações genômicas em bovinos da raça nelore usando dados de genotipagem e ressequenciamento = Detection of genomic variations in nelore-breed cattle using genotyping and resequenced data .

Degree: 2015, Universidade Estadual de Campinas

Resumo: Os grandes avanços tecnológicos têm permitido o uso da genotipagem e do ressequenciamento para o estudo de variações genômicas que compreendem polimorfismos de base única (Single Nucleotide Polimorphism - SNP), pequenas inserções ou deleções, variações no número de cópias de alelos no genoma (Copy Number Variation - CNV) e uma gama de variantes estruturais. Esses avanços permitem uma análise completa do genoma com boa resolução e um custo cada vez mais baixo para ambas as tecnologias. O presente trabalho tem como objetivo detectar variações genômicas em bovinos da raça Nelore usando dados de genotipagem e ressequenciamento. Utilizamos dados genotípicos de 1.709 animais machos da raça Nelore genotipados com um chip de alta densidade com 777.962 marcadores SNPs e oito animais fundadores dessa população foram genotipados e ressequenciados com cobertura mínima de 20X. Inicialmente, usamos os Missing Genotypes, marcadores que falham em toda a população, para avaliar se eles contêm informações biológicas relevantes. Investigamos 3.200 SNPs que falharam consistentemente na população. Descobrimos que existe um total de 3.300 novos SNPs em Nelore. A anotação gênica mostrou que 31% desses novos SNPs estão em regiões gênicas e esses genes podem ser de interesse para os programas de melhoramento de gado de acordo com a literatura especializada. Sugerimos que a metodologia dos Missing Genotypes pode ser aplicada em saúde humana como possíveis marcadores para doenças genéticas hereditárias, doenças raras e doenças provenientes de mutações somáticas como o câncer. Além disso, o estudo de CNV (Copy Number Variation) permitiu o desenvolvimento de um novo algoritmo para agrupar CNV provenientes de dados de genotipagem e/ou ressequenciamento em CNV Region (CNVR). O algoritmo foi implementado em um web server Java-Merging Copy Number Variants (JM-CNV). Esse possui interface amigável, é de livre acesso e, parametrizável de modo que outros pesquisadores possam adaptá-lo às suas necessidades. Além disso, o arquivo de saída produzido pode ser facimente carregado no Genome Browser, o que facilita a visualização e o processo de curadoria manual. Comparamos o JM-CNV com outros dois softwares, o HD-CNV e o CNVRuler, com o mesmo propósito descrito acima. O JM-CNV se mostrou mais rápido e mais eficiente em resolver o agrupamento de CNVR em regiões complexas. Para a detecção de CNVs em Nelore usamos o software PennCNV para os dados de genotipagem e o software LUMPY para dados de ressequenciamento. Identificamos 68.007 regiões candidatas à CNVs nos 29 cromossomos autossomos, as quais foram agrupadas em 7.319 regiões de CNVs (CNVR) pelo JM-CNV. Usando o software LUMPY e os oito animais ressequenciados, detectamos 13.122 CNVs, as quais foram agrupadas em 3.648 regiões de CNVs (CNVR) pelo JM-CNV. Os dados de ressequenciamento nos permitiu validar 909 CNVs detectadas na genotipagem e outras 111 foram confirmadas fazendo uso da literatura, perfazendo um total de 1.020 CNVs validadas, que possuem diversos genes e QTLs anotados. O nosso estudo… Advisors/Committee Members: Yamagishi, Michel Eduardo Beleza (advisor), Caetano, Alexandre Rodrigues (advisor), Mudadu, Maurício de Alvarenga (committee member), Coutinho, Luiz Lehmann (committee member), Higa, Roberto Hiroshi (committee member), Neto, Adhemar Zerlotini (committee member).

Subjects/Keywords: Marcadores moleculares; Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala; Variações do número de cópias de DNA; Bovino de corte; Genótipo; Software

Record DetailsSimilar RecordsGoogle PlusoneFacebookTwitterCiteULikeMendeleyreddit

APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Silva, Joaquim Manoel, 1. (2015). Detecção de variações genômicas em bovinos da raça nelore usando dados de genotipagem e ressequenciamento = Detection of genomic variations in nelore-breed cattle using genotyping and resequenced data . (Thesis). Universidade Estadual de Campinas. Retrieved from http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/317153

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Silva, Joaquim Manoel, 1980-. “Detecção de variações genômicas em bovinos da raça nelore usando dados de genotipagem e ressequenciamento = Detection of genomic variations in nelore-breed cattle using genotyping and resequenced data .” 2015. Thesis, Universidade Estadual de Campinas. Accessed August 03, 2020. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/317153.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

MLA Handbook (7th Edition):

Silva, Joaquim Manoel, 1980-. “Detecção de variações genômicas em bovinos da raça nelore usando dados de genotipagem e ressequenciamento = Detection of genomic variations in nelore-breed cattle using genotyping and resequenced data .” 2015. Web. 03 Aug 2020.

Vancouver:

Silva, Joaquim Manoel 1. Detecção de variações genômicas em bovinos da raça nelore usando dados de genotipagem e ressequenciamento = Detection of genomic variations in nelore-breed cattle using genotyping and resequenced data . [Internet] [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2015. [cited 2020 Aug 03]. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/317153.

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

Council of Science Editors:

Silva, Joaquim Manoel 1. Detecção de variações genômicas em bovinos da raça nelore usando dados de genotipagem e ressequenciamento = Detection of genomic variations in nelore-breed cattle using genotyping and resequenced data . [Thesis]. Universidade Estadual de Campinas; 2015. Available from: http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/317153

Note: this citation may be lacking information needed for this citation format:
Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

.