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You searched for +publisher:"Aix Marseille Université" +contributor:("Auria, Richard"). Showing records 1 – 3 of 3 total matches.

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1. Uzarraga salazar, Rafael. Effet de l’oxygène sur le métabolisme énergétique d’Aquifex aeolicus, bactérie hyperthermophile, hydrogénotrophe et microaérophile : The French University and the Making of professionals : An Essay of Typology of the Academic Programs.

Degree: Docteur es, Microbiologie, 2012, Aix Marseille Université

Cette thèse porte sur l'écophysiologie et la physiologie d'une bactérie hyperthermophile et microaérophile, Aquifex aeolicus, cultivée dans différentes conditions d'oxygénation. Au cours de ce travail, trois systèmes expérimentaux (jarres, microcosmes et fermenteur) ont été testés : (1) le nouveau système de jarres qui été mis au point est muni de microplaques de 24 puits couplé à un robot. Il permet d'étudier un grand nombre de facteurs trophiques ou de formulations de milieux de cultures tout en conservant une atmosphère de composition constante, (2) pour l'étude de facteurs trophiques gazeux, l'utilisation des microcosmes a été montrée peu adaptée, amenant même dans certains cas, à des interprétations erronées, et, 3) le fermenteur reste le meilleur outil pour étudier l'influence de la concentration en O2 dissous (pO2) sur le métabolisme d'A. aeolicus. A partir des cinétiques de croissance obtenues en fermenteur, il a été établi que la densité de biomasse est constante et que la vitesse de croissance est maximale pour une pO2 comprise, respectivement, entre 0.006 et 6 mg/L et, entre 1 et 2 mg/L. Pour des pO2 supérieures à 2 mg/L, il a été montré que l'oxygène a un effet toxique sur la croissance d'A. aeolicus. Pour des conditions optimales d'oxygénation (pO2=1.5 mg/L) et lorsque l'H2 (100 mL/min) limite la croissance, le catabolisme énergétique est alors dévié vers la consommation du thiosulfate. En effet, pour les débits d'H2 de 450 et 100 mL/min, d'une part 97 et 79 % de l'O2 sont respectivement réduits par l'hydrogène et d'autre part 3 et 21 % de l'O2 sont respectivement réduits par le thiosulfate.

This manuscript addresses the physiology and ecophysiology of the microaerophilic hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus, grown under different oxygen-supply conditions. Three experimental systems, jar, microcosm and fermentor were tested in those experiments: (1) a newly-engineered jar system containing 24-well microplates coupled to an automated controller. This system allows to study a broad spectrum of trophic factors or culture media formulations while maintaining a constant atmospheric composition; (2) microcosm systems were, here, proved ill-adapted to studying gas-phase trophic factors, and in some cases even to leading to false interpretations; 3) the fermentor system remains the best tool to studying the influence of dissolved O2 concentration (pO2) on A. aeolicus metabolism. Based on in-fermentor growth kinetic curves, we established that biomass density was maximum and constant at a pO2 in the range 0.006 to 6 mg/L and growth rate was maximum at a pO2 of about 2 mg/L. At a pO2 over 2 mg/L, oxygen level had a toxic effect on A. aeolicus growth. Under optimal oxygen supply (pO2 = 1.5 mg/L) and when H2 (100 mL/min) is the growth-limiting factor, energy catabolism is diverted towards thiosulfate consumption: at H2 flow-rates of 450 and 100 mL/min, 97% and 79% of O2 is reduced by hydrogen while 3% and 21% of O2 is reduced by thiosulfate, respectively. Under over-oxygenation conditions (pO2 = 10.5 and…

Advisors/Committee Members: Auria, Richard (thesis director).

Subjects/Keywords: Aquifex aeolicus; Oxygène; Thiosulfate; Hydrogène; Métabolisme énergétique; Aquifex aeolicus; Oxygen; Thiosulfate; Hydrogen; Energy metabolism

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APA (6th Edition):

Uzarraga salazar, R. (2012). Effet de l’oxygène sur le métabolisme énergétique d’Aquifex aeolicus, bactérie hyperthermophile, hydrogénotrophe et microaérophile : The French University and the Making of professionals : An Essay of Typology of the Academic Programs. (Doctoral Dissertation). Aix Marseille Université. Retrieved from http://www.theses.fr/2012AIXM4811

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Uzarraga salazar, Rafael. “Effet de l’oxygène sur le métabolisme énergétique d’Aquifex aeolicus, bactérie hyperthermophile, hydrogénotrophe et microaérophile : The French University and the Making of professionals : An Essay of Typology of the Academic Programs.” 2012. Doctoral Dissertation, Aix Marseille Université. Accessed January 18, 2021. http://www.theses.fr/2012AIXM4811.

MLA Handbook (7th Edition):

Uzarraga salazar, Rafael. “Effet de l’oxygène sur le métabolisme énergétique d’Aquifex aeolicus, bactérie hyperthermophile, hydrogénotrophe et microaérophile : The French University and the Making of professionals : An Essay of Typology of the Academic Programs.” 2012. Web. 18 Jan 2021.

Vancouver:

Uzarraga salazar R. Effet de l’oxygène sur le métabolisme énergétique d’Aquifex aeolicus, bactérie hyperthermophile, hydrogénotrophe et microaérophile : The French University and the Making of professionals : An Essay of Typology of the Academic Programs. [Internet] [Doctoral dissertation]. Aix Marseille Université 2012. [cited 2021 Jan 18]. Available from: http://www.theses.fr/2012AIXM4811.

Council of Science Editors:

Uzarraga salazar R. Effet de l’oxygène sur le métabolisme énergétique d’Aquifex aeolicus, bactérie hyperthermophile, hydrogénotrophe et microaérophile : The French University and the Making of professionals : An Essay of Typology of the Academic Programs. [Doctoral Dissertation]. Aix Marseille Université 2012. Available from: http://www.theses.fr/2012AIXM4811

2. Fuduche, Maxime. Croissance et synthèse de magnétosomes chez la bactérie magnétotactique marine Magnetospira sp (souche QH-2) : Growth and magnetosome biosynthesis by the marine magnetotactic bacterium Magnetospira sp. (strain QH-2).

Degree: Docteur es, Océanographie, 2017, Aix Marseille Université

Les bactéries magnétotactiques (MTB) ont la particularité de s’orienter le long des lignes de champ magnétique terrestre. Ce comportement est lié à la présence d’organites intracellulaires appelés magnétosomes, constitués d’un nanocristal de fer magnétique enveloppé d’une membrane biologique. L’un des obstacles majeurs rencontrés dans l’étude des MTB microaérophiles réside dans la difficulté à les cultiver, notamment du fait de leur extrême sensibilité à l’oxygène, nécessaire pour la croissance mais qui en même temps inhibe fortement la synthèse des magnétosomes. Dans ce travail, un protocole d’incubation en bioréacteur d’une MTB marine récemment isolée, Magnetospira sp. (QH-2), a été développé. Le contrôle précis des conditions de croissance a permis de déterminer finement la gamme de sensibilité de la souche à la pression partielle d’oxygène (pO2) et de préciser son métabolisme hétérotrophe, basé sur la consommation concomitante du succinate et de l’histidine. Dans un autre volet, l’analyse par RT-qPCR du niveau d’expression des gènes impliqués dans la synthèse des magnétosomes a permis de démontrer chez QH-2 une régulation extrêmement fine de ce processus de biominéralisation, dépendante de la présence de fer et des conditions d’oxygénation. Nos résultats mettent en évidence un lien indirect entre la synthèse des magnétosomes et le métabolisme général du fer chez QH-2. La mise au point d’un nouveau dispositif de culture a permis de multiplier le taux de croissance de QH-2 par cinq comparé aux cultures traditionnelles réalisées en flacons. Cet outil pourra être utilisé à l’avenir pour isoler et cultiver d’autres microorganismes ayant des besoins en oxygène spécifiques.

Magnetotactic bacteria (MTB) have the ability to orient themselves along geomagnetic field lines. This behavior is linked to the presence of intracellular organelles called magnetosomes, which are membrane-enclosed magnetic iron minerals. One of the major obstacles to the study of microaerophilic MTB is their fastidiousness with regard to their growth, due to their extreme sensitivity to oxygen that is required for cell growth but also strongly inhibits magnetosome synthesis. In this thesis, a method for the incubation in a bioreactor of a newly isolated marine MTB, Magnetospira sp. (strain QH-2), has been developed. The precise control of the growing conditions allowed us to determine the pO2 (oxygen partial pressure) range tolerated by the strain and to clarify its heterotrophic metabolism based on the concomitant consumption of succinate and histidine. In another part, the expression of the genes involved in magnetosome synthesis based on RT-qPCR analysis revealed a tight regulation of the biomineralization process, depending on the availability of iron and oxygen concentration. Our findings highlight the existence of an indirect link between magnetosome biosynthesis and the general iron metabolism in QH-2. The development of a new culture device has increased the growth rate of QH-2 by a factor of five compared to the traditional incubation…

Advisors/Committee Members: Auria, Richard (thesis director), Wu, Long Fei (thesis director).

Subjects/Keywords: Magnetospira sp. QH-2; Magnétosome; Oxygène; Physiologie cellulaire; Fer; Expression des gènes; Magnetospira sp. QH-2; Magnetosome; Oxygen; Cellular Physiology; Iron; Gene Expression; 550

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APA (6th Edition):

Fuduche, M. (2017). Croissance et synthèse de magnétosomes chez la bactérie magnétotactique marine Magnetospira sp (souche QH-2) : Growth and magnetosome biosynthesis by the marine magnetotactic bacterium Magnetospira sp. (strain QH-2). (Doctoral Dissertation). Aix Marseille Université. Retrieved from http://www.theses.fr/2017AIXM0157

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Fuduche, Maxime. “Croissance et synthèse de magnétosomes chez la bactérie magnétotactique marine Magnetospira sp (souche QH-2) : Growth and magnetosome biosynthesis by the marine magnetotactic bacterium Magnetospira sp. (strain QH-2).” 2017. Doctoral Dissertation, Aix Marseille Université. Accessed January 18, 2021. http://www.theses.fr/2017AIXM0157.

MLA Handbook (7th Edition):

Fuduche, Maxime. “Croissance et synthèse de magnétosomes chez la bactérie magnétotactique marine Magnetospira sp (souche QH-2) : Growth and magnetosome biosynthesis by the marine magnetotactic bacterium Magnetospira sp. (strain QH-2).” 2017. Web. 18 Jan 2021.

Vancouver:

Fuduche M. Croissance et synthèse de magnétosomes chez la bactérie magnétotactique marine Magnetospira sp (souche QH-2) : Growth and magnetosome biosynthesis by the marine magnetotactic bacterium Magnetospira sp. (strain QH-2). [Internet] [Doctoral dissertation]. Aix Marseille Université 2017. [cited 2021 Jan 18]. Available from: http://www.theses.fr/2017AIXM0157.

Council of Science Editors:

Fuduche M. Croissance et synthèse de magnétosomes chez la bactérie magnétotactique marine Magnetospira sp (souche QH-2) : Growth and magnetosome biosynthesis by the marine magnetotactic bacterium Magnetospira sp. (strain QH-2). [Doctoral Dissertation]. Aix Marseille Université 2017. Available from: http://www.theses.fr/2017AIXM0157

3. Pillot, Guillaume. Biodiversités électroactives issues de sources hydrothermales profondes : Dynamic of colored and fluorescent dissolved organic matter in a tropical South Pacific area : climatic and anthropogenic impact.

Degree: Docteur es, Océanographie, 2018, Aix Marseille Université

Les sources hydrothermales profondes sont des édifices géologiques formés par l’infiltration d’eau de mer dans la croûte océanique, formant un fluide chaud (>400 °C), riche en métaux qui précipite pour former des cheminées dans lesquelles circulent un courant électrique. Les travaux de recherche présentés ici avaient pour objectif de révéler la présence de microorganismes capable de participer à la production de ce courant électrique ou d’utiliser cette électricité pour vivre au sein de ces cheminées électriquement conductrices. Nous nous sommes focalisés sur les microorganismes capables de survivre à haute température (entre 60 et 95°C). Différentes communautés microbienne en interaction et électroactives ont pu être cultivées permettant de poser des hypothèses crédibles quant à la colonisation primaire de ces environnements extrêmes. Ces hypothèses pourraient également s’appliquer aux théories d’origine de la vie en contexte hydrothermal.

Deep hydrothermal vents are geologic structures formed by the infiltration of seawater into the oceanic crust, forming a hot metal-rich fluid (> 400 ° C) that precipitates to form chimneys in which an electric current flows. The purpose of the research presented here was to reveal the presence of microorganisms capable of participating in the production of this electric current or of using this electricity to live within these electrically conductive chimneys. We focused on microorganisms able to survive at high temperatures (between 60 and 95 ° C). Different interacting and electroactive microbial communities have been cultivated, allowing the building of credible hypotheses about the primary colonization of these extreme environments. These hypotheses could also be applied to theories of origin of life in a hydrothermal context.

Advisors/Committee Members: Auria, Richard (thesis director), Liebgott, Pierre-Pol (thesis director).

Subjects/Keywords: Source hydrothermale profonde; Ecologie microbienne; Biofilm électro-Actif; Pile à combustible microbienne; Electrosynthèse microbienne; Deep-Sea Hydrothermal Vent; Microbial Ecology; Electroactive Biofilm; Microbial Fuel Cell; Microbial Electrosynthesis; 550

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APA (6th Edition):

Pillot, G. (2018). Biodiversités électroactives issues de sources hydrothermales profondes : Dynamic of colored and fluorescent dissolved organic matter in a tropical South Pacific area : climatic and anthropogenic impact. (Doctoral Dissertation). Aix Marseille Université. Retrieved from http://www.theses.fr/2018AIXM0503

Chicago Manual of Style (16th Edition):

Pillot, Guillaume. “Biodiversités électroactives issues de sources hydrothermales profondes : Dynamic of colored and fluorescent dissolved organic matter in a tropical South Pacific area : climatic and anthropogenic impact.” 2018. Doctoral Dissertation, Aix Marseille Université. Accessed January 18, 2021. http://www.theses.fr/2018AIXM0503.

MLA Handbook (7th Edition):

Pillot, Guillaume. “Biodiversités électroactives issues de sources hydrothermales profondes : Dynamic of colored and fluorescent dissolved organic matter in a tropical South Pacific area : climatic and anthropogenic impact.” 2018. Web. 18 Jan 2021.

Vancouver:

Pillot G. Biodiversités électroactives issues de sources hydrothermales profondes : Dynamic of colored and fluorescent dissolved organic matter in a tropical South Pacific area : climatic and anthropogenic impact. [Internet] [Doctoral dissertation]. Aix Marseille Université 2018. [cited 2021 Jan 18]. Available from: http://www.theses.fr/2018AIXM0503.

Council of Science Editors:

Pillot G. Biodiversités électroactives issues de sources hydrothermales profondes : Dynamic of colored and fluorescent dissolved organic matter in a tropical South Pacific area : climatic and anthropogenic impact. [Doctoral Dissertation]. Aix Marseille Université 2018. Available from: http://www.theses.fr/2018AIXM0503

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