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You searched for +publisher:"Grenoble Alpes" +contributor:("Vuillon, Laurent"). Showing records 1 – 2 of 2 total matches.

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1. Tarsissi, Lama. Balance properties on Christoffel words and applications : Propriétés d'équilibre sur les mots de Christoffel et applications.

Degree: Docteur es, Mathématiques et Informatique, 2017, Université Grenoble Alpes (ComUE)

De nombreux chercheurs se sont intéressés à la Combinatoire des mots aussi bien d'un point de vue théorique que pratique. Pendant plus de 100 ans de recherche, de nombreuses familles de mots ont été découvertes, certaines sont infinies et d'autres sont finies. Dans cette thèse, on s'intéresse aux mots de Christoffel. On aborde aussi les mots de Lyndon et les mots Strumians standards. Dans cette thèse, nous donnons de nombreuses propriétés sur les mots de Christoffel et on approfondit l'étude de la notion d'équilibre. Il est connu que les mots de Christoffel sont des mots équilibrés sur un alphabet binaire et sont formés par la discrétisation de segments de droite de pente rationnelle. Les mots de Christoffel sont aussi retrouvés dans l'étude de la synchronisation de k processus dirigé par k mots équilibrés. Pour k=2, on retombe sur les mots de Christoffel, tandis que pour k>2, la situation est plus compliquée et nous amène à la conjecture de Fraenkel qui est ouverte depuis plus de 40 ans. Comme c'est difficile d'atteindre cette conjecture, alors nous avons cherché à construire des outils qui nous aide à s'approcher de cette conjecture. On introduit ainsi la matrice d'équilibre Bw où w est un mot de Christoffel et la valeur maximale de cette matrice est l'ordre d'équilibre du mot binaire utilisé. Comme les mots de Christoffel sont équilibrés alors la valeur maximale dans ce cas là sera égale à 1 et chaque ligne de cette matrice sera formée des mots binaires. Cela nous pousse à tester de nouveau l'ordre d'équilibre de chaque mot obtenu et une nouvelle matrice est obtenue qui s'appelle matrice d'équilibre du second ordre . Cette matrice admet de plusieurs propriétés et de symétries et a une forme particulière comme on est capable de la partager en 9 blocs où c'est suffisant de savoir 3 parmi eux pour construire le reste. Ces trois blocs correspondent à des matrices de mots de Christoffel qui se trouvent dans des niveaux plus proches de la racine de l'arbre des mots de Christoffel. La valeur maximale de cette nouvelle matrice Uw est appelée équilibre du second ordre. En regardant les chemins qui minimisent cette valeur tout au long de l'arbre, on remarque que le chemin suivi par les fractions obtenues du rapport des nombres consécutifs de la suite de Fibonacci, appelé chemin de Zig-zag est l'un des chemins minimaux. On retrouve ces chemins géométriquement sur le chemin de Christoffel en introduisant une nouvelle factorisation pour les mots de Christoffel appelée la factorisation standard symétrique. Nous avons, également, pu trouver une relation directe entre la matrice Uw et le mot de Christoffel initial sans passer par la matrice Bw et cela en étudiant l'ensemble des vecteurs abéliens associés. Tout ce travail nous a permis de réfléchir au sujet initial qui est la synchronisation de k mots équilibrés. Ainsi, pour le cas de 3 générateurs, nous avons pu étudier tous les cas possibles de la synchronisation et une discussion bien détaillée est faite en utilisant un nouvel élément appelé la graine qui est la… Advisors/Committee Members: Vuillon, Laurent (thesis director).

Subjects/Keywords: Mots de Christoffel; Equilibre; Fractions continues; Christofell word; Balancedness; Continued fractions; 510

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APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Tarsissi, L. (2017). Balance properties on Christoffel words and applications : Propriétés d'équilibre sur les mots de Christoffel et applications. (Doctoral Dissertation). Université Grenoble Alpes (ComUE). Retrieved from http://www.theses.fr/2017GREAM097

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Tarsissi, Lama. “Balance properties on Christoffel words and applications : Propriétés d'équilibre sur les mots de Christoffel et applications.” 2017. Doctoral Dissertation, Université Grenoble Alpes (ComUE). Accessed July 09, 2020. http://www.theses.fr/2017GREAM097.

MLA Handbook (7th Edition):

Tarsissi, Lama. “Balance properties on Christoffel words and applications : Propriétés d'équilibre sur les mots de Christoffel et applications.” 2017. Web. 09 Jul 2020.

Vancouver:

Tarsissi L. Balance properties on Christoffel words and applications : Propriétés d'équilibre sur les mots de Christoffel et applications. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Grenoble Alpes (ComUE); 2017. [cited 2020 Jul 09]. Available from: http://www.theses.fr/2017GREAM097.

Council of Science Editors:

Tarsissi L. Balance properties on Christoffel words and applications : Propriétés d'équilibre sur les mots de Christoffel et applications. [Doctoral Dissertation]. Université Grenoble Alpes (ComUE); 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017GREAM097

2. Dorantes gilardi, Rodrigo. Bio-mathematical aspects of the plasticity of proteins : Aspects bio-Mathemiques de la plasticité structurale des protéines.

Degree: Docteur es, Mathématiques appliquées, 2018, Université Grenoble Alpes (ComUE)

Les protéines sont des objets biologiques conçus pour résister aux perturbations et, àen même temps, s'adapter à des nouveaux environnements et des nouveaux besoins. Que sont lespropriétés structurelles des protéines permettant une telle plasticité? Pour taclercette question, nous modélisons d'abord la structure des protéines comme un réseau d'acides aminés et atomes en interaction. Compte tenu de la conformation structurelle 3Dd'une mutation obtenue In Silico, une approche réseaupermet la quantification de son changement structurel. En utilisant des grands ensemblesde mutations, nous avons conclu que le changement structurel est indépendant du type d'acide aminé remplacé ou du remplacement après mutation. En regardantà la composition des voisinages d'acides aminés, nous avons remarqué que lela localisation d'un type d'acide aminé dans la structure 3D est arbitraire:ce qui signifie que les contraintes d'interactions d'acides aminés dans une protéinemontre être indépendantes de la position de l'acide aminé en question. Menant à laobservation que la position de l'acide aminé dans la séquence est lapropriété unique modulant la plasticité structurelle.Le fait que les acides aminés peuvent se remplacer les uns les autres danstoutes les positions parce que la contrainte d'interaction ne dépend pas dutype d'acide aminé,est basé sur la personnalisation des voisins viamutations altérnatives compensatoires. Même s'il y a une grandetolérance pour les mutations basée sur la robustesse structurelle, les mutations peuvent avoir un impact surla plasticité structurelle en raison de la modification de la force des interactions êntre acides aminéset la distribution des atomes et des voisins entourant les résidus.La conséquence directe d'une telle variabilité de l'emballage atomique,est dû à une différence de vide (espace vide,pas d'atomes) sur la surface des résidus identifiés par certaines de mes données / résultats.Cela soulève la possibilité que la plasticité structurelle n'est pas seulementrégulée par les acides aminés et les contacts atomiques, mais aussi en sculptantdes vides locales dans la structure de la protéine pour permettre des mouvements atomiquesnécessaires pour la fonction de la protéine. Enfin, pour tester cette hypothèse, nous avonsmis en œuvre trois algorithmes pour mesurer l'espace vide autour desacides aminés pour regarder la relation entre cet espace vide et la plasticité structurelle.

Proteins are biological objects made to resist perturbations and, atthe same time, adapt to new environments and new needs. What are thestructural properties of proteins allowing such plasticity? To tacklethis question we first model protein structure as a network of aminoacids and atoms in interaction. Given the 3D structural conformationof a mutation obtained In Silico, a network approachallows the quantification of its structural change. Using large setsof mutations, we concluded that structural change is independent fromthe type of amino acid replaced, or replacing after mutation. Lookingat the composition of amino acid…

Advisors/Committee Members: Vuillon, Laurent (thesis director), Lesieur, Claire (thesis director).

Subjects/Keywords: Plasticité; Repliement des protéines; Bio-Mathématique; Diffusion dans les réseaux; Plasticity; Protein folding; Bio-Mathematical; Network diffusion; 510

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APA · Chicago · MLA · Vancouver · CSE | Export to Zotero / EndNote / Reference Manager

APA (6th Edition):

Dorantes gilardi, R. (2018). Bio-mathematical aspects of the plasticity of proteins : Aspects bio-Mathemiques de la plasticité structurale des protéines. (Doctoral Dissertation). Université Grenoble Alpes (ComUE). Retrieved from http://www.theses.fr/2018GREAM092

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Dorantes gilardi, Rodrigo. “Bio-mathematical aspects of the plasticity of proteins : Aspects bio-Mathemiques de la plasticité structurale des protéines.” 2018. Doctoral Dissertation, Université Grenoble Alpes (ComUE). Accessed July 09, 2020. http://www.theses.fr/2018GREAM092.

MLA Handbook (7th Edition):

Dorantes gilardi, Rodrigo. “Bio-mathematical aspects of the plasticity of proteins : Aspects bio-Mathemiques de la plasticité structurale des protéines.” 2018. Web. 09 Jul 2020.

Vancouver:

Dorantes gilardi R. Bio-mathematical aspects of the plasticity of proteins : Aspects bio-Mathemiques de la plasticité structurale des protéines. [Internet] [Doctoral dissertation]. Université Grenoble Alpes (ComUE); 2018. [cited 2020 Jul 09]. Available from: http://www.theses.fr/2018GREAM092.

Council of Science Editors:

Dorantes gilardi R. Bio-mathematical aspects of the plasticity of proteins : Aspects bio-Mathemiques de la plasticité structurale des protéines. [Doctoral Dissertation]. Université Grenoble Alpes (ComUE); 2018. Available from: http://www.theses.fr/2018GREAM092

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