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You searched for +publisher:"Nantes" +contributor:("Jacquemin, Denis"). Showing records 1 – 3 of 3 total matches.

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1. Vérité, Pauline. Modelling of excited state proton transfer in in fluorescent dyes : Modélisation quantique de transferts de protons à l'état excité.

Degree: Docteur es, Chimie théorique, physique, analytique, 2020, Nantes

Cette thèse est dédiée à l'exploration des surfaces d'énergie potentielle des états électroniques excités de colorants "ESIPT" (Excited-State Intramolecular Proton Transfer) à l'aide d'approches de chimie quantique. Le phénomène ESIPT s’observe typiquement dans des molécules présentant une liaison hydrogène intramoléculaire forte. Le changement de géométrie provoqué par ce transfert permet d’obtenir une grande différence entre l’absorption et l’émission (grand déplacement de Stokes), ouvrant la voie à de multiples applications. Le but de cette thèse est d'identifier les substituants les plus adéquats pour obtenir des signatures d’émission spécifiques, en étroite collaboration avec le groupe expérimental de G. Ulrich à Strasbourg. Pour ce faire, la théorie fonctionnelle de la densité dépendante du temps (TD-DFT) ainsi que des approches post-Hartree-Fock [ADC(2) et CC2] ont été utilisées pour modéliser les propriétés de nombreux colorants. Une attention particulière a été portée aux effets de l’environnement avec l’utilisation d’approches de continuum sous leurs formes de réponse linéaire (LR) et de réponse linéaire corrigée (cLR). Les travaux réalisés lors cette thèse ont permis : i) d’évaluer l'impact des auxochromes (accepteurs et donneurs d'électrons) sur la stabilité des tautomères à l’état excité ; ii) de quantifier les états de transition entre deux ou trois formes tautomériques ; iii) de déterminer les propriétés spectrales des isomères ; et iv) d’identifier les espèces émissives dans le cas d’un système acidochrome complexe

This thesis is dedicated to the exploration of potential energy surfaces of excited electronic states of "ESIPT" (Excited-State Intramolecular Proton Transfer) dyes, using quantum chemistry approaches. The ESIPT phenomenon is typically found in molecules possessing a strong intramolecular hydrogen bond. The change in geometry induced by the ESIPT yields a large difference between the absorption and emission wavelengths (large Stokes’ shift), paving the way to multiple applications. The aim of this thesis is to identify the most suitable auxochromes to obtain specific emissive signatures, in close collaboration with the experimental group of G. Ulrich (Strasbourg). To this end, Time-Dependent Density Functional Theory (TD-DFT) as well as post-Hartree- Fock approaches [ADC(2) and CC2] have been used to model the properties of many dyes. A specific attention was paid to accurately model the environmental effects by using continuum approaches in their linear response (LR) and corrected linear response (cLR) forms. The work carried out during this thesis allowed: i) to evaluate the impact of auxochromes (acceptors and electron donors) on the stability of the tautomers in the excited state; ii) to quantify the transition states between two or three tautomeric forms; iii) to determine the spectral properties of all relevant isomers; and iv) to identify the emissive species in a complex acidochromic system.

Advisors/Committee Members: Jacquemin, Denis (thesis director).

Subjects/Keywords: Calcul ab initio; Colorants ESIPT; TD-DFT; Dérivés hydroxyphenylbenzoxazole

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APA (6th Edition):

Vérité, P. (2020). Modelling of excited state proton transfer in in fluorescent dyes : Modélisation quantique de transferts de protons à l'état excité. (Doctoral Dissertation). Nantes. Retrieved from http://www.theses.fr/2020NANT4014

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Vérité, Pauline. “Modelling of excited state proton transfer in in fluorescent dyes : Modélisation quantique de transferts de protons à l'état excité.” 2020. Doctoral Dissertation, Nantes. Accessed February 27, 2021. http://www.theses.fr/2020NANT4014.

MLA Handbook (7th Edition):

Vérité, Pauline. “Modelling of excited state proton transfer in in fluorescent dyes : Modélisation quantique de transferts de protons à l'état excité.” 2020. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Vérité P. Modelling of excited state proton transfer in in fluorescent dyes : Modélisation quantique de transferts de protons à l'état excité. [Internet] [Doctoral dissertation]. Nantes; 2020. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.theses.fr/2020NANT4014.

Council of Science Editors:

Vérité P. Modelling of excited state proton transfer in in fluorescent dyes : Modélisation quantique de transferts de protons à l'état excité. [Doctoral Dissertation]. Nantes; 2020. Available from: http://www.theses.fr/2020NANT4014

2. Azarias, Cloé. Modeling azacalixphyrin macrocycles : Modélisation de macrocycles de la famille des azacalixphyrines.

Degree: Docteur es, Chimie théorique, physique, analytique, 2018, Nantes

Cette thèse porte sur la modélisation des propriétés structurales, aromatiques et spectroscopiques d'une nouvelle classe de macrocycles alternatifs aux porphyrines, les azacalixphyrines (ACPs). Ces macrocycles conjugués, synthétisés et caractérisés pour la première fois en 2010 par le groupe d’Olivier Siri à Marseille, ont montré des propriétés exceptionnelles (structure, absorption, tautomérie, et complexation). Cette thèse vise à proposer de nouveaux dérivés aux propriétés améliorées, notamment en ce qui concerne leur absorption, en utilisant les outils offerts par la chimie théorique. Parmi toutes les approches ab initio permettant de modéliser les ACPs, la théorie fonctionnelle de la densité (DFT) et sa forme dépendante du temps (TDDFT) ont été principalement appliquées, bien que des calculs utilisant des méthodes alternatives aient également été effectués, notamment à l'aide du formalisme Bethe-Salpeter (BSE/evGW) dans le cadre d'une collaboration avec l'équipe du Dr. Xavier Blase à Grenoble. Trois stratégies chimiques ont été évaluées: (i) l’extension de la délocalisation des électrons  en fusionnant plusieurs unités ACP; (ii) la substitution de l’ACP via l'addition de groupes électroactifs; et (iii) le couplage du macrocycle avec un fluorophore présentant une absorption complémentaire afin d'absorber la lumière sur une plus grande gamme du spectre et déclencher des processus de transfert d'énergie entre les sous-unités. Les deux premiers axes ont été réalisés en collaboration avec l'équipe d’Olivier Siri alors que le dernier est le fruit d'une collaboration avec le groupe de Benedetta Mennucci à Pise.

This thesis focuses on the modeling of the structural, aromatic, and spectroscopic properties of a new class of macrocycles alternative to porphyrins, i.e., azacalixphyrins (ACPs). These conjugated macrocycles have first been synthesized and characterized in 2010 by Siri’s group in Marseille and revealed exceptional features (structure, NIR absorption, tautomerism, and complexation). This thesis aimed at using ab initio methods to propose new ACP derivatives with improved properties with a focus on their absorption. The Density Functional Theory (DFT) and Time- Dependent DFT (TD-DFT) methods have been predominantly applied, although alternative wavefunction-based theories [the second-order Coupled-Cluster, CC2, and the Algebraic Diagrammatic Construction, ADC(2)] as well as the Bethe-Salpeter formalism, BSE/evGW, have also been used. Three major directions to develop new ACP derivatives have been investigated: (i) the extension of the ACP -conjugation path by fusing several ACP moieties leading to multimers; (ii) chemical modifications of the ACP unit by addition of electroactive groups; and (iii) coupling of the ACP moiety with a fluorophore presenting a complementary absorption spectrum in order to improve the light harvesting and to trigger excitation energy transfer processes. The two former axes have been investigated in collaboration with Siri’s team whereas the latter has arisen from a collaboration…

Advisors/Committee Members: Jacquemin, Denis (thesis director), Lasorne, Benjamin (thesis director).

Subjects/Keywords: Calculs ab initio; Azacalixphyrine; TD-DFT; DFT

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APA (6th Edition):

Azarias, C. (2018). Modeling azacalixphyrin macrocycles : Modélisation de macrocycles de la famille des azacalixphyrines. (Doctoral Dissertation). Nantes. Retrieved from http://www.theses.fr/2018NANT4021

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Azarias, Cloé. “Modeling azacalixphyrin macrocycles : Modélisation de macrocycles de la famille des azacalixphyrines.” 2018. Doctoral Dissertation, Nantes. Accessed February 27, 2021. http://www.theses.fr/2018NANT4021.

MLA Handbook (7th Edition):

Azarias, Cloé. “Modeling azacalixphyrin macrocycles : Modélisation de macrocycles de la famille des azacalixphyrines.” 2018. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Azarias C. Modeling azacalixphyrin macrocycles : Modélisation de macrocycles de la famille des azacalixphyrines. [Internet] [Doctoral dissertation]. Nantes; 2018. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.theses.fr/2018NANT4021.

Council of Science Editors:

Azarias C. Modeling azacalixphyrin macrocycles : Modélisation de macrocycles de la famille des azacalixphyrines. [Doctoral Dissertation]. Nantes; 2018. Available from: http://www.theses.fr/2018NANT4021

3. Jaunet, Titouan. Modélisation et simulation de nouveaux inhibiteurs de Rad51 au sein d'une protéine de transport : Modelling and simulation of new Rad51 inhibitors within a carrier protein.

Degree: Docteur es, Chimie théorique, 2017, Nantes

La protéine RAD51 est l’un des acteurs majeurs des mécanismes de la résistance et de la reconstruction des cellules cancéreuses. La modulation de son activité ouvre une nouvelle voie dans la lutte contre le cancer. De nouveaux inhibiteurs potentiels de RAD51 ont été recensés, notamment, les dérives du stilbène disulfonique (SD). Dans cette thèse, nous étudions ces inhibiteurs dans différents milieux (solvant et protéine). La première partie de cette thèse est dédiée à l’étude des propriétés physico-chimiques en solution des dérivés SD. À l’aide de spectres optiques expérimentaux et de simulations par calculs quantiques (DFT et TD-DFT), nous avons montré que les SD se présentent sous leur forme dianionique en condition physiologique et la prise en compte du couplage vibronique est cruciale pour simuler des bandes des spectres d’absorption. La seconde partie se focalise sur la modélisation du complexe SD2- en interaction avec la protéine de transport albumine sérique humaine (ASH), qui joue un rôle prépondérant dans le transport de molécule au sein du corps humain. Elle apparaît être un excellent candidat pour acheminer des inhibiteurs SD2- vers les cellules cancéreuses. Sans donnée cristallographique du complexe ASH-SD2-, la modélisation moléculaire est le seul outil prédictif utilisable pour obtenir des données structurales, et nous avons associé ici des méthodes de docking moléculaire et de dynamique moléculaire. Cette méthodologie nous a permis (i) d’identifier le(s) résidu(s) important(s), (ii) d'évaluer les énergies d'interaction par des calculs MM-GBSA et (iii) d'identifier les sites d’accueil les plus adéquats pour les composés de type SD2-.

In this PhD thesis, the SD behavior is studied in various environments (in solution and within protein). In the first part, the physico-chemical properties of SD molecules in solution are explored in a joint experimental and theoretical (DFT and TD-DFT) investigation. The latter demonstrates the dianionic nature of SD compounds in physiological conditions and indicates that accounting for vibronic coupling is crucial to reproduce the bandshape of the absorption spectra. The second part is focused on the modeling of SD2- complexes within a carrier protein, the human serum albumin (HSA), which is essential for the drug transport process through the human body. HSA appears to be an excellent candidate to carry SD2- compounds into cancer cells. Without any cristallographic structure of HSA-SD2- complex, molecular modelling is the only predictive tool to obtain structural data. We performed molecular docking and molecular dynamic methodology to (i) identify the key residues, (ii) investigate the complex energies by MM-GBSA calculations and (iii) determine the most potent binding sites to host SD2- derivatives.

Advisors/Committee Members: Jacquemin, Denis (thesis director), Fleury, Fabrice (thesis director), Laurent, Adèle (thesis director).

Subjects/Keywords: Docking; Stilbène Disulfonique

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APA (6th Edition):

Jaunet, T. (2017). Modélisation et simulation de nouveaux inhibiteurs de Rad51 au sein d'une protéine de transport : Modelling and simulation of new Rad51 inhibitors within a carrier protein. (Doctoral Dissertation). Nantes. Retrieved from http://www.theses.fr/2017NANT4050

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Jaunet, Titouan. “Modélisation et simulation de nouveaux inhibiteurs de Rad51 au sein d'une protéine de transport : Modelling and simulation of new Rad51 inhibitors within a carrier protein.” 2017. Doctoral Dissertation, Nantes. Accessed February 27, 2021. http://www.theses.fr/2017NANT4050.

MLA Handbook (7th Edition):

Jaunet, Titouan. “Modélisation et simulation de nouveaux inhibiteurs de Rad51 au sein d'une protéine de transport : Modelling and simulation of new Rad51 inhibitors within a carrier protein.” 2017. Web. 27 Feb 2021.

Vancouver:

Jaunet T. Modélisation et simulation de nouveaux inhibiteurs de Rad51 au sein d'une protéine de transport : Modelling and simulation of new Rad51 inhibitors within a carrier protein. [Internet] [Doctoral dissertation]. Nantes; 2017. [cited 2021 Feb 27]. Available from: http://www.theses.fr/2017NANT4050.

Council of Science Editors:

Jaunet T. Modélisation et simulation de nouveaux inhibiteurs de Rad51 au sein d'une protéine de transport : Modelling and simulation of new Rad51 inhibitors within a carrier protein. [Doctoral Dissertation]. Nantes; 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017NANT4050

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