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1. Muys, Céline. Cartographie génétique de Cichorium intybus L. : Marqueurs moléculaires et synténie.

Degree: 2012, DIAL (Belgium)

Belgium is the world's largest producer of industrial chicory. This species is cultivated to extract inulin, a storage polysaccharide with pre-biotic properties used in food processing. The selection of chicory varieties is mainly phenotypic and based essentially on sugar yield, bolting, disease resistance and root morphology. The objective of this work is to develop molecular tools that can improve and facilitate breeding. EST (Expressed Sequence Tag) libraries were used to develop SSR (Simple Sequence Repeats) and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) genic markers. A total of 130 markers were validated for industrial chicory. These markers were used to build a genetic map of 1208 cM composed of 237 markers (152 AFLP markers, 27 SNP markers and 40 SSR markers) in collaboration with UCL and the Chicoline Company. The transcribed sequences associated with mapped genic markers were then used to search for orthologs in lettuce to develop a comparative map between the two species. This analysis has allowed identifying regions of synteny in which there were positional candidate genes potentially involved in different mechanisms of interest for the selection of chicory.

La Belgique est le premier producteur mondial de chicorée industrielle. Cette espèce est cultivée afin d’en extraire l’inuline, un polysaccharide de réserve utilisé dans l’agro-alimentaire et aux vertus pré-biotiques. La sélection des variétés cultivées de chicorée est majoritairement phénotypique et basée essentiellement sur le rendement en sucre, la montaison, la résistance aux maladies ainsi que sur la morphologie racinaire. L’objectif de ce travail consiste à développer des outils moléculaires pouvant améliorer et faciliter cette sélection. Les banques EST (Expressed Sequence Tag) ont été utilisées afin de développer des marqueurs géniques de type SSR (Simple Sequence Repeats) et SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Au total, 130 marqueurs ont été validés chez la chicorée industrielle. Ces marqueurs ont été utilisés pour la construction d’une carte génétique de 1208 cM composée de 237 marqueurs (152 marqueurs AFLP, 27 marqueurs SNP et 40 marqueurs SSR) en collaboration avec l’UCL et la société Chicoline. Les séquences transcrites associées aux marqueurs géniques cartographiés ont ensuite été utilisées pour la recherche d’orthologues chez la laitue afin d’élaborer une carte comparative entre les deux espèces. Cette analyse a permis de mettre en évidence des régions de synténie dans lesquelles se trouvaient des gènes candidats positionnels potentiellement impliqués dans divers mécanismes d’intérêt pour la sélection de la chicorée.

(DOCSC03)  – FUNDP, 2012

Advisors/Committee Members: FUNDP - SBIO_URBV (unité de recherche en biologie végétale), FUNDP - -, Van Cutsem, Pierre, Messiaen, Johan, Dauchot, Nicolas, Maudoux, Olivier, Draye, Xavier, Maudoux, Olivier.

Subjects/Keywords: genetic map; molecular markers; synteny; chicory

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APA (6th Edition):

Muys, C. (2012). Cartographie génétique de Cichorium intybus L. : Marqueurs moléculaires et synténie. (Thesis). DIAL (Belgium). Retrieved from http://hdl.handle.net/2078.2/115040

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Chicago Manual of Style (16th Edition):

Muys, Céline. “Cartographie génétique de Cichorium intybus L. : Marqueurs moléculaires et synténie.” 2012. Thesis, DIAL (Belgium). Accessed March 23, 2019. http://hdl.handle.net/2078.2/115040.

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MLA Handbook (7th Edition):

Muys, Céline. “Cartographie génétique de Cichorium intybus L. : Marqueurs moléculaires et synténie.” 2012. Web. 23 Mar 2019.

Vancouver:

Muys C. Cartographie génétique de Cichorium intybus L. : Marqueurs moléculaires et synténie. [Internet] [Thesis]. DIAL (Belgium); 2012. [cited 2019 Mar 23]. Available from: http://hdl.handle.net/2078.2/115040.

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Council of Science Editors:

Muys C. Cartographie génétique de Cichorium intybus L. : Marqueurs moléculaires et synténie. [Thesis]. DIAL (Belgium); 2012. Available from: http://hdl.handle.net/2078.2/115040

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Not specified: Masters Thesis or Doctoral Dissertation

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